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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
  61           <em>29/10/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64
  65         </ul>
  66       </td>
  67       <td align="left" valign="top">
  68         <ul>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
  71             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
  72           </li>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
  75             sequences can be classed as nucleotide
  76           </li>
  77           <li>
  78             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
  79             sequences after alignment of protein products (known defect
  80             first reported for 2.11.1.0)
  81           </li>
  82           <li>
  83             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic features
  84             outwith CDS shown overlaid on protein
  85           </li>
  86           <li>
  87             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
  88             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
  89             ribosomal slippage, since 2.9.0)
  90           </li>
  91           <li>
  92             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
  93             CDS features
  94           </li>
  95           <li>
  96             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
  97             always select corresponding protein sequences
  98           </li>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3759 -->
 101             <em>Make groups from selection</em> for a column selection
 102             doesn't always ignore hidden columns
 103           </li>
 104         </ul> <em>Installer</em>
 105         <ul>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 108             Windows prevents install4j launching getdown
 109           </li>
 110         </ul> <em>Development</em>
 111         <ul>
 112           <li>
 113             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 114             version numbers in doc/building.md
 115           </li>
 116         </ul>
 117       </td>
 118     </tr>
 119     <tr>
 120       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 121           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 122           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 123       <td align="left" valign="top">
 124         <ul>
 125         </ul>
 126       </td>
 127       <td align="left" valign="top">
 128         <ul>
 129           <li>
 130             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 131             "Encountered problems opening
 132             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 133           </li>
 134         </ul>
 135       </td>
 136     </tr>
 137     <tr>
 138       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 139           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 140           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 141       <td align="left" valign="top">
 142         <ul>
 143           <li>
 144             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 145             residue in cursor mode
 146           </li>
 147           <li>
 148             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 149             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 150           </li>
 151           <li>
 152             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 153             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 154             improved compatibility with JalviewJS
 155           </li>
 156           <li>
 157             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 158             alignments from Pfam and Rfam
 159           </li>
 160           <li>
 161             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 162             import (no longer based on .gz extension)
 163           </li>
 164           <li>
 165             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 166           </li>
 167           <li>
 168             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 169             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 170             EMBL flat file
 171           </li>
 172           <li>
 173             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 174             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 175             saving or making backup files.
 176           </li>
 177           <li>
 178             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 179             <ul>
 180               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 181               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 182             </ul>
 183           </li>
 184           <li>
 185             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 186             when running on Linux (Requires Java 11+)
 187           </li>
 188         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 189         <ul>
 190           <li>
 191             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 192             through a system property
 193           </li>
 194           <li>
 195             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 196             line help for configuring Jalview's memory
 197           </li>
 198         </ul>
 199       </td>
 200       <td align="left" valign="top">
 201         <ul>
 202           <li>
 203             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 204             but not calculated and no protein or DNA score models are
 205             available for tree/PCA calculation when launched with
 206             Turkish language locale
 207           </li>
 208           <li>
 209             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 210             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 211           </li>
 212           <li>
 213             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 214             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 215           </li>
 216           <li>
 217             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 218             sequence under the cursor
 219           </li>
 220           <li>
 221             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 222             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 223           </li>
 224           <li>
 225             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 226             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 227             '%s'" on the console
 228           </li>
 229           <li>
 230             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 231             when there are both local and complementary features mapped
 232             to the position under the cursor
 233           </li>
 234           <li>
 235             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 236             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 237           </li>
 238           <li>
 239             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 240             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 241           </li>
 242           <li>
 243             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 244             internationalised text for some messages and log output
 245           </li>
 246           <li>
 247             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 248             hidden gapped columns
 249           </li>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 252             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 253           </li>
 254           <li>
 255             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 256             specifying output format when exporting an alignment via the
 257             command line
 258           </li>
 259           <li>
 260             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 261             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 262             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 263             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 264             file again, and if that fails, delete the original file and
 265             save in place.)
 266           </li>
 267           <li>
 268             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 269             via command line
 270           </li>
 271           <li>
 272             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 273             program and documentation
 274           </li>
 275         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 276         <ul>
 277           <li>
 278             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 279             first time for a version that has different jars to the
 280             previous launched version.
 281           </li>
 282         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 283         <ul>
 284           <li>
 285             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 286             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 287             OutOfMemory error.
 288           </li>
 289           <li>
 290             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 291             monitor the release channel
 292           </li>
 293         </ul> <em>New Known defects</em>
 294         <ul>
 295           <li>
 296             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 297             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 298             proteins share a common transcript sequence (e.g.
 299             genome of RNA viruses)
 300           </li>
 301           <li>
 302             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 303             are ordered differently when shown on alignment and in
 304             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 305           </li>
 306           <li>
 307             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 308             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 309             works for the top left quadrant of the alignment window
 310           </li>
 311           <li>
 312             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 313             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 314           </li>
 315           <li>
 316             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 317             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 318           </li>
 319           <li>
 320             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 321             protein products for certain ENA records are repeatedly
 322             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 323           </li>
 324         </ul>
 325       </td>
 326     </tr>
 327     <tr>
 328       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 329           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 330           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 331       <td align="left" valign="top">
 332         <ul>
 333           <li>
 334             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 335             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 336             for display in alignments, on structure views (including
 337             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 338             export.
 339           </li>
 340           <li>
 341             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 342             exported and re-imported as GFF3 files
 343           </li>
 344           <li>
 345             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 346             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 347           </li>
 348           <li>
 349             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 350             validation while parsing
 351           </li>
 352           <li>
 353             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 354             position if reopened
 355           </li>
 356           <li>
 357             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 358             of associated view
 359           </li>
 360           <li>
 361             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 362             enabled by default
 363           </li>
 364           <li>
 365             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 366             tooltips and menus
 367           </li>
 368           <li>
 369             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 370             with no feature types visible
 371           </li>
 372           <li>
 373           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 374           </li>
 375         </ul><em>Jalview Installer</em>
 376             <ul>
 377           <li>
 378             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 379             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 380           </li>
 381           <li>
 382             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 383           </li>
 384           <li>
 385             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 386           </li>
 387               <li>
 388                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 389               <li>
 390                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 391         </ul> <em>Release processes</em>
 392         <ul>
 393           <li>
 394             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 395           </li>
 396           <li>
 397             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 398           </li>
 399         </ul> <em>Build System</em>
 400         <ul>
 401           <li>
 402             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 403           </li>
 404           <li>
 405             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 406             report
 407           </li>
 408         </ul>
 409         <em>Groovy Scripts</em>
 410             <ul>
 411           <li>
 412             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 413             to stdout containing the consensus sequence for each
 414             alignment in a Jalview session
 415           </li>
 416           <li>
 417             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 418             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 419             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 420           </li>
 421         </ul>
 422       </td>
 423       <td align="left" valign="top">
 424         <ul>
 425           <li>
 426             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 427             'Show hidden markers' option is not ticked
 428           </li>
 429           <li>
 430             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 431             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 432             jalview preferences or properties file
 433           </li>
 434           <li>
 435             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 436             'Show Sequence Features' option is not ticked
 437           </li>
 438           <li>
 439             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 440             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 441             features are visible
 442           </li>
 443           <li>
 444             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 445             equal when split frame is first opened
 446           </li>
 447           <li>
 448             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 449             correct after editing a sequence's start position
 450           </li>
 451           <li>
 452             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 453             with annotation and exceptions thrown when only a few
 454             columns shown in wrapped mode
 455           </li>
 456           <li>
 457             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 458             wrapped alignment figure with annotations
 459           </li>
 460           <li>
 461             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 462             ID fails with ClassCastException
 463           </li>
 464           <li>
 465             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 466             Project
 467           </li>
 468           <li>
 469             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 470             feature settings dialog also selects columns
 471           </li>
 472           <li>
 473             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 474             IllegalArgumentException in some circumstances
 475           </li>
 476           <li>
 477             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 478             opened for a view
 479           </li>
 480           <li>
 481             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 482             alignment window is closed
 483           </li>
 484           <li>
 485             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 486             help documentation for 2.11.0 release
 487           </li>
 488           <li>
 489             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 490             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 491             Uniprot Accession
 492           </li>
 493         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 494         <ul>
 495           <li>
 496             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 497             PDB/Uniprot search panel
 498           </li>
 499         </ul> <em>Installer</em>
 500         <ul>
 501           <li>
 502             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 503             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 504           </li>
 505         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 506         <ul>
 507           <li>
 508             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 509             repository
 510           </li>
 511           <li>
 512             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 513             memory
 514           </li>
 515         </ul> <em>New Known Issues</em>
 516         <ul>
 517           <li>
 518             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 519             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 520             command line
 521           </li>
 522           <li>
 523             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 524             clipped in headless figure export when Right Align option
 525             enabled
 526           </li>
 527           <li>
 528             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 529             'Source' in console output
 530           </li>
 531           <li>
 532             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 533             bamboo server but run fine locally.
 534           </li>
 535         </ul>
 536       </td>
 537     </tr>
 538     <tr>
 539       <td width="60" align="center" nowrap>
 540           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 541             <em>04/07/2019</em></strong>
 542       </td>
 543       <td align="left" valign="top">
 544         <ul>
 545           <li>
 546             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 547             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 548             source project) rather than InstallAnywhere
 549           </li>
 550           <li>
 551             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 552             settings, receive over the air updates and launch specific
 553             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 554               Rings' GetDown</a>)
 555           </li>
 556           <li>
 557             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 558             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 559           </li>
 560           <li>
 561             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 562             arguments and switch between different getdown channels
 563           </li>
 564           <li>
 565             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 566             or alignment files
 567           </li>
 568
 569           <li>
 570             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 571             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 572           <li>
 573             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 574             'Translate as cDNA'</li>
 575           <li>
 576             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 577           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 578             <ul>
 579                       <li>
 580             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 581             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 582           <li>
 583                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 584                 features can be filtered and shaded according to any
 585                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 586                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 587                 file)
 588               </li>
 589               <li>
 590                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 591                 stored and restored from Jalview Projects
 592               </li>
 593               <li>
 594                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 595                 recognise variant features
 596               </li>
 597               <li>
 598                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 599                 sequences (also coloured red by default)
 600               </li>
 601               <li>
 602                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 603                 details
 604               </li>
 605               <li>
 606                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 607                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 608               </li>
 609               <li>
 610                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 611                 dialog
 612               </li>
 613             </ul>
 614           </li>
 615           <li>
 616             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 617             tree and PCA calculations
 618           </li>
 619           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 620             <ul>
 621               <li>
 622                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 623                 and Viewer state saved in Jalview Project
 624               </li>
 625               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 626                 drop-down menus</li>
 627               <li>
 628                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 629                 incrementally
 630               </li>
 631               <li>
 632                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 633               </li>
 634             </ul>
 635           </li>
 636           <li>
 637             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 638           </li>
 639           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 640           <ul>
 641               <li>
 642                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 643                 multiple groups when working with large alignments
 644               </li>
 645               <li>
 646                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 647                 Stockholm files
 648               </li>
 649             </ul>
 650           <li><strong>User Interface</strong>
 651           <ul>
 652               <li>
 653                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 654                 view
 655               </li>
 656               <li>
 657                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 658                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 659                 default (can be changed in user preferences)
 660               </li>
 661               <li>
 662                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 663                 to the Overwrite Dialog
 664               </li>
 665               <li>
 666                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 667                 sequences are hidden
 668               </li>
 669               <li>
 670                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 671                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 672               </li>
 673               <li>
 674                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 675                 labels
 676               </li>
 677               <li>
 678                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 679                 when in wrapped mode
 680               </li>
 681               <li>
 682                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 683                 annotation
 684               </li>
 685               <li>
 686                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 687               </li>
 688               <li>
 689                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 690                 panel
 691               </li>
 692               <li>
 693                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 694                 popup menu
 695               </li>
 696               <li>
 697               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 698               <li>
 699               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 700
 701
 702             </ul></li>
 703             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 704           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 705             <ul>
 706               <li>
 707                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 708                 trapping CMD-Q
 709               </li>
 710             </ul></li>
 711         </ul>
 712         <em>Deprecations</em>
 713         <ul>
 714           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 715             capabilities removed from the Jalview Desktop
 716           </li>
 717           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 718             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 719             and XML based data retrieval clients</li>
 720           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 721           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 722         </ul> <em>Documentation</em>
 723         <ul>
 724           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 725             not supported in EPS figure export
 726           </li>
 727           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 728         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 729         <ul>
 730           <li>
 731           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 732           </li>
 733       <li>
 734       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 735           <li>
 736           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 737             gradle-eclipse
 738           </li>
 739           <li>
 740           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 741             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 742             execution
 743           </li>
 744           <li>
 745           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 746             operations
 747           </li>
 748           <li>
 749           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 750             issues resolved
 751           </li>
 752           <li>
 753           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 754             markdown (with HTML rendering)
 755           </li>
 756           <li>
 757           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 758           </li>
 759           <li>
 760           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 761             versions of Jalview
 762           </li>
 763         </ul>
 764       </td>
 765       <td align="left" valign="top">
 766         <ul>
 767           <li>
 768             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 769           </li>
 770           <li>
 771             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 772             superposition in Jmol fail on Windows
 773           </li>
 774           <li>
 775             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 776             structures for sequences with lots of PDB structures
 777           </li>
 778           <li>
 779             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 780             monospaced font
 781           </li>
 782           <li>
 783             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 784             project involving multiple views
 785           </li>
 786           <li>
 787             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 788             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 789             Annotation dialog hides columns
 790           </li>
 791           <li>
 792             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 793             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 794             one view, then making another selection in the other view
 795           </li>
 796           <li>
 797             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 798             columns
 799           </li>
 800           <li>
 801             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 802             Settings and Jalview Preferences panels
 803           </li>
 804           <li>
 805             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 806             overview with large alignments
 807           </li>
 808           <li>
 809             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 810             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 811             mouse moved to the left of the first column
 812           </li>
 813           <li>
 814             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 815             hidden column marker via scale popup menu
 816           </li>
 817           <li>
 818             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 819             doesn't tell users the invalid URL
 820           </li>
 821           <li>
 822             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 823             score from view
 824           </li>
 825           <li>
 826             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 827             show cross references or Fetch Database References are shown in
 828             red in original view
 829           </li>
 830           <li>
 831             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 832             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 833           </li>
 834           <li>
 835             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 836             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 837           </li>
 838           <li>
 839             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 840             when columns are hidden
 841           </li>
 842           <li>
 843             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 844             Columns by Annotation description
 845           </li>
 846           <li>
 847             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 848             out of Scale or Annotation Panel
 849           </li>
 850           <li>
 851             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 852             scale panel
 853           </li>
 854           <li>
 855             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 856             alignment down
 857           </li>
 858           <li>
 859             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 860             scale panel
 861           </li>
 862           <li>
 863             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 864             Page Up in wrapped mode
 865           </li>
 866           <li>
 867             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 868           </li>
 869           <li>
 870             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 871           </li>
 872           <li>
 873             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 874             on opening an alignment
 875           </li>
 876           <li>
 877             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 878             Colour menu
 879           </li>
 880           <li>
 881             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 882             different groups in the alignment are selected
 883           </li>
 884           <li>
 885             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 886             correctly in menu
 887           </li>
 888           <li>
 889             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 890             threshold limit
 891           </li>
 892           <li>
 893             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 894             threshold gets 'unrounded'
 895           </li>
 896           <li>
 897             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 898             colour
 899           </li>
 900           <li>
 901             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 902           </li>
 903           <li>
 904             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 905           </li>
 906           <li>
 907             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 908             Tree font
 909           </li>
 910           <li>
 911             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 912             project file
 913           </li>
 914           <li>
 915             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 916             shown in complementary view
 917           </li>
 918           <li>
 919             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 920             without normalisation
 921           </li>
 922           <li>
 923             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 924             of report
 925           </li>
 926           <li>
 927             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 928           </li>
 929           <li>
 930           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 931           </li>
 932         </ul> <em>Editing</em>
 933         <ul>
 934           <li>
 935             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 936             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 937             sequence
 938           </li>
 939           <li>
 940             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 941             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 942             removed (Known defect since 2.10)
 943           </li>
 944           <li>
 945             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 946             dialog corrupts dataset sequence
 947           </li>
 948           <li>
 949             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 950             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 951           </li>
 952         </ul> <em>Datamodel</em>
 953         <ul>
 954           <li>
 955             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 956             sequence's End is greater than its length
 957           </li>
 958         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 959           general release)</em>
 960         <ul>
 961           <li>
 962             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 963           </li>
 964         </ul> <em>New Known Defects</em>
 965         <ul>
 966         <li>
 967         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 968         </li>
 969         <li>
 970           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 971           regions of protein alignment.
 972         </li>
 973         <li>
 974           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 975           is restored from a Jalview 2.11 project
 976         </li>
 977         <li>
 978           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 979           'New View'
 980         </li>
 981         <li>
 982           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 983           columns within hidden columns
 984         </li>
 985         <li>
 986           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 987           window after dragging left to select columns to left of visible
 988           region
 989         </li>
 990         <li>
 991           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 992           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 993           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 994           create a Score filter instead.
 995         </li>
 996         <li>
 997         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 998         <li>
 999         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
1000         </li>
1001         <li>
1002           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1003           alignments with multiple views can close views unexpectedly
1004         </li>
1005         </ul>
1006         <em>Java 11 Specific defects</em>
1007           <ul>
1008             <li>
1009               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1010               alphabetically when saved
1011             </li>
1012         </ul>
1013       </td>
1014     </tr>
1015     <tr>
1016     <td width="60" nowrap>
1017       <div align="center">
1018         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1019       </div>
1020     </td>
1021     <td><div align="left">
1022         <em></em>
1023         <ul>
1024             <li>
1025               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1026               InstallAnywhere increased to 1G.
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1030               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1031               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1032                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1033                 properties file.</em>
1034             </li>
1035             <li>
1036               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1037               API and sequence data now imported as JSON.
1038             </li>
1039             <li>
1040               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1041               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1042               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1043               property.
1044             </li>
1045           </ul>
1046           <em>Development</em>
1047           <ul>
1048             <li>
1049               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1050               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1051                 Clover</a>
1052             </li>
1053           </ul>
1054         </div></td>
1055     <td><div align="left">
1056         <em></em>
1057         <ul>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1060               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1061               alignment.
1062             </li>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1065               annotation displayed.
1066             </li>
1067             <li>
1068               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1069               for newly created group when 'Apply to all groups'
1070               selected
1071             </li>
1072             <li>
1073               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1074               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1075               visible.
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1079               when sequences are selected in exported view.</em>
1080             </li>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1083               aren't rendered with correct colour.
1084             </li>
1085             <li>
1086               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1087               types of knotted RNA secondary structure.
1088             </li>
1089             <li>
1090               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1091               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1092               do not start at 1.
1093             </li>
1094             <li>
1095               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1096               annotation when columns are inserted into an alignment,
1097               and when exporting as Stockholm flatfile.
1098             </li>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1101               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1102               treated as RNA secondary structure.
1103             </li>
1104             <li>
1105               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1106               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1107             </li>
1108             <li>
1109               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1110               transfers focus to previous window on OSX
1111             </li>
1112           </ul>
1113           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1114           <ul>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1117               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1118               box.
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1122               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1123               'look and feel' which has improved compatibility with the
1124               latest version of OSX.
1125             </li>
1126           </ul>
1127         </div>
1128     </td>
1129     </tr>
1130     <tr>
1131       <td width="60" nowrap>
1132         <div align="center">
1133           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1134             <em>7/06/2018</em></strong>
1135         </div>
1136       </td>
1137       <td><div align="left">
1138           <em></em>
1139           <ul>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1142               annotation retrieved from Uniprot
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1146               onto the Jalview Desktop
1147             </li>
1148           </ul>
1149         </div></td>
1150       <td><div align="left">
1151           <em></em>
1152           <ul>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1155               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1159               right-hand column parsed correctly
1160             </li>
1161             <li>
1162               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1163               not alignment area in exported graphic
1164             </li>
1165             <li>
1166               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1167               window has input focus
1168             </li>
1169             <li>
1170               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1171               annotation added to view (Windows)
1172             </li>
1173             <li>
1174               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1175               network connectivity is poor
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1179               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1180                 the currently open URL and links from a page viewed in
1181                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1182                 you are using Edge, only links in the page can be
1183                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1184                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1185             </li>
1186           </ul>
1187           <em>New Known Defects</em>
1188           <ul>
1189             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1190           </ul>
1191         </div></td>
1192     </tr>
1193     <tr>
1194       <td width="60" nowrap>
1195         <div align="center">
1196           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1197         </div>
1198       </td>
1199       <td><div align="left">
1200           <em></em>
1201           <ul>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1204               for disabling automatic superposition of multiple
1205               structures and open structures in existing views
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1209               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1210               adjust them.
1211             </li>
1212             <li>
1213               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1214               Ensembl services
1215             </li>
1216             <li>
1217               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1218               and lots of hidden columns
1219             </li>
1220             <li>
1221               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1222               of features (particularly when transparency is disabled)
1223             </li>
1224             <li>
1225               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1226               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1227               generally available
1228             </li>
1229           </ul>
1230           </div>
1231       </td>
1232       <td><div align="left">
1233           <ul>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1236               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1240               overlapping alignment panel
1241             </li>
1242             <li>
1243               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1244               sequence as gaps
1245             </li>
1246             <li>
1247               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1248               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1249               UTR
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1253               factor annotation not added to sequence when local PDB
1254               file associated with it by drag'n'drop or structure
1255               chooser
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1259               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1263               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1267               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1271               columns in annotation row
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1275               honored in batch mode
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1279               for structures added to existing Jmol view
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1283               entries after importing project with multiple views
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1287               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1288               with negative residue numbers or missing residues fails
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1292               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1293               as generated by CONSURF)
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1297               tooltip doesn't include a text description of mutation
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1301               structure and/or overview windows are also shown
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1305               very slow for alignments with large numbers of sequences
1306             </li>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1309               with 'StringIndexOutOfBounds'
1310             </li>
1311             <li>
1312               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1313               platforms running Java 10
1314             </li>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1317               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1318             </li>
1319           </ul>
1320           <em>Applet</em>
1321           <ul>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1324               should copy the group consensus when popup is opened on it
1325             </li>
1326           </ul>
1327           <em>Batch Mode</em>
1328           <ul>
1329           <li>
1330             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1331           </li>
1332           </ul>
1333           <em>New Known Defects</em>
1334           <ul>
1335             <li>
1336               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1337               editing a large alignment and overview is displayed
1338             </li>
1339             <li>
1340               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1341               repeatedly after a series of edits even when the overview
1342               is no longer reflecting updates
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1346               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1347               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1348               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1349             </li>
1350             <li>
1351               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1352               option gives blank output
1353             </li>
1354           </ul>
1355         </div>
1356           </td>
1357     </tr>
1358     <tr>
1359       <td width="60" nowrap>
1360         <div align="center">
1361           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1362         </div>
1363       </td>
1364       <td><div align="left">
1365           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1366               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1367       <td><div align="left">
1368           <em>Desktop</em><ul>
1369           <ul>
1370             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1371             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1372             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1373             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1374             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1375             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1376             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1377           </ul>
1378           </div>
1379       </td>
1380     </tr>
1381     <tr>
1382       <td width="60" nowrap>
1383         <div align="center">
1384           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1385         </div>
1386       </td>
1387       <td><div align="left">
1388           <em></em>
1389           <ul>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1392               rendering of sequence features
1393             </li>
1394             <li>
1395               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1396               429 rate limit request hander
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1400               their colours have changed
1401             </li>
1402             <li>
1403               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1404               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1405             </li>
1406             <li>
1407               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1408               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1409             </li>
1410             <li>
1411               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1412               view from Ensembl locus cross-references
1413             </li>
1414             <li>
1415               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1416               Alignment report
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1420               feature can be disabled
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1424               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1428               Uniprot
1429             </li>
1430           </ul>
1431           <em>Scripting</em>
1432           <ul>
1433             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1434             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1435               percent identity scores for current alignment.</li>
1436           </ul>
1437           <em>Testing and Deployment</em>
1438           <ul>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1441             </li>
1442           </ul>
1443         </div></td>
1444       <td><div align="left">
1445           <em>General</em>
1446           <ul>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1449               threshold text field doesn't trigger an update to the
1450               alignment view
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1454               strings in parallel
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1458               alignment window is closed
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1462               group visibility
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1466               takes a long time in Cursor mode
1467             </li>
1468           </ul>
1469           <em>Desktop</em>
1470           <ul>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1473               cannot be viewed in Chimera
1474             </li>
1475             <li>
1476               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1477               CDS/Protein view
1478             </li>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1481               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1482               Search Dialogs
1483             </li>
1484             <li>
1485               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1486             </li>
1487             <li>
1488               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1489             </li>
1490             <li>
1491               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1492               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1493             </li>
1494             <li>
1495               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1496               scrolling right in unwapped alignment view
1497             </li>
1498             <li>
1499               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1500               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1501               database
1502             </li>
1503             <li>
1504               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1505               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1506             </li>
1507             <li>
1508               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1509               features of same type and group to be selected for
1510               amending
1511             </li>
1512             <li>
1513               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1514               alignments when hidden columns are present
1515             </li>
1516             <li>
1517               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1518               displaying several structures
1519             </li>
1520             <li>
1521               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1522               moving a window
1523             </li>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1526               within the Jalview desktop on OSX
1527             </li>
1528             <li>
1529               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1530               when in wrapped alignment mode
1531             </li>
1532             <li>
1533               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1534               hand end of alignment
1535             </li>
1536             <li>
1537               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1538               each selected sequence do not have correct start/end
1539               positions
1540             </li>
1541             <li>
1542               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1543               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1544             </li>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1547               restoring project until a new view is created
1548             </li>
1549             <li>
1550               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1551               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1552               configured (since 2.10.2b2)
1553             </li>
1554             <li>
1555               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1556               position is adjusted
1557             </li>
1558             <li>
1559               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1560               in a multi-chain structure when viewing alignment
1561               involving more than one chain (since 2.10)
1562             </li>
1563             <li>
1564               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1565               if new selection moves alignment window
1566             </li>
1567             <li>
1568               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1569               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1570             </li>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1573               that produces correctly annotated transcripts and products
1574             </li>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1577               doesn't update associated structure view
1578             </li>
1579           </ul>
1580           <em>Applet</em><br />
1581           <ul>
1582             <li>
1583               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1584               closing alignment panel
1585             </li>
1586           </ul>
1587           <em>BioJSON</em><br />
1588           <ul>
1589             <li>
1590               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1591               non-positional features
1592             </li>
1593           </ul>
1594           <em>New Known Issues</em>
1595           <ul>
1596             <li>
1597               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1598               sequence features correctly (for many previous versions of
1599               Jalview)
1600             </li>
1601             <li>
1602               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1603               using cursor in wrapped panel other than top
1604             </li>
1605             <li>
1606               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1607               graduated colour threshold
1608             </li>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1611               always preserve numbering and sequence features
1612             </li>
1613           </ul>
1614           <em>Known Java 9 Issues</em>
1615           <ul>
1616             <li>
1617               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1618               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1619               9.01, OSX 10.10)
1620             </li>
1621           </ul>
1622         </div></td>
1623     </tr>
1624     <tr>
1625       <td width="60" nowrap>
1626         <div align="center">
1627           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1628             <em>2/10/2017</em></strong>
1629         </div>
1630       </td>
1631       <td><div align="left">
1632           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1633           <ul>
1634             <li>
1635               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1636             </li>
1637             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1638             </li>
1639           </ul>
1640         </div></td>
1641       <td><div align="left">
1642         </div></td>
1643     </tr>
1644     <tr>
1645       <td width="60" nowrap>
1646         <div align="center">
1647           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1648             <em>7/9/2017</em></strong>
1649         </div>
1650       </td>
1651       <td><div align="left">
1652           <em></em>
1653           <ul>
1654             <li>
1655               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1656               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1657               white)
1658             </li>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1661               Preferences
1662             </li>
1663             <li>
1664               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1665               in size and progress bar shown as higher resolution
1666               overview is recalculated
1667             </li>
1668
1669           </ul>
1670         </div></td>
1671       <td><div align="left">
1672           <em></em>
1673           <ul>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1676               column region row by row
1677             </li>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1680               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1681             </li>
1682             <li>
1683               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1684               format setting is unticked
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1688               if group has show boxes format setting unticked
1689             </li>
1690             <li>
1691               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1692               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1693               include sequences and columns not currently displayed
1694             </li>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1697               assemblies are imported via CIF file
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1701               displayed when threshold or conservation colouring is also
1702               enabled.
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1706               server version
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1710               dragging a selected region off the visible region of the
1711               alignment
1712             </li>
1713             <li>
1714               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1715               colourscheme to all groups in a view
1716             </li>
1717             <li>
1718               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1719               initially after font size change using the Font chooser or
1720               middle-mouse zoom
1721             </li>
1722           </ul>
1723         </div></td>
1724     </tr>
1725     <tr>
1726       <td width="60" nowrap>
1727         <div align="center">
1728           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1729         </div>
1730       </td>
1731       <td><div align="left">
1732           <em>Calculations</em>
1733           <ul>
1734
1735             <li>
1736               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1737               ungapped positions in each column of the alignment.
1738             </li>
1739             <li>
1740               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1741               a calculation dialog box
1742             </li>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1745               and memory efficiency (~30x faster)
1746             </li>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1749               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1750               and other calculations
1751             </li>
1752             <li>
1753               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1754               files within the Jalview codebase
1755             </li>
1756             <li>
1757               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1758               Similarity may have different topology due to increased
1759               precision
1760             </li>
1761           </ul>
1762           <em>Rendering</em>
1763           <ul>
1764             <li>
1765               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1766               model for alignments and groups
1767             </li>
1768             <li>
1769               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1770               scripts
1771             </li>
1772           </ul>
1773           <em>Overview</em>
1774           <ul>
1775             <li>
1776               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1777               with alignment and overview windows
1778             </li>
1779             <li>
1780               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1781               overview
1782             </li>
1783             <li>
1784               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1785               omitted in Overview
1786             </li>
1787             <li>
1788               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1789               adjustment of visible position
1790             </li>
1791           </ul>
1792
1793           <em>Data import/export</em>
1794           <ul>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1797               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1798             </li>
1799             <li>
1800               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1801               annotation input/output via stockholm flatfile
1802             </li>
1803             <li>
1804               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1805               extension when importing structure files without embedded
1806               names or PDB accessions
1807             </li>
1808             <li>
1809               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1810               format sequence substitution matrices
1811             </li>
1812           </ul>
1813           <em>User Interface</em>
1814           <ul>
1815             <li>
1816               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1817               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1818               the application.
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1822               via Overview or sequence motif search operations
1823             </li>
1824             <li>
1825               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1826               opened by double clicking gaps within sequence feature
1827               extent
1828             </li>
1829             <li>
1830               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1831               aligned positions were available to create a 3D structure
1832               superposition.
1833             </li>
1834           </ul>
1835           <em>3D Structure</em>
1836           <ul>
1837             <li>
1838               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1839               coloured in linked structure views
1840             </li>
1841             <li>
1842               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1843               file-based command exchange
1844             </li>
1845             <li>
1846               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1847               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1848               structures are already available for sequences
1849             </li>
1850             <li>
1851               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1852               the Jalview project rather than downloaded again when the
1853               project is reopened.
1854             </li>
1855             <li>
1856               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1857               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1858               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1859                 Feature</strong>)
1860             </li>
1861           </ul>
1862           <em>Web Services</em>
1863           <ul>
1864             <li>
1865               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1866             </li>
1867             <li>
1868               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1869               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1870               Analysis services
1871             </li>
1872             <li>
1873               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1874               cross-references provided by identifiers.org and the
1875               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1876             </li>
1877           </ul>
1878
1879           <em>Scripting</em>
1880           <ul>
1881             <li>
1882               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1883               identifying file formats (instead of String constants)
1884             </li>
1885             <li>
1886               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1887               efficiency when counting all displayed features (not
1888               backwards compatible with 2.10.1)
1889             </li>
1890           </ul>
1891           <em>Example files</em>
1892           <ul>
1893             <li>
1894               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1895               included in the example feature file
1896             </li>
1897           </ul>
1898           <em>Documentation</em>
1899           <ul>
1900             <li>
1901               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1902               with the built-in Java help viewer
1903             </li>
1904             <li>
1905               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1906               sequence description' option
1907             </li>
1908           </ul>
1909           <em>Test Suite</em>
1910           <ul>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1913               Uniprot REST Free Text Search Client
1914             </li>
1915             <li>
1916               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1917             </li>
1918             <li>
1919               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1920               during tests
1921             </li>
1922           </ul>
1923         </div></td>
1924       <td><div align="left">
1925           <em>Calculations</em>
1926           <ul>
1927             <li>
1928               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1929               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1930               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1931             </li>
1932             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1933               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1934               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1935               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1936               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1937               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1938               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1939               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1940               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1941               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1942               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1943               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1944               // for 2.10.1 mode <br />
1945               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1946               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1947                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1948                 calculations (not recommended)</em></li>
1949             <li>
1950               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1951               scaling of branch lengths for trees computed using
1952               Sequence Feature Similarity.
1953             </li>
1954             <li>
1955               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1956               generating output report when working with highly
1957               redundant alignments
1958             </li>
1959             <li>
1960               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1961               right of selected region when gaps present on right-hand
1962               boundary
1963             </li>
1964           </ul>
1965           <em>User Interface</em>
1966           <ul>
1967             <li>
1968               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1969               doesn't reselect a specific sequence's associated
1970               annotation after it was used for colouring a view
1971             </li>
1972             <li>
1973               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1974               opened on a region of alignment without groups
1975             </li>
1976             <li>
1977               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1978               of an alignment with overlapping groups
1979             </li>
1980             <li>
1981               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1982               name and description match
1983             </li>
1984             <li>
1985               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1986               hidden regions results in incorrect hidden regions
1987             </li>
1988             <li>
1989               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1990               changing colour does not apply Conservation slider value
1991               to all groups
1992             </li>
1993             <li>
1994               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1995               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1996             </li>
1997             <li>
1998               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1999               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2000             </li>
2001             <li>
2002               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2003               gaps before start of features
2004             </li>
2005             <li>
2006               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2007               restored to UI when feature colour is edited
2008             </li>
2009             <li>
2010               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2011               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2012             </li>
2013             <li>
2014               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2015               as graduate feature colour settings are modified via the
2016               dialog box
2017             </li>
2018             <li>
2019               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2020               when a group defined on the alignment is resized
2021             </li>
2022             <li>
2023               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2024               wrapped view result in positional status updates
2025             </li>
2026
2027             <li>
2028               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2029               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2030             </li>
2031             <li>
2032               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2033               alignment included gapped columns
2034             </li>
2035             <li>
2036               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2037               widgets don't permanently disappear
2038             </li>
2039             <li>
2040               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2041               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2042               T-Coffee column reliability scores)
2043             </li>
2044             <li>
2045               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2046               sequence feature on gaps only
2047             </li>
2048             <li>
2049               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2050               button from a Find inherit previously defined feature type
2051               rather than the Find query string
2052             </li>
2053             <li>
2054               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2055               exporting tree calculated in Jalview
2056             </li>
2057             <li>
2058               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2059               and then revealing them reorders sequences on the
2060               alignment
2061             </li>
2062             <li>
2063               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2064               doesn't update to reflect available set of groups after
2065               interactively adding or modifying features
2066             </li>
2067             <li>
2068               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2069               Linux
2070             </li>
2071             <li>
2072               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2073               only excluded gaps in current sequence and ignored
2074               selection.
2075             </li>
2076           </ul>
2077           <em>Rendering</em>
2078           <ul>
2079             <li>
2080               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2081               erratically when hidden rows or columns are present
2082             </li>
2083             <li>
2084               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2085               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2086               sequence colouring
2087             </li>
2088             <li>
2089               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2090               colour and group colour menu for protein alignments
2091             </li>
2092             <li>
2093               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2094               reflect currently selected view or group's shading
2095               thresholds
2096             </li>
2097             <li>
2098               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2099               when rendered on overview and structures when opacity at
2100               100%
2101             </li>
2102             <li>
2103               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2104               overview when features overlaid on alignment
2105             </li>
2106             <li>
2107               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2108               recovered correctly from Jalview project file
2109             </li>
2110             <li>
2111               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2112               (automatically via preferences) are different to the main
2113               alignment panel
2114             </li>
2115           </ul>
2116           <em>Data import/export</em>
2117           <ul>
2118             <li>
2119               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2120               load
2121             </li>
2122             <li>
2123               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2124               added after a sequence was imported are not written to
2125               Stockholm File
2126             </li>
2127             <li>
2128               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2129               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2130             </li>
2131             <li>
2132               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2133               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2134             </li>
2135             <li>
2136               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2137               with lightGray or darkGray via features file (but can
2138               specify lightgray)
2139             </li>
2140             <li>
2141               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2142               when alignment view imported from project
2143             </li>
2144             <li>
2145               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2146               structure and sequences extracted from structure files
2147               imported via URL and viewed in Jmol
2148             </li>
2149             <li>
2150               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2151               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2152               the project is loaded and the structure viewed
2153             </li>
2154           </ul>
2155           <em>Web Services</em>
2156           <ul>
2157             <li>
2158               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2159               release of Ensembl v.88
2160             </li>
2161             <li>
2162               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2163               appear enabled in Preferences->Connections
2164             </li>
2165             <li>
2166               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2167               removed from console output
2168             </li>
2169             <li>
2170               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2171               Ensembl by Peptide ID
2172             </li>
2173             <li>
2174               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2175               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2176               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2177               due to 'null' string rather than empty string used for
2178               residues with no corresponding PDB mapping).
2179             </li>
2180           </ul>
2181           <em>Application UI</em>
2182           <ul>
2183             <li>
2184               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2185               menu
2186             </li>
2187             <li>
2188               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2189               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2190               new documentation and tooltips added)
2191             </li>
2192             <li>
2193               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2194               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2195             </li>
2196             <li>
2197               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2198               new features are added to alignment
2199             </li>
2200             <li>
2201               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2202               changes to feature colours via the Amend features dialog
2203             </li>
2204             <li>
2205               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2206               edit graduated feature colour via amend features dialog
2207               box
2208             </li>
2209             <li>
2210               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2211               selection menu changes colours of alignment views
2212             </li>
2213             <li>
2214               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2215               from alignment calculation workers after alignment has
2216               been closed
2217             </li>
2218             <li>
2219               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2220               groups now 'Create Group'
2221             </li>
2222             <li>
2223               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2224               Create/Undefine group doesn't always work
2225             </li>
2226             <li>
2227               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2228               shown again after pressing 'Cancel'
2229             </li>
2230             <li>
2231               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2232               adjusts start position in wrap mode
2233             </li>
2234             <li>
2235               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2236               ambiguous amino acids
2237             </li>
2238             <li>
2239               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2240               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2241               proteins
2242             </li>
2243             <li>
2244               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2245               Defined' don't appear in Colours menu
2246             </li>
2247           </ul>
2248           <em>Applet</em>
2249           <ul>
2250             <li>
2251               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2252               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2253             </li>
2254             <li>
2255               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2256               overview or linked structure view
2257             </li>
2258             <li>
2259               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2260               work (since 2.8)
2261             </li>
2262             <li>
2263               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2264               user-defined colourscheme doesn't restore original
2265               colourscheme
2266             </li>
2267           </ul>
2268           <em>Test Suite</em>
2269           <ul>
2270             <li>
2271               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2272               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2273             </li>
2274             <li>
2275               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2276               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2277               problems with deep array comparison equality asserts in
2278               successive versions of TestNG
2279             </li>
2280             <li>
2281               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2282               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2283             </li>
2284           </ul>
2285           <em>New Known Issues</em>
2286           <ul>
2287             <li>
2288               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2289               phase after a sequence motif find operation
2290             </li>
2291             <li>
2292               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2293               containing just upper and lower case letters are
2294               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2295             </li>
2296             <li>
2297               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2298               reliably from eggnog Ortholog database
2299             </li>
2300             <li>
2301               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2302               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2303               to mark columns containing highlighted regions.
2304             </li>
2305             <li>
2306               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2307               doesn't always add secondary structure annotation.
2308             </li>
2309           </ul>
2310         </div>
2311     <tr>
2312       <td width="60" nowrap>
2313         <div align="center">
2314           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2315         </div>
2316       </td>
2317       <td><div align="left">
2318           <em>General</em>
2319           <ul>
2320             <li>
2321               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2322               for all consensus calculations
2323             </li>
2324             <li>
2325               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2326               3rd Oct 2016)
2327             </li>
2328             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2329               for 2016-2017</li>
2330           </ul>
2331           <em>Application</em>
2332           <ul>
2333             <li>
2334               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2335               set of database cross-references, sorted alphabetically
2336             </li>
2337             <li>
2338               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2339               from database cross references. Users with custom links
2340               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2341                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2342             </li>
2343             <li>
2344               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2345               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2346               Chimera session
2347             </li>
2348             <li>
2349               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2350               the Chimera it is connected to is shut down
2351             </li>
2352             <li>
2353               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2354               columns menu item to mark columns containing highlighted
2355               regions (e.g. from structure selections or results of a
2356               Find operation)
2357             </li>
2358             <li>
2359               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2360               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2361               MSAviewer
2362             </li>
2363           </ul>
2364         </div></td>
2365       <td>
2366         <div align="left">
2367           <em>General</em>
2368           <ul>
2369             <li>
2370               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2371               are not coloured or thresholded according to percent
2372               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2373             </li>
2374             <li>
2375               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2376               hydrophobic
2377             </li>
2378             <li>
2379               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2380               threshold, amino acid properties)
2381             </li>
2382             <li>
2383               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2384               reported as mapped to residues in a structure file in the
2385               View Mapping report
2386             </li>
2387             <li>
2388               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2389               could be added multiple times to a sequence
2390             </li>
2391             <li>
2392               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2393               bond features shown as two highlighted residues rather
2394               than a range in linked structure views, and treated
2395               correctly when selecting and computing trees from features
2396             </li>
2397             <li>
2398               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2399               cross-references are matched to database name regardless
2400               of case
2401             </li>
2402
2403           </ul>
2404           <em>Application</em>
2405           <ul>
2406             <li>
2407               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2408               names without regular expressions also offer links from
2409               Sequence ID
2410             </li>
2411             <li>
2412               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2413               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2414               update Jalview configuration
2415             </li>
2416             <li>
2417               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2418               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2419             </li>
2420             <li>
2421               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2422               files with similarly named sequences if dropped onto the
2423               alignment
2424             </li>
2425             <li>
2426               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2427               entries where more chains exist in the PDB accession than
2428               are reported in the SIFTS file
2429             </li>
2430             <li>
2431               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2432               the structure view when displayed with Chimera
2433             </li>
2434             <li>
2435               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2436               panel's View->Show Chains submenu
2437             </li>
2438             <li>
2439               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2440               work for wrapped alignment views
2441             </li>
2442             <li>
2443               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2444               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2445             </li>
2446             <li>
2447               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2448               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2449               first annotation row
2450             </li>
2451             <li>
2452               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2453               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2454             </li>
2455             <li>
2456               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2457               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2458             </li>
2459             <!-- JAL-2319 -->
2460             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2461             coordindate data
2462             </li>
2463           </ul>
2464           <!--           <em>New Known Issues</em>
2465           <ul>
2466             <li></li>
2467           </ul> -->
2468         </div>
2469       </td>
2470     </tr>
2471     <td width="60" nowrap>
2472       <div align="center">
2473         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2474           <em>25/10/2016</em></strong>
2475       </div>
2476     </td>
2477     <td><em>Application</em>
2478       <ul>
2479         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2480           view if structures already loaded</li>
2481         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2482           structure views</li>
2483       </ul></td>
2484     <td>
2485       <div align="left">
2486         <em>General</em>
2487         <ul>
2488           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2489             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2490           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2491             example sequences/projects/trees</li>
2492         </ul>
2493         <em>Application</em>
2494         <ul>
2495           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2496             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2497           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2498             without timeout for structures with multiple models or
2499             multiple sequences in alignment</li>
2500           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2501             PDB ID HEADER line</li>
2502           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2503             is performed</li>
2504           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2505             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2506           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2507           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2508             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2509             option</li>
2510           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2511             is created on the alignment</li>
2512           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2513             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2514             pop-up menu</li>
2515         </ul>
2516         <em>Build and deployment</em>
2517         <ul>
2518           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2519             tags</li>
2520         </ul>
2521         <em>New Known Issues</em>
2522         <ul>
2523           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2524             on Windows</li>
2525         </ul>
2526       </div>
2527     </td>
2528     </tr>
2529     <tr>
2530       <td width="60" nowrap>
2531         <div align="center">
2532           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2533         </div>
2534       </td>
2535       <td><em>General</em>
2536         <ul>
2537           <li>
2538             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2539           </li>
2540           <li>
2541             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2542             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2543             better PDB parsing.
2544           </li>
2545           <li>
2546             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2547             reference sequence
2548           </li>
2549           <li>
2550             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2551             mousing over sequence associated annotation
2552           </li>
2553           <li>
2554             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2555             for manual entry
2556           </li>
2557           <li>
2558             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2559             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2560             for each column
2561           </li>
2562           <li>
2563             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2564             showing or hiding columns containing a feature
2565           </li>
2566           <li>
2567             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2568             group and sequence associated annotation labels
2569           </li>
2570           <li>
2571             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2572             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2573             dialogs
2574           </li>
2575
2576         </ul> <em>Application</em>
2577         <ul>
2578           <li>
2579             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2580             gene/transcript view
2581           </li>
2582           <li>
2583             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2584             dialog
2585           </li>
2586           <li>
2587             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2588             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2589           </li>
2590           <li>
2591             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2592             Pfam sources to xfam.org
2593           </li>
2594           <li>
2595             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2596           </li>
2597           <li>
2598             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2599             over sequences in Jalview
2600           </li>
2601           <li>
2602             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2603             regions in ENA and EMBL
2604           </li>
2605           <li>
2606             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2607             for record retrieval via ENA rest API
2608           </li>
2609           <li>
2610             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2611             complement operator
2612           </li>
2613           <li>
2614             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2615             groovy script execution
2616           </li>
2617           <li>
2618             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2619             alignment window's Calculate menu
2620           </li>
2621           <li>
2622             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2623             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2624           </li>
2625           <li>
2626             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2627             calculation workers from groovy scripts
2628           </li>
2629           <li>
2630             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2631             Jalview projects
2632           </li>
2633           <li>
2634             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2635             associations are now saved/restored from project
2636           </li>
2637           <li>
2638             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2639             before sequence fetcher is opened
2640           </li>
2641           <li>
2642             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2643             database chooser opens a sequence fetcher
2644           </li>
2645           <li>
2646             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2647             the UniProt REST API
2648           </li>
2649           <li>
2650             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2651             the news reader opening
2652           </li>
2653           <li>
2654             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2655             querying stored in preferences
2656           </li>
2657           <li>
2658             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2659             search results
2660           </li>
2661           <li>
2662             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2663           </li>
2664           <li>
2665             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2666             menu for nucleotide sequences
2667           </li>
2668           <li>
2669             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2670             and feature counts preserves alignment ordering (and
2671             debugged for complex feature sets).
2672           </li>
2673           <li>
2674             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2675             viewing structures with Jalview 2.10
2676           </li>
2677           <li>
2678             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2679             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2680             Ensembl Genomes REST API
2681           </li>
2682           <li>
2683             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2684             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2685             (Ensembl)
2686           </li>
2687           <li>
2688             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2689             sequences
2690           </li>
2691           <li>
2692             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2693             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2694             data from external database records.
2695           </li>
2696           <li>
2697             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2698             efficient recovery of sequence coding and alignment
2699             annotation relationships.
2700           </li>
2701         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2702         <ul>
2703           <li>
2704             -- JAL---
2705           </li>
2706         </ul> --></td>
2707       <td>
2708         <div align="left">
2709           <em>General</em>
2710           <ul>
2711             <li>
2712               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2713               menu on OSX
2714             </li>
2715             <li>
2716               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2717               includes graduated colourschemes
2718             </li>
2719             <li>
2720               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2721               working with big alignments and lots of hidden columns
2722             </li>
2723             <li>
2724               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2725               at right of alignment window
2726             </li>
2727             <li>
2728               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2729               contents
2730             </li>
2731             <li>
2732               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2733               for DNA alignments
2734             </li>
2735             <li>
2736               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2737               based tree calculation
2738             </li>
2739             <li>
2740               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2741               unconserved enabled for group on alignment
2742             </li>
2743             <li>
2744               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2745               set as reference
2746             </li>
2747             <li>
2748               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2749               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2750               annotation
2751             </li>
2752             <li>
2753               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2754               hidden columns present
2755             </li>
2756             <li>
2757               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2758               user created annotation added to alignment
2759             </li>
2760             <li>
2761               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2762               '()' base pair annotation
2763             </li>
2764             <li>
2765               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2766               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2767               Consensus
2768             </li>
2769             <li>
2770               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2771               feature not working
2772             </li>
2773             <li>
2774               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2775               beginning of sequence
2776             </li>
2777             <li>
2778               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2779               entry 3a6s
2780             </li>
2781             <li>
2782               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2783               from a tree when t-coffee scores are shown
2784             </li>
2785             <li>
2786               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2787               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2788             </li>
2789             <li>
2790               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2791               some structures
2792             </li>
2793             <li>
2794               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2795               to Clustal, PIR and PileUp output
2796             </li>
2797             <li>
2798               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2799               not visible causes alignment window to repaint
2800             </li>
2801             <li>
2802               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2803               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2804               scores associated with features and annotation rows
2805             </li>
2806             <li>
2807               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2808               calculation should be case independent
2809             </li>
2810             <li>
2811               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2812               columns
2813             </li>
2814             <li>
2815               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2816               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2817               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2818             </li>
2819             <li>
2820               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2821               problems when reference sequence defined and 'show
2822               non-conserved' enabled
2823             </li>
2824             <li>
2825               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2826               load even when Consensus calculation is disabled
2827             </li>
2828             <li>
2829               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2830               alignment does nothing
2831             </li>
2832           </ul>
2833           <em>Application</em>
2834           <ul>
2835             <li>
2836               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2837               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2838               yet fixed for El Capitan)
2839             </li>
2840             <li>
2841               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2842               output when running on non-gb/us i18n platforms
2843             </li>
2844             <li>
2845               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2846               hidden sequences as flat-file alignment
2847             </li>
2848             <li>
2849               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2850               launching Chimera
2851             </li>
2852             <li>
2853               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2854               (also hotfix for 2.9.0b2)
2855             </li>
2856             <li>
2857               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2858               reference sequence defined
2859             </li>
2860             <li>
2861               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2862               alignments and views when revealing hidden columns
2863             </li>
2864             <li>
2865               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2866               view in a cDNA/Protein splitframe
2867             </li>
2868             <li>
2869               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2870               sequence from project when only one sequence is
2871               represented
2872             </li>
2873             <li>
2874               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2875               in Structure Chooser
2876             </li>
2877             <li>
2878               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2879               structure consensus didn't refresh annotation panel
2880             </li>
2881             <li>
2882               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2883               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2884             </li>
2885             <li>
2886               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2887               dialogs format columns correctly, don't display array
2888               data, sort columns according to type
2889             </li>
2890             <li>
2891               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2892               file chooser is cancelled during an image export
2893             </li>
2894             <li>
2895               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2896               sequence name containing special characters
2897             </li>
2898             <li>
2899               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2900               case insensitive
2901             </li>
2902             <li>
2903               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2904               formatting don't wrap
2905             </li>
2906             <li>
2907               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2908               truncated so L looks like I in consensus annotation
2909             </li>
2910             <li>
2911               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2912               currently displayed features for the current selection or
2913               view
2914             </li>
2915             <li>
2916               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2917               after fetching cross-references, and restoring from
2918               project
2919             </li>
2920             <li>
2921               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2922               followed in the structure viewer
2923             </li>
2924             <li>
2925               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2926               splitframe not restored from project
2927             </li>
2928             <li>
2929               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2930               trailing end of protein alignment in transcript/product
2931               splitview when pad-gaps not enabled by default
2932             </li>
2933             <li>
2934               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2935               is case dependent
2936             </li>
2937             <li>
2938               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2939               article has been read (reopened issue due to
2940               internationalisation problems)
2941             </li>
2942             <li>
2943               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2944               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2945               cross-references
2946             </li>
2947
2948             <li>
2949               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2950               alignment as HTML
2951             </li>
2952             <li>
2953               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2954               multiple structures are shown for one or more sequences.
2955             </li>
2956             <li>
2957               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2958               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2959               is enabled.
2960             </li>
2961             <li>
2962               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2963               specific PDB id for sequence
2964             </li>
2965             <li>
2966               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2967               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2968               columns' is disabled.
2969             </li>
2970             <li>
2971               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2972               selects lowest rather than highest resolution structures
2973               for each sequence
2974             </li>
2975             <li>
2976               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2977               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2978             </li>
2979             <li>
2980               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2981               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2982             </li>
2983             <li>
2984               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2985               after clicking on it to create new annotation for a
2986               column.
2987             </li>
2988             <li>
2989               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2990               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2991             </li>
2992             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2993             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2994           </ul>
2995           <em>Applet</em>
2996           <ul>
2997             <li>
2998               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2999               hidden columns present before start of sequence
3000             </li>
3001             <li>
3002               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3003               (JSON jars)
3004             </li>
3005             <li>
3006               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3007               sequences are hidden in applet
3008             </li>
3009             <li>
3010               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3011               deployment on examples pages.
3012             </li>
3013           </ul>
3014         </div>
3015       </td>
3016     </tr>
3017     <tr>
3018       <td width="60" nowrap>
3019         <div align="center">
3020           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3021             <em>16/10/2015</em></strong>
3022         </div>
3023       </td>
3024       <td><em>General</em>
3025         <ul>
3026           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3027             jars</li>
3028         </ul></td>
3029       <td>
3030         <div align="left">
3031           <em>Application</em>
3032           <ul>
3033             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3034               shown when tree is partitioned</li>
3035             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3036               multiple cDNA/Protein split views</li>
3037           </ul>
3038         </div>
3039       </td>
3040     </tr>
3041     <tr>
3042       <td width="60" nowrap>
3043         <div align="center">
3044           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3045             <em>8/10/2015</em></strong>
3046         </div>
3047       </td>
3048       <td><em>General</em>
3049         <ul>
3050           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3051             2.9</li>
3052         </ul> <em>Application</em>
3053         <ul>
3054           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3055           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3056           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3057         </ul> <em>Applet</em>
3058         <ul>
3059           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3060         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3061         <ul>
3062           <li>
3063             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3064             suite
3065           </li>
3066         </ul></td>
3067       <td>
3068         <div align="left">
3069           <em>General</em>
3070           <ul>
3071             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3072               incorrect when sequence start > 1</li>
3073             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3074               documentation</li>
3075             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3076             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3077               loading a features file containing HTML tags in feature
3078               description</li>
3079
3080           </ul>
3081           <em>Application</em>
3082           <ul>
3083             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3084               reimport</li>
3085             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3086               with 'trim retrieved sequences'</li>
3087             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3088               deleting selected columns</li>
3089             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3090               JNLP templates for webstart launch</li>
3091             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3092               unreleased structures for download or viewing</li>
3093             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3094               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3095             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3096               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3097             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3098               recovered from jalview project</li>
3099             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3100               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3101               alignment view</li>
3102             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3103               color schemes from BioJSON</li>
3104           </ul>
3105           <em>Applet</em>
3106           <ul>
3107             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3108               frame</li>
3109             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3110           </ul>
3111         </div>
3112       </td>
3113     </tr>
3114     <tr>
3115       <td><div align="center">
3116           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3117         </div></td>
3118       <td><em>General</em>
3119         <ul>
3120           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3121             alignments:
3122             <ul>
3123               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3124                 and DNA alignment views</li>
3125               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3126                 cDNA alignment views</li>
3127               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3128                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3129               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3130                 protein sequences</li>
3131             </ul>
3132           </li>
3133           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3134           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3135             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3136           <li>New alignment annotation file statements for
3137             reference sequences and marking hidden columns</li>
3138           <li>Reference sequence based alignment shading to
3139             highlight variation</li>
3140           <li>Select or hide columns according to alignment
3141             annotation</li>
3142           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3143           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3144             acid conservation row</li>
3145           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3146         </ul> <em>Application</em>
3147         <ul>
3148           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3149             <ul>
3150               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3151                 view with cDNA/Protein</li>
3152               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3153                 sequences are placed in the same alignment</li>
3154               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3155                 projects</li>
3156             </ul>
3157           </li>
3158
3159           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3160           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3161             Jalview windows</li>
3162
3163           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3164           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3165           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3166             be shown in VARNA</li>
3167
3168           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3169             as the active selected region</li>
3170
3171           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3172             similarity</li>
3173           <li>New Export options
3174             <ul>
3175               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3176                 region export in flat file generation</li>
3177
3178               <li>Export alignment views for display with the <a
3179                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3180
3181               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3182               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3183                 alignment figures to HTML</li>
3184           </li>
3185           <li>3D structure retrieval and display
3186             <ul>
3187               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3188                 Search API</li>
3189               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3190                 PDB structures for a sequence set</li>
3191             </ul>
3192           </li>
3193
3194           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3195             predictions</li>
3196           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3197             for one or a group of sequences</li>
3198           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3199             from the JPred4 web server</li>
3200           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3201             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3202             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3203           </li>
3204           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3205             VARNA 2D Structure'</li>
3206           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3207             Structure ..."</li>
3208
3209         </ul> <em>Applet</em>
3210         <ul>
3211           <li>New layout for applet example pages</li>
3212           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3213             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3214           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3215             Protein alignments</li>
3216         </ul> <em>Development and deployment</em>
3217         <ul>
3218           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3219           <li>Include installation type and git revision in build
3220             properties and console log output</li>
3221           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3222             storing BioJsMSA Templates</li>
3223           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3224         </ul></td>
3225       <td>
3226         <!-- <em>General</em>
3227         <ul>
3228         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3229         <ul>
3230           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3231           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3232           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3233             predictions are not highlighted in amber</li>
3234           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3235             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3236           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3237             associated structure views</li>
3238           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3239             width checkbox not enabled</li>
3240           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3241             creating user defined colours</li>
3242           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3243             mappings for just that viewer's sequences</li>
3244           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3245             multiple models in Chimera</li>
3246           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3247             over Jmol structure</li>
3248           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3249             output to text box</li>
3250           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3251             have incorrect sequence start/end</li>
3252           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3253             Jalview fails</li>
3254           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3255             work for nucleotide</li>
3256           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3257             to a grey/invisible alignment window</li>
3258           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3259             imports to different position</li>
3260           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3261             on some platforms</li>
3262           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3263             populated</li>
3264           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3265             console if Chimera has been opened</li>
3266           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3267           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3268             retrieved</li>
3269           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3270           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3271             either sequence shows on first structure</li>
3272           <li>'Show annotations' options should not make
3273             non-positional annotations visible</li>
3274           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3275             in right place after 'view flanking regions'</li>
3276           <li>File Save As type unset when current file format is
3277             unknown</li>
3278           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3279             projects</li>
3280           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3281             responsive</li>
3282           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3283             several views on same alignment</li>
3284           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3285           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3286             spaces</li>
3287         </ul> <em>Applet</em>
3288         <ul>
3289           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3290           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3291             descriptions containing angle brackets</li>
3292         </ul> <em>General</em>
3293         <ul>
3294           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3295             via jalview annotation file</li>
3296           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3297             with RNA secondary structure</li>
3298           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3299             translation doesn't work.</li>
3300           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3301           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3302             positions</li>
3303           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3304             choosing 1pt font</li>
3305           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3306             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3307             'h'</li>
3308           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3309             new feature</li>
3310           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3311             order dependent</li>
3312           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3313             sequences</li>
3314           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3315         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3316         <ul>
3317           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3318             www.jalview.org</li>
3319         </ul> <em>Application Known issues</em>
3320         <ul>
3321           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3322           <li>Misleading message appears after trying to delete
3323             solid column.</li>
3324           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3325             version launches</li>
3326           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3327             fails with a sequence mismatch</li>
3328           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3329             scrolling alignment to right</li>
3330           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3331             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3332           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3333             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3334           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3335             ultra-high resolution</li>
3336           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3337             quality and conservation</li>
3338           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3339             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3340         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3341         <ul>
3342           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3343           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3344             window is being resized</li>
3345
3346         </ul>
3347       </td>
3348     </tr>
3349     <tr>
3350       <td><div align="center">
3351           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3352         </div></td>
3353       <td><em>General</em>
3354         <ul>
3355           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3356             Certum.PL.</li>
3357           <li>Features and annotation preserved when performing
3358             pairwise alignment</li>
3359           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3360             imported/exported/displayed</li>
3361           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3362             protein secondary structure</li>
3363           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3364               post-hoc with 2.9 release</em>)
3365           </li>
3366
3367         </ul> <em>Application</em>
3368         <ul>
3369           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3370             with 3D structures</li>
3371           <li>Support for parsing RNAML</li>
3372           <li>Annotations menu for layout
3373             <ul>
3374               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3375               <li>place sequence annotation above/below alignment
3376                 annotation</li>
3377             </ul>
3378           <li>Output in Stockholm format</li>
3379           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3380             translation</li>
3381           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3382           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3383             shared between alignments</li>
3384           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3385             Jalview</li>
3386           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3387             all or current selection</li>
3388           <li>disorder and secondary structure predictions
3389             available as dataset annotation</li>
3390           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3391
3392
3393           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3394             alignments from Rfam</li>
3395           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3396
3397           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3398             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3399           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3400           <li>include installation type in build properties and
3401             console log output</li>
3402           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3403             annotation</li>
3404         </ul></td>
3405       <td>
3406         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3407         <ul>
3408           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3409             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3410           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3411             alignment</li>
3412           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3413           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3414           <li>Double click on sequence associated annotation
3415             selects only first column</li>
3416           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3417             leaves shown in tree</li>
3418           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3419             properly</li>
3420           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3421           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3422             screen and buttons not visible</li>
3423           <li>author list isn't updated if already written to
3424             Jalview properties</li>
3425           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3426             from database</li>
3427           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3428           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3429             browser search window</li>
3430           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3431             in feature settings dialog</li>
3432           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3433             desktop</li>
3434           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3435             pass validation</li>
3436           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3437             fit on screen</li>
3438           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3439             tooltip</li>
3440           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3441             defined user preset</li>
3442           <li>MSA web services warns user if they were launched
3443             with invalid input</li>
3444           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3445             Java 8</li>
3446           <li>
3447             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3448             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3449             created
3450           </li>
3451
3452         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3453         <ul>
3454         </ul> <em>General</em>
3455         <ul>
3456         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3457         <ul>
3458           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3459             memory allocation</li>
3460           <li>launchApp service doesn't automatically open
3461             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3462           <li>
3463             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3464             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3465             1.7_055 is available
3466           </li>
3467         </ul> <em>Application Known issues</em>
3468         <ul>
3469           <li>
3470             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3471             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3472             alignment to right
3473           </li>
3474           <li>
3475             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3476             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3477             with large number of ID
3478           </li>
3479           <li>
3480             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3481             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3482             start/end
3483           </li>
3484           <li>
3485             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3486             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3487             structure tracks are rearranged
3488           </li>
3489           <li>
3490             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3491             invalid rna structure positional highlighting does not
3492             highlight position of invalid base pairs
3493           </li>
3494           <li>
3495             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3496             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3497             project from alignment window file menu
3498           </li>
3499           <li>
3500             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3501             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3502             structures
3503           </li>
3504           <li>
3505             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3506             colour by RNA Helices not enabled when user created
3507             annotation added to alignment
3508           </li>
3509           <li>
3510             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3511             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3512           </li>
3513         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3514         <ul>
3515           <li>
3516             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3517             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3518           </li>
3519           <li>
3520             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3521             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3522           </li>
3523
3524           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3525             when selected</li>
3526         </ul>
3527       </td>
3528     </tr>
3529     <tr>
3530       <td><div align="center">
3531           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3532         </div></td>
3533       <td>
3534         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3535         <em>General</em>
3536         <ul>
3537           <li>Internationalisation of user interface (usually
3538             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3539           <li>Define/Undefine group on current selection with
3540             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3541           <li>Improved group creation/removal options in
3542             alignment/sequence Popup menu</li>
3543           <li>Sensible precision for symbol distribution
3544             percentages shown in logo tooltip.</li>
3545           <li>Annotation panel height set according to amount of
3546             annotation when alignment first opened</li>
3547         </ul> <em>Application</em>
3548         <ul>
3549           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3550             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3551           <li>Select columns containing particular features from
3552             Feature Settings dialog</li>
3553           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3554             sequences</li>
3555           <li>Update Jalview project format:
3556             <ul>
3557               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3558               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3559                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3560               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3561                 colouring</li>
3562             </ul>
3563           </li>
3564           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3565             (PAM250)</li>
3566           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3567             flanking regions for an alignment</li>
3568         </ul>
3569       </td>
3570       <td>
3571         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3572         <ul>
3573           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3574             running after job is cancelled</li>
3575           <li>cannot export features from alignments imported from
3576             Jalview/VAMSAS projects</li>
3577           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3578             float values</li>
3579           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3580             have 'display all symbols' flag set</li>
3581           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3582             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3583           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3584             Jalview</li>
3585           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3586             Lion/Webstart</li>
3587           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3588           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3589           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3590             alignment onto desktop</li>
3591           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3592             'extract scores' function</li>
3593           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3594             alignment window</li>
3595           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3596             performing IUPred disorder prediction</li>
3597           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3598             changing 'normalise logo' display setting</li>
3599           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3600             nothing matches query</li>
3601           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3602             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3603           </li>
3604           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3605             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3606           </li>
3607           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3608             Jalview's menu</li>
3609           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3610             'invalid literal/length code'</li>
3611           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3612             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3613           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3614             colourscheme</li>
3615
3616         </ul> <em>Applet</em>
3617         <ul>
3618           <li>Remove group option is shown even when selection is
3619             not a group</li>
3620           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3621             don't affect groups</li>
3622           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3623             colourscheme name</li>
3624           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3625             Annotation panel is not displayed</li>
3626           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3627             embedded windows</li>
3628         </ul> <em>Other</em>
3629         <ul>
3630           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3631             single sequence were not calculated</li>
3632           <li>annotation files that contain only groups imported as
3633             annotation and junk sequences</li>
3634           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3635             recognised as PFAM or BLC</li>
3636           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3637             doesn't affect background (2.8.0b1)
3638           <li></li>
3639           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3640           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3641             trailing gaps</li>
3642           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3643             registered correctly on import</li>
3644           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3645             certain alignments</li>
3646           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3647             existing annotation based 'use original colours'
3648             colourscheme loses original colours setting</li>
3649         </ul>
3650       </td>
3651     </tr>
3652     <tr>
3653       <td><div align="center">
3654           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3655             <em>30/1/2014</em></strong>
3656         </div></td>
3657       <td>
3658         <ul>
3659           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3660             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3661             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3662             open source project).
3663           </li>
3664           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3665           <li>Output in Stockholm format</li>
3666           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3667           <li>Export/import group and sequence associated line
3668             graph thresholds</li>
3669           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3670             ambiguity codes</li>
3671           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3672             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3673             works</li>
3674           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3675         </ul> <em>Other improvements</em>
3676         <ul>
3677           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3678           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3679             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3680           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3681             files</li>
3682           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3683           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3684             link but no description</li>
3685           <li>Select primary source when selecting authority in
3686             database fetcher GUI</li>
3687           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3688             Jalview</li>
3689           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3690         </ul>
3691       </td>
3692       <td>
3693         <ul>
3694           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3695             displayed</li>
3696           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3697             secondary structure annotation line</li>
3698           <li>Sequence database accessions not imported when
3699             fetching alignments from Rfam</li>
3700           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3701             identical IDs</li>
3702           <li>View all structures does not always superpose
3703             structures</li>
3704           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3705             reflect user or preset settings</li>
3706           <li>Null pointer exceptions for some services without
3707             presets or adjustable parameters</li>
3708           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3709             discover PDB xRefs</li>
3710           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3711             features with DAS</li>
3712           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3713             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3714           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3715             residue follows a gap</li>
3716           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3717             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3718           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3719             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3720           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3721             annotation already exists on alignment</li>
3722           <li>oninit javascript function should be called after
3723             initialisation completes</li>
3724           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3725             alignment window display</li>
3726           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3727           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3728             to annotation file</li>
3729           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3730             groups created</li>
3731           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3732             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3733           <li>Pressing return several times causes Number Format
3734             exceptions in keyboard mode</li>
3735           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3736             correct partitions for input data</li>
3737           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3738           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3739           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3740           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3741             mode</li>
3742           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3743             changes one row&#39;s threshold</li>
3744           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3745             doesn&#39;t open</li>
3746           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3747             quality histograms</li>
3748         </ul>
3749       </td>
3750     </tr>
3751     <tr>
3752       <td><div align="center">
3753           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3754         </div></td>
3755       <td><em>Application</em>
3756         <ul>
3757           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3758             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3759           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3760             preferences</li>
3761           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3762             in Jalview alignment window</li>
3763           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3764             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3765           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3766             RNA and ambiguity codes</li>
3767
3768           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3769           <li>Support fetching and database reference look up
3770             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3771             refs')</li>
3772           <li>Jalview project improvements
3773             <ul>
3774               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3775                 flag for annotation</li>
3776               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3777                 alignment</li>
3778               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3779                 Jalview project</li>
3780
3781             </ul>
3782           </li>
3783           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3784           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3785             running</li>
3786           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3787           <li>visual indication that web service results are still
3788             being retrieved from server</li>
3789           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3790             starts up for first time</li>
3791           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3792             services</li>
3793           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3794             client library</li>
3795           <li>Examples directory and Groovy library included in
3796             InstallAnywhere distribution</li>
3797         </ul> <em>Applet</em>
3798         <ul>
3799           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3800             visualization applet example</li>
3801         </ul> <em>General</em>
3802         <ul>
3803           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3804           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3805             defaults</li>
3806           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3807             calculation</li>
3808           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3809             matrices
3810           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3811             in HTML</li>
3812           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3813             structure contacts</li>
3814           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3815           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3816           <li>Parse sequence associated secondary structure
3817             information in Stockholm files</li>
3818           <li>HTML Export database accessions and annotation
3819             information presented in tooltip for sequences</li>
3820           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3821             style RNA alignment files</li>
3822           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3823             alignment</li>
3824           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3825             shade each sequence according to its associated alignment
3826             annotation</li>
3827           <li>New Jalview Logo</li>
3828         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3829         <ul>
3830           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3831           <li>New Website!</li>
3832         </ul></td>
3833       <td><em>Application</em>
3834         <ul>
3835           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3836             wsdbfetch REST service</li>
3837           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3838           <li>Filetype associations not installed for webstart
3839             launch</li>
3840           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3841             job execution in full once it is complete</li>
3842           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3843             uploaded via ali_file parameter</li>
3844           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3845           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3846           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3847             submitted for prediction</li>
3848           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3849             desktop window</li>
3850           <li>Putting fractional value into integer text box in
3851             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3852           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3853             windows 7</li>
3854           <li>View all structures fails with exception shown in
3855             structure view</li>
3856           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3857             escaped in a platform independent way</li>
3858           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3859             using proxy</li>
3860           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3861             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3862           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3863             failure when java web start temporary file caching is
3864             disabled</li>
3865           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3866             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3867           <li>Errors during processing of command line arguments
3868             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3869           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3870             DAS sources in sequence fetcher</li>
3871           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3872             dialog is shown</li>
3873           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3874           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3875           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3876           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3877             on OSX Mountain Lion</li>
3878           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3879             sequences with alignment annotation are pasted into the
3880             alignment</li>
3881           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3882             when loaded from Jalview project</li>
3883           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3884           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3885             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3886           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3887             associated with all views</li>
3888           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3889             annotation rows to new window</li>
3890         </ul> <em>Applet</em>
3891         <ul>
3892           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3893             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3894           <li>loading features via javascript API automatically
3895             enables feature display</li>
3896           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3897             work</li>
3898         </ul> <em>General</em>
3899         <ul>
3900           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3901           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3902             and then deselected</li>
3903           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3904           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3905             coloured with clustalx</li>
3906           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3907             exceptions and redraw errors</li>
3908           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3909             reconfigured view</li>
3910           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3911             colour</li>
3912           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3913             for lots of labels</li>
3914         </ul>
3915     </tr>
3916     <tr>
3917       <td>
3918         <div align="center">
3919           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3920         </div>
3921       </td>
3922       <td><em>Application</em>
3923         <ul>
3924           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3925           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3926           <li>View/alignment association menu to enable user to
3927             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3928             its colours/correspondences from</li>
3929           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3930           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3931             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3932           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3933           <li>Annotation row column label formatting attributes
3934             stored in project file</li>
3935           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3936             rows preserved in Jalview project file</li>
3937           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3938             saved using Desktop window menu</li>
3939           <li>Visual indication that command line arguments are
3940             still being processed</li>
3941           <li>Groovy script execution from URL</li>
3942           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3943             preferences</li>
3944           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3945             alignment with sequences that have high similarity and
3946             matching IDs</li>
3947           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3948           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3949             structures in same window</li>
3950           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3951           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3952             analysis function in its own submenu</li>
3953         </ul> <em>Applet</em>
3954         <ul>
3955           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3956             groups</li>
3957           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3958           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3959           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3960           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3961           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3962             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3963           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3964           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3965             parameters are treated as such</li>
3966           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3967             <ul>
3968               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3969               <li>Javascript callbacks for
3970                 <ul>
3971                   <li>Applet initialisation</li>
3972                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3973                 </ul>
3974               </li>
3975               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3976                 functions</li>
3977               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3978               <li>javascript structure viewer harness to pass
3979                 messages between Jmol and Jalview when running as
3980                 distinct applets</li>
3981               <li>sortBy method</li>
3982               <li>Set of applet and application examples shipped
3983                 with documentation</li>
3984               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3985                 javascript message exchange</li>
3986             </ul>
3987         </ul> <em>General</em>
3988         <ul>
3989           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3990             multiple alignments</li>
3991           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3992           <li>User configurable link to enable redirects to a
3993             www.Jalview.org mirror</li>
3994           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3995           <li>Configurable newline string when writing alignment
3996             and other flat files</li>
3997           <li>Allow alignment annotation description lines to
3998             contain html tags</li>
3999         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4000         <ul>
4001           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4002             examples</li>
4003           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4004             using a web service before displaying the result in the
4005             Jalview desktop</li>
4006           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4007           <li>Ant target to publish example html files with applet
4008             archive</li>
4009           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4010           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4011         </ul></td>
4012       <td><em>Application</em>
4013         <ul>
4014           <li>User defined colourscheme throws exception when
4015             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4016           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4017             dialog for valid filename/format</li>
4018           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4019           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4020             P37173</li>
4021           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4022             which sequence is to be associated with the file</li>
4023           <li>Find All raises null pointer exception when query
4024             only matches sequence IDs</li>
4025           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4026           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4027             2.4 cannot be loaded</li>
4028           <li>Filetype associations not installed for webstart
4029             launch</li>
4030           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4031             with sequences in different alignments do not get coloured
4032             by their associated sequence</li>
4033           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4034             not preserved when project is loaded</li>
4035           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4036             stored in Jalview project</li>
4037           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4038             Jalview project</li>
4039           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4040           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4041             by conservation</li>
4042           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4043             created on new view</li>
4044           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4045             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4046           <li>Alignment quality not updated after alignment
4047             annotation row is hidden then shown</li>
4048           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4049             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4050           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4051             properly</li>
4052           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4053             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4054           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4055           <li>Structures imported from file and saved in project
4056             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4057           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4058             job execution in full once it is complete</li>
4059         </ul> <em>Applet</em>
4060         <ul>
4061           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4062             annotation rows are displayed</li>
4063           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4064             codebase</li>
4065           <li>View follows highlighting does not work for positions
4066             in sequences</li>
4067           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4068           <li>Export features raises exception when no features
4069             exist</li>
4070           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4071             for javascript api is modified when separator string
4072             provided as parameter</li>
4073           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4074             alignment with no existing selection</li>
4075           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4076             to applet&#39;s codebase</li>
4077           <li>Status bar not updated after finished searching and
4078             search wraps around to first result</li>
4079           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4080             several Jalview applets causes race conditions and memory
4081             leaks</li>
4082           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4083             not sent from Jmol in applet</li>
4084           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4085             applet API fatally hang browser</li>
4086         </ul> <em>General</em>
4087         <ul>
4088           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4089             position with wrapped view and hidden regions</li>
4090           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4091             with/without hidden columns</li>
4092           <li>Sequence length given in alignment properties window
4093             is off by 1</li>
4094           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4095             import PDB like structure files</li>
4096           <li>Positional search results are only highlighted
4097             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4098           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4099           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4100             given sequence position</li>
4101           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4102             output</li>
4103           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4104             from nucleotide chains correctly</li>
4105           <li>Structure colours not updated when tree partition
4106             changed in alignment</li>
4107           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4108             parsed in interleaved stockholm</li>
4109           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4110             state</li>
4111           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4112             properly</li>
4113           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4114             properly associated with their pdb files</li>
4115         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4116         <ul>
4117           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4118             ApplyCopyright tool</li>
4119         </ul></td>
4120     </tr>
4121     <tr>
4122       <td>
4123         <div align="center">
4124           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4125         </div>
4126       </td>
4127       <td><em>Application</em>
4128         <ul>
4129           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4130             contact web services</li>
4131           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4132             service job window</li>
4133           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4134         </ul></td>
4135       <td>
4136         <ul>
4137           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4138             pir file emitted by Jalview</li>
4139           <li>Existing feature settings transferred to new
4140             alignment view created from cut'n'paste</li>
4141           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4142             parsing PDB files</li>
4143           <li>Consensus and conservation annotation rows
4144             occasionally become blank for all new windows</li>
4145           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4146             in wrapped view mode</li>
4147         </ul> <em>Application</em>
4148         <ul>
4149           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4150             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4151           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4152             parameter names</li>
4153           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4154             is down</li>
4155         </ul>
4156       </td>
4157     </tr>
4158     <tr>
4159       <td>
4160         <div align="center">
4161           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4162         </div>
4163       </td>
4164       <td><em>Application</em>
4165         <ul>
4166           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4167             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4168             (JABAWS)
4169           </li>
4170           <li>Web Services preference tab</li>
4171           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4172             preferences</li>
4173           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4174           <li>Superpose structures using associated sequence
4175             alignment</li>
4176           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4177             viewer</li>
4178         </ul> <em>Applet</em>
4179         <ul>
4180           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4181             link out mechanism</li>
4182         </ul> <em>Other</em>
4183         <ul>
4184           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4185             series 12</li>
4186           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4187             require Java 1.5</li>
4188           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4189             sequence annotation files</li>
4190           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4191             type colour specification</li>
4192           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4193             script to check if it being run in an interactive session or
4194             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4195         </ul></td>
4196       <td>
4197         <ul>
4198           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4199             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4200         </ul> <em>Application</em>
4201         <ul>
4202           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4203             selected Regions menu item</li>
4204           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4205             part of a valid accession ID</li>
4206           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4207             runs out of memory</li>
4208           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4209             analysis results</li>
4210           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4211             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4212           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4213         </ul> <em>Applet</em>
4214         <ul>
4215           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4216             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4217             defined.</li>
4218         </ul>
4219       </td>
4220     </tr>
4221     <tr>
4222       <td>
4223         <div align="center">
4224           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4225         </div>
4226       </td>
4227       <td></td>
4228       <td>
4229         <ul>
4230           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4231             sequence IDs</li>
4232           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4233             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4234           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4235             import correctly</li>
4236           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4237             number of columns are hidden</li>
4238           <li>annotation label popup menu not providing correct
4239             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4240             present</li>
4241           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4242             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4243           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4244             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4245
4246         </ul> <em>Applet</em>
4247         <ul>
4248           <li>annotation panel disappears when annotation is
4249             hidden/removed</li>
4250         </ul> <em>Application</em>
4251         <ul>
4252           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4253             alignment opened where annotation panel is visible but no
4254             annotations are present on alignment</li>
4255           <li>pasted region containing hidden columns is
4256             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4257           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4258             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4259           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4260             selected Rregions menu item.</li>
4261           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4262             'Un' or 'Non'conserved</li>
4263           <li>Sequence feature settings are being shared by
4264             multiple distinct alignments</li>
4265           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4266             changed</li>
4267           <li>double click on group annotation to select sequences
4268             does not propagate to associated trees</li>
4269           <li>Mac OSX specific issues:
4270             <ul>
4271               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4272                 window background</li>
4273               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4274                 name set correctly</li>
4275               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4276                 save feature colourscheme button</li>
4277             </ul>
4278           </li>
4279         </ul>
4280       </td>
4281     </tr>
4282     <tr>
4283
4284       <td>
4285         <div align="center">
4286           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4287         </div>
4288       </td>
4289       <td><em>New Capabilities</em>
4290         <ul>
4291           <li>URL links generated from description line for
4292             regular-expression based URL links (applet and application)
4293
4294           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4295             menu</li>
4296           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4297             structures</li>
4298           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4299             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4300           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4301             average score or total feature count for each sequence.</li>
4302           <li>Shading features by score or associated description</li>
4303           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4304             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4305           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4306             hide everything but the currently selected region.</li>
4307           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4308         </ul> <em>Application</em>
4309         <ul>
4310           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4311             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4312           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4313             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4314           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4315             database references and protein_name is parsed as
4316             description line (BioSapiens terms).</li>
4317           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4318             references in sequence ID tooltip from View menu in
4319             application.</li>
4320           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4321       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4322           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4323             conservation plots</li>
4324           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4325             and visualized as sequence logos</li>
4326           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4327             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4328           </li>
4329           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4330             when a new tree is opened.</li>
4331           <li>Jalview Java Console</li>
4332           <li>Better placement of desktop window when moving
4333             between different screens.</li>
4334           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4335             consensus annotation</li>
4336           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4337             Workflows</li>
4338           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4339             <ul>
4340               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4341                 used to preserve views, structures, and tree display
4342                 settings)</li>
4343               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4344                 command line</li>
4345               <li>Sharing of selected regions between views and
4346                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4347               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4348             </ul></li>
4349         </ul> <em>Applet</em>
4350         <ul>
4351           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4352           <li>New Parameters
4353             <ul>
4354               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4355                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4356                 opened.</li>
4357               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4358                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4359               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4360                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4361               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4362                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4363                 view</li>
4364               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4365                 increase the height or width of a cell in the alignment
4366                 grid relative to the current font size.</li>
4367             </ul>
4368           </li>
4369           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4370             tooltip</li>
4371         </ul> <em>Other</em>
4372         <ul>
4373           <li>Features format: graduated colour definitions and
4374             specification of feature scores</li>
4375           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4376             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4377             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4378           <li>XML formats extended to support graduated feature
4379             colourschemes, group associated annotation, and profile
4380             visualization settings.</li></td>
4381       <td>
4382         <ul>
4383           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4384             rather than description</li>
4385           <li>Non-positional features are now included in sequence
4386             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4387             visibility in tooltip).</li>
4388           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4389           <li>Added URL embedding instructions to features file
4390             documentation.</li>
4391           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4392             'X' in peptide product</li>
4393           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4394             sequence ID and sequence string and query strings do not
4395             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4396           <li>AMSA files only contain first column of
4397             multi-character column annotation labels</li>
4398           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4399             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4400             exported and re-imported)</li>
4401           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4402             name</li>
4403           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4404             as subsequence matches, and correctly reports total number
4405             of both.</li>
4406           <li>Application:
4407             <ul>
4408               <li>Better handling of exceptions during sequence
4409                 retrieval</li>
4410               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4411                 link text excludes the start_end suffix</li>
4412               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4413                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4414               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4415               <li>Sequence description lines properly shared via
4416                 VAMSAS</li>
4417               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4418                 data sources</li>
4419               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4420                 completes before alignment figures are generated.</li>
4421               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4422                 first time.</li>
4423               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4424                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4425               <li>User defined group colours properly recovered
4426                 from Jalview projects.</li>
4427             </ul>
4428           </li>
4429         </ul>
4430       </td>
4431
4432     </tr>
4433     <tr>
4434       <td>
4435         <div align="center">
4436           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4437         </div>
4438       </td>
4439       <td>
4440         <ul>
4441           <li>Experimental support for google analytics usage
4442             tracking.</li>
4443           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4444         </ul>
4445       </td>
4446       <td>
4447         <ul>
4448           <li>Race condition in applet preventing startup in
4449             jre1.6.0u12+.</li>
4450           <li>Exception when feature created from selection beyond
4451             length of sequence.</li>
4452           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4453           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4454             all sequences with a given id</li>
4455           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4456             ID string searches</li>
4457           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4458             alignment to fail with exception</li>
4459         </ul> <em>Application Issues</em>
4460         <ul>
4461           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4462           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4463             data sources</li>
4464         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4465         <ul>
4466           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4467             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4468           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4469             version (java class versioning error fixed)</li>
4470         </ul>
4471       </td>
4472     </tr>
4473     <tr>
4474       <td>
4475
4476         <div align="center">
4477           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4478         </div>
4479       </td>
4480       <td><em>User Interface</em>
4481         <ul>
4482           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4483             translation and protein products</li>
4484           <li>Linked highlighting of structure associated with
4485             residue mapping to codon position</li>
4486           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4487             and 'clear' button</li>
4488           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4489             Tools menu</li>
4490           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4491             numeric data in description line</li>
4492           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4493           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4494             of sequence</li>
4495         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4496         <ul>
4497           <li>JPred3 web service</li>
4498           <li>Prototype sequence search client (no public services
4499             available yet)</li>
4500           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4501             PFAM</li>
4502           <li>URL Links created for matching database cross
4503             references as well as sequence ID</li>
4504           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4505         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4506         <ul>
4507           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4508             databases</li>
4509           <li>Generalised database reference retrieval and
4510             validation to all fetchable databases</li>
4511           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4512             sequence command</li>
4513         </ul> <em>Import and Export</em>
4514         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4515         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4516           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4517         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4518           File</li>
4519         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4520           triplet as name of colourscheme</li>
4521         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4522         <ul>
4523           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4524           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4525             alignments (experimental)</li>
4526           <li>Create new or select existing session to join</li>
4527           <li>load and save of vamsas documents</li>
4528         </ul> <em>Application command line</em>
4529         <ul>
4530           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4531             from applet)</li>
4532           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4533             of DAS servers to query for alignment features</li>
4534           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4535             that are also automatically queried for features</li>
4536           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4537             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4538         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4539         <ul>
4540           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4541             application (when using &quot;View in full
4542             application&quot;)</li>
4543         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4544         <ul>
4545           <li>feature group display control parameter</li>
4546           <li>debug parameter</li>
4547           <li>showbutton parameter</li>
4548         </ul> <em>Applet API methods</em>
4549         <ul>
4550           <li>newView public method</li>
4551           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4552           <li>Feature display control methods</li>
4553           <li>get list of currently selected sequences</li>
4554         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4555         <ul>
4556           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4557           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4558             Jalview release.</li>
4559           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4560             property controls execution of obfuscator</li>
4561           <li>Build target for generating source distribution</li>
4562           <li>Debug flag for javacc</li>
4563           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4564             jalview.bin.Cache</li>
4565           <li>Continuous Build Integration for stable and
4566             development version of Application, Applet and source
4567             distribution</li>
4568         </ul></td>
4569       <td>
4570         <ul>
4571           <li>selected region output includes visible annotations
4572             (for certain formats)</li>
4573           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4574             for editing</li>
4575           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4576           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4577           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4578           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4579             comments</li>
4580           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4581             filenames containing a ':'</li>
4582           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4583             global sequence features</li>
4584           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4585             references from alignment sequences goes to zero</li>
4586           <li>Close of tree branch colour box without colour
4587             selection causes cascading exceptions</li>
4588           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4589           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4590             file parsing fails.</li>
4591           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4592           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4593             not a valid output format</li>
4594           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4595             vamsas</li>
4596           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4597           <li>error messages passed up and output when data read
4598             fails</li>
4599           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4600             sequence is edited</li>
4601           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4602             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4603           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4604             filetype</li>
4605           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4606             import fixed for PFAM records</li>
4607           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4608             window list</li>
4609           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4610             can be read and written correctly to annotation file</li>
4611           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4612             correctly</li>
4613           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4614             non-italic font for representatives in Applet</li>
4615           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4616             Macs.</li>
4617           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4618             Applet)</li>
4619           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4620             due to null pointer exceptions</li>
4621           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4622             first column of alignment</li>
4623           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4624             July 2008</li>
4625           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4626             file is case-insensitive</li>
4627           <li>Sequence features read from Features file appended to
4628             all sequences with matching IDs</li>
4629           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4630             containing a sub-sequence</li>
4631           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4632           <li>feature and annotation file applet parameters
4633             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4634           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4635           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4636             splash-screen version check to complete</li>
4637           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4638             when passing them to the launchApp service</li>
4639           <li>display name and local features preserved in results
4640             retrieved from web service</li>
4641           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4642             sequence fetcher initialisation</li>
4643           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4644             dasobert DAS client</li>
4645           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4646             association</li>
4647           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4648             sequences
4649           </li>
4650         </ul>
4651       </td>
4652     </tr>
4653     <tr>
4654       <td>
4655         <div align="center">
4656           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4657         </div>
4658       </td>
4659       <td>
4660         <ul>
4661           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4662           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4663           <li>Slide sequences</li>
4664           <li>Edit sequence in place</li>
4665           <li>EMBL CDS features</li>
4666           <li>DAS Feature mapping</li>
4667           <li>Feature ordering</li>
4668           <li>Alignment Properties</li>
4669           <li>Annotation Scores</li>
4670           <li>Sort by scores</li>
4671           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4672         </ul>
4673       </td>
4674       <td>
4675         <ul>
4676           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4677           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4678           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4679           <li>Feature group display state in XML</li>
4680           <li>Feature ordering in XML</li>
4681           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4682           <li>Stockholm alignment properties</li>
4683           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4684           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4685           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4686           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4687         </ul>
4688       </td>
4689
4690     </tr>
4691     <tr>
4692       <td>
4693         <div align="center">
4694           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4695         </div>
4696       </td>
4697       <td>
4698         <ul>
4699           <li>Non standard characters can be read and displayed
4700           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4701             applet via textbox
4702           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4703             name &amp; description
4704           <li>Preference setting to display sequence name in
4705             italics
4706           <li>Annotation file format extended to allow
4707             Sequence_groups to be defined
4708           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4709             specified in preferences
4710           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4711             sequences
4712         </ul>
4713       </td>
4714       <td>
4715         <ul>
4716           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4717             installed
4718           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4719           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4720         </ul>
4721       </td>
4722     </tr>
4723     <tr>
4724       <td>
4725         <div align="center">
4726           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4727         </div>
4728       </td>
4729       <td>
4730         <ul>
4731           <li>Multiple views on alignment
4732           <li>Sequence feature editing
4733           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4734           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4735           <li>Background dependent text colour
4736           <li>Right align sequence ids
4737           <li>User-defined lower case residue colours
4738           <li>Format Menu
4739           <li>Select Menu
4740           <li>Menu item accelerator keys
4741           <li>Control-V pastes to current alignment
4742           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4743           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4744           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4745
4746           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4747         </ul>
4748       </td>
4749       <td>
4750         <ul>
4751           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4752           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4753             calculations
4754           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4755             edits
4756           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4757             of alignment)
4758           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4759
4760           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4761             display correctly
4762           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4763           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4764             analysis results
4765           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4766             &#8739;
4767           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4768           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4769           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4770
4771         </ul>
4772       </td>
4773     </tr>
4774     <tr>
4775       <td>
4776         <div align="center">
4777           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4778         </div>
4779       </td>
4780       <td>
4781         <ul>
4782           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4783         </ul>
4784       </td>
4785       <td>
4786         <ul>
4787           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4788             sequence id panel has been resized</li>
4789           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4790             rendered</li>
4791           <li>Annotation files with sequence references - all
4792             elements in file are relative to sequence position</li>
4793           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4794         </ul>
4795       </td>
4796     </tr>
4797     <tr>
4798       <td>
4799         <div align="center">
4800           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4801         </div>
4802       </td>
4803       <td>
4804         <ul>
4805           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4806           <li>DAS Feature fetching</li>
4807           <li>Hide sequences and columns</li>
4808           <li>Export Annotations and Features</li>
4809           <li>GFF file reading / writing</li>
4810           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4811             files</li>
4812           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4813           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4814           <li>Applet can launch the full application</li>
4815           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4816             required)</li>
4817           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4818           <li>Applet can load sequences from parameter
4819             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4820           </li>
4821         </ul>
4822       </td>
4823       <td>
4824         <ul>
4825           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4826           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4827           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4828         </ul>
4829       </td>
4830     </tr>
4831     <tr>
4832       <td>
4833         <div align="center">
4834           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4835         </div>
4836       </td>
4837       <td>
4838         <ul>
4839           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4840           <li>Choose to match case when searching</li>
4841           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4842             expand the visible width and height of the alignment</li>
4843         </ul>
4844       </td>
4845       <td>
4846         <ul>
4847           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4848         </ul>
4849       </td>
4850     </tr>
4851     <tr>
4852       <td>
4853         <div align="center">
4854           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4855         </div>
4856       </td>
4857       <td>&nbsp;</td>
4858       <td>
4859         <ul>
4860           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4861           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4862             value</li>
4863         </ul>
4864       </td>
4865     </tr>
4866     <tr>
4867       <td>
4868         <div align="center">
4869           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4870         </div>
4871       </td>
4872       <td>
4873         <ul>
4874           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4875           <li>Keyboard editing</li>
4876           <li>Create sequence features from searches</li>
4877           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4878             alignments</li>
4879           <li>Features file allows grouping of features</li>
4880           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4881           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4882           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4883         </ul>
4884       </td>
4885       <td>
4886         <ul>
4887           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4888           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4889             descriptions saved.</li>
4890         </ul>
4891       </td>
4892     </tr>
4893     <tr>
4894       <td>
4895         <div align="center">
4896           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4897         </div>
4898       </td>
4899       <td>
4900         <ul>
4901           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4902           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4903           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4904             name for file output</li>
4905           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4906           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4907             used for HTML form input</li>
4908         </ul>
4909       </td>
4910       <td>
4911         <ul>
4912           <li>HTML output writes groups and features</li>
4913           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4914           <li>File IO bugs</li>
4915         </ul>
4916       </td>
4917     </tr>
4918     <tr>
4919       <td>
4920         <div align="center">
4921           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4922         </div>
4923       </td>
4924       <td>
4925         <ul>
4926           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4927           <li>More options for PCA viewer</li>
4928         </ul>
4929       </td>
4930       <td>
4931         <ul>
4932           <li>GUI bugs resolved</li>
4933           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4934         </ul>
4935       </td>
4936     </tr>
4937     <tr>
4938       <td height="63">
4939         <div align="center">
4940           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4941         </div>
4942       </td>
4943       <td>
4944         <ul>
4945           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4946           <li>Jar files are executable</li>
4947           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4948         </ul>
4949       </td>
4950       <td>
4951         <ul>
4952           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4953           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4954           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4955         </ul>
4956       </td>
4957     </tr>
4958     <tr>
4959       <td>
4960         <div align="center">
4961           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4962         </div>
4963       </td>
4964       <td>
4965         <ul>
4966           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4967         </ul>
4968       </td>
4969       <td>
4970         <ul>
4971           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4972         </ul>
4973       </td>
4974     </tr>
4975     <tr>
4976       <td>
4977         <div align="center">
4978           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4979         </div>
4980       </td>
4981       <td>
4982         <ul>
4983           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4984             size</li>
4985         </ul>
4986       </td>
4987       <td>
4988         <ul>
4989           <li>Improved JPred client reliability</li>
4990           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4991         </ul>
4992       </td>
4993     </tr>
4994     <tr>
4995       <td>
4996         <div align="center">
4997           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4998         </div>
4999       </td>
5000       <td>
5001         <ul>
5002           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5003           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5004           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5005             to Colour Menu</li>
5006           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5007           <li>Unix users can set default web browser</li>
5008           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5009           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5010         </ul>
5011       </td>
5012       <td>
5013         <ul>
5014           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5015         </ul>
5016       </td>
5017     </tr>
5018     <tr>
5019       <td>
5020         <div align="center">
5021           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5022         </div>
5023       </td>
5024       <td>&nbsp;</td>
5025       <td>
5026         <ul>
5027           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5028             alignment order.</li>
5029         </ul>
5030       </td>
5031     </tr>
5032     <tr>
5033       <td>
5034         <div align="center">
5035           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5036         </div>
5037       </td>
5038       <td>
5039         <ul>
5040           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5041           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5042           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5043             annotations.</li>
5044           <li>Version and build date written to build properties
5045             file.</li>
5046           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5047             at launch of Jalview.</li>
5048         </ul>
5049       </td>
5050       <td>
5051         <ul>
5052           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5053           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5054           <li>Can remove groups one by one.</li>
5055           <li>Filechooser icons installed.</li>
5056           <li>Finder ignores return character when searching.
5057             Return key will initiate a search.<br>
5058           </li>
5059         </ul>
5060       </td>
5061     </tr>
5062     <tr>
5063       <td>
5064         <div align="center">
5065           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5066         </div>
5067       </td>
5068       <td>
5069         <ul>
5070           <li>New codebase</li>
5071         </ul>
5072       </td>
5073       <td>&nbsp;</td>
5074     </tr>
5075   </table>
5076   <p>&nbsp;</p>
5077 </body>
5078 </html>