JAL-2808 update spike to latest

JAL-2808 refactoring to better handler filter by Score or Label etc

JAL-2808 relocate constants for compiler, add COLUMN_COUNT constant

JAL-2808 refine FeatureMatcher interface and matcher toString methods

JAL-2808 don't cache i18n - MessageManager already does that

JAL-2808 update spike to latest (filter range tooltip, Present condition)

JAL-2808 refactor KeyedMatcher as FeatureMatcher with byLabel, byScore, byAttribute factory methods

JAL-2808 update spike to latest (filter range, Present option)

JAL-2808 removed field filters; sort CSQ data by key

JAL-2808 added conditions Present, NotPresent as options

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2851

JAL-2851 Fix merge error breaking vertical scrolling

JAL-2808 refactor conversion of table data to beans for controller

JAL-2808 pass FeatureSettings to controller as array of data bean

JAL-2808 update conditions list on change of attribute (safely)

JAL-2842 JAL-2759 change to SeqPanel moveCursor

JAL-2069 spike updated with latest (FeatureTypeSettings)

Merge branch 'develop' into features/JAL-1793VCF

JAL-2808 JAL-2069 FeatureTypeSettings (with new Filters tab) replaces FeatureColourChooser (not applet)

JAL-2759 code tidy

JAL-2759 performance improvements to hideColumns

JAL-2069 renamed helper method better

JAL-2808 defer dispose to allow screen location to be captured

JAL-2069 Javadoc added only

JAL-1424 enhanced to report dynamic keys separately

JAL-2759 performance tweaks

JAL-2808 capture feature attributes datatype (Character/Number/Mixed) for more intelligent filter conditions

JAL-2759 HiddenColumns test polishing

JAL-2759 corrected old getVisibleBlocksIterator calls for new call

JAL-2759 Remove getVisibleBlocksIterator call

Merge branch 'develop' into feature/JAL-2759

Conflicts:
benchmarking/src/main/java/org/jalview/HiddenColumnsBenchmark.java
src/jalview/gui/AlignViewport.java

JAL-2759 BoundedStartRegionIterator test

JAL-2759 unit tests for VisibleContigsIterator

JAL-2698 only allow InstallAnywhere launches with version 1.8.* of java - java 9 JVM args not yet working for 2.10.3

JAL-2698 patch path for InstallAnywhere build. Webstart and source builds unchanged

JAL-2759 cursor option for BoundedStartRegionIterator

JAL-2759 reinstate change from develop (JAL-2636) somehow not merged

JAL-2759 rationalise visible contigs iteration

JAL-2759 improvements to speed up synchronisation; caching of size

JAL-2698 tidy release notes and whats new

JAL-2698 source code licencing

JAL-2698 tidy up release notes

JAL-2698 Cached PDB Entries -> Cached Structures in UI and help doc

JAL-2466 revised help text for sort by PID

JAL-2698 what’s new and release notes

JAL-2822 known defect for 2.10.3

Merge branch 'bug/JAL-2784' into develop

JAL-2841 JAL-2791 new known defect



JAL-2541 known defect

JAL-2684 clarify release notes

Merge branch 'bug/JAL-2821' into develop

JAL-2840 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2837' into develop

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2837

Conflicts:
src/jalview/gui/SeqPanel.java

Merge branch 'doc/JAL-2494_JAL-2828_mergefindAnnotation' into develop

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2837

JAL-2811 release note

JAL-2541 not in 2.10.3, JAL-2831 signed off.

JAL-2698 11th hour release today

Merge branch 'bug/JAL-2831' into develop

JAL-2759 Move isVisible to use cursor

JAL-2759 tidy

JAL-2759 Update tests

JAL-2808 set (read-only) condition text field as disabled

JAL-2759 Convert reveal to use cursor

JAL-2759 HiddenColumnsCursor tests

JAL-2541 JAL-2829 JAL-2830 JAL-2822 catch all release note entry for sequence feature relocation

Merge branch 'bug/JAL-2829deleteCharsWithGaps' into develop

JAL-2069 fix minor bugs in variable setting

Merge branch 'develop' into features/JAL-1793VCF

JAL-2831 Removed unwanted hidden sequences checks

JAL-2069 removed unused and redundant thresholdIsMinMax

JAL-2816 JAL-2835 additional tests to include colour/filter by attribute

JAL-2842 remove infinite loop in cursor move

JAL-2835 update test for array-valued attribute name

JAL-2835 update test for CSQ data held as a Map

JAL-2835 test updated for colour by 'nested attribute'

JAL-2816 tests for findFeaturesAtColumn

JAL-2831 Don't show cursor if position in hidden region

Merge branch 'bug/JAL-2811' into bug/JAL-2831

JAL-2816 exclude filtered / thresholded out features when finding

JAL-2811 Updated following review

JAL-2840 fix wrapped scrolling when using cursor at a hidden region

JAL-2834 JAL-2836 temporarily disabled wrapped mode fastpaint

JAL-2835 spike updated with latest

JAL-2835 take all CSQ fields; catch invalid field match patterns

JAL-2835 support filter/colour by nested attribute names

JAL-2835 code tidy (generic type constructors)

JAL-2069 dialog title now 'Variable colour'

JAL- 2835 support filter on nested attribute keys

JAL-2835 add filters for VCF/VEP 'fields of interest'

JAL-1270 add missing "Functional" to tests

JAL-2831 ported to applet

JAL-2831 tidies and tests

JAL-2831 tidy

Merge branch 'bug/JAL-2811' into bug/JAL-2831

JAL-2811 Changed to overlay on via graphics context, not separate image

JAL-2811 Missed commit

JAL-2811 Made it work for hidden columns/seqs too

JAL-2831 Attempt at cursor fix for wrapped mode