Changes made for running unittests in our local cluster.

JWS-112 Bumping version of T-Coffee to version 11.00.8cbe486.

JWS-112 Bumping version of Mafft to version 7.310.

JWS-112 Bumping version of ClustalW (src, binaries and windows) to version 2.1.

JWS-112 Bumping version of ClustalO (src, binaries and windows) to version 1.2.4.

Bumped the javac version.

Reverting to the absolute paths that actually exist and are available to other users in the cluster.

Updated configs for testing local/cluster mode in the internal webservices2 boxe.

Added new entries for ignoring .DS_Store and Thumbs.db

Updated the .idea xml configs. This should be ignored but since it is being tracked I decided to push the current changes.

JWS-109 Added a missing figure to the section descrbing the JABAWS codebase structure.

JWS-109 Updated the Documentation pages. Fixed the links and fixed chuncks of text to improve readability.

JWS-109 & JWS-110 Updated the Downloads page so that it follows the same style as the getting started page.

JWS-109 & JWS-113 Improved the readability of the getting started guides. Also removed references to the installation of jpred dependencies.

JWS-109 Updated the home page. Made some changes to the text to improve readability.

JWS-109 Updated the base bootstrap theme header and footer. Also removed unused styling.

JWS-113 Commented Jpred entries in the datamodel, runner and webservices java source code.

JWS-115 Bumping version to jabaws 2.2.

JWS-111 & JWS-109 Fixed some typos.

JWS-111 Fixed the location of the statspages, which are now included within the website folder.

JWS-111 & JWS-109 Re-uploading improved ‘Service Status’ and ‘Usage Statistics’ pages that use the template header and footer, as well as the bootstrap look.

JWS-110 & JWS-109 Added a new downloads (static) page that avoids the signin/registration process.

JWS-109 Added a new documentation root page for improving navigation and listing all the entries in the documentation manual.

JWS-109 Added a new about page for summarising small chunks that were previously spread over several number of pages.

JWS-109 New JSP-based webpages generated from the original HTML files. These pages inherit the template header and footer.

JWS-109 Added new header and footer JSP templates used by all other webpages.

JWS-109 Added some basic styling and js very much inspired in the main Barton website.

JWS-111 & JWS-109 Minor changes to table.css (commented sections) in order to inherit Bootstrap styling.

JWS-111 & JWS-109 Re-uploaded the css styling used in ‘usage statistics’ pages.

JWS-111 & JWS-109 Re-uploading the figures used within usage statistic pages.

JWS-109 Added an animated gif displayed while ‘Service Status’ or ’Usage Statistics’ pages are loading.

JWS-109 Added a new JABAWS 2.2 logo for the website header.

JWS-109 Added some static figures/logos from the Barton website.

JWS-109 Improved logos for the funding bodies for consistency.

JWS-109 Re-uploading a selection of the images that are used in the revised website.

JWS-109 Added a local install of the Font-Awesome 4.7 goodies.

JWS-109 Added a local install of the Bootstrap 3.3 goodies.

JWS-109 Automatic relative path refactoring by IntelliJ. Some paths other relative paths are now probably wrong.

JWS-109 Moved HTML files and some other source files to a backup V_2_1_0 folder. Moving to JSP dynamic page generation.

JWS-114 Commented out ‘cluster’ entries for consistency with other methods.

JWS-114 Added a missing section to Executable.properties.dundee (from Executable.properties).

JWS-113 Commented Jpred entries in various configuration files.

Replace temporary path to the download app with the standard one

Replace links to Download and last edit date

Switch to Java 6 for building

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jabaws into develop

Change for eclipse

JWS-86 edited the text and changed a couple of links (Wcuster, Tcoffee and Muscle)

JWS-86 edited the text and added googlecode link which wasn't active.

JWS-86 made few changes to text, plus couple of links were faulty so changed ClustalW, Muscle and Tcoffee.

JWS-86 edited text

JWS-86 text edits

JWS-86 text edits

Update build.xml file:
1. New targets: core-jar and core-source-jar
2. switch to java 1.7
3. remove aacon-ws-client

modify .gitignore to current JABAWS git structure

Changes to text on the website

Add an old jpred.pl script

Fix problems with tests

Re-design jpred.pl input options: no -seq for a file with 1 FASTA record only.

Define path to UNIREF database in conf/Executable.properties

Diable printing environmental variables in procInput.txt

Remove difinition of UNIREF for JABAWS from jpred.pl

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jabaws into develop

Update information on Jabaws VA

Fix bug with DB checking in jpred.pl

Comment code for future options

JWS-17 regression error - remove unnecessary throws statement

JWS-68 parameters cannot take multiple option names (this should have
been caught via configuration file validation - see JWS-73)

Slightly changed JSP page

Fix wrong error message

Fix problem with HTML code

Fix problem with old Probcons code: couldn't be complied with modern gcc since string.h is needed

Simplify code

Lots of changes for Jabaws 2.1 website

Re-build WS artefacts

Remove still unsupported methods of RegistryWS

Swtich off GA by default

Google analytics receives message with actual Jabaws version

Bug Fixg: testing RNAalifold jobs have been considered as real ones

test WS on internal server in the case of proxying

Add Jabaws version string available in Services

Roll back some changes in WSDL of RegistryWS for some time: restore back compatibility

Add Jabaws version id as publicly available string in webservices

Delete unneeded directory

Change Eclipse configuration

Remove old file

Improve JSP pages

Improve Eclipse project settings

Change default formatting

Refactoring (renaming) 2 classes: AsyncJobRunner.java -> AsyncClusterRunner.java and JobRunner.java -> ClusterRunner.java

Assign JABAService.V2_SERVICE_NAMESPACE to all new services: JpredWS, RNAalifoldWS, MSAprobsWS, GLprobsWS

Fix a problem with JSP page

Replace binaries with one compatible with the dundee cluster

Add all needed infrastructure for MSAprobs and GLprobs

Add measurement of execution time for servlets

Add GLprobs and MSAprobs to binaries

Refactoring: rename duplicated Util classes

add lost exception

Fix problems with tests

JWS-17 re-design behaviour of Option.toString