From 149c4d125eaba81f80bf76548f47f3ba75b384c6 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "cmzmasek@gmail.com" Date: Thu, 29 Nov 2012 07:17:06 +0000 Subject: [PATCH] annotation things --- .../io/parsers/phyloxml/data/AnnotationParser.java | 7 +- forester/java/src/org/forester/test/Test.java | 174 ++++---------------- 2 files changed, 36 insertions(+), 145 deletions(-) diff --git a/forester/java/src/org/forester/io/parsers/phyloxml/data/AnnotationParser.java b/forester/java/src/org/forester/io/parsers/phyloxml/data/AnnotationParser.java index c878170..88a6e8b 100644 --- a/forester/java/src/org/forester/io/parsers/phyloxml/data/AnnotationParser.java +++ b/forester/java/src/org/forester/io/parsers/phyloxml/data/AnnotationParser.java @@ -52,14 +52,13 @@ public class AnnotationParser implements PhylogenyDataPhyloXmlParser { @Override public PhylogenyData parse( final XmlElement element ) throws PhyloXmlDataFormatException { - String ref; + final Annotation annotation; if ( element.isHasAttribute( PhyloXmlMapping.ANNOTATION_REF_ATTR ) ) { - ref = element.getAttribute( PhyloXmlMapping.ANNOTATION_REF_ATTR ); + annotation = new Annotation( element.getAttribute( PhyloXmlMapping.ANNOTATION_REF_ATTR ) ); } else { - ref = "_:_"; + annotation = new Annotation(); } - final Annotation annotation = new Annotation( ref ); if ( element.isHasAttribute( PhyloXmlMapping.ANNOTATION_TYPE_ATTR ) ) { annotation.setType( element.getAttribute( PhyloXmlMapping.ANNOTATION_TYPE_ATTR ) ); } diff --git a/forester/java/src/org/forester/test/Test.java b/forester/java/src/org/forester/test/Test.java index f20c0b3..1ca9fe0 100644 --- a/forester/java/src/org/forester/test/Test.java +++ b/forester/java/src/org/forester/test/Test.java @@ -986,67 +986,67 @@ public final class Test { if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) { return false; } - if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc() + if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc() .equals( "apoptosis" ) ) { return false; } - if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef() + if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef() .equals( "GO:0006915" ) ) { return false; } - if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource() + if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource() .equals( "UniProtKB" ) ) { return false; } - if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence() + if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence() .equals( "experimental" ) ) { return false; } - if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType() + if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType() .equals( "function" ) ) { return false; } - if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence() + if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence() .getValue() != 1 ) { return false; } - if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence() + if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence() .getType().equals( "ml" ) ) { return false; } - if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc() + if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc() .equals( "apoptosis" ) ) { return false; } - if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties() + if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties() .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) { return false; } - if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties() + if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties() .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) { return false; } - if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties() + if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties() .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) { return false; } - if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties() + if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties() .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) { return false; } - if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties() + if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties() .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) { return false; } - if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties() + if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties() .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) { return false; } - if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef() + if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef() .equals( "GO:0005829" ) ) { return false; } - if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc() + if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc() .equals( "intracellular organelle" ) ) { return false; } @@ -1060,114 +1060,6 @@ public final class Test { if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) { return false; } - //if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getDistribution().getDesc().equals( "irgendwo" ) ) ) { - // return false; - //} - // if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1074/jbc.M005889200" ) ) ) { - // return false; - // } - // if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getType().equals( "host" ) ) { - // return false; - // } - // if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) { - // return false; - // } - // if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) { - // return false; - // } - // if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) { - // return false; - // } - // if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) { - // return false; - // } - // if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getType().equals( "ncbi" ) ) { - // return false; - // } - // if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) { - // return false; - // } - // if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getName() - // .equals( "B" ) ) { - // return false; - // } - // if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getFrom() != 21 ) { - // return false; - // } - // if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) { - // return false; - // } - // if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getLength() != 24 ) { - // return false; - // } - // if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ) - // .getConfidence() != 2144 ) { - // return false; - // } - // if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId() - // .equals( "pfam" ) ) { - // return false; - // } - // if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) { - // return false; - // } - // if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) { - // return false; - // } - // if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) { - // return false; - // } - // if ( !t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) { - // return false; - // } - // if ( ( ( BinaryCharacters ) t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() ) - // .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) { - // ; - // return false; - // } - // if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) { - // return false; - // } - // if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) { - // return false; - // } - // if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) { - // return false; - // } - // if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) { - // return false; - // } - // if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) { - // return false; - // } - // if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) { - // return false; - // } - // if ( !t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) { - // return false; - // } - // final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml", - // xml_parser ); - // if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) { - // System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() ); - // return false; - // } - // if ( phylogenies_1.length != 2 ) { - // return false; - // } - // final Phylogeny a = phylogenies_1[ 0 ]; - // if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) { - // return false; - // } - // if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) { - // return false; - // } - // if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) { - // return false; - // } - // if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) { - // return false; - // } } catch ( final Exception e ) { e.printStackTrace( System.out ); @@ -1273,67 +1165,67 @@ public final class Test { .equals( "UniProtKB" ) ) { return false; } - if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc() + if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc() .equals( "apoptosis" ) ) { return false; } - if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef() + if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef() .equals( "GO:0006915" ) ) { return false; } - if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource() + if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource() .equals( "UniProtKB" ) ) { return false; } - if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence() + if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence() .equals( "experimental" ) ) { return false; } - if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType() + if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType() .equals( "function" ) ) { return false; } - if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence() + if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence() .getValue() != 1 ) { return false; } - if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence() + if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence() .getType().equals( "ml" ) ) { return false; } - if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc() + if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc() .equals( "apoptosis" ) ) { return false; } - if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties() + if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties() .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) { return false; } - if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties() + if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties() .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) { return false; } - if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties() + if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties() .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) { return false; } - if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties() + if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties() .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) { return false; } - if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties() + if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties() .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) { return false; } - if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties() + if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties() .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) { return false; } - if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef() + if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef() .equals( "GO:0005829" ) ) { return false; } - if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc() + if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc() .equals( "intracellular organelle" ) ) { return false; } @@ -6958,7 +6850,7 @@ public final class Test { final GSDI sdi = new GSDI( gt, s1, true, true, true ); } final IntMatrix m = RIO.calculateOrthologTable( g1 ); - System.out.println( m.toString() ); + // System.out.println( m.toString() ); } catch ( final Exception e ) { e.printStackTrace(); -- 1.7.10.2