help/help/html/releases.html

   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27         /* remove bullets, narrower indent */
  28         list-style-type: none;
  29         margin: 0;
  30         padding-left: 10px;
  31         padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35         /* separate the items from eachother */
  36         margin-left: -3px;
  37         padding-bottom: 3px;
  38         padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42         /*   doesnt get processed in javahelp */
  43         content: '\00b7 ';
  44         padding: 3px;
  45         margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.3">.3</a><br />
  62           <em>12/05/2022</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64       </td>
  65       <td align="left" valign="top">
  66         <ul>
  67           <li>
  68             <!-- JAL-4008 -->Validation fails when trying to configure custom JABAWS server
  69           </li>
  70         </ul> <!--  <em>New Known Issues</em>-->
  71       </td>
  72     </tr>
  73     <tr>
  74       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  75           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.2">.2</a><br />
  76           <em>19/04/2022</em></strong></td>
  77       <td align="left" valign="top">
  78         <ul>
  79           <li>
  80             <!-- JAL-3992 -->Minor documentation fixes
  81           </li>
  82         </ul>
  83       </td>
  84       <td align="left" valign="top">
  85         <ul>
  86           <li>
  87             <!-- JAL-3365 -->Secondary structure annotation from Pfam
  88             not displayed correctly
  89           </li>
  90           <li>
  91             <!-- JAL-3997 -->Null pointer exceptions when displaying
  92             annotation tooltips whilst in wrapped mode
  93           </li>
  94         </ul> <!--  <em>New Known Issues</em>-->
  95       </td>
  96     </tr>
  97     <tr>
  98       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  99           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.1">.1</a><br />
 100           <em>05/04/2022</em></strong></td>
 101       <td align="left" valign="top">
 102         <ul>
 103           <li>
 104             <!-- JAL-3973 -->Distribution Tarball includes git commit
 105             and branch details
 106           </li>
 107         </ul>
 108       </td>
 109       <td align="left" valign="top">
 110         <ul>
 111           <li>
 112             <!-- JAL-3975 -->Keyboard mode (F2) stops working after
 113             using the "Create sequence feature" dialog
 114           </li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-3976 -->3D Structure chooser fails to select
 117             structures from 3D-beacons and pops up a 'null' dialog
 118           </li>
 119           <li>
 120             <!-- JAL-3985 -->PDB FTS query results in error dialog
 121             containing '414' [URL too long]
 122           </li>
 123           <li>
 124           <!-- JAL-3980 JAL-3981 -->Sequence ID tooltip not shown during
 125             long running retrieval/crossref operations (affects at least
 126             2.11.1 onwards)
 127           </li>
 128           <li>
 129             <!-- JAL-3973 -->Cannot build Jalview 2.11.2.0 via gradle
 130             from its source tarball
 131           </li>
 132         </ul> <em>New Known Issues</em>
 133         <ul>
 134           <li>
 135             <!-- JAL-3984 -->Keyboard mode (F2) stops working after
 136             using the "Text Colour" dialog
 137           </li>
 138           <li>
 139             <!-- JAL-3873 -->Colour by->all views doesn't allow
 140             colouring same structure from different views (since
 141             2.11.2.0)
 142           </li>
 143           <li>
 144             <!-- JAL-3886 -->Pfam and Rfam alignment retrieval as
 145             gzipped stockholm doesn't work on JalviewJS build of 2.11.2
 146           </li>
 147           <li>
 148             <!-- JAL-3972 -->Java 11 Only: Jalview 2.11.2.0 OSX install
 149             not working due to VAqua requiring
 150             sun.awt.image.MultiResolutionImage
 151           </li>
 152           <li>
 153             <!-- JAL-3981 -->Sequence Details can take a long time to be
 154             displayed for heavily annotated sequences (all versions)
 155           </li>
 156         </ul>
 157       </td>
 158     </tr>
 159     <tr>
 160       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 161           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
 162           <em>10/03/2022</em></strong></td>
 163       <td align="left" valign="top">
 164         <ul>
 165           <li>
 166             <!-- JAL-3616 JAL-3551 JAL-2322 -->Support for viewing 3D
 167             structures with ChimeraX and Pymol in addition to Jmol and
 168             Chimera.
 169           </li>
 170           <li>
 171             <!-- JAL-3829 -->Discover 3D structure data for sequences
 172             with Uniprot references via 3D-Beacons
 173           </li>
 174           <li>
 175             <!-- JAL-3391 -->Rank and select available structures for
 176             Uniprot sequences according to number of residues in
 177             structure mapped to positions involved in the alignment
 178           </li>
 179           <li>
 180             <!-- JAL-2226 -->Structure annotation rows for all mapped
 181             chains in 3D structures are included in the 'Reference
 182             Annotation' for a sequence
 183           </li>
 184           <li>
 185             <!-- JAL-1260 -->Import Genbank and EMBL format flatfiles
 186           </li>
 187           <li>
 188             <!-- JAL-3821 -->ENA record's mol_type honoured so RNA
 189             molecules imported from ENA records are shown as RNA
 190           <li>
 191             <!-- JAL-3863 -->Support for Canonical Uniprot IDs
 192           </li>
 193           <li>
 194             <!-- JAL-3503 -->New Preferences tab for adjusting Jalview's
 195             memory settings at launch
 196           </li>
 197           <li>
 198             <!-- JAL-3881 -->Sequence IDs split on '_' as well as other
 199             non-alphanumerics when discovering database references with
 200             'Fetch DB Refs'
 201           </li>
 202           <li>
 203             <!-- JAL-3884 -->Suppressed harmless exceptions output to
 204             Console whilst discovering database references for a
 205             sequence
 206           </li>
 207           <li>
 208             <!-- JAL-3204 -->Updated Jalview bindings for Uniprot XML
 209             schema
 210           </li>
 211           <li>
 212             <!-- JAL-3926 -->Uniprot and PDBe autosearch option is
 213             disabled by default
 214           </li>
 215           <li>
 216             <!-- JAL-3144 -->Reverted to Jalview 'classic' drop-down
 217             menu for selecting which database to fetch from in sequence
 218             fetcher dialog.
 219           </li>
 220           <li>
 221             <!-- JAL-3018 -->Updated Ensembl REST Client compatibility
 222             to 15.2 and revised model organism names (rat, xenopus,
 223             dmelanogaster now rattus_norvegicus, xenopus_tropicalis,
 224             drosophila_melanogaster)
 225           </li>
 226           <li>
 227             <!-- JAL-3530 -->-nowebservicediscovery command line
 228             argument to prevent automatic discovery of analysis
 229             webservices on launch
 230           </li>
 231           <li>
 232             <!-- JAL-3618 -->Allow 'App' directories to be opened when
 233             locating Chimera, ChimeraX or Pymol binaries via filechooser
 234             opened by double clicking the Structure Preferences' path
 235             textbox
 236           </li>
 237           <li>
 238             <!-- JAL-3632 JAL-3633 -->support for HTTP/S access via
 239             proxies that require authentication
 240           </li>
 241           <li>
 242             <!-- JAL-3103 -->New mechanism for opening URLs with system
 243             default browser (works on OSX and Linux as well as Windows)
 244           </li>
 245           <li>
 246             <!-- JAL-3871 JAL-3874 -->Upgraded bundled version of Jmol
 247             to 14.31.53
 248           </li>
 249           <li>
 250             <!-- JAL-3837 -->GPL license info on splash screen and About
 251             text
 252           </li>
 253         </ul> <em>Jalview Native App</em>
 254         <ul>
 255           <li>
 256             <!-- JAL-3830 -->New command line launcher scripts (.sh,
 257             .ps1, .bat) usable on macOS, Linux/Unix, Windows and
 258             documentation in Help. Installer wizard has option to add
 259             this to PATH, or link to it in your PATH.<br /> <em>This
 260               is the recommended workaround for known issue about
 261               working directory preservation when running native
 262               application from command line. <!-- JAL-3523 -->
 263           </em>
 264           </li>
 265           <li>Notarized MacOS installer for compliance with latest
 266             OSX releases (Monterey)</li>
 267           <li>
 268             <!-- JAL-3805 -->Uninstaller application for old
 269             (InstallAnywhere based) Jalview installations removed from
 270             the OSX disk image
 271           </li>
 272           <li>
 273             <!-- JAL-3608 -->Options to allow user to choose the (Swing)
 274             Look and Feel (LaF) used by Jalview
 275           </li>
 276           <li>
 277             <!-- JAL-3552, JAL-3609 -->Metal LaF used to improved
 278             operation on Linux Ubuntu with HiDPI display in Java 11
 279             (still known issues with HiDPI screens in java 8 and 11. see
 280             <a href="https://issues.jalview.org/browse/JAL-3137">JAL-3137</a>)
 281           </li>
 282           <li>
 283             <!-- JAL-3633 -->Getdown launcher inherits HTTP/S proxy
 284             configuration from jalview_properties
 285           </li>
 286           <li>
 287             <!-- JAL- -->New Jalview Develop app - making it even easier
 288             to get at Jalview's development builds
 289           </li>
 290           <li>
 291             <!-- JAL-3594 -->New splashscreens for Jalview, Jalview Test
 292             and Jalview Develop applications.
 293           </li>
 294           <li>
 295             <!-- JAL-3728 -->Jalview logos shown for Jalview Java
 296             Console and other window widgets in taskbar and dock rather
 297             than anonymous 'Java' icons
 298           </li>
 299         </ul> <em>JalviewJS</em>
 300         <ul>
 301           <li>
 302             <!-- JAL-3624 -->PDB structures mapped to Uniprot Sequences
 303             with SIFTS
 304           </li>
 305           <li>
 306             <!-- JAL-3208 -->setprop commandline argument reinstated for
 307             JalviewJS only
 308           </li>
 309           <li>
 310             <!-- JAL-3163 -->Missing message bundle keys are only
 311             reported once per key (avoids excessive log output in js
 312             console)
 313           </li>
 314           <li>
 315             <!-- JAL-3168 -->Feature type is included in the title of
 316             the Feature Settings' Colour Chooser dialog
 317           </li>
 318           <li>
 319             <!-- JAL-3279 -->Build details reported in About window
 320           </li>
 321           <li>
 322             <!-- JAL-3038 JAL-3071 JAL-3263 JAL-3084 -->Numerous minor
 323             GUI additions and improvements in sync with Java
 324             application.
 325           </li>
 326         </ul> <em>Development</em>
 327         <ul>
 328           <li>
 329             <!--   -->First integrated JalviewJS and Jalview release
 330           </li>
 331           <li>
 332             <!-- JAL-3841,JAL-3248 -->Updated README and doc/building.md
 333           </li>
 334           <li>
 335             <!-- JAL-3789, JAL-3679 -->Improved JalviewJS/Jalview build
 336             process, added support for system package provided eclipse
 337             installs on linux
 338           </li>
 339           <li>Install4j 9.0.x used for installer packaging</li>
 340           <li>
 341             <!-- JAL-3930 -->Improved use of installers for unattended
 342             installation with a customizedId of "JALVIEW" in install4j's
 343             Jalview Launcher
 344           </li>
 345           <li>
 346             <!-- JAL-3907 -->Improved compatibility of Jalview build
 347             with Java 17 (next LTS target)
 348           </li>
 349         </ul>
 350       </td>
 351       <td align="left" valign="top">
 352         <ul>
 353           <li>
 354             <!-- JAL-3674 -->Slow structure commands can block Jalview
 355             execution
 356           </li>
 357           <li>
 358             <!-- JAL-3904 -->Structure window's viewer-specific menu
 359             disappears when only one structure is shown (and many
 360             sequences:one chain mappings are present)
 361           </li>
 362           <li>
 363             <!-- JAL-3779 -->Annotation file: PROPERTIES apply only to
 364             the first SEQUENCE_GROUP defined
 365           </li>
 366
 367           <li>
 368             <!-- JAL-3700,JAL-3751,JAL-3763, JAL-3725 -->Selections not
 369             propagated between Linked CDS - Protein alignments and their
 370             trees (known defect from 2.11.1.3)
 371           </li>
 372           <li>
 373             <!-- JAL-3761  -->Not all codon positions highlighted for
 374             overlapping exon splice sites (e.g due to RNA slippage)
 375           </li>
 376           <li>
 377             <!-- JAL-3794 -->X was not being recognised as the unknown
 378             base in DNA sequences
 379           </li>
 380           <li>
 381             <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from
 382             Structure Preferences
 383           </li>
 384           <li>
 385             <!--  JAL-3583 -->Tooltip behaviour improved (slightly)
 386           </li>
 387           <li>
 388             <!-- JAL-3162 -->Can edit a feature so that start &gt; end
 389           </li>
 390           <li>
 391             <!-- JAL-2848 -->Cancel from Amend Features doesn't reset a
 392             modified graduated colour
 393           </li>
 394           <li>
 395             <!-- JAL-3788 -->New View with automatic 'Show Overview'
 396             preference enabled results in Null Pointer Exceptions when
 397             clustal colouring is enabled
 398           </li>
 399           <li>
 400             <!-- JAL-3275 -->Can open multiple Preferences panels
 401           </li>
 402           <li>
 403             <!-- JAL-3633 -->Properly configure HTTPS proxy settings
 404             from Preferences
 405           </li>
 406           <li>
 407             <!-- JAL-3949 -->Standard out logging broken: messages only
 408             routing to stderr and appear as a raw template
 409           </li>
 410           <li>
 411             <!-- JAL-3739 -->Entering web service parameter values in
 412             numerical field doesn't update the value of the parameter
 413             until return is pressed.
 414           </li>
 415           <li>
 416             <!-- JAL-3749 -->Resolved known issue (from 2.11.1.1)
 417             concerning duplicate CDS sequences generated when protein
 418             products for certain ENA records are repeatedly shown via
 419             Calculate-&gt;Show Cross Refs
 420           </li>
 421         </ul> <em>JalviewJS</em>
 422         <ul>
 423           <li>
 424             <!-- JAL-3202 -->Consensus profile may include zero (rounded
 425             down) percentage values causing a divide by zero
 426           </li>
 427           <li>
 428             <!-- JAL-3762 -->JalviewJS doesn't honour arguments passed
 429             via Info.args when there are arguments on the URL
 430           </li>
 431           <li>
 432             <!-- JAL-3602 -->gradle closure-compiler not using UTF-8
 433           </li>
 434           <li>
 435             <!-- JAL-3603 -->Annotation file fails to load from URL in
 436             JalviewJS
 437           </li>
 438         </ul> <em>Development</em>
 439         <ul>
 440           <li>Gradle
 441             <ul>
 442               <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 443               <li>
 444                 <!--  JAL-3745 -->Updated build.gradle for use with
 445                 Gradle v.6.6+
 446               </li>
 447             </ul>
 448           </li>
 449
 450         </ul> <em>Known Issues</em>
 451         <ul>
 452           <li>
 453             <!-- JAL-3764 -->Display of RESNUM sequence features are not
 454             suppressed when structures associated with a sequence are
 455             viewed with an external viewer (Regression from 2.11.1
 456             series)
 457           </li>
 458         </ul>
 459       </td>
 460     </tr>
 461     <tr>
 462       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 463           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
 464           <em>18/01/2022</em></strong></td>
 465       <td></td>
 466       <td align="left" valign="top">
 467         <ul>
 468           <li>
 469             <!-- JAL-3703, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
 470             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
 471             Unix/BSD OSs)
 472           </li>
 473         </ul> <em>Security</em>
 474         <ul>
 475           <li>
 476             <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate
 477             certificates.
 478           </li>
 479         </ul>
 480     </tr>
 481     <tr>
 482       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 483           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
 484           <em>6/01/2022</em></strong></td>
 485
 486       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 487         <ul>
 488           <li>
 489             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j
 490             2.16.0 to 2.17.0.
 491           </li>
 492         </ul></td>
 493       <td></td>
 494     </tr>
 495     <tr>
 496       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 497           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
 498           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 499
 500       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 501         <ul>
 502           <li>
 503             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 504             (was log4j 1.2.x).
 505         </ul> <em>Development</em>
 506         <ul>
 507           <li>Updated building instructions</li>
 508         </ul></td>
 509       <td>
 510         <ul>
 511           <li>
 512             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 513             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 514             and display)
 515           </li>
 516           <li>
 517             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 518             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 519             only)
 520           </li>
 521         </ul> <em>Development</em>
 522         <ul>
 523           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 524         </ul>
 525       </td>
 526     </tr>
 527     <tr>
 528       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 529           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 530           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 531       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 532           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 533         <ul>
 534           <li>
 535             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 536             launch of the news browser (like -nonews argument)
 537           </li>
 538           <li>
 539             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 540             download of linkout URLs from
 541             www.jalview.org/services/identifiers
 542           </li>
 543           <li>
 544             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 545             download of BIOJSHTML templates
 546           </li>
 547           <li>
 548             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 549             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 550             disabled
 551           </li>
 552         </ul></td>
 553       <td align="left" valign="top">
 554         <ul>
 555           <li>
 556             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 557             Jmol
 558           </li>
 559         </ul> <em>New Known defects</em>
 560         <ul>
 561           <li>
 562             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 563             always restored from project (since 2.10.3)
 564           </li>
 565           <li>
 566             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 567             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 568           </li>
 569         </ul>
 570       </td>
 571     </tr>
 572     <tr>
 573       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 574           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 575           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 576       <td align="left" valign="top">
 577         <ul>
 578
 579         </ul>
 580       </td>
 581       <td align="left" valign="top">
 582         <ul>
 583           <li>
 584             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 585             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 586           </li>
 587           <li>
 588             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 589             sequences can be classed as nucleotide
 590           </li>
 591           <li>
 592             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 593             sequences after alignment of protein products (known defect
 594             first reported for 2.11.1.0)
 595           </li>
 596           <li>
 597             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 598             features outwith CDS shown overlaid on protein
 599           </li>
 600           <li>
 601             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 602             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 603             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 604           </li>
 605           <li>
 606             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 607             CDS features
 608           </li>
 609           <li>
 610             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 611             always select corresponding protein sequences
 612           </li>
 613           <li>
 614             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 615             column selection doesn't always ignore hidden columns
 616           </li>
 617         </ul> <em>Installer</em>
 618         <ul>
 619           <li>
 620             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 621             Windows prevents install4j launching getdown
 622           </li>
 623         </ul> <em>Development</em>
 624         <ul>
 625           <li>
 626             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 627             version numbers in doc/building.md
 628           </li>
 629         </ul>
 630       </td>
 631     </tr>
 632     <tr>
 633       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 634           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 635           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 636       <td align="left" valign="top">
 637         <ul>
 638         </ul>
 639       </td>
 640       <td align="left" valign="top">
 641         <ul>
 642           <li>
 643             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 644             "Encountered problems opening
 645             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 646           </li>
 647         </ul>
 648       </td>
 649     </tr>
 650     <tr>
 651       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 652           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 653           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 654       <td align="left" valign="top">
 655         <ul>
 656           <li>
 657             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 658             residue in cursor mode
 659           </li>
 660           <li>
 661             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 662             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 663           </li>
 664           <li>
 665             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 666             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 667             improved compatibility with JalviewJS
 668           </li>
 669           <li>
 670             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 671             alignments from Pfam and Rfam
 672           </li>
 673           <li>
 674             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 675             import (no longer based on .gz extension)
 676           </li>
 677           <li>
 678             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 679           </li>
 680           <li>
 681             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 682             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 683             EMBL flat file
 684           </li>
 685           <li>
 686             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 687             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 688             saving or making backup files.
 689           </li>
 690           <li>
 691             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 692             <ul>
 693               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 694               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 695             </ul>
 696           </li>
 697           <li>
 698             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 699             when running on Linux (Requires Java 11+)
 700           </li>
 701           <li>
 702             <!-- JAL-1842 JAL-3509 -->RESNUM sequence features (the
 703             green ones) are not automatically displayed when associated
 704             structures are displayed or for sequences retrieved from the
 705             PDB.
 706           </li>
 707         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 708         <ul>
 709           <li>
 710             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 711             through a system property
 712           </li>
 713           <li>
 714             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 715             line help for configuring Jalview's memory
 716           </li>
 717         </ul>
 718       </td>
 719       <td align="left" valign="top">
 720         <ul>
 721           <li>
 722             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 723             but not calculated and no protein or DNA score models are
 724             available for tree/PCA calculation when launched with
 725             Turkish language locale
 726           </li>
 727           <li>
 728             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 729             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 730           </li>
 731           <li>
 732             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 733             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 734           </li>
 735           <li>
 736             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 737             sequence under the cursor
 738           </li>
 739           <li>
 740             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 741             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 742           </li>
 743           <li>
 744             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 745             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 746             '%s'" on the console
 747           </li>
 748           <li>
 749             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 750             when there are both local and complementary features mapped
 751             to the position under the cursor
 752           </li>
 753           <li>
 754             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 755             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 756           </li>
 757           <li>
 758             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 759             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 760           </li>
 761           <li>
 762             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 763             internationalised text for some messages and log output
 764           </li>
 765           <li>
 766             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 767             hidden gapped columns
 768           </li>
 769           <li>
 770             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 771             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 772           </li>
 773           <li>
 774             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 775             specifying output format when exporting an alignment via the
 776             command line
 777           </li>
 778           <li>
 779             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 780             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 781             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 782             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 783             file again, and if that fails, delete the original file and
 784             save in place.)
 785           </li>
 786           <li>
 787             <!-- JAL-3509 -->Dragging a PDB file onto an alignment with
 788             sequence features displayed causes displayed features to be
 789             hidden.
 790           </li>
 791           <li>
 792             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 793             via command line
 794           </li>
 795           <li>
 796             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 797             program and documentation
 798           </li>
 799         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 800         <ul>
 801           <li>
 802             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 803             first time for a version that has different jars to the
 804             previous launched version.
 805           </li>
 806         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 807         <ul>
 808           <li>
 809             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 810             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 811             OutOfMemory error.
 812           </li>
 813           <li>
 814             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 815             monitor the release channel
 816           </li>
 817         </ul> <em>New Known defects</em>
 818         <ul>
 819           <li>
 820             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 821             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 822             proteins share a common transcript sequence (e.g. genome of
 823             RNA viruses)
 824           </li>
 825           <li>
 826             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and
 827             re-imported are ordered differently when shown on alignment
 828             and in tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 829           </li>
 830           <li>
 831             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 832             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 833             works for the top left quadrant of the alignment window
 834           </li>
 835           <li>
 836             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 837             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 838           </li>
 839           <li>
 840             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 841             when alignment view restored from project (since Jalview
 842             2.11.0)
 843           </li>
 844           <li>
 845             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 846             protein products for certain ENA records are repeatedly
 847             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 848           </li>
 849         </ul>
 850       </td>
 851     </tr>
 852     <tr>
 853       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 854           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 855           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 856       <td align="left" valign="top">
 857         <ul>
 858           <li>
 859             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 860             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 861             for display in alignments, on structure views (including
 862             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 863             export.
 864           </li>
 865           <li>
 866             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 867             exported and re-imported as GFF3 files
 868           </li>
 869           <li>
 870             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 871             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 872           </li>
 873           <li>
 874             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 875             validation while parsing
 876           </li>
 877           <li>
 878             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 879             position if reopened
 880           </li>
 881           <li>
 882             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 883             of associated view
 884           </li>
 885           <li>
 886             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 887             enabled by default
 888           </li>
 889           <li>
 890             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 891             tooltips and menus
 892           </li>
 893           <li>
 894             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 895             with no feature types visible
 896           </li>
 897           <li>
 898             <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature
 899             attributes with large integer values
 900           </li>
 901         </ul>
 902         <em>Jalview Installer</em>
 903         <ul>
 904           <li>
 905             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and
 906             installer template version reported in console (may be null
 907             when Jalview launched as executable jar or via conda)
 908           </li>
 909           <li>
 910             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and
 911             higher quality background images
 912           </li>
 913           <li>
 914             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher
 915             generated with install4j 8.0.4
 916           </li>
 917           <li>
 918             <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix
 919             Platforms
 920           </li>
 921           <li>
 922             <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory
 923             setting when running on large memory machines
 924           </li>
 925         </ul> <em>Release processes</em>
 926         <ul>
 927           <li>
 928             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 929           </li>
 930           <li>
 931             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier
 932             access to test-release channel builds
 933           </li>
 934         </ul> <em>Build System</em>
 935         <ul>
 936           <li>
 937             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 938           </li>
 939           <li>
 940             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 941             report
 942           </li>
 943         </ul> <em>Groovy Scripts</em>
 944         <ul>
 945           <li>
 946             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 947             to stdout containing the consensus sequence for each
 948             alignment in a Jalview session
 949           </li>
 950           <li>
 951             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 952             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 953             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 954           </li>
 955         </ul>
 956       </td>
 957       <td align="left" valign="top">
 958         <ul>
 959           <li>
 960             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 961             'Show hidden markers' option is not ticked
 962           </li>
 963           <li>
 964             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 965             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 966             jalview preferences or properties file
 967           </li>
 968           <li>
 969             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 970             'Show Sequence Features' option is not ticked
 971           </li>
 972           <li>
 973             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 974             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 975             features are visible
 976           </li>
 977           <li>
 978             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 979             equal when split frame is first opened
 980           </li>
 981           <li>
 982             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 983             correct after editing a sequence's start position
 984           </li>
 985           <li>
 986             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 987             with annotation and exceptions thrown when only a few
 988             columns shown in wrapped mode
 989           </li>
 990           <li>
 991             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 992             wrapped alignment figure with annotations
 993           </li>
 994           <li>
 995             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 996             ID fails with ClassCastException
 997           </li>
 998           <li>
 999             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
1000             Project
1001           </li>
1002           <li>
1003             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
1004             feature settings dialog also selects columns
1005           </li>
1006           <li>
1007             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
1008             IllegalArgumentException in some circumstances
1009           </li>
1010           <li>
1011             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
1012             opened for a view
1013           </li>
1014           <li>
1015             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
1016             alignment window is closed
1017           </li>
1018           <li>
1019             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
1020             help documentation for 2.11.0 release
1021           </li>
1022           <li>
1023             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
1024             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
1025             Uniprot Accession
1026           </li>
1027         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
1028         <ul>
1029           <li>
1030             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
1031             PDB/Uniprot search panel
1032           </li>
1033         </ul> <em>Installer</em>
1034         <ul>
1035           <li>
1036             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
1037             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
1038           </li>
1039         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
1040         <ul>
1041           <li>
1042             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
1043             repository
1044           </li>
1045           <li>
1046             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
1047             memory
1048           </li>
1049         </ul> <em>New Known Issues</em>
1050         <ul>
1051           <li>
1052             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
1053             preserved when Jalview.app launched with parameters from
1054             command line
1055           </li>
1056           <li>
1057             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
1058             clipped in headless figure export when Right Align option
1059             enabled
1060           </li>
1061           <li>
1062             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
1063             'Source' in console output
1064           </li>
1065           <li>
1066             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail
1067             on jalview's bamboo server but run fine locally.
1068           </li>
1069         </ul>
1070       </td>
1071     </tr>
1072     <tr>
1073       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
1074           name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br /> <em>04/07/2019</em></strong></td>
1075       <td align="left" valign="top">
1076         <ul>
1077           <li>
1078             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native
1079             Application and Installers built with <a
1080             href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a>
1081             (licensed to the Jalview open source project) rather than
1082             InstallAnywhere
1083           </li>
1084           <li>
1085             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure
1086             memory settings, receive over the air updates and launch
1087             specific versions via (<a
1088             href="https://github.com/threerings/getdown">Three
1089               Rings' GetDown</a>)
1090           </li>
1091           <li>
1092             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations
1093             for formats supported by Jalview (including .jvp project
1094             files)
1095           </li>
1096           <li>
1097             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command
1098             line arguments and switch between different getdown channels
1099           </li>
1100           <li>
1101             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview
1102             project or alignment files
1103           </li>
1104
1105           <li>
1106             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF
1107             data files
1108           </li>
1109           <li>
1110             <!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview
1111             updated to version 2.12.0
1112           </li>
1113           <li>
1114             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
1115             'Translate as cDNA'
1116           </li>
1117           <li>
1118             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0
1119           </li>
1120           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis
1121               of Sequence Features</strong>
1122             <ul>
1123               <li>
1124                 <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
1125                 implementation that allows updates) used for Sequence
1126                 Feature collections
1127               </li>
1128               <li>
1129                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
1130                 features can be filtered and shaded according to any
1131                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
1132                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
1133                 file)
1134               </li>
1135               <li>
1136                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
1137                 stored and restored from Jalview Projects
1138               </li>
1139               <li>
1140                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via
1141                 BioJava) to recognise variant features
1142               </li>
1143               <li>
1144                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants
1145                 on peptide sequences (also coloured red by default)
1146               </li>
1147               <li>
1148                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a
1149                 selected sequence feature's details
1150               </li>
1151               <li>
1152                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient
1153                 sequence feature render algorithm (Z-sort/transparency
1154                 and filter aware)
1155               </li>
1156               <li>
1157                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature
1158                 Settings dialog
1159               </li>
1160             </ul></li>
1161           <li>
1162             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster tree
1163             and PCA calculations
1164           </li>
1165           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
1166             <ul>
1167               <li>
1168                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis
1169                 results and Viewer state saved in Jalview Project
1170               </li>
1171               <li>
1172                 <!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from
1173                 viewer's drop-down menus
1174               </li>
1175               <li>
1176                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate
1177                 PCA image incrementally
1178               </li>
1179               <li>
1180                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
1181               </li>
1182             </ul></li>
1183           <li>
1184             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
1185           </li>
1186           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
1187             <ul>
1188               <li>
1189                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of
1190                 selections and multiple groups when working with large
1191                 alignments
1192               </li>
1193               <li>
1194                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when
1195                 parsing Stockholm files
1196               </li>
1197             </ul>
1198           <li><strong>User Interface</strong>
1199             <ul>
1200               <li>
1201                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in
1202                 each view
1203               </li>
1204               <li>
1205                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS
1206                 (What you see is what is shown)<br />Only visible
1207                 regions of alignment are shown by default (can be
1208                 changed in user preferences)
1209               </li>
1210               <li>
1211                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after
1212                 responding Cancel to the Overwrite Dialog
1213               </li>
1214               <li>
1215                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour
1216                 when all sequences are hidden
1217               </li>
1218               <li>
1219                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
1220                 selection region, and gap count when inserting or
1221                 deleting gaps
1222               </li>
1223               <li>
1224                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and
1225                 annotation labels
1226               </li>
1227               <li>
1228                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are
1229                 shown when in wrapped mode
1230               </li>
1231               <li>
1232                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging
1233                 left/right in a graph or histogram annotation
1234               </li>
1235               <li>
1236                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB
1237                 search panels
1238               </li>
1239               <li>
1240                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in
1241                 Overview panel
1242               </li>
1243               <li>
1244                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in
1245                 sequence id popup menu
1246               </li>
1247               <li>
1248                 <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position
1249                 not shown if no subgroups are created
1250               </li>
1251               <li>
1252                 <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of
1253                 search history by right-clicking search box
1254               </li>
1255
1256
1257             </ul></li>
1258           <li>
1259             <!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to
1260             Groovy v2.5
1261           </li>
1262           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general
1263               release)</strong>
1264             <ul>
1265               <li>
1266                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About'
1267                 entry and trapping CMD-Q
1268               </li>
1269             </ul></li>
1270         </ul> <em>Deprecations</em>
1271         <ul>
1272           <li>
1273             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
1274             capabilities removed from the Jalview Desktop
1275           </li>
1276           <li>
1277             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling
1278             and unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview
1279             projects and XML based data retrieval clients
1280           </li>
1281           <li>
1282             <!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for
1283             removal
1284           </li>
1285           <li>
1286             <!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web
1287             Start
1288           </li>
1289         </ul> <em>Documentation</em>
1290         <ul>
1291           <li>
1292             <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering
1293             effects not supported in EPS figure export
1294           </li>
1295           <li>
1296             <!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences
1297             dialog
1298           </li>
1299         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
1300         <ul>
1301           <li>
1302             <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated
1303             from Ant to Gradle
1304           </li>
1305           <li>
1306             <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated
1307             keys in Message bundles
1308           </li>
1309           <li>
1310             <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
1311             gradle-eclipse
1312           </li>
1313           <li>
1314             <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian Bamboo
1315             continuous integration for unattended Test Suite execution
1316           </li>
1317           <li>
1318             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
1319             operations
1320           </li>
1321           <li>
1322             <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
1323             issues resolved
1324           </li>
1325           <li>
1326             <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
1327             markdown (with HTML rendering)
1328           </li>
1329           <li>
1330             <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
1331           </li>
1332           <li>
1333             <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
1334             versions of Jalview
1335           </li>
1336         </ul>
1337       </td>
1338       <td align="left" valign="top">
1339         <ul>
1340           <li>
1341             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
1342           </li>
1343           <li>
1344             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
1345             superposition in Jmol fail on Windows
1346           </li>
1347           <li>
1348             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when
1349             discovering structures for sequences with lots of PDB
1350             structures
1351           </li>
1352           <li>
1353             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export
1354             with monospaced font
1355           </li>
1356           <li>
1357             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
1358             Jalview project involving multiple views
1359           </li>
1360           <li>
1361             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
1362             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
1363             Annotation dialog hides columns
1364           </li>
1365           <li>
1366             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
1367             a CDS/Protein alignment stops working after making a
1368             selection in one view, then making another selection in the
1369             other view
1370           </li>
1371           <li>
1372             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
1373             columns
1374           </li>
1375           <li>
1376             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
1377             Feature Settings and Jalview Preferences panels
1378           </li>
1379           <li>
1380             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or
1381             redrawing the overview with large alignments
1382           </li>
1383           <li>
1384             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
1385             region if columns were selected by dragging right-to-left
1386             and the mouse moved to the left of the first column
1387           </li>
1388           <li>
1389             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to
1390             a hidden column marker via scale popup menu
1391           </li>
1392           <li>
1393             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
1394             URLs doesn't tell users the invalid URL
1395           </li>
1396           <li>
1397             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
1398             score from view
1399           </li>
1400           <li>
1401             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl
1402             during show cross references or Fetch Database References
1403             are shown in red in original view
1404           </li>
1405           <li>
1406             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown
1407             correctly on peptide sequence (computed variant shown as
1408             p.Res.null)
1409           </li>
1410           <li>
1411             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
1412             manually created features (where feature score is Float.NaN)
1413           </li>
1414           <li>
1415             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
1416             printed when columns are hidden
1417           </li>
1418           <li>
1419             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
1420             Columns by Annotation description
1421           </li>
1422           <li>
1423             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
1424             dragging out of Scale or Annotation Panel
1425           </li>
1426           <li>
1427             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling
1428             out of scale panel
1429           </li>
1430           <li>
1431             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
1432             alignment down
1433           </li>
1434           <li>
1435             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal
1436             in scale panel
1437           </li>
1438           <li>
1439             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page
1440             Down, Page Up in wrapped mode
1441           </li>
1442           <li>
1443             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
1444           </li>
1445           <li>
1446             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
1447           </li>
1448           <li>
1449             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always
1450             selected on opening an alignment
1451           </li>
1452           <li>
1453             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected
1454             in Colour menu
1455           </li>
1456           <li>
1457             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes
1458             when different groups in the alignment are selected
1459           </li>
1460           <li>
1461             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not
1462             shown correctly in menu
1463           </li>
1464           <li>
1465             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at
1466             min/max threshold limit
1467           </li>
1468           <li>
1469             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1470             threshold gets 'unrounded'
1471           </li>
1472           <li>
1473             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1474             colour
1475           </li>
1476           <li>
1477             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y
1478             axis
1479           </li>
1480           <li>
1481             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1482           </li>
1483           <li>
1484             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets
1485             alignment, not Tree font
1486           </li>
1487           <li>
1488             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored
1489             from project file
1490           </li>
1491           <li>
1492             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if
1493             Overview shown in complementary view
1494           </li>
1495           <li>
1496             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when
1497             shown without normalisation
1498           </li>
1499           <li>
1500             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open
1501             positioned at top of report
1502           </li>
1503           <li>
1504             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1505           </li>
1506           <li>
1507             <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on
1508             OSX Mojave
1509           </li>
1510         </ul> <em>Editing</em>
1511         <ul>
1512           <li>
1513             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
1514             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
1515             via 'Edit' sequence
1516           </li>
1517           <li>
1518             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection
1519             doesn't relocate sequence features correctly when start of
1520             sequence is removed (Known defect since 2.10)
1521           </li>
1522           <li>
1523             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit
1524             Sequence dialog corrupts dataset sequence
1525           </li>
1526           <li>
1527             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when
1528             associated tree repartitions the alignment view (Regression
1529             in 2.10.5)
1530           </li>
1531         </ul> <em>Datamodel</em>
1532         <ul>
1533           <li>
1534             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1535             sequence's End is greater than its length
1536           </li>
1537         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on general
1538           release)</em>
1539         <ul>
1540           <li>
1541             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1542           </li>
1543         </ul> <em>New Known Defects</em>
1544         <ul>
1545           <li>
1546             <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double
1547             clicking ignores bounds of an existing selected region
1548           </li>
1549           <li>
1550             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in
1551             gapped regions of protein alignment.
1552           </li>
1553           <li>
1554             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when
1555             PCA View is restored from a Jalview 2.11 project
1556           </li>
1557           <li>
1558             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small
1559             after 'New View'
1560           </li>
1561           <li>
1562             <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1563             columns within hidden columns
1564           </li>
1565           <li>
1566             <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse
1567             re-enters window after dragging left to select columns to
1568             left of visible region
1569           </li>
1570           <li>
1571             <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their
1572             description string and thresholded by score in earlier
1573             versions of Jalview are not shown as thresholded features in
1574             2.11. To workaround please create a Score filter instead.
1575           </li>
1576           <li>
1577             <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't
1578             reset group visibility
1579           </li>
1580           <li>
1581             <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in
1582             linked CDS/Protein view
1583           </li>
1584           <li>
1585             <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1586             alignments with multiple views can close views unexpectedly
1587           </li>
1588         </ul> <em>Java 11 Specific defects</em>
1589         <ul>
1590           <li>
1591             <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1592             alphabetically when saved
1593           </li>
1594         </ul>
1595       </td>
1596     </tr>
1597     <tr>
1598       <td width="60" nowrap>
1599         <div align="center">
1600           <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1601         </div>
1602       </td>
1603       <td><div align="left">
1604           <em></em>
1605           <ul>
1606             <li>
1607               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1608               InstallAnywhere increased to 1G.
1609             </li>
1610             <li>
1611               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1612               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1613               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1614                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1615                 properties file.</em>
1616             </li>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1619               API and sequence data now imported as JSON.
1620             </li>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1623               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1624               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1625               property.
1626             </li>
1627           </ul>
1628           <em>Development</em>
1629           <ul>
1630             <li>
1631               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1632               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1633                 Clover</a>
1634             </li>
1635           </ul>
1636         </div></td>
1637       <td><div align="left">
1638           <em></em>
1639           <ul>
1640             <li>
1641               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1642               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1643               alignment.
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1647               annotation displayed.
1648             </li>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1651               for newly created group when 'Apply to all groups'
1652               selected
1653             </li>
1654             <li>
1655               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1656               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1657               visible.
1658             </li>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1661               when sequences are selected in exported view.</em>
1662             </li>
1663             <li>
1664               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1665               aren't rendered with correct colour.
1666             </li>
1667             <li>
1668               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1669               types of knotted RNA secondary structure.
1670             </li>
1671             <li>
1672               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1673               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1674               do not start at 1.
1675             </li>
1676             <li>
1677               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1678               annotation when columns are inserted into an alignment,
1679               and when exporting as Stockholm flatfile.
1680             </li>
1681             <li>
1682               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1683               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1684               treated as RNA secondary structure.
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1688               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1689             </li>
1690             <li>
1691               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1692               transfers focus to previous window on OSX
1693             </li>
1694           </ul>
1695           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1696           <ul>
1697             <li>
1698               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1699               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1700               box.
1701             </li>
1702             <li>
1703               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1704               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1705               'look and feel' which has improved compatibility with the
1706               latest version of OSX.
1707             </li>
1708           </ul>
1709         </div></td>
1710     </tr>
1711     <tr>
1712       <td width="60" nowrap>
1713         <div align="center">
1714           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1715             <em>7/06/2018</em></strong>
1716         </div>
1717       </td>
1718       <td><div align="left">
1719           <em></em>
1720           <ul>
1721             <li>
1722               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1723               annotation retrieved from Uniprot
1724             </li>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1727               onto the Jalview Desktop
1728             </li>
1729           </ul>
1730         </div></td>
1731       <td><div align="left">
1732           <em></em>
1733           <ul>
1734             <li>
1735               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1736               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1737             </li>
1738             <li>
1739               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1740               right-hand column parsed correctly
1741             </li>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1744               not alignment area in exported graphic
1745             </li>
1746             <li>
1747               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1748               window has input focus
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1752               annotation added to view (Windows)
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1756               network connectivity is poor
1757             </li>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1760               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1761                 the currently open URL and links from a page viewed in
1762                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1763                 you are using Edge, only links in the page can be
1764                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1765                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1766             </li>
1767           </ul>
1768           <em>New Known Defects</em>
1769           <ul>
1770             <li>
1771               <!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by
1772               Annotation
1773             </li>
1774           </ul>
1775         </div></td>
1776     </tr>
1777     <tr>
1778       <td width="60" nowrap>
1779         <div align="center">
1780           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1781         </div>
1782       </td>
1783       <td><div align="left">
1784           <em></em>
1785           <ul>
1786             <li>
1787               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1788               for disabling automatic superposition of multiple
1789               structures and open structures in existing views
1790             </li>
1791             <li>
1792               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1793               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1794               adjust them.
1795             </li>
1796             <li>
1797               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1798               Ensembl services
1799             </li>
1800             <li>
1801               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1802               and lots of hidden columns
1803             </li>
1804             <li>
1805               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1806               of features (particularly when transparency is disabled)
1807             </li>
1808             <li>
1809               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2
1810               for exchange of Jalview features and Chimera attributes
1811               made generally available
1812             </li>
1813           </ul>
1814         </div></td>
1815       <td><div align="left">
1816           <ul>
1817             <li>
1818               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1819               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1820             </li>
1821             <li>
1822               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1823               overlapping alignment panel
1824             </li>
1825             <li>
1826               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1827               sequence as gaps
1828             </li>
1829             <li>
1830               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1831               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1832               UTR
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1836               factor annotation not added to sequence when local PDB
1837               file associated with it by drag'n'drop or structure
1838               chooser
1839             </li>
1840             <li>
1841               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1842               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1843             </li>
1844             <li>
1845               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1846               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1847             </li>
1848             <li>
1849               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1850               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1851             </li>
1852             <li>
1853               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1854               columns in annotation row
1855             </li>
1856             <li>
1857               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
1858               not honored in batch mode
1859             </li>
1860             <li>
1861               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1862               for structures added to existing Jmol view
1863             </li>
1864             <li>
1865               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1866               entries after importing project with multiple views
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1870               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1871               with negative residue numbers or missing residues fails
1872             </li>
1873             <li>
1874               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with
1875               negative Temperature Factor values from annotated PDB
1876               files (e.g. as generated by CONSURF)
1877             </li>
1878             <li>
1879               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1880               tooltip doesn't include a text description of mutation
1881             </li>
1882             <li>
1883               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1884               structure and/or overview windows are also shown
1885             </li>
1886             <li>
1887               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted
1888               regions very slow for alignments with large numbers of
1889               sequences
1890             </li>
1891             <li>
1892               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1893               with 'StringIndexOutOfBounds'
1894             </li>
1895             <li>
1896               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and
1897               Feel for OSX platforms running Java 10
1898             </li>
1899             <li>
1900               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1901               view appears to do nothing because the view is hidden
1902               behind the alignment view
1903             </li>
1904           </ul>
1905           <em>Applet</em>
1906           <ul>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1909               should copy the group consensus when popup is opened on it
1910             </li>
1911           </ul>
1912           <em>Batch Mode</em>
1913           <ul>
1914             <li>
1915               <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not
1916               respected
1917             </li>
1918           </ul>
1919           <em>New Known Defects</em>
1920           <ul>
1921             <li>
1922               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1923               editing a large alignment and overview is displayed
1924             </li>
1925             <li>
1926               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1927               repeatedly after a series of edits even when the overview
1928               is no longer reflecting updates
1929             </li>
1930             <li>
1931               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1932               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1933               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1934               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1935             </li>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with
1938               CSV option gives blank output
1939             </li>
1940           </ul>
1941         </div></td>
1942     </tr>
1943     <tr>
1944       <td width="60" nowrap>
1945         <div align="center">
1946           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br />
1947             <em>24/1/2018</em></strong>
1948         </div>
1949       </td>
1950       <td><div align="left">
1951           <ul>
1952             <li>Updated Certum Codesigning Certificate (Valid till
1953               30th November 2018)</li>
1954           </ul>
1955         </div></td>
1956       <td><div align="left">
1957           <em>Desktop</em>
1958           <ul>
1959             <ul>
1960               <li>
1961                 <!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when
1962                 several sequences and structures are selected for
1963                 viewing/superposing
1964               </li>
1965               <li>
1966                 <!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll
1967                 vertically via trackpad and scrollwheel
1968               </li>
1969               <li>
1970                 <!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed
1971                 in cursor mode when cursor lies in hidden region at
1972                 start of alignment
1973               </li>
1974               <li>
1975                 <!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when
1976                 scrolled into view if columns are hidden
1977               </li>
1978               <li>
1979                 <!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to
1980                 reset (ie after hitting cancel) for large numbers of
1981                 hidden columns
1982               </li>
1983               <li>
1984                 <!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion
1985                 of sequence limits when exporting as flat file has no
1986                 effect
1987               </li>
1988               <li>
1989                 <!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference
1990                 relationships when retrieving sequences from
1991                 EnsemblGenomes
1992               </li>
1993             </ul>
1994         </div></td>
1995     </tr>
1996     <tr>
1997       <td width="60" nowrap>
1998         <div align="center">
1999           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
2000         </div>
2001       </td>
2002       <td><div align="left">
2003           <em></em>
2004           <ul>
2005             <li>
2006               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
2007               rendering of sequence features
2008             </li>
2009             <li>
2010               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
2011               429 rate limit request hander
2012             </li>
2013             <li>
2014               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
2015               their colours have changed
2016             </li>
2017             <li>
2018               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
2019               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
2020             </li>
2021             <li>
2022               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
2023               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
2024             </li>
2025             <li>
2026               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
2027               view from Ensembl locus cross-references
2028             </li>
2029             <li>
2030               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
2031               Alignment report
2032             </li>
2033             <li>
2034               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
2035               feature can be disabled
2036             </li>
2037             <li>
2038               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
2039               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
2040             </li>
2041             <li>
2042               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
2043               Uniprot
2044             </li>
2045           </ul>
2046           <em>Scripting</em>
2047           <ul>
2048             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
2049             <li>Example groovy script for generating a matrix of
2050               percent identity scores for current alignment.</li>
2051           </ul>
2052           <em>Testing and Deployment</em>
2053           <ul>
2054             <li>
2055               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
2056             </li>
2057           </ul>
2058         </div></td>
2059       <td><div align="left">
2060           <em>General</em>
2061           <ul>
2062             <li>
2063               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
2064               threshold text field doesn't trigger an update to the
2065               alignment view
2066             </li>
2067             <li>
2068               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
2069               strings in parallel
2070             </li>
2071             <li>
2072               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
2073               alignment window is closed
2074             </li>
2075             <li>
2076               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
2077               group visibility
2078             </li>
2079             <li>
2080               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
2081               takes a long time in Cursor mode
2082             </li>
2083           </ul>
2084           <em>Desktop</em>
2085           <ul>
2086             <li>
2087               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
2088               cannot be viewed in Chimera
2089             </li>
2090             <li>
2091               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
2092               CDS/Protein view
2093             </li>
2094             <li>
2095               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
2096               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
2097               Search Dialogs
2098             </li>
2099             <li>
2100               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
2101             </li>
2102             <li>
2103               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
2104             </li>
2105             <li>
2106               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
2107               rendered when switching back from Wrapped to normal view
2108             </li>
2109             <li>
2110               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
2111               scrolling right in unwapped alignment view
2112             </li>
2113             <li>
2114               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
2115               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
2116               database
2117             </li>
2118             <li>
2119               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
2120               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
2121             </li>
2122             <li>
2123               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
2124               features of same type and group to be selected for
2125               amending
2126             </li>
2127             <li>
2128               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
2129               alignments when hidden columns are present
2130             </li>
2131             <li>
2132               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
2133               displaying several structures
2134             </li>
2135             <li>
2136               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
2137               moving a window
2138             </li>
2139             <li>
2140               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
2141               within the Jalview desktop on OSX
2142             </li>
2143             <li>
2144               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
2145               when in wrapped alignment mode
2146             </li>
2147             <li>
2148               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
2149               hand end of alignment
2150             </li>
2151             <li>
2152               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
2153               each selected sequence do not have correct start/end
2154               positions
2155             </li>
2156             <li>
2157               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
2158               after canceling the Alignment Window's Font dialog
2159             </li>
2160             <li>
2161               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
2162               restoring project until a new view is created
2163             </li>
2164             <li>
2165               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
2166               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
2167               configured (since 2.10.2b2)
2168             </li>
2169             <li>
2170               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
2171               position is adjusted
2172             </li>
2173             <li>
2174               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
2175               in a multi-chain structure when viewing alignment
2176               involving more than one chain (since 2.10)
2177             </li>
2178             <li>
2179               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
2180               if new selection moves alignment window
2181             </li>
2182             <li>
2183               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
2184               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
2185             </li>
2186             <li>
2187               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
2188               that produces correctly annotated transcripts and products
2189             </li>
2190             <li>
2191               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
2192               doesn't update associated structure view
2193             </li>
2194           </ul>
2195           <em>Applet</em><br />
2196           <ul>
2197             <li>
2198               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
2199               closing alignment panel
2200             </li>
2201           </ul>
2202           <em>BioJSON</em><br />
2203           <ul>
2204             <li>
2205               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
2206               non-positional features
2207             </li>
2208           </ul>
2209           <em>New Known Issues</em>
2210           <ul>
2211             <li>
2212               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
2213               sequence features correctly (for many previous versions of
2214               Jalview)
2215             </li>
2216             <li>
2217               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
2218               using cursor in wrapped panel other than top
2219             </li>
2220             <li>
2221               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
2222               graduated colour threshold
2223             </li>
2224             <li>
2225               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
2226               always preserve numbering and sequence features
2227             </li>
2228           </ul>
2229           <em>Known Java 9 Issues</em>
2230           <ul>
2231             <li>
2232               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
2233               not responsive when entering characters (Webstart, Java
2234               9.01, OSX 10.10)
2235             </li>
2236           </ul>
2237         </div></td>
2238     </tr>
2239     <tr>
2240       <td width="60" nowrap>
2241         <div align="center">
2242           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
2243             <em>2/10/2017</em></strong>
2244         </div>
2245       </td>
2246       <td><div align="left">
2247           <em>New features in Jalview Desktop</em>
2248           <ul>
2249             <li>
2250               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API
2251               at uniprot.org
2252             </li>
2253             <li>
2254               <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to
2255               ebi.ac.uk
2256             </li>
2257           </ul>
2258         </div></td>
2259       <td><div align="left"></div></td>
2260     </tr>
2261     <tr>
2262       <td width="60" nowrap>
2263         <div align="center">
2264           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
2265             <em>7/9/2017</em></strong>
2266         </div>
2267       </td>
2268       <td><div align="left">
2269           <em></em>
2270           <ul>
2271             <li>
2272               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
2273               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
2274               white)
2275             </li>
2276             <li>
2277               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
2278               Preferences
2279             </li>
2280             <li>
2281               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
2282               in size and progress bar shown as higher resolution
2283               overview is recalculated
2284             </li>
2285
2286           </ul>
2287         </div></td>
2288       <td><div align="left">
2289           <em></em>
2290           <ul>
2291             <li>
2292               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
2293               column region row by row
2294             </li>
2295             <li>
2296               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
2297               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
2298             </li>
2299             <li>
2300               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
2301               format setting is unticked
2302             </li>
2303             <li>
2304               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
2305               if group has show boxes format setting unticked
2306             </li>
2307             <li>
2308               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
2309               autoscrolling whilst dragging current selection group to
2310               include sequences and columns not currently displayed
2311             </li>
2312             <li>
2313               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
2314               assemblies are imported via CIF file
2315             </li>
2316             <li>
2317               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
2318               displayed when threshold or conservation colouring is also
2319               enabled.
2320             </li>
2321             <li>
2322               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
2323               server version
2324             </li>
2325             <li>
2326               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
2327               dragging a selected region off the visible region of the
2328               alignment
2329             </li>
2330             <li>
2331               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
2332               colourscheme to all groups in a view
2333             </li>
2334             <li>
2335               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
2336               initially after font size change using the Font chooser or
2337               middle-mouse zoom
2338             </li>
2339           </ul>
2340         </div></td>
2341     </tr>
2342     <tr>
2343       <td width="60" nowrap>
2344         <div align="center">
2345           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
2346         </div>
2347       </td>
2348       <td><div align="left">
2349           <em>Calculations</em>
2350           <ul>
2351
2352             <li>
2353               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
2354               ungapped positions in each column of the alignment.
2355             </li>
2356             <li>
2357               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
2358               a calculation dialog box
2359             </li>
2360             <li>
2361               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
2362               and memory efficiency (~30x faster)
2363             </li>
2364             <li>
2365               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
2366               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
2367               and other calculations
2368             </li>
2369             <li>
2370               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
2371               files within the Jalview codebase
2372             </li>
2373             <li>
2374               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
2375               Similarity may have different topology due to increased
2376               precision
2377             </li>
2378           </ul>
2379           <em>Rendering</em>
2380           <ul>
2381             <li>
2382               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
2383               model for alignments and groups
2384             </li>
2385             <li>
2386               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
2387               scripts
2388             </li>
2389           </ul>
2390           <em>Overview</em>
2391           <ul>
2392             <li>
2393               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
2394               with alignment and overview windows
2395             </li>
2396             <li>
2397               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
2398               overview
2399             </li>
2400             <li>
2401               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
2402               omitted in Overview
2403             </li>
2404             <li>
2405               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
2406               adjustment of visible position
2407             </li>
2408           </ul>
2409
2410           <em>Data import/export</em>
2411           <ul>
2412             <li>
2413               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
2414               Stockholm files imported as sequence associated annotation
2415             </li>
2416             <li>
2417               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
2418               annotation input/output via stockholm flatfile
2419             </li>
2420             <li>
2421               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
2422               extension when importing structure files without embedded
2423               names or PDB accessions
2424             </li>
2425             <li>
2426               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
2427               format sequence substitution matrices
2428             </li>
2429           </ul>
2430           <em>User Interface</em>
2431           <ul>
2432             <li>
2433               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
2434               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
2435               the application.
2436             </li>
2437             <li>
2438               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
2439               via Overview or sequence motif search operations
2440             </li>
2441             <li>
2442               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
2443               opened by double clicking gaps within sequence feature
2444               extent
2445             </li>
2446             <li>
2447               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
2448               aligned positions were available to create a 3D structure
2449               superposition.
2450             </li>
2451           </ul>
2452           <em>3D Structure</em>
2453           <ul>
2454             <li>
2455               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
2456               coloured in linked structure views
2457             </li>
2458             <li>
2459               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
2460               file-based command exchange
2461             </li>
2462             <li>
2463               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
2464               Cached Structures rather than querying the PDBe if
2465               structures are already available for sequences
2466             </li>
2467             <li>
2468               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
2469               the Jalview project rather than downloaded again when the
2470               project is reopened.
2471             </li>
2472             <li>
2473               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
2474               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
2475               features, and vice-versa (<strong>Experimental
2476                 Feature</strong>)
2477             </li>
2478           </ul>
2479           <em>Web Services</em>
2480           <ul>
2481             <li>
2482               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
2483             </li>
2484             <li>
2485               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
2486               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
2487               Analysis services
2488             </li>
2489             <li>
2490               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
2491               cross-references provided by identifiers.org and the
2492               EMBL-EBI's MIRIAM DB
2493             </li>
2494           </ul>
2495
2496           <em>Scripting</em>
2497           <ul>
2498             <li>
2499               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
2500               identifying file formats (instead of String constants)
2501             </li>
2502             <li>
2503               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2504               efficiency when counting all displayed features (not
2505               backwards compatible with 2.10.1)
2506             </li>
2507           </ul>
2508           <em>Example files</em>
2509           <ul>
2510             <li>
2511               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2512               included in the example feature file
2513             </li>
2514           </ul>
2515           <em>Documentation</em>
2516           <ul>
2517             <li>
2518               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2519               with the built-in Java help viewer
2520             </li>
2521             <li>
2522               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2523               sequence description' option
2524             </li>
2525           </ul>
2526           <em>Test Suite</em>
2527           <ul>
2528             <li>
2529               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2530               Uniprot REST Free Text Search Client
2531             </li>
2532             <li>
2533               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2534             </li>
2535             <li>
2536               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2537               during tests
2538             </li>
2539           </ul>
2540         </div></td>
2541       <td><div align="left">
2542           <em>Calculations</em>
2543           <ul>
2544             <li>
2545               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2546               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2547               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2548             </li>
2549             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2550               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2551               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2552               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2553               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2554               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2555               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2556               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2557               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2558               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2559               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2560               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2561               // for 2.10.1 mode <br />
2562               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2563               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2564                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2565                 calculations (not recommended)</em></li>
2566             <li>
2567               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2568               scaling of branch lengths for trees computed using
2569               Sequence Feature Similarity.
2570             </li>
2571             <li>
2572               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2573               generating output report when working with highly
2574               redundant alignments
2575             </li>
2576             <li>
2577               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2578               right of selected region when gaps present on right-hand
2579               boundary
2580             </li>
2581           </ul>
2582           <em>User Interface</em>
2583           <ul>
2584             <li>
2585               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2586               doesn't reselect a specific sequence's associated
2587               annotation after it was used for colouring a view
2588             </li>
2589             <li>
2590               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2591               opened on a region of alignment without groups
2592             </li>
2593             <li>
2594               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2595               of an alignment with overlapping groups
2596             </li>
2597             <li>
2598               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2599               name and description match
2600             </li>
2601             <li>
2602               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2603               hidden regions results in incorrect hidden regions
2604             </li>
2605             <li>
2606               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2607               changing colour does not apply Conservation slider value
2608               to all groups
2609             </li>
2610             <li>
2611               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2612               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2613             </li>
2614             <li>
2615               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2616               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2617             </li>
2618             <li>
2619               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2620               gaps before start of features
2621             </li>
2622             <li>
2623               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2624               restored to UI when feature colour is edited
2625             </li>
2626             <li>
2627               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2628               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2629             </li>
2630             <li>
2631               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2632               as graduate feature colour settings are modified via the
2633               dialog box
2634             </li>
2635             <li>
2636               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2637               when a group defined on the alignment is resized
2638             </li>
2639             <li>
2640               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2641               wrapped view result in positional status updates
2642             </li>
2643
2644             <li>
2645               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2646               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2647             </li>
2648             <li>
2649               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2650               alignment included gapped columns
2651             </li>
2652             <li>
2653               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2654               widgets don't permanently disappear
2655             </li>
2656             <li>
2657               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2658               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2659               T-Coffee column reliability scores)
2660             </li>
2661             <li>
2662               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2663               sequence feature on gaps only
2664             </li>
2665             <li>
2666               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2667               button from a Find inherit previously defined feature type
2668               rather than the Find query string
2669             </li>
2670             <li>
2671               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2672               exporting tree calculated in Jalview
2673             </li>
2674             <li>
2675               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2676               and then revealing them reorders sequences on the
2677               alignment
2678             </li>
2679             <li>
2680               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2681               doesn't update to reflect available set of groups after
2682               interactively adding or modifying features
2683             </li>
2684             <li>
2685               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2686               Linux
2687             </li>
2688             <li>
2689               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2690               only excluded gaps in current sequence and ignored
2691               selection.
2692             </li>
2693           </ul>
2694           <em>Rendering</em>
2695           <ul>
2696             <li>
2697               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2698               erratically when hidden rows or columns are present
2699             </li>
2700             <li>
2701               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2702               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2703               sequence colouring
2704             </li>
2705             <li>
2706               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2707               colour and group colour menu for protein alignments
2708             </li>
2709             <li>
2710               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2711               reflect currently selected view or group's shading
2712               thresholds
2713             </li>
2714             <li>
2715               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2716               when rendered on overview and structures when opacity at
2717               100%
2718             </li>
2719             <li>
2720               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2721               overview when features overlaid on alignment
2722             </li>
2723             <li>
2724               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2725               recovered correctly from Jalview project file
2726             </li>
2727             <li>
2728               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first
2729               opened (automatically via preferences) are different to
2730               the main alignment panel
2731             </li>
2732           </ul>
2733           <em>Data import/export</em>
2734           <ul>
2735             <li>
2736               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2737               load
2738             </li>
2739             <li>
2740               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2741               added after a sequence was imported are not written to
2742               Stockholm File
2743             </li>
2744             <li>
2745               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2746               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2747             </li>
2748             <li>
2749               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2750               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2751             </li>
2752             <li>
2753               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2754               with lightGray or darkGray via features file (but can
2755               specify lightgray)
2756             </li>
2757             <li>
2758               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2759               when alignment view imported from project
2760             </li>
2761             <li>
2762               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2763               structure and sequences extracted from structure files
2764               imported via URL and viewed in Jmol
2765             </li>
2766             <li>
2767               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2768               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2769               the project is loaded and the structure viewed
2770             </li>
2771           </ul>
2772           <em>Web Services</em>
2773           <ul>
2774             <li>
2775               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2776               release of Ensembl v.88
2777             </li>
2778             <li>
2779               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2780               appear enabled in Preferences->Connections
2781             </li>
2782             <li>
2783               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2784               removed from console output
2785             </li>
2786             <li>
2787               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2788               Ensembl by Peptide ID
2789             </li>
2790             <li>
2791               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2792               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2793               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2794               due to 'null' string rather than empty string used for
2795               residues with no corresponding PDB mapping).
2796             </li>
2797           </ul>
2798           <em>Application UI</em>
2799           <ul>
2800             <li>
2801               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2802               menu
2803             </li>
2804             <li>
2805               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2806               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2807               new documentation and tooltips added)
2808             </li>
2809             <li>
2810               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2811               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2812             </li>
2813             <li>
2814               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2815               new features are added to alignment
2816             </li>
2817             <li>
2818               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2819               changes to feature colours via the Amend features dialog
2820             </li>
2821             <li>
2822               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2823               edit graduated feature colour via amend features dialog
2824               box
2825             </li>
2826             <li>
2827               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2828               selection menu changes colours of alignment views
2829             </li>
2830             <li>
2831               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2832               from alignment calculation workers after alignment has
2833               been closed
2834             </li>
2835             <li>
2836               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2837               groups now 'Create Group'
2838             </li>
2839             <li>
2840               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2841               Create/Undefine group doesn't always work
2842             </li>
2843             <li>
2844               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2845               shown again after pressing 'Cancel'
2846             </li>
2847             <li>
2848               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2849               adjusts start position in wrap mode
2850             </li>
2851             <li>
2852               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2853               ambiguous amino acids
2854             </li>
2855             <li>
2856               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2857               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2858               proteins
2859             </li>
2860             <li>
2861               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2862               Defined' don't appear in Colours menu
2863             </li>
2864           </ul>
2865           <em>Applet</em>
2866           <ul>
2867             <li>
2868               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2869               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2870             </li>
2871             <li>
2872               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2873               overview or linked structure view
2874             </li>
2875             <li>
2876               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2877               work (since 2.8)
2878             </li>
2879             <li>
2880               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2881               user-defined colourscheme doesn't restore original
2882               colourscheme
2883             </li>
2884           </ul>
2885           <em>Test Suite</em>
2886           <ul>
2887             <li>
2888               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2889               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2890             </li>
2891             <li>
2892               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2893               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2894               problems with deep array comparison equality asserts in
2895               successive versions of TestNG
2896             </li>
2897             <li>
2898               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2899               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2900             </li>
2901           </ul>
2902           <em>New Known Issues</em>
2903           <ul>
2904             <li>
2905               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2906               phase after a sequence motif find operation
2907             </li>
2908             <li>
2909               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2910               containing just upper and lower case letters are
2911               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2912             </li>
2913             <li>
2914               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2915               reliably from eggnog Ortholog database
2916             </li>
2917             <li>
2918               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2919               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2920               to mark columns containing highlighted regions.
2921             </li>
2922             <li>
2923               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2924               doesn't always add secondary structure annotation.
2925             </li>
2926           </ul>
2927         </div>
2928     <tr>
2929       <td width="60" nowrap>
2930         <div align="center">
2931           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2932         </div>
2933       </td>
2934       <td><div align="left">
2935           <em>General</em>
2936           <ul>
2937             <li>
2938               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2939               for all consensus calculations
2940             </li>
2941             <li>
2942               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2943               3rd Oct 2016)
2944             </li>
2945             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2946               for 2016-2017</li>
2947           </ul>
2948           <em>Application</em>
2949           <ul>
2950             <li>
2951               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2952               set of database cross-references, sorted alphabetically
2953             </li>
2954             <li>
2955               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2956               from database cross references. Users with custom links
2957               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2958                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2959             </li>
2960             <li>
2961               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2962               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2963               Chimera session
2964             </li>
2965             <li>
2966               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2967               the Chimera it is connected to is shut down
2968             </li>
2969             <li>
2970               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2971               columns menu item to mark columns containing highlighted
2972               regions (e.g. from structure selections or results of a
2973               Find operation)
2974             </li>
2975             <li>
2976               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2977               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2978               MSAviewer
2979             </li>
2980           </ul>
2981         </div></td>
2982       <td>
2983         <div align="left">
2984           <em>General</em>
2985           <ul>
2986             <li>
2987               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2988               are not coloured or thresholded according to percent
2989               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2990             </li>
2991             <li>
2992               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2993               hydrophobic
2994             </li>
2995             <li>
2996               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2997               threshold, amino acid properties)
2998             </li>
2999             <li>
3000               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
3001               reported as mapped to residues in a structure file in the
3002               View Mapping report
3003             </li>
3004             <li>
3005               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
3006               could be added multiple times to a sequence
3007             </li>
3008             <li>
3009               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
3010               bond features shown as two highlighted residues rather
3011               than a range in linked structure views, and treated
3012               correctly when selecting and computing trees from features
3013             </li>
3014             <li>
3015               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
3016               cross-references are matched to database name regardless
3017               of case
3018             </li>
3019
3020           </ul>
3021           <em>Application</em>
3022           <ul>
3023             <li>
3024               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
3025               names without regular expressions also offer links from
3026               Sequence ID
3027             </li>
3028             <li>
3029               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
3030               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
3031               update Jalview configuration
3032             </li>
3033             <li>
3034               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
3035               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
3036             </li>
3037             <li>
3038               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
3039               files with similarly named sequences if dropped onto the
3040               alignment
3041             </li>
3042             <li>
3043               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
3044               entries where more chains exist in the PDB accession than
3045               are reported in the SIFTS file
3046             </li>
3047             <li>
3048               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
3049               the structure view when displayed with Chimera
3050             </li>
3051             <li>
3052               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
3053               panel's View->Show Chains submenu
3054             </li>
3055             <li>
3056               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
3057               work for wrapped alignment views
3058             </li>
3059             <li>
3060               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
3061               predictions from 'JNet' to 'JPred'
3062             </li>
3063             <li>
3064               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
3065               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
3066               first annotation row
3067             </li>
3068             <li>
3069               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
3070               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
3071             </li>
3072             <li>
3073               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
3074               ranges for PDB and sequence for SIFTS
3075             </li>
3076             <!-- JAL-2319 -->
3077             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
3078             coordindate data
3079             </li>
3080           </ul>
3081           <!--           <em>New Known Issues</em>
3082           <ul>
3083             <li></li>
3084           </ul> -->
3085         </div>
3086       </td>
3087     </tr>
3088     <td width="60" nowrap>
3089       <div align="center">
3090         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
3091           <em>25/10/2016</em></strong>
3092       </div>
3093     </td>
3094     <td><em>Application</em>
3095       <ul>
3096         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
3097           view if structures already loaded</li>
3098         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
3099           structure views</li>
3100       </ul></td>
3101     <td>
3102       <div align="left">
3103         <em>General</em>
3104         <ul>
3105           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
3106             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
3107           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
3108             example sequences/projects/trees</li>
3109         </ul>
3110         <em>Application</em>
3111         <ul>
3112           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
3113             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
3114           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
3115             without timeout for structures with multiple models or
3116             multiple sequences in alignment</li>
3117           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
3118             PDB ID HEADER line</li>
3119           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
3120             is performed</li>
3121           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
3122             OSX versions earlier than El Capitan</li>
3123           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
3124           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
3125             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
3126             option</li>
3127           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
3128             is created on the alignment</li>
3129           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
3130             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
3131             pop-up menu</li>
3132         </ul>
3133         <em>Build and deployment</em>
3134         <ul>
3135           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
3136             tags</li>
3137         </ul>
3138         <em>New Known Issues</em>
3139         <ul>
3140           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
3141             on Windows</li>
3142         </ul>
3143       </div>
3144     </td>
3145     </tr>
3146     <tr>
3147       <td width="60" nowrap>
3148         <div align="center">
3149           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
3150         </div>
3151       </td>
3152       <td><em>General</em>
3153         <ul>
3154           <li>
3155             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
3156           </li>
3157           <li>
3158             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
3159             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
3160             better PDB parsing.
3161           </li>
3162           <li>
3163             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
3164             reference sequence
3165           </li>
3166           <li>
3167             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
3168             mousing over sequence associated annotation
3169           </li>
3170           <li>
3171             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
3172             for manual entry
3173           </li>
3174           <li>
3175             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
3176             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
3177             for each column
3178           </li>
3179           <li>
3180             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
3181             showing or hiding columns containing a feature
3182           </li>
3183           <li>
3184             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
3185             group and sequence associated annotation labels
3186           </li>
3187           <li>
3188             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
3189             select/hide columns by annotation and colour by annotation
3190             dialogs
3191           </li>
3192
3193         </ul> <em>Application</em>
3194         <ul>
3195           <li>
3196             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
3197             gene/transcript view
3198           </li>
3199           <li>
3200             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
3201             dialog
3202           </li>
3203           <li>
3204             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
3205             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
3206           </li>
3207           <li>
3208             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
3209             Pfam sources to xfam.org
3210           </li>
3211           <li>
3212             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
3213           </li>
3214           <li>
3215             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
3216             over sequences in Jalview
3217           </li>
3218           <li>
3219             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
3220             regions in ENA and EMBL
3221           </li>
3222           <li>
3223             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
3224             for record retrieval via ENA rest API
3225           </li>
3226           <li>
3227             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
3228             complement operator
3229           </li>
3230           <li>
3231             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
3232             groovy script execution
3233           </li>
3234           <li>
3235             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
3236             alignment window's Calculate menu
3237           </li>
3238           <li>
3239             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
3240             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
3241           </li>
3242           <li>
3243             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
3244             calculation workers from groovy scripts
3245           </li>
3246           <li>
3247             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
3248             Jalview projects
3249           </li>
3250           <li>
3251             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
3252             associations are now saved/restored from project
3253           </li>
3254           <li>
3255             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
3256             before sequence fetcher is opened
3257           </li>
3258           <li>
3259             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
3260             database chooser opens a sequence fetcher
3261           </li>
3262           <li>
3263             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
3264             the UniProt REST API
3265           </li>
3266           <li>
3267             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
3268             the news reader opening
3269           </li>
3270           <li>
3271             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
3272             querying stored in preferences
3273           </li>
3274           <li>
3275             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
3276             search results
3277           </li>
3278           <li>
3279             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
3280           </li>
3281           <li>
3282             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
3283             menu for nucleotide sequences
3284           </li>
3285           <li>
3286             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
3287             and feature counts preserves alignment ordering (and
3288             debugged for complex feature sets).
3289           </li>
3290           <li>
3291             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
3292             viewing structures with Jalview 2.10
3293           </li>
3294           <li>
3295             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
3296             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
3297             Ensembl Genomes REST API
3298           </li>
3299           <li>
3300             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
3301             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
3302             (Ensembl)
3303           </li>
3304           <li>
3305             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
3306             sequences
3307           </li>
3308           <li>
3309             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
3310             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
3311             data from external database records.
3312           </li>
3313           <li>
3314             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
3315             efficient recovery of sequence coding and alignment
3316             annotation relationships.
3317           </li>
3318         </ul> <!-- <em>Applet</em>
3319         <ul>
3320           <li>
3321             -- JAL---
3322           </li>
3323         </ul> --></td>
3324       <td>
3325         <div align="left">
3326           <em>General</em>
3327           <ul>
3328             <li>
3329               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
3330               menu on OSX
3331             </li>
3332             <li>
3333               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
3334               includes graduated colourschemes
3335             </li>
3336             <li>
3337               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
3338               working with big alignments and lots of hidden columns
3339             </li>
3340             <li>
3341               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
3342               at right of alignment window
3343             </li>
3344             <li>
3345               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
3346               contents
3347             </li>
3348             <li>
3349               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
3350               for DNA alignments
3351             </li>
3352             <li>
3353               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
3354               based tree calculation
3355             </li>
3356             <li>
3357               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
3358               unconserved enabled for group on alignment
3359             </li>
3360             <li>
3361               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
3362               set as reference
3363             </li>
3364             <li>
3365               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
3366               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
3367               annotation
3368             </li>
3369             <li>
3370               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
3371               hidden columns present
3372             </li>
3373             <li>
3374               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
3375               user created annotation added to alignment
3376             </li>
3377             <li>
3378               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
3379               '()' base pair annotation
3380             </li>
3381             <li>
3382               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
3383               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
3384               Consensus
3385             </li>
3386             <li>
3387               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
3388               feature not working
3389             </li>
3390             <li>
3391               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
3392               beginning of sequence
3393             </li>
3394             <li>
3395               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
3396               entry 3a6s
3397             </li>
3398             <li>
3399               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
3400               from a tree when t-coffee scores are shown
3401             </li>
3402             <li>
3403               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
3404               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
3405             </li>
3406             <li>
3407               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
3408               some structures
3409             </li>
3410             <li>
3411               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
3412               to Clustal, PIR and PileUp output
3413             </li>
3414             <li>
3415               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
3416               not visible causes alignment window to repaint
3417             </li>
3418             <li>
3419               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
3420               graduated colour and colour by annotation row for e-value
3421               scores associated with features and annotation rows
3422             </li>
3423             <li>
3424               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3425               calculation should be case independent
3426             </li>
3427             <li>
3428               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
3429               columns
3430             </li>
3431             <li>
3432               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
3433               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
3434               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
3435             </li>
3436             <li>
3437               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
3438               problems when reference sequence defined and 'show
3439               non-conserved' enabled
3440             </li>
3441             <li>
3442               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
3443               load even when Consensus calculation is disabled
3444             </li>
3445             <li>
3446               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
3447               alignment does nothing
3448             </li>
3449           </ul>
3450           <em>Application</em>
3451           <ul>
3452             <li>
3453               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
3454               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
3455               yet fixed for El Capitan)
3456             </li>
3457             <li>
3458               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
3459               output when running on non-gb/us i18n platforms
3460             </li>
3461             <li>
3462               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
3463               hidden sequences as flat-file alignment
3464             </li>
3465             <li>
3466               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
3467               launching Chimera
3468             </li>
3469             <li>
3470               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
3471               (also hotfix for 2.9.0b2)
3472             </li>
3473             <li>
3474               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
3475               reference sequence defined
3476             </li>
3477             <li>
3478               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
3479               alignments and views when revealing hidden columns
3480             </li>
3481             <li>
3482               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
3483               view in a cDNA/Protein splitframe
3484             </li>
3485             <li>
3486               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
3487               sequence from project when only one sequence is
3488               represented
3489             </li>
3490             <li>
3491               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
3492               in Structure Chooser
3493             </li>
3494             <li>
3495               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
3496               structure consensus didn't refresh annotation panel
3497             </li>
3498             <li>
3499               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
3500               mappings between sequence and all chains in a PDB file
3501             </li>
3502             <li>
3503               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3504               dialogs format columns correctly, don't display array
3505               data, sort columns according to type
3506             </li>
3507             <li>
3508               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3509               file chooser is cancelled during an image export
3510             </li>
3511             <li>
3512               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3513               sequence name containing special characters
3514             </li>
3515             <li>
3516               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3517               case insensitive
3518             </li>
3519             <li>
3520               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3521               formatting don't wrap
3522             </li>
3523             <li>
3524               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3525               truncated so L looks like I in consensus annotation
3526             </li>
3527             <li>
3528               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3529               currently displayed features for the current selection or
3530               view
3531             </li>
3532             <li>
3533               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3534               after fetching cross-references, and restoring from
3535               project
3536             </li>
3537             <li>
3538               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3539               followed in the structure viewer
3540             </li>
3541             <li>
3542               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3543               splitframe not restored from project
3544             </li>
3545             <li>
3546               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3547               trailing end of protein alignment in transcript/product
3548               splitview when pad-gaps not enabled by default
3549             </li>
3550             <li>
3551               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3552               is case dependent
3553             </li>
3554             <li>
3555               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3556               article has been read (reopened issue due to
3557               internationalisation problems)
3558             </li>
3559             <li>
3560               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3561               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3562               cross-references
3563             </li>
3564
3565             <li>
3566               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3567               alignment as HTML
3568             </li>
3569             <li>
3570               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3571               multiple structures are shown for one or more sequences.
3572             </li>
3573             <li>
3574               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3575               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3576               is enabled.
3577             </li>
3578             <li>
3579               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3580               specific PDB id for sequence
3581             </li>
3582             <li>
3583               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3584               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3585               columns' is disabled.
3586             </li>
3587             <li>
3588               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3589               selects lowest rather than highest resolution structures
3590               for each sequence
3591             </li>
3592             <li>
3593               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3594               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3595             </li>
3596             <li>
3597               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3598               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3599             </li>
3600             <li>
3601               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3602               after clicking on it to create new annotation for a
3603               column.
3604             </li>
3605             <li>
3606               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3607               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3608             </li>
3609             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3610             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3611           </ul>
3612           <em>Applet</em>
3613           <ul>
3614             <li>
3615               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3616               hidden columns present before start of sequence
3617             </li>
3618             <li>
3619               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3620               (JSON jars)
3621             </li>
3622             <li>
3623               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3624               sequences are hidden in applet
3625             </li>
3626             <li>
3627               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3628               deployment on examples pages.
3629             </li>
3630           </ul>
3631         </div>
3632       </td>
3633     </tr>
3634     <tr>
3635       <td width="60" nowrap>
3636         <div align="center">
3637           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3638             <em>16/10/2015</em></strong>
3639         </div>
3640       </td>
3641       <td><em>General</em>
3642         <ul>
3643           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3644             jars</li>
3645         </ul></td>
3646       <td>
3647         <div align="left">
3648           <em>Application</em>
3649           <ul>
3650             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3651               shown when tree is partitioned</li>
3652             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3653               multiple cDNA/Protein split views</li>
3654           </ul>
3655         </div>
3656       </td>
3657     </tr>
3658     <tr>
3659       <td width="60" nowrap>
3660         <div align="center">
3661           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3662             <em>8/10/2015</em></strong>
3663         </div>
3664       </td>
3665       <td><em>General</em>
3666         <ul>
3667           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3668             2.9</li>
3669         </ul> <em>Application</em>
3670         <ul>
3671           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3672           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3673           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3674         </ul> <em>Applet</em>
3675         <ul>
3676           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3677         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3678         <ul>
3679           <li>
3680             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3681             suite
3682           </li>
3683         </ul></td>
3684       <td>
3685         <div align="left">
3686           <em>General</em>
3687           <ul>
3688             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3689               incorrect when sequence start > 1</li>
3690             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3691               documentation</li>
3692             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3693             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3694               loading a features file containing HTML tags in feature
3695               description</li>
3696
3697           </ul>
3698           <em>Application</em>
3699           <ul>
3700             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3701               reimport</li>
3702             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3703               with 'trim retrieved sequences'</li>
3704             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3705               deleting selected columns</li>
3706             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3707               JNLP templates for webstart launch</li>
3708             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3709               unreleased structures for download or viewing</li>
3710             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3711               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3712             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3713               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3714             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3715               recovered from jalview project</li>
3716             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3717               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3718               alignment view</li>
3719             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3720               color schemes from BioJSON</li>
3721           </ul>
3722           <em>Applet</em>
3723           <ul>
3724             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3725               frame</li>
3726             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3727           </ul>
3728         </div>
3729       </td>
3730     </tr>
3731     <tr>
3732       <td><div align="center">
3733           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3734         </div></td>
3735       <td><em>General</em>
3736         <ul>
3737           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3738             alignments:
3739             <ul>
3740               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3741                 and DNA alignment views</li>
3742               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3743                 cDNA alignment views</li>
3744               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3745                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3746               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3747                 protein sequences</li>
3748             </ul>
3749           </li>
3750           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3751           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3752             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3753           <li>New alignment annotation file statements for
3754             reference sequences and marking hidden columns</li>
3755           <li>Reference sequence based alignment shading to
3756             highlight variation</li>
3757           <li>Select or hide columns according to alignment
3758             annotation</li>
3759           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3760           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3761             acid conservation row</li>
3762           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3763         </ul> <em>Application</em>
3764         <ul>
3765           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3766             <ul>
3767               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3768                 view with cDNA/Protein</li>
3769               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3770                 sequences are placed in the same alignment</li>
3771               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3772                 projects</li>
3773             </ul>
3774           </li>
3775
3776           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3777           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3778             Jalview windows</li>
3779
3780           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3781           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3782           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3783             be shown in VARNA</li>
3784
3785           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3786             as the active selected region</li>
3787
3788           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3789             similarity</li>
3790           <li>New Export options
3791             <ul>
3792               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3793                 region export in flat file generation</li>
3794
3795               <li>Export alignment views for display with the <a
3796                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3797
3798               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3799               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3800                 alignment figures to HTML</li>
3801           </li>
3802           <li>3D structure retrieval and display
3803             <ul>
3804               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3805                 Search API</li>
3806               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3807                 PDB structures for a sequence set</li>
3808             </ul>
3809           </li>
3810
3811           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3812             predictions</li>
3813           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3814             for one or a group of sequences</li>
3815           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3816             from the JPred4 web server</li>
3817           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3818             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3819             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3820           </li>
3821           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3822             VARNA 2D Structure'</li>
3823           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3824             Structure ..."</li>
3825
3826         </ul> <em>Applet</em>
3827         <ul>
3828           <li>New layout for applet example pages</li>
3829           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3830             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3831           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3832             Protein alignments</li>
3833         </ul> <em>Development and deployment</em>
3834         <ul>
3835           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3836           <li>Include installation type and git revision in build
3837             properties and console log output</li>
3838           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3839             storing BioJsMSA Templates</li>
3840           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3841         </ul></td>
3842       <td>
3843         <!-- <em>General</em>
3844         <ul>
3845         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3846         <ul>
3847           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3848           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3849           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3850             predictions are not highlighted in amber</li>
3851           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3852             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3853           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3854             associated structure views</li>
3855           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3856             width checkbox not enabled</li>
3857           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3858             creating user defined colours</li>
3859           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3860             mappings for just that viewer's sequences</li>
3861           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3862             multiple models in Chimera</li>
3863           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3864             over Jmol structure</li>
3865           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3866             output to text box</li>
3867           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3868             have incorrect sequence start/end</li>
3869           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3870             Jalview fails</li>
3871           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3872             work for nucleotide</li>
3873           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3874             to a grey/invisible alignment window</li>
3875           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3876             imports to different position</li>
3877           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3878             on some platforms</li>
3879           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3880             populated</li>
3881           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3882             console if Chimera has been opened</li>
3883           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3884           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3885             retrieved</li>
3886           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3887           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3888             either sequence shows on first structure</li>
3889           <li>'Show annotations' options should not make
3890             non-positional annotations visible</li>
3891           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3892             in right place after 'view flanking regions'</li>
3893           <li>File Save As type unset when current file format is
3894             unknown</li>
3895           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3896             projects</li>
3897           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3898             responsive</li>
3899           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3900             several views on same alignment</li>
3901           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3902           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3903             spaces</li>
3904         </ul> <em>Applet</em>
3905         <ul>
3906           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3907           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3908             descriptions containing angle brackets</li>
3909         </ul> <em>General</em>
3910         <ul>
3911           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3912             via jalview annotation file</li>
3913           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3914             with RNA secondary structure</li>
3915           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3916             translation doesn't work.</li>
3917           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3918           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3919             positions</li>
3920           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3921             choosing 1pt font</li>
3922           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3923             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3924             'h'</li>
3925           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3926             new feature</li>
3927           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3928             order dependent</li>
3929           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3930             sequences</li>
3931           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3932         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3933         <ul>
3934           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3935             www.jalview.org</li>
3936         </ul> <em>Application Known issues</em>
3937         <ul>
3938           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3939           <li>Misleading message appears after trying to delete
3940             solid column.</li>
3941           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3942             version launches</li>
3943           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3944             fails with a sequence mismatch</li>
3945           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3946             scrolling alignment to right</li>
3947           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3948             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3949           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3950             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3951           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3952             ultra-high resolution</li>
3953           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3954             quality and conservation</li>
3955           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3956             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3957         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3958         <ul>
3959           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3960           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3961             window is being resized</li>
3962
3963         </ul>
3964       </td>
3965     </tr>
3966     <tr>
3967       <td><div align="center">
3968           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3969         </div></td>
3970       <td><em>General</em>
3971         <ul>
3972           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3973             Certum.PL.</li>
3974           <li>Features and annotation preserved when performing
3975             pairwise alignment</li>
3976           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3977             imported/exported/displayed</li>
3978           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3979             protein secondary structure</li>
3980           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3981               post-hoc with 2.9 release</em>)
3982           </li>
3983
3984         </ul> <em>Application</em>
3985         <ul>
3986           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3987             with 3D structures</li>
3988           <li>Support for parsing RNAML</li>
3989           <li>Annotations menu for layout
3990             <ul>
3991               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3992               <li>place sequence annotation above/below alignment
3993                 annotation</li>
3994             </ul>
3995           <li>Output in Stockholm format</li>
3996           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3997             translation</li>
3998           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3999           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
4000             shared between alignments</li>
4001           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
4002             Jalview</li>
4003           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
4004             all or current selection</li>
4005           <li>disorder and secondary structure predictions
4006             available as dataset annotation</li>
4007           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
4008
4009
4010           <li>Sequence database accessions imported when fetching
4011             alignments from Rfam</li>
4012           <li>update VARNA version to 3.91</li>
4013
4014           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
4015             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
4016           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
4017           <li>include installation type in build properties and
4018             console log output</li>
4019           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
4020             annotation</li>
4021         </ul></td>
4022       <td>
4023         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
4024         <ul>
4025           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
4026             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
4027           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
4028             alignment</li>
4029           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
4030           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
4031           <li>Double click on sequence associated annotation
4032             selects only first column</li>
4033           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
4034             leaves shown in tree</li>
4035           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
4036             properly</li>
4037           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
4038           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
4039             screen and buttons not visible</li>
4040           <li>author list isn't updated if already written to
4041             Jalview properties</li>
4042           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
4043             from database</li>
4044           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
4045           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
4046             browser search window</li>
4047           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
4048             in feature settings dialog</li>
4049           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
4050             desktop</li>
4051           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
4052             pass validation</li>
4053           <li>Web services parameters dialog box is too large to
4054             fit on screen</li>
4055           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
4056             tooltip</li>
4057           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
4058             defined user preset</li>
4059           <li>MSA web services warns user if they were launched
4060             with invalid input</li>
4061           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
4062             Java 8</li>
4063           <li>
4064             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
4065             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
4066             created
4067           </li>
4068
4069         </ul> <!--  <em>Applet</em>
4070         <ul>
4071         </ul> <em>General</em>
4072         <ul>
4073         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
4074         <ul>
4075           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
4076             memory allocation</li>
4077           <li>launchApp service doesn't automatically open
4078             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
4079           <li>
4080             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
4081             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
4082             1.7_055 is available
4083           </li>
4084         </ul> <em>Application Known issues</em>
4085         <ul>
4086           <li>
4087             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
4088             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
4089             alignment to right
4090           </li>
4091           <li>
4092             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
4093             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
4094             with large number of ID
4095           </li>
4096           <li>
4097             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
4098             flatfile output of visible region has incorrect sequence
4099             start/end
4100           </li>
4101           <li>
4102             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
4103             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
4104             structure tracks are rearranged
4105           </li>
4106           <li>
4107             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
4108             invalid rna structure positional highlighting does not
4109             highlight position of invalid base pairs
4110           </li>
4111           <li>
4112             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
4113             out of memory errors are not raised when saving Jalview
4114             project from alignment window file menu
4115           </li>
4116           <li>
4117             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
4118             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
4119             structures
4120           </li>
4121           <li>
4122             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
4123             colour by RNA Helices not enabled when user created
4124             annotation added to alignment
4125           </li>
4126           <li>
4127             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
4128             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
4129           </li>
4130         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
4131         <ul>
4132           <li>
4133             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
4134             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
4135           </li>
4136           <li>
4137             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
4138             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
4139           </li>
4140
4141           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
4142             when selected</li>
4143         </ul>
4144       </td>
4145     </tr>
4146     <tr>
4147       <td><div align="center">
4148           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
4149         </div></td>
4150       <td>
4151         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
4152         <em>General</em>
4153         <ul>
4154           <li>Internationalisation of user interface (usually
4155             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
4156           <li>Define/Undefine group on current selection with
4157             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
4158           <li>Improved group creation/removal options in
4159             alignment/sequence Popup menu</li>
4160           <li>Sensible precision for symbol distribution
4161             percentages shown in logo tooltip.</li>
4162           <li>Annotation panel height set according to amount of
4163             annotation when alignment first opened</li>
4164         </ul> <em>Application</em>
4165         <ul>
4166           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
4167             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
4168           <li>Select columns containing particular features from
4169             Feature Settings dialog</li>
4170           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
4171             sequences</li>
4172           <li>Update Jalview project format:
4173             <ul>
4174               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
4175               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
4176                 store secondary structure annotation,etc)</li>
4177               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
4178                 colouring</li>
4179             </ul>
4180           </li>
4181           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
4182             (PAM250)</li>
4183           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
4184             flanking regions for an alignment</li>
4185         </ul>
4186       </td>
4187       <td>
4188         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
4189         <ul>
4190           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
4191             running after job is cancelled</li>
4192           <li>cannot export features from alignments imported from
4193             Jalview/VAMSAS projects</li>
4194           <li>Buggy slider for web service parameters that take
4195             float values</li>
4196           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
4197             have 'display all symbols' flag set</li>
4198           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
4199             annotation shading not saved in Jalview project</li>
4200           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
4201             Jalview</li>
4202           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
4203             Lion/Webstart</li>
4204           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
4205           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
4206           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
4207             alignment onto desktop</li>
4208           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
4209             'extract scores' function</li>
4210           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
4211             alignment window</li>
4212           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
4213             performing IUPred disorder prediction</li>
4214           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
4215             changing 'normalise logo' display setting</li>
4216           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
4217             nothing matches query</li>
4218           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
4219             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
4220           </li>
4221           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
4222             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
4223           </li>
4224           <li>Not all working JABAWS services are shown in
4225             Jalview's menu</li>
4226           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
4227             'invalid literal/length code'</li>
4228           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
4229             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
4230           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
4231             colourscheme</li>
4232
4233         </ul> <em>Applet</em>
4234         <ul>
4235           <li>Remove group option is shown even when selection is
4236             not a group</li>
4237           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
4238             don't affect groups</li>
4239           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
4240             colourscheme name</li>
4241           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
4242             Annotation panel is not displayed</li>
4243           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
4244             embedded windows</li>
4245         </ul> <em>Other</em>
4246         <ul>
4247           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
4248             single sequence were not calculated</li>
4249           <li>annotation files that contain only groups imported as
4250             annotation and junk sequences</li>
4251           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
4252             recognised as PFAM or BLC</li>
4253           <li>conservation/PID slider apply all groups option
4254             doesn't affect background (2.8.0b1)
4255           <li></li>
4256           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
4257           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
4258             trailing gaps</li>
4259           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
4260             registered correctly on import</li>
4261           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
4262             certain alignments</li>
4263           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
4264             existing annotation based 'use original colours'
4265             colourscheme loses original colours setting</li>
4266         </ul>
4267       </td>
4268     </tr>
4269     <tr>
4270       <td><div align="center">
4271           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
4272             <em>30/1/2014</em></strong>
4273         </div></td>
4274       <td>
4275         <ul>
4276           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
4277             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
4278             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
4279             open source project).
4280           </li>
4281           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
4282           <li>Output in Stockholm format</li>
4283           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
4284           <li>Export/import group and sequence associated line
4285             graph thresholds</li>
4286           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
4287             ambiguity codes</li>
4288           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
4289             selection (or visible selection) in the same way that JPred
4290             works</li>
4291           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
4292         </ul> <em>Other improvements</em>
4293         <ul>
4294           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
4295           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
4296             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
4297           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
4298             files</li>
4299           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
4300           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
4301             link but no description</li>
4302           <li>Select primary source when selecting authority in
4303             database fetcher GUI</li>
4304           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
4305             Jalview</li>
4306           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
4307         </ul>
4308       </td>
4309       <td>
4310         <ul>
4311           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
4312             displayed</li>
4313           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
4314             secondary structure annotation line</li>
4315           <li>Sequence database accessions not imported when
4316             fetching alignments from Rfam</li>
4317           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
4318             identical IDs</li>
4319           <li>View all structures does not always superpose
4320             structures</li>
4321           <li>Option widgets in service parameters not updated to
4322             reflect user or preset settings</li>
4323           <li>Null pointer exceptions for some services without
4324             presets or adjustable parameters</li>
4325           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
4326             discover PDB xRefs</li>
4327           <li>Exception encountered while trying to retrieve
4328             features with DAS</li>
4329           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
4330             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
4331           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
4332             residue follows a gap</li>
4333           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
4334             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
4335           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
4336             shown in wrap mode when no annotations present</li>
4337           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
4338             annotation already exists on alignment</li>
4339           <li>oninit javascript function should be called after
4340             initialisation completes</li>
4341           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
4342             alignment window display</li>
4343           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
4344           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
4345             to annotation file</li>
4346           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
4347             groups created</li>
4348           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
4349             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
4350           <li>Pressing return several times causes Number Format
4351             exceptions in keyboard mode</li>
4352           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
4353             correct partitions for input data</li>
4354           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
4355           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
4356           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
4357           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
4358             mode</li>
4359           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
4360             changes one row&#39;s threshold</li>
4361           <li>Preferences and Feature settings panel panel
4362             doesn&#39;t open</li>
4363           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
4364             quality histograms</li>
4365         </ul>
4366       </td>
4367     </tr>
4368     <tr>
4369       <td><div align="center">
4370           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
4371         </div></td>
4372       <td><em>Application</em>
4373         <ul>
4374           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
4375             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
4376           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
4377             preferences</li>
4378           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
4379             in Jalview alignment window</li>
4380           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
4381             mountain lion, windows 7, and 8</li>
4382           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
4383             RNA and ambiguity codes</li>
4384
4385           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
4386           <li>Support fetching and database reference look up
4387             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
4388             refs')</li>
4389           <li>Jalview project improvements
4390             <ul>
4391               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
4392                 flag for annotation</li>
4393               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
4394                 alignment</li>
4395               <li>Store AACon calculation settings for a view in
4396                 Jalview project</li>
4397
4398             </ul>
4399           </li>
4400           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
4401           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
4402             running</li>
4403           <li>Simpler JABA web services menus</li>
4404           <li>visual indication that web service results are still
4405             being retrieved from server</li>
4406           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
4407             starts up for first time</li>
4408           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
4409             services</li>
4410           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
4411             client library</li>
4412           <li>Examples directory and Groovy library included in
4413             InstallAnywhere distribution</li>
4414         </ul> <em>Applet</em>
4415         <ul>
4416           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
4417             visualization applet example</li>
4418         </ul> <em>General</em>
4419         <ul>
4420           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
4421           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
4422             defaults</li>
4423           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
4424             calculation</li>
4425           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
4426             matrices
4427           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
4428             in HTML</li>
4429           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
4430             structure contacts</li>
4431           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
4432           <li>RNA base pair logo consensus</li>
4433           <li>Parse sequence associated secondary structure
4434             information in Stockholm files</li>
4435           <li>HTML Export database accessions and annotation
4436             information presented in tooltip for sequences</li>
4437           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
4438             style RNA alignment files</li>
4439           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
4440             alignment</li>
4441           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
4442             shade each sequence according to its associated alignment
4443             annotation</li>
4444           <li>New Jalview Logo</li>
4445         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4446         <ul>
4447           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
4448           <li>New Website!</li>
4449         </ul></td>
4450       <td><em>Application</em>
4451         <ul>
4452           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
4453             wsdbfetch REST service</li>
4454           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
4455           <li>Filetype associations not installed for webstart
4456             launch</li>
4457           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4458             job execution in full once it is complete</li>
4459           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
4460             uploaded via ali_file parameter</li>
4461           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
4462           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
4463           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
4464             submitted for prediction</li>
4465           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
4466             desktop window</li>
4467           <li>Putting fractional value into integer text box in
4468             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
4469           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
4470             windows 7</li>
4471           <li>View all structures fails with exception shown in
4472             structure view</li>
4473           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
4474             escaped in a platform independent way</li>
4475           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
4476             using proxy</li>
4477           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
4478             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
4479           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
4480             failure when java web start temporary file caching is
4481             disabled</li>
4482           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
4483             results in sequence xref which includes range qualification</li>
4484           <li>Errors during processing of command line arguments
4485             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
4486           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
4487             DAS sources in sequence fetcher</li>
4488           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
4489             dialog is shown</li>
4490           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
4491           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
4492           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
4493           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
4494             on OSX Mountain Lion</li>
4495           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
4496             sequences with alignment annotation are pasted into the
4497             alignment</li>
4498           <li>Sequence associated annotation rows not associated
4499             when loaded from Jalview project</li>
4500           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
4501           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
4502             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4503           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4504             associated with all views</li>
4505           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4506             annotation rows to new window</li>
4507         </ul> <em>Applet</em>
4508         <ul>
4509           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4510             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4511           <li>loading features via javascript API automatically
4512             enables feature display</li>
4513           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4514             work</li>
4515         </ul> <em>General</em>
4516         <ul>
4517           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4518           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4519             and then deselected</li>
4520           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4521           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4522             coloured with clustalx</li>
4523           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4524             exceptions and redraw errors</li>
4525           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4526             reconfigured view</li>
4527           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4528             colour</li>
4529           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4530             for lots of labels</li>
4531         </ul>
4532     </tr>
4533     <tr>
4534       <td>
4535         <div align="center">
4536           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4537         </div>
4538       </td>
4539       <td><em>Application</em>
4540         <ul>
4541           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4542           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4543           <li>View/alignment association menu to enable user to
4544             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4545             its colours/correspondences from</li>
4546           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4547           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4548             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4549           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4550           <li>Annotation row column label formatting attributes
4551             stored in project file</li>
4552           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4553             rows preserved in Jalview project file</li>
4554           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4555             saved using Desktop window menu</li>
4556           <li>Visual indication that command line arguments are
4557             still being processed</li>
4558           <li>Groovy script execution from URL</li>
4559           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4560             preferences</li>
4561           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4562             alignment with sequences that have high similarity and
4563             matching IDs</li>
4564           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4565           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4566             structures in same window</li>
4567           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4568           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4569             analysis function in its own submenu</li>
4570         </ul> <em>Applet</em>
4571         <ul>
4572           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4573             groups</li>
4574           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4575           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4576           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4577           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4578           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4579             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4580           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4581           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4582             parameters are treated as such</li>
4583           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4584             <ul>
4585               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4586               <li>Javascript callbacks for
4587                 <ul>
4588                   <li>Applet initialisation</li>
4589                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4590                 </ul>
4591               </li>
4592               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4593                 functions</li>
4594               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4595               <li>javascript structure viewer harness to pass
4596                 messages between Jmol and Jalview when running as
4597                 distinct applets</li>
4598               <li>sortBy method</li>
4599               <li>Set of applet and application examples shipped
4600                 with documentation</li>
4601               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4602                 javascript message exchange</li>
4603             </ul>
4604         </ul> <em>General</em>
4605         <ul>
4606           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4607             multiple alignments</li>
4608           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4609           <li>User configurable link to enable redirects to a
4610             www.Jalview.org mirror</li>
4611           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4612           <li>Configurable newline string when writing alignment
4613             and other flat files</li>
4614           <li>Allow alignment annotation description lines to
4615             contain html tags</li>
4616         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4617         <ul>
4618           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4619             examples</li>
4620           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4621             using a web service before displaying the result in the
4622             Jalview desktop</li>
4623           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4624           <li>Ant target to publish example html files with applet
4625             archive</li>
4626           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4627           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4628         </ul></td>
4629       <td><em>Application</em>
4630         <ul>
4631           <li>User defined colourscheme throws exception when
4632             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4633           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4634             dialog for valid filename/format</li>
4635           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4636           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4637             P37173</li>
4638           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4639             which sequence is to be associated with the file</li>
4640           <li>Find All raises null pointer exception when query
4641             only matches sequence IDs</li>
4642           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4643           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4644             2.4 cannot be loaded</li>
4645           <li>Filetype associations not installed for webstart
4646             launch</li>
4647           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4648             with sequences in different alignments do not get coloured
4649             by their associated sequence</li>
4650           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4651             not preserved when project is loaded</li>
4652           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4653             stored in Jalview project</li>
4654           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4655             Jalview project</li>
4656           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4657           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4658             by conservation</li>
4659           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4660             created on new view</li>
4661           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4662             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4663           <li>Alignment quality not updated after alignment
4664             annotation row is hidden then shown</li>
4665           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4666             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4667           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4668             properly</li>
4669           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4670             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4671           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4672           <li>Structures imported from file and saved in project
4673             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4674           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4675             job execution in full once it is complete</li>
4676         </ul> <em>Applet</em>
4677         <ul>
4678           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4679             annotation rows are displayed</li>
4680           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4681             codebase</li>
4682           <li>View follows highlighting does not work for positions
4683             in sequences</li>
4684           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4685           <li>Export features raises exception when no features
4686             exist</li>
4687           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4688             for javascript api is modified when separator string
4689             provided as parameter</li>
4690           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4691             alignment with no existing selection</li>
4692           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4693             to applet&#39;s codebase</li>
4694           <li>Status bar not updated after finished searching and
4695             search wraps around to first result</li>
4696           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4697             several Jalview applets causes race conditions and memory
4698             leaks</li>
4699           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4700             not sent from Jmol in applet</li>
4701           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4702             applet API fatally hang browser</li>
4703         </ul> <em>General</em>
4704         <ul>
4705           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4706             position with wrapped view and hidden regions</li>
4707           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4708             with/without hidden columns</li>
4709           <li>Sequence length given in alignment properties window
4710             is off by 1</li>
4711           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4712             import PDB like structure files</li>
4713           <li>Positional search results are only highlighted
4714             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4715           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4716           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4717             given sequence position</li>
4718           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4719             output</li>
4720           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4721             from nucleotide chains correctly</li>
4722           <li>Structure colours not updated when tree partition
4723             changed in alignment</li>
4724           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4725             parsed in interleaved stockholm</li>
4726           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4727             state</li>
4728           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4729             properly</li>
4730           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4731             properly associated with their pdb files</li>
4732         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4733         <ul>
4734           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4735             ApplyCopyright tool</li>
4736         </ul></td>
4737     </tr>
4738     <tr>
4739       <td>
4740         <div align="center">
4741           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4742         </div>
4743       </td>
4744       <td><em>Application</em>
4745         <ul>
4746           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4747             contact web services</li>
4748           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4749             service job window</li>
4750           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4751         </ul></td>
4752       <td>
4753         <ul>
4754           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4755             pir file emitted by Jalview</li>
4756           <li>Existing feature settings transferred to new
4757             alignment view created from cut'n'paste</li>
4758           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4759             parsing PDB files</li>
4760           <li>Consensus and conservation annotation rows
4761             occasionally become blank for all new windows</li>
4762           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4763             in wrapped view mode</li>
4764         </ul> <em>Application</em>
4765         <ul>
4766           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4767             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4768           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4769             parameter names</li>
4770           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4771             is down</li>
4772         </ul>
4773       </td>
4774     </tr>
4775     <tr>
4776       <td>
4777         <div align="center">
4778           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4779         </div>
4780       </td>
4781       <td><em>Application</em>
4782         <ul>
4783           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4784             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4785             (JABAWS)
4786           </li>
4787           <li>Web Services preference tab</li>
4788           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4789             preferences</li>
4790           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4791           <li>Superpose structures using associated sequence
4792             alignment</li>
4793           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4794             viewer</li>
4795         </ul> <em>Applet</em>
4796         <ul>
4797           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4798             link out mechanism</li>
4799         </ul> <em>Other</em>
4800         <ul>
4801           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4802             series 12</li>
4803           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4804             require Java 1.5</li>
4805           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4806             sequence annotation files</li>
4807           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4808             type colour specification</li>
4809           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4810             script to check if it being run in an interactive session or
4811             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4812         </ul></td>
4813       <td>
4814         <ul>
4815           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4816             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4817         </ul> <em>Application</em>
4818         <ul>
4819           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4820             selected Regions menu item</li>
4821           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4822             part of a valid accession ID</li>
4823           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4824             runs out of memory</li>
4825           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4826             analysis results</li>
4827           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4828             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4829           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4830         </ul> <em>Applet</em>
4831         <ul>
4832           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4833             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4834             defined.</li>
4835         </ul>
4836       </td>
4837     </tr>
4838     <tr>
4839       <td>
4840         <div align="center">
4841           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4842         </div>
4843       </td>
4844       <td></td>
4845       <td>
4846         <ul>
4847           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4848             sequence IDs</li>
4849           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4850             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4851           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4852             import correctly</li>
4853           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4854             number of columns are hidden</li>
4855           <li>annotation label popup menu not providing correct
4856             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4857             present</li>
4858           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4859             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4860           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4861             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4862
4863         </ul> <em>Applet</em>
4864         <ul>
4865           <li>annotation panel disappears when annotation is
4866             hidden/removed</li>
4867         </ul> <em>Application</em>
4868         <ul>
4869           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4870             alignment opened where annotation panel is visible but no
4871             annotations are present on alignment</li>
4872           <li>pasted region containing hidden columns is
4873             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4874           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4875             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4876           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4877             selected Rregions menu item.</li>
4878           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4879             'Un' or 'Non'conserved</li>
4880           <li>Sequence feature settings are being shared by
4881             multiple distinct alignments</li>
4882           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4883             changed</li>
4884           <li>double click on group annotation to select sequences
4885             does not propagate to associated trees</li>
4886           <li>Mac OSX specific issues:
4887             <ul>
4888               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4889                 window background</li>
4890               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4891                 name set correctly</li>
4892               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4893                 save feature colourscheme button</li>
4894             </ul>
4895           </li>
4896         </ul>
4897       </td>
4898     </tr>
4899     <tr>
4900
4901       <td>
4902         <div align="center">
4903           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4904         </div>
4905       </td>
4906       <td><em>New Capabilities</em>
4907         <ul>
4908           <li>URL links generated from description line for
4909             regular-expression based URL links (applet and application)
4910
4911
4912           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4913             menu</li>
4914           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4915             structures</li>
4916           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4917             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4918           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4919             average score or total feature count for each sequence.</li>
4920           <li>Shading features by score or associated description</li>
4921           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4922             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4923           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4924             hide everything but the currently selected region.</li>
4925           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4926         </ul> <em>Application</em>
4927         <ul>
4928           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4929             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4930           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4931             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4932           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4933             database references and protein_name is parsed as
4934             description line (BioSapiens terms).</li>
4935           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4936             references in sequence ID tooltip from View menu in
4937             application.</li>
4938           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4939       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4940           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4941             conservation plots</li>
4942           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4943             and visualized as sequence logos</li>
4944           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4945             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4946           </li>
4947           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4948             when a new tree is opened.</li>
4949           <li>Jalview Java Console</li>
4950           <li>Better placement of desktop window when moving
4951             between different screens.</li>
4952           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4953             consensus annotation</li>
4954           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4955             Workflows</li>
4956           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4957             <ul>
4958               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4959                 used to preserve views, structures, and tree display
4960                 settings)</li>
4961               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4962                 command line</li>
4963               <li>Sharing of selected regions between views and
4964                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4965               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4966             </ul></li>
4967         </ul> <em>Applet</em>
4968         <ul>
4969           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4970           <li>New Parameters
4971             <ul>
4972               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4973                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4974                 opened.</li>
4975               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4976                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4977               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4978                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4979               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4980                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4981                 view</li>
4982               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4983                 increase the height or width of a cell in the alignment
4984                 grid relative to the current font size.</li>
4985             </ul>
4986           </li>
4987           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4988             tooltip</li>
4989         </ul> <em>Other</em>
4990         <ul>
4991           <li>Features format: graduated colour definitions and
4992             specification of feature scores</li>
4993           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4994             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4995             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4996           <li>XML formats extended to support graduated feature
4997             colourschemes, group associated annotation, and profile
4998             visualization settings.</li></td>
4999       <td>
5000         <ul>
5001           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
5002             rather than description</li>
5003           <li>Non-positional features are now included in sequence
5004             feature and gff files (controlled via non-positional feature
5005             visibility in tooltip).</li>
5006           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
5007           <li>Added URL embedding instructions to features file
5008             documentation.</li>
5009           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
5010             'X' in peptide product</li>
5011           <li>Match case switch in find dialog box works for both
5012             sequence ID and sequence string and query strings do not
5013             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
5014           <li>AMSA files only contain first column of
5015             multi-character column annotation labels</li>
5016           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
5017             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
5018             exported and re-imported)</li>
5019           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
5020             name</li>
5021           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
5022             as subsequence matches, and correctly reports total number
5023             of both.</li>
5024           <li>Application:
5025             <ul>
5026               <li>Better handling of exceptions during sequence
5027                 retrieval</li>
5028               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
5029                 link text excludes the start_end suffix</li>
5030               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
5031                 when fetch or registry operations in progress.</li>
5032               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
5033               <li>Sequence description lines properly shared via
5034                 VAMSAS</li>
5035               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
5036                 data sources</li>
5037               <li>Ensured that command line das feature retrieval
5038                 completes before alignment figures are generated.</li>
5039               <li>Reduced time taken when opening file browser for
5040                 first time.</li>
5041               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
5042                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
5043               <li>User defined group colours properly recovered
5044                 from Jalview projects.</li>
5045             </ul>
5046           </li>
5047         </ul>
5048       </td>
5049
5050     </tr>
5051     <tr>
5052       <td>
5053         <div align="center">
5054           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
5055         </div>
5056       </td>
5057       <td>
5058         <ul>
5059           <li>Experimental support for google analytics usage
5060             tracking.</li>
5061           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
5062         </ul>
5063       </td>
5064       <td>
5065         <ul>
5066           <li>Race condition in applet preventing startup in
5067             jre1.6.0u12+.</li>
5068           <li>Exception when feature created from selection beyond
5069             length of sequence.</li>
5070           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
5071           <li>Sequence associated annotation rows associate with
5072             all sequences with a given id</li>
5073           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
5074             ID string searches</li>
5075           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
5076             alignment to fail with exception</li>
5077         </ul> <em>Application Issues</em>
5078         <ul>
5079           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
5080           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
5081             data sources</li>
5082         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
5083         <ul>
5084           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
5085             issue with installAnywhere mechanism)</li>
5086           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
5087             version (java class versioning error fixed)</li>
5088         </ul>
5089       </td>
5090     </tr>
5091     <tr>
5092       <td>
5093
5094         <div align="center">
5095           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
5096         </div>
5097       </td>
5098       <td><em>User Interface</em>
5099         <ul>
5100           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
5101             translation and protein products</li>
5102           <li>Linked highlighting of structure associated with
5103             residue mapping to codon position</li>
5104           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
5105             and 'clear' button</li>
5106           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
5107             Tools menu</li>
5108           <li>Extract score function to parse whitespace separated
5109             numeric data in description line</li>
5110           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
5111           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
5112             of sequence</li>
5113         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
5114         <ul>
5115           <li>JPred3 web service</li>
5116           <li>Prototype sequence search client (no public services
5117             available yet)</li>
5118           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
5119             PFAM</li>
5120           <li>URL Links created for matching database cross
5121             references as well as sequence ID</li>
5122           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
5123         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
5124         <ul>
5125           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
5126             databases</li>
5127           <li>Generalised database reference retrieval and
5128             validation to all fetchable databases</li>
5129           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
5130             sequence command</li>
5131         </ul> <em>Import and Export</em>
5132         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
5133         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
5134           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
5135         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
5136           File</li>
5137         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
5138           triplet as name of colourscheme</li>
5139         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
5140         <ul>
5141           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
5142           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
5143             alignments (experimental)</li>
5144           <li>Create new or select existing session to join</li>
5145           <li>load and save of vamsas documents</li>
5146         </ul> <em>Application command line</em>
5147         <ul>
5148           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
5149             from applet)</li>
5150           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
5151             of DAS servers to query for alignment features</li>
5152           <li>-dasserver command line argument to add new servers
5153             that are also automatically queried for features</li>
5154           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
5155             script after all input data has been loaded and parsed</li>
5156         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
5157         <ul>
5158           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
5159             application (when using &quot;View in full
5160             application&quot;)</li>
5161         </ul> <em>Applet Parameters</em>
5162         <ul>
5163           <li>feature group display control parameter</li>
5164           <li>debug parameter</li>
5165           <li>showbutton parameter</li>
5166         </ul> <em>Applet API methods</em>
5167         <ul>
5168           <li>newView public method</li>
5169           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
5170           <li>Feature display control methods</li>
5171           <li>get list of currently selected sequences</li>
5172         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
5173         <ul>
5174           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
5175           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
5176             Jalview release.</li>
5177           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
5178             property controls execution of obfuscator</li>
5179           <li>Build target for generating source distribution</li>
5180           <li>Debug flag for javacc</li>
5181           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
5182             jalview.bin.Cache</li>
5183           <li>Continuous Build Integration for stable and
5184             development version of Application, Applet and source
5185             distribution</li>
5186         </ul></td>
5187       <td>
5188         <ul>
5189           <li>selected region output includes visible annotations
5190             (for certain formats)</li>
5191           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
5192             for editing</li>
5193           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
5194           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
5195           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
5196           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
5197             comments</li>
5198           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
5199             filenames containing a ':'</li>
5200           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
5201             global sequence features</li>
5202           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
5203             references from alignment sequences goes to zero</li>
5204           <li>Close of tree branch colour box without colour
5205             selection causes cascading exceptions</li>
5206           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
5207           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
5208             file parsing fails.</li>
5209           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
5210           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
5211             not a valid output format</li>
5212           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
5213             vamsas</li>
5214           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
5215           <li>error messages passed up and output when data read
5216             fails</li>
5217           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
5218             sequence is edited</li>
5219           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
5220             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
5221           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
5222             filetype</li>
5223           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
5224             import fixed for PFAM records</li>
5225           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
5226             window list</li>
5227           <li>annotation consisting of sequence associated scores
5228             can be read and written correctly to annotation file</li>
5229           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
5230             correctly</li>
5231           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
5232             non-italic font for representatives in Applet</li>
5233           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
5234             Macs.</li>
5235           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
5236             Applet)</li>
5237           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
5238             due to null pointer exceptions</li>
5239           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
5240             first column of alignment</li>
5241           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
5242             July 2008</li>
5243           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
5244             file is case-insensitive</li>
5245           <li>Sequence features read from Features file appended to
5246             all sequences with matching IDs</li>
5247           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
5248             containing a sub-sequence</li>
5249           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
5250           <li>feature and annotation file applet parameters
5251             referring to different directories are retrieved correctly</li>
5252           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
5253           <li>Fixed application hang whilst waiting for
5254             splash-screen version check to complete</li>
5255           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
5256             when passing them to the launchApp service</li>
5257           <li>display name and local features preserved in results
5258             retrieved from web service</li>
5259           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
5260             sequence fetcher initialisation</li>
5261           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
5262             dasobert DAS client</li>
5263           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
5264             association</li>
5265           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
5266             sequences
5267           </li>
5268         </ul>
5269       </td>
5270     </tr>
5271     <tr>
5272       <td>
5273         <div align="center">
5274           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
5275         </div>
5276       </td>
5277       <td>
5278         <ul>
5279           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
5280           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
5281           <li>Slide sequences</li>
5282           <li>Edit sequence in place</li>
5283           <li>EMBL CDS features</li>
5284           <li>DAS Feature mapping</li>
5285           <li>Feature ordering</li>
5286           <li>Alignment Properties</li>
5287           <li>Annotation Scores</li>
5288           <li>Sort by scores</li>
5289           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
5290         </ul>
5291       </td>
5292       <td>
5293         <ul>
5294           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
5295           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
5296           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
5297           <li>Feature group display state in XML</li>
5298           <li>Feature ordering in XML</li>
5299           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
5300           <li>Stockholm alignment properties</li>
5301           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
5302           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
5303           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
5304           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
5305         </ul>
5306       </td>
5307
5308     </tr>
5309     <tr>
5310       <td>
5311         <div align="center">
5312           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
5313         </div>
5314       </td>
5315       <td>
5316         <ul>
5317           <li>Non standard characters can be read and displayed
5318           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
5319             applet via textbox
5320           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
5321             name &amp; description
5322           <li>Preference setting to display sequence name in
5323             italics
5324           <li>Annotation file format extended to allow
5325             Sequence_groups to be defined
5326           <li>Default opening of alignment overview panel can be
5327             specified in preferences
5328           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
5329             sequences
5330         </ul>
5331       </td>
5332       <td>
5333         <ul>
5334           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
5335             installed
5336           <li>Annotation file export / import bugs fixed
5337           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
5338         </ul>
5339       </td>
5340     </tr>
5341     <tr>
5342       <td>
5343         <div align="center">
5344           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
5345         </div>
5346       </td>
5347       <td>
5348         <ul>
5349           <li>Multiple views on alignment
5350           <li>Sequence feature editing
5351           <li>&quot;Reload&quot; alignment
5352           <li>&quot;Save&quot; to current filename
5353           <li>Background dependent text colour
5354           <li>Right align sequence ids
5355           <li>User-defined lower case residue colours
5356           <li>Format Menu
5357           <li>Select Menu
5358           <li>Menu item accelerator keys
5359           <li>Control-V pastes to current alignment
5360           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
5361           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
5362           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
5363
5364
5365           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
5366         </ul>
5367       </td>
5368       <td>
5369         <ul>
5370           <li>New memory efficient Undo/Redo System
5371           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
5372             calculations
5373           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
5374             edits
5375           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
5376             of alignment)
5377           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
5378
5379
5380           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
5381             display correctly
5382           <li>Re-instated Zoom function for PCA
5383           <li>Sequence descriptions conserved in web service
5384             analysis results
5385           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
5386             &#8739;
5387           <li>WsDbFetch query/result association resolved
5388           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
5389           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
5390
5391
5392         </ul>
5393       </td>
5394     </tr>
5395     <tr>
5396       <td>
5397         <div align="center">
5398           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
5399         </div>
5400       </td>
5401       <td>
5402         <ul>
5403           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
5404         </ul>
5405       </td>
5406       <td>
5407         <ul>
5408           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
5409             sequence id panel has been resized</li>
5410           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
5411             rendered</li>
5412           <li>Annotation files with sequence references - all
5413             elements in file are relative to sequence position</li>
5414           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
5415         </ul>
5416       </td>
5417     </tr>
5418     <tr>
5419       <td>
5420         <div align="center">
5421           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
5422         </div>
5423       </td>
5424       <td>
5425         <ul>
5426           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
5427           <li>DAS Feature fetching</li>
5428           <li>Hide sequences and columns</li>
5429           <li>Export Annotations and Features</li>
5430           <li>GFF file reading / writing</li>
5431           <li>Associate structures with sequences from local PDB
5432             files</li>
5433           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
5434           <li>Recently opened files / URL lists</li>
5435           <li>Applet can launch the full application</li>
5436           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
5437             required)</li>
5438           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
5439           <li>Applet can load sequences from parameter
5440             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
5441           </li>
5442         </ul>
5443       </td>
5444       <td>
5445         <ul>
5446           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
5447           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
5448           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
5449         </ul>
5450       </td>
5451     </tr>
5452     <tr>
5453       <td>
5454         <div align="center">
5455           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
5456         </div>
5457       </td>
5458       <td>
5459         <ul>
5460           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
5461           <li>Choose to match case when searching</li>
5462           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
5463             expand the visible width and height of the alignment</li>
5464         </ul>
5465       </td>
5466       <td>
5467         <ul>
5468           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
5469         </ul>
5470       </td>
5471     </tr>
5472     <tr>
5473       <td>
5474         <div align="center">
5475           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
5476         </div>
5477       </td>
5478       <td>&nbsp;</td>
5479       <td>
5480         <ul>
5481           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
5482           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
5483             value</li>
5484         </ul>
5485       </td>
5486     </tr>
5487     <tr>
5488       <td>
5489         <div align="center">
5490           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
5491         </div>
5492       </td>
5493       <td>
5494         <ul>
5495           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
5496           <li>Keyboard editing</li>
5497           <li>Create sequence features from searches</li>
5498           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
5499             alignments</li>
5500           <li>Features file allows grouping of features</li>
5501           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
5502           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
5503           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
5504         </ul>
5505       </td>
5506       <td>
5507         <ul>
5508           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5509           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5510             descriptions saved.</li>
5511         </ul>
5512       </td>
5513     </tr>
5514     <tr>
5515       <td>
5516         <div align="center">
5517           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5518         </div>
5519       </td>
5520       <td>
5521         <ul>
5522           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5523           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5524           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5525             name for file output</li>
5526           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5527           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5528             used for HTML form input</li>
5529         </ul>
5530       </td>
5531       <td>
5532         <ul>
5533           <li>HTML output writes groups and features</li>
5534           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5535           <li>File IO bugs</li>
5536         </ul>
5537       </td>
5538     </tr>
5539     <tr>
5540       <td>
5541         <div align="center">
5542           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5543         </div>
5544       </td>
5545       <td>
5546         <ul>
5547           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5548           <li>More options for PCA viewer</li>
5549         </ul>
5550       </td>
5551       <td>
5552         <ul>
5553           <li>GUI bugs resolved</li>
5554           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5555         </ul>
5556       </td>
5557     </tr>
5558     <tr>
5559       <td height="63">
5560         <div align="center">
5561           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5562         </div>
5563       </td>
5564       <td>
5565         <ul>
5566           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5567           <li>Jar files are executable</li>
5568           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5569         </ul>
5570       </td>
5571       <td>
5572         <ul>
5573           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5574           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5575           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5576         </ul>
5577       </td>
5578     </tr>
5579     <tr>
5580       <td>
5581         <div align="center">
5582           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5583         </div>
5584       </td>
5585       <td>
5586         <ul>
5587           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5588         </ul>
5589       </td>
5590       <td>
5591         <ul>
5592           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5593         </ul>
5594       </td>
5595     </tr>
5596     <tr>
5597       <td>
5598         <div align="center">
5599           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5600         </div>
5601       </td>
5602       <td>
5603         <ul>
5604           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5605             size</li>
5606         </ul>
5607       </td>
5608       <td>
5609         <ul>
5610           <li>Improved JPred client reliability</li>
5611           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5612         </ul>
5613       </td>
5614     </tr>
5615     <tr>
5616       <td>
5617         <div align="center">
5618           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5619         </div>
5620       </td>
5621       <td>
5622         <ul>
5623           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5624           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5625           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5626             to Colour Menu</li>
5627           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5628           <li>Unix users can set default web browser</li>
5629           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5630           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5631         </ul>
5632       </td>
5633       <td>
5634         <ul>
5635           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5636         </ul>
5637       </td>
5638     </tr>
5639     <tr>
5640       <td>
5641         <div align="center">
5642           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5643         </div>
5644       </td>
5645       <td>&nbsp;</td>
5646       <td>
5647         <ul>
5648           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5649             alignment order.</li>
5650         </ul>
5651       </td>
5652     </tr>
5653     <tr>
5654       <td>
5655         <div align="center">
5656           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5657         </div>
5658       </td>
5659       <td>
5660         <ul>
5661           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5662           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5663           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5664             annotations.</li>
5665           <li>Version and build date written to build properties
5666             file.</li>
5667           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5668             at launch of Jalview.</li>
5669         </ul>
5670       </td>
5671       <td>
5672         <ul>
5673           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5674           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5675           <li>Can remove groups one by one.</li>
5676           <li>Filechooser icons installed.</li>
5677           <li>Finder ignores return character when searching.
5678             Return key will initiate a search.<br>
5679           </li>
5680         </ul>
5681       </td>
5682     </tr>
5683     <tr>
5684       <td>
5685         <div align="center">
5686           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5687         </div>
5688       </td>
5689       <td>
5690         <ul>
5691           <li>New codebase</li>
5692         </ul>
5693       </td>
5694       <td>&nbsp;</td>
5695     </tr>
5696   </table>
5697   <p>&nbsp;</p>
5698 </body>
5699 </html>