From b9434b1e17ba46182976822d61a3667b048d6efe Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Jim Procter Date: Mon, 22 Jun 2015 19:21:59 +0100 Subject: [PATCH] JAL-653 JAL-1780 JAL-1140 added RNAML example alignment file --- examples/testdata/rna-alignment.xml | 1326 +++++++++++++++++++++++++++++++++++ test/jalview/io/RNAMLfileTest.java | 2 +- 2 files changed, 1327 insertions(+), 1 deletion(-) create mode 100644 examples/testdata/rna-alignment.xml diff --git a/examples/testdata/rna-alignment.xml b/examples/testdata/rna-alignment.xml new file mode 100644 index 0000000..60aa433 --- /dev/null +++ b/examples/testdata/rna-alignment.xml @@ -0,0 +1,1326 @@ + + + + + + + + + + + 1 + 249 + + + + gaggaaaguc cggacUUCGC AGAAAAAGGU GCCAGUGAAA AACUGGGGGC CGUAAGGCUA + CGGAAAGUGU AACAGAAAAC AAACCGCUAA UUCUACCUAG GUAAGAUUAG ACAGGAUGAA + AAUGUCGAGC UUAUGGCUCG ACCUCUUUGU GGAAACACAA GGACGCUGCA AACCCCACCU + GAAGCAAGAA AGAGUUCGUU UCAGUUUUUC GCUCAGGAAC UCUUAGAGUC GCUCGAGGAU + UUUGGUGAC + + + + + + + + 15 + + + 184 + + + + + 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+ + + + + + + diff --git a/test/jalview/io/RNAMLfileTest.java b/test/jalview/io/RNAMLfileTest.java index c7e6398..ae9916a 100644 --- a/test/jalview/io/RNAMLfileTest.java +++ b/test/jalview/io/RNAMLfileTest.java @@ -43,7 +43,7 @@ public class RNAMLfileTest public void testRnamlToStockholmIO() { StockholmFileTest.testFileIOwithFormat(new File( - "examples/rna-alignment.xml"), "STH", -1, -1); + "examples/testdata/rna-alignment.xml"), "STH", -1, -1); } -- 1.7.10.2