Added annotation sections and made few minor changes.

Changes for Feb 2016 SLS course

I have gone through all the exercises in the manual checking them and making changes as appropriate. Most things worked fine but JPred wasnÕt working. I modified the RNA exercise in light of database changes and this is now useable. Some of the images seem to disappeared -might be worth double checking. So Jim I pass the baton onto you.

thursday edits to manual

Reading the pdf I noticed an error in my edits for one of the exercises so corrected it.

Plus I was not sure that I had correctly synced the last lot of correction in team, so i did that this time.

I have added my corrections to chapter 1.
I have 2 other comments
(i) we could update figure 1.1 about Jalview capabilities, as we have a version with Ô3DÕ coloured circles
(ii) In navigation mode section 1.3, it may be helpful to add some text about context sensitive pop up menus. Then users will know them before they met them in an exercise.

Changes added after the London 2014 workshop

Added Mungo's edits and standardised layout

update version/date

commented out defunct exercises, added others, tweaked some language.

new figures for RNA section

SLD has completed her text and exercise edits in Chapter 1.

90% of chapter 1 edits for London workshop. Though I would like to test run the text and exercises more if there was more time.

second commit (to test the process)

Updates for London 2014 workshop

included instructions to use ps2pdf to reduce the size of file generated by pdflatex, and to ensure that special symbols are preserved in the 'optimised for screen' version generated by Adobe Distiller.

v1.4.1 manual

Manual version 1.4.1 updated 18th January for Version 2.8 and EMBL-EBI course

v2.8 new website and logo

v 2.8 logo and new top level help page

v 2.8 logo and authors

v 2.8 capabilitis

v2.8 new database selector for sequence fetcher

2.8 per sequence annotation colouring

2.8 colourschemes

revised pca in v2.8

alignment services in v2.8

v2.8 jabaws config with server status

v2.8 ws menu

v2.8 sequence disorder

v2.8 sequence details window

ignore intermediate files

updated tutorial for Jalview 2.7 - includes contributions from Saif Shehata
(changes were made in June 2012)

update to 1.3.01

fix left-right page numbering and incorrect menu item

updated screen optimized version

updated master document with dna alignment tools table

completed table of jabaws alignment services useful for DNA

jalview manual v1.3 - updated for v2.7 of Jalview with new material for structure superposition and JABA server config.

drag and drop association of PDB structures

colour by .. submenu figure

dnmt1_mouse complex domain alignment colouring example

jv2.7 rss newsreader

jabaws config panel in jalview preferences

jv2.7 capabilities diagram

alignment web service parameters from html help

ferredoxin structure superposition

slider from clustal parameters

v2.7 splash screen

v2.7 startup screen

jaba style alignment submission

reordered web services menu

files for superposition exercises

rude typo fixed

patches from Dundee Tutorial on Feb 2011

patches from Dundee Tutorial on Feb 2011

patched layout and fixed some typos noticed by tutee at 4th October 2010 session in oxford

patched layout and fixed some typos noticed by tutee at 4th October 2010 session in oxford

spellchecking

jalview 2.5 updates

screen optimized PDF

Settings for screen optimized PDF

removed enfin fp workshop from front page

final version (draft) for EBI/Enfin Function Prediction Course

more ignores

resized

updated example PFAM accession

first ebi tutorial draft for 2.4 release

original tutorial put online for version 2.2