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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Alignment Window Menus</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <p>
  28     <strong>Alignment Window Colour Menu</strong>
  29   </p>
  30   <ul>
  31     <li><strong>Apply Colour To All Groups<br>
  32     </strong><em>If this is selected, any changes made to the background
  33         colour will be applied to all currently defined groups.<br>
  34     </em></li>
  35     <li><strong><a href="../colourSchemes/textcolour.html">Colour
  36           Text ...</a></strong><em><br> Opens the Colour Text dialog box to
  37         set a different text colour for light and dark background, and
  38         the intensity threshold for transition between them. </em></li>
  39     <li>Colour Scheme options: <strong>None, ClustalX,
  40         Blosum62 Score, Percentage Identity, Zappo, Taylor,
  41         Hydrophobicity, Helix Propensity, Strand Propensity, Turn
  42         Propensity, Buried Index, Nucleotide, Purine/Pyrimidine, User
  43         Defined<br>
  44     </strong> <em>See <a href="../colourSchemes/index.html">colours</a> for
  45         a description of all colour schemes.
  46     </em><br>
  47     </li>
  48     <li><strong>Sequence ID<br></strong><em>Shades
  49         sequences using their Sequence ID colour. Useful when performing
  50         <a href="../calculations/treeviewer.html#partitioning">tree
  51           based subfamily analysis</a>.
  52     </em></li>
  53     <li><strong>By Conservation<br>
  54     </strong><em>See <a href="../colourSchemes/conservation.html">Colouring
  55           by Conservation</a>.
  56     </em><br></li>
  57     <li><strong>Modify Conservation Threshold<br>
  58     </strong><em>Use this to display the conservation threshold slider
  59         window. Useful if the window has been closed, or if the 'by
  60         conservation' option appears to be doing nothing!</em><br></li>
  61     <li><strong>Above Identity Threshold<br>
  62     </strong><em>See <a href="../colourSchemes/abovePID.html">Above
  63           Percentage Identity</a></em><strong>.<br>
  64     </strong></li>
  65     <li><strong>Modify Identity Threshold<br>
  66     </strong><em>Use this to set the threshold value for colouring above
  67         Identity. Useful if the window has been closed.<br>
  68     </em></li>
  69     <li><strong>By Annotation</strong><br> <em>Colours
  70         the alignment on a per-column value from a specified annotation.
  71         See <a href="../colourSchemes/annotationColouring.html">Annotation
  72           Colouring</a>.
  73     </em><br></li>
  74     <li><strong>By RNA Helices</strong><br> <em>Colours
  75         the helices of an RNA alignment loaded from a Stockholm file.
  76         See <a href="../colourSchemes/rnahelicesColouring.html">RNA
  77           Helices Colouring</a>.
  78     </em><br></li>
  79   </ul>
  80 </body>
  81 </html>