adjust wording in secondary structure prediction exercise recommending hiding some of the annotations

tweak wording in feature creation exercise

todo for reinstating exercise on editing alignment parameters

minor tweak wording

http to https

fix up ‘enabling group consensus’ in column-based subgroup conservation analysis exercise and mention ‘recommended column’ for creating subgroups

Clarify instructions on how to insert gaps with the mouse

explaining in more detail about disabling feature colours if they are shown in the colouring alignments exercise

minor rewording/style fixing

remind people to look at next page for exercises, and note about ‘homework exercises’ 7 and 8 for course participants

spell out path to menu items in hide/show exercise

ctrl/CMD for toggling sequences in creating groups exercise (the use of shift is demonstrated in another of the exercise’s steps)

comment to slduce about section about jalview projects widowed at end of chapter.

tweaked jalview projects section

Revised exercise 1 - launching Jalview in line with 2.11.1.2 changes

Revised intro about launching Jalview and removed commented out JNLP stuff

ignore eclipse project metadata directory

Just notice an extra space introduced in error. So corrected it and have
submitted this fourth commit. That me done for now.

I have updated the Figure 1.2 (download) and 1.3 (splash screen).

Updated the exercise and related text about launching Jalview. Also
rearranged text so chapter 1 didnt have lots of white space due to
latex's format issues.
Also corrected some typos.

Updated manual after testing Jalview develop

Updated the manual after testing jalview develop

I have read through the text and gone through the exercises (up to
Chapter 9) and updated as appropriate.

JAL-3111 TODOs for next workshop/revision

JAL-3111 clarify exercise step in sub-family covariation analysis

JAL-3111 patch exercises for revised Structure Viewer dialog

version 1.9.2

many image updates and also tweaks for 2.11 release

Updated .project and .gitignore after import to eclipse

rename eclipse project

update gitignore

Two issues were reported  during the Jalview workshop day so  I fixed them.

minor tweaks after proofing prior to 17th November 2017 course

Just spooted a slight format issue

This is the third manual commit. I checked the exercise again and made a few additional changes. It is now ready to send to the printers.

Modified some of the exercises esp the tree and pca exercises. Plus corrected a few typos.

I am committing the edits to the main body of the text. I will work on the exercises next.

version 1.9 of jalview manual

update version to 1.9, and date to today.

Updated info on PCA calculation (SeqSpace vs BLOSUM62)
Structures - new Structure Chooser figure, simplified descriptions in text.
EMBL->ENA

minor rewording, typo fixes, and more complete introduction to the Jalview/UCSF Chimera relationship.

Made changes to improve layout of manual

Changed JNet to JPred  in manual

Correct a few typos.

Updated the some of the images in the manual

dropped out some sections for Glasgow 2016, and quick rework of View 3D Structure instructions.

More exercise tweaks - regularise warnings/platform help, some typos, and reinstated the three-domain pfam alignment/protein-dna structure exercise.
fixed subsection hierarchy, added blurb and tweaked names of chapters...

hints should always be placed on a new line in the exercise.
also add link between the annotation and jpred exercises for the 'homework'

tweak formating before editing exercises.
note about JAL-2118 (new row is sorted when interacted with)

replaced all instances of 'dialogue' with 'dialog'.
shortened 'a video about this exercise' to 'See the video at' for all exercises.
fixed database fetcher exercise.
moved undoing edits to top of 'introducing gaps' section, reordered exercises.
tidied up for Kira's comments up to end chapter 3.
Tidied up chapter 3 summary.

crop to make close all figure (sec 1.3 after Fig 1.7) more visible

I have implemented more of Kira's suggestions. Some of the exercises need more time to do properly. Will return to them.

I have changed the manual in light of Kira's comments.
I have got to page 71 so far.

I haven't changed any figures.

Just updating the date on the manual

I have proof read manual after yesterday edits and have few more corrects to layout.
Again there is something wrong with document and its generating errors but I can still generate a pdf.

I am committing this edits even though there are some errors message.
I think the errors are due to lost pdf links.
I hope to sort this out when Jim is in next.

(A) Polishing the exercises that I have recently created videos for.
(B) Creating 2 new exercises. The first was to divide an existing exercise. The second was to add exercise to open chimera.

Changed pca exercise.
Also tidied up the appearance a little.

I have correct principle/principal typos in four locations in PCA section.

Change wording in MSA section about ordering sequences

Added annotation sections and made few minor changes.

Changes for Feb 2016 SLS course

I have gone through all the exercises in the manual checking them and making changes as appropriate. Most things worked fine but JPred wasnÕt working. I modified the RNA exercise in light of database changes and this is now useable. Some of the images seem to disappeared -might be worth double checking. So Jim I pass the baton onto you.

thursday edits to manual

Reading the pdf I noticed an error in my edits for one of the exercises so corrected it.

Plus I was not sure that I had correctly synced the last lot of correction in team, so i did that this time.

I have added my corrections to chapter 1.
I have 2 other comments
(i) we could update figure 1.1 about Jalview capabilities, as we have a version with Ô3DÕ coloured circles
(ii) In navigation mode section 1.3, it may be helpful to add some text about context sensitive pop up menus. Then users will know them before they met them in an exercise.

Changes added after the London 2014 workshop

Added Mungo's edits and standardised layout

update version/date

commented out defunct exercises, added others, tweaked some language.

new figures for RNA section

SLD has completed her text and exercise edits in Chapter 1.

90% of chapter 1 edits for London workshop. Though I would like to test run the text and exercises more if there was more time.

second commit (to test the process)

Updates for London 2014 workshop

included instructions to use ps2pdf to reduce the size of file generated by pdflatex, and to ensure that special symbols are preserved in the 'optimised for screen' version generated by Adobe Distiller.

v1.4.1 manual

Manual version 1.4.1 updated 18th January for Version 2.8 and EMBL-EBI course

v2.8 new website and logo

v 2.8 logo and new top level help page

v 2.8 logo and authors

v 2.8 capabilitis

v2.8 new database selector for sequence fetcher

2.8 per sequence annotation colouring

2.8 colourschemes

revised pca in v2.8

alignment services in v2.8

v2.8 jabaws config with server status

v2.8 ws menu

v2.8 sequence disorder

v2.8 sequence details window

ignore intermediate files

updated tutorial for Jalview 2.7 - includes contributions from Saif Shehata
(changes were made in June 2012)

update to 1.3.01

fix left-right page numbering and incorrect menu item

updated screen optimized version

updated master document with dna alignment tools table

completed table of jabaws alignment services useful for DNA

jalview manual v1.3 - updated for v2.7 of Jalview with new material for structure superposition and JABA server config.

drag and drop association of PDB structures