JWS-111 & JWS-109 Re-uploaded the css styling used in ‘usage statistics’ pages.

JWS-111 & JWS-109 Re-uploading the figures used within usage statistic pages.

JWS-109 Added an animated gif displayed while ‘Service Status’ or ’Usage Statistics’ pages are loading.

JWS-109 Added a new JABAWS 2.2 logo for the website header.

JWS-109 Added some static figures/logos from the Barton website.

JWS-109 Improved logos for the funding bodies for consistency.

JWS-109 Re-uploading a selection of the images that are used in the revised website.

JWS-109 Added a local install of the Font-Awesome 4.7 goodies.

JWS-109 Added a local install of the Bootstrap 3.3 goodies.

JWS-109 Automatic relative path refactoring by IntelliJ. Some paths other relative paths are now probably wrong.

JWS-109 Moved HTML files and some other source files to a backup V_2_1_0 folder. Moving to JSP dynamic page generation.

JWS-114 Commented out ‘cluster’ entries for consistency with other methods.

JWS-114 Added a missing section to Executable.properties.dundee (from Executable.properties).

JWS-113 Commented Jpred entries in various configuration files.

Replace temporary path to the download app with the standard one

Replace links to Download and last edit date

Switch to Java 6 for building

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jabaws into develop

Change for eclipse

JWS-86 edited the text and changed a couple of links (Wcuster, Tcoffee and Muscle)

JWS-86 edited the text and added googlecode link which wasn't active.

JWS-86 made few changes to text, plus couple of links were faulty so changed ClustalW, Muscle and Tcoffee.

JWS-86 edited text

JWS-86 text edits

JWS-86 text edits

Update build.xml file:
1. New targets: core-jar and core-source-jar
2. switch to java 1.7
3. remove aacon-ws-client

modify .gitignore to current JABAWS git structure

Changes to text on the website

Add an old jpred.pl script

Fix problems with tests

Re-design jpred.pl input options: no -seq for a file with 1 FASTA record only.

Define path to UNIREF database in conf/Executable.properties

Diable printing environmental variables in procInput.txt

Remove difinition of UNIREF for JABAWS from jpred.pl

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jabaws into develop

Update information on Jabaws VA

Fix bug with DB checking in jpred.pl

Comment code for future options

JWS-17 regression error - remove unnecessary throws statement

JWS-68 parameters cannot take multiple option names (this should have
been caught via configuration file validation - see JWS-73)

Slightly changed JSP page

Fix wrong error message

Fix problem with HTML code

Fix problem with old Probcons code: couldn't be complied with modern gcc since string.h is needed

Simplify code

Lots of changes for Jabaws 2.1 website

Re-build WS artefacts

Remove still unsupported methods of RegistryWS

Swtich off GA by default

Google analytics receives message with actual Jabaws version

Bug Fixg: testing RNAalifold jobs have been considered as real ones

test WS on internal server in the case of proxying

Add Jabaws version string available in Services

Roll back some changes in WSDL of RegistryWS for some time: restore back compatibility

Add Jabaws version id as publicly available string in webservices

Delete unneeded directory

Change Eclipse configuration

Remove old file

Improve JSP pages

Improve Eclipse project settings

Change default formatting

Refactoring (renaming) 2 classes: AsyncJobRunner.java -> AsyncClusterRunner.java and JobRunner.java -> ClusterRunner.java

Assign JABAService.V2_SERVICE_NAMESPACE to all new services: JpredWS, RNAalifoldWS, MSAprobsWS, GLprobsWS

Fix a problem with JSP page

Replace binaries with one compatible with the dundee cluster

Add all needed infrastructure for MSAprobs and GLprobs

Add measurement of execution time for servlets

Add GLprobs and MSAprobs to binaries

Refactoring: rename duplicated Util classes

add lost exception

Fix problems with tests

JWS-17 re-design behaviour of Option.toString

Re-generate WS artefacts: option.furtherDetails is xs:string now

JWS-17: fix problem with undefined URL for the furtherDetails tag

Add reference on Jronn

Final fixing of Jpred problem with casting

Fix probem with metadata

Remove unused imports

Clean up logging system

New Linux binaries for ViennaRNA

Fix bug with fail WS tests

Add info on new programs

Change JABAWS version at the website

Set right path to UNIREF at ningal

Re-design the ServiceStatus JSP page

Define proper test for JpredWS

Set right permissions for Jpred binaries

Made the binary executable at ningal

New set of presets for Jpred

New Jpred parameters and new set of Jpred presets

Fix problem with wrong casting Alignment -> JpredAlignment

Add SS prediction for multiple aligment into jpred.pl. Before this was a part of another script

Remove un-necessary Axis servlets

More commands...

Fix problem with the JpredWS service. Now Jws2Client is able to test the service

Log file for preparing of new version of wsdl and xsd files for all services

Improved Bld file

New version of wsdl and xsd files for all services

Re-formatting the file

File with main building commands