From c8ff981282f66e8a7bb5435aad13686236651c14 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: cmzmasek Date: Tue, 26 Jun 2012 06:20:38 +0000 Subject: [PATCH] gsdi work --- forester/java/src/org/forester/sdi/GSDI.java | 23 +- forester/java/src/org/forester/sdi/TestGSDI.java | 1133 +++++++++++----------- 2 files changed, 589 insertions(+), 567 deletions(-) diff --git a/forester/java/src/org/forester/sdi/GSDI.java b/forester/java/src/org/forester/sdi/GSDI.java index 44d3280..7ce94fc 100644 --- a/forester/java/src/org/forester/sdi/GSDI.java +++ b/forester/java/src/org/forester/sdi/GSDI.java @@ -158,8 +158,10 @@ public final class GSDI extends SDI { // Determine the sum of traversals. int traversals_sum = 0; int max_traversals = 0; + PhylogenyNode max_traversals_node = null; if ( !s.isExternal() ) { + for( int i = 0; i < s.getNumberOfDescendants(); ++i ) { final PhylogenyNode current_node = s.getChildNode( i ); final int traversals = getTraversalCount( current_node ); @@ -168,6 +170,7 @@ public final class GSDI extends SDI { max_traversals = traversals; max_traversals_node = current_node; } + } } // System.out.println( " sum=" + traversals_sum ); @@ -200,6 +203,7 @@ public final class GSDI extends SDI { event = createDuplicationEvent(); // _transversal_counts.clear(); } + normalizeTcounts( s ); } else { event = createSpeciationEvent(); @@ -207,6 +211,23 @@ public final class GSDI extends SDI { g.getNodeData().setEvent( event ); } + private void normalizeTcounts( final PhylogenyNode s ) { + int min_traversals = Integer.MAX_VALUE; + for( int i = 0; i < s.getNumberOfDescendants(); ++i ) { + final PhylogenyNode current_node = s.getChildNode( i ); + final int traversals = getTraversalCount( current_node ); + + if ( traversals < min_traversals ) { + min_traversals = traversals; + + } + } + for( int i = 0; i < s.getNumberOfDescendants(); ++i ) { + final PhylogenyNode current_node = s.getChildNode( i ); + _transversal_counts.put( current_node, getTraversalCount( current_node ) - min_traversals ); + } + } + /** * Traverses the subtree of PhylogenyNode g in postorder, calculating the * mapping function M, and determines which nodes represent speciation @@ -229,7 +250,7 @@ public final class GSDI extends SDI { } } if ( all_ext ) { - _transversal_counts.clear(); + //_transversal_counts.clear(); } for( int i = 0; i < g.getNumberOfDescendants(); ++i ) { geneTreePostOrderTraversal( g.getChildNode( i ) ); diff --git a/forester/java/src/org/forester/sdi/TestGSDI.java b/forester/java/src/org/forester/sdi/TestGSDI.java index adf9833..18ce53f 100644 --- a/forester/java/src/org/forester/sdi/TestGSDI.java +++ b/forester/java/src/org/forester/sdi/TestGSDI.java @@ -28,6 +28,7 @@ package org.forester.sdi; import java.io.IOException; import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx; +import org.forester.development.DevelopmentTools; import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser; import org.forester.phylogeny.Phylogeny; import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods; @@ -649,574 +650,574 @@ public final class TestGSDI { if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n1", "n3" ).isSpeciationOrDuplication() ) { return false; } - // final Phylogeny g2_23 = TestGSDI - // .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),(c1[&&NHX:S=c1],d1[&&NHX:S=d1]))" ); - // final GSDI sdi2_23 = new GSDI( g2_23, s2, false ); - // if ( sdi2_23.getDuplicationsSum() != 0 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_23.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_23.getSpeciationsSum() != 2 ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "c1", "d1" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // final Phylogeny g2_24 = TestGSDI - // .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],e1[&&NHX:S=e1]),(i1[&&NHX:S=i1],m1[&&NHX:S=m1]))" ); - // final GSDI sdi2_24 = new GSDI( g2_24, s2, false ); - // if ( sdi2_24.getDuplicationsSum() != 0 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_24.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_24.getSpeciationsSum() != 2 ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "i1", "m1" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // final Phylogeny g2_25 = TestGSDI - // .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),(b1[&&NHX:S=b1],c1[&&NHX:S=c1]))" ); - // final GSDI sdi2_25 = new GSDI( g2_25, s2, false ); - // if ( sdi2_25.getDuplicationsSum() != 0 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_25.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_25.getSpeciationsSum() != 2 ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "b1", "c1" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "a1", "b1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // final Phylogeny g2_26 = TestGSDI - // .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),b1[&&NHX:S=b1]),e1[&&NHX:S=e1])" ); - // final GSDI sdi2_26 = new GSDI( g2_26, s2, false ); - // if ( sdi2_26.getDuplicationsSum() != 0 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_26.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_26.getSpeciationsSum() != 3 ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // final Phylogeny g2_27 = TestGSDI - // .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1])" ); - // final GSDI sdi2_27 = new GSDI( g2_27, s2, false ); - // if ( sdi2_27.getDuplicationsSum() != 0 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_27.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_27.getSpeciationsSum() != 2 ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // final Phylogeny g2_28 = TestGSDI - // .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),e1[&&NHX:S=e1])" ); - // final GSDI sdi2_28 = new GSDI( g2_28, s2, false ); - // if ( sdi2_28.getDuplicationsSum() != 0 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_28.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_28.getSpeciationsSum() != 2 ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // final Phylogeny g2_29 = TestGSDI - // .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1])" ); - // final GSDI sdi2_29 = new GSDI( g2_29, s2, false ); - // if ( sdi2_29.getDuplicationsSum() != 0 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_29.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 2 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_29.getSpeciationsSum() != 1 ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // final Phylogeny g2_30 = TestGSDI - // .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),a2[&&NHX:S=a2])" ); - // final GSDI sdi2_30 = new GSDI( g2_30, s2, false ); - // if ( sdi2_30.getDuplicationsSum() != 1 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_30.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_30.getSpeciationsSum() != 1 ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "a2" ).isDuplication() ) { - // return false; - // } - // final Phylogeny g2_31 = TestGSDI - // .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),c2[&&NHX:S=c2])" ); - // final GSDI sdi2_31 = new GSDI( g2_31, s2, false ); - // if ( sdi2_31.getDuplicationsSum() != 1 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_31.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_31.getSpeciationsSum() != 1 ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "c2" ).isDuplication() ) { - // return false; - // } - // final Phylogeny g2_32 = TestGSDI - // .createPhylogeny( "((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1]),x[&&NHX:S=x]),p1[&&NHX:S=p1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" ); - // final GSDI sdi2_32 = new GSDI( g2_32, s2, false ); - // if ( sdi2_32.getDuplicationsSum() != 0 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_32.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 7 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_32.getSpeciationsSum() != 3 ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "x" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "p1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "e1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "y" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } + final Phylogeny g2_23 = TestGSDI + .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),(c1[&&NHX:S=c1],d1[&&NHX:S=d1]))" ); + final GSDI sdi2_23 = new GSDI( g2_23, s2, false ); + if ( sdi2_23.getDuplicationsSum() != 0 ) { + return false; + } + if ( sdi2_23.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) { + return false; + } + if ( sdi2_23.getSpeciationsSum() != 2 ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "c1", "d1" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + final Phylogeny g2_24 = TestGSDI + .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],e1[&&NHX:S=e1]),(i1[&&NHX:S=i1],m1[&&NHX:S=m1]))" ); + final GSDI sdi2_24 = new GSDI( g2_24, s2, false ); + if ( sdi2_24.getDuplicationsSum() != 0 ) { + return false; + } + if ( sdi2_24.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) { + return false; + } + if ( sdi2_24.getSpeciationsSum() != 2 ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "i1", "m1" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + final Phylogeny g2_25 = TestGSDI + .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),(b1[&&NHX:S=b1],c1[&&NHX:S=c1]))" ); + final GSDI sdi2_25 = new GSDI( g2_25, s2, false ); + if ( sdi2_25.getDuplicationsSum() != 0 ) { + return false; + } + if ( sdi2_25.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) { + return false; + } + if ( sdi2_25.getSpeciationsSum() != 2 ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "b1", "c1" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "a1", "b1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + final Phylogeny g2_26 = TestGSDI + .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),b1[&&NHX:S=b1]),e1[&&NHX:S=e1])" ); + final GSDI sdi2_26 = new GSDI( g2_26, s2, false ); + if ( sdi2_26.getDuplicationsSum() != 0 ) { + return false; + } + if ( sdi2_26.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) { + return false; + } + if ( sdi2_26.getSpeciationsSum() != 3 ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + final Phylogeny g2_27 = TestGSDI + .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1])" ); + final GSDI sdi2_27 = new GSDI( g2_27, s2, false ); + if ( sdi2_27.getDuplicationsSum() != 0 ) { + return false; + } + if ( sdi2_27.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) { + return false; + } + if ( sdi2_27.getSpeciationsSum() != 2 ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + final Phylogeny g2_28 = TestGSDI + .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),e1[&&NHX:S=e1])" ); + final GSDI sdi2_28 = new GSDI( g2_28, s2, false ); + if ( sdi2_28.getDuplicationsSum() != 0 ) { + return false; + } + if ( sdi2_28.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) { + return false; + } + if ( sdi2_28.getSpeciationsSum() != 2 ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + final Phylogeny g2_29 = TestGSDI + .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1])" ); + final GSDI sdi2_29 = new GSDI( g2_29, s2, false ); + if ( sdi2_29.getDuplicationsSum() != 0 ) { + return false; + } + if ( sdi2_29.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 2 ) { + return false; + } + if ( sdi2_29.getSpeciationsSum() != 1 ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + final Phylogeny g2_30 = TestGSDI + .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),a2[&&NHX:S=a2])" ); + final GSDI sdi2_30 = new GSDI( g2_30, s2, false ); + if ( sdi2_30.getDuplicationsSum() != 1 ) { + return false; + } + if ( sdi2_30.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) { + return false; + } + if ( sdi2_30.getSpeciationsSum() != 1 ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "a2" ).isDuplication() ) { + return false; + } + final Phylogeny g2_31 = TestGSDI + .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),c2[&&NHX:S=c2])" ); + final GSDI sdi2_31 = new GSDI( g2_31, s2, false ); + if ( sdi2_31.getDuplicationsSum() != 1 ) { + return false; + } + if ( sdi2_31.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) { + return false; + } + if ( sdi2_31.getSpeciationsSum() != 1 ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "c2" ).isDuplication() ) { + return false; + } + final Phylogeny g2_32 = TestGSDI + .createPhylogeny( "((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1]),x[&&NHX:S=x]),p1[&&NHX:S=p1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" ); + final GSDI sdi2_32 = new GSDI( g2_32, s2, false ); + if ( sdi2_32.getDuplicationsSum() != 0 ) { + return false; + } + if ( sdi2_32.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 7 ) { + return false; + } + if ( sdi2_32.getSpeciationsSum() != 3 ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "x" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "p1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "e1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "y" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } // //- - // final Phylogeny g2_33_d = TestGSDI - // .createPhylogeny( "((((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2])[&&NHX:D=N],b1[&&NHX:S=b1])[&&NHX:D=N],c1[&&NHX:S=c1])[&&NHX:D=?],d1[&&NHX:S=d1])[&&NHX:D=?],x[&&NHX:S=x])[&&NHX:D=N],p1[&&NHX:S=p1])[&&NHX:D=?],i1[&&NHX:S=i1])[&&NHX:D=?],k2[&&NHX:S=k2])[&&NHX:D=Y],e1[&&NHX:S=e1])[&&NHX:D=Y],y[&&NHX:S=y])[&&NHX:D=Y],z[&&NHX:S=z])[&&NHX:D=?],(((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2])[&&NHX:D=N],b1[&&NHX:S=b1])[&&NHX:D=N],c1[&&NHX:S=c1])[&&NHX:D=?],d1[&&NHX:S=d1])[&&NHX:D=?],x[&&NHX:S=x])[&&NHX:D=N],p1[&&NHX:S=p1])[&&NHX:D=?],i1[&&NHX:S=i1])[&&NHX:D=?],k2[&&NHX:S=k2])[&&NHX:D=Y],e1[&&NHX:S=e1])[&&NHX:D=Y],y[&&NHX:S=y])[&&NHX:D=Y],z[&&NHX:S=z])[&&NHX:D=?])" ); - // final GSDI sdi2_33_d = new GSDI( g2_33_d, s2, false ); - // Archaeopteryx.createApplication( g2_33_d ); - // // Archaeopteryx.createApplication( s2 ); - // //- - // final Phylogeny g2_33 = TestGSDI - // .createPhylogeny( "(((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1]),x[&&NHX:S=x]),p1[&&NHX:S=p1]),i1[&&NHX:S=i1]),k2[&&NHX:S=k2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" ); - // final GSDI sdi2_33 = new GSDI( g2_33, s2, false ); - // Archaeopteryx.createApplication( g2_33 ); - // // Archaeopteryx.createApplication( s2 ); - // if ( sdi2_33.getDuplicationsSum() != 1 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_33.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 7 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_33.getSpeciationsSum() != 3 ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "x" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "p1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "k2" ).isDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "e1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "y" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // final Phylogeny g2_34 = TestGSDI - // .createPhylogeny( "(((n1_0[&&NHX:S=n1],n2_0[&&NHX:S=n2]),(n1_1[&&NHX:S=n1],n3_0[&&NHX:S=n3])),n4_0[&&NHX:S=n4])" ); - // final GSDI sdi2_34 = new GSDI( g2_34, s2, false ); - // if ( sdi2_34.getDuplicationsSum() != 1 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_34.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_34.getSpeciationsSum() != 2 ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n2_0" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_1", "n3_0" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n1_1" ).isDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n4_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // final Phylogeny g2_35 = TestGSDI - // .createPhylogeny( "((((n1_0[&&NHX:S=n1],n2_0[&&NHX:S=n2]),(n1_1[&&NHX:S=n1],n3_0[&&NHX:S=n3])),n4_0[&&NHX:S=n4]),a1_0[&&NHX:S=a1])" ); - // final GSDI sdi2_35 = new GSDI( g2_35, s2, false ); - // if ( sdi2_35.getDuplicationsSum() != 1 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_35.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_35.getSpeciationsSum() != 3 ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n2_0" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_1", "n3_0" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n1_1" ).isDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n4_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "a1_0" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // final Phylogeny g2_36 = TestGSDI - // .createPhylogeny( "(((a1_0[&&NHX:S=a1],b1_0[&&NHX:S=b1]),(a1_1[&&NHX:S=a1],c1_0[&&NHX:S=c1])),d1_0[&&NHX:S=d1])" ); - // final GSDI sdi2_36 = new GSDI( g2_36, s2, false ); - // if ( sdi2_36.getDuplicationsSum() != 1 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_36.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_36.getSpeciationsSum() != 2 ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "b1_0" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_1", "c1_0" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "c1_0" ).isDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "d1_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // final Phylogeny g2_37 = TestGSDI - // .createPhylogeny( "(((a1_0[&&NHX:S=a1],b1_0[&&NHX:S=b1]),(a2_0[&&NHX:S=a2],c1_0[&&NHX:S=c1])),d1_0[&&NHX:S=d1])" ); - // final GSDI sdi2_37 = new GSDI( g2_37, s2, false ); - // if ( sdi2_37.getDuplicationsSum() != 1 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_37.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_37.getSpeciationsSum() != 2 ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "b1_0" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a2_0", "c1_0" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "c1_0" ).isDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "d1_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // final Phylogeny g2_38 = TestGSDI - // .createPhylogeny( "(((([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n1]),([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n1])),[&&NHX:S=n1]),[&&NHX:S=n1])" ); - // final GSDI sdi2_38 = new GSDI( g2_38, s2, false ); - // if ( sdi2_38.getDuplicationsSum() != 5 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_38.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_38.getSpeciationsSum() != 0 ) { - // return false; - // } - // final Phylogeny g2_100 = TestGSDI - // .createPhylogeny( "(((e1[&&NHX:S=e1],f2[&&NHX:S=f2]),(d3[&&NHX:S=d3],g4[&&NHX:S=g4])),(((a1[&&NHX:S=a1],h2[&&NHX:S=h2]),c3[&&NHX:S=c3]),(i4[&&NHX:S=i4],b1[&&NHX:S=b1])))" ); - // final GSDI sdi2_100 = new GSDI( g2_100, s2, false ); - // if ( sdi2_100.getDuplicationsSum() != 4 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_100.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_100.getSpeciationsSum() != 4 ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "f2" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "d3", "g4" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "d3" ).isDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "h2" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "c3" ).isDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "i4", "b1" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "i4" ).isDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "a1" ).isDuplication() ) { - // return false; - // } - // final Phylogeny g2_101 = TestGSDI - // .createPhylogeny( "(((e1[&&NHX:S=e1],f2[&&NHX:S=f2]),(d3[&&NHX:S=d3],g4[&&NHX:S=g4])),(((a1[&&NHX:S=a1],b2[&&NHX:S=b2]),c3[&&NHX:S=c3]),(i4[&&NHX:S=i4],j1[&&NHX:S=j1])))" ); - // final GSDI sdi2_101 = new GSDI( g2_101, s2, false ); - // if ( sdi2_101.getDuplicationsSum() != 2 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_101.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi2_101.getSpeciationsSum() != 5 ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "f2" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "d3", "g4" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "d3" ).isDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "b2" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "c3" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "i4", "j1" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "i4" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "a1" ).isDuplication() ) { - // return false; - // } - // final Phylogeny s_7_4 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 7, 4 ); - // DevelopmentTools.numberSpeciesInOrder( s_7_4 ); - // final Phylogeny g_7_4_1 = TestGSDI - // .createPhylogeny( "((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((" - // + "1[&&NHX:S=1],2[&&NHX:S=2]),3[&&NHX:S=3]),4[&&NHX:S=4]),5[&&NHX:S=5])," - // + "6[&&NHX:S=6]),7[&&NHX:S=7]),8[&&NHX:S=8]),9[&&NHX:S=9]),10[&&NHX:S=10]),11[&&NHX:S=11])," - // + "12[&&NHX:S=12]),13[&&NHX:S=13]),14[&&NHX:S=14]),15[&&NHX:S=15]),16[&&NHX:S=16]),17[&&NHX:S=17])," - // + "18[&&NHX:S=18]),19[&&NHX:S=19]),20[&&NHX:S=20]),21[&&NHX:S=21]),22[&&NHX:S=22]),23[&&NHX:S=23])," - // + "24[&&NHX:S=24]),25[&&NHX:S=25]),26[&&NHX:S=26]),27[&&NHX:S=27]),28[&&NHX:S=28]),29[&&NHX:S=29])," - // + "30[&&NHX:S=30]),31[&&NHX:S=31]),32[&&NHX:S=32]),33[&&NHX:S=33]),34[&&NHX:S=34]),35[&&NHX:S=35])," - // + "36[&&NHX:S=36]),37[&&NHX:S=37]),38[&&NHX:S=38]),39[&&NHX:S=39]),40[&&NHX:S=40]),41[&&NHX:S=41])," - // + "42[&&NHX:S=42]),43[&&NHX:S=43]),44[&&NHX:S=44]),45[&&NHX:S=45]),46[&&NHX:S=46]),47[&&NHX:S=47])," - // + "48[&&NHX:S=48]),49[&&NHX:S=49]),50[&&NHX:S=50]),51[&&NHX:S=51]),52[&&NHX:S=52]),53[&&NHX:S=53])," - // + "54[&&NHX:S=54]),55[&&NHX:S=55]),56[&&NHX:S=56]),57[&&NHX:S=57]),58[&&NHX:S=58]),59[&&NHX:S=59])," - // + "60[&&NHX:S=60]),61[&&NHX:S=61]),62[&&NHX:S=62]),63[&&NHX:S=63]),64[&&NHX:S=64]),65[&&NHX:S=65])" ); - // final GSDI sdi7_4_1 = new GSDI( g_7_4_1, s_7_4, false ); - // if ( sdi7_4_1.getDuplicationsSum() != 54 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi7_4_1.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 6 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi7_4_1.getSpeciationsSum() != 4 ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "2" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "3" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "4" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "5" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "6" ).isDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "9" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "13" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "17" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "33" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "49" ).isSpeciationOrDuplication() ) { - // return false; - // } - // if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "65" ).isSpeciation() ) { - // return false; - // } - // final Phylogeny g_7_4_2 = TestGSDI - // .createPhylogeny( "(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((" - // + "1[&&NHX:S=1],2[&&NHX:S=2]),3[&&NHX:S=3]),4[&&NHX:S=4]),5[&&NHX:S=5])," - // + "6[&&NHX:S=6]),7[&&NHX:S=7]),8[&&NHX:S=8]),9[&&NHX:S=9]),10[&&NHX:S=10]),11[&&NHX:S=11])," - // + "12[&&NHX:S=12]),13[&&NHX:S=13]),14[&&NHX:S=14]),15[&&NHX:S=15]),16[&&NHX:S=16]),17[&&NHX:S=17])," - // + "18[&&NHX:S=18]),19[&&NHX:S=19]),20[&&NHX:S=20]),21[&&NHX:S=21]),22[&&NHX:S=22]),23[&&NHX:S=23])," - // + "24[&&NHX:S=24]),25[&&NHX:S=25]),26[&&NHX:S=26]),27[&&NHX:S=27]),28[&&NHX:S=28]),29[&&NHX:S=29])," - // + "30[&&NHX:S=30]),31[&&NHX:S=31]),32[&&NHX:S=32]),33[&&NHX:S=33]),34[&&NHX:S=34]),35[&&NHX:S=35])," - // + "36[&&NHX:S=36]),37[&&NHX:S=37]),38[&&NHX:S=38]),39[&&NHX:S=39]),40[&&NHX:S=40]),41[&&NHX:S=41])," - // + "42[&&NHX:S=42]),43[&&NHX:S=43]),44[&&NHX:S=44]),45[&&NHX:S=45]),46[&&NHX:S=46]),47[&&NHX:S=47])," - // + "48[&&NHX:S=48]),49[&&NHX:S=49]),50[&&NHX:S=50]),51[&&NHX:S=51]),52[&&NHX:S=52]),53[&&NHX:S=53])," - // + "54[&&NHX:S=54]),55[&&NHX:S=55]),56[&&NHX:S=56]),57[&&NHX:S=57]),58[&&NHX:S=58]),59[&&NHX:S=59])," - // + "60[&&NHX:S=60]),61[&&NHX:S=61]),62[&&NHX:S=62]),63[&&NHX:S=63]),64[&&NHX:S=64]),65[&&NHX:S=65])," - // + "66[&&NHX:S=66]),257[&&NHX:S=257]),258[&&NHX:S=258]),513[&&NHX:S=513]),514[&&NHX:S=514]),769[&&NHX:S=769]),770[&&NHX:S=770])" ); - // final GSDI sdi7_4_2 = new GSDI( g_7_4_2, s_7_4, false ); - // if ( sdi7_4_2.getDuplicationsSum() != 58 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi7_4_2.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 8 ) { - // return false; - // } - // if ( sdi7_4_2.getSpeciationsSum() != 5 ) { - // return false; - // } + final Phylogeny g2_33_d = TestGSDI + .createPhylogeny( "((((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2])[&&NHX:D=N],b1[&&NHX:S=b1])[&&NHX:D=N],c1[&&NHX:S=c1])[&&NHX:D=?],d1[&&NHX:S=d1])[&&NHX:D=?],x[&&NHX:S=x])[&&NHX:D=N],p1[&&NHX:S=p1])[&&NHX:D=?],i1[&&NHX:S=i1])[&&NHX:D=?],k2[&&NHX:S=k2])[&&NHX:D=Y],e1[&&NHX:S=e1])[&&NHX:D=Y],y[&&NHX:S=y])[&&NHX:D=Y],z[&&NHX:S=z])[&&NHX:D=?],(((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2])[&&NHX:D=N],b1[&&NHX:S=b1])[&&NHX:D=N],c1[&&NHX:S=c1])[&&NHX:D=?],d1[&&NHX:S=d1])[&&NHX:D=?],x[&&NHX:S=x])[&&NHX:D=N],p1[&&NHX:S=p1])[&&NHX:D=?],i1[&&NHX:S=i1])[&&NHX:D=?],k2[&&NHX:S=k2])[&&NHX:D=Y],e1[&&NHX:S=e1])[&&NHX:D=Y],y[&&NHX:S=y])[&&NHX:D=Y],z[&&NHX:S=z])[&&NHX:D=?])" ); + final GSDI sdi2_33_d = new GSDI( g2_33_d, s2, false ); + Archaeopteryx.createApplication( g2_33_d ); + // Archaeopteryx.createApplication( s2 ); + //- + final Phylogeny g2_33 = TestGSDI + .createPhylogeny( "(((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1]),x[&&NHX:S=x]),p1[&&NHX:S=p1]),i1[&&NHX:S=i1]),k2[&&NHX:S=k2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" ); + final GSDI sdi2_33 = new GSDI( g2_33, s2, false ); + Archaeopteryx.createApplication( g2_33 ); + // Archaeopteryx.createApplication( s2 ); + if ( sdi2_33.getDuplicationsSum() != 1 ) { + return false; + } + if ( sdi2_33.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 7 ) { + return false; + } + if ( sdi2_33.getSpeciationsSum() != 3 ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "x" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "p1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "k2" ).isDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "e1" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "y" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + final Phylogeny g2_34 = TestGSDI + .createPhylogeny( "(((n1_0[&&NHX:S=n1],n2_0[&&NHX:S=n2]),(n1_1[&&NHX:S=n1],n3_0[&&NHX:S=n3])),n4_0[&&NHX:S=n4])" ); + final GSDI sdi2_34 = new GSDI( g2_34, s2, false ); + if ( sdi2_34.getDuplicationsSum() != 1 ) { + return false; + } + if ( sdi2_34.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) { + return false; + } + if ( sdi2_34.getSpeciationsSum() != 2 ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n2_0" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_1", "n3_0" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n1_1" ).isDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n4_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + final Phylogeny g2_35 = TestGSDI + .createPhylogeny( "((((n1_0[&&NHX:S=n1],n2_0[&&NHX:S=n2]),(n1_1[&&NHX:S=n1],n3_0[&&NHX:S=n3])),n4_0[&&NHX:S=n4]),a1_0[&&NHX:S=a1])" ); + final GSDI sdi2_35 = new GSDI( g2_35, s2, false ); + if ( sdi2_35.getDuplicationsSum() != 1 ) { + return false; + } + if ( sdi2_35.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) { + return false; + } + if ( sdi2_35.getSpeciationsSum() != 3 ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n2_0" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_1", "n3_0" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n1_1" ).isDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n4_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "a1_0" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + final Phylogeny g2_36 = TestGSDI + .createPhylogeny( "(((a1_0[&&NHX:S=a1],b1_0[&&NHX:S=b1]),(a1_1[&&NHX:S=a1],c1_0[&&NHX:S=c1])),d1_0[&&NHX:S=d1])" ); + final GSDI sdi2_36 = new GSDI( g2_36, s2, false ); + if ( sdi2_36.getDuplicationsSum() != 1 ) { + return false; + } + if ( sdi2_36.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) { + return false; + } + if ( sdi2_36.getSpeciationsSum() != 2 ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "b1_0" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_1", "c1_0" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "c1_0" ).isDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "d1_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + final Phylogeny g2_37 = TestGSDI + .createPhylogeny( "(((a1_0[&&NHX:S=a1],b1_0[&&NHX:S=b1]),(a2_0[&&NHX:S=a2],c1_0[&&NHX:S=c1])),d1_0[&&NHX:S=d1])" ); + final GSDI sdi2_37 = new GSDI( g2_37, s2, false ); + if ( sdi2_37.getDuplicationsSum() != 1 ) { + return false; + } + if ( sdi2_37.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) { + return false; + } + if ( sdi2_37.getSpeciationsSum() != 2 ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "b1_0" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a2_0", "c1_0" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "c1_0" ).isDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "d1_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + final Phylogeny g2_38 = TestGSDI + .createPhylogeny( "(((([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n1]),([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n1])),[&&NHX:S=n1]),[&&NHX:S=n1])" ); + final GSDI sdi2_38 = new GSDI( g2_38, s2, false ); + if ( sdi2_38.getDuplicationsSum() != 5 ) { + return false; + } + if ( sdi2_38.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) { + return false; + } + if ( sdi2_38.getSpeciationsSum() != 0 ) { + return false; + } + final Phylogeny g2_100 = TestGSDI + .createPhylogeny( "(((e1[&&NHX:S=e1],f2[&&NHX:S=f2]),(d3[&&NHX:S=d3],g4[&&NHX:S=g4])),(((a1[&&NHX:S=a1],h2[&&NHX:S=h2]),c3[&&NHX:S=c3]),(i4[&&NHX:S=i4],b1[&&NHX:S=b1])))" ); + final GSDI sdi2_100 = new GSDI( g2_100, s2, false ); + if ( sdi2_100.getDuplicationsSum() != 4 ) { + return false; + } + if ( sdi2_100.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) { + return false; + } + if ( sdi2_100.getSpeciationsSum() != 4 ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "f2" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "d3", "g4" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "d3" ).isDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "h2" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "c3" ).isDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "i4", "b1" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "i4" ).isDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "a1" ).isDuplication() ) { + return false; + } + final Phylogeny g2_101 = TestGSDI + .createPhylogeny( "(((e1[&&NHX:S=e1],f2[&&NHX:S=f2]),(d3[&&NHX:S=d3],g4[&&NHX:S=g4])),(((a1[&&NHX:S=a1],b2[&&NHX:S=b2]),c3[&&NHX:S=c3]),(i4[&&NHX:S=i4],j1[&&NHX:S=j1])))" ); + final GSDI sdi2_101 = new GSDI( g2_101, s2, false ); + if ( sdi2_101.getDuplicationsSum() != 2 ) { + return false; + } + if ( sdi2_101.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) { + return false; + } + if ( sdi2_101.getSpeciationsSum() != 5 ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "f2" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "d3", "g4" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "d3" ).isDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "b2" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "c3" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "i4", "j1" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "i4" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "a1" ).isDuplication() ) { + return false; + } + final Phylogeny s_7_4 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 7, 4 ); + DevelopmentTools.numberSpeciesInOrder( s_7_4 ); + final Phylogeny g_7_4_1 = TestGSDI + .createPhylogeny( "((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((" + + "1[&&NHX:S=1],2[&&NHX:S=2]),3[&&NHX:S=3]),4[&&NHX:S=4]),5[&&NHX:S=5])," + + "6[&&NHX:S=6]),7[&&NHX:S=7]),8[&&NHX:S=8]),9[&&NHX:S=9]),10[&&NHX:S=10]),11[&&NHX:S=11])," + + "12[&&NHX:S=12]),13[&&NHX:S=13]),14[&&NHX:S=14]),15[&&NHX:S=15]),16[&&NHX:S=16]),17[&&NHX:S=17])," + + "18[&&NHX:S=18]),19[&&NHX:S=19]),20[&&NHX:S=20]),21[&&NHX:S=21]),22[&&NHX:S=22]),23[&&NHX:S=23])," + + "24[&&NHX:S=24]),25[&&NHX:S=25]),26[&&NHX:S=26]),27[&&NHX:S=27]),28[&&NHX:S=28]),29[&&NHX:S=29])," + + "30[&&NHX:S=30]),31[&&NHX:S=31]),32[&&NHX:S=32]),33[&&NHX:S=33]),34[&&NHX:S=34]),35[&&NHX:S=35])," + + "36[&&NHX:S=36]),37[&&NHX:S=37]),38[&&NHX:S=38]),39[&&NHX:S=39]),40[&&NHX:S=40]),41[&&NHX:S=41])," + + "42[&&NHX:S=42]),43[&&NHX:S=43]),44[&&NHX:S=44]),45[&&NHX:S=45]),46[&&NHX:S=46]),47[&&NHX:S=47])," + + "48[&&NHX:S=48]),49[&&NHX:S=49]),50[&&NHX:S=50]),51[&&NHX:S=51]),52[&&NHX:S=52]),53[&&NHX:S=53])," + + "54[&&NHX:S=54]),55[&&NHX:S=55]),56[&&NHX:S=56]),57[&&NHX:S=57]),58[&&NHX:S=58]),59[&&NHX:S=59])," + + "60[&&NHX:S=60]),61[&&NHX:S=61]),62[&&NHX:S=62]),63[&&NHX:S=63]),64[&&NHX:S=64]),65[&&NHX:S=65])" ); + final GSDI sdi7_4_1 = new GSDI( g_7_4_1, s_7_4, false ); + if ( sdi7_4_1.getDuplicationsSum() != 54 ) { + return false; + } + if ( sdi7_4_1.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 6 ) { + return false; + } + if ( sdi7_4_1.getSpeciationsSum() != 4 ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "2" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "3" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "4" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "5" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "6" ).isDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "9" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "13" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "17" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "33" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "49" ).isSpeciationOrDuplication() ) { + return false; + } + if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "65" ).isSpeciation() ) { + return false; + } + final Phylogeny g_7_4_2 = TestGSDI + .createPhylogeny( "(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((" + + "1[&&NHX:S=1],2[&&NHX:S=2]),3[&&NHX:S=3]),4[&&NHX:S=4]),5[&&NHX:S=5])," + + "6[&&NHX:S=6]),7[&&NHX:S=7]),8[&&NHX:S=8]),9[&&NHX:S=9]),10[&&NHX:S=10]),11[&&NHX:S=11])," + + "12[&&NHX:S=12]),13[&&NHX:S=13]),14[&&NHX:S=14]),15[&&NHX:S=15]),16[&&NHX:S=16]),17[&&NHX:S=17])," + + "18[&&NHX:S=18]),19[&&NHX:S=19]),20[&&NHX:S=20]),21[&&NHX:S=21]),22[&&NHX:S=22]),23[&&NHX:S=23])," + + "24[&&NHX:S=24]),25[&&NHX:S=25]),26[&&NHX:S=26]),27[&&NHX:S=27]),28[&&NHX:S=28]),29[&&NHX:S=29])," + + "30[&&NHX:S=30]),31[&&NHX:S=31]),32[&&NHX:S=32]),33[&&NHX:S=33]),34[&&NHX:S=34]),35[&&NHX:S=35])," + + "36[&&NHX:S=36]),37[&&NHX:S=37]),38[&&NHX:S=38]),39[&&NHX:S=39]),40[&&NHX:S=40]),41[&&NHX:S=41])," + + "42[&&NHX:S=42]),43[&&NHX:S=43]),44[&&NHX:S=44]),45[&&NHX:S=45]),46[&&NHX:S=46]),47[&&NHX:S=47])," + + "48[&&NHX:S=48]),49[&&NHX:S=49]),50[&&NHX:S=50]),51[&&NHX:S=51]),52[&&NHX:S=52]),53[&&NHX:S=53])," + + "54[&&NHX:S=54]),55[&&NHX:S=55]),56[&&NHX:S=56]),57[&&NHX:S=57]),58[&&NHX:S=58]),59[&&NHX:S=59])," + + "60[&&NHX:S=60]),61[&&NHX:S=61]),62[&&NHX:S=62]),63[&&NHX:S=63]),64[&&NHX:S=64]),65[&&NHX:S=65])," + + "66[&&NHX:S=66]),257[&&NHX:S=257]),258[&&NHX:S=258]),513[&&NHX:S=513]),514[&&NHX:S=514]),769[&&NHX:S=769]),770[&&NHX:S=770])" ); + final GSDI sdi7_4_2 = new GSDI( g_7_4_2, s_7_4, false ); + if ( sdi7_4_2.getDuplicationsSum() != 58 ) { + return false; + } + if ( sdi7_4_2.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 8 ) { + return false; + } + if ( sdi7_4_2.getSpeciationsSum() != 5 ) { + return false; + } //--------------------- - // final String g2_0_ = - // "(([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),([&&NHX:S=o2],[&&NHX:S=o4]))"; - // final Phylogeny g2_0 = factory.create( g2_0_, new NHXParser() )[ - // 0 ]; - // g2_0.setRooted( true ); - // final GSDI sdi2_0 = new GSDI( g2_0, s2, false ); - // if ( sdi2_0.getDuplicationsSum() != 0 ) { - // return false; - // } - // final String g2_1_= ""; - // final Phylogeny g2_1 = factory.create( g2_1_, new NHXParser() )[ - // 0 ]; - // g2_1.setRooted( true ); - // final GSDI sdi2_1 = new GSDI( g2_1, s2, false ); - // if ( sdi2_1.getDuplicationsSum() != 0 ) { - // return false; - // } +// final String g2_0_ = +// "(([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),([&&NHX:S=o2],[&&NHX:S=o4]))"; +// final Phylogeny g2_0 = factory.create( g2_0_, new NHXParser() )[ +// 0 ]; +// g2_0.setRooted( true ); +// final GSDI sdi2_0 = new GSDI( g2_0, s2, false ); +// if ( sdi2_0.getDuplicationsSum() != 0 ) { +// return false; +// } +// final String g2_1_= ""; +// final Phylogeny g2_1 = factory.create( g2_1_, new NHXParser() )[ +// 0 ]; +// g2_1.setRooted( true ); +// final GSDI sdi2_1 = new GSDI( g2_1, s2, false ); +// if ( sdi2_1.getDuplicationsSum() != 0 ) { +// return false; +// } } catch ( final Exception e ) { e.printStackTrace( System.out ); -- 1.7.10.2