Fix problems with the servlet based codes. The last revision in the branch.

Merge branch 'master' into servlets

Conflicts:
server/compbio/controllers/DailyStatisticsController.java
server/compbio/controllers/JobExecutionTimeController.java
server/compbio/controllers/SequenceController.java
server/compbio/listeners/ServletJobsByDate.java
server/compbio/listeners/ServletTimeExecution.java
server/compbio/statistic/CassandraRequester.java

Remove obsolete classes

Comment wrong code

Add private methods instead of exteranl dependency

Add private method instead of an exteran dependence

Merge branch 'DAO'

Replace logo figures

check the date in controller, new class dateFormatter

Improve webapp appearance

Fix problem with the registration form

Some tiny technical changes to controllers

Fix problem with default target

Fix problem with access permissions and make better wording for the new servlet

created features report

Add LDAP authentication and enabling Spring logging

remove sourcepath and add ldap jars

1. Move query jsps into a separate directory
2. Re-design getting Principal in controllers

Rename and merge controllers

partly working security: registration form, authorization, simple authentification

Partly working security: registration form, authorisaztion, simple authentication

Add posibility to look at failed jobs

Merge branch 'servlets' of https://source.jalview.org/git/proteocache into servlets

Conflicts:
server/compbio/controllers/JobExecutionTimeController.java
server/compbio/controllers/SequenceController.java
server/compbio/statistic/CassandraRequester.java

delete DataBase beans

Fix problem due to new internal java beans

Merge branch 'servlets' of https://source.jalview.org/git/proteocache into servlets

Conflicts:
server/compbio/controllers/SequenceController.java

Add basic security jars to the project

create DateBean, UserBean, TotalBean

Add additional checks of input parameters

Merge branch 'servlets'

create ProteinBean

Clean up JSP code

Fix problem with different date formats

Add additional checks of input parameters from html forms

Remove system prints

New internal supporting JSP

Improve UI of the website
Remove java code from JSP

Improve visibility of the website

Bug fixed: wrong class object in the logging

Fix problem with the bean

Modify ant build process for the new project structure

Merge branch 'master' into servlets

Conflicts:
WEB-INF/web.xml
website/AllReports.jsp
website/Index.jsp
website/ReportSequenceProtein.jsp

Improve front-end view of the website

Convert servlets into Spring controllers

improve configuration of the main Spring servlet

New bootstrap added

Add servlets for queries with IP

Remove old bootstrap

the new query jobs by ip

First working Spring-based version

PROT-7 fixed a problem with reportProteinSequence

Make all necessary changes for combining old and new servlets

Merge branch 'servlets'

PROT-7 add reportjobbyaday

PROT-7 add servletjobbyday

delete renamed class

Merge branch 'servlets'

Conflicts:
datadb/compbio/cassandra/StructureProteinPrediction.java
server/compbio/statistic/CassandraRequester.java

PROT-7 fixed reports jobs by a day

Improved style

Improve table style

Improve presentation of job on the web (servlet ServletSequenceProtein)

Some tweaks with Reporting JSPs

Merge branch 'servlets'

Conflicts:
.classpath

PROT-7 fixed report by dates

Switch off archiving by default

First working code for archinving Jpred jobs

make internal object private

some code for reporting Cassansdra status

New ProteoCache configuration

Fix problems with Eclipse settings

Merge branch 'servlets'

Better defaults for the JSP

PROT-7 fixed ServletProteinSequence

correct wb.xml

Change structure of CFMerge branch 'servlets' of https://source.jalview.org/git/proteocache into servlets

PROT-4 fixed remover

Merge branch 'servlets'

PROT-4 updated CF JobDateInfo (add new columns), JpredArchive (add column ExecutionStatus), add new CF FailLog

PROT-6 Fix problem with missing proteocache.jar in proteocache.war

PROT-4 updated structure ProteinData (change primary key, add column ExecTime), JpredArchive (add column FinalStatus), CassandraRemover almost finished

PROT-6 A first working, but not tested ant-based build system prepared

Remove internal FastaReader/FastaSequence and replace this with classes from JABAWS

Replace old textng jar with new one

Merge branch 'master' into servlets

PROT-4 Initial code for remover servlet

PROT-5 jars for the histogram servlet

PROT-5 template for the histogram servlet (still not working )

Better proteocache configuration for tests with real Jpred

Add still-not-working code for archiving jobs

Code for Jpred Job java Bean

RIntroduce Bean for Jpred job

Change JpredArchive table

Re-design the parser for inserting alignment-only and failed jobs

Fix bug for inserting job without known predictions

Switch off fillin new tables by default

Fix problem with filling new tables

Rebuild tables for queries

Merge branch 'servlets'

Conflicts:
datadb/compbio/cassandra/CassandraNativeConnector.java
server/compbio/statistic/CassandraRequester.java

Remive interface

Add filling new tables with data from old tables