JWS-67 Update internal man for jpred.pl

JWS-67 Add Jpred to configuration files

JWS-67 insert Jpred 3.0.1 sources into JABAWS

An attempt to sort out a warning in tomcat in Eclipse

Replace jar with GA sources: 1.0 -> 1.1

add list of ant targets

change code style

1. git rid of jaba (now jabaws is everywhere)
2. fix problem with the clearStatDB target

Replace jabaws-2.0.1 logo with jabaws-3.alpha logo

Update GoogleAnalytics jar.
bug fixed: tomcat did not stop after shutdown due to problem in the jar

merge JABAWS_Release_2_1 into develop

Correct log4j file

update derby.jar and add version number to the library

Improve shutdown of JABAWS and some code style improvements

improve logging system

Refactoring and code style improving

update derby.jar and add version number to the library

change a jsp page (make a link a real link)

change Eclipse configuration

re-configure log4j location in order to allow log4j using both in Eclipse and ant

Remove jar/zip files from git

Modify Eclipse configuration for log4j

Improve building process: log4j.properties is in a right place both in
jabaw.war and Eclipse building

Add SVG version of some logos

Add release date

Add funding page

Misprint correction

Merge branches 'JABAWS_Release_2_1', 'JABAWS_Release_2_1' and 'JABAWS_Release_2_1' of https://source.jalview.org/git/jabaws into JABAWS_Release_2_1

Merge branches 'JABAWS_Release_2_1' and 'JABAWS_Release_2_1' of https://source.jalview.org/git/jabaws into JABAWS_Release_2_1

Conflicts:
website/man_about.html
Tweaked the wording a bit more - introduced standard man_about.html#jabaX.Y.Z style name anchor for update history

Change version number: 2.0 -> 2.0.1
add building min-client without log4j

Some small changes on web pages

typo

grammar

grammar

tweaked opening paragraph for sense and to avoid parentheses

grammar tweak

grammar tweak

add Sasha S to list of authors

invalid XML document header

JWS-50 refactored the valid AACon method parameters as a series of options in the JABAWS config (cont.)

Update manual and other static html page for JABAWS 2.0.1

Update manual and other static html page for JABAWS 2.0.1

Update manual and other static html page for JABAWS 2.0.1

JWS-50 patch AAConWS test for refactoring of calculation parameters to a series of options

Workaround for JWS-61 that resolves JAL-1127

JWS-61 test demonstrating compound option value problem with JABAWS client

JWS-50 refactored the valid AACon method parameters as a series of options in the JABAWS config

New target: full-clean
re-formatted file

remove war/jar files from git

Make configuration file clearer and add new parameters to dundee-conf

JWS-50 refactored the valid AACon method parameters as a series of options in the JABAWS config

JWS-60 removed unused logger reference

Change jar/war file for jabaws-2.1

Change jar/war file for jabaws-2.1

Necessary changes in website for jabaws-2.1

Necessary changes in website for jabaws-2.1

add some additional configuration lines

New project name for developemnt jabaws

Code for cleaning up old job directories

Code for cleaning up old job directories

Delete old job directory automatically

Add new methods

re-formatting code

copy log4j.properties to WEB-INF/classes

Re-formatting files

New build of JABAWS

debug version of /log4j.properties

delete wronigly located log4j.properties

cleat stats array and simplify internal structure

better way to set stat collection time, but should be moved to Engine.*.properties

add Logger to the class

log4j in no longer needed for minimal client

Changes in jar files

IntelliJ profile changes

formatting text

correct comment

Small internal code changes

simplify loops

Add intelliJ configuration files

Website files updated for JABAWS 3.0a

Restore jobsout/README

delete jobsout/README

remove unnecessary import

JWS-55 temporary fix for wrong security configuration

Merge branch 'JABAWS_Release_2_0' of https://source.jalview.org/git/jabaws into develop

JWS-48 patch to ensure JAX-WS 2.1 client code source generation with JAX-WS 2.2 libraries

JWS-43 development deployment context changed to "jabaws" so TestNG web service client tests can run against the development server

JWS-47 patch test to default local JABAWS server and source tidy

JWS-47 override custom/preset analize methods so the input can be validated appropriately for AACons

JWS-47 AACons validation shouldn't be done for generic analysis services

JWS-47 new customAnalize test for IUPredWS - with several unaligned sequences of different lengths.

JWS-44 - attempt to make a file executable if it is supposed to be executable according to jabaws configuration.

JWS-43 eclipse project metadata for dynamic web project directly deployable on development server

Merge branch 'JWS-27-jronn' into develop

Merge branch 'JWS-27-jronn' into JABAWS_Release_2_0

JWS-27 replaced JRonn with patched biojava 3.0.4 version which runs correctly for large sets of sequences in multithreaded mode

Merge branch 'JWS-29' into develop

Merge branch 'JWS-29' into JABAWS_Release_2_0

JWS-29 patch fixes bug - wierd workaround since "^\\s*>" caused scanner to advance to end of file rather than start of next FASTA header

test demonstrating JWS-29 assertion failure