From 5a22578728a3274595187e2319dedbe4ea3c231b Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Ben Soares Date: Wed, 12 Apr 2023 11:15:10 +0100 Subject: [PATCH] JAL-629 DON'T use quotation marks in argfiles as they are not interpreted (or needed) --- examples/test_fab41.result/argfile.txt | 12 ++++--- examples/test_fab41.result/sample.html | 62 ++++++++++++++++++++++++++++++++ 2 files changed, 69 insertions(+), 5 deletions(-) create mode 100644 examples/test_fab41.result/sample.html diff --git a/examples/test_fab41.result/argfile.txt b/examples/test_fab41.result/argfile.txt index a3540cf..50e898e 100644 --- a/examples/test_fab41.result/argfile.txt +++ b/examples/test_fab41.result/argfile.txt @@ -1,16 +1,18 @@ +--debug --nonews --nosplash --substitutions --open={argfiledirname}/sample.a2m --colour=gecos:flower --structure={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_1_model_3.pdb ---paematrix="[label=PAE R1-M3]{dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_1_model_3_scores.json" +--paematrix=[seqid=101;label=PAE R1-M3]{dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_1_model_3_scores.json --structure={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_2_model_4.pdb ---paematrix="[label=PAE R2-M4]{dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_2_model_4_scores.json" +--paematrix=[label=PAE R2-M4]{dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_2_model_4_scores.json --structure={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_3_model_2.pdb ---paematrix="[label=PAE R3-M2]{dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_3_model_2_scores.json" +--paematrix=[label=PAE R3-M2]{dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_3_model_2_scores.json --structure={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_4_model_5.pdb ---paematrix="[label=PAE R4-M5]{dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_4_model_5_scores.json" +--paematrix=[label=PAE R4-M5]{dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_4_model_5_scores.json --structure={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_5_model_1.pdb ---paematrix="[label=PAE R5-M1]{dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_5_model_1_scores.json" +--paematrix=[label=PAE R5-M1]{dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_5_model_1_scores.json --image={dirname}/{basename}.html +#--headless diff --git a/examples/test_fab41.result/sample.html b/examples/test_fab41.result/sample.html new file mode 100644 index 0000000..b4d9a03 --- /dev/null +++ b/examples/test_fab41.result/sample.html @@ -0,0 +1,62 @@ + + +
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