From 2225de01834745c2cb224424401745278bc8539d Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "cmzmasek@gmail.com" Date: Sat, 17 Nov 2012 03:53:05 +0000 Subject: [PATCH] "rio" work --- forester/test_data/Bcl-2_e1_20_mafft_05_40_fme.mlt | 100 + forester/test_data/Bcl-2_e1_20_mafft_05_40_fme.xml | 4013 +++++++++++++ forester/test_data/species.xml | 6262 ++++++++++++++++++++ 3 files changed, 10375 insertions(+) create mode 100644 forester/test_data/Bcl-2_e1_20_mafft_05_40_fme.mlt create mode 100644 forester/test_data/Bcl-2_e1_20_mafft_05_40_fme.xml create mode 100644 forester/test_data/species.xml diff --git a/forester/test_data/Bcl-2_e1_20_mafft_05_40_fme.mlt b/forester/test_data/Bcl-2_e1_20_mafft_05_40_fme.mlt new file mode 100644 index 0000000..e668931 --- /dev/null +++ b/forester/test_data/Bcl-2_e1_20_mafft_05_40_fme.mlt @@ -0,0 +1,100 @@ 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http://www.mbweni.com/images/Mbweni%20Images/naturetrail/small-earedgalago.jpg + + + + + + + 37347 + TUPBE + Tupaia belangeri + Common tree shrew + Tupaia glis belangeri + species + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/4/44/Tupaia_belangeri.JPG/800px-Tupaia_belangeri.JPG + + + + + + 314147 + Glires + Rodents and rabbits + + + + 9989 + Rodentia + order + + + Ctenohystrica & Mouse-related clade + + Rodent phylogeny revised: analysis of six nuclear genes from all major rodent clades. + + + + Mouse-related clade + + + + 337687 + Muroidea + + + + 39107 + Murinae + subfamily + + + + 10090 + MOUSE + Mus musculus + Mouse + species + http://www.zoologi.no/patlas/images/husmus-RS.jpg + + + + + 10116 + RAT + Rattus norvegicus + Rat + species + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/0/01/Rattus_norvegicus_1.jpg + + + + + + 10036 + MESAU + Mesocricetus auratus + Golden hamster + species + http://www.zipcodezoo.com/hp350/Mesocricetus_auratus_0.jpg + + + + + + 10020 + DIPOR + Dipodomys ordii + Ord's kangaroo rat + species + http://www.nsrl.ttu.edu/tmot1/images/dipoordi.jpg + + + + + + 10141 + CAVPO + Cavia porcellus + Guinea pig + species + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/7/77/Guinea_1.jpg + + + + + + 43179 + SPETR + Spermophilus tridecemlineatus + Thirteen-lined ground squirrel + Ictidomys tridecemlineatus + species + http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/resources/phil_myers/ADW_mammals/Rodentia/Spermophilus4345.jpg/medium.jpg + + + + + + 9975 + Lagomorpha + Rabbits, hares, pikas + order + + + + 9978 + OCHPR + Ochotona princeps + Southern American pika + species + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/3/3b/Ochotona_princeps.jpg + + + + + 9986 + RABIT + Oryctolagus cuniculus + Rabbit + species + http://www.animalpictures.tk/wp-content/uploads/pictures/pictures-of-rabbit-pictures-818.jpg + http://greennature.com/gallery/farm-animal-pictures/albino_rabbit.jpg + + + + + + + + 314145 + Laurasiatheria + superorder + + + + Scrotifera + + + Perissodactyla & Cetartiodactyla & Chiroptera + + Perissodactyla & Cetartiodactyla + + + 91561 + Cetartiodactyla + Even-toed ungulates + + + Cetruminantia & Suina + + + Cetruminantia + + + + 9895 + Bovidae + family + + + + 9913 + BOVIN + Bos taurus + Bovine + Bos bovis + species + http://www.biolib.cz/IMG/GAL/18578.jpg + + + + + 9940 + SHEEP + Ovis aries + Sheep + species + http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/resources/james_dowlinghealey/blacksheep.jpg/medium.jpg + + + + + + 9721 + Cetacea + Whales + order + + + + 9771 + BALMU + Balaenoptera musculus + Blue whale + species + http://2.bp.blogspot.com/_W90V87w3sr8/TT63uRT_U9I/AAAAAAAAAo8/to9O8zEeo7k/s1600/bluewhale.jpg + + + + + 9739 + TURTR + Tursiops truncatus + Atlantic bottle-nosed dolphin + Delphinus truncatus + species + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/a/a6/Bottlenose_Dolphin_KSC04pd0178.jpg/800px-Bottlenose_Dolphin_KSC04pd0178.jpg + + + + + + + 9823 + PIG + Sus scrofa + Pig + species + http://www.batraciens-reptiles.com/sus%20scrofa2.jpg + + + + + + 30538 + LAMPA + Lama guanicoe pacos + Alpaca + Lama pacos + species + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/8f/A_group_of_Alpacas_on_a_property_including_cria.jpg/800px-A_group_of_Alpacas_on_a_property_including_cria.jpg + + + + + + 9796 + HORSE + Equus caballus + Horse + species + http://calphotos.berkeley.edu/imgs/512x768/0000_0000/0801/0088.jpeg + + + + + + 9397 + Chiroptera + Bats + order + + + + 59463 + MYOLU + Myotis lucifugus + Little brown bat + species + http://biology.lakeheadu.ca/uploads/Nature_photography/brown_bat.jpg + + + + + 132908 + PTEVA + Pteropus vampyrus + Large flying fox + species + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/5/5e/Pteropus_vampyrus1.jpg/412px-Pteropus_vampyrus1.jpg + + + + + + Carnivora + + 33554 + Carnivora + order + + + + 379584 + Caniformia + suborder + + + + 9646 + AILME + Ailuropoda melanoleuca + Giant panda + species + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/3/3c/Giant_Panda_2004-03-2.jpg/800px-Giant_Panda_2004-03-2.jpg + + + + + 9615 + CANFA + Canis familiaris + Dog + Canis lupus familiaris + subspecies + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/ab/Wikilabrador_jardin.JPG + + + + + + 9685 + FELCA + Felis catus + Cat + Felis silvestris catus + species + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/9/9b/Domestic_cat_cropped.jpg/755px-Domestic_cat_cropped.jpg + + + + + + + 9362 + Insectivora + hedgehogs, shrews, moles and others + order + + + + 9365 + ERIEU + Erinaceus europaeus + Western European hedgehog + species + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/d4/Igel01.jpg + + + + + 42254 + SORAR + Sorex araneus + Eurasian common shrew + European shrew + species + http://www.batraciens-reptiles.com/musaraigne2.jpg + + + + + + + + Atlantogenata + + + + 311790 + Afrotheria + superorder + + + + Paenungulata + + + + 9785 + LOXAF + Loxodonta africana + African savanna elephant + species + http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/resources/susan_hoffman/elephants.jpg + + + + + 9813 + PROCA + Procavia capensis + Cape hyrax + Rock dassie + species + http://calphotos.berkeley.edu/imgs/512x768/0000_0000/1206/0460.jpeg + + + + + + 9371 + ECHTE + Echinops telfairi + Lesser hedgehog tenrec + species + http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/resources/david_kupitz/etelfairi.jpg + + + + + + 9348 + Xenarthra + Edentata + superorder + + + + 9358 + CHOHO + Choloepus hoffmanni + Hoffmann's two-fingered sloth + species + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/89/Sloth8.jpg/800px-Sloth8.jpg + + + + + 9361 + DASNO + Dasypus novemcinctus + Nine-banded armadillo + species + http://images.enature.com/mammals/mammals_l/ma0154_1l.jpg + http://anthropometaphors.files.wordpress.com/2008/11/nine-banded-armadillo41.jpg + + + + + + + + 9263 + Metatheria + Marsupials + + + + 0 + 0 + 0 + + + + First combined cladistic analysis of marsupial mammal interrelationships + + + + + + Eometatheria + + + + 9315 + MACEU + Macropus eugenii + Tammar wallaby + species + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/de/Macropus_eugenii.jpg + + + + + 9305 + SARHA + Sarcophilus harrisii + Tasmanian devil + Sarcophilus laniarius + species + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/3/3b/Sarcophilus_harrisii_-Healesville_Sanctuary-8a.jpg/727px-Sarcophilus_harrisii_-Healesville_Sanctuary-8a.jpg + + + + + + 13616 + MONDO + Monodelphis domestica + Short-tailed gray opossum + species + http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/resources/phil_myers/classic/monodelphis.jpg/medium.jpg + + + + + + + 9258 + ORNAN + Ornithorhynchus anatinus + Duckbill platypus + species + http://www.biolib.cz/IMG/GAL/39610.jpg + + + + + Diapsida + + Neognathae + + 8825 + Neognathae + superorder + + + Phasianidae & Anatidae (waterfowl) + + + 9005 + Phasianidae + family + + + + 9031 + CHICK + Gallus gallus + Chicken + Gallus domesticus + species + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/f/f8/Rooster04_adjusted.jpg/800px-Rooster04_adjusted.jpg + + + + + 9103 + MELGA + Meleagris gallopavo + Common turkey + species + http://calphotos.berkeley.edu/imgs/512x768/0000_0000/0205/0858.jpeg + + + + + + 8839 + ANAPL + Anas platyrhynchos + Domestic duck + Anas boschas + species + http://content.ornith.cornell.edu/UEWebApp/images/MPR_070302_100009_L.jpg + + + + + + 59729 + TAEGU + Taeniopygia guttata + Zebra finch + Poephila guttata + species + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/84/Taeniopygia_guttata_-_front_view_-_dundee_wildlife_park.jpg/355px-Taeniopygia_guttata_-_front_view_-_dundee_wildlife_park.jpg + + + + + + 795869 + ANOCA + Anolis carolinensis + Voigt, 1832 + Green anole + American chameleon + species + http://content61.eol.org/content/2009/09/20/01/05528_580_360.jpg + http://content61.eol.org/content/2008/10/08/13/66818_580_360.jpg + + + + + + + 8364 + XENTR + Xenopus tropicalis + Western clawed frog + Silurana tropicalis + species + http://genoweb.univ-rennes1.fr/OGP/xenopus%20tropicalis.jpg + + + + + Teleostei + + 32443 + Teleostei + + + + 123368 + Acanthomorpha + + + + 32485 + Percomorpha + + + Smegmamorpha + + + 69293 + GASAC + Gasterosteus aculeatus + Three-spined stickleback + species + http://www.fiskbasen.se/images/gasterosteus_aculeatus.jpg + + + + + 8090 + ORYLA + Oryzias latipes + Medaka fish + Japanese ricefish + species + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/49/Nihonmedaka.jpg + + + + + + 31031 + Tetraodontidae + puffers + family + + + + 31033 + FUGRU + Takifugu rubripes + Japanese pufferfish + Fugu rubripes + species + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/2/25/Fugu_in_Tank.jpg/800px-Fugu_in_Tank.jpg + + + + + 99883 + TETNG + Tetraodon nigroviridis + Green puffer + Chelonodon nigroviridis + species + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/b/b6/Tetraodon_nigroviridis_1.jpg/800px-Tetraodon_nigroviridis_1.jpg + + + + + + + 8049 + GADMO + Gadus morhua + Atlantic cod + species + http://www.marinbi.com/g-morhua.jpg + + + + + + 7955 + DANRE + Danio rerio + Zebrafish + Brachydanio rerio + species + http://fishbase.org.cn/images/species/Darer_m0.jpg + + + + + + + 7868 + CALMI + Callorhynchus milii + Australian ghost shark + Australian ghost shark + species + http://www.tudiscovery.com/tiburones/que_es/popup_que/asset/07914907646434433_elephant_shark_380x290.jpg + + + + + + 7757 + PETMA + Petromyzon marinus + Sea lamprey + species + http://www.uk-fish.info/pics/sealampray01.jpg + + + + + Urochordata + + 7712 + Urochordata + subphylum + + + + 7718 + Ciona + genus + + + + 7719 + CIOIN + Ciona intestinalis + Transparent sea squirt + Ascidia intestinalis + species + http://adl.brs.gov.au/marinepests/images/Ciona_intestinalis2.jpg + + + + + 51511 + CIOSA + Ciona savignyi + Pacific transparent sea squirt + species + http://www.pnwscuba.com/invasives/photos/ciona4.jpg + + + + + + 34765 + OIKDI + Oikopleura dioica + Tunicate + species + http://jellieszone.com/images/oikopleura.jpg + + + + + + + 7739 + BRAFL + Branchiostoma floridae + Florida lancelet + Amphioxus + species + http://genome.jgi-psf.org/Brafl1/Amphioxus-1.jpg + + + + + Hemichordata & Echinodermata + + + 10224 + SACKO + Saccoglossus kowalevskii + Agassiz, 1873 + Acorn worm + species + http://www.amnh.org/exhibitions/hall_tour/spectrum/specimens/a158.jpg + + + + + 7668 + STRPU + Strongylocentrotus purpuratus + Purple sea urchin + species + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/f/f4/Strongylocentrotus_purpuratus_1.jpg/724px-Strongylocentrotus_purpuratus_1.jpg + + + + + + Protostomia + + Ecdysozoa + + + 6656 + Arthropoda + phylum + + + + 197563 + Mandibulata + + + Pancrustacea + + + 33340 + Neoptera + subclass + + + + 33392 + Endopterygota + infraclass + + + Hymenoptera & Lepidoptera & Diptera + + Lepidoptera & Diptera + + + 7147 + Diptera + order + + + + 7157 + Culicidae + mosquitos + family + + + + 7159 + AEDAE + Aedes aegypti + Yellowfever mosquito + Culex aegypti + species + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/4/48/Aedes_aegypti_biting_human.jpg/757px-Aedes_aegypti_biting_human.jpg + + + + + 7165 + ANOGA + Anopheles gambiae + African malaria mosquito + species + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/e9/Anopheles_gambiae_Mosquito.jpg + + + + + + 32341 + Sophophora + subgenus + + + + 7227 + DROME + Drosophila melanogaster + Fruit fly + species + + + + + 46245 + DROPS + Drosophila pseudoobscura pseudoobscura + Fruit fly + subspecies + + + + + + + 7091 + BOMMO + Bombyx mori + Silk moth + species + + + + + + 7400 + Apocrita + wasps, ants and bees + + + + 7460 + APIME + Apis mellifera + Honeybee + species + + + + + 7425 + NASVI + Nasonia vitripennis + Parasitic wasp + species + + + + + + + 7070 + TRICA + Tribolium castaneum + Red flour beetle + species + + + + + + 7524 + Hemiptera + order + + + + 7029 + ACYPI + Acyrthosiphon pisum + Pea aphid + species + + + + + 13249 + RHOPR + Rhodnius prolixus + Triatomid bug + species + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/b/b9/Rhodnius_prolixus.jpg + + + + + + + 6658 + Branchiopoda + class + + + + 6661 + ARTSF + Artemia franciscana + Brine shrimp + Artemia sanfranciscana + species + http://www.alireza-asem.ir/images/Artemia.jpg + + + + + 6669 + DAPPU + Daphnia pulex + Water flea + species + http://www.microscopy-uk.org.uk/mag/imgjun99/daphni.jpg + + + + + + + 61985 + Myriapoda + subphylum + + + + 7553 + Diplopoda + millipedes + class + + + + 118561 + Helminthomorpha + subclass + + + + 364406 + Antrokoreana gracilipes + species + http://www.gwbaekdu.com/data/2d/%EA%B3%A1%EC%84%9D%EA%B5%B4_4(%EB%93%B1%EC%A4%84%EA%B5%B4%EB%85%B8%EB%9E%98%EA%B8%B0).jpg + + + + + 174156 + NARAN + Narceus annularis + Millipede + species + http://i.pbase.com/g4/59/68959/2/59864073.narceus0705062large.jpg + + + + + + 52428 + Polyxenus lagurus + bristly millipede + species + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/5/54/Polyxenus.lagurus.1.jpg + + + + + + 7540 + Chilopoda + centipedes + class + + + + 29022 + SCUCO + Scutigera coleoptrata + House centipede + species + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/1/14/Scutigera_coleoptrata.JPG + + + + + 126957 + Strigamia maritima + species + http://images.marinespecies.org/resized/22703_strigamia-maritima-male-loch-linnhe-scotland.jpg + + + + + + + + 6945 + IXOSC + Ixodes scapularis + Black-legged tick + Deer tick + species + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8c/Deertick.jpg + + + + + + 119089 + Chromadorea + class + + + + + nematode Clade V + + Caenorhabditis + + 6237 + Caenorhabditis + genus + + + + 6238 + CAEBR + Caenorhabditis briggsae + species + + + + + 6239 + CAEEL + Caenorhabditis elegans + species + + + + + + 54126 + PRIPA + Pristionchus pacificus + species + + + + + + 6279 + BRUMA + Brugia malayi + Filarial nematode worm + species + + + + + + Lophotrochozoa + + Annelida & Mollusca + + + 6340 + Annelida + phylum + + + CAP + + 283909 + Capitella teleta + species + + + + + 6412 + HELRO + Helobdella robusta + Californian leech + species + + + + + + 225164 + LOTGI + Lottia gigantea + Owl limpet + species + + + + + + 6157 + Platyhelminthes + phylum + + + + 6183 + SCHMA + Schistosoma mansoni + Blood fluke + species + + + + + 79327 + SCHMD + Schmidtea mediterranea + Freshwater planarian flatworm + species + + + + + + + + Cnidaria + + 6073 + Cnidaria + phylum + + + + 6102 + Hexacorallia + Ceriantipatharia + Zoantharia + subclass + + + + 45351 + NEMVE + Nematostella vectensis + Starlet sea anemone + species + + + + + 70779 + ACRDI + Acropora digitifera + Staghorn coral + species + http://www.botany.hawaii.edu/basch/uhnpscesu/htms/NPSAcorl/images/acropori/acrdigitif7.jpg + + + + + + 9119928 + HYDMA + Hydra magnipapillata + Ito, 1947 + species + http://www.nig.ac.jp/labs/OntoGen/magni.html + + + + + + + 10228 + TRIAD + Trichoplax adhaerens + Trichoplax reptans + species + + + + + + + + 400682 + AMPQU + Amphimedon queenslandica + species + + + + + + 81524 + Codonosigidae + family + + + + 81824 + MONBE + Monosiga brevicollis + Choanoflagellate + species + + + + + 946362 + SALS5 + Salpingoeca rosetta + Proterospongia sp. ATCC 50818 + Salpingoeca sp. ATCC 50818 + species + + + + + + Ichthyophonida & Filasterea + + + 198625 + Ichthyophonida + order + + + + 4881 + AMOPA + Amoebidium parasiticum + species + http://www.diark.org/img/species_pict/Amoebidium_parasiticum + + + + SPHARC + + 72019 + Sphaeroforma arctica + species + http://www.sciencedirect.com/cache/MiamiImageURL/1-s2.0-S0168952507000236-gr2.jpg + + + + + + Filasterea + + + + + + + CAPOWC + + 192875 + Capsaspora owczarzaki + species + + + + MINVIB + + 134558 + Ministeria vibrans + species + + + + + + + + Holomycota + Nucletmycea + + + + 4751 + Fungi + kingdom + + + Dikarya & Mucoromycotina & Kickxellomycotina & Blastocladiomycota & Chytridiomycota & Neocallimastigomycota + + Dikarya & Mucoromycotina & Kickxellomycotina & Blastocladiomycota & Chytridiomycota + + Dikarya & Mucoromycotina & Kickxellomycotina & Blastocladiomycota + + Dikarya & Mucoromycotina & Kickxellomycotina + + Dikarya & Mucoromycotina + + + 451864 + Dikarya + subkingdom + + + + + + + + 4890 + Ascomycota + phylum + + + Pezizomycotina_Saccharomycetales + + + 147538 + Pezizomycotina + Euascomycota + subphylum + + + A five-gene phylogeny of Pezizomycotina + + + + + + 716546 + Leotiomyceta + + + Sordariomyceta & Dothideomycetes & Trichocomaceae & Lecanoromycetes + + Sordariomyceta & Dothideomycetes & Lecanoromycetes + + Sordariomyceta & Lecanoromycetes + + + 715989 + Sordariomyceta + + + + 147550 + Sordariomycetes + class + + + Magnaporthales & Hypocreales + + + 5125 + Hypocreales + order + + + ACRALC + + 398408 + Acremonium alcalophilum + species + http://genome.jgi-psf.org/public/Acral1_c3a/Acral1.jpg + + + + + 29875 + TRIVE + Trichoderma virens + Gliocladium virens + Trichoderma virens + species + + + + + + 148305 + MAGGR + Magnaporthe grisea + Rice blast fungus + Pyricularia grisea + species + + + + + + 5139 + Sordariales + order + + + + 35718 + Chaetomiaceae + family + + + + 35719 + Thielavia + genus + + + MYCTHE + + 573728 + Myceliophthora thermophila + (Apinis) Oorschot 1977 + Sporotrichum thermophilum + anamorph of Thielavia heterothallica + species + http://genome.jgi-psf.org/public/Spoth2/Spoth0.jpg + + + + THITER + + 193532 + Thielavia terrestris + Malloch & Cain 1972 + Acremonium alabamense + species + http://genome.jgi-psf.org/public/Thite2/Thite1.jpg + + + + + + 1029505 + CHAGB + Chaetomium globosum + Kunze 1817 + Soil fungus + species + + + + + + 5141 + NEUCR + Neurospora crassa + species + + + + + + + 147548 + Leotiomycetes + class + + + + 28983 + Sclerotiniaceae + family + + + + 40559 + BOTFU + Botryotinia fuckeliana + Noble rot fungus + Botrytis cinerea + species + + + + + 5180 + SCLSC + Sclerotinia sclerotiorum + White mold + Whetzelinia sclerotiorum + species + + + + + OIDMAI + + 78148 + Oidiodendron maius + species + + + + + + + 388435 + Lecanoromycetidae + subclass + + + CLAGRA + + 27339 + Cladonia grayi + Cladonia grayi Merr + species + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/b/b6/Cladonia_grayi-11.jpg + + + + XANPAR + + 107463 + Xanthoria parietina + species + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/7/70/Xanthoria_parietina_%2806_03_31%29.jpg/800px-Xanthoria_parietina_%2806_03_31%29.jpg + + + + + + + 147541 + Dothideomycetes + class + + + A class-wide phylogenetic assessment of Dothideomycetes + + + + 134362 + Capnodiales + order + + + + 41254 + Mycosphaerella + genus + + + MYCFI + + 83344 + Mycosphaerella fijiensis + species + + + + MYCPOP + + 85929 + Mycosphaerella populorum + Septoria musiva + species + + + + + BAUCOM + + 430998 + Baudoinia compniacensis + species + http://www.diark.org/img/species_pict/Baudoinia_compniacensis + + + + + + 715340 + Pleosporineae + suborder + + + + 28556 + Pleosporaceae + family + + + Cochliobolus & Setosphaeria + + + 5015 + Cochliobolus + genus + + + + 5016 + COCHE + Cochliobolus heterostrophus + Drechslera maydis + species + + + + + 45130 + COCSA + Cochliobolus sativus + Bipolaris sorokiniana + species + http://www.plantmanagementnetwork.org/pub/php/diagnosticguide/2003/rootrot/image/mathre6sm.jpg + + + + + + 93612 + SETTU + Setosphaeria turcica + (Luttr.) K.J. Leonard & Suggs, (1974) + Northern corn leaf blight disease fungus + Exserohilum turcicum + Helminthosporium turcicum + species + http://www.pflanzenkrankheiten.ch/diseases/STU/figures_STU/HTU_Mais_Mik_7_k.jpg + http://www.pflanzenkrankheiten.ch/diseases/STU/figures_STU/Exserohilum_turcicum_001_k.jpg + + + + + + 426418 + PYRTR + Pyrenophora tritici-repentis (strain Pt-1C-BFP) + Wheat tan spot fungus + Drechslera tritici-repentis + + + + + + 13684 + PHANO + Phaeosphaeria nodorum + Glume blotch fungus + Septoria nodorum + species + + + + + + + + 28568 + Trichocomaceae + family + + + Neosartorya_Emericella + + + 195546 + EMENI + Emericella nidulans + Vuill. 1927 + Aspergillus nidulans + species + + + + + 331117 + NEOFI + Neosartorya fischeri (strain ATCC 1020 / DSM 3700 / FGSC A1164 / NRRL 181) + Aspergillus fischerianus + + + + + + 5052 + Aspergillus + genus + + + + 5059 + ASPFL + Aspergillus flavus + species + + + + + 5061 + ASPNG + Aspergillus niger + species + + + + + + + + 33183 + Onygenales + order + + + + 5501 + COCIM + Coccidioides immitis + Valley fever fungus + species + + + + + 336963 + UNCRE + Uncinocarpus reesii (strain UAMH 1704) + + + + + + + 656061 + TUBMM + Tuber melanosporum (strain Mel28) + Perigord black truffle + Tuber melanosporum Mel28 + http://www.gmvmonza.org/images%20parco/Tuber%20melanosporum%20p106.jpg + + + + + + 4892 + Saccharomycetales + budding yeasts + order + + + Candida & Debaryomyces & Saccharomycetacea + + + 4893 + Saccharomycetaceae + family + + + Saccharomyces_Pichia + + Saccharomyces + + + 27288 + SACCA + Saccharomyces castellii + Yeast + Saccharomyces castellii + species + + + + + 4932 + YEAST + Saccharomyces cerevisiae + Baker's yeast + species + + + + + + 4905 + PICAN + Pichia angusta + Yeast + Hansenula polymorpha + species + + + + + Kluyveromyces & Ashbya + + Kluyveromyces + + + 28985 + KLULA + Kluyveromyces lactis + Yeast + Candida sphaerica + species + + + + + 4914 + KLUWA + Kluyveromyces waltii + Yeast + species + + + + + + 33169 + ASHGO + Ashbya gossypii + Yeast + Eremothecium gossypii + species + + + + + + Candida & Debaryomyces + + + 5475 + Candida + genus + + + + 5476 + CANAL + Candida albicans + Yeast + species + + + + + 5482 + CANTR + Candida tropicalis + Yeast + species + + + + + + 4959 + DEBHA + Debaryomyces hansenii + Yeast + Torulaspora hansenii + species + + + + + + + 4952 + YARLI + Yarrowia lipolytica + Candida lipolytica + species + + + + + + + 451866 + Taphrinomycotina + subphylum + + + Pneumocystidomycetes & Schizosaccharomycetes + + + 4895 + Schizosaccharomyces + genus + + + + 4897 + SCHJP + Schizosaccharomyces japonicus + Fission yeast + species + + + + + 4896 + SCHPO + Schizosaccharomyces pombe + Fission yeast + species + + + + + + 4754 + PNECA + Pneumocystis carinii + species + + + + + SAICOM + + 5606 + Saitoella complicata + species + + + + + + + 5204 + Basidiomycota + phylum + + + Agaricomycotina & Ustilaginomycotina & Pucciniomycotina + + Agaricomycotina & Ustilaginomycotina + + + 5302 + Agaricomycotina + + + + 155619 + Homobasidiomycetes + class + + + Evolution of complex fruiting–body morphologies in homobasidiomycetes + + + Agaricomycetidae & Gloeophyllum & Aphyllophorales + + Agaricomycetidae & Gloeophyllum + + + 452333 + Agaricomycetidae + subclass + + + Agaricales & Boletales + + + 5338 + Agaricales + order + + + Agaricus & Coprinopsis & Laccaria & Pleurotus + + Agaricus & Coprinopsis & Laccaria + + Agaricus & Coprinopsis + + AGABB + + 192524 + Agaricus bisporus var. burnettii + http://www.mykoweb.com/CAF/photos/Agaricus_bisporus(fs-03).jpg + + + + + 5346 + COPCI + Coprinopsis cinerea + Inky cap fungus + Hormographiella aspergillata + species + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/e9/Coprinopsis.cinerea.-.lindsey.jpg + + + + + + 29883 + LACBI + Laccaria bicolor + Bicoloured deceiver + Laccaria laccata var. bicolor + species + https://www.llnl.gov/news/newsreleases/2006/images/Laccaria_big.jpg + + + + + GYMLUX + + 206324 + Gymnopus luxurians + species + http://www.mushroomexpert.com/images/kuo3/gymnopus_luxurians_02.jpg + + + + + + 5322 + PLEOS + Pleurotus ostreatus + Oyster mushroom + White-rot fungus + species + http://botit.botany.wisc.edu/toms_fungi/images/post1.jpg + + + + + + 68889 + Boletales + Melanogastrales + Sclerodermatales + order + + + + 227334 + Coniophorineae + suborder + + + CONPUT + + 80637 + Coniophora puteana + Schum. ex Fries + cellar fungus + species + http://genome.jgi-psf.org/public/Conpu1/P1240066_dp.jpg + + + + SERLAC + + 85982 + Serpula lacrymans + dry rot fungus + species + http://www.biolib.cz/IMG/GAL/BIG/18135.jpg + + + + + HYDPIN + + 388859 + Hydnomerulius pinastri + Spiny dry rot fungus + species + http://mycoweb-stv.narod.ru/fungi/Submitted/STV1/Hydnomerulius_pinastri_1_STV_20100913.jpg + + + + + + JAAARG + + 202697 + Jaapia argillacea + species + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/f/f4/Jaapia-argillacea.jpeg/640px-Jaapia-argillacea.jpeg + + + + + + 104355 + GLOTR + Gloeophyllum trabeum + Brown rot fungus + species + http://www.cbs.knaw.nl/images/Images_CBSFungi/CD/0001/0008/Gloeophyllum_trabeum.jpg + + + + + + 5303 + Aphyllophorales + Gäum. (1926) + Shelf Fungi + Polyporales + order + + + + 83233 + Coriolaceae + family + + + The phylogenetic distribution of resupinate forms across the major clades of mushroom-forming fungi (Homobasidiomycetes) + + + + + + + Postia & Fomitopsis & Wolfiporia & Trametes + + Antrodia clade + + Antrodia clade + + + FOMPIN + + 40483 + Fomitopsis pinicola + P. Karst. 1881 + Red banded polypore + Fomes pinicola + species + http://content6.eol.org/content/2009/06/07/01/48471_large.jpg + + + + POSPL + + 104341 + Postia placenta + species + http://www.commanster.eu/commanster/Mushrooms/Polypore/SuPolypore/Postia.placenta.jpg + + + + + core polyporoid clade + + core polyporoid clade + + + + 5325 + TRAVE + Trametes versicolor + (L.) Lloyd 1921 + White-rot fungus + Coriolus versicolor + Bjerkandera versicolor + species + http://www.mykoweb.com/CAF/photos/Trametes_versicolor(bab-1).jpg + http://www.mykoweb.com/CAF/photos/Trametes_versicolor(bab-2).jpg + http://www.mykoweb.com/CAF/photos/Trametes_versicolor(mgw-01).jpg + http://genome.jgi-psf.org/public/Trave1/Trametes_versicolor.JPG + + + + WOLCOC + + 81056 + Wolfiporia cocos + species + http://toolate.s7.coreserver.jp/kinoko/fungi/wolfiporia_cocos/w_cocos_002.jpg + + + + + + + 42742 + CERSU + Ceriporiopsis subvermispora + species + + + + + DICSQU + + 114155 + Dichomitus squalens + (P. Karst.) D. A. Reid 1965 + Red rot + Polyporus anceps + species + http://www.fs.fed.us/r3/resources/health/field-guide/images/large/sds-f199-large.jpg + + + + + + + 13563 + HETAN + Heterobasidion annosum + Root rot fungus + species + + + + + + 5215 + Tremellaceae + family + + + + 5207 + CRYNE + Cryptococcus neoformans + Filobasidiella neoformans + species + + + + + 1029985 + TREME + Tremella mesenterica + Pers. 1800 + Jelly fungus + Yellow Brain + Tremella lutescens + species + + + + + + + 452284 + Ustilaginomycotina + subphylum + + + + 425265 + MALGO + Malassezia globosa (strain ATCC MYA-4612 / CBS 7966) + Dandruff-associated fungus + + + + + 5270 + USTMA + Ustilago maydis + Smut fungus + species + + + + + + + 29000 + Pucciniomycotina + subphylum + + + + 5258 + Pucciniales + rusts + order + + + + 156696 + MELLP + Melampsora laricis-populina + Kleb. 1902 + Melampsora larici-populina + Melampsora laricipopulina + species + + + + + 1029947 + PUCGR + Puccinia graminis + Pers. 1794 + Black stem rust fungus + Wheat rust + species + + + + + + 89013 + mitosporic Sporidiobolales + + + + 29898 + RHOGR + Rhodotorula graminis + Yeast + species + + + + SPORO + + 1013696 + Sporobolomyces roseus + Kluyver & C. B. Niel 1924 + species + + + + + + + + 148960 + WALSE + Wallemia sebi + species + + + + + + + 451507 + Mucoromycotina + subphylum + + + + 34489 + Mucoraceae + family + + + + 36080 + MUCCI + Mucor circinelloides + Mucor griseo-roseus + species + + + + + 64495 + RHIOR + Rhizopus oryzae + Rhizopus delemar + species + + + + + MORVER + + 78898 + Mortierella verticillata + species + http://www.diark.org/img/species_pict/Mortierella_verticillata + + + + + + COEREV + + 61392 + Coemansia reversa + species + + + + + + 28583 + ALLMA + Allomyces macrogynus + species + + + + + + 4761 + Chytridiomycota + chytrids + Mastigomycotina + phylum + + + + 451435 + Chytridiomycetes + class + + + + 109871 + BATDE + Batrachochytrium dendrobatidis + Frog chytrid fungus + species + + + + + 109760 + SPIPN + Spizellomyces punctatus + species + + + + + GONPRO + + 157984 + Gonapodya prolifera + A. Fisch. 1892 + species + http://genome.jgi-psf.org/public/Ganpr1/Picture5.jpg + + + + + + PIRSPE + + 73868 + Piromyces sp. E2 + species + http://www.bsu.edu/classes/ruch/msa/barr/4-17.jpg + + + + + + 6035 + ENCCU + Encephalitozoon cuniculi + Microsporidian parasite + species + + + + + Fonticula & Nucleariidae + + + + FONALB + + 691883 + Fonticula alba + Fonticula alba Worley, Raper & Hohl. 1979 + species + + + + NUCSIM + + 154970 + Nuclearia simplex + species + + + + + + + THETRA + + 529818 + Thecamonas trahens + species + + + + + Amoebozoa + + 554915 + Amoebozoa + + + Dictyostelium + + 5782 + Dictyostelium + genus + + + + 44689 + DICDI + Dictyostelium discoideum + Slime mold + species + + + + + 5786 + DICPU + Dictyostelium purpureum + Slime mold + species + + + + + + 5759 + ENTHI + Entamoeba histolytica + species + + + + + + Bikonta + + + + Corticata + + Archaeplastida + + + 33090 + Viridiplantae + green plants + kingdom + + + + 3193 + Embryophyta + + + + 58023 + Tracheophyta + + + + 3398 + Magnoliophyta + flowering plants + Angiospermae + + + + 71240 + eudicotyledons + + + + 91827 + core eudicotyledons + + + + 71275 + rosids + subclass + + + fabids & malvids + + + 91835 + fabids + + + Rosales & Cucurbitales & Fabales + + Rosales & Cucurbitales + + + 3745 + Rosaceae + family + + + + 57918 + FRAVE + Fragaria vesca + Woodland strawberry + Fragaria vesca L. + European strawberry + alpine strawberry + species + http://www.boga.ruhr-uni-bochum.de/html/Fragaria.vesca.ja6.jpg + http://caliban.mpiz-koeln.mpg.de/thome/band3/tafel_092_small.jpg + + + + + 3760 + PRUPE + Prunus persica + Peach + Persica vulgaris + Amygdalus persica + species + http://www.mezhenskyjv.narod.ru/foto_sortov/dokaz.jpg + + + + + + 3659 + CUCSA + Cucumis sativus + Cucumber + species + + + + + + 3814 + Papilionoideae + subfamily + + + + 3847 + SOYBN + Glycine max + cv. Wye + Soybean + Glycine hispida + species + + + + + 3880 + MEDTR + Medicago truncatula + Barrel medic + Medicago tribuloides + species + http://crdp.ac-besancon.fr/flore/FABACEAE/photos/medicago_truncatula_30.jpg + + + + + + + 3646 + Malpighiales + order + + + + 3977 + Euphorbiaceae + family + + + + 3983 + MANES + Manihot esculenta + Tapioca + Jatropha manihot + species + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/9/99/Iwata_kenichi_cassava.jpg + + + + + 3988 + RICCO + Ricinus communis + Castor bean + Ricinus sanguineus + species + http://nmorganics.net/wp-content/uploads/2011/09/castor.jpg + + + + + + 3694 + POPTR + Populus trichocarpa + Western balsam poplar + Populus balsamifera subsp. trichocarpa + species + + + + + + + 91836 + malvids + + + Brassicales & Sapindales + + + 3699 + Brassicales + order + + + + 3700 + Brassicaceae + family + + + + 3701 + Arabidopsis + genus + + + + 59689 + ARALY + Arabidopsis lyrata + Lyre-leaved rock-cress + species + + + + + 3702 + ARATH + Arabidopsis thaliana + Mouse-ear cress + species + + + + + + 98038 + THEHA + Thellungiella halophila + Salt cress + species + http://thellungiella.org/images/thellun1.jpg + + + + + + 3649 + CARPA + Carica papaya + Papaya + species + http://www.biopix.com/photos/jko-carica-papaya-00412.jpg + http://www.texasriviera.com/greenthumbs/papaya10.jpg + + + + + + 2706 + Citrus + genus + + + CITCLE + + 85681 + Citrus clementina + Citrus clementina hort. ex Tanaka + species + http://palmen-bolschetz.de/images/citrus%20clementine.jpg + + + + + 2711 + CITSI + Citrus sinensis + Sweet orange + Citrus x sinensis + Citrus aurantium var. sinensis + species + http://www.west-crete.com/flowers/photos/citrus_sinensis-1.jpg + + + + + + + 71139 + EUCGR + Eucalyptus grandis + Flooded gum + species + http://www.calflora.net/losangelesarboretum/images/eucalyptus_grandis.jpg + http://www.anbg.gov.au/projects/eucalypts/images/eucalyptus-grandis-bark.jpg + + + + + + + 582304 + VITVI + Vitis vinifera + Grape + species + + + + + + 91888 + lamiids + + + + 4070 + Solanaceae + family + + + + 4107 + Solanum + genus + + + + 49274 + Lycopersicon + subgenus + + + + 4081 + SOLLC + Solanum lycopersicum + Tomato + Lycopersicon esculentum + species + http://calphotos.berkeley.edu/imgs/512x768/0000_0000/0905/1214.jpeg + + + + + 4084 + SOLPI + Solanum pimpinellifolium + Currant tomato + Lycopersicon pimpinellifolium + species + http://botany.csdl.tamu.edu/FLORA/hdwimages2/hdwt4-14.jpg + + + + + + uniprot + SOLTU + Solanum tuberosum + Potato + species + http://www.hear.org/starr/images/images/plants/600/starr-080914-9947.jpg + + + + + + 4097 + TOBAC + Nicotiana tabacum + Common tobacco + species + http://calphotos.berkeley.edu/imgs/512x768/0000_0000/0105/2073.jpeg + + + + + + 4155 + MIMGU + Mimulus guttatus + Yellow monkey flower + Yellow monkey flower + species + + + + + + + 218851 + AQUCA + Aquilegia caerulea + E.James + Rocky mountain columbine + Aquilegia coerulea + species + http://content9.eol.org/content/2010/01/01/03/15137_large.jpg + + + + + + 4479 + Poaceae + grass family + Gramineae + family + + + + 147369 + Panicoideae + Link, 1827 + Centothecoideae + subfamily + + + + 147429 + Andropogoneae + Dumort., 1824 + tribe + + + + 4558 + SORBI + Sorghum bicolor + Sorghum + Sorghum vulgare + species + + + + + 4577 + MAIZE + Zea mays + Maize + species + + + + + + 147428 + Paniceae + tribe + + + PANVIR + + 38727 + Panicum virgatum + switchgrass + species + http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/2/29/PanicumVirgatum.jpg/220px-PanicumVirgatum.jpg + + + + + 4555 + SETIT + Setaria italica + Foxtail millet + Panicum italicum + species + http://en.academic.ru/pictures/enwiki/83/Setaria_italica0.jpg + + + + + + + 359160 + BEP clade + + + + 4527 + Oryza + genus + + + + 4530 + ORYSA + Oryza sativa + Rice + species + + + + + 39947 + ORYSJ + Oryza sativa subsp. japonica + Rice + + + + + + 15368 + BRADI + Brachypodium distachyon + Purple false brome + Trachynia distachya + species + http://content5.eol.org/content/2011/01/15/20/16311_large.jpg + + + + + + + + 34167 + SELMO + Selaginella mollis + Moss + species + + + + + + 145481 + PHYPA + Physcomitrella patens subsp. patens + Moss + subspecies + + + + + + 3041 + Chlorophyta + phylum + + + + 13792 + Mamiellales + order + + + + 70447 + Ostreococcus + genus + + + + 436017 + OSTLU + Ostreococcus lucimarinus (strain CCE9901) + + + + + 70448 + OSTTA + Ostreococcus tauri + species + + + + + + 38832 + Micromonas + genus + + + + 564608 + MICPC + Micromonas pusilla (strain CCMP1545) + Picoplanktonic green alga + + + + + 296587 + MICSR + Micromonas sp. (strain RCC299 / NOUM17) + Picoplanktonic green alga + Micromonas sp. RCC299 + species + + + + + + Trebouxiophyceae & Chlorophyceae + + + 75966 + Trebouxiophyceae + class + + + ASTSPC + + 763042 + Asterochloris sp. Cgr/DA1pho + species + http://genome.jgi-psf.org/Astpho1/Figure_3.jpg + + + + CHLVUL + + 574566 + Coccomyxa sp. C-169 + Chlorella vulgaris C-169 + species + + + + + + 3042 + Chlamydomonadales + order + + + + 3055 + CHLRE + Chlamydomonas reinhardtii + Chlamydomonas smithii + species + + + + + 3067 + VOLCA + Volvox carteri + Green alga + species + + + + + + + + + 45157 + CYAME + Cyanidioschyzon merolae + Red alga + species + http://merolae.biol.s.u-tokyo.ac.jp/ + + + + + Chromalveolate + + + + Heterokonta_Alveolata + + Alveolata + + 33630 + Alveolata + + + + 5794 + Apicomplexa + phylum + + + + 422676 + Aconoidasida + class + + + + 5820 + Plasmodium + genus + + + + 5825 + PLACH + Plasmodium chabaudi + species + + + + + 73239 + PLAYO + Plasmodium yoelii yoelii + subspecies + + + + + Theileria + + 5873 + Theileria + genus + + + + 5874 + THEAN + Theileria annulata + species + + + + + 5875 + THEPA + Theileria parva + species + + + + + + + 423054 + Eimeriorina + suborder + + + + 5806 + Cryptosporidium + genus + + + + 237895 + CRYHO + Cryptosporidium hominis + species + + + + + 5807 + CRYPV + Cryptosporidium parvum + species + + + + + Eimeria & Toxoplasma + + + 0 + 0 + 0 + + + + The Apicomplexan Whole-Genome Phylogeny: An Analysis of Incongruence among Gene Trees + + + + + + 5802 + EIMTE + Eimeria tenella + Coccidian parasite + species + http://www.k-state.edu/parasitology/625tutorials/FIGtenella.jpg + + + + + 5811 + TOXGO + Toxoplasma gondii + species + + + + + + + + 6020 + Oligohymenophorea + class + + + + 5888 + PARTE + Paramecium tetraurelia + species + + + + + 5911 + TETTH + Tetrahymena thermophila + species + + + + + + Heterokonta + + 33634 + stramenopiles + Chromophyta + + + Pelagophyceae_Bacillariophyta + + + 2836 + Bacillariophyta + diatoms + phylum + + + + 33850 + Bacillariophycidae + + + + 911694 + FRACY + Fragilariopsis cylindrus + Krieger + Nitzschia cylindrus + species + + + + + 912693 + PHATR + Phaeodactylum tricornutum + Bohlin + species + + + + + + 916868 + THAPS + Thalassiosira pseudonana + Hasle & Heimdal + Marine diatom + Cyclotella nana + species + + + + + + 912461 + AURAN + Aureococcus anophagefferens + Hargraves & Sieburth + species + + + + + + 4783 + Phytophthora + genus + + + + 4787 + PHYIN + Phytophthora infestans + Potato late blight fungus + species + + + + PHYSO + + 67593 + Phytophthora sojae + species + + + + + + + + 2903 + EMIHU + Emiliania huxleyi + species + + + + + + Excavata + + + + Kinetoplastida_Heterolobosea + + + 5654 + Trypanosomatidae + family + + + + 5664 + LEIMA + Leishmania major + species + + + + + 5702 + TRYBB + Trypanosoma brucei brucei + subspecies + + + + + + 5762 + NAEGR + Naegleria gruberi + Amoeba + species + + + + + Metamonada + + + 5741 + GIALA + Giardia lamblia + Giardia intestinalis + Giardia lamblia + species + + + + + 5722 + TRIVA + Trichomonas vaginalis + species + + + + + + + + Archaea + + 2157 + Archaea + superkingdom + + + a_62 + + a_56 + + + 28890 + Euryarchaeota + phylum + + + a_44 + + a_28 + + a_26 + + + 224756 + Methanomicrobia + class + + + a_14 + + a_12 + + + 2206 + Methanosarcinaceae + family + + + + 2207 + Methanosarcina + genus + + + a_2 + + + 2214 + METAC + Methanosarcina acetivorans + species + + + + + 269797 + METBF + Methanosarcina barkeri (strain Fusaro / DSM 804) + + + + + + 2209 + METMA + Methanosarcina mazei + Methanosarcina frisia + species + + + + + + 259564 + METBU + Methanococcoides burtonii (strain DSM 6242) + + + + + a_11 + + 2191 + Methanomicrobiales + order + + + a_9 + + + 456442 + METB6 + Methanoregula boonei (strain 6A8) + + + + + 2203 + METHU + Methanospirillum hungatei + species + + + + + + 368407 + METMJ + Methanoculleus marisnigri (strain ATCC 35101 / DSM 1498 / JR1) + + + + + + + 410358 + METLZ + Methanocorpusculum labreanum (strain ATCC 43576 / DSM 4855 / Z) + + + + + + 349307 + METTP + Methanosaeta thermophila (strain DSM 6194 / PT) + Methanothrix thermophila (strain DSM 6194 / PT) + + + + + a_25 + + 2236 + Halobacteriaceae + family + + + a_23 + + a_19 + + + 2238 + HALMA + Haloarcula marismortui + Halobacterium marismortui + species + + + + + 2257 + NATPH + Natronomonas pharaonis + Natronobacterium pharaonis + species + + + + + a_22 + + 2239 + Halobacterium + genus + + + + 478009 + HALS3 + Halobacterium salinarum (strain ATCC 29341 / DSM 671 / R1) + + + + + 2243 + HALSP + Halobacterium sp. + species + + + + + + + 362976 + HALWD + Haloquadratum walsbyi (strain DSM 16790) + + + + + + + 2234 + ARCFU + Archaeoglobus fulgidus + species + + + + + a_43 + + a_41 + + a_35 + + 2182 + Methanococcales + order + + + a_31 + + + 2190 + METJA + Methanocaldococcus jannaschii + Methanococcus jannaschii + species + + + + + 419665 + META3 + Methanococcus aeolicus (strain Nankai-3 / ATCC BAA-1280) + + + + + a_34 + + 2184 + Methanococcus + genus + + + + 39152 + METMP + Methanococcus maripaludis + Methanococcus deltae + species + + + + + 406327 + METVS + Methanococcus vannielii (strain SB / ATCC 35089 / DSM 1224) + + + + + + a_40 + + 2159 + Methanobacteriaceae + family + + + a_38 + + + 420247 + METS3 + Methanobrevibacter smithii (strain PS / ATCC 35061 / DSM 861) + + + + + 339860 + METST + Methanosphaera stadtmanae (strain DSM 3091) + + + + + + 187420 + METTH + Methanobacterium thermoautotrophicum + + + + + + + 2320 + METKA + Methanopyrus kandleri + species + + + + + + a_51 + + 2259 + Thermococcaceae + family + + + a_47 + + + 2261 + PYRFU + Pyrococcus furiosus + species + + + + + 69014 + PYRKO + Pyrococcus kodakaraensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) + Thermococcus kodakaraensis (strain KOD1) + + + + + a_50 + + 2260 + Pyrococcus + genus + + + + 29292 + PYRAB + Pyrococcus abyssi + species + + + + + 53953 + PYRHO + Pyrococcus horikoshii + species + + + + + + + a_55 + + + 228908 + NANEQ + Nanoarchaeum equitans (strain Kin4-M) + + + + + 436308 + NITMS + Nitrosopumilus maritimus (strain SCM1) + + + + + + + 2301 + Thermoplasmatales + order + + + a_59 + + 2302 + Thermoplasma + genus + + + + 273075 + THEAC + Thermoplasma acidophilum (strain ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165) + + + + + 273116 + THEVO + Thermoplasma volcanium (strain ATCC 51530 / DSM 4299 / IFO 15438 / JCM 9571 / GSS1) + + + + + + 263820 + PICTO + Picrophilus torridus (strain ATCC 700027 / DSM 9790 / JCM 10055 / NBRC 100828) + + + + + + a_93 + + + 183924 + Thermoprotei + class + + + a_83 + + a_81 + + a_73 + + 2267 + Thermoproteaceae + family + + + a_71 + + a_67 + + 2276 + Pyrobaculum + genus + + + a_65 + + + 340102 + PYRAR + Pyrobaculum arsenaticum (strain DSM 13514 / JCM 11321) + + + + + 410359 + PYRCJ + Pyrobaculum calidifontis (strain JCM 11548 / VA1) + + + + + + 13773 + PYRAE + Pyrobaculum aerophilum + species + + + + + a_70 + + + 384616 + PYRIL + Pyrobaculum islandicum (strain DSM 4184 / JCM 9189) + + + + + 444157 + THENV + Thermoproteus neutrophilus (strain DSM 2338 / JCM 9278 / V24Sta) + + + + + + + 397948 + CALMQ + Caldivirga maquilingensis (strain ATCC 700844 / DSMZ 13496 / JCM 10307 / IC-167) + + + + + a_80 + + 118883 + Sulfolobaceae + family + + + a_78 + + 2284 + Sulfolobus + genus + + + a_76 + + + 2285 + SULAC + Sulfolobus acidocaldarius + species + + + + + 273063 + SULTO + Sulfolobus tokodaii (strain DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7) + + + + + + 2287 + SULSO + Sulfolobus solfataricus + species + + + + + + 399549 + METS5 + Metallosphaera sedula (strain ATCC 51363 / DSM 5348) + + + + + + + 56636 + AERPE + Aeropyrum pernix + species + + + + + a_90 + + a_88 + + a_86 + + + 399550 + STAMF + Staphylothermus marinus (strain ATCC 43588 / DSM 3639 / F1) + + + + + 368408 + THEPD + Thermofilum pendens (strain Hrk 5) + + + + + + 415426 + HYPBU + Hyperthermus butylicus (strain DSM 5456 / JCM 9403) + + + + + + 453591 + IGNH4 + Ignicoccus hospitalis (strain KIN4/I / DSM 18386 / JCM 14125) + + + + + + + 374847 + KORCO + Korarchaeum cryptofilum (strain OPF8) + + + + + + + + 2 + Bacteria + superkingdom + + + b_278 + + b_268 + + b_226 + + b_200 + + b_194 + + b_104 + + b_80 + + + 1224 + Proteobacteria + phylum + + + b_52 + + b_44 + + b_30 + + b_24 + + 1236 + Gammaproteobacteria + class + + + b_16 + + b_10 + + 543 + Enterobacteriaceae + family + + + b_8 + + b_6 + + b_4 + + b_2 + + 561 + Escherichia + genus + + + + 83333 + ECOLI + Escherichia coli (strain K12) + + + + + 83334 + ECO57 + Escherichia coli O157:H7 + + + + + + 623 + SHIFL + Shigella flexneri + species + + + + + + 90371 + SALTY + Salmonella typhimurium + + + + + + 632 + YERPE + Yersinia pestis + species + + + + + + 29488 + PHOLU + Photorhabdus luminescens + Xenorhabdus luminescens + species + + + + + b_15 + + b_13 + + 641 + Vibrionaceae + family + + + + 74109 + PHOPR + Photobacterium profundum + Photobacterium sp. (strain SS9) + species + + + + + 666 + VIBCH + Vibrio cholerae + species + + + + + + 318161 + SHEDO + Shewanella denitrificans (strain OS217 / ATCC BAA-1090 / DSM 15013) + + + + + + b_23 + + b_21 + + 286 + Pseudomonas + genus + + + b_19 + + + 220664 + PSEF5 + Pseudomonas fluorescens (strain Pf-5 / ATCC BAA-477) + + + + + 205922 + PSEPF + Pseudomonas fluorescens (strain Pf0-1) + + + + + + 287 + PSEAE + Pseudomonas aeruginosa + species + + + + + + 290398 + CHRSD + Chromohalobacter salexigens (strain DSM 3043 / ATCC BAA-138 / NCIMB 13768) + + + + + + b_29 + + 28216 + Betaproteobacteria + class + + + + 159087 + DECAR + Dechloromonas aromatica (strain RCB) + + + + + 266264 + RALME + Ralstonia metallidurans (strain CH34 / ATCC 43123 / DSM 2839) + + + + + + b_43 + + b_41 + + b_35 + + 28216 + Betaproteobacteria + class + + + b_33 + + 206379 + Nitrosomonadaceae + family + + + + 915 + NITEU + Nitrosomonas europaea + species + + + + + 323848 + NITMU + Nitrosospira multiformis (strain ATCC 25196 / NCIMB 11849) + + + + + + 36861 + THIDE + Thiobacillus denitrificans + species + + + + + b_40 + + 135613 + Chromatiales + order + + + b_38 + + 72276 + Ectothiorhodospiraceae + purple sulfur bacteria + family + + + + 187272 + ALHEH + Alkalilimnicola ehrlichei (strain MLHE-1) + + + + + 349124 + HALHL + Halorhodospira halophila (strain DSM 244 / SL1) + Ectothiorhodospira halophila (strain DSM 244 / SL1) + + + + + + 323261 + NITOC + Nitrosococcus oceani (strain ATCC 19707 / NCIMB 11848) + + + + + + + 317025 + THICR + Thiomicrospira crunogena (strain XCL-2) + + + + + + b_51 + + 1236 + Gammaproteobacteria + class + + + b_47 + + + 135577 + IDILO + Idiomarina loihiensis + species + + + + + 446 + LEGPN + Legionella pneumophila + species + + + + + b_50 + + 32033 + Xanthomonadaceae + family + + + + 92829 + XANAC + Xanthomonas axonopodis pv. citri + Citrus canker + + + + + 183190 + XYLFT + Xylella fastidiosa (strain Temecula1 / ATCC 700964) + + + + + + + b_71 + + 28211 + Alphaproteobacteria + class + + + b_67 + + b_65 + + b_61 + + 356 + Rhizobiales + order + + + b_57 + + 227290 + Rhizobium/Agrobacterium group + + + + 176299 + AGRT5 + Agrobacterium tumefaciens (strain C58 / ATCC 33970) + + + + + 347834 + RHIEC + Rhizobium etli (strain CFN 42 / ATCC 51251) + + + + + b_60 + + 41294 + Bradyrhizobiaceae + family + + + + 375 + BRAJA + Bradyrhizobium japonicum + species + + + + + 395960 + RHOPT + Rhodopseudomonas palustris (strain TIE-1) + + + + + + b_64 + + 31989 + Rhodobacteraceae + family + + + + 349101 + RHOS1 + Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17029 / ATH 2.4.9) + + + + + 375451 + ROSDO + Roseobacter denitrificans (strain ATCC 33942 / OCh 114) + Erythrobacter sp. (strain OCh 114) + Roseobacter denitrificans + + + + + + + 155892 + CAUCR + Caulobacter crescentus + Caulobacter vibrioides + species + + + + + b_70 + + 204441 + Rhodospirillales + order + + + + 524 + ACICY + Acidiphilium cryptum + species + + + + + 1085 + RHORU + Rhodospirillum rubrum + species + + + + + + + b_79 + + b_77 + + 1224 + Proteobacteria + phylum + + + b_75 + + 712 + Pasteurellaceae + family + + + + 727 + HAEIN + Haemophilus influenzae + species + + + + + 747 + PASMU + Pasteurella multocida + species + + + + + + 487 + NEIME + Neisseria meningitidis + species + + + + + + 905 + ACIFE + Acidaminococcus fermentans + species + + + + + + b_103 + + b_91 + + 28221 + Deltaproteobacteria + class + + + b_87 + + b_83 + + + 84980 + DESPS + Desulfotalea psychrophila + species + + + + + 876 + DESDE + Desulfovibrio desulfuricans + species + + + + + + 56780 + SYNAS + Syntrophus aciditrophicus (strain SB) + + + + + b_90 + + 28231 + Geobacter + genus + + + + 28232 + GEOME + Geobacter metallireducens + species + + + + + 35554 + GEOSL + Geobacter sulfurreducens + species + + + + + + b_102 + + b_98 + + b_94 + + 31 + Myxococcaceae + family + + + + 290397 + ANADE + Anaeromyxobacter dehalogenans (strain 2CP-C) + + + + + 34 + MYXXA + Myxococcus xanthus + species + + + + + b_97 + + 57723 + Acidobacteria + phylum + + + + 204669 + ACIBL + Acidobacteria bacterium (strain Ellin345) + + + + + 332163 + SOLUS + Solibacter usitatus + species + + + + + + + 265606 + RHOBA + Rhodopirellula baltica + species + + + + + + + b_193 + + b_163 + + b_133 + + Chloroflexi & Actinobacteria + + + 200795 + Chloroflexi + GNS bacteria + Thermomicrobia + phylum + + + + 32061 + Chloroflexi (class) + Chloroflecales + Chloroflexus/Deinococcus group + class + + + b_122 + + 1106 + Chloroflexaceae + filamentous anoxygenic phototrophic bacteria + family + + + + 1108 + CHLAU + Chloroflexus aurantiacus + species + + + + + 383372 + ROSCS + Roseiflexus castenholzii (strain DSM 13941 / HLO8) + species + + + + + + 65 + HERAU + Herpetosiphon aurantiacus + Herpetosiphon giganteus + species + + + + + + 479434 + SPHTD + Sphaerobacter thermophilus (strain DSM 20745 / S 6022) + strain + + + + + + 201174 + Actinobacteria + phylum + + + + 2037 + Actinomycetales + order + + + b_115 + + + 266940 + KINRD + Kineococcus radiotolerans (strain ATCC BAA-149 / DSM 14245 / SRS30216) + + + + + 1032480 + MICPN + Microlunatus phosphovorus (strain ATCC 700054 / DSM 10555 / JCM 9379 / NBRC 101784 / NCIMB 13414 / VKM Ac-1990 / NM-1) + Microlunatus phosphovorus NM-1 + strain + + + + + + 85007 + Corynebacterineae + suborder + + + + 1763 + Mycobacterium + genus + + + + 1769 + MYCLE + Mycobacterium leprae + species + + + + + 1773 + MYCTU + Mycobacterium tuberculosis + species + + + + + + 632772 + RHOOB + Rhodococcus opacus (strain B4) + strain + + + + + + + 266117 + RUBXD + Rubrobacter xylanophilus (strain DSM 9941 / NBRC 16129) + + + + + + b_132 + + 188787 + Deinococci + class + + + b_130 + + 1298 + Deinococcus + genus + + + + 319795 + DEIGD + Deinococcus geothermalis (strain DSM 11300) + + + + + 1299 + DEIRA + Deinococcus radiodurans + species + + + + + + 274 + THETH + Thermus thermophilus + species + + + + + + b_162 + + 1117 + Cyanobacteria + phylum + + + b_154 + + b_152 + + b_146 + + b_144 + + b_142 + + b_138 + + 1162 + Nostocaceae + family + + + b_136 + + + 1172 + ANAVA + Anabaena variabilis + species + + + + + 28072 + NOSS7 + Nostoc sp. (strain PCC 7524) + species + + + + + + 63737 + NOSP7 + Nostoc punctiforme (strain ATCC 29133 / PCC 73102) + + + + + + 155978 + ACAMR + Acaryochloris marina + species + + + + + + 449447 + MICAN + Microcystis aeruginosa (strain NIES-843) + + + + + + 1206 + TRIER + Trichodesmium erythraeum + species + + + + + b_149 + + 1118 + Chroococcales + order + + + + 32046 + SYNEL + Synechococcus elongatus + species + + + + + 1148 + SYNY3 + Synechocystis sp. (strain PCC 6803) + species + + + + + + + 33072 + GLOVI + Gloeobacter violaceus + species + + + + + b_161 + + b_159 + + 1218 + Prochlorococcus + genus + + + b_157 + + + 1219 + PROMA + Prochlorococcus marinus + species + + + + + 59919 + PROMP + Prochlorococcus marinus subsp. pastoris (strain CCMP1986 / MED4) + + + + + + 74547 + PROMM + Prochlorococcus marinus (strain MIT 9313) + + + + + + 64471 + SYNS3 + Synechococcus sp. (strain CC9311) + species + + + + + + + b_192 + + b_190 + + b_178 + + b_176 + + 191412 + Chlorobiaceae + family + + + b_170 + + b_166 + + + 331678 + CHLPB + Chlorobium phaeobacteroides (strain BS1) + + + + + 1102 + PROAE + Prosthecochloris aestuarii + species + + + + + b_169 + + 274493 + Chlorobium/Pelodictyon group + + + + 1100 + PELLU + Pelodictyon luteolum + species + + + + + 290318 + PROVI + Prosthecochloris vibrioformis (strain DSM 265) + Chlorobium vibrioforme subsp. thiosulfatophilum (strain DSM 265) + Chlorobium phaeovibrioides (strain DSM 265) + + + + + + b_175 + + b_173 + + 256319 + Chlorobaculum + genus + + + + 517417 + CHLP8 + Chlorobaculum parvum (strain NCIB 8327) + Chlorobium vibrioforme subsp. thiosulfatophilum (strain DSM 263 / NCIB 8327) + + + + + 1097 + CHLTE + Chlorobium tepidum + species + + + + + + 340177 + CHLCH + Chlorobium chlorochromatii (strain CaD3) + + + + + + + 315277 + CHLTA + Chlamydia trachomatis serovar A (strain HAR-13 / ATCC VR-571B) + + + + + b_189 + + 976 + Bacteroidetes + phylum + + + b_183 + + b_181 + + 49546 + Flavobacteriaceae + family + + + + 986 + FLAJO + Flavobacterium johnsoniae + Cytophaga johnsonae + species + + + + + 411154 + GRAFK + Gramella forsetii (strain KT0803) + + + + + + 269798 + CYTH3 + Cytophaga hutchinsonii (strain ATCC 33406 / NCIMB 9469) + + + + + b_188 + + 171549 + Bacteroidales + order + + + b_186 + + 816 + Bacteroides + genus + + + + 817 + BACFR + Bacteroides fragilis + species + + + + + 818 + BACTN + Bacteroides thetaiotaomicron + species + + + + + + 837 + PORGI + Porphyromonas gingivalis + Bacteroides gingivalis + species + + + + + + + + 309807 + SALRD + Salinibacter ruber (strain DSM 13855 / M31) + + + + + + + b_199 + + b_197 + + Verrucomicrobia + + + + 349741 + AKKM8 + Akkermansia muciniphila (strain ATCC BAA-835) + + + + + 481448 + METI4 + Methylacidiphilum infernorum (isolate V4) + Methylokorus infernorum (strain V4) + + + + + + 44275 + LEPIC + Leptospira interrogans serogroup Icterohaemorrhagiae serovar copenhageni + + + + + + b_225 + + b_219 + + 1239 + Firmicutes + phylum + + + b_213 + + + 1385 + Bacillales + order + + + + 186817 + Bacillaceae + family + + + + 1386 + Bacillus + genus + + + + 86661 + Bacillus cereus group + + + + 1392 + BACAN + Bacillus anthracis + species + + + + + 572264 + BACC3 + Bacillus cereus (strain 03BB102) + strain + + + + + + 1423 + BACSU + Bacillus subtilis + species + + + + + b_206 + + + 86665 + BACHD + Bacillus halodurans + species + + + + + 1462 + GEOKA + Geobacillus kaustophilus + species + + + + + + b_210 + + + 1639 + LISMO + Listeria monocytogenes + species + + + + + 1280 + STAAU + Staphylococcus aureus + species + + + + + + + 195103 + CLOP1 + Clostridium perfringens (strain ATCC 13124 / NCTC 8237 / Type A) + + + + + Clostridia + + 186801 + Clostridia + class + + + b_218 + + b_216 + + 186814 + Thermoanaerobacteriaceae + family + + + + 246194 + CARHZ + Carboxydothermus hydrogenoformans (strain Z-2901 / DSM 6008) + + + + + 119072 + THETN + Thermoanaerobacter tengcongensis + species + + + + + + 49338 + DESHA + Desulfitobacterium hafniense + Desulfitobacterium frappieri + species + + + + + + 515619 + EUBR3 + Eubacterium rectale (strain ATCC 33656 / VPI 0990) + + + + + + b_224 + + 188709 + Thermotogaceae + family + + + b_222 + + + 381764 + FERNB + Fervidobacterium nodosum (strain ATCC 35602 / DSM 5306 / Rt17-B1) + + + + + 416591 + THELT + Thermotoga lettingae (strain ATCC BAA-301 / DSM 14385 / TMO) + + + + + + 2336 + THEMA + Thermotoga maritima + species + + + + + + + b_267 + + b_263 + + b_251 + + b_249 + + b_245 + + b_237 + + b_233 + + 31969 + Mollicutes + class + + + b_231 + + b_229 + + Mycoplasma + + + + 2097 + MYCGE + Mycoplasma genitalium + species + + + + + 2104 + MYCPN + Mycoplasma pneumoniae + species + + + + + + 2151 + MESFL + Mesoplasma florum + Acholeplasma florum + species + + + + + + 134821 + UREPA + Ureaplasma parvum + Ureaplasma urealyticum biotype 1 + species + + + + + b_236 + + 137 + Spirochaetaceae + family + + + + 139 + BORBU + Borrelia burgdorferi + Lyme disease spirochete + species + + + + + 160 + TREPA + Treponema pallidum + species + + + + + + b_244 + + b_242 + + 1113537 + Chlamydia/Chlamydophila group + + + b_240 + + + 83558 + CHLPN + Chlamydia pneumoniae + Chlamydophila pneumoniae + species + + + + + 264202 + CHLFF + Chlamydophila felis (strain Fe/C-56) + + + + + + 83560 + CHLMU + Chlamydia muridarum + species + + + + + + 785 + RICTY + Rickettsia typhi + species + + + + + + + 28211 + Alphaproteobacteria + class + + + + 38323 + BARHE + Bartonella henselae + Rochalimaea henselae + species + + + + + 780 + Rickettsia + genus + + + + 452659 + RICRO + Rickettsia rickettsii (strain Iowa) + strain + + + + + 391896 + RICB8 + Rickettsia bellii (strain OSU 85-389) + + + + + + + + 263 + FRATU + Francisella tularensis + species + + + + + b_262 + + b_260 + + b_258 + + 186826 + Lactobacillales + order + + + b_256 + + 1300 + Streptococcaceae + family + + + b_254 + + 1301 + Streptococcus + genus + + + + 1313 + STRPN + Streptococcus pneumoniae + species + + + + + 1314 + STRPY + Streptococcus pyogenes + species + + + + + + 1360 + LACLA + Lactococcus lactis subsp. lactis + Streptococcus lactis + subspecies + + + + + + 1579 + LACAC + Lactobacillus acidophilus + species + + + + + + 216816 + BIFLO + Bifidobacterium longum + species + + + + + + 851 + FUSNU + Fusobacterium nucleatum + species + + + + + + b_266 + + 61434 + Dehalococcoides + genus + + + + 243164 + DEHE1 + Dehalococcoides ethenogenes (strain 195) + + + + + 216389 + DEHSB + Dehalococcoides sp. (strain BAV1) + species + + + + + + + b_277 + + 29547 + Epsilonproteobacteria + class + + + b_273 + + + 387092 + NITSB + Nitratiruptor sp. (strain SB155-2) + species + + + + + 387093 + SULNB + Sulfurovum sp. (strain NBC37-1) + species + + + + + b_276 + + 213849 + Campylobacterales + order + + + + 197 + CAMJE + Campylobacter jejuni + species + + + + + 357544 + HELPH + Helicobacter pylori (strain HPAG1) + + + + + + + + 63363 + AQUAE + Aquifex aeolicus + species + + + + + + \ No newline at end of file -- 1.7.10.2