A secondary parameters file with some Jalview friendly parameters

Clean-up, refactoring, commenting. Parameters file containts only options since Jalview still can't deal with them

JWS-69 RNAalifold Linux Binary

Merge branch 'RNAalifold' of https://source.jalview.org/git/jabaws into RNAalifold

conf/Executable.properties and compilebin.sh updated for linux.

Category.java updated to include new category for RNA folding. RNAalifoldParameters.xml cut down to a number of parameters which I think are needed and which work easily with Jalview

WSTester updated to work plus hopefully all the other changes that need to go into the remote.

Import RNAalifold removed from RNAStructReader. @XmlSeeAlso line added
to ScoreManager.

Reverted some testing changes in TestRNAalifoldWS so that it will run
successfully.

Reverted some changes I made for testing back to their original states.

A third commit where there should have been one.... Everything is here
now I hope.

Update the last commit which missed some files. RNAStructScoreManager
replacing RNAStruct. Webservices returns ScoreManager!?!-

RNAStruct replaced by RNAStructScoreManager. Why does webservice
getAnnotation method still return a ScoreManager Not an
RNAStructScoreManager?!?

Webservices Actually working with ScoreManager

Webservice working with ScoreManager

Webservice Updated for scoremanager but I think I broke something on the way.

Alifold results are now parsed and stored in a ScoreManager object

Webservice which implements FoldWS and returns String. Parameters.xml file
updated in line with the RunnerConfig schema.

Webservice works! but only supports some parameters. Replacing RNAstuct
with String.

Simple datamodel for RNAalifold.exe output and method to convert from
fasta to clustal format and write clustal input files.

Parameters Tester updated. Untested webservice code. generate xsd/wsdl?

Basic Testing Setup, no getResults method yet

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jabaws into develop

RNAalifold.java runner and RNAalifoldTester incomplete

Fix problem in a clean target

An attempt to sort out a warning in tomcat in Eclipse

Replace jar with GA sources: 1.0 -> 1.1

add list of ant targets

change code style

1. git rid of jaba (now jabaws is everywhere)
2. fix problem with the clearStatDB target

Replace jabaws-2.0.1 logo with jabaws-3.alpha logo

Update GoogleAnalytics jar.
bug fixed: tomcat did not stop after shutdown due to problem in the jar

merge JABAWS_Release_2_1 into develop

Correct log4j file

update derby.jar and add version number to the library

Improve shutdown of JABAWS and some code style improvements

improve logging system

Refactoring and code style improving

update derby.jar and add version number to the library

change a jsp page (make a link a real link)

change Eclipse configuration

re-configure log4j location in order to allow log4j using both in Eclipse and ant

Remove jar/zip files from git

Modify Eclipse configuration for log4j

Improve building process: log4j.properties is in a right place both in
jabaw.war and Eclipse building

Add SVG version of some logos

Add release date

Add funding page

Misprint correction

Merge branches 'JABAWS_Release_2_1', 'JABAWS_Release_2_1' and 'JABAWS_Release_2_1' of https://source.jalview.org/git/jabaws into JABAWS_Release_2_1

Merge branches 'JABAWS_Release_2_1' and 'JABAWS_Release_2_1' of https://source.jalview.org/git/jabaws into JABAWS_Release_2_1

Conflicts:
website/man_about.html
Tweaked the wording a bit more - introduced standard man_about.html#jabaX.Y.Z style name anchor for update history

Change version number: 2.0 -> 2.0.1
add building min-client without log4j

Some small changes on web pages

typo

grammar

grammar

tweaked opening paragraph for sense and to avoid parentheses

grammar tweak

grammar tweak

add Sasha S to list of authors

invalid XML document header

JWS-50 refactored the valid AACon method parameters as a series of options in the JABAWS config (cont.)

Update manual and other static html page for JABAWS 2.0.1

Update manual and other static html page for JABAWS 2.0.1

Update manual and other static html page for JABAWS 2.0.1

JWS-50 patch AAConWS test for refactoring of calculation parameters to a series of options

Workaround for JWS-61 that resolves JAL-1127

JWS-61 test demonstrating compound option value problem with JABAWS client

JWS-50 refactored the valid AACon method parameters as a series of options in the JABAWS config

New target: full-clean
re-formatted file

remove war/jar files from git

Make configuration file clearer and add new parameters to dundee-conf

JWS-50 refactored the valid AACon method parameters as a series of options in the JABAWS config

JWS-60 removed unused logger reference

Change jar/war file for jabaws-2.1

Change jar/war file for jabaws-2.1

Necessary changes in website for jabaws-2.1

Necessary changes in website for jabaws-2.1

add some additional configuration lines

New project name for developemnt jabaws

Code for cleaning up old job directories

Code for cleaning up old job directories

Delete old job directory automatically

Add new methods

re-formatting code

copy log4j.properties to WEB-INF/classes

Re-formatting files

New build of JABAWS

debug version of /log4j.properties

delete wronigly located log4j.properties

cleat stats array and simplify internal structure

better way to set stat collection time, but should be moved to Engine.*.properties

add Logger to the class

log4j in no longer needed for minimal client

Changes in jar files

IntelliJ profile changes

formatting text

correct comment

Small internal code changes

simplify loops