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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  59         id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
  60         <em>26/02/2021</em></strong></td>
  61     <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
  62         Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
  63       <ul>
  64         <li>
  65           <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
  66           launch of the news browser (like -nonews argument)
  67         </li>
  68         <li>
  69           <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
  70           download of linkout URLs from
  71           www.jalview.org/services/identifiers
  72         </li>
  73         <li>
  74           <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
  75           download of BIOJSHTML templates
  76         </li>
  77         <li>
  78           <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to trigger
  79           a one off JABAWS discovery if autodiscovery was disabled
  80         </li>
  81       </ul></td>
  82     <td align="left" valign="top">
  83       <ul>
  84         <li><!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in Jmol</li>
  85         <li><!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't propagated to Protein alignment</li>
  86       </ul>
  87     </td>
  88     </tr>
  89     <tr>
  90       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  91           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
  92           <em>29/10/2020</em></strong></td>
  93       <td align="left" valign="top">
  94         <ul>
  95
  96         </ul>
  97       </td>
  98       <td align="left" valign="top">
  99         <ul>
 100           <li>
 101             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 102             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 103           </li>
 104           <li>
 105             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 106             sequences can be classed as nucleotide
 107           </li>
 108           <li>
 109             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 110             sequences after alignment of protein products (known defect
 111             first reported for 2.11.1.0)
 112           </li>
 113           <li>
 114             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 115             features outwith CDS shown overlaid on protein
 116           </li>
 117           <li>
 118             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 119             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 120             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 121           </li>
 122           <li>
 123             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 124             CDS features
 125           </li>
 126           <li>
 127             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 128             always select corresponding protein sequences
 129           </li>
 130           <li>
 131             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 132             column selection doesn't always ignore hidden columns
 133           </li>
 134         </ul> <em>Installer</em>
 135         <ul>
 136           <li>
 137             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 138             Windows prevents install4j launching getdown
 139           </li>
 140         </ul> <em>Development</em>
 141         <ul>
 142           <li>
 143             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 144             version numbers in doc/building.md
 145           </li>
 146         </ul>
 147       </td>
 148     </tr>
 149     <tr>
 150       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 151           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 152           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 153       <td align="left" valign="top">
 154         <ul>
 155         </ul>
 156       </td>
 157       <td align="left" valign="top">
 158         <ul>
 159           <li>
 160             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 161             "Encountered problems opening
 162             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 163           </li>
 164         </ul>
 165       </td>
 166     </tr>
 167     <tr>
 168       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 169           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 170           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 171       <td align="left" valign="top">
 172         <ul>
 173           <li>
 174             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 175             residue in cursor mode
 176           </li>
 177           <li>
 178             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 179             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 180           </li>
 181           <li>
 182             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 183             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 184             improved compatibility with JalviewJS
 185           </li>
 186           <li>
 187             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 188             alignments from Pfam and Rfam
 189           </li>
 190           <li>
 191             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 192             import (no longer based on .gz extension)
 193           </li>
 194           <li>
 195             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 196           </li>
 197           <li>
 198             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 199             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 200             EMBL flat file
 201           </li>
 202           <li>
 203             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 204             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 205             saving or making backup files.
 206           </li>
 207           <li>
 208             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 209             <ul>
 210               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 211               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 212             </ul>
 213           </li>
 214           <li>
 215             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 216             when running on Linux (Requires Java 11+)
 217           </li>
 218         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 219         <ul>
 220           <li>
 221             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 222             through a system property
 223           </li>
 224           <li>
 225             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 226             line help for configuring Jalview's memory
 227           </li>
 228         </ul>
 229       </td>
 230       <td align="left" valign="top">
 231         <ul>
 232           <li>
 233             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 234             but not calculated and no protein or DNA score models are
 235             available for tree/PCA calculation when launched with
 236             Turkish language locale
 237           </li>
 238           <li>
 239             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 240             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 241           </li>
 242           <li>
 243             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 244             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 245           </li>
 246           <li>
 247             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 248             sequence under the cursor
 249           </li>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 252             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 253           </li>
 254           <li>
 255             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 256             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 257             '%s'" on the console
 258           </li>
 259           <li>
 260             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 261             when there are both local and complementary features mapped
 262             to the position under the cursor
 263           </li>
 264           <li>
 265             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 266             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 267           </li>
 268           <li>
 269             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 270             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 271           </li>
 272           <li>
 273             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 274             internationalised text for some messages and log output
 275           </li>
 276           <li>
 277             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 278             hidden gapped columns
 279           </li>
 280           <li>
 281             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 282             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 283           </li>
 284           <li>
 285             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 286             specifying output format when exporting an alignment via the
 287             command line
 288           </li>
 289           <li>
 290             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 291             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 292             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 293             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 294             file again, and if that fails, delete the original file and
 295             save in place.)
 296           </li>
 297           <li>
 298             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 299             via command line
 300           </li>
 301           <li>
 302             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 303             program and documentation
 304           </li>
 305         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 306         <ul>
 307           <li>
 308             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 309             first time for a version that has different jars to the
 310             previous launched version.
 311           </li>
 312         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 313         <ul>
 314           <li>
 315             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 316             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 317             OutOfMemory error.
 318           </li>
 319           <li>
 320             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 321             monitor the release channel
 322           </li>
 323         </ul> <em>New Known defects</em>
 324         <ul>
 325           <li>
 326             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 327             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 328             proteins share a common transcript sequence (e.g.
 329             genome of RNA viruses)
 330           </li>
 331           <li>
 332             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 333             are ordered differently when shown on alignment and in
 334             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 335           </li>
 336           <li>
 337             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 338             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 339             works for the top left quadrant of the alignment window
 340           </li>
 341           <li>
 342             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 343             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 344           </li>
 345           <li>
 346             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 347             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 348           </li>
 349           <li>
 350             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 351             protein products for certain ENA records are repeatedly
 352             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 353           </li>
 354         </ul>
 355       </td>
 356     </tr>
 357     <tr>
 358       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 359           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 360           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 361       <td align="left" valign="top">
 362         <ul>
 363           <li>
 364             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 365             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 366             for display in alignments, on structure views (including
 367             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 368             export.
 369           </li>
 370           <li>
 371             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 372             exported and re-imported as GFF3 files
 373           </li>
 374           <li>
 375             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 376             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 377           </li>
 378           <li>
 379             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 380             validation while parsing
 381           </li>
 382           <li>
 383             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 384             position if reopened
 385           </li>
 386           <li>
 387             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 388             of associated view
 389           </li>
 390           <li>
 391             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 392             enabled by default
 393           </li>
 394           <li>
 395             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 396             tooltips and menus
 397           </li>
 398           <li>
 399             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 400             with no feature types visible
 401           </li>
 402           <li>
 403           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 404           </li>
 405         </ul><em>Jalview Installer</em>
 406             <ul>
 407           <li>
 408             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 409             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 410           </li>
 411           <li>
 412             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 413           </li>
 414           <li>
 415             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 416           </li>
 417               <li>
 418                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 419               <li>
 420                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 421         </ul> <em>Release processes</em>
 422         <ul>
 423           <li>
 424             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 425           </li>
 426           <li>
 427             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 428           </li>
 429         </ul> <em>Build System</em>
 430         <ul>
 431           <li>
 432             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 433           </li>
 434           <li>
 435             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 436             report
 437           </li>
 438         </ul>
 439         <em>Groovy Scripts</em>
 440             <ul>
 441           <li>
 442             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 443             to stdout containing the consensus sequence for each
 444             alignment in a Jalview session
 445           </li>
 446           <li>
 447             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 448             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 449             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 450           </li>
 451         </ul>
 452       </td>
 453       <td align="left" valign="top">
 454         <ul>
 455           <li>
 456             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 457             'Show hidden markers' option is not ticked
 458           </li>
 459           <li>
 460             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 461             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 462             jalview preferences or properties file
 463           </li>
 464           <li>
 465             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 466             'Show Sequence Features' option is not ticked
 467           </li>
 468           <li>
 469             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 470             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 471             features are visible
 472           </li>
 473           <li>
 474             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 475             equal when split frame is first opened
 476           </li>
 477           <li>
 478             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 479             correct after editing a sequence's start position
 480           </li>
 481           <li>
 482             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 483             with annotation and exceptions thrown when only a few
 484             columns shown in wrapped mode
 485           </li>
 486           <li>
 487             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 488             wrapped alignment figure with annotations
 489           </li>
 490           <li>
 491             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 492             ID fails with ClassCastException
 493           </li>
 494           <li>
 495             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 496             Project
 497           </li>
 498           <li>
 499             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 500             feature settings dialog also selects columns
 501           </li>
 502           <li>
 503             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 504             IllegalArgumentException in some circumstances
 505           </li>
 506           <li>
 507             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 508             opened for a view
 509           </li>
 510           <li>
 511             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 512             alignment window is closed
 513           </li>
 514           <li>
 515             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 516             help documentation for 2.11.0 release
 517           </li>
 518           <li>
 519             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 520             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 521             Uniprot Accession
 522           </li>
 523         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 524         <ul>
 525           <li>
 526             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 527             PDB/Uniprot search panel
 528           </li>
 529         </ul> <em>Installer</em>
 530         <ul>
 531           <li>
 532             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 533             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 534           </li>
 535         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 536         <ul>
 537           <li>
 538             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 539             repository
 540           </li>
 541           <li>
 542             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 543             memory
 544           </li>
 545         </ul> <em>New Known Issues</em>
 546         <ul>
 547           <li>
 548             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 549             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 550             command line
 551           </li>
 552           <li>
 553             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 554             clipped in headless figure export when Right Align option
 555             enabled
 556           </li>
 557           <li>
 558             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 559             'Source' in console output
 560           </li>
 561           <li>
 562             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 563             bamboo server but run fine locally.
 564           </li>
 565         </ul>
 566       </td>
 567     </tr>
 568     <tr>
 569       <td width="60" align="center" nowrap>
 570           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 571             <em>04/07/2019</em></strong>
 572       </td>
 573       <td align="left" valign="top">
 574         <ul>
 575           <li>
 576             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 577             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 578             source project) rather than InstallAnywhere
 579           </li>
 580           <li>
 581             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 582             settings, receive over the air updates and launch specific
 583             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 584               Rings' GetDown</a>)
 585           </li>
 586           <li>
 587             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 588             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 589           </li>
 590           <li>
 591             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 592             arguments and switch between different getdown channels
 593           </li>
 594           <li>
 595             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 596             or alignment files
 597           </li>
 598
 599           <li>
 600             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 601             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 602           <li>
 603             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 604             'Translate as cDNA'</li>
 605           <li>
 606             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 607           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 608             <ul>
 609                       <li>
 610             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 611             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 612           <li>
 613                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 614                 features can be filtered and shaded according to any
 615                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 616                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 617                 file)
 618               </li>
 619               <li>
 620                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 621                 stored and restored from Jalview Projects
 622               </li>
 623               <li>
 624                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 625                 recognise variant features
 626               </li>
 627               <li>
 628                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 629                 sequences (also coloured red by default)
 630               </li>
 631               <li>
 632                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 633                 details
 634               </li>
 635               <li>
 636                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 637                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 638               </li>
 639               <li>
 640                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 641                 dialog
 642               </li>
 643             </ul>
 644           </li>
 645           <li>
 646             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 647             tree and PCA calculations
 648           </li>
 649           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 650             <ul>
 651               <li>
 652                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 653                 and Viewer state saved in Jalview Project
 654               </li>
 655               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 656                 drop-down menus</li>
 657               <li>
 658                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 659                 incrementally
 660               </li>
 661               <li>
 662                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 663               </li>
 664             </ul>
 665           </li>
 666           <li>
 667             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 668           </li>
 669           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 670           <ul>
 671               <li>
 672                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 673                 multiple groups when working with large alignments
 674               </li>
 675               <li>
 676                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 677                 Stockholm files
 678               </li>
 679             </ul>
 680           <li><strong>User Interface</strong>
 681           <ul>
 682               <li>
 683                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 684                 view
 685               </li>
 686               <li>
 687                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 688                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 689                 default (can be changed in user preferences)
 690               </li>
 691               <li>
 692                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 693                 to the Overwrite Dialog
 694               </li>
 695               <li>
 696                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 697                 sequences are hidden
 698               </li>
 699               <li>
 700                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 701                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 702               </li>
 703               <li>
 704                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 705                 labels
 706               </li>
 707               <li>
 708                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 709                 when in wrapped mode
 710               </li>
 711               <li>
 712                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 713                 annotation
 714               </li>
 715               <li>
 716                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 717               </li>
 718               <li>
 719                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 720                 panel
 721               </li>
 722               <li>
 723                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 724                 popup menu
 725               </li>
 726               <li>
 727               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 728               <li>
 729               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 730
 731
 732             </ul></li>
 733             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 734           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 735             <ul>
 736               <li>
 737                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 738                 trapping CMD-Q
 739               </li>
 740             </ul></li>
 741         </ul>
 742         <em>Deprecations</em>
 743         <ul>
 744           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 745             capabilities removed from the Jalview Desktop
 746           </li>
 747           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 748             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 749             and XML based data retrieval clients</li>
 750           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 751           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 752         </ul> <em>Documentation</em>
 753         <ul>
 754           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 755             not supported in EPS figure export
 756           </li>
 757           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 758         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 759         <ul>
 760           <li>
 761           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 762           </li>
 763       <li>
 764       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 765           <li>
 766           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 767             gradle-eclipse
 768           </li>
 769           <li>
 770           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 771             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 772             execution
 773           </li>
 774           <li>
 775           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 776             operations
 777           </li>
 778           <li>
 779           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 780             issues resolved
 781           </li>
 782           <li>
 783           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 784             markdown (with HTML rendering)
 785           </li>
 786           <li>
 787           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 788           </li>
 789           <li>
 790           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 791             versions of Jalview
 792           </li>
 793         </ul>
 794       </td>
 795       <td align="left" valign="top">
 796         <ul>
 797           <li>
 798             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 799           </li>
 800           <li>
 801             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 802             superposition in Jmol fail on Windows
 803           </li>
 804           <li>
 805             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 806             structures for sequences with lots of PDB structures
 807           </li>
 808           <li>
 809             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 810             monospaced font
 811           </li>
 812           <li>
 813             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 814             project involving multiple views
 815           </li>
 816           <li>
 817             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 818             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 819             Annotation dialog hides columns
 820           </li>
 821           <li>
 822             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 823             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 824             one view, then making another selection in the other view
 825           </li>
 826           <li>
 827             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 828             columns
 829           </li>
 830           <li>
 831             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 832             Settings and Jalview Preferences panels
 833           </li>
 834           <li>
 835             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 836             overview with large alignments
 837           </li>
 838           <li>
 839             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 840             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 841             mouse moved to the left of the first column
 842           </li>
 843           <li>
 844             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 845             hidden column marker via scale popup menu
 846           </li>
 847           <li>
 848             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 849             doesn't tell users the invalid URL
 850           </li>
 851           <li>
 852             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 853             score from view
 854           </li>
 855           <li>
 856             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 857             show cross references or Fetch Database References are shown in
 858             red in original view
 859           </li>
 860           <li>
 861             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 862             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 863           </li>
 864           <li>
 865             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 866             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 867           </li>
 868           <li>
 869             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 870             when columns are hidden
 871           </li>
 872           <li>
 873             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 874             Columns by Annotation description
 875           </li>
 876           <li>
 877             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 878             out of Scale or Annotation Panel
 879           </li>
 880           <li>
 881             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 882             scale panel
 883           </li>
 884           <li>
 885             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 886             alignment down
 887           </li>
 888           <li>
 889             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 890             scale panel
 891           </li>
 892           <li>
 893             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 894             Page Up in wrapped mode
 895           </li>
 896           <li>
 897             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 898           </li>
 899           <li>
 900             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 901           </li>
 902           <li>
 903             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 904             on opening an alignment
 905           </li>
 906           <li>
 907             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 908             Colour menu
 909           </li>
 910           <li>
 911             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 912             different groups in the alignment are selected
 913           </li>
 914           <li>
 915             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 916             correctly in menu
 917           </li>
 918           <li>
 919             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 920             threshold limit
 921           </li>
 922           <li>
 923             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 924             threshold gets 'unrounded'
 925           </li>
 926           <li>
 927             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 928             colour
 929           </li>
 930           <li>
 931             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 932           </li>
 933           <li>
 934             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 935           </li>
 936           <li>
 937             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 938             Tree font
 939           </li>
 940           <li>
 941             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 942             project file
 943           </li>
 944           <li>
 945             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 946             shown in complementary view
 947           </li>
 948           <li>
 949             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 950             without normalisation
 951           </li>
 952           <li>
 953             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 954             of report
 955           </li>
 956           <li>
 957             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 958           </li>
 959           <li>
 960           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 961           </li>
 962         </ul> <em>Editing</em>
 963         <ul>
 964           <li>
 965             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 966             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 967             sequence
 968           </li>
 969           <li>
 970             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 971             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 972             removed (Known defect since 2.10)
 973           </li>
 974           <li>
 975             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 976             dialog corrupts dataset sequence
 977           </li>
 978           <li>
 979             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 980             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 981           </li>
 982         </ul> <em>Datamodel</em>
 983         <ul>
 984           <li>
 985             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 986             sequence's End is greater than its length
 987           </li>
 988         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 989           general release)</em>
 990         <ul>
 991           <li>
 992             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 993           </li>
 994         </ul> <em>New Known Defects</em>
 995         <ul>
 996         <li>
 997         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 998         </li>
 999         <li>
1000           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
1001           regions of protein alignment.
1002         </li>
1003         <li>
1004           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
1005           is restored from a Jalview 2.11 project
1006         </li>
1007         <li>
1008           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
1009           'New View'
1010         </li>
1011         <li>
1012           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1013           columns within hidden columns
1014         </li>
1015         <li>
1016           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
1017           window after dragging left to select columns to left of visible
1018           region
1019         </li>
1020         <li>
1021           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
1022           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
1023           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
1024           create a Score filter instead.
1025         </li>
1026         <li>
1027         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
1028         <li>
1029         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
1030         </li>
1031         <li>
1032           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1033           alignments with multiple views can close views unexpectedly
1034         </li>
1035         </ul>
1036         <em>Java 11 Specific defects</em>
1037           <ul>
1038             <li>
1039               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1040               alphabetically when saved
1041             </li>
1042         </ul>
1043       </td>
1044     </tr>
1045     <tr>
1046     <td width="60" nowrap>
1047       <div align="center">
1048         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1049       </div>
1050     </td>
1051     <td><div align="left">
1052         <em></em>
1053         <ul>
1054             <li>
1055               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1056               InstallAnywhere increased to 1G.
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1060               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1061               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1062                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1063                 properties file.</em>
1064             </li>
1065             <li>
1066               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1067               API and sequence data now imported as JSON.
1068             </li>
1069             <li>
1070               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1071               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1072               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1073               property.
1074             </li>
1075           </ul>
1076           <em>Development</em>
1077           <ul>
1078             <li>
1079               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1080               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1081                 Clover</a>
1082             </li>
1083           </ul>
1084         </div></td>
1085     <td><div align="left">
1086         <em></em>
1087         <ul>
1088             <li>
1089               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1090               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1091               alignment.
1092             </li>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1095               annotation displayed.
1096             </li>
1097             <li>
1098               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1099               for newly created group when 'Apply to all groups'
1100               selected
1101             </li>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1104               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1105               visible.
1106             </li>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1109               when sequences are selected in exported view.</em>
1110             </li>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1113               aren't rendered with correct colour.
1114             </li>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1117               types of knotted RNA secondary structure.
1118             </li>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1121               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1122               do not start at 1.
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1126               annotation when columns are inserted into an alignment,
1127               and when exporting as Stockholm flatfile.
1128             </li>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1131               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1132               treated as RNA secondary structure.
1133             </li>
1134             <li>
1135               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1136               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1137             </li>
1138             <li>
1139               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1140               transfers focus to previous window on OSX
1141             </li>
1142           </ul>
1143           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1144           <ul>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1147               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1148               box.
1149             </li>
1150             <li>
1151               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1152               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1153               'look and feel' which has improved compatibility with the
1154               latest version of OSX.
1155             </li>
1156           </ul>
1157         </div>
1158     </td>
1159     </tr>
1160     <tr>
1161       <td width="60" nowrap>
1162         <div align="center">
1163           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1164             <em>7/06/2018</em></strong>
1165         </div>
1166       </td>
1167       <td><div align="left">
1168           <em></em>
1169           <ul>
1170             <li>
1171               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1172               annotation retrieved from Uniprot
1173             </li>
1174             <li>
1175               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1176               onto the Jalview Desktop
1177             </li>
1178           </ul>
1179         </div></td>
1180       <td><div align="left">
1181           <em></em>
1182           <ul>
1183             <li>
1184               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1185               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1189               right-hand column parsed correctly
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1193               not alignment area in exported graphic
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1197               window has input focus
1198             </li>
1199             <li>
1200               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1201               annotation added to view (Windows)
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1205               network connectivity is poor
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1209               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1210                 the currently open URL and links from a page viewed in
1211                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1212                 you are using Edge, only links in the page can be
1213                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1214                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1215             </li>
1216           </ul>
1217           <em>New Known Defects</em>
1218           <ul>
1219             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1220           </ul>
1221         </div></td>
1222     </tr>
1223     <tr>
1224       <td width="60" nowrap>
1225         <div align="center">
1226           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1227         </div>
1228       </td>
1229       <td><div align="left">
1230           <em></em>
1231           <ul>
1232             <li>
1233               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1234               for disabling automatic superposition of multiple
1235               structures and open structures in existing views
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1239               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1240               adjust them.
1241             </li>
1242             <li>
1243               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1244               Ensembl services
1245             </li>
1246             <li>
1247               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1248               and lots of hidden columns
1249             </li>
1250             <li>
1251               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1252               of features (particularly when transparency is disabled)
1253             </li>
1254             <li>
1255               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1256               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1257               generally available
1258             </li>
1259           </ul>
1260           </div>
1261       </td>
1262       <td><div align="left">
1263           <ul>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1266               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1270               overlapping alignment panel
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1274               sequence as gaps
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1278               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1279               UTR
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1283               factor annotation not added to sequence when local PDB
1284               file associated with it by drag'n'drop or structure
1285               chooser
1286             </li>
1287             <li>
1288               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1289               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1293               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1297               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1301               columns in annotation row
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1305               honored in batch mode
1306             </li>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1309               for structures added to existing Jmol view
1310             </li>
1311             <li>
1312               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1313               entries after importing project with multiple views
1314             </li>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1317               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1318               with negative residue numbers or missing residues fails
1319             </li>
1320             <li>
1321               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1322               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1323               as generated by CONSURF)
1324             </li>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1327               tooltip doesn't include a text description of mutation
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1331               structure and/or overview windows are also shown
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1335               very slow for alignments with large numbers of sequences
1336             </li>
1337             <li>
1338               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1339               with 'StringIndexOutOfBounds'
1340             </li>
1341             <li>
1342               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1343               platforms running Java 10
1344             </li>
1345             <li>
1346               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1347               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1348             </li>
1349           </ul>
1350           <em>Applet</em>
1351           <ul>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1354               should copy the group consensus when popup is opened on it
1355             </li>
1356           </ul>
1357           <em>Batch Mode</em>
1358           <ul>
1359           <li>
1360             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1361           </li>
1362           </ul>
1363           <em>New Known Defects</em>
1364           <ul>
1365             <li>
1366               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1367               editing a large alignment and overview is displayed
1368             </li>
1369             <li>
1370               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1371               repeatedly after a series of edits even when the overview
1372               is no longer reflecting updates
1373             </li>
1374             <li>
1375               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1376               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1377               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1378               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1382               option gives blank output
1383             </li>
1384           </ul>
1385         </div>
1386           </td>
1387     </tr>
1388     <tr>
1389       <td width="60" nowrap>
1390         <div align="center">
1391           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1392         </div>
1393       </td>
1394       <td><div align="left">
1395           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1396               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1397       <td><div align="left">
1398           <em>Desktop</em><ul>
1399           <ul>
1400             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1401             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1402             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1403             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1404             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1405             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1406             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1407           </ul>
1408           </div>
1409       </td>
1410     </tr>
1411     <tr>
1412       <td width="60" nowrap>
1413         <div align="center">
1414           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1415         </div>
1416       </td>
1417       <td><div align="left">
1418           <em></em>
1419           <ul>
1420             <li>
1421               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1422               rendering of sequence features
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1426               429 rate limit request hander
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1430               their colours have changed
1431             </li>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1434               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1438               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1442               view from Ensembl locus cross-references
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1446               Alignment report
1447             </li>
1448             <li>
1449               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1450               feature can be disabled
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1454               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1458               Uniprot
1459             </li>
1460           </ul>
1461           <em>Scripting</em>
1462           <ul>
1463             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1464             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1465               percent identity scores for current alignment.</li>
1466           </ul>
1467           <em>Testing and Deployment</em>
1468           <ul>
1469             <li>
1470               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1471             </li>
1472           </ul>
1473         </div></td>
1474       <td><div align="left">
1475           <em>General</em>
1476           <ul>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1479               threshold text field doesn't trigger an update to the
1480               alignment view
1481             </li>
1482             <li>
1483               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1484               strings in parallel
1485             </li>
1486             <li>
1487               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1488               alignment window is closed
1489             </li>
1490             <li>
1491               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1492               group visibility
1493             </li>
1494             <li>
1495               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1496               takes a long time in Cursor mode
1497             </li>
1498           </ul>
1499           <em>Desktop</em>
1500           <ul>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1503               cannot be viewed in Chimera
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1507               CDS/Protein view
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1511               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1512               Search Dialogs
1513             </li>
1514             <li>
1515               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1516             </li>
1517             <li>
1518               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1519             </li>
1520             <li>
1521               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1522               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1523             </li>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1526               scrolling right in unwapped alignment view
1527             </li>
1528             <li>
1529               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1530               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1531               database
1532             </li>
1533             <li>
1534               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1535               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1536             </li>
1537             <li>
1538               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1539               features of same type and group to be selected for
1540               amending
1541             </li>
1542             <li>
1543               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1544               alignments when hidden columns are present
1545             </li>
1546             <li>
1547               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1548               displaying several structures
1549             </li>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1552               moving a window
1553             </li>
1554             <li>
1555               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1556               within the Jalview desktop on OSX
1557             </li>
1558             <li>
1559               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1560               when in wrapped alignment mode
1561             </li>
1562             <li>
1563               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1564               hand end of alignment
1565             </li>
1566             <li>
1567               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1568               each selected sequence do not have correct start/end
1569               positions
1570             </li>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1573               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1574             </li>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1577               restoring project until a new view is created
1578             </li>
1579             <li>
1580               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1581               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1582               configured (since 2.10.2b2)
1583             </li>
1584             <li>
1585               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1586               position is adjusted
1587             </li>
1588             <li>
1589               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1590               in a multi-chain structure when viewing alignment
1591               involving more than one chain (since 2.10)
1592             </li>
1593             <li>
1594               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1595               if new selection moves alignment window
1596             </li>
1597             <li>
1598               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1599               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1600             </li>
1601             <li>
1602               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1603               that produces correctly annotated transcripts and products
1604             </li>
1605             <li>
1606               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1607               doesn't update associated structure view
1608             </li>
1609           </ul>
1610           <em>Applet</em><br />
1611           <ul>
1612             <li>
1613               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1614               closing alignment panel
1615             </li>
1616           </ul>
1617           <em>BioJSON</em><br />
1618           <ul>
1619             <li>
1620               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1621               non-positional features
1622             </li>
1623           </ul>
1624           <em>New Known Issues</em>
1625           <ul>
1626             <li>
1627               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1628               sequence features correctly (for many previous versions of
1629               Jalview)
1630             </li>
1631             <li>
1632               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1633               using cursor in wrapped panel other than top
1634             </li>
1635             <li>
1636               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1637               graduated colour threshold
1638             </li>
1639             <li>
1640               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1641               always preserve numbering and sequence features
1642             </li>
1643           </ul>
1644           <em>Known Java 9 Issues</em>
1645           <ul>
1646             <li>
1647               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1648               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1649               9.01, OSX 10.10)
1650             </li>
1651           </ul>
1652         </div></td>
1653     </tr>
1654     <tr>
1655       <td width="60" nowrap>
1656         <div align="center">
1657           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1658             <em>2/10/2017</em></strong>
1659         </div>
1660       </td>
1661       <td><div align="left">
1662           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1663           <ul>
1664             <li>
1665               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1666             </li>
1667             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1668             </li>
1669           </ul>
1670         </div></td>
1671       <td><div align="left">
1672         </div></td>
1673     </tr>
1674     <tr>
1675       <td width="60" nowrap>
1676         <div align="center">
1677           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1678             <em>7/9/2017</em></strong>
1679         </div>
1680       </td>
1681       <td><div align="left">
1682           <em></em>
1683           <ul>
1684             <li>
1685               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1686               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1687               white)
1688             </li>
1689             <li>
1690               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1691               Preferences
1692             </li>
1693             <li>
1694               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1695               in size and progress bar shown as higher resolution
1696               overview is recalculated
1697             </li>
1698
1699           </ul>
1700         </div></td>
1701       <td><div align="left">
1702           <em></em>
1703           <ul>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1706               column region row by row
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1710               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1714               format setting is unticked
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1718               if group has show boxes format setting unticked
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1722               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1723               include sequences and columns not currently displayed
1724             </li>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1727               assemblies are imported via CIF file
1728             </li>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1731               displayed when threshold or conservation colouring is also
1732               enabled.
1733             </li>
1734             <li>
1735               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1736               server version
1737             </li>
1738             <li>
1739               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1740               dragging a selected region off the visible region of the
1741               alignment
1742             </li>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1745               colourscheme to all groups in a view
1746             </li>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1749               initially after font size change using the Font chooser or
1750               middle-mouse zoom
1751             </li>
1752           </ul>
1753         </div></td>
1754     </tr>
1755     <tr>
1756       <td width="60" nowrap>
1757         <div align="center">
1758           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1759         </div>
1760       </td>
1761       <td><div align="left">
1762           <em>Calculations</em>
1763           <ul>
1764
1765             <li>
1766               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1767               ungapped positions in each column of the alignment.
1768             </li>
1769             <li>
1770               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1771               a calculation dialog box
1772             </li>
1773             <li>
1774               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1775               and memory efficiency (~30x faster)
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1779               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1780               and other calculations
1781             </li>
1782             <li>
1783               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1784               files within the Jalview codebase
1785             </li>
1786             <li>
1787               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1788               Similarity may have different topology due to increased
1789               precision
1790             </li>
1791           </ul>
1792           <em>Rendering</em>
1793           <ul>
1794             <li>
1795               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1796               model for alignments and groups
1797             </li>
1798             <li>
1799               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1800               scripts
1801             </li>
1802           </ul>
1803           <em>Overview</em>
1804           <ul>
1805             <li>
1806               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1807               with alignment and overview windows
1808             </li>
1809             <li>
1810               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1811               overview
1812             </li>
1813             <li>
1814               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1815               omitted in Overview
1816             </li>
1817             <li>
1818               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1819               adjustment of visible position
1820             </li>
1821           </ul>
1822
1823           <em>Data import/export</em>
1824           <ul>
1825             <li>
1826               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1827               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1828             </li>
1829             <li>
1830               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1831               annotation input/output via stockholm flatfile
1832             </li>
1833             <li>
1834               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1835               extension when importing structure files without embedded
1836               names or PDB accessions
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1840               format sequence substitution matrices
1841             </li>
1842           </ul>
1843           <em>User Interface</em>
1844           <ul>
1845             <li>
1846               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1847               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1848               the application.
1849             </li>
1850             <li>
1851               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1852               via Overview or sequence motif search operations
1853             </li>
1854             <li>
1855               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1856               opened by double clicking gaps within sequence feature
1857               extent
1858             </li>
1859             <li>
1860               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1861               aligned positions were available to create a 3D structure
1862               superposition.
1863             </li>
1864           </ul>
1865           <em>3D Structure</em>
1866           <ul>
1867             <li>
1868               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1869               coloured in linked structure views
1870             </li>
1871             <li>
1872               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1873               file-based command exchange
1874             </li>
1875             <li>
1876               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1877               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1878               structures are already available for sequences
1879             </li>
1880             <li>
1881               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1882               the Jalview project rather than downloaded again when the
1883               project is reopened.
1884             </li>
1885             <li>
1886               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1887               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1888               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1889                 Feature</strong>)
1890             </li>
1891           </ul>
1892           <em>Web Services</em>
1893           <ul>
1894             <li>
1895               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1896             </li>
1897             <li>
1898               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1899               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1900               Analysis services
1901             </li>
1902             <li>
1903               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1904               cross-references provided by identifiers.org and the
1905               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1906             </li>
1907           </ul>
1908
1909           <em>Scripting</em>
1910           <ul>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1913               identifying file formats (instead of String constants)
1914             </li>
1915             <li>
1916               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1917               efficiency when counting all displayed features (not
1918               backwards compatible with 2.10.1)
1919             </li>
1920           </ul>
1921           <em>Example files</em>
1922           <ul>
1923             <li>
1924               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1925               included in the example feature file
1926             </li>
1927           </ul>
1928           <em>Documentation</em>
1929           <ul>
1930             <li>
1931               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1932               with the built-in Java help viewer
1933             </li>
1934             <li>
1935               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1936               sequence description' option
1937             </li>
1938           </ul>
1939           <em>Test Suite</em>
1940           <ul>
1941             <li>
1942               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1943               Uniprot REST Free Text Search Client
1944             </li>
1945             <li>
1946               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1947             </li>
1948             <li>
1949               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1950               during tests
1951             </li>
1952           </ul>
1953         </div></td>
1954       <td><div align="left">
1955           <em>Calculations</em>
1956           <ul>
1957             <li>
1958               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1959               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1960               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1961             </li>
1962             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1963               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1964               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1965               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1966               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1967               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1968               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1969               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1970               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1971               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1972               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1973               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1974               // for 2.10.1 mode <br />
1975               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1976               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1977                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1978                 calculations (not recommended)</em></li>
1979             <li>
1980               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1981               scaling of branch lengths for trees computed using
1982               Sequence Feature Similarity.
1983             </li>
1984             <li>
1985               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1986               generating output report when working with highly
1987               redundant alignments
1988             </li>
1989             <li>
1990               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1991               right of selected region when gaps present on right-hand
1992               boundary
1993             </li>
1994           </ul>
1995           <em>User Interface</em>
1996           <ul>
1997             <li>
1998               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1999               doesn't reselect a specific sequence's associated
2000               annotation after it was used for colouring a view
2001             </li>
2002             <li>
2003               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2004               opened on a region of alignment without groups
2005             </li>
2006             <li>
2007               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2008               of an alignment with overlapping groups
2009             </li>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2012               name and description match
2013             </li>
2014             <li>
2015               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2016               hidden regions results in incorrect hidden regions
2017             </li>
2018             <li>
2019               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2020               changing colour does not apply Conservation slider value
2021               to all groups
2022             </li>
2023             <li>
2024               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2025               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2026             </li>
2027             <li>
2028               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2029               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2030             </li>
2031             <li>
2032               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2033               gaps before start of features
2034             </li>
2035             <li>
2036               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2037               restored to UI when feature colour is edited
2038             </li>
2039             <li>
2040               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2041               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2042             </li>
2043             <li>
2044               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2045               as graduate feature colour settings are modified via the
2046               dialog box
2047             </li>
2048             <li>
2049               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2050               when a group defined on the alignment is resized
2051             </li>
2052             <li>
2053               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2054               wrapped view result in positional status updates
2055             </li>
2056
2057             <li>
2058               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2059               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2060             </li>
2061             <li>
2062               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2063               alignment included gapped columns
2064             </li>
2065             <li>
2066               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2067               widgets don't permanently disappear
2068             </li>
2069             <li>
2070               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2071               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2072               T-Coffee column reliability scores)
2073             </li>
2074             <li>
2075               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2076               sequence feature on gaps only
2077             </li>
2078             <li>
2079               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2080               button from a Find inherit previously defined feature type
2081               rather than the Find query string
2082             </li>
2083             <li>
2084               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2085               exporting tree calculated in Jalview
2086             </li>
2087             <li>
2088               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2089               and then revealing them reorders sequences on the
2090               alignment
2091             </li>
2092             <li>
2093               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2094               doesn't update to reflect available set of groups after
2095               interactively adding or modifying features
2096             </li>
2097             <li>
2098               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2099               Linux
2100             </li>
2101             <li>
2102               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2103               only excluded gaps in current sequence and ignored
2104               selection.
2105             </li>
2106           </ul>
2107           <em>Rendering</em>
2108           <ul>
2109             <li>
2110               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2111               erratically when hidden rows or columns are present
2112             </li>
2113             <li>
2114               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2115               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2116               sequence colouring
2117             </li>
2118             <li>
2119               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2120               colour and group colour menu for protein alignments
2121             </li>
2122             <li>
2123               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2124               reflect currently selected view or group's shading
2125               thresholds
2126             </li>
2127             <li>
2128               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2129               when rendered on overview and structures when opacity at
2130               100%
2131             </li>
2132             <li>
2133               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2134               overview when features overlaid on alignment
2135             </li>
2136             <li>
2137               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2138               recovered correctly from Jalview project file
2139             </li>
2140             <li>
2141               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2142               (automatically via preferences) are different to the main
2143               alignment panel
2144             </li>
2145           </ul>
2146           <em>Data import/export</em>
2147           <ul>
2148             <li>
2149               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2150               load
2151             </li>
2152             <li>
2153               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2154               added after a sequence was imported are not written to
2155               Stockholm File
2156             </li>
2157             <li>
2158               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2159               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2160             </li>
2161             <li>
2162               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2163               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2164             </li>
2165             <li>
2166               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2167               with lightGray or darkGray via features file (but can
2168               specify lightgray)
2169             </li>
2170             <li>
2171               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2172               when alignment view imported from project
2173             </li>
2174             <li>
2175               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2176               structure and sequences extracted from structure files
2177               imported via URL and viewed in Jmol
2178             </li>
2179             <li>
2180               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2181               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2182               the project is loaded and the structure viewed
2183             </li>
2184           </ul>
2185           <em>Web Services</em>
2186           <ul>
2187             <li>
2188               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2189               release of Ensembl v.88
2190             </li>
2191             <li>
2192               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2193               appear enabled in Preferences->Connections
2194             </li>
2195             <li>
2196               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2197               removed from console output
2198             </li>
2199             <li>
2200               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2201               Ensembl by Peptide ID
2202             </li>
2203             <li>
2204               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2205               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2206               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2207               due to 'null' string rather than empty string used for
2208               residues with no corresponding PDB mapping).
2209             </li>
2210           </ul>
2211           <em>Application UI</em>
2212           <ul>
2213             <li>
2214               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2215               menu
2216             </li>
2217             <li>
2218               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2219               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2220               new documentation and tooltips added)
2221             </li>
2222             <li>
2223               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2224               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2225             </li>
2226             <li>
2227               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2228               new features are added to alignment
2229             </li>
2230             <li>
2231               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2232               changes to feature colours via the Amend features dialog
2233             </li>
2234             <li>
2235               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2236               edit graduated feature colour via amend features dialog
2237               box
2238             </li>
2239             <li>
2240               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2241               selection menu changes colours of alignment views
2242             </li>
2243             <li>
2244               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2245               from alignment calculation workers after alignment has
2246               been closed
2247             </li>
2248             <li>
2249               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2250               groups now 'Create Group'
2251             </li>
2252             <li>
2253               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2254               Create/Undefine group doesn't always work
2255             </li>
2256             <li>
2257               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2258               shown again after pressing 'Cancel'
2259             </li>
2260             <li>
2261               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2262               adjusts start position in wrap mode
2263             </li>
2264             <li>
2265               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2266               ambiguous amino acids
2267             </li>
2268             <li>
2269               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2270               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2271               proteins
2272             </li>
2273             <li>
2274               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2275               Defined' don't appear in Colours menu
2276             </li>
2277           </ul>
2278           <em>Applet</em>
2279           <ul>
2280             <li>
2281               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2282               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2283             </li>
2284             <li>
2285               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2286               overview or linked structure view
2287             </li>
2288             <li>
2289               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2290               work (since 2.8)
2291             </li>
2292             <li>
2293               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2294               user-defined colourscheme doesn't restore original
2295               colourscheme
2296             </li>
2297           </ul>
2298           <em>Test Suite</em>
2299           <ul>
2300             <li>
2301               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2302               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2303             </li>
2304             <li>
2305               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2306               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2307               problems with deep array comparison equality asserts in
2308               successive versions of TestNG
2309             </li>
2310             <li>
2311               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2312               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2313             </li>
2314           </ul>
2315           <em>New Known Issues</em>
2316           <ul>
2317             <li>
2318               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2319               phase after a sequence motif find operation
2320             </li>
2321             <li>
2322               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2323               containing just upper and lower case letters are
2324               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2325             </li>
2326             <li>
2327               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2328               reliably from eggnog Ortholog database
2329             </li>
2330             <li>
2331               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2332               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2333               to mark columns containing highlighted regions.
2334             </li>
2335             <li>
2336               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2337               doesn't always add secondary structure annotation.
2338             </li>
2339           </ul>
2340         </div>
2341     <tr>
2342       <td width="60" nowrap>
2343         <div align="center">
2344           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2345         </div>
2346       </td>
2347       <td><div align="left">
2348           <em>General</em>
2349           <ul>
2350             <li>
2351               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2352               for all consensus calculations
2353             </li>
2354             <li>
2355               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2356               3rd Oct 2016)
2357             </li>
2358             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2359               for 2016-2017</li>
2360           </ul>
2361           <em>Application</em>
2362           <ul>
2363             <li>
2364               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2365               set of database cross-references, sorted alphabetically
2366             </li>
2367             <li>
2368               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2369               from database cross references. Users with custom links
2370               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2371                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2372             </li>
2373             <li>
2374               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2375               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2376               Chimera session
2377             </li>
2378             <li>
2379               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2380               the Chimera it is connected to is shut down
2381             </li>
2382             <li>
2383               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2384               columns menu item to mark columns containing highlighted
2385               regions (e.g. from structure selections or results of a
2386               Find operation)
2387             </li>
2388             <li>
2389               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2390               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2391               MSAviewer
2392             </li>
2393           </ul>
2394         </div></td>
2395       <td>
2396         <div align="left">
2397           <em>General</em>
2398           <ul>
2399             <li>
2400               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2401               are not coloured or thresholded according to percent
2402               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2403             </li>
2404             <li>
2405               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2406               hydrophobic
2407             </li>
2408             <li>
2409               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2410               threshold, amino acid properties)
2411             </li>
2412             <li>
2413               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2414               reported as mapped to residues in a structure file in the
2415               View Mapping report
2416             </li>
2417             <li>
2418               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2419               could be added multiple times to a sequence
2420             </li>
2421             <li>
2422               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2423               bond features shown as two highlighted residues rather
2424               than a range in linked structure views, and treated
2425               correctly when selecting and computing trees from features
2426             </li>
2427             <li>
2428               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2429               cross-references are matched to database name regardless
2430               of case
2431             </li>
2432
2433           </ul>
2434           <em>Application</em>
2435           <ul>
2436             <li>
2437               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2438               names without regular expressions also offer links from
2439               Sequence ID
2440             </li>
2441             <li>
2442               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2443               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2444               update Jalview configuration
2445             </li>
2446             <li>
2447               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2448               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2449             </li>
2450             <li>
2451               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2452               files with similarly named sequences if dropped onto the
2453               alignment
2454             </li>
2455             <li>
2456               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2457               entries where more chains exist in the PDB accession than
2458               are reported in the SIFTS file
2459             </li>
2460             <li>
2461               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2462               the structure view when displayed with Chimera
2463             </li>
2464             <li>
2465               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2466               panel's View->Show Chains submenu
2467             </li>
2468             <li>
2469               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2470               work for wrapped alignment views
2471             </li>
2472             <li>
2473               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2474               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2475             </li>
2476             <li>
2477               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2478               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2479               first annotation row
2480             </li>
2481             <li>
2482               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2483               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2484             </li>
2485             <li>
2486               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2487               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2488             </li>
2489             <!-- JAL-2319 -->
2490             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2491             coordindate data
2492             </li>
2493           </ul>
2494           <!--           <em>New Known Issues</em>
2495           <ul>
2496             <li></li>
2497           </ul> -->
2498         </div>
2499       </td>
2500     </tr>
2501     <td width="60" nowrap>
2502       <div align="center">
2503         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2504           <em>25/10/2016</em></strong>
2505       </div>
2506     </td>
2507     <td><em>Application</em>
2508       <ul>
2509         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2510           view if structures already loaded</li>
2511         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2512           structure views</li>
2513       </ul></td>
2514     <td>
2515       <div align="left">
2516         <em>General</em>
2517         <ul>
2518           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2519             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2520           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2521             example sequences/projects/trees</li>
2522         </ul>
2523         <em>Application</em>
2524         <ul>
2525           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2526             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2527           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2528             without timeout for structures with multiple models or
2529             multiple sequences in alignment</li>
2530           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2531             PDB ID HEADER line</li>
2532           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2533             is performed</li>
2534           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2535             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2536           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2537           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2538             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2539             option</li>
2540           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2541             is created on the alignment</li>
2542           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2543             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2544             pop-up menu</li>
2545         </ul>
2546         <em>Build and deployment</em>
2547         <ul>
2548           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2549             tags</li>
2550         </ul>
2551         <em>New Known Issues</em>
2552         <ul>
2553           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2554             on Windows</li>
2555         </ul>
2556       </div>
2557     </td>
2558     </tr>
2559     <tr>
2560       <td width="60" nowrap>
2561         <div align="center">
2562           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2563         </div>
2564       </td>
2565       <td><em>General</em>
2566         <ul>
2567           <li>
2568             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2569           </li>
2570           <li>
2571             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2572             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2573             better PDB parsing.
2574           </li>
2575           <li>
2576             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2577             reference sequence
2578           </li>
2579           <li>
2580             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2581             mousing over sequence associated annotation
2582           </li>
2583           <li>
2584             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2585             for manual entry
2586           </li>
2587           <li>
2588             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2589             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2590             for each column
2591           </li>
2592           <li>
2593             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2594             showing or hiding columns containing a feature
2595           </li>
2596           <li>
2597             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2598             group and sequence associated annotation labels
2599           </li>
2600           <li>
2601             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2602             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2603             dialogs
2604           </li>
2605
2606         </ul> <em>Application</em>
2607         <ul>
2608           <li>
2609             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2610             gene/transcript view
2611           </li>
2612           <li>
2613             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2614             dialog
2615           </li>
2616           <li>
2617             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2618             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2619           </li>
2620           <li>
2621             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2622             Pfam sources to xfam.org
2623           </li>
2624           <li>
2625             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2626           </li>
2627           <li>
2628             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2629             over sequences in Jalview
2630           </li>
2631           <li>
2632             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2633             regions in ENA and EMBL
2634           </li>
2635           <li>
2636             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2637             for record retrieval via ENA rest API
2638           </li>
2639           <li>
2640             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2641             complement operator
2642           </li>
2643           <li>
2644             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2645             groovy script execution
2646           </li>
2647           <li>
2648             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2649             alignment window's Calculate menu
2650           </li>
2651           <li>
2652             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2653             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2654           </li>
2655           <li>
2656             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2657             calculation workers from groovy scripts
2658           </li>
2659           <li>
2660             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2661             Jalview projects
2662           </li>
2663           <li>
2664             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2665             associations are now saved/restored from project
2666           </li>
2667           <li>
2668             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2669             before sequence fetcher is opened
2670           </li>
2671           <li>
2672             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2673             database chooser opens a sequence fetcher
2674           </li>
2675           <li>
2676             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2677             the UniProt REST API
2678           </li>
2679           <li>
2680             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2681             the news reader opening
2682           </li>
2683           <li>
2684             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2685             querying stored in preferences
2686           </li>
2687           <li>
2688             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2689             search results
2690           </li>
2691           <li>
2692             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2693           </li>
2694           <li>
2695             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2696             menu for nucleotide sequences
2697           </li>
2698           <li>
2699             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2700             and feature counts preserves alignment ordering (and
2701             debugged for complex feature sets).
2702           </li>
2703           <li>
2704             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2705             viewing structures with Jalview 2.10
2706           </li>
2707           <li>
2708             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2709             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2710             Ensembl Genomes REST API
2711           </li>
2712           <li>
2713             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2714             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2715             (Ensembl)
2716           </li>
2717           <li>
2718             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2719             sequences
2720           </li>
2721           <li>
2722             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2723             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2724             data from external database records.
2725           </li>
2726           <li>
2727             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2728             efficient recovery of sequence coding and alignment
2729             annotation relationships.
2730           </li>
2731         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2732         <ul>
2733           <li>
2734             -- JAL---
2735           </li>
2736         </ul> --></td>
2737       <td>
2738         <div align="left">
2739           <em>General</em>
2740           <ul>
2741             <li>
2742               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2743               menu on OSX
2744             </li>
2745             <li>
2746               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2747               includes graduated colourschemes
2748             </li>
2749             <li>
2750               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2751               working with big alignments and lots of hidden columns
2752             </li>
2753             <li>
2754               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2755               at right of alignment window
2756             </li>
2757             <li>
2758               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2759               contents
2760             </li>
2761             <li>
2762               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2763               for DNA alignments
2764             </li>
2765             <li>
2766               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2767               based tree calculation
2768             </li>
2769             <li>
2770               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2771               unconserved enabled for group on alignment
2772             </li>
2773             <li>
2774               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2775               set as reference
2776             </li>
2777             <li>
2778               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2779               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2780               annotation
2781             </li>
2782             <li>
2783               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2784               hidden columns present
2785             </li>
2786             <li>
2787               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2788               user created annotation added to alignment
2789             </li>
2790             <li>
2791               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2792               '()' base pair annotation
2793             </li>
2794             <li>
2795               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2796               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2797               Consensus
2798             </li>
2799             <li>
2800               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2801               feature not working
2802             </li>
2803             <li>
2804               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2805               beginning of sequence
2806             </li>
2807             <li>
2808               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2809               entry 3a6s
2810             </li>
2811             <li>
2812               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2813               from a tree when t-coffee scores are shown
2814             </li>
2815             <li>
2816               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2817               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2818             </li>
2819             <li>
2820               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2821               some structures
2822             </li>
2823             <li>
2824               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2825               to Clustal, PIR and PileUp output
2826             </li>
2827             <li>
2828               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2829               not visible causes alignment window to repaint
2830             </li>
2831             <li>
2832               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2833               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2834               scores associated with features and annotation rows
2835             </li>
2836             <li>
2837               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2838               calculation should be case independent
2839             </li>
2840             <li>
2841               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2842               columns
2843             </li>
2844             <li>
2845               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2846               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2847               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2848             </li>
2849             <li>
2850               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2851               problems when reference sequence defined and 'show
2852               non-conserved' enabled
2853             </li>
2854             <li>
2855               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2856               load even when Consensus calculation is disabled
2857             </li>
2858             <li>
2859               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2860               alignment does nothing
2861             </li>
2862           </ul>
2863           <em>Application</em>
2864           <ul>
2865             <li>
2866               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2867               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2868               yet fixed for El Capitan)
2869             </li>
2870             <li>
2871               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2872               output when running on non-gb/us i18n platforms
2873             </li>
2874             <li>
2875               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2876               hidden sequences as flat-file alignment
2877             </li>
2878             <li>
2879               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2880               launching Chimera
2881             </li>
2882             <li>
2883               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2884               (also hotfix for 2.9.0b2)
2885             </li>
2886             <li>
2887               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2888               reference sequence defined
2889             </li>
2890             <li>
2891               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2892               alignments and views when revealing hidden columns
2893             </li>
2894             <li>
2895               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2896               view in a cDNA/Protein splitframe
2897             </li>
2898             <li>
2899               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2900               sequence from project when only one sequence is
2901               represented
2902             </li>
2903             <li>
2904               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2905               in Structure Chooser
2906             </li>
2907             <li>
2908               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2909               structure consensus didn't refresh annotation panel
2910             </li>
2911             <li>
2912               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2913               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2914             </li>
2915             <li>
2916               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2917               dialogs format columns correctly, don't display array
2918               data, sort columns according to type
2919             </li>
2920             <li>
2921               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2922               file chooser is cancelled during an image export
2923             </li>
2924             <li>
2925               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2926               sequence name containing special characters
2927             </li>
2928             <li>
2929               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2930               case insensitive
2931             </li>
2932             <li>
2933               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2934               formatting don't wrap
2935             </li>
2936             <li>
2937               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2938               truncated so L looks like I in consensus annotation
2939             </li>
2940             <li>
2941               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2942               currently displayed features for the current selection or
2943               view
2944             </li>
2945             <li>
2946               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2947               after fetching cross-references, and restoring from
2948               project
2949             </li>
2950             <li>
2951               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2952               followed in the structure viewer
2953             </li>
2954             <li>
2955               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2956               splitframe not restored from project
2957             </li>
2958             <li>
2959               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2960               trailing end of protein alignment in transcript/product
2961               splitview when pad-gaps not enabled by default
2962             </li>
2963             <li>
2964               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2965               is case dependent
2966             </li>
2967             <li>
2968               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2969               article has been read (reopened issue due to
2970               internationalisation problems)
2971             </li>
2972             <li>
2973               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2974               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2975               cross-references
2976             </li>
2977
2978             <li>
2979               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2980               alignment as HTML
2981             </li>
2982             <li>
2983               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2984               multiple structures are shown for one or more sequences.
2985             </li>
2986             <li>
2987               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2988               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2989               is enabled.
2990             </li>
2991             <li>
2992               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2993               specific PDB id for sequence
2994             </li>
2995             <li>
2996               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2997               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2998               columns' is disabled.
2999             </li>
3000             <li>
3001               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3002               selects lowest rather than highest resolution structures
3003               for each sequence
3004             </li>
3005             <li>
3006               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3007               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3008             </li>
3009             <li>
3010               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3011               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3012             </li>
3013             <li>
3014               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3015               after clicking on it to create new annotation for a
3016               column.
3017             </li>
3018             <li>
3019               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3020               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3021             </li>
3022             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3023             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3024           </ul>
3025           <em>Applet</em>
3026           <ul>
3027             <li>
3028               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3029               hidden columns present before start of sequence
3030             </li>
3031             <li>
3032               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3033               (JSON jars)
3034             </li>
3035             <li>
3036               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3037               sequences are hidden in applet
3038             </li>
3039             <li>
3040               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3041               deployment on examples pages.
3042             </li>
3043           </ul>
3044         </div>
3045       </td>
3046     </tr>
3047     <tr>
3048       <td width="60" nowrap>
3049         <div align="center">
3050           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3051             <em>16/10/2015</em></strong>
3052         </div>
3053       </td>
3054       <td><em>General</em>
3055         <ul>
3056           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3057             jars</li>
3058         </ul></td>
3059       <td>
3060         <div align="left">
3061           <em>Application</em>
3062           <ul>
3063             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3064               shown when tree is partitioned</li>
3065             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3066               multiple cDNA/Protein split views</li>
3067           </ul>
3068         </div>
3069       </td>
3070     </tr>
3071     <tr>
3072       <td width="60" nowrap>
3073         <div align="center">
3074           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3075             <em>8/10/2015</em></strong>
3076         </div>
3077       </td>
3078       <td><em>General</em>
3079         <ul>
3080           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3081             2.9</li>
3082         </ul> <em>Application</em>
3083         <ul>
3084           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3085           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3086           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3087         </ul> <em>Applet</em>
3088         <ul>
3089           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3090         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3091         <ul>
3092           <li>
3093             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3094             suite
3095           </li>
3096         </ul></td>
3097       <td>
3098         <div align="left">
3099           <em>General</em>
3100           <ul>
3101             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3102               incorrect when sequence start > 1</li>
3103             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3104               documentation</li>
3105             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3106             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3107               loading a features file containing HTML tags in feature
3108               description</li>
3109
3110           </ul>
3111           <em>Application</em>
3112           <ul>
3113             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3114               reimport</li>
3115             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3116               with 'trim retrieved sequences'</li>
3117             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3118               deleting selected columns</li>
3119             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3120               JNLP templates for webstart launch</li>
3121             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3122               unreleased structures for download or viewing</li>
3123             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3124               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3125             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3126               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3127             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3128               recovered from jalview project</li>
3129             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3130               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3131               alignment view</li>
3132             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3133               color schemes from BioJSON</li>
3134           </ul>
3135           <em>Applet</em>
3136           <ul>
3137             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3138               frame</li>
3139             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3140           </ul>
3141         </div>
3142       </td>
3143     </tr>
3144     <tr>
3145       <td><div align="center">
3146           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3147         </div></td>
3148       <td><em>General</em>
3149         <ul>
3150           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3151             alignments:
3152             <ul>
3153               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3154                 and DNA alignment views</li>
3155               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3156                 cDNA alignment views</li>
3157               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3158                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3159               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3160                 protein sequences</li>
3161             </ul>
3162           </li>
3163           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3164           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3165             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3166           <li>New alignment annotation file statements for
3167             reference sequences and marking hidden columns</li>
3168           <li>Reference sequence based alignment shading to
3169             highlight variation</li>
3170           <li>Select or hide columns according to alignment
3171             annotation</li>
3172           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3173           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3174             acid conservation row</li>
3175           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3176         </ul> <em>Application</em>
3177         <ul>
3178           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3179             <ul>
3180               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3181                 view with cDNA/Protein</li>
3182               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3183                 sequences are placed in the same alignment</li>
3184               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3185                 projects</li>
3186             </ul>
3187           </li>
3188
3189           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3190           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3191             Jalview windows</li>
3192
3193           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3194           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3195           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3196             be shown in VARNA</li>
3197
3198           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3199             as the active selected region</li>
3200
3201           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3202             similarity</li>
3203           <li>New Export options
3204             <ul>
3205               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3206                 region export in flat file generation</li>
3207
3208               <li>Export alignment views for display with the <a
3209                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3210
3211               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3212               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3213                 alignment figures to HTML</li>
3214           </li>
3215           <li>3D structure retrieval and display
3216             <ul>
3217               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3218                 Search API</li>
3219               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3220                 PDB structures for a sequence set</li>
3221             </ul>
3222           </li>
3223
3224           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3225             predictions</li>
3226           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3227             for one or a group of sequences</li>
3228           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3229             from the JPred4 web server</li>
3230           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3231             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3232             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3233           </li>
3234           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3235             VARNA 2D Structure'</li>
3236           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3237             Structure ..."</li>
3238
3239         </ul> <em>Applet</em>
3240         <ul>
3241           <li>New layout for applet example pages</li>
3242           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3243             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3244           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3245             Protein alignments</li>
3246         </ul> <em>Development and deployment</em>
3247         <ul>
3248           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3249           <li>Include installation type and git revision in build
3250             properties and console log output</li>
3251           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3252             storing BioJsMSA Templates</li>
3253           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3254         </ul></td>
3255       <td>
3256         <!-- <em>General</em>
3257         <ul>
3258         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3259         <ul>
3260           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3261           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3262           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3263             predictions are not highlighted in amber</li>
3264           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3265             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3266           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3267             associated structure views</li>
3268           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3269             width checkbox not enabled</li>
3270           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3271             creating user defined colours</li>
3272           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3273             mappings for just that viewer's sequences</li>
3274           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3275             multiple models in Chimera</li>
3276           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3277             over Jmol structure</li>
3278           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3279             output to text box</li>
3280           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3281             have incorrect sequence start/end</li>
3282           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3283             Jalview fails</li>
3284           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3285             work for nucleotide</li>
3286           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3287             to a grey/invisible alignment window</li>
3288           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3289             imports to different position</li>
3290           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3291             on some platforms</li>
3292           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3293             populated</li>
3294           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3295             console if Chimera has been opened</li>
3296           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3297           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3298             retrieved</li>
3299           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3300           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3301             either sequence shows on first structure</li>
3302           <li>'Show annotations' options should not make
3303             non-positional annotations visible</li>
3304           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3305             in right place after 'view flanking regions'</li>
3306           <li>File Save As type unset when current file format is
3307             unknown</li>
3308           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3309             projects</li>
3310           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3311             responsive</li>
3312           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3313             several views on same alignment</li>
3314           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3315           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3316             spaces</li>
3317         </ul> <em>Applet</em>
3318         <ul>
3319           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3320           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3321             descriptions containing angle brackets</li>
3322         </ul> <em>General</em>
3323         <ul>
3324           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3325             via jalview annotation file</li>
3326           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3327             with RNA secondary structure</li>
3328           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3329             translation doesn't work.</li>
3330           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3331           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3332             positions</li>
3333           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3334             choosing 1pt font</li>
3335           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3336             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3337             'h'</li>
3338           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3339             new feature</li>
3340           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3341             order dependent</li>
3342           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3343             sequences</li>
3344           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3345         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3346         <ul>
3347           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3348             www.jalview.org</li>
3349         </ul> <em>Application Known issues</em>
3350         <ul>
3351           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3352           <li>Misleading message appears after trying to delete
3353             solid column.</li>
3354           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3355             version launches</li>
3356           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3357             fails with a sequence mismatch</li>
3358           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3359             scrolling alignment to right</li>
3360           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3361             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3362           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3363             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3364           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3365             ultra-high resolution</li>
3366           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3367             quality and conservation</li>
3368           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3369             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3370         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3371         <ul>
3372           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3373           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3374             window is being resized</li>
3375
3376         </ul>
3377       </td>
3378     </tr>
3379     <tr>
3380       <td><div align="center">
3381           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3382         </div></td>
3383       <td><em>General</em>
3384         <ul>
3385           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3386             Certum.PL.</li>
3387           <li>Features and annotation preserved when performing
3388             pairwise alignment</li>
3389           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3390             imported/exported/displayed</li>
3391           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3392             protein secondary structure</li>
3393           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3394               post-hoc with 2.9 release</em>)
3395           </li>
3396
3397         </ul> <em>Application</em>
3398         <ul>
3399           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3400             with 3D structures</li>
3401           <li>Support for parsing RNAML</li>
3402           <li>Annotations menu for layout
3403             <ul>
3404               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3405               <li>place sequence annotation above/below alignment
3406                 annotation</li>
3407             </ul>
3408           <li>Output in Stockholm format</li>
3409           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3410             translation</li>
3411           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3412           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3413             shared between alignments</li>
3414           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3415             Jalview</li>
3416           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3417             all or current selection</li>
3418           <li>disorder and secondary structure predictions
3419             available as dataset annotation</li>
3420           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3421
3422
3423           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3424             alignments from Rfam</li>
3425           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3426
3427           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3428             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3429           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3430           <li>include installation type in build properties and
3431             console log output</li>
3432           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3433             annotation</li>
3434         </ul></td>
3435       <td>
3436         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3437         <ul>
3438           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3439             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3440           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3441             alignment</li>
3442           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3443           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3444           <li>Double click on sequence associated annotation
3445             selects only first column</li>
3446           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3447             leaves shown in tree</li>
3448           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3449             properly</li>
3450           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3451           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3452             screen and buttons not visible</li>
3453           <li>author list isn't updated if already written to
3454             Jalview properties</li>
3455           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3456             from database</li>
3457           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3458           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3459             browser search window</li>
3460           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3461             in feature settings dialog</li>
3462           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3463             desktop</li>
3464           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3465             pass validation</li>
3466           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3467             fit on screen</li>
3468           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3469             tooltip</li>
3470           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3471             defined user preset</li>
3472           <li>MSA web services warns user if they were launched
3473             with invalid input</li>
3474           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3475             Java 8</li>
3476           <li>
3477             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3478             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3479             created
3480           </li>
3481
3482         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3483         <ul>
3484         </ul> <em>General</em>
3485         <ul>
3486         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3487         <ul>
3488           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3489             memory allocation</li>
3490           <li>launchApp service doesn't automatically open
3491             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3492           <li>
3493             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3494             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3495             1.7_055 is available
3496           </li>
3497         </ul> <em>Application Known issues</em>
3498         <ul>
3499           <li>
3500             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3501             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3502             alignment to right
3503           </li>
3504           <li>
3505             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3506             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3507             with large number of ID
3508           </li>
3509           <li>
3510             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3511             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3512             start/end
3513           </li>
3514           <li>
3515             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3516             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3517             structure tracks are rearranged
3518           </li>
3519           <li>
3520             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3521             invalid rna structure positional highlighting does not
3522             highlight position of invalid base pairs
3523           </li>
3524           <li>
3525             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3526             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3527             project from alignment window file menu
3528           </li>
3529           <li>
3530             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3531             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3532             structures
3533           </li>
3534           <li>
3535             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3536             colour by RNA Helices not enabled when user created
3537             annotation added to alignment
3538           </li>
3539           <li>
3540             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3541             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3542           </li>
3543         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3544         <ul>
3545           <li>
3546             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3547             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3548           </li>
3549           <li>
3550             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3551             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3552           </li>
3553
3554           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3555             when selected</li>
3556         </ul>
3557       </td>
3558     </tr>
3559     <tr>
3560       <td><div align="center">
3561           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3562         </div></td>
3563       <td>
3564         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3565         <em>General</em>
3566         <ul>
3567           <li>Internationalisation of user interface (usually
3568             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3569           <li>Define/Undefine group on current selection with
3570             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3571           <li>Improved group creation/removal options in
3572             alignment/sequence Popup menu</li>
3573           <li>Sensible precision for symbol distribution
3574             percentages shown in logo tooltip.</li>
3575           <li>Annotation panel height set according to amount of
3576             annotation when alignment first opened</li>
3577         </ul> <em>Application</em>
3578         <ul>
3579           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3580             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3581           <li>Select columns containing particular features from
3582             Feature Settings dialog</li>
3583           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3584             sequences</li>
3585           <li>Update Jalview project format:
3586             <ul>
3587               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3588               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3589                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3590               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3591                 colouring</li>
3592             </ul>
3593           </li>
3594           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3595             (PAM250)</li>
3596           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3597             flanking regions for an alignment</li>
3598         </ul>
3599       </td>
3600       <td>
3601         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3602         <ul>
3603           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3604             running after job is cancelled</li>
3605           <li>cannot export features from alignments imported from
3606             Jalview/VAMSAS projects</li>
3607           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3608             float values</li>
3609           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3610             have 'display all symbols' flag set</li>
3611           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3612             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3613           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3614             Jalview</li>
3615           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3616             Lion/Webstart</li>
3617           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3618           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3619           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3620             alignment onto desktop</li>
3621           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3622             'extract scores' function</li>
3623           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3624             alignment window</li>
3625           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3626             performing IUPred disorder prediction</li>
3627           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3628             changing 'normalise logo' display setting</li>
3629           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3630             nothing matches query</li>
3631           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3632             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3633           </li>
3634           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3635             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3636           </li>
3637           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3638             Jalview's menu</li>
3639           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3640             'invalid literal/length code'</li>
3641           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3642             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3643           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3644             colourscheme</li>
3645
3646         </ul> <em>Applet</em>
3647         <ul>
3648           <li>Remove group option is shown even when selection is
3649             not a group</li>
3650           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3651             don't affect groups</li>
3652           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3653             colourscheme name</li>
3654           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3655             Annotation panel is not displayed</li>
3656           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3657             embedded windows</li>
3658         </ul> <em>Other</em>
3659         <ul>
3660           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3661             single sequence were not calculated</li>
3662           <li>annotation files that contain only groups imported as
3663             annotation and junk sequences</li>
3664           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3665             recognised as PFAM or BLC</li>
3666           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3667             doesn't affect background (2.8.0b1)
3668           <li></li>
3669           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3670           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3671             trailing gaps</li>
3672           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3673             registered correctly on import</li>
3674           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3675             certain alignments</li>
3676           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3677             existing annotation based 'use original colours'
3678             colourscheme loses original colours setting</li>
3679         </ul>
3680       </td>
3681     </tr>
3682     <tr>
3683       <td><div align="center">
3684           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3685             <em>30/1/2014</em></strong>
3686         </div></td>
3687       <td>
3688         <ul>
3689           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3690             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3691             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3692             open source project).
3693           </li>
3694           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3695           <li>Output in Stockholm format</li>
3696           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3697           <li>Export/import group and sequence associated line
3698             graph thresholds</li>
3699           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3700             ambiguity codes</li>
3701           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3702             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3703             works</li>
3704           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3705         </ul> <em>Other improvements</em>
3706         <ul>
3707           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3708           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3709             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3710           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3711             files</li>
3712           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3713           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3714             link but no description</li>
3715           <li>Select primary source when selecting authority in
3716             database fetcher GUI</li>
3717           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3718             Jalview</li>
3719           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3720         </ul>
3721       </td>
3722       <td>
3723         <ul>
3724           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3725             displayed</li>
3726           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3727             secondary structure annotation line</li>
3728           <li>Sequence database accessions not imported when
3729             fetching alignments from Rfam</li>
3730           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3731             identical IDs</li>
3732           <li>View all structures does not always superpose
3733             structures</li>
3734           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3735             reflect user or preset settings</li>
3736           <li>Null pointer exceptions for some services without
3737             presets or adjustable parameters</li>
3738           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3739             discover PDB xRefs</li>
3740           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3741             features with DAS</li>
3742           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3743             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3744           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3745             residue follows a gap</li>
3746           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3747             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3748           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3749             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3750           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3751             annotation already exists on alignment</li>
3752           <li>oninit javascript function should be called after
3753             initialisation completes</li>
3754           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3755             alignment window display</li>
3756           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3757           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3758             to annotation file</li>
3759           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3760             groups created</li>
3761           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3762             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3763           <li>Pressing return several times causes Number Format
3764             exceptions in keyboard mode</li>
3765           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3766             correct partitions for input data</li>
3767           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3768           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3769           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3770           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3771             mode</li>
3772           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3773             changes one row&#39;s threshold</li>
3774           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3775             doesn&#39;t open</li>
3776           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3777             quality histograms</li>
3778         </ul>
3779       </td>
3780     </tr>
3781     <tr>
3782       <td><div align="center">
3783           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3784         </div></td>
3785       <td><em>Application</em>
3786         <ul>
3787           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3788             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3789           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3790             preferences</li>
3791           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3792             in Jalview alignment window</li>
3793           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3794             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3795           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3796             RNA and ambiguity codes</li>
3797
3798           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3799           <li>Support fetching and database reference look up
3800             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3801             refs')</li>
3802           <li>Jalview project improvements
3803             <ul>
3804               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3805                 flag for annotation</li>
3806               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3807                 alignment</li>
3808               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3809                 Jalview project</li>
3810
3811             </ul>
3812           </li>
3813           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3814           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3815             running</li>
3816           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3817           <li>visual indication that web service results are still
3818             being retrieved from server</li>
3819           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3820             starts up for first time</li>
3821           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3822             services</li>
3823           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3824             client library</li>
3825           <li>Examples directory and Groovy library included in
3826             InstallAnywhere distribution</li>
3827         </ul> <em>Applet</em>
3828         <ul>
3829           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3830             visualization applet example</li>
3831         </ul> <em>General</em>
3832         <ul>
3833           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3834           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3835             defaults</li>
3836           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3837             calculation</li>
3838           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3839             matrices
3840           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3841             in HTML</li>
3842           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3843             structure contacts</li>
3844           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3845           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3846           <li>Parse sequence associated secondary structure
3847             information in Stockholm files</li>
3848           <li>HTML Export database accessions and annotation
3849             information presented in tooltip for sequences</li>
3850           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3851             style RNA alignment files</li>
3852           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3853             alignment</li>
3854           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3855             shade each sequence according to its associated alignment
3856             annotation</li>
3857           <li>New Jalview Logo</li>
3858         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3859         <ul>
3860           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3861           <li>New Website!</li>
3862         </ul></td>
3863       <td><em>Application</em>
3864         <ul>
3865           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3866             wsdbfetch REST service</li>
3867           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3868           <li>Filetype associations not installed for webstart
3869             launch</li>
3870           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3871             job execution in full once it is complete</li>
3872           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3873             uploaded via ali_file parameter</li>
3874           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3875           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3876           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3877             submitted for prediction</li>
3878           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3879             desktop window</li>
3880           <li>Putting fractional value into integer text box in
3881             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3882           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3883             windows 7</li>
3884           <li>View all structures fails with exception shown in
3885             structure view</li>
3886           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3887             escaped in a platform independent way</li>
3888           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3889             using proxy</li>
3890           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3891             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3892           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3893             failure when java web start temporary file caching is
3894             disabled</li>
3895           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3896             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3897           <li>Errors during processing of command line arguments
3898             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3899           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3900             DAS sources in sequence fetcher</li>
3901           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3902             dialog is shown</li>
3903           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3904           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3905           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3906           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3907             on OSX Mountain Lion</li>
3908           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3909             sequences with alignment annotation are pasted into the
3910             alignment</li>
3911           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3912             when loaded from Jalview project</li>
3913           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3914           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3915             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3916           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3917             associated with all views</li>
3918           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3919             annotation rows to new window</li>
3920         </ul> <em>Applet</em>
3921         <ul>
3922           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3923             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3924           <li>loading features via javascript API automatically
3925             enables feature display</li>
3926           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3927             work</li>
3928         </ul> <em>General</em>
3929         <ul>
3930           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3931           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3932             and then deselected</li>
3933           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3934           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3935             coloured with clustalx</li>
3936           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3937             exceptions and redraw errors</li>
3938           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3939             reconfigured view</li>
3940           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3941             colour</li>
3942           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3943             for lots of labels</li>
3944         </ul>
3945     </tr>
3946     <tr>
3947       <td>
3948         <div align="center">
3949           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3950         </div>
3951       </td>
3952       <td><em>Application</em>
3953         <ul>
3954           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3955           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3956           <li>View/alignment association menu to enable user to
3957             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3958             its colours/correspondences from</li>
3959           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3960           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3961             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3962           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3963           <li>Annotation row column label formatting attributes
3964             stored in project file</li>
3965           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3966             rows preserved in Jalview project file</li>
3967           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3968             saved using Desktop window menu</li>
3969           <li>Visual indication that command line arguments are
3970             still being processed</li>
3971           <li>Groovy script execution from URL</li>
3972           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3973             preferences</li>
3974           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3975             alignment with sequences that have high similarity and
3976             matching IDs</li>
3977           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3978           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3979             structures in same window</li>
3980           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3981           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3982             analysis function in its own submenu</li>
3983         </ul> <em>Applet</em>
3984         <ul>
3985           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3986             groups</li>
3987           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3988           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3989           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3990           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3991           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3992             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3993           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3994           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3995             parameters are treated as such</li>
3996           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3997             <ul>
3998               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3999               <li>Javascript callbacks for
4000                 <ul>
4001                   <li>Applet initialisation</li>
4002                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4003                 </ul>
4004               </li>
4005               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4006                 functions</li>
4007               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4008               <li>javascript structure viewer harness to pass
4009                 messages between Jmol and Jalview when running as
4010                 distinct applets</li>
4011               <li>sortBy method</li>
4012               <li>Set of applet and application examples shipped
4013                 with documentation</li>
4014               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4015                 javascript message exchange</li>
4016             </ul>
4017         </ul> <em>General</em>
4018         <ul>
4019           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4020             multiple alignments</li>
4021           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4022           <li>User configurable link to enable redirects to a
4023             www.Jalview.org mirror</li>
4024           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4025           <li>Configurable newline string when writing alignment
4026             and other flat files</li>
4027           <li>Allow alignment annotation description lines to
4028             contain html tags</li>
4029         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4030         <ul>
4031           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4032             examples</li>
4033           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4034             using a web service before displaying the result in the
4035             Jalview desktop</li>
4036           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4037           <li>Ant target to publish example html files with applet
4038             archive</li>
4039           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4040           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4041         </ul></td>
4042       <td><em>Application</em>
4043         <ul>
4044           <li>User defined colourscheme throws exception when
4045             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4046           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4047             dialog for valid filename/format</li>
4048           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4049           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4050             P37173</li>
4051           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4052             which sequence is to be associated with the file</li>
4053           <li>Find All raises null pointer exception when query
4054             only matches sequence IDs</li>
4055           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4056           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4057             2.4 cannot be loaded</li>
4058           <li>Filetype associations not installed for webstart
4059             launch</li>
4060           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4061             with sequences in different alignments do not get coloured
4062             by their associated sequence</li>
4063           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4064             not preserved when project is loaded</li>
4065           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4066             stored in Jalview project</li>
4067           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4068             Jalview project</li>
4069           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4070           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4071             by conservation</li>
4072           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4073             created on new view</li>
4074           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4075             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4076           <li>Alignment quality not updated after alignment
4077             annotation row is hidden then shown</li>
4078           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4079             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4080           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4081             properly</li>
4082           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4083             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4084           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4085           <li>Structures imported from file and saved in project
4086             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4087           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4088             job execution in full once it is complete</li>
4089         </ul> <em>Applet</em>
4090         <ul>
4091           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4092             annotation rows are displayed</li>
4093           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4094             codebase</li>
4095           <li>View follows highlighting does not work for positions
4096             in sequences</li>
4097           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4098           <li>Export features raises exception when no features
4099             exist</li>
4100           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4101             for javascript api is modified when separator string
4102             provided as parameter</li>
4103           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4104             alignment with no existing selection</li>
4105           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4106             to applet&#39;s codebase</li>
4107           <li>Status bar not updated after finished searching and
4108             search wraps around to first result</li>
4109           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4110             several Jalview applets causes race conditions and memory
4111             leaks</li>
4112           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4113             not sent from Jmol in applet</li>
4114           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4115             applet API fatally hang browser</li>
4116         </ul> <em>General</em>
4117         <ul>
4118           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4119             position with wrapped view and hidden regions</li>
4120           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4121             with/without hidden columns</li>
4122           <li>Sequence length given in alignment properties window
4123             is off by 1</li>
4124           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4125             import PDB like structure files</li>
4126           <li>Positional search results are only highlighted
4127             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4128           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4129           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4130             given sequence position</li>
4131           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4132             output</li>
4133           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4134             from nucleotide chains correctly</li>
4135           <li>Structure colours not updated when tree partition
4136             changed in alignment</li>
4137           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4138             parsed in interleaved stockholm</li>
4139           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4140             state</li>
4141           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4142             properly</li>
4143           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4144             properly associated with their pdb files</li>
4145         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4146         <ul>
4147           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4148             ApplyCopyright tool</li>
4149         </ul></td>
4150     </tr>
4151     <tr>
4152       <td>
4153         <div align="center">
4154           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4155         </div>
4156       </td>
4157       <td><em>Application</em>
4158         <ul>
4159           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4160             contact web services</li>
4161           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4162             service job window</li>
4163           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4164         </ul></td>
4165       <td>
4166         <ul>
4167           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4168             pir file emitted by Jalview</li>
4169           <li>Existing feature settings transferred to new
4170             alignment view created from cut'n'paste</li>
4171           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4172             parsing PDB files</li>
4173           <li>Consensus and conservation annotation rows
4174             occasionally become blank for all new windows</li>
4175           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4176             in wrapped view mode</li>
4177         </ul> <em>Application</em>
4178         <ul>
4179           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4180             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4181           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4182             parameter names</li>
4183           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4184             is down</li>
4185         </ul>
4186       </td>
4187     </tr>
4188     <tr>
4189       <td>
4190         <div align="center">
4191           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4192         </div>
4193       </td>
4194       <td><em>Application</em>
4195         <ul>
4196           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4197             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4198             (JABAWS)
4199           </li>
4200           <li>Web Services preference tab</li>
4201           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4202             preferences</li>
4203           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4204           <li>Superpose structures using associated sequence
4205             alignment</li>
4206           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4207             viewer</li>
4208         </ul> <em>Applet</em>
4209         <ul>
4210           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4211             link out mechanism</li>
4212         </ul> <em>Other</em>
4213         <ul>
4214           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4215             series 12</li>
4216           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4217             require Java 1.5</li>
4218           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4219             sequence annotation files</li>
4220           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4221             type colour specification</li>
4222           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4223             script to check if it being run in an interactive session or
4224             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4225         </ul></td>
4226       <td>
4227         <ul>
4228           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4229             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4230         </ul> <em>Application</em>
4231         <ul>
4232           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4233             selected Regions menu item</li>
4234           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4235             part of a valid accession ID</li>
4236           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4237             runs out of memory</li>
4238           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4239             analysis results</li>
4240           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4241             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4242           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4243         </ul> <em>Applet</em>
4244         <ul>
4245           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4246             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4247             defined.</li>
4248         </ul>
4249       </td>
4250     </tr>
4251     <tr>
4252       <td>
4253         <div align="center">
4254           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4255         </div>
4256       </td>
4257       <td></td>
4258       <td>
4259         <ul>
4260           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4261             sequence IDs</li>
4262           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4263             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4264           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4265             import correctly</li>
4266           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4267             number of columns are hidden</li>
4268           <li>annotation label popup menu not providing correct
4269             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4270             present</li>
4271           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4272             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4273           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4274             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4275
4276         </ul> <em>Applet</em>
4277         <ul>
4278           <li>annotation panel disappears when annotation is
4279             hidden/removed</li>
4280         </ul> <em>Application</em>
4281         <ul>
4282           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4283             alignment opened where annotation panel is visible but no
4284             annotations are present on alignment</li>
4285           <li>pasted region containing hidden columns is
4286             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4287           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4288             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4289           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4290             selected Rregions menu item.</li>
4291           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4292             'Un' or 'Non'conserved</li>
4293           <li>Sequence feature settings are being shared by
4294             multiple distinct alignments</li>
4295           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4296             changed</li>
4297           <li>double click on group annotation to select sequences
4298             does not propagate to associated trees</li>
4299           <li>Mac OSX specific issues:
4300             <ul>
4301               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4302                 window background</li>
4303               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4304                 name set correctly</li>
4305               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4306                 save feature colourscheme button</li>
4307             </ul>
4308           </li>
4309         </ul>
4310       </td>
4311     </tr>
4312     <tr>
4313
4314       <td>
4315         <div align="center">
4316           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4317         </div>
4318       </td>
4319       <td><em>New Capabilities</em>
4320         <ul>
4321           <li>URL links generated from description line for
4322             regular-expression based URL links (applet and application)
4323
4324           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4325             menu</li>
4326           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4327             structures</li>
4328           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4329             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4330           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4331             average score or total feature count for each sequence.</li>
4332           <li>Shading features by score or associated description</li>
4333           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4334             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4335           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4336             hide everything but the currently selected region.</li>
4337           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4338         </ul> <em>Application</em>
4339         <ul>
4340           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4341             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4342           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4343             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4344           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4345             database references and protein_name is parsed as
4346             description line (BioSapiens terms).</li>
4347           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4348             references in sequence ID tooltip from View menu in
4349             application.</li>
4350           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4351       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4352           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4353             conservation plots</li>
4354           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4355             and visualized as sequence logos</li>
4356           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4357             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4358           </li>
4359           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4360             when a new tree is opened.</li>
4361           <li>Jalview Java Console</li>
4362           <li>Better placement of desktop window when moving
4363             between different screens.</li>
4364           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4365             consensus annotation</li>
4366           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4367             Workflows</li>
4368           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4369             <ul>
4370               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4371                 used to preserve views, structures, and tree display
4372                 settings)</li>
4373               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4374                 command line</li>
4375               <li>Sharing of selected regions between views and
4376                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4377               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4378             </ul></li>
4379         </ul> <em>Applet</em>
4380         <ul>
4381           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4382           <li>New Parameters
4383             <ul>
4384               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4385                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4386                 opened.</li>
4387               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4388                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4389               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4390                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4391               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4392                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4393                 view</li>
4394               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4395                 increase the height or width of a cell in the alignment
4396                 grid relative to the current font size.</li>
4397             </ul>
4398           </li>
4399           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4400             tooltip</li>
4401         </ul> <em>Other</em>
4402         <ul>
4403           <li>Features format: graduated colour definitions and
4404             specification of feature scores</li>
4405           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4406             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4407             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4408           <li>XML formats extended to support graduated feature
4409             colourschemes, group associated annotation, and profile
4410             visualization settings.</li></td>
4411       <td>
4412         <ul>
4413           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4414             rather than description</li>
4415           <li>Non-positional features are now included in sequence
4416             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4417             visibility in tooltip).</li>
4418           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4419           <li>Added URL embedding instructions to features file
4420             documentation.</li>
4421           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4422             'X' in peptide product</li>
4423           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4424             sequence ID and sequence string and query strings do not
4425             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4426           <li>AMSA files only contain first column of
4427             multi-character column annotation labels</li>
4428           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4429             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4430             exported and re-imported)</li>
4431           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4432             name</li>
4433           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4434             as subsequence matches, and correctly reports total number
4435             of both.</li>
4436           <li>Application:
4437             <ul>
4438               <li>Better handling of exceptions during sequence
4439                 retrieval</li>
4440               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4441                 link text excludes the start_end suffix</li>
4442               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4443                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4444               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4445               <li>Sequence description lines properly shared via
4446                 VAMSAS</li>
4447               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4448                 data sources</li>
4449               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4450                 completes before alignment figures are generated.</li>
4451               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4452                 first time.</li>
4453               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4454                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4455               <li>User defined group colours properly recovered
4456                 from Jalview projects.</li>
4457             </ul>
4458           </li>
4459         </ul>
4460       </td>
4461
4462     </tr>
4463     <tr>
4464       <td>
4465         <div align="center">
4466           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4467         </div>
4468       </td>
4469       <td>
4470         <ul>
4471           <li>Experimental support for google analytics usage
4472             tracking.</li>
4473           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4474         </ul>
4475       </td>
4476       <td>
4477         <ul>
4478           <li>Race condition in applet preventing startup in
4479             jre1.6.0u12+.</li>
4480           <li>Exception when feature created from selection beyond
4481             length of sequence.</li>
4482           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4483           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4484             all sequences with a given id</li>
4485           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4486             ID string searches</li>
4487           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4488             alignment to fail with exception</li>
4489         </ul> <em>Application Issues</em>
4490         <ul>
4491           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4492           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4493             data sources</li>
4494         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4495         <ul>
4496           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4497             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4498           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4499             version (java class versioning error fixed)</li>
4500         </ul>
4501       </td>
4502     </tr>
4503     <tr>
4504       <td>
4505
4506         <div align="center">
4507           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4508         </div>
4509       </td>
4510       <td><em>User Interface</em>
4511         <ul>
4512           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4513             translation and protein products</li>
4514           <li>Linked highlighting of structure associated with
4515             residue mapping to codon position</li>
4516           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4517             and 'clear' button</li>
4518           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4519             Tools menu</li>
4520           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4521             numeric data in description line</li>
4522           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4523           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4524             of sequence</li>
4525         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4526         <ul>
4527           <li>JPred3 web service</li>
4528           <li>Prototype sequence search client (no public services
4529             available yet)</li>
4530           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4531             PFAM</li>
4532           <li>URL Links created for matching database cross
4533             references as well as sequence ID</li>
4534           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4535         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4536         <ul>
4537           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4538             databases</li>
4539           <li>Generalised database reference retrieval and
4540             validation to all fetchable databases</li>
4541           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4542             sequence command</li>
4543         </ul> <em>Import and Export</em>
4544         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4545         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4546           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4547         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4548           File</li>
4549         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4550           triplet as name of colourscheme</li>
4551         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4552         <ul>
4553           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4554           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4555             alignments (experimental)</li>
4556           <li>Create new or select existing session to join</li>
4557           <li>load and save of vamsas documents</li>
4558         </ul> <em>Application command line</em>
4559         <ul>
4560           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4561             from applet)</li>
4562           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4563             of DAS servers to query for alignment features</li>
4564           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4565             that are also automatically queried for features</li>
4566           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4567             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4568         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4569         <ul>
4570           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4571             application (when using &quot;View in full
4572             application&quot;)</li>
4573         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4574         <ul>
4575           <li>feature group display control parameter</li>
4576           <li>debug parameter</li>
4577           <li>showbutton parameter</li>
4578         </ul> <em>Applet API methods</em>
4579         <ul>
4580           <li>newView public method</li>
4581           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4582           <li>Feature display control methods</li>
4583           <li>get list of currently selected sequences</li>
4584         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4585         <ul>
4586           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4587           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4588             Jalview release.</li>
4589           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4590             property controls execution of obfuscator</li>
4591           <li>Build target for generating source distribution</li>
4592           <li>Debug flag for javacc</li>
4593           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4594             jalview.bin.Cache</li>
4595           <li>Continuous Build Integration for stable and
4596             development version of Application, Applet and source
4597             distribution</li>
4598         </ul></td>
4599       <td>
4600         <ul>
4601           <li>selected region output includes visible annotations
4602             (for certain formats)</li>
4603           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4604             for editing</li>
4605           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4606           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4607           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4608           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4609             comments</li>
4610           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4611             filenames containing a ':'</li>
4612           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4613             global sequence features</li>
4614           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4615             references from alignment sequences goes to zero</li>
4616           <li>Close of tree branch colour box without colour
4617             selection causes cascading exceptions</li>
4618           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4619           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4620             file parsing fails.</li>
4621           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4622           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4623             not a valid output format</li>
4624           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4625             vamsas</li>
4626           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4627           <li>error messages passed up and output when data read
4628             fails</li>
4629           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4630             sequence is edited</li>
4631           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4632             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4633           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4634             filetype</li>
4635           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4636             import fixed for PFAM records</li>
4637           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4638             window list</li>
4639           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4640             can be read and written correctly to annotation file</li>
4641           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4642             correctly</li>
4643           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4644             non-italic font for representatives in Applet</li>
4645           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4646             Macs.</li>
4647           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4648             Applet)</li>
4649           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4650             due to null pointer exceptions</li>
4651           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4652             first column of alignment</li>
4653           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4654             July 2008</li>
4655           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4656             file is case-insensitive</li>
4657           <li>Sequence features read from Features file appended to
4658             all sequences with matching IDs</li>
4659           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4660             containing a sub-sequence</li>
4661           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4662           <li>feature and annotation file applet parameters
4663             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4664           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4665           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4666             splash-screen version check to complete</li>
4667           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4668             when passing them to the launchApp service</li>
4669           <li>display name and local features preserved in results
4670             retrieved from web service</li>
4671           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4672             sequence fetcher initialisation</li>
4673           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4674             dasobert DAS client</li>
4675           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4676             association</li>
4677           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4678             sequences
4679           </li>
4680         </ul>
4681       </td>
4682     </tr>
4683     <tr>
4684       <td>
4685         <div align="center">
4686           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4687         </div>
4688       </td>
4689       <td>
4690         <ul>
4691           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4692           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4693           <li>Slide sequences</li>
4694           <li>Edit sequence in place</li>
4695           <li>EMBL CDS features</li>
4696           <li>DAS Feature mapping</li>
4697           <li>Feature ordering</li>
4698           <li>Alignment Properties</li>
4699           <li>Annotation Scores</li>
4700           <li>Sort by scores</li>
4701           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4702         </ul>
4703       </td>
4704       <td>
4705         <ul>
4706           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4707           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4708           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4709           <li>Feature group display state in XML</li>
4710           <li>Feature ordering in XML</li>
4711           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4712           <li>Stockholm alignment properties</li>
4713           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4714           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4715           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4716           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4717         </ul>
4718       </td>
4719
4720     </tr>
4721     <tr>
4722       <td>
4723         <div align="center">
4724           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4725         </div>
4726       </td>
4727       <td>
4728         <ul>
4729           <li>Non standard characters can be read and displayed
4730           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4731             applet via textbox
4732           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4733             name &amp; description
4734           <li>Preference setting to display sequence name in
4735             italics
4736           <li>Annotation file format extended to allow
4737             Sequence_groups to be defined
4738           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4739             specified in preferences
4740           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4741             sequences
4742         </ul>
4743       </td>
4744       <td>
4745         <ul>
4746           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4747             installed
4748           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4749           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4750         </ul>
4751       </td>
4752     </tr>
4753     <tr>
4754       <td>
4755         <div align="center">
4756           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4757         </div>
4758       </td>
4759       <td>
4760         <ul>
4761           <li>Multiple views on alignment
4762           <li>Sequence feature editing
4763           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4764           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4765           <li>Background dependent text colour
4766           <li>Right align sequence ids
4767           <li>User-defined lower case residue colours
4768           <li>Format Menu
4769           <li>Select Menu
4770           <li>Menu item accelerator keys
4771           <li>Control-V pastes to current alignment
4772           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4773           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4774           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4775
4776           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4777         </ul>
4778       </td>
4779       <td>
4780         <ul>
4781           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4782           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4783             calculations
4784           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4785             edits
4786           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4787             of alignment)
4788           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4789
4790           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4791             display correctly
4792           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4793           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4794             analysis results
4795           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4796             &#8739;
4797           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4798           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4799           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4800
4801         </ul>
4802       </td>
4803     </tr>
4804     <tr>
4805       <td>
4806         <div align="center">
4807           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4808         </div>
4809       </td>
4810       <td>
4811         <ul>
4812           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4813         </ul>
4814       </td>
4815       <td>
4816         <ul>
4817           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4818             sequence id panel has been resized</li>
4819           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4820             rendered</li>
4821           <li>Annotation files with sequence references - all
4822             elements in file are relative to sequence position</li>
4823           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4824         </ul>
4825       </td>
4826     </tr>
4827     <tr>
4828       <td>
4829         <div align="center">
4830           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4831         </div>
4832       </td>
4833       <td>
4834         <ul>
4835           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4836           <li>DAS Feature fetching</li>
4837           <li>Hide sequences and columns</li>
4838           <li>Export Annotations and Features</li>
4839           <li>GFF file reading / writing</li>
4840           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4841             files</li>
4842           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4843           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4844           <li>Applet can launch the full application</li>
4845           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4846             required)</li>
4847           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4848           <li>Applet can load sequences from parameter
4849             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4850           </li>
4851         </ul>
4852       </td>
4853       <td>
4854         <ul>
4855           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4856           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4857           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4858         </ul>
4859       </td>
4860     </tr>
4861     <tr>
4862       <td>
4863         <div align="center">
4864           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4865         </div>
4866       </td>
4867       <td>
4868         <ul>
4869           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4870           <li>Choose to match case when searching</li>
4871           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4872             expand the visible width and height of the alignment</li>
4873         </ul>
4874       </td>
4875       <td>
4876         <ul>
4877           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4878         </ul>
4879       </td>
4880     </tr>
4881     <tr>
4882       <td>
4883         <div align="center">
4884           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4885         </div>
4886       </td>
4887       <td>&nbsp;</td>
4888       <td>
4889         <ul>
4890           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4891           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4892             value</li>
4893         </ul>
4894       </td>
4895     </tr>
4896     <tr>
4897       <td>
4898         <div align="center">
4899           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4900         </div>
4901       </td>
4902       <td>
4903         <ul>
4904           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4905           <li>Keyboard editing</li>
4906           <li>Create sequence features from searches</li>
4907           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4908             alignments</li>
4909           <li>Features file allows grouping of features</li>
4910           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4911           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4912           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4913         </ul>
4914       </td>
4915       <td>
4916         <ul>
4917           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4918           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4919             descriptions saved.</li>
4920         </ul>
4921       </td>
4922     </tr>
4923     <tr>
4924       <td>
4925         <div align="center">
4926           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4927         </div>
4928       </td>
4929       <td>
4930         <ul>
4931           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4932           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4933           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4934             name for file output</li>
4935           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4936           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4937             used for HTML form input</li>
4938         </ul>
4939       </td>
4940       <td>
4941         <ul>
4942           <li>HTML output writes groups and features</li>
4943           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4944           <li>File IO bugs</li>
4945         </ul>
4946       </td>
4947     </tr>
4948     <tr>
4949       <td>
4950         <div align="center">
4951           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4952         </div>
4953       </td>
4954       <td>
4955         <ul>
4956           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4957           <li>More options for PCA viewer</li>
4958         </ul>
4959       </td>
4960       <td>
4961         <ul>
4962           <li>GUI bugs resolved</li>
4963           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4964         </ul>
4965       </td>
4966     </tr>
4967     <tr>
4968       <td height="63">
4969         <div align="center">
4970           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4971         </div>
4972       </td>
4973       <td>
4974         <ul>
4975           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4976           <li>Jar files are executable</li>
4977           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4978         </ul>
4979       </td>
4980       <td>
4981         <ul>
4982           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4983           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4984           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4985         </ul>
4986       </td>
4987     </tr>
4988     <tr>
4989       <td>
4990         <div align="center">
4991           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4992         </div>
4993       </td>
4994       <td>
4995         <ul>
4996           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4997         </ul>
4998       </td>
4999       <td>
5000         <ul>
5001           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5002         </ul>
5003       </td>
5004     </tr>
5005     <tr>
5006       <td>
5007         <div align="center">
5008           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5009         </div>
5010       </td>
5011       <td>
5012         <ul>
5013           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5014             size</li>
5015         </ul>
5016       </td>
5017       <td>
5018         <ul>
5019           <li>Improved JPred client reliability</li>
5020           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5021         </ul>
5022       </td>
5023     </tr>
5024     <tr>
5025       <td>
5026         <div align="center">
5027           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5028         </div>
5029       </td>
5030       <td>
5031         <ul>
5032           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5033           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5034           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5035             to Colour Menu</li>
5036           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5037           <li>Unix users can set default web browser</li>
5038           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5039           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5040         </ul>
5041       </td>
5042       <td>
5043         <ul>
5044           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5045         </ul>
5046       </td>
5047     </tr>
5048     <tr>
5049       <td>
5050         <div align="center">
5051           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5052         </div>
5053       </td>
5054       <td>&nbsp;</td>
5055       <td>
5056         <ul>
5057           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5058             alignment order.</li>
5059         </ul>
5060       </td>
5061     </tr>
5062     <tr>
5063       <td>
5064         <div align="center">
5065           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5066         </div>
5067       </td>
5068       <td>
5069         <ul>
5070           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5071           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5072           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5073             annotations.</li>
5074           <li>Version and build date written to build properties
5075             file.</li>
5076           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5077             at launch of Jalview.</li>
5078         </ul>
5079       </td>
5080       <td>
5081         <ul>
5082           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5083           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5084           <li>Can remove groups one by one.</li>
5085           <li>Filechooser icons installed.</li>
5086           <li>Finder ignores return character when searching.
5087             Return key will initiate a search.<br>
5088           </li>
5089         </ul>
5090       </td>
5091     </tr>
5092     <tr>
5093       <td>
5094         <div align="center">
5095           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5096         </div>
5097       </td>
5098       <td>
5099         <ul>
5100           <li>New codebase</li>
5101         </ul>
5102       </td>
5103       <td>&nbsp;</td>
5104     </tr>
5105   </table>
5106   <p>&nbsp;</p>
5107 </body>
5108 </html>