bugfix for writing fasta file without gap characters.

Implemented clustal alignment via jemboss.

Spaces

Various color bugs sorted out

Dispalys rule along top of output

Hscrollbar is shortened

Return color.white if a gap char is detected

getValue method added

Maintain PID or conservation status when changing colour

SequenceGroup is now an array

Send array of groups to renderer

Initial selection bug fixed

FindAllGroups added

Scrollbar at bottom of screen

GetResidueBoxColour altered for faster rendering

Renderer already has graphics context

getResidueBoxColour has been removed for faster rendering

Ignores gaps when searching

random change 3

another dummy.

Group editing is done by control and alt key down

regular expression added

delete gaps bug fixed

must append file:/// at beginning of file launch

irrelevant comment.

Displays number of matches found in search

jalview URL updated and authors in about file

Mac osX doesnt like isControlDown, use alt instead

All optionpane messages must be added to Desktop.desktop

If screensize is small, setSize to be the screenSize

Doesn't draw the white box at the end of a line

Fixed bug in editing by group

Hide apply and undo buttons

Use the isGap method in utils

Output new alignment bug fixed

ilen and jlen no longer +1

Remove redundancy implemented

colours are right, but not the conservation bit!!

no need to send sequence to determine residue colour

Added for the moment, only used by ClustalxColourScheme

No need to sened sequence to determine residue colour

isGap method implemented in utils, and optimized

isGap method implemented in utils

GSlider replaces GConservationIncrementPanel

no more group editing mode. clustal implemented

Displays full id with the help of nowrap

New class

ColourScheme no longer requires sequence

End of GroupEditing, GroupDefiningMode!!!!!

Register with paintrefresher

If selection altered, update RubberbandGroup

All colours added, also sequence menu added

Right mouse brings up Popupmenu

ColourScheme findColour no longer needs sequence

If selection altered, update Rubberband group also

REpainting after graph panel setVisible fixed

SliderPanel added, edit is by mouse click

Removed, SliderPanel replaces this class

isGap method added to utils

Dont try{}catch the findColour method, lets fix this now

HTML ouput is now identical to onscreen view

Enable PID menuitem

PID Colour scheme now operational!

Add Jims name!

Getcolours is not needed ????

Scalepanel has new constructor

Increment panel must call globalcolour or seqeuncegroup colour

Allow userdefined colours for groups

Can now select groups using column selection

Userdefinedcolours works for groups as well

Hastable is not used anywhere

New class for defining groups and selections

Copy, cut and move now done via popup menu

Selection of sequences is continuous

Drawing of group and rubberband corrected

Sequence selection now done via popup menu

must allow for alignment width

Copy, move and delete now done via Popup menu

AddOrRemove function added, start and end res fixed

If groups doesnt contain group, addition is allowed

Hashtable size must allow for total-start

Choosing sort again reverses the sort order

No longer exclusive to SequenceGroups

Now allows multi coloured HTML output

Colours set globally in viewport

Looks to viewportfor global settings

Addition of rubberband

Now draws group, rubberband

sequence selection modified

SELECTED IDS COLOURED LIGHT GRAY

COnservationSelected and rubberband method setup

Colour scheme new global implementation

Colour etc is now globally set

Check if sequence is in group before adding

Use cross platform lookandfeel

Dont use updateResidueView

Space char added

remove import of jbgui

default gap char is -

wont work at present, renderer is null