Classpath for eclipse project

Update changelog and rebuild docs

Version bump and additional authors

Log4j2 property for config file

upgrade log4j to 2.16.0 - patched against log4shell

Updated the Jabaws 2.2 reference and bumped the date

JWS-114 Bumped the version of the webservices 'JABAWS_VERSION' to 2.2.

JWS-109 & JWS-116 Bumped the release date and fixed the text regarding the Elixir-UK.

JWS-112 Uploaded a new aacon jar, following a minor update made to AAcon's output format.

JWS-122 & JWS-116 New documentation entry with instructions on how to use the JABAWS Docker image and new built html pages.

JWS-122 & JWS-109 Minor updates to the homepage to point out new Docker support and bump date.

JWS-122 Added a Dockerfile and some container image specific Executable.properties.

JWS-121 Minor bug fix on the timeexec - wrong units.

JWS-109 & JWS-116 Added the new chaching as new entries to index.jsp and the docs’ changelog. Also bumped the release/update dates.

JWS-121 Added new refresher methods and the respective servlets and mappings entries in web.xml. These are used to update the ServletContext values as an input from the user (clickable links) that point to the new endpoints.

JWS-121 & JWS-109 Service Status now gives an indication of the health of service. Fixed the links to the Service Status and Usage Statistics pages. Also removed now unecessary files.

JWS-121 Improved the AnnualStat and ServiceStatus classes so they start the scheduler in the init() method and refresh the in memory cache every X minutes. The number of minutes is defined in the Engine.local.properties config. In memory values are cached in the ServletContext.

JWS-121 Added new scheduler utility classes so that usage statistics and service status can be monitored in a cronjob-like manner. RefreshIterator implements a ScheduleIterator that runs a new task every X minutes.

JWS-110 Commented out the servlet entries for the Download redirects no longer needed.

JWS-121 & JWS-109  Improved the way the service_status.jsp and usage_statistics.jsp work to load cached htmls or to redirect on error (i.e. missing cached htmls). This is a very hacky temporary solution. The provided script can be used to refresh the cached htmls every x minutes.

JWS-121 & JWS-111 Adding ‘timestamp’  (string formatted date + time)  to the HttpServletRequest to be used in the jsp and setting ‘timexec’ as seconds instead of millisecs.

JWS-121 Added new jsp enpoints that try loading chached service status and usage statistics pages. If not available there is a redirect to the main endpoints. Also fixed the header and footer links to match the new endpoints.

JWS-109 Some minor fixes for broken links and missing space.

JWS-119 & JWS-109 Fixed the relative paths to the documentation pages and bumped the date.

JWS-119 & JWS-116 Fixed the location of the documentation pages. Also fixed the relative paths throughout the RST files and RTD template.

JWS-120 Fixes the exception raised by the ChunkHolder method in GenericMetadataService. This behavior was expected for services which do not support execution statistics. This solution was found in the compbio.ws.server.JronnWS.java.

JWS-116 & JWS-109 Fixed the version number, month and number of jobs performes in the jabaws description.

JWS-116 Some minor fixes to the documentation pages and added the alignment image to the getting started pages.

JWS-114 Updated the names of the distributives so that they match the ones used in the download pages.

JWS-116 New fixes to the documentation pages. Various fixes to the content, as well as bumped versions of aacon and dates. New citation, and pdf with full authors and contact information.

JWS-109 New fixes and updated looks as suggested by Geoff. Added new section about elixir, fixed the top bar and added a MSA figure. Also bumped the date, and fixed the links to some of the downloads.

JWS-112 Hotfix the last t-coffee version 11. The -mode quickaln preset breaks if ’t_coffee’ is not found in $PATH. By calling t_coffee.sh instead, the problem is fixed by updating the $PATH on the flight and passing the original arguments to t_coffee.

JWS-112 Updated AACon to version 1.1.

JWS-109 & JWS-116 Regenerated the JABAWS JavaDoc (with eclipse java 8) and moved it to docs/.

JWS-109 & JWS-116 Moved the docs (source and html built) to a new location that is based on the version.

JWS-114 Fixed what the default for local and cluster should (also considering people not running jabaws in Dundee)

JWS-116 Minor changes to the bash script used to generate the docs with Sphinx

JWS-109 Added a release date to the website

JWS-109 Updated the download page with the link to the new turnkey linux

JWS-116 New build with previous changes to the source files in the docs

JWS-116 Added a release date to the website to the changelog

JWS-116 Updated the VA pages with the new passwords and turnkey versions

JWS-112 Updated the versions the tool versions that are shown in the ServiceStatus page

JWS-114 Bumping varied config files and jetbrains xmls. Also adding some java classes that are generated during the compilation.

JWS-116 Added entries for the jabaws docs source files to the build.xml

JWS-117 Compiled all tools with ./compilebin.sh and some were missing related files.

JWS-109 Fixed the links in the navbar header and footer to match the new documentation pages.

JWS-109 General improvements and further fixes to typos and proofreading.

JWS-116 Moved the boostrap’ed manual pages to a temporary dir. The documentation pages are now generated with Sphinx.

JWS-116 Added the Sphinx generated documentation pages to website/docs.

JWS-116 Added a full set of manual pages in reStructuredText format that are built with Sphinx.

JWS-114 Fixed the paths to the cluster executables.

JWS-114 Added two extra test sets for testing web_services and running all tests.

JWS-114 Set JAVA_TARGET as a property and fixed the LIBRARY_PATH

JWS-112 Bumping version of T-Coffee to version 11.00.8cbe486.

JWS-112 Bumping version of Mafft to version 7.310.

JWS-112 Bumping version of ClustalW (src, binaries and windows) to version 2.1.

JWS-112 Bumping version of ClustalO (src, binaries and windows) to version 1.2.4.

Bumped the javac version.

Reverting to the absolute paths that actually exist and are available to other users in the cluster.

Updated configs for testing local/cluster mode in the internal webservices2 boxe.

Added new entries for ignoring .DS_Store and Thumbs.db

Updated the .idea xml configs. This should be ignored but since it is being tracked I decided to push the current changes.

JWS-109 Added a missing figure to the section descrbing the JABAWS codebase structure.

JWS-109 Updated the Documentation pages. Fixed the links and fixed chuncks of text to improve readability.

JWS-109 & JWS-110 Updated the Downloads page so that it follows the same style as the getting started page.

JWS-109 & JWS-113 Improved the readability of the getting started guides. Also removed references to the installation of jpred dependencies.

JWS-109 Updated the home page. Made some changes to the text to improve readability.

JWS-109 Updated the base bootstrap theme header and footer. Also removed unused styling.

JWS-113 Commented Jpred entries in the datamodel, runner and webservices java source code.

JWS-115 Bumping version to jabaws 2.2.

JWS-111 & JWS-109 Fixed some typos.

JWS-111 Fixed the location of the statspages, which are now included within the website folder.

JWS-111 & JWS-109 Re-uploading improved ‘Service Status’ and ‘Usage Statistics’ pages that use the template header and footer, as well as the bootstrap look.

JWS-110 & JWS-109 Added a new downloads (static) page that avoids the signin/registration process.

JWS-109 Added a new documentation root page for improving navigation and listing all the entries in the documentation manual.

JWS-109 Added a new about page for summarising small chunks that were previously spread over several number of pages.

JWS-109 New JSP-based webpages generated from the original HTML files. These pages inherit the template header and footer.

JWS-109 Added new header and footer JSP templates used by all other webpages.

JWS-109 Added some basic styling and js very much inspired in the main Barton website.

JWS-111 & JWS-109 Minor changes to table.css (commented sections) in order to inherit Bootstrap styling.

JWS-111 & JWS-109 Re-uploaded the css styling used in ‘usage statistics’ pages.

JWS-111 & JWS-109 Re-uploading the figures used within usage statistic pages.

JWS-109 Added an animated gif displayed while ‘Service Status’ or ’Usage Statistics’ pages are loading.

JWS-109 Added a new JABAWS 2.2 logo for the website header.

JWS-109 Added some static figures/logos from the Barton website.

JWS-109 Improved logos for the funding bodies for consistency.

JWS-109 Re-uploading a selection of the images that are used in the revised website.

JWS-109 Added a local install of the Font-Awesome 4.7 goodies.

JWS-109 Added a local install of the Bootstrap 3.3 goodies.

JWS-109 Automatic relative path refactoring by IntelliJ. Some paths other relative paths are now probably wrong.

JWS-109 Moved HTML files and some other source files to a backup V_2_1_0 folder. Moving to JSP dynamic page generation.

JWS-114 Commented out ‘cluster’ entries for consistency with other methods.

JWS-114 Added a missing section to Executable.properties.dundee (from Executable.properties).

JWS-113 Commented Jpred entries in various configuration files.

Replace temporary path to the download app with the standard one

Replace links to Download and last edit date

Switch to Java 6 for building

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jabaws into develop

Change for eclipse