help/help/html/releases.html

   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27         /* remove bullets, narrower indent */
  28         list-style-type: none;
  29         margin: 0;
  30         padding-left: 10px;
  31         padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35         /* separate the items from eachother */
  36         margin-left: -3px;
  37         padding-bottom: 3px;
  38         padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42         /*   doesnt get processed in javahelp */
  43         content: '\00b7 ';
  44         padding: 3px;
  45         margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.2">.2</a><br />
  62           <em>19/04/2022</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3992 -->Minor documentation fixes
  67           </li>
  68         </ul>
  69       </td>
  70       <td align="left" valign="top">
  71         <ul>
  72           <li>
  73             <!-- JAL-3365 -->Secondary structure annotation from Pfam
  74             not displayed correctly
  75           </li>
  76           <li>
  77             <!-- JAL-3997 -->Null pointer exceptions when displaying
  78             annotation tooltips whilst in wrapped mode
  79           </li>
  80         </ul> <!--  <em>New Known Issues</em>-->
  81       </td>
  82     </tr>
  83     <tr>
  84       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  85           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.1">.1</a><br />
  86           <em>05/04/2022</em></strong></td>
  87       <td align="left" valign="top">
  88         <ul>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-3973 -->Distribution Tarball includes git commit
  91             and branch details
  92           </li>
  93         </ul>
  94       </td>
  95       <td align="left" valign="top">
  96         <ul>
  97           <li>
  98             <!-- JAL-3975 -->Keyboard mode (F2) stops working after
  99             using the "Create sequence feature" dialog
 100           </li>
 101           <li>
 102             <!-- JAL-3976 -->3D Structure chooser fails to select
 103             structures from 3D-beacons and pops up a 'null' dialog
 104           </li>
 105           <li>
 106             <!-- JAL-3985 -->PDB FTS query results in error dialog
 107             containing '414' [URL too long]
 108           </li>
 109           <li>
 110           <!-- JAL-3980 JAL-3981 -->Sequence ID tooltip not shown during
 111             long running retrieval/crossref operations (affects at least
 112             2.11.1 onwards)
 113           </li>
 114           <li>
 115             <!-- JAL-3973 -->Cannot build Jalview 2.11.2.0 via gradle
 116             from its source tarball
 117           </li>
 118         </ul> <em>New Known Issues</em>
 119         <ul>
 120           <li>
 121             <!-- JAL-3984 -->Keyboard mode (F2) stops working after
 122             using the "Text Colour" dialog
 123           </li>
 124           <li>
 125             <!-- JAL-3873 -->Colour by->all views doesn't allow
 126             colouring same structure from different views (since
 127             2.11.2.0)
 128           </li>
 129           <li>
 130             <!-- JAL-3886 -->Pfam and Rfam alignment retrieval as
 131             gzipped stockholm doesn't work on JalviewJS build of 2.11.2
 132           </li>
 133           <li>
 134             <!-- JAL-3972 -->Java 11 Only: Jalview 2.11.2.0 OSX install
 135             not working due to VAqua requiring
 136             sun.awt.image.MultiResolutionImage
 137           </li>
 138           <li>
 139             <!-- JAL-3981 -->Sequence Details can take a long time to be
 140             displayed for heavily annotated sequences (all versions)
 141           </li>
 142         </ul>
 143       </td>
 144     </tr>
 145     <tr>
 146       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 147           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
 148           <em>10/03/2022</em></strong></td>
 149       <td align="left" valign="top">
 150         <ul>
 151           <li>
 152             <!-- JAL-3616 JAL-3551 JAL-2322 -->Support for viewing 3D
 153             structures with ChimeraX and Pymol in addition to Jmol and
 154             Chimera.
 155           </li>
 156           <li>
 157             <!-- JAL-3829 -->Discover 3D structure data for sequences
 158             with Uniprot references via 3D-Beacons
 159           </li>
 160           <li>
 161             <!-- JAL-3391 -->Rank and select available structures for
 162             Uniprot sequences according to number of residues in
 163             structure mapped to positions involved in the alignment
 164           </li>
 165           <li>
 166             <!-- JAL-2226 -->Structure annotation rows for all mapped
 167             chains in 3D structures are included in the 'Reference
 168             Annotation' for a sequence
 169           </li>
 170           <li>
 171             <!-- JAL-1260 -->Import Genbank and EMBL format flatfiles
 172           </li>
 173           <li>
 174             <!-- JAL-3821 -->ENA record's mol_type honoured so RNA
 175             molecules imported from ENA records are shown as RNA
 176           <li>
 177             <!-- JAL-3863 -->Support for Canonical Uniprot IDs
 178           </li>
 179           <li>
 180             <!-- JAL-3503 -->New Preferences tab for adjusting Jalview's
 181             memory settings at launch
 182           </li>
 183           <li>
 184             <!-- JAL-3881 -->Sequence IDs split on '_' as well as other
 185             non-alphanumerics when discovering database references with
 186             'Fetch DB Refs'
 187           </li>
 188           <li>
 189             <!-- JAL-3884 -->Suppressed harmless exceptions output to
 190             Console whilst discovering database references for a
 191             sequence
 192           </li>
 193           <li>
 194             <!-- JAL-3204 -->Updated Jalview bindings for Uniprot XML
 195             schema
 196           </li>
 197           <li>
 198             <!-- JAL-3926 -->Uniprot and PDBe autosearch option is
 199             disabled by default
 200           </li>
 201           <li>
 202             <!-- JAL-3144 -->Reverted to Jalview 'classic' drop-down
 203             menu for selecting which database to fetch from in sequence
 204             fetcher dialog.
 205           </li>
 206           <li>
 207             <!-- JAL-3018 -->Updated Ensembl REST Client compatibility
 208             to 15.2 and revised model organism names (rat, xenopus,
 209             dmelanogaster now rattus_norvegicus, xenopus_tropicalis,
 210             drosophila_melanogaster)
 211           </li>
 212           <li>
 213             <!-- JAL-3530 -->-nowebservicediscovery command line
 214             argument to prevent automatic discovery of analysis
 215             webservices on launch
 216           </li>
 217           <li>
 218             <!-- JAL-3618 -->Allow 'App' directories to be opened when
 219             locating Chimera, ChimeraX or Pymol binaries via filechooser
 220             opened by double clicking the Structure Preferences' path
 221             textbox
 222           </li>
 223           <li>
 224             <!-- JAL-3632 JAL-3633 -->support for HTTP/S access via
 225             proxies that require authentication
 226           </li>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-3103 -->New mechanism for opening URLs with system
 229             default browser (works on OSX and Linux as well as Windows)
 230           </li>
 231           <li>
 232             <!-- JAL-3871 JAL-3874 -->Upgraded bundled version of Jmol
 233             to 14.31.53
 234           </li>
 235           <li>
 236             <!-- JAL-3837 -->GPL license info on splash screen and About
 237             text
 238           </li>
 239         </ul> <em>Jalview Native App</em>
 240         <ul>
 241           <li>
 242             <!-- JAL-3830 -->New command line launcher scripts (.sh,
 243             .ps1, .bat) usable on macOS, Linux/Unix, Windows and
 244             documentation in Help. Installer wizard has option to add
 245             this to PATH, or link to it in your PATH.<br /> <em>This
 246               is the recommended workaround for known issue about
 247               working directory preservation when running native
 248               application from command line. <!-- JAL-3523 -->
 249           </em>
 250           </li>
 251           <li>Notarized MacOS installer for compliance with latest
 252             OSX releases (Monterey)</li>
 253           <li>
 254             <!-- JAL-3805 -->Uninstaller application for old
 255             (InstallAnywhere based) Jalview installations removed from
 256             the OSX disk image
 257           </li>
 258           <li>
 259             <!-- JAL-3608 -->Options to allow user to choose the (Swing)
 260             Look and Feel (LaF) used by Jalview
 261           </li>
 262           <li>
 263             <!-- JAL-3552, JAL-3609 -->Metal LaF used to improved
 264             operation on Linux Ubuntu with HiDPI display in Java 11
 265             (still known issues with HiDPI screens in java 8 and 11. see
 266             <a href="https://issues.jalview.org/browse/JAL-3137">JAL-3137</a>)
 267           </li>
 268           <li>
 269             <!-- JAL-3633 -->Getdown launcher inherits HTTP/S proxy
 270             configuration from jalview_properties
 271           </li>
 272           <li>
 273             <!-- JAL- -->New Jalview Develop app - making it even easier
 274             to get at Jalview's development builds
 275           </li>
 276           <li>
 277             <!-- JAL-3594 -->New splashscreens for Jalview, Jalview Test
 278             and Jalview Develop applications.
 279           </li>
 280           <li>
 281             <!-- JAL-3728 -->Jalview logos shown for Jalview Java
 282             Console and other window widgets in taskbar and dock rather
 283             than anonymous 'Java' icons
 284           </li>
 285         </ul> <em>JalviewJS</em>
 286         <ul>
 287           <li>
 288             <!-- JAL-3624 -->PDB structures mapped to Uniprot Sequences
 289             with SIFTS
 290           </li>
 291           <li>
 292             <!-- JAL-3208 -->setprop commandline argument reinstated for
 293             JalviewJS only
 294           </li>
 295           <li>
 296             <!-- JAL-3163 -->Missing message bundle keys are only
 297             reported once per key (avoids excessive log output in js
 298             console)
 299           </li>
 300           <li>
 301             <!-- JAL-3168 -->Feature type is included in the title of
 302             the Feature Settings' Colour Chooser dialog
 303           </li>
 304           <li>
 305             <!-- JAL-3279 -->Build details reported in About window
 306           </li>
 307           <li>
 308             <!-- JAL-3038 JAL-3071 JAL-3263 JAL-3084 -->Numerous minor
 309             GUI additions and improvements in sync with Java
 310             application.
 311           </li>
 312         </ul> <em>Development</em>
 313         <ul>
 314           <li>
 315             <!--   -->First integrated JalviewJS and Jalview release
 316           </li>
 317           <li>
 318             <!-- JAL-3841,JAL-3248 -->Updated README and doc/building.md
 319           </li>
 320           <li>
 321             <!-- JAL-3789, JAL-3679 -->Improved JalviewJS/Jalview build
 322             process, added support for system package provided eclipse
 323             installs on linux
 324           </li>
 325           <li>Install4j 9.0.x used for installer packaging</li>
 326           <li>
 327             <!-- JAL-3930 -->Improved use of installers for unattended
 328             installation with a customizedId of "JALVIEW" in install4j's
 329             Jalview Launcher
 330           </li>
 331           <li>
 332             <!-- JAL-3907 -->Improved compatibility of Jalview build
 333             with Java 17 (next LTS target)
 334           </li>
 335         </ul>
 336       </td>
 337       <td align="left" valign="top">
 338         <ul>
 339           <li>
 340             <!-- JAL-3674 -->Slow structure commands can block Jalview
 341             execution
 342           </li>
 343           <li>
 344             <!-- JAL-3904 -->Structure window's viewer-specific menu
 345             disappears when only one structure is shown (and many
 346             sequences:one chain mappings are present)
 347           </li>
 348           <li>
 349             <!-- JAL-3779 -->Annotation file: PROPERTIES apply only to
 350             the first SEQUENCE_GROUP defined
 351           </li>
 352
 353           <li>
 354             <!-- JAL-3700,JAL-3751,JAL-3763, JAL-3725 -->Selections not
 355             propagated between Linked CDS - Protein alignments and their
 356             trees (known defect from 2.11.1.3)
 357           </li>
 358           <li>
 359             <!-- JAL-3761  -->Not all codon positions highlighted for
 360             overlapping exon splice sites (e.g due to RNA slippage)
 361           </li>
 362           <li>
 363             <!-- JAL-3794 -->X was not being recognised as the unknown
 364             base in DNA sequences
 365           </li>
 366           <li>
 367             <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from
 368             Structure Preferences
 369           </li>
 370           <li>
 371             <!--  JAL-3583 -->Tooltip behaviour improved (slightly)
 372           </li>
 373           <li>
 374             <!-- JAL-3162 -->Can edit a feature so that start &gt; end
 375           </li>
 376           <li>
 377             <!-- JAL-2848 -->Cancel from Amend Features doesn't reset a
 378             modified graduated colour
 379           </li>
 380           <li>
 381             <!-- JAL-3788 -->New View with automatic 'Show Overview'
 382             preference enabled results in Null Pointer Exceptions when
 383             clustal colouring is enabled
 384           </li>
 385           <li>
 386             <!-- JAL-3275 -->Can open multiple Preferences panels
 387           </li>
 388           <li>
 389             <!-- JAL-3633 -->Properly configure HTTPS proxy settings
 390             from Preferences
 391           </li>
 392           <li>
 393             <!-- JAL-3949 -->Standard out logging broken: messages only
 394             routing to stderr and appear as a raw template
 395           </li>
 396           <li>
 397             <!-- JAL-3739 -->Entering web service parameter values in
 398             numerical field doesn't update the value of the parameter
 399             until return is pressed.
 400           </li>
 401           <li>
 402             <!-- JAL-3749 -->Resolved known issue (from 2.11.1.1)
 403             concerning duplicate CDS sequences generated when protein
 404             products for certain ENA records are repeatedly shown via
 405             Calculate-&gt;Show Cross Refs
 406           </li>
 407         </ul> <em>JalviewJS</em>
 408         <ul>
 409           <li>
 410             <!-- JAL-3202 -->Consensus profile may include zero (rounded
 411             down) percentage values causing a divide by zero
 412           </li>
 413           <li>
 414             <!-- JAL-3762 -->JalviewJS doesn't honour arguments passed
 415             via Info.args when there are arguments on the URL
 416           </li>
 417           <li>
 418             <!-- JAL-3602 -->gradle closure-compiler not using UTF-8
 419           </li>
 420           <li>
 421             <!-- JAL-3603 -->Annotation file fails to load from URL in
 422             JalviewJS
 423           </li>
 424         </ul> <em>Development</em>
 425         <ul>
 426           <li>Gradle
 427             <ul>
 428               <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 429               <li>
 430                 <!--  JAL-3745 -->Updated build.gradle for use with
 431                 Gradle v.6.6+
 432               </li>
 433             </ul>
 434           </li>
 435
 436         </ul> <em>Known Issues</em>
 437         <ul>
 438           <li>
 439             <!-- JAL-3764 -->Display of RESNUM sequence features are not
 440             suppressed when structures associated with a sequence are
 441             viewed with an external viewer (Regression from 2.11.1
 442             series)
 443           </li>
 444         </ul>
 445       </td>
 446     </tr>
 447     <tr>
 448       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 449           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
 450           <em>18/01/2022</em></strong></td>
 451       <td></td>
 452       <td align="left" valign="top">
 453         <ul>
 454           <li>
 455             <!-- JAL-3703, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
 456             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
 457             Unix/BSD OSs)
 458           </li>
 459         </ul> <em>Security</em>
 460         <ul>
 461           <li>
 462             <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate
 463             certificates.
 464           </li>
 465         </ul>
 466     </tr>
 467     <tr>
 468       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 469           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
 470           <em>6/01/2022</em></strong></td>
 471
 472       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 473         <ul>
 474           <li>
 475             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j
 476             2.16.0 to 2.17.0.
 477           </li>
 478         </ul></td>
 479       <td></td>
 480     </tr>
 481     <tr>
 482       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 483           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
 484           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 485
 486       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 487         <ul>
 488           <li>
 489             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 490             (was log4j 1.2.x).
 491         </ul> <em>Development</em>
 492         <ul>
 493           <li>Updated building instructions</li>
 494         </ul></td>
 495       <td>
 496         <ul>
 497           <li>
 498             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 499             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 500             and display)
 501           </li>
 502           <li>
 503             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 504             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 505             only)
 506           </li>
 507         </ul> <em>Development</em>
 508         <ul>
 509           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 510         </ul>
 511       </td>
 512     </tr>
 513     <tr>
 514       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 515           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 516           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 517       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 518           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 519         <ul>
 520           <li>
 521             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 522             launch of the news browser (like -nonews argument)
 523           </li>
 524           <li>
 525             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 526             download of linkout URLs from
 527             www.jalview.org/services/identifiers
 528           </li>
 529           <li>
 530             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 531             download of BIOJSHTML templates
 532           </li>
 533           <li>
 534             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 535             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 536             disabled
 537           </li>
 538         </ul></td>
 539       <td align="left" valign="top">
 540         <ul>
 541           <li>
 542             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 543             Jmol
 544           </li>
 545         </ul> <em>New Known defects</em>
 546         <ul>
 547           <li>
 548             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 549             always restored from project (since 2.10.3)
 550           </li>
 551           <li>
 552             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 553             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 554           </li>
 555         </ul>
 556       </td>
 557     </tr>
 558     <tr>
 559       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 560           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 561           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 562       <td align="left" valign="top">
 563         <ul>
 564
 565         </ul>
 566       </td>
 567       <td align="left" valign="top">
 568         <ul>
 569           <li>
 570             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 571             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 572           </li>
 573           <li>
 574             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 575             sequences can be classed as nucleotide
 576           </li>
 577           <li>
 578             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 579             sequences after alignment of protein products (known defect
 580             first reported for 2.11.1.0)
 581           </li>
 582           <li>
 583             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 584             features outwith CDS shown overlaid on protein
 585           </li>
 586           <li>
 587             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 588             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 589             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 590           </li>
 591           <li>
 592             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 593             CDS features
 594           </li>
 595           <li>
 596             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 597             always select corresponding protein sequences
 598           </li>
 599           <li>
 600             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 601             column selection doesn't always ignore hidden columns
 602           </li>
 603         </ul> <em>Installer</em>
 604         <ul>
 605           <li>
 606             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 607             Windows prevents install4j launching getdown
 608           </li>
 609         </ul> <em>Development</em>
 610         <ul>
 611           <li>
 612             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 613             version numbers in doc/building.md
 614           </li>
 615         </ul>
 616       </td>
 617     </tr>
 618     <tr>
 619       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 620           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 621           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 622       <td align="left" valign="top">
 623         <ul>
 624         </ul>
 625       </td>
 626       <td align="left" valign="top">
 627         <ul>
 628           <li>
 629             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 630             "Encountered problems opening
 631             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 632           </li>
 633         </ul>
 634       </td>
 635     </tr>
 636     <tr>
 637       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 638           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 639           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 640       <td align="left" valign="top">
 641         <ul>
 642           <li>
 643             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 644             residue in cursor mode
 645           </li>
 646           <li>
 647             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 648             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 649           </li>
 650           <li>
 651             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 652             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 653             improved compatibility with JalviewJS
 654           </li>
 655           <li>
 656             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 657             alignments from Pfam and Rfam
 658           </li>
 659           <li>
 660             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 661             import (no longer based on .gz extension)
 662           </li>
 663           <li>
 664             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 665           </li>
 666           <li>
 667             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 668             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 669             EMBL flat file
 670           </li>
 671           <li>
 672             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 673             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 674             saving or making backup files.
 675           </li>
 676           <li>
 677             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 678             <ul>
 679               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 680               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 681             </ul>
 682           </li>
 683           <li>
 684             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 685             when running on Linux (Requires Java 11+)
 686           </li>
 687           <li>
 688             <!-- JAL-1842 JAL-3509 -->RESNUM sequence features (the
 689             green ones) are not automatically displayed when associated
 690             structures are displayed or for sequences retrieved from the
 691             PDB.
 692           </li>
 693         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 694         <ul>
 695           <li>
 696             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 697             through a system property
 698           </li>
 699           <li>
 700             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 701             line help for configuring Jalview's memory
 702           </li>
 703         </ul>
 704       </td>
 705       <td align="left" valign="top">
 706         <ul>
 707           <li>
 708             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 709             but not calculated and no protein or DNA score models are
 710             available for tree/PCA calculation when launched with
 711             Turkish language locale
 712           </li>
 713           <li>
 714             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 715             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 716           </li>
 717           <li>
 718             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 719             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 720           </li>
 721           <li>
 722             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 723             sequence under the cursor
 724           </li>
 725           <li>
 726             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 727             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 728           </li>
 729           <li>
 730             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 731             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 732             '%s'" on the console
 733           </li>
 734           <li>
 735             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 736             when there are both local and complementary features mapped
 737             to the position under the cursor
 738           </li>
 739           <li>
 740             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 741             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 742           </li>
 743           <li>
 744             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 745             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 746           </li>
 747           <li>
 748             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 749             internationalised text for some messages and log output
 750           </li>
 751           <li>
 752             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 753             hidden gapped columns
 754           </li>
 755           <li>
 756             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 757             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 758           </li>
 759           <li>
 760             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 761             specifying output format when exporting an alignment via the
 762             command line
 763           </li>
 764           <li>
 765             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 766             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 767             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 768             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 769             file again, and if that fails, delete the original file and
 770             save in place.)
 771           </li>
 772           <li>
 773             <!-- JAL-3509 -->Dragging a PDB file onto an alignment with
 774             sequence features displayed causes displayed features to be
 775             hidden.
 776           </li>
 777           <li>
 778             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 779             via command line
 780           </li>
 781           <li>
 782             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 783             program and documentation
 784           </li>
 785         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 786         <ul>
 787           <li>
 788             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 789             first time for a version that has different jars to the
 790             previous launched version.
 791           </li>
 792         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 793         <ul>
 794           <li>
 795             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 796             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 797             OutOfMemory error.
 798           </li>
 799           <li>
 800             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 801             monitor the release channel
 802           </li>
 803         </ul> <em>New Known defects</em>
 804         <ul>
 805           <li>
 806             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 807             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 808             proteins share a common transcript sequence (e.g. genome of
 809             RNA viruses)
 810           </li>
 811           <li>
 812             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and
 813             re-imported are ordered differently when shown on alignment
 814             and in tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 815           </li>
 816           <li>
 817             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 818             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 819             works for the top left quadrant of the alignment window
 820           </li>
 821           <li>
 822             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 823             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 824           </li>
 825           <li>
 826             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 827             when alignment view restored from project (since Jalview
 828             2.11.0)
 829           </li>
 830           <li>
 831             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 832             protein products for certain ENA records are repeatedly
 833             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 834           </li>
 835         </ul>
 836       </td>
 837     </tr>
 838     <tr>
 839       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 840           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 841           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 842       <td align="left" valign="top">
 843         <ul>
 844           <li>
 845             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 846             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 847             for display in alignments, on structure views (including
 848             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 849             export.
 850           </li>
 851           <li>
 852             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 853             exported and re-imported as GFF3 files
 854           </li>
 855           <li>
 856             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 857             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 858           </li>
 859           <li>
 860             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 861             validation while parsing
 862           </li>
 863           <li>
 864             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 865             position if reopened
 866           </li>
 867           <li>
 868             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 869             of associated view
 870           </li>
 871           <li>
 872             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 873             enabled by default
 874           </li>
 875           <li>
 876             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 877             tooltips and menus
 878           </li>
 879           <li>
 880             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 881             with no feature types visible
 882           </li>
 883           <li>
 884             <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature
 885             attributes with large integer values
 886           </li>
 887         </ul>
 888         <em>Jalview Installer</em>
 889         <ul>
 890           <li>
 891             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and
 892             installer template version reported in console (may be null
 893             when Jalview launched as executable jar or via conda)
 894           </li>
 895           <li>
 896             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and
 897             higher quality background images
 898           </li>
 899           <li>
 900             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher
 901             generated with install4j 8.0.4
 902           </li>
 903           <li>
 904             <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix
 905             Platforms
 906           </li>
 907           <li>
 908             <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory
 909             setting when running on large memory machines
 910           </li>
 911         </ul> <em>Release processes</em>
 912         <ul>
 913           <li>
 914             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 915           </li>
 916           <li>
 917             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier
 918             access to test-release channel builds
 919           </li>
 920         </ul> <em>Build System</em>
 921         <ul>
 922           <li>
 923             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 924           </li>
 925           <li>
 926             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 927             report
 928           </li>
 929         </ul> <em>Groovy Scripts</em>
 930         <ul>
 931           <li>
 932             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 933             to stdout containing the consensus sequence for each
 934             alignment in a Jalview session
 935           </li>
 936           <li>
 937             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 938             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 939             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 940           </li>
 941         </ul>
 942       </td>
 943       <td align="left" valign="top">
 944         <ul>
 945           <li>
 946             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 947             'Show hidden markers' option is not ticked
 948           </li>
 949           <li>
 950             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 951             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 952             jalview preferences or properties file
 953           </li>
 954           <li>
 955             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 956             'Show Sequence Features' option is not ticked
 957           </li>
 958           <li>
 959             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 960             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 961             features are visible
 962           </li>
 963           <li>
 964             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 965             equal when split frame is first opened
 966           </li>
 967           <li>
 968             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 969             correct after editing a sequence's start position
 970           </li>
 971           <li>
 972             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 973             with annotation and exceptions thrown when only a few
 974             columns shown in wrapped mode
 975           </li>
 976           <li>
 977             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 978             wrapped alignment figure with annotations
 979           </li>
 980           <li>
 981             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 982             ID fails with ClassCastException
 983           </li>
 984           <li>
 985             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 986             Project
 987           </li>
 988           <li>
 989             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 990             feature settings dialog also selects columns
 991           </li>
 992           <li>
 993             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 994             IllegalArgumentException in some circumstances
 995           </li>
 996           <li>
 997             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 998             opened for a view
 999           </li>
1000           <li>
1001             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
1002             alignment window is closed
1003           </li>
1004           <li>
1005             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
1006             help documentation for 2.11.0 release
1007           </li>
1008           <li>
1009             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
1010             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
1011             Uniprot Accession
1012           </li>
1013         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
1014         <ul>
1015           <li>
1016             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
1017             PDB/Uniprot search panel
1018           </li>
1019         </ul> <em>Installer</em>
1020         <ul>
1021           <li>
1022             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
1023             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
1024           </li>
1025         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
1026         <ul>
1027           <li>
1028             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
1029             repository
1030           </li>
1031           <li>
1032             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
1033             memory
1034           </li>
1035         </ul> <em>New Known Issues</em>
1036         <ul>
1037           <li>
1038             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
1039             preserved when Jalview.app launched with parameters from
1040             command line
1041           </li>
1042           <li>
1043             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
1044             clipped in headless figure export when Right Align option
1045             enabled
1046           </li>
1047           <li>
1048             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
1049             'Source' in console output
1050           </li>
1051           <li>
1052             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail
1053             on jalview's bamboo server but run fine locally.
1054           </li>
1055         </ul>
1056       </td>
1057     </tr>
1058     <tr>
1059       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
1060           name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br /> <em>04/07/2019</em></strong></td>
1061       <td align="left" valign="top">
1062         <ul>
1063           <li>
1064             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native
1065             Application and Installers built with <a
1066             href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a>
1067             (licensed to the Jalview open source project) rather than
1068             InstallAnywhere
1069           </li>
1070           <li>
1071             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure
1072             memory settings, receive over the air updates and launch
1073             specific versions via (<a
1074             href="https://github.com/threerings/getdown">Three
1075               Rings' GetDown</a>)
1076           </li>
1077           <li>
1078             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations
1079             for formats supported by Jalview (including .jvp project
1080             files)
1081           </li>
1082           <li>
1083             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command
1084             line arguments and switch between different getdown channels
1085           </li>
1086           <li>
1087             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview
1088             project or alignment files
1089           </li>
1090
1091           <li>
1092             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF
1093             data files
1094           </li>
1095           <li>
1096             <!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview
1097             updated to version 2.12.0
1098           </li>
1099           <li>
1100             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
1101             'Translate as cDNA'
1102           </li>
1103           <li>
1104             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0
1105           </li>
1106           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis
1107               of Sequence Features</strong>
1108             <ul>
1109               <li>
1110                 <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
1111                 implementation that allows updates) used for Sequence
1112                 Feature collections
1113               </li>
1114               <li>
1115                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
1116                 features can be filtered and shaded according to any
1117                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
1118                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
1119                 file)
1120               </li>
1121               <li>
1122                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
1123                 stored and restored from Jalview Projects
1124               </li>
1125               <li>
1126                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via
1127                 BioJava) to recognise variant features
1128               </li>
1129               <li>
1130                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants
1131                 on peptide sequences (also coloured red by default)
1132               </li>
1133               <li>
1134                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a
1135                 selected sequence feature's details
1136               </li>
1137               <li>
1138                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient
1139                 sequence feature render algorithm (Z-sort/transparency
1140                 and filter aware)
1141               </li>
1142               <li>
1143                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature
1144                 Settings dialog
1145               </li>
1146             </ul></li>
1147           <li>
1148             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster tree
1149             and PCA calculations
1150           </li>
1151           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
1152             <ul>
1153               <li>
1154                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis
1155                 results and Viewer state saved in Jalview Project
1156               </li>
1157               <li>
1158                 <!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from
1159                 viewer's drop-down menus
1160               </li>
1161               <li>
1162                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate
1163                 PCA image incrementally
1164               </li>
1165               <li>
1166                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
1167               </li>
1168             </ul></li>
1169           <li>
1170             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
1171           </li>
1172           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
1173             <ul>
1174               <li>
1175                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of
1176                 selections and multiple groups when working with large
1177                 alignments
1178               </li>
1179               <li>
1180                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when
1181                 parsing Stockholm files
1182               </li>
1183             </ul>
1184           <li><strong>User Interface</strong>
1185             <ul>
1186               <li>
1187                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in
1188                 each view
1189               </li>
1190               <li>
1191                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS
1192                 (What you see is what is shown)<br />Only visible
1193                 regions of alignment are shown by default (can be
1194                 changed in user preferences)
1195               </li>
1196               <li>
1197                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after
1198                 responding Cancel to the Overwrite Dialog
1199               </li>
1200               <li>
1201                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour
1202                 when all sequences are hidden
1203               </li>
1204               <li>
1205                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
1206                 selection region, and gap count when inserting or
1207                 deleting gaps
1208               </li>
1209               <li>
1210                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and
1211                 annotation labels
1212               </li>
1213               <li>
1214                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are
1215                 shown when in wrapped mode
1216               </li>
1217               <li>
1218                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging
1219                 left/right in a graph or histogram annotation
1220               </li>
1221               <li>
1222                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB
1223                 search panels
1224               </li>
1225               <li>
1226                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in
1227                 Overview panel
1228               </li>
1229               <li>
1230                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in
1231                 sequence id popup menu
1232               </li>
1233               <li>
1234                 <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position
1235                 not shown if no subgroups are created
1236               </li>
1237               <li>
1238                 <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of
1239                 search history by right-clicking search box
1240               </li>
1241
1242
1243             </ul></li>
1244           <li>
1245             <!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to
1246             Groovy v2.5
1247           </li>
1248           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general
1249               release)</strong>
1250             <ul>
1251               <li>
1252                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About'
1253                 entry and trapping CMD-Q
1254               </li>
1255             </ul></li>
1256         </ul> <em>Deprecations</em>
1257         <ul>
1258           <li>
1259             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
1260             capabilities removed from the Jalview Desktop
1261           </li>
1262           <li>
1263             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling
1264             and unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview
1265             projects and XML based data retrieval clients
1266           </li>
1267           <li>
1268             <!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for
1269             removal
1270           </li>
1271           <li>
1272             <!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web
1273             Start
1274           </li>
1275         </ul> <em>Documentation</em>
1276         <ul>
1277           <li>
1278             <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering
1279             effects not supported in EPS figure export
1280           </li>
1281           <li>
1282             <!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences
1283             dialog
1284           </li>
1285         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
1286         <ul>
1287           <li>
1288             <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated
1289             from Ant to Gradle
1290           </li>
1291           <li>
1292             <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated
1293             keys in Message bundles
1294           </li>
1295           <li>
1296             <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
1297             gradle-eclipse
1298           </li>
1299           <li>
1300             <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian Bamboo
1301             continuous integration for unattended Test Suite execution
1302           </li>
1303           <li>
1304             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
1305             operations
1306           </li>
1307           <li>
1308             <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
1309             issues resolved
1310           </li>
1311           <li>
1312             <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
1313             markdown (with HTML rendering)
1314           </li>
1315           <li>
1316             <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
1317           </li>
1318           <li>
1319             <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
1320             versions of Jalview
1321           </li>
1322         </ul>
1323       </td>
1324       <td align="left" valign="top">
1325         <ul>
1326           <li>
1327             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
1328           </li>
1329           <li>
1330             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
1331             superposition in Jmol fail on Windows
1332           </li>
1333           <li>
1334             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when
1335             discovering structures for sequences with lots of PDB
1336             structures
1337           </li>
1338           <li>
1339             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export
1340             with monospaced font
1341           </li>
1342           <li>
1343             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
1344             Jalview project involving multiple views
1345           </li>
1346           <li>
1347             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
1348             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
1349             Annotation dialog hides columns
1350           </li>
1351           <li>
1352             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
1353             a CDS/Protein alignment stops working after making a
1354             selection in one view, then making another selection in the
1355             other view
1356           </li>
1357           <li>
1358             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
1359             columns
1360           </li>
1361           <li>
1362             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
1363             Feature Settings and Jalview Preferences panels
1364           </li>
1365           <li>
1366             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or
1367             redrawing the overview with large alignments
1368           </li>
1369           <li>
1370             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
1371             region if columns were selected by dragging right-to-left
1372             and the mouse moved to the left of the first column
1373           </li>
1374           <li>
1375             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to
1376             a hidden column marker via scale popup menu
1377           </li>
1378           <li>
1379             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
1380             URLs doesn't tell users the invalid URL
1381           </li>
1382           <li>
1383             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
1384             score from view
1385           </li>
1386           <li>
1387             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl
1388             during show cross references or Fetch Database References
1389             are shown in red in original view
1390           </li>
1391           <li>
1392             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown
1393             correctly on peptide sequence (computed variant shown as
1394             p.Res.null)
1395           </li>
1396           <li>
1397             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
1398             manually created features (where feature score is Float.NaN)
1399           </li>
1400           <li>
1401             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
1402             printed when columns are hidden
1403           </li>
1404           <li>
1405             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
1406             Columns by Annotation description
1407           </li>
1408           <li>
1409             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
1410             dragging out of Scale or Annotation Panel
1411           </li>
1412           <li>
1413             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling
1414             out of scale panel
1415           </li>
1416           <li>
1417             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
1418             alignment down
1419           </li>
1420           <li>
1421             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal
1422             in scale panel
1423           </li>
1424           <li>
1425             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page
1426             Down, Page Up in wrapped mode
1427           </li>
1428           <li>
1429             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
1430           </li>
1431           <li>
1432             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
1433           </li>
1434           <li>
1435             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always
1436             selected on opening an alignment
1437           </li>
1438           <li>
1439             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected
1440             in Colour menu
1441           </li>
1442           <li>
1443             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes
1444             when different groups in the alignment are selected
1445           </li>
1446           <li>
1447             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not
1448             shown correctly in menu
1449           </li>
1450           <li>
1451             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at
1452             min/max threshold limit
1453           </li>
1454           <li>
1455             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1456             threshold gets 'unrounded'
1457           </li>
1458           <li>
1459             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1460             colour
1461           </li>
1462           <li>
1463             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y
1464             axis
1465           </li>
1466           <li>
1467             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1468           </li>
1469           <li>
1470             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets
1471             alignment, not Tree font
1472           </li>
1473           <li>
1474             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored
1475             from project file
1476           </li>
1477           <li>
1478             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if
1479             Overview shown in complementary view
1480           </li>
1481           <li>
1482             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when
1483             shown without normalisation
1484           </li>
1485           <li>
1486             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open
1487             positioned at top of report
1488           </li>
1489           <li>
1490             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1491           </li>
1492           <li>
1493             <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on
1494             OSX Mojave
1495           </li>
1496         </ul> <em>Editing</em>
1497         <ul>
1498           <li>
1499             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
1500             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
1501             via 'Edit' sequence
1502           </li>
1503           <li>
1504             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection
1505             doesn't relocate sequence features correctly when start of
1506             sequence is removed (Known defect since 2.10)
1507           </li>
1508           <li>
1509             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit
1510             Sequence dialog corrupts dataset sequence
1511           </li>
1512           <li>
1513             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when
1514             associated tree repartitions the alignment view (Regression
1515             in 2.10.5)
1516           </li>
1517         </ul> <em>Datamodel</em>
1518         <ul>
1519           <li>
1520             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1521             sequence's End is greater than its length
1522           </li>
1523         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on general
1524           release)</em>
1525         <ul>
1526           <li>
1527             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1528           </li>
1529         </ul> <em>New Known Defects</em>
1530         <ul>
1531           <li>
1532             <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double
1533             clicking ignores bounds of an existing selected region
1534           </li>
1535           <li>
1536             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in
1537             gapped regions of protein alignment.
1538           </li>
1539           <li>
1540             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when
1541             PCA View is restored from a Jalview 2.11 project
1542           </li>
1543           <li>
1544             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small
1545             after 'New View'
1546           </li>
1547           <li>
1548             <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1549             columns within hidden columns
1550           </li>
1551           <li>
1552             <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse
1553             re-enters window after dragging left to select columns to
1554             left of visible region
1555           </li>
1556           <li>
1557             <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their
1558             description string and thresholded by score in earlier
1559             versions of Jalview are not shown as thresholded features in
1560             2.11. To workaround please create a Score filter instead.
1561           </li>
1562           <li>
1563             <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't
1564             reset group visibility
1565           </li>
1566           <li>
1567             <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in
1568             linked CDS/Protein view
1569           </li>
1570           <li>
1571             <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1572             alignments with multiple views can close views unexpectedly
1573           </li>
1574         </ul> <em>Java 11 Specific defects</em>
1575         <ul>
1576           <li>
1577             <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1578             alphabetically when saved
1579           </li>
1580         </ul>
1581       </td>
1582     </tr>
1583     <tr>
1584       <td width="60" nowrap>
1585         <div align="center">
1586           <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1587         </div>
1588       </td>
1589       <td><div align="left">
1590           <em></em>
1591           <ul>
1592             <li>
1593               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1594               InstallAnywhere increased to 1G.
1595             </li>
1596             <li>
1597               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1598               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1599               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1600                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1601                 properties file.</em>
1602             </li>
1603             <li>
1604               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1605               API and sequence data now imported as JSON.
1606             </li>
1607             <li>
1608               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1609               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1610               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1611               property.
1612             </li>
1613           </ul>
1614           <em>Development</em>
1615           <ul>
1616             <li>
1617               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1618               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1619                 Clover</a>
1620             </li>
1621           </ul>
1622         </div></td>
1623       <td><div align="left">
1624           <em></em>
1625           <ul>
1626             <li>
1627               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1628               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1629               alignment.
1630             </li>
1631             <li>
1632               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1633               annotation displayed.
1634             </li>
1635             <li>
1636               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1637               for newly created group when 'Apply to all groups'
1638               selected
1639             </li>
1640             <li>
1641               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1642               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1643               visible.
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1647               when sequences are selected in exported view.</em>
1648             </li>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1651               aren't rendered with correct colour.
1652             </li>
1653             <li>
1654               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1655               types of knotted RNA secondary structure.
1656             </li>
1657             <li>
1658               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1659               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1660               do not start at 1.
1661             </li>
1662             <li>
1663               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1664               annotation when columns are inserted into an alignment,
1665               and when exporting as Stockholm flatfile.
1666             </li>
1667             <li>
1668               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1669               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1670               treated as RNA secondary structure.
1671             </li>
1672             <li>
1673               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1674               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1675             </li>
1676             <li>
1677               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1678               transfers focus to previous window on OSX
1679             </li>
1680           </ul>
1681           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1682           <ul>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1685               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1686               box.
1687             </li>
1688             <li>
1689               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1690               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1691               'look and feel' which has improved compatibility with the
1692               latest version of OSX.
1693             </li>
1694           </ul>
1695         </div></td>
1696     </tr>
1697     <tr>
1698       <td width="60" nowrap>
1699         <div align="center">
1700           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1701             <em>7/06/2018</em></strong>
1702         </div>
1703       </td>
1704       <td><div align="left">
1705           <em></em>
1706           <ul>
1707             <li>
1708               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1709               annotation retrieved from Uniprot
1710             </li>
1711             <li>
1712               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1713               onto the Jalview Desktop
1714             </li>
1715           </ul>
1716         </div></td>
1717       <td><div align="left">
1718           <em></em>
1719           <ul>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1722               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1723             </li>
1724             <li>
1725               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1726               right-hand column parsed correctly
1727             </li>
1728             <li>
1729               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1730               not alignment area in exported graphic
1731             </li>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1734               window has input focus
1735             </li>
1736             <li>
1737               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1738               annotation added to view (Windows)
1739             </li>
1740             <li>
1741               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1742               network connectivity is poor
1743             </li>
1744             <li>
1745               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1746               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1747                 the currently open URL and links from a page viewed in
1748                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1749                 you are using Edge, only links in the page can be
1750                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1751                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1752             </li>
1753           </ul>
1754           <em>New Known Defects</em>
1755           <ul>
1756             <li>
1757               <!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by
1758               Annotation
1759             </li>
1760           </ul>
1761         </div></td>
1762     </tr>
1763     <tr>
1764       <td width="60" nowrap>
1765         <div align="center">
1766           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1767         </div>
1768       </td>
1769       <td><div align="left">
1770           <em></em>
1771           <ul>
1772             <li>
1773               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1774               for disabling automatic superposition of multiple
1775               structures and open structures in existing views
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1779               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1780               adjust them.
1781             </li>
1782             <li>
1783               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1784               Ensembl services
1785             </li>
1786             <li>
1787               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1788               and lots of hidden columns
1789             </li>
1790             <li>
1791               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1792               of features (particularly when transparency is disabled)
1793             </li>
1794             <li>
1795               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2
1796               for exchange of Jalview features and Chimera attributes
1797               made generally available
1798             </li>
1799           </ul>
1800         </div></td>
1801       <td><div align="left">
1802           <ul>
1803             <li>
1804               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1805               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1806             </li>
1807             <li>
1808               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1809               overlapping alignment panel
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1813               sequence as gaps
1814             </li>
1815             <li>
1816               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1817               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1818               UTR
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1822               factor annotation not added to sequence when local PDB
1823               file associated with it by drag'n'drop or structure
1824               chooser
1825             </li>
1826             <li>
1827               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1828               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1829             </li>
1830             <li>
1831               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1832               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1836               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1840               columns in annotation row
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
1844               not honored in batch mode
1845             </li>
1846             <li>
1847               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1848               for structures added to existing Jmol view
1849             </li>
1850             <li>
1851               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1852               entries after importing project with multiple views
1853             </li>
1854             <li>
1855               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1856               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1857               with negative residue numbers or missing residues fails
1858             </li>
1859             <li>
1860               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with
1861               negative Temperature Factor values from annotated PDB
1862               files (e.g. as generated by CONSURF)
1863             </li>
1864             <li>
1865               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1866               tooltip doesn't include a text description of mutation
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1870               structure and/or overview windows are also shown
1871             </li>
1872             <li>
1873               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted
1874               regions very slow for alignments with large numbers of
1875               sequences
1876             </li>
1877             <li>
1878               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1879               with 'StringIndexOutOfBounds'
1880             </li>
1881             <li>
1882               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and
1883               Feel for OSX platforms running Java 10
1884             </li>
1885             <li>
1886               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1887               view appears to do nothing because the view is hidden
1888               behind the alignment view
1889             </li>
1890           </ul>
1891           <em>Applet</em>
1892           <ul>
1893             <li>
1894               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1895               should copy the group consensus when popup is opened on it
1896             </li>
1897           </ul>
1898           <em>Batch Mode</em>
1899           <ul>
1900             <li>
1901               <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not
1902               respected
1903             </li>
1904           </ul>
1905           <em>New Known Defects</em>
1906           <ul>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1909               editing a large alignment and overview is displayed
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1913               repeatedly after a series of edits even when the overview
1914               is no longer reflecting updates
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1918               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1919               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1920               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1921             </li>
1922             <li>
1923               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with
1924               CSV option gives blank output
1925             </li>
1926           </ul>
1927         </div></td>
1928     </tr>
1929     <tr>
1930       <td width="60" nowrap>
1931         <div align="center">
1932           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br />
1933             <em>24/1/2018</em></strong>
1934         </div>
1935       </td>
1936       <td><div align="left">
1937           <ul>
1938             <li>Updated Certum Codesigning Certificate (Valid till
1939               30th November 2018)</li>
1940           </ul>
1941         </div></td>
1942       <td><div align="left">
1943           <em>Desktop</em>
1944           <ul>
1945             <ul>
1946               <li>
1947                 <!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when
1948                 several sequences and structures are selected for
1949                 viewing/superposing
1950               </li>
1951               <li>
1952                 <!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll
1953                 vertically via trackpad and scrollwheel
1954               </li>
1955               <li>
1956                 <!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed
1957                 in cursor mode when cursor lies in hidden region at
1958                 start of alignment
1959               </li>
1960               <li>
1961                 <!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when
1962                 scrolled into view if columns are hidden
1963               </li>
1964               <li>
1965                 <!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to
1966                 reset (ie after hitting cancel) for large numbers of
1967                 hidden columns
1968               </li>
1969               <li>
1970                 <!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion
1971                 of sequence limits when exporting as flat file has no
1972                 effect
1973               </li>
1974               <li>
1975                 <!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference
1976                 relationships when retrieving sequences from
1977                 EnsemblGenomes
1978               </li>
1979             </ul>
1980         </div></td>
1981     </tr>
1982     <tr>
1983       <td width="60" nowrap>
1984         <div align="center">
1985           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1986         </div>
1987       </td>
1988       <td><div align="left">
1989           <em></em>
1990           <ul>
1991             <li>
1992               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1993               rendering of sequence features
1994             </li>
1995             <li>
1996               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1997               429 rate limit request hander
1998             </li>
1999             <li>
2000               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
2001               their colours have changed
2002             </li>
2003             <li>
2004               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
2005               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
2006             </li>
2007             <li>
2008               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
2009               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
2010             </li>
2011             <li>
2012               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
2013               view from Ensembl locus cross-references
2014             </li>
2015             <li>
2016               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
2017               Alignment report
2018             </li>
2019             <li>
2020               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
2021               feature can be disabled
2022             </li>
2023             <li>
2024               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
2025               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
2026             </li>
2027             <li>
2028               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
2029               Uniprot
2030             </li>
2031           </ul>
2032           <em>Scripting</em>
2033           <ul>
2034             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
2035             <li>Example groovy script for generating a matrix of
2036               percent identity scores for current alignment.</li>
2037           </ul>
2038           <em>Testing and Deployment</em>
2039           <ul>
2040             <li>
2041               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
2042             </li>
2043           </ul>
2044         </div></td>
2045       <td><div align="left">
2046           <em>General</em>
2047           <ul>
2048             <li>
2049               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
2050               threshold text field doesn't trigger an update to the
2051               alignment view
2052             </li>
2053             <li>
2054               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
2055               strings in parallel
2056             </li>
2057             <li>
2058               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
2059               alignment window is closed
2060             </li>
2061             <li>
2062               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
2063               group visibility
2064             </li>
2065             <li>
2066               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
2067               takes a long time in Cursor mode
2068             </li>
2069           </ul>
2070           <em>Desktop</em>
2071           <ul>
2072             <li>
2073               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
2074               cannot be viewed in Chimera
2075             </li>
2076             <li>
2077               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
2078               CDS/Protein view
2079             </li>
2080             <li>
2081               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
2082               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
2083               Search Dialogs
2084             </li>
2085             <li>
2086               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
2087             </li>
2088             <li>
2089               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
2090             </li>
2091             <li>
2092               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
2093               rendered when switching back from Wrapped to normal view
2094             </li>
2095             <li>
2096               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
2097               scrolling right in unwapped alignment view
2098             </li>
2099             <li>
2100               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
2101               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
2102               database
2103             </li>
2104             <li>
2105               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
2106               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
2107             </li>
2108             <li>
2109               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
2110               features of same type and group to be selected for
2111               amending
2112             </li>
2113             <li>
2114               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
2115               alignments when hidden columns are present
2116             </li>
2117             <li>
2118               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
2119               displaying several structures
2120             </li>
2121             <li>
2122               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
2123               moving a window
2124             </li>
2125             <li>
2126               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
2127               within the Jalview desktop on OSX
2128             </li>
2129             <li>
2130               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
2131               when in wrapped alignment mode
2132             </li>
2133             <li>
2134               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
2135               hand end of alignment
2136             </li>
2137             <li>
2138               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
2139               each selected sequence do not have correct start/end
2140               positions
2141             </li>
2142             <li>
2143               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
2144               after canceling the Alignment Window's Font dialog
2145             </li>
2146             <li>
2147               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
2148               restoring project until a new view is created
2149             </li>
2150             <li>
2151               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
2152               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
2153               configured (since 2.10.2b2)
2154             </li>
2155             <li>
2156               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
2157               position is adjusted
2158             </li>
2159             <li>
2160               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
2161               in a multi-chain structure when viewing alignment
2162               involving more than one chain (since 2.10)
2163             </li>
2164             <li>
2165               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
2166               if new selection moves alignment window
2167             </li>
2168             <li>
2169               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
2170               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
2171             </li>
2172             <li>
2173               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
2174               that produces correctly annotated transcripts and products
2175             </li>
2176             <li>
2177               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
2178               doesn't update associated structure view
2179             </li>
2180           </ul>
2181           <em>Applet</em><br />
2182           <ul>
2183             <li>
2184               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
2185               closing alignment panel
2186             </li>
2187           </ul>
2188           <em>BioJSON</em><br />
2189           <ul>
2190             <li>
2191               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
2192               non-positional features
2193             </li>
2194           </ul>
2195           <em>New Known Issues</em>
2196           <ul>
2197             <li>
2198               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
2199               sequence features correctly (for many previous versions of
2200               Jalview)
2201             </li>
2202             <li>
2203               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
2204               using cursor in wrapped panel other than top
2205             </li>
2206             <li>
2207               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
2208               graduated colour threshold
2209             </li>
2210             <li>
2211               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
2212               always preserve numbering and sequence features
2213             </li>
2214           </ul>
2215           <em>Known Java 9 Issues</em>
2216           <ul>
2217             <li>
2218               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
2219               not responsive when entering characters (Webstart, Java
2220               9.01, OSX 10.10)
2221             </li>
2222           </ul>
2223         </div></td>
2224     </tr>
2225     <tr>
2226       <td width="60" nowrap>
2227         <div align="center">
2228           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
2229             <em>2/10/2017</em></strong>
2230         </div>
2231       </td>
2232       <td><div align="left">
2233           <em>New features in Jalview Desktop</em>
2234           <ul>
2235             <li>
2236               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API
2237               at uniprot.org
2238             </li>
2239             <li>
2240               <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to
2241               ebi.ac.uk
2242             </li>
2243           </ul>
2244         </div></td>
2245       <td><div align="left"></div></td>
2246     </tr>
2247     <tr>
2248       <td width="60" nowrap>
2249         <div align="center">
2250           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
2251             <em>7/9/2017</em></strong>
2252         </div>
2253       </td>
2254       <td><div align="left">
2255           <em></em>
2256           <ul>
2257             <li>
2258               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
2259               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
2260               white)
2261             </li>
2262             <li>
2263               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
2264               Preferences
2265             </li>
2266             <li>
2267               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
2268               in size and progress bar shown as higher resolution
2269               overview is recalculated
2270             </li>
2271
2272           </ul>
2273         </div></td>
2274       <td><div align="left">
2275           <em></em>
2276           <ul>
2277             <li>
2278               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
2279               column region row by row
2280             </li>
2281             <li>
2282               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
2283               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
2284             </li>
2285             <li>
2286               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
2287               format setting is unticked
2288             </li>
2289             <li>
2290               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
2291               if group has show boxes format setting unticked
2292             </li>
2293             <li>
2294               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
2295               autoscrolling whilst dragging current selection group to
2296               include sequences and columns not currently displayed
2297             </li>
2298             <li>
2299               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
2300               assemblies are imported via CIF file
2301             </li>
2302             <li>
2303               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
2304               displayed when threshold or conservation colouring is also
2305               enabled.
2306             </li>
2307             <li>
2308               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
2309               server version
2310             </li>
2311             <li>
2312               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
2313               dragging a selected region off the visible region of the
2314               alignment
2315             </li>
2316             <li>
2317               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
2318               colourscheme to all groups in a view
2319             </li>
2320             <li>
2321               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
2322               initially after font size change using the Font chooser or
2323               middle-mouse zoom
2324             </li>
2325           </ul>
2326         </div></td>
2327     </tr>
2328     <tr>
2329       <td width="60" nowrap>
2330         <div align="center">
2331           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
2332         </div>
2333       </td>
2334       <td><div align="left">
2335           <em>Calculations</em>
2336           <ul>
2337
2338             <li>
2339               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
2340               ungapped positions in each column of the alignment.
2341             </li>
2342             <li>
2343               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
2344               a calculation dialog box
2345             </li>
2346             <li>
2347               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
2348               and memory efficiency (~30x faster)
2349             </li>
2350             <li>
2351               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
2352               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
2353               and other calculations
2354             </li>
2355             <li>
2356               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
2357               files within the Jalview codebase
2358             </li>
2359             <li>
2360               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
2361               Similarity may have different topology due to increased
2362               precision
2363             </li>
2364           </ul>
2365           <em>Rendering</em>
2366           <ul>
2367             <li>
2368               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
2369               model for alignments and groups
2370             </li>
2371             <li>
2372               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
2373               scripts
2374             </li>
2375           </ul>
2376           <em>Overview</em>
2377           <ul>
2378             <li>
2379               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
2380               with alignment and overview windows
2381             </li>
2382             <li>
2383               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
2384               overview
2385             </li>
2386             <li>
2387               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
2388               omitted in Overview
2389             </li>
2390             <li>
2391               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
2392               adjustment of visible position
2393             </li>
2394           </ul>
2395
2396           <em>Data import/export</em>
2397           <ul>
2398             <li>
2399               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
2400               Stockholm files imported as sequence associated annotation
2401             </li>
2402             <li>
2403               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
2404               annotation input/output via stockholm flatfile
2405             </li>
2406             <li>
2407               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
2408               extension when importing structure files without embedded
2409               names or PDB accessions
2410             </li>
2411             <li>
2412               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
2413               format sequence substitution matrices
2414             </li>
2415           </ul>
2416           <em>User Interface</em>
2417           <ul>
2418             <li>
2419               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
2420               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
2421               the application.
2422             </li>
2423             <li>
2424               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
2425               via Overview or sequence motif search operations
2426             </li>
2427             <li>
2428               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
2429               opened by double clicking gaps within sequence feature
2430               extent
2431             </li>
2432             <li>
2433               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
2434               aligned positions were available to create a 3D structure
2435               superposition.
2436             </li>
2437           </ul>
2438           <em>3D Structure</em>
2439           <ul>
2440             <li>
2441               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
2442               coloured in linked structure views
2443             </li>
2444             <li>
2445               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
2446               file-based command exchange
2447             </li>
2448             <li>
2449               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
2450               Cached Structures rather than querying the PDBe if
2451               structures are already available for sequences
2452             </li>
2453             <li>
2454               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
2455               the Jalview project rather than downloaded again when the
2456               project is reopened.
2457             </li>
2458             <li>
2459               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
2460               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
2461               features, and vice-versa (<strong>Experimental
2462                 Feature</strong>)
2463             </li>
2464           </ul>
2465           <em>Web Services</em>
2466           <ul>
2467             <li>
2468               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
2469             </li>
2470             <li>
2471               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
2472               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
2473               Analysis services
2474             </li>
2475             <li>
2476               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
2477               cross-references provided by identifiers.org and the
2478               EMBL-EBI's MIRIAM DB
2479             </li>
2480           </ul>
2481
2482           <em>Scripting</em>
2483           <ul>
2484             <li>
2485               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
2486               identifying file formats (instead of String constants)
2487             </li>
2488             <li>
2489               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2490               efficiency when counting all displayed features (not
2491               backwards compatible with 2.10.1)
2492             </li>
2493           </ul>
2494           <em>Example files</em>
2495           <ul>
2496             <li>
2497               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2498               included in the example feature file
2499             </li>
2500           </ul>
2501           <em>Documentation</em>
2502           <ul>
2503             <li>
2504               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2505               with the built-in Java help viewer
2506             </li>
2507             <li>
2508               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2509               sequence description' option
2510             </li>
2511           </ul>
2512           <em>Test Suite</em>
2513           <ul>
2514             <li>
2515               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2516               Uniprot REST Free Text Search Client
2517             </li>
2518             <li>
2519               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2520             </li>
2521             <li>
2522               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2523               during tests
2524             </li>
2525           </ul>
2526         </div></td>
2527       <td><div align="left">
2528           <em>Calculations</em>
2529           <ul>
2530             <li>
2531               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2532               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2533               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2534             </li>
2535             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2536               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2537               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2538               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2539               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2540               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2541               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2542               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2543               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2544               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2545               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2546               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2547               // for 2.10.1 mode <br />
2548               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2549               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2550                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2551                 calculations (not recommended)</em></li>
2552             <li>
2553               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2554               scaling of branch lengths for trees computed using
2555               Sequence Feature Similarity.
2556             </li>
2557             <li>
2558               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2559               generating output report when working with highly
2560               redundant alignments
2561             </li>
2562             <li>
2563               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2564               right of selected region when gaps present on right-hand
2565               boundary
2566             </li>
2567           </ul>
2568           <em>User Interface</em>
2569           <ul>
2570             <li>
2571               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2572               doesn't reselect a specific sequence's associated
2573               annotation after it was used for colouring a view
2574             </li>
2575             <li>
2576               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2577               opened on a region of alignment without groups
2578             </li>
2579             <li>
2580               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2581               of an alignment with overlapping groups
2582             </li>
2583             <li>
2584               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2585               name and description match
2586             </li>
2587             <li>
2588               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2589               hidden regions results in incorrect hidden regions
2590             </li>
2591             <li>
2592               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2593               changing colour does not apply Conservation slider value
2594               to all groups
2595             </li>
2596             <li>
2597               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2598               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2599             </li>
2600             <li>
2601               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2602               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2603             </li>
2604             <li>
2605               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2606               gaps before start of features
2607             </li>
2608             <li>
2609               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2610               restored to UI when feature colour is edited
2611             </li>
2612             <li>
2613               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2614               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2615             </li>
2616             <li>
2617               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2618               as graduate feature colour settings are modified via the
2619               dialog box
2620             </li>
2621             <li>
2622               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2623               when a group defined on the alignment is resized
2624             </li>
2625             <li>
2626               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2627               wrapped view result in positional status updates
2628             </li>
2629
2630             <li>
2631               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2632               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2633             </li>
2634             <li>
2635               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2636               alignment included gapped columns
2637             </li>
2638             <li>
2639               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2640               widgets don't permanently disappear
2641             </li>
2642             <li>
2643               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2644               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2645               T-Coffee column reliability scores)
2646             </li>
2647             <li>
2648               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2649               sequence feature on gaps only
2650             </li>
2651             <li>
2652               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2653               button from a Find inherit previously defined feature type
2654               rather than the Find query string
2655             </li>
2656             <li>
2657               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2658               exporting tree calculated in Jalview
2659             </li>
2660             <li>
2661               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2662               and then revealing them reorders sequences on the
2663               alignment
2664             </li>
2665             <li>
2666               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2667               doesn't update to reflect available set of groups after
2668               interactively adding or modifying features
2669             </li>
2670             <li>
2671               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2672               Linux
2673             </li>
2674             <li>
2675               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2676               only excluded gaps in current sequence and ignored
2677               selection.
2678             </li>
2679           </ul>
2680           <em>Rendering</em>
2681           <ul>
2682             <li>
2683               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2684               erratically when hidden rows or columns are present
2685             </li>
2686             <li>
2687               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2688               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2689               sequence colouring
2690             </li>
2691             <li>
2692               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2693               colour and group colour menu for protein alignments
2694             </li>
2695             <li>
2696               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2697               reflect currently selected view or group's shading
2698               thresholds
2699             </li>
2700             <li>
2701               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2702               when rendered on overview and structures when opacity at
2703               100%
2704             </li>
2705             <li>
2706               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2707               overview when features overlaid on alignment
2708             </li>
2709             <li>
2710               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2711               recovered correctly from Jalview project file
2712             </li>
2713             <li>
2714               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first
2715               opened (automatically via preferences) are different to
2716               the main alignment panel
2717             </li>
2718           </ul>
2719           <em>Data import/export</em>
2720           <ul>
2721             <li>
2722               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2723               load
2724             </li>
2725             <li>
2726               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2727               added after a sequence was imported are not written to
2728               Stockholm File
2729             </li>
2730             <li>
2731               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2732               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2733             </li>
2734             <li>
2735               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2736               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2737             </li>
2738             <li>
2739               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2740               with lightGray or darkGray via features file (but can
2741               specify lightgray)
2742             </li>
2743             <li>
2744               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2745               when alignment view imported from project
2746             </li>
2747             <li>
2748               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2749               structure and sequences extracted from structure files
2750               imported via URL and viewed in Jmol
2751             </li>
2752             <li>
2753               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2754               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2755               the project is loaded and the structure viewed
2756             </li>
2757           </ul>
2758           <em>Web Services</em>
2759           <ul>
2760             <li>
2761               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2762               release of Ensembl v.88
2763             </li>
2764             <li>
2765               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2766               appear enabled in Preferences->Connections
2767             </li>
2768             <li>
2769               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2770               removed from console output
2771             </li>
2772             <li>
2773               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2774               Ensembl by Peptide ID
2775             </li>
2776             <li>
2777               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2778               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2779               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2780               due to 'null' string rather than empty string used for
2781               residues with no corresponding PDB mapping).
2782             </li>
2783           </ul>
2784           <em>Application UI</em>
2785           <ul>
2786             <li>
2787               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2788               menu
2789             </li>
2790             <li>
2791               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2792               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2793               new documentation and tooltips added)
2794             </li>
2795             <li>
2796               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2797               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2798             </li>
2799             <li>
2800               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2801               new features are added to alignment
2802             </li>
2803             <li>
2804               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2805               changes to feature colours via the Amend features dialog
2806             </li>
2807             <li>
2808               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2809               edit graduated feature colour via amend features dialog
2810               box
2811             </li>
2812             <li>
2813               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2814               selection menu changes colours of alignment views
2815             </li>
2816             <li>
2817               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2818               from alignment calculation workers after alignment has
2819               been closed
2820             </li>
2821             <li>
2822               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2823               groups now 'Create Group'
2824             </li>
2825             <li>
2826               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2827               Create/Undefine group doesn't always work
2828             </li>
2829             <li>
2830               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2831               shown again after pressing 'Cancel'
2832             </li>
2833             <li>
2834               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2835               adjusts start position in wrap mode
2836             </li>
2837             <li>
2838               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2839               ambiguous amino acids
2840             </li>
2841             <li>
2842               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2843               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2844               proteins
2845             </li>
2846             <li>
2847               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2848               Defined' don't appear in Colours menu
2849             </li>
2850           </ul>
2851           <em>Applet</em>
2852           <ul>
2853             <li>
2854               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2855               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2856             </li>
2857             <li>
2858               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2859               overview or linked structure view
2860             </li>
2861             <li>
2862               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2863               work (since 2.8)
2864             </li>
2865             <li>
2866               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2867               user-defined colourscheme doesn't restore original
2868               colourscheme
2869             </li>
2870           </ul>
2871           <em>Test Suite</em>
2872           <ul>
2873             <li>
2874               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2875               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2876             </li>
2877             <li>
2878               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2879               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2880               problems with deep array comparison equality asserts in
2881               successive versions of TestNG
2882             </li>
2883             <li>
2884               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2885               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2886             </li>
2887           </ul>
2888           <em>New Known Issues</em>
2889           <ul>
2890             <li>
2891               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2892               phase after a sequence motif find operation
2893             </li>
2894             <li>
2895               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2896               containing just upper and lower case letters are
2897               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2898             </li>
2899             <li>
2900               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2901               reliably from eggnog Ortholog database
2902             </li>
2903             <li>
2904               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2905               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2906               to mark columns containing highlighted regions.
2907             </li>
2908             <li>
2909               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2910               doesn't always add secondary structure annotation.
2911             </li>
2912           </ul>
2913         </div>
2914     <tr>
2915       <td width="60" nowrap>
2916         <div align="center">
2917           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2918         </div>
2919       </td>
2920       <td><div align="left">
2921           <em>General</em>
2922           <ul>
2923             <li>
2924               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2925               for all consensus calculations
2926             </li>
2927             <li>
2928               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2929               3rd Oct 2016)
2930             </li>
2931             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2932               for 2016-2017</li>
2933           </ul>
2934           <em>Application</em>
2935           <ul>
2936             <li>
2937               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2938               set of database cross-references, sorted alphabetically
2939             </li>
2940             <li>
2941               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2942               from database cross references. Users with custom links
2943               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2944                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2945             </li>
2946             <li>
2947               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2948               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2949               Chimera session
2950             </li>
2951             <li>
2952               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2953               the Chimera it is connected to is shut down
2954             </li>
2955             <li>
2956               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2957               columns menu item to mark columns containing highlighted
2958               regions (e.g. from structure selections or results of a
2959               Find operation)
2960             </li>
2961             <li>
2962               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2963               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2964               MSAviewer
2965             </li>
2966           </ul>
2967         </div></td>
2968       <td>
2969         <div align="left">
2970           <em>General</em>
2971           <ul>
2972             <li>
2973               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2974               are not coloured or thresholded according to percent
2975               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2976             </li>
2977             <li>
2978               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2979               hydrophobic
2980             </li>
2981             <li>
2982               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2983               threshold, amino acid properties)
2984             </li>
2985             <li>
2986               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2987               reported as mapped to residues in a structure file in the
2988               View Mapping report
2989             </li>
2990             <li>
2991               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2992               could be added multiple times to a sequence
2993             </li>
2994             <li>
2995               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2996               bond features shown as two highlighted residues rather
2997               than a range in linked structure views, and treated
2998               correctly when selecting and computing trees from features
2999             </li>
3000             <li>
3001               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
3002               cross-references are matched to database name regardless
3003               of case
3004             </li>
3005
3006           </ul>
3007           <em>Application</em>
3008           <ul>
3009             <li>
3010               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
3011               names without regular expressions also offer links from
3012               Sequence ID
3013             </li>
3014             <li>
3015               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
3016               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
3017               update Jalview configuration
3018             </li>
3019             <li>
3020               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
3021               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
3022             </li>
3023             <li>
3024               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
3025               files with similarly named sequences if dropped onto the
3026               alignment
3027             </li>
3028             <li>
3029               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
3030               entries where more chains exist in the PDB accession than
3031               are reported in the SIFTS file
3032             </li>
3033             <li>
3034               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
3035               the structure view when displayed with Chimera
3036             </li>
3037             <li>
3038               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
3039               panel's View->Show Chains submenu
3040             </li>
3041             <li>
3042               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
3043               work for wrapped alignment views
3044             </li>
3045             <li>
3046               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
3047               predictions from 'JNet' to 'JPred'
3048             </li>
3049             <li>
3050               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
3051               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
3052               first annotation row
3053             </li>
3054             <li>
3055               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
3056               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
3057             </li>
3058             <li>
3059               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
3060               ranges for PDB and sequence for SIFTS
3061             </li>
3062             <!-- JAL-2319 -->
3063             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
3064             coordindate data
3065             </li>
3066           </ul>
3067           <!--           <em>New Known Issues</em>
3068           <ul>
3069             <li></li>
3070           </ul> -->
3071         </div>
3072       </td>
3073     </tr>
3074     <td width="60" nowrap>
3075       <div align="center">
3076         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
3077           <em>25/10/2016</em></strong>
3078       </div>
3079     </td>
3080     <td><em>Application</em>
3081       <ul>
3082         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
3083           view if structures already loaded</li>
3084         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
3085           structure views</li>
3086       </ul></td>
3087     <td>
3088       <div align="left">
3089         <em>General</em>
3090         <ul>
3091           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
3092             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
3093           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
3094             example sequences/projects/trees</li>
3095         </ul>
3096         <em>Application</em>
3097         <ul>
3098           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
3099             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
3100           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
3101             without timeout for structures with multiple models or
3102             multiple sequences in alignment</li>
3103           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
3104             PDB ID HEADER line</li>
3105           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
3106             is performed</li>
3107           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
3108             OSX versions earlier than El Capitan</li>
3109           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
3110           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
3111             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
3112             option</li>
3113           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
3114             is created on the alignment</li>
3115           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
3116             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
3117             pop-up menu</li>
3118         </ul>
3119         <em>Build and deployment</em>
3120         <ul>
3121           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
3122             tags</li>
3123         </ul>
3124         <em>New Known Issues</em>
3125         <ul>
3126           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
3127             on Windows</li>
3128         </ul>
3129       </div>
3130     </td>
3131     </tr>
3132     <tr>
3133       <td width="60" nowrap>
3134         <div align="center">
3135           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
3136         </div>
3137       </td>
3138       <td><em>General</em>
3139         <ul>
3140           <li>
3141             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
3142           </li>
3143           <li>
3144             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
3145             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
3146             better PDB parsing.
3147           </li>
3148           <li>
3149             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
3150             reference sequence
3151           </li>
3152           <li>
3153             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
3154             mousing over sequence associated annotation
3155           </li>
3156           <li>
3157             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
3158             for manual entry
3159           </li>
3160           <li>
3161             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
3162             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
3163             for each column
3164           </li>
3165           <li>
3166             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
3167             showing or hiding columns containing a feature
3168           </li>
3169           <li>
3170             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
3171             group and sequence associated annotation labels
3172           </li>
3173           <li>
3174             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
3175             select/hide columns by annotation and colour by annotation
3176             dialogs
3177           </li>
3178
3179         </ul> <em>Application</em>
3180         <ul>
3181           <li>
3182             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
3183             gene/transcript view
3184           </li>
3185           <li>
3186             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
3187             dialog
3188           </li>
3189           <li>
3190             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
3191             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
3192           </li>
3193           <li>
3194             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
3195             Pfam sources to xfam.org
3196           </li>
3197           <li>
3198             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
3199           </li>
3200           <li>
3201             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
3202             over sequences in Jalview
3203           </li>
3204           <li>
3205             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
3206             regions in ENA and EMBL
3207           </li>
3208           <li>
3209             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
3210             for record retrieval via ENA rest API
3211           </li>
3212           <li>
3213             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
3214             complement operator
3215           </li>
3216           <li>
3217             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
3218             groovy script execution
3219           </li>
3220           <li>
3221             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
3222             alignment window's Calculate menu
3223           </li>
3224           <li>
3225             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
3226             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
3227           </li>
3228           <li>
3229             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
3230             calculation workers from groovy scripts
3231           </li>
3232           <li>
3233             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
3234             Jalview projects
3235           </li>
3236           <li>
3237             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
3238             associations are now saved/restored from project
3239           </li>
3240           <li>
3241             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
3242             before sequence fetcher is opened
3243           </li>
3244           <li>
3245             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
3246             database chooser opens a sequence fetcher
3247           </li>
3248           <li>
3249             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
3250             the UniProt REST API
3251           </li>
3252           <li>
3253             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
3254             the news reader opening
3255           </li>
3256           <li>
3257             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
3258             querying stored in preferences
3259           </li>
3260           <li>
3261             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
3262             search results
3263           </li>
3264           <li>
3265             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
3266           </li>
3267           <li>
3268             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
3269             menu for nucleotide sequences
3270           </li>
3271           <li>
3272             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
3273             and feature counts preserves alignment ordering (and
3274             debugged for complex feature sets).
3275           </li>
3276           <li>
3277             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
3278             viewing structures with Jalview 2.10
3279           </li>
3280           <li>
3281             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
3282             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
3283             Ensembl Genomes REST API
3284           </li>
3285           <li>
3286             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
3287             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
3288             (Ensembl)
3289           </li>
3290           <li>
3291             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
3292             sequences
3293           </li>
3294           <li>
3295             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
3296             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
3297             data from external database records.
3298           </li>
3299           <li>
3300             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
3301             efficient recovery of sequence coding and alignment
3302             annotation relationships.
3303           </li>
3304         </ul> <!-- <em>Applet</em>
3305         <ul>
3306           <li>
3307             -- JAL---
3308           </li>
3309         </ul> --></td>
3310       <td>
3311         <div align="left">
3312           <em>General</em>
3313           <ul>
3314             <li>
3315               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
3316               menu on OSX
3317             </li>
3318             <li>
3319               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
3320               includes graduated colourschemes
3321             </li>
3322             <li>
3323               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
3324               working with big alignments and lots of hidden columns
3325             </li>
3326             <li>
3327               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
3328               at right of alignment window
3329             </li>
3330             <li>
3331               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
3332               contents
3333             </li>
3334             <li>
3335               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
3336               for DNA alignments
3337             </li>
3338             <li>
3339               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
3340               based tree calculation
3341             </li>
3342             <li>
3343               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
3344               unconserved enabled for group on alignment
3345             </li>
3346             <li>
3347               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
3348               set as reference
3349             </li>
3350             <li>
3351               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
3352               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
3353               annotation
3354             </li>
3355             <li>
3356               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
3357               hidden columns present
3358             </li>
3359             <li>
3360               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
3361               user created annotation added to alignment
3362             </li>
3363             <li>
3364               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
3365               '()' base pair annotation
3366             </li>
3367             <li>
3368               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
3369               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
3370               Consensus
3371             </li>
3372             <li>
3373               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
3374               feature not working
3375             </li>
3376             <li>
3377               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
3378               beginning of sequence
3379             </li>
3380             <li>
3381               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
3382               entry 3a6s
3383             </li>
3384             <li>
3385               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
3386               from a tree when t-coffee scores are shown
3387             </li>
3388             <li>
3389               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
3390               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
3391             </li>
3392             <li>
3393               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
3394               some structures
3395             </li>
3396             <li>
3397               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
3398               to Clustal, PIR and PileUp output
3399             </li>
3400             <li>
3401               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
3402               not visible causes alignment window to repaint
3403             </li>
3404             <li>
3405               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
3406               graduated colour and colour by annotation row for e-value
3407               scores associated with features and annotation rows
3408             </li>
3409             <li>
3410               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3411               calculation should be case independent
3412             </li>
3413             <li>
3414               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
3415               columns
3416             </li>
3417             <li>
3418               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
3419               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
3420               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
3421             </li>
3422             <li>
3423               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
3424               problems when reference sequence defined and 'show
3425               non-conserved' enabled
3426             </li>
3427             <li>
3428               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
3429               load even when Consensus calculation is disabled
3430             </li>
3431             <li>
3432               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
3433               alignment does nothing
3434             </li>
3435           </ul>
3436           <em>Application</em>
3437           <ul>
3438             <li>
3439               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
3440               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
3441               yet fixed for El Capitan)
3442             </li>
3443             <li>
3444               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
3445               output when running on non-gb/us i18n platforms
3446             </li>
3447             <li>
3448               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
3449               hidden sequences as flat-file alignment
3450             </li>
3451             <li>
3452               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
3453               launching Chimera
3454             </li>
3455             <li>
3456               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
3457               (also hotfix for 2.9.0b2)
3458             </li>
3459             <li>
3460               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
3461               reference sequence defined
3462             </li>
3463             <li>
3464               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
3465               alignments and views when revealing hidden columns
3466             </li>
3467             <li>
3468               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
3469               view in a cDNA/Protein splitframe
3470             </li>
3471             <li>
3472               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
3473               sequence from project when only one sequence is
3474               represented
3475             </li>
3476             <li>
3477               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
3478               in Structure Chooser
3479             </li>
3480             <li>
3481               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
3482               structure consensus didn't refresh annotation panel
3483             </li>
3484             <li>
3485               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
3486               mappings between sequence and all chains in a PDB file
3487             </li>
3488             <li>
3489               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3490               dialogs format columns correctly, don't display array
3491               data, sort columns according to type
3492             </li>
3493             <li>
3494               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3495               file chooser is cancelled during an image export
3496             </li>
3497             <li>
3498               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3499               sequence name containing special characters
3500             </li>
3501             <li>
3502               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3503               case insensitive
3504             </li>
3505             <li>
3506               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3507               formatting don't wrap
3508             </li>
3509             <li>
3510               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3511               truncated so L looks like I in consensus annotation
3512             </li>
3513             <li>
3514               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3515               currently displayed features for the current selection or
3516               view
3517             </li>
3518             <li>
3519               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3520               after fetching cross-references, and restoring from
3521               project
3522             </li>
3523             <li>
3524               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3525               followed in the structure viewer
3526             </li>
3527             <li>
3528               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3529               splitframe not restored from project
3530             </li>
3531             <li>
3532               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3533               trailing end of protein alignment in transcript/product
3534               splitview when pad-gaps not enabled by default
3535             </li>
3536             <li>
3537               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3538               is case dependent
3539             </li>
3540             <li>
3541               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3542               article has been read (reopened issue due to
3543               internationalisation problems)
3544             </li>
3545             <li>
3546               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3547               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3548               cross-references
3549             </li>
3550
3551             <li>
3552               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3553               alignment as HTML
3554             </li>
3555             <li>
3556               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3557               multiple structures are shown for one or more sequences.
3558             </li>
3559             <li>
3560               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3561               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3562               is enabled.
3563             </li>
3564             <li>
3565               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3566               specific PDB id for sequence
3567             </li>
3568             <li>
3569               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3570               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3571               columns' is disabled.
3572             </li>
3573             <li>
3574               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3575               selects lowest rather than highest resolution structures
3576               for each sequence
3577             </li>
3578             <li>
3579               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3580               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3581             </li>
3582             <li>
3583               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3584               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3585             </li>
3586             <li>
3587               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3588               after clicking on it to create new annotation for a
3589               column.
3590             </li>
3591             <li>
3592               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3593               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3594             </li>
3595             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3596             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3597           </ul>
3598           <em>Applet</em>
3599           <ul>
3600             <li>
3601               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3602               hidden columns present before start of sequence
3603             </li>
3604             <li>
3605               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3606               (JSON jars)
3607             </li>
3608             <li>
3609               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3610               sequences are hidden in applet
3611             </li>
3612             <li>
3613               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3614               deployment on examples pages.
3615             </li>
3616           </ul>
3617         </div>
3618       </td>
3619     </tr>
3620     <tr>
3621       <td width="60" nowrap>
3622         <div align="center">
3623           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3624             <em>16/10/2015</em></strong>
3625         </div>
3626       </td>
3627       <td><em>General</em>
3628         <ul>
3629           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3630             jars</li>
3631         </ul></td>
3632       <td>
3633         <div align="left">
3634           <em>Application</em>
3635           <ul>
3636             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3637               shown when tree is partitioned</li>
3638             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3639               multiple cDNA/Protein split views</li>
3640           </ul>
3641         </div>
3642       </td>
3643     </tr>
3644     <tr>
3645       <td width="60" nowrap>
3646         <div align="center">
3647           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3648             <em>8/10/2015</em></strong>
3649         </div>
3650       </td>
3651       <td><em>General</em>
3652         <ul>
3653           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3654             2.9</li>
3655         </ul> <em>Application</em>
3656         <ul>
3657           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3658           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3659           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3660         </ul> <em>Applet</em>
3661         <ul>
3662           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3663         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3664         <ul>
3665           <li>
3666             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3667             suite
3668           </li>
3669         </ul></td>
3670       <td>
3671         <div align="left">
3672           <em>General</em>
3673           <ul>
3674             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3675               incorrect when sequence start > 1</li>
3676             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3677               documentation</li>
3678             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3679             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3680               loading a features file containing HTML tags in feature
3681               description</li>
3682
3683           </ul>
3684           <em>Application</em>
3685           <ul>
3686             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3687               reimport</li>
3688             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3689               with 'trim retrieved sequences'</li>
3690             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3691               deleting selected columns</li>
3692             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3693               JNLP templates for webstart launch</li>
3694             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3695               unreleased structures for download or viewing</li>
3696             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3697               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3698             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3699               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3700             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3701               recovered from jalview project</li>
3702             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3703               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3704               alignment view</li>
3705             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3706               color schemes from BioJSON</li>
3707           </ul>
3708           <em>Applet</em>
3709           <ul>
3710             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3711               frame</li>
3712             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3713           </ul>
3714         </div>
3715       </td>
3716     </tr>
3717     <tr>
3718       <td><div align="center">
3719           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3720         </div></td>
3721       <td><em>General</em>
3722         <ul>
3723           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3724             alignments:
3725             <ul>
3726               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3727                 and DNA alignment views</li>
3728               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3729                 cDNA alignment views</li>
3730               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3731                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3732               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3733                 protein sequences</li>
3734             </ul>
3735           </li>
3736           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3737           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3738             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3739           <li>New alignment annotation file statements for
3740             reference sequences and marking hidden columns</li>
3741           <li>Reference sequence based alignment shading to
3742             highlight variation</li>
3743           <li>Select or hide columns according to alignment
3744             annotation</li>
3745           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3746           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3747             acid conservation row</li>
3748           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3749         </ul> <em>Application</em>
3750         <ul>
3751           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3752             <ul>
3753               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3754                 view with cDNA/Protein</li>
3755               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3756                 sequences are placed in the same alignment</li>
3757               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3758                 projects</li>
3759             </ul>
3760           </li>
3761
3762           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3763           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3764             Jalview windows</li>
3765
3766           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3767           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3768           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3769             be shown in VARNA</li>
3770
3771           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3772             as the active selected region</li>
3773
3774           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3775             similarity</li>
3776           <li>New Export options
3777             <ul>
3778               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3779                 region export in flat file generation</li>
3780
3781               <li>Export alignment views for display with the <a
3782                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3783
3784               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3785               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3786                 alignment figures to HTML</li>
3787           </li>
3788           <li>3D structure retrieval and display
3789             <ul>
3790               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3791                 Search API</li>
3792               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3793                 PDB structures for a sequence set</li>
3794             </ul>
3795           </li>
3796
3797           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3798             predictions</li>
3799           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3800             for one or a group of sequences</li>
3801           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3802             from the JPred4 web server</li>
3803           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3804             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3805             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3806           </li>
3807           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3808             VARNA 2D Structure'</li>
3809           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3810             Structure ..."</li>
3811
3812         </ul> <em>Applet</em>
3813         <ul>
3814           <li>New layout for applet example pages</li>
3815           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3816             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3817           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3818             Protein alignments</li>
3819         </ul> <em>Development and deployment</em>
3820         <ul>
3821           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3822           <li>Include installation type and git revision in build
3823             properties and console log output</li>
3824           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3825             storing BioJsMSA Templates</li>
3826           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3827         </ul></td>
3828       <td>
3829         <!-- <em>General</em>
3830         <ul>
3831         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3832         <ul>
3833           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3834           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3835           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3836             predictions are not highlighted in amber</li>
3837           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3838             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3839           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3840             associated structure views</li>
3841           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3842             width checkbox not enabled</li>
3843           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3844             creating user defined colours</li>
3845           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3846             mappings for just that viewer's sequences</li>
3847           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3848             multiple models in Chimera</li>
3849           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3850             over Jmol structure</li>
3851           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3852             output to text box</li>
3853           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3854             have incorrect sequence start/end</li>
3855           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3856             Jalview fails</li>
3857           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3858             work for nucleotide</li>
3859           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3860             to a grey/invisible alignment window</li>
3861           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3862             imports to different position</li>
3863           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3864             on some platforms</li>
3865           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3866             populated</li>
3867           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3868             console if Chimera has been opened</li>
3869           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3870           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3871             retrieved</li>
3872           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3873           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3874             either sequence shows on first structure</li>
3875           <li>'Show annotations' options should not make
3876             non-positional annotations visible</li>
3877           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3878             in right place after 'view flanking regions'</li>
3879           <li>File Save As type unset when current file format is
3880             unknown</li>
3881           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3882             projects</li>
3883           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3884             responsive</li>
3885           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3886             several views on same alignment</li>
3887           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3888           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3889             spaces</li>
3890         </ul> <em>Applet</em>
3891         <ul>
3892           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3893           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3894             descriptions containing angle brackets</li>
3895         </ul> <em>General</em>
3896         <ul>
3897           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3898             via jalview annotation file</li>
3899           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3900             with RNA secondary structure</li>
3901           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3902             translation doesn't work.</li>
3903           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3904           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3905             positions</li>
3906           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3907             choosing 1pt font</li>
3908           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3909             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3910             'h'</li>
3911           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3912             new feature</li>
3913           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3914             order dependent</li>
3915           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3916             sequences</li>
3917           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3918         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3919         <ul>
3920           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3921             www.jalview.org</li>
3922         </ul> <em>Application Known issues</em>
3923         <ul>
3924           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3925           <li>Misleading message appears after trying to delete
3926             solid column.</li>
3927           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3928             version launches</li>
3929           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3930             fails with a sequence mismatch</li>
3931           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3932             scrolling alignment to right</li>
3933           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3934             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3935           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3936             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3937           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3938             ultra-high resolution</li>
3939           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3940             quality and conservation</li>
3941           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3942             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3943         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3944         <ul>
3945           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3946           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3947             window is being resized</li>
3948
3949         </ul>
3950       </td>
3951     </tr>
3952     <tr>
3953       <td><div align="center">
3954           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3955         </div></td>
3956       <td><em>General</em>
3957         <ul>
3958           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3959             Certum.PL.</li>
3960           <li>Features and annotation preserved when performing
3961             pairwise alignment</li>
3962           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3963             imported/exported/displayed</li>
3964           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3965             protein secondary structure</li>
3966           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3967               post-hoc with 2.9 release</em>)
3968           </li>
3969
3970         </ul> <em>Application</em>
3971         <ul>
3972           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3973             with 3D structures</li>
3974           <li>Support for parsing RNAML</li>
3975           <li>Annotations menu for layout
3976             <ul>
3977               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3978               <li>place sequence annotation above/below alignment
3979                 annotation</li>
3980             </ul>
3981           <li>Output in Stockholm format</li>
3982           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3983             translation</li>
3984           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3985           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3986             shared between alignments</li>
3987           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3988             Jalview</li>
3989           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3990             all or current selection</li>
3991           <li>disorder and secondary structure predictions
3992             available as dataset annotation</li>
3993           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3994
3995
3996           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3997             alignments from Rfam</li>
3998           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3999
4000           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
4001             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
4002           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
4003           <li>include installation type in build properties and
4004             console log output</li>
4005           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
4006             annotation</li>
4007         </ul></td>
4008       <td>
4009         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
4010         <ul>
4011           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
4012             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
4013           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
4014             alignment</li>
4015           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
4016           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
4017           <li>Double click on sequence associated annotation
4018             selects only first column</li>
4019           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
4020             leaves shown in tree</li>
4021           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
4022             properly</li>
4023           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
4024           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
4025             screen and buttons not visible</li>
4026           <li>author list isn't updated if already written to
4027             Jalview properties</li>
4028           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
4029             from database</li>
4030           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
4031           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
4032             browser search window</li>
4033           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
4034             in feature settings dialog</li>
4035           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
4036             desktop</li>
4037           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
4038             pass validation</li>
4039           <li>Web services parameters dialog box is too large to
4040             fit on screen</li>
4041           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
4042             tooltip</li>
4043           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
4044             defined user preset</li>
4045           <li>MSA web services warns user if they were launched
4046             with invalid input</li>
4047           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
4048             Java 8</li>
4049           <li>
4050             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
4051             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
4052             created
4053           </li>
4054
4055         </ul> <!--  <em>Applet</em>
4056         <ul>
4057         </ul> <em>General</em>
4058         <ul>
4059         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
4060         <ul>
4061           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
4062             memory allocation</li>
4063           <li>launchApp service doesn't automatically open
4064             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
4065           <li>
4066             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
4067             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
4068             1.7_055 is available
4069           </li>
4070         </ul> <em>Application Known issues</em>
4071         <ul>
4072           <li>
4073             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
4074             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
4075             alignment to right
4076           </li>
4077           <li>
4078             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
4079             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
4080             with large number of ID
4081           </li>
4082           <li>
4083             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
4084             flatfile output of visible region has incorrect sequence
4085             start/end
4086           </li>
4087           <li>
4088             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
4089             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
4090             structure tracks are rearranged
4091           </li>
4092           <li>
4093             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
4094             invalid rna structure positional highlighting does not
4095             highlight position of invalid base pairs
4096           </li>
4097           <li>
4098             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
4099             out of memory errors are not raised when saving Jalview
4100             project from alignment window file menu
4101           </li>
4102           <li>
4103             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
4104             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
4105             structures
4106           </li>
4107           <li>
4108             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
4109             colour by RNA Helices not enabled when user created
4110             annotation added to alignment
4111           </li>
4112           <li>
4113             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
4114             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
4115           </li>
4116         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
4117         <ul>
4118           <li>
4119             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
4120             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
4121           </li>
4122           <li>
4123             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
4124             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
4125           </li>
4126
4127           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
4128             when selected</li>
4129         </ul>
4130       </td>
4131     </tr>
4132     <tr>
4133       <td><div align="center">
4134           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
4135         </div></td>
4136       <td>
4137         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
4138         <em>General</em>
4139         <ul>
4140           <li>Internationalisation of user interface (usually
4141             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
4142           <li>Define/Undefine group on current selection with
4143             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
4144           <li>Improved group creation/removal options in
4145             alignment/sequence Popup menu</li>
4146           <li>Sensible precision for symbol distribution
4147             percentages shown in logo tooltip.</li>
4148           <li>Annotation panel height set according to amount of
4149             annotation when alignment first opened</li>
4150         </ul> <em>Application</em>
4151         <ul>
4152           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
4153             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
4154           <li>Select columns containing particular features from
4155             Feature Settings dialog</li>
4156           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
4157             sequences</li>
4158           <li>Update Jalview project format:
4159             <ul>
4160               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
4161               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
4162                 store secondary structure annotation,etc)</li>
4163               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
4164                 colouring</li>
4165             </ul>
4166           </li>
4167           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
4168             (PAM250)</li>
4169           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
4170             flanking regions for an alignment</li>
4171         </ul>
4172       </td>
4173       <td>
4174         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
4175         <ul>
4176           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
4177             running after job is cancelled</li>
4178           <li>cannot export features from alignments imported from
4179             Jalview/VAMSAS projects</li>
4180           <li>Buggy slider for web service parameters that take
4181             float values</li>
4182           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
4183             have 'display all symbols' flag set</li>
4184           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
4185             annotation shading not saved in Jalview project</li>
4186           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
4187             Jalview</li>
4188           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
4189             Lion/Webstart</li>
4190           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
4191           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
4192           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
4193             alignment onto desktop</li>
4194           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
4195             'extract scores' function</li>
4196           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
4197             alignment window</li>
4198           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
4199             performing IUPred disorder prediction</li>
4200           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
4201             changing 'normalise logo' display setting</li>
4202           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
4203             nothing matches query</li>
4204           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
4205             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
4206           </li>
4207           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
4208             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
4209           </li>
4210           <li>Not all working JABAWS services are shown in
4211             Jalview's menu</li>
4212           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
4213             'invalid literal/length code'</li>
4214           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
4215             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
4216           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
4217             colourscheme</li>
4218
4219         </ul> <em>Applet</em>
4220         <ul>
4221           <li>Remove group option is shown even when selection is
4222             not a group</li>
4223           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
4224             don't affect groups</li>
4225           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
4226             colourscheme name</li>
4227           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
4228             Annotation panel is not displayed</li>
4229           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
4230             embedded windows</li>
4231         </ul> <em>Other</em>
4232         <ul>
4233           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
4234             single sequence were not calculated</li>
4235           <li>annotation files that contain only groups imported as
4236             annotation and junk sequences</li>
4237           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
4238             recognised as PFAM or BLC</li>
4239           <li>conservation/PID slider apply all groups option
4240             doesn't affect background (2.8.0b1)
4241           <li></li>
4242           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
4243           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
4244             trailing gaps</li>
4245           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
4246             registered correctly on import</li>
4247           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
4248             certain alignments</li>
4249           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
4250             existing annotation based 'use original colours'
4251             colourscheme loses original colours setting</li>
4252         </ul>
4253       </td>
4254     </tr>
4255     <tr>
4256       <td><div align="center">
4257           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
4258             <em>30/1/2014</em></strong>
4259         </div></td>
4260       <td>
4261         <ul>
4262           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
4263             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
4264             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
4265             open source project).
4266           </li>
4267           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
4268           <li>Output in Stockholm format</li>
4269           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
4270           <li>Export/import group and sequence associated line
4271             graph thresholds</li>
4272           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
4273             ambiguity codes</li>
4274           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
4275             selection (or visible selection) in the same way that JPred
4276             works</li>
4277           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
4278         </ul> <em>Other improvements</em>
4279         <ul>
4280           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
4281           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
4282             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
4283           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
4284             files</li>
4285           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
4286           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
4287             link but no description</li>
4288           <li>Select primary source when selecting authority in
4289             database fetcher GUI</li>
4290           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
4291             Jalview</li>
4292           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
4293         </ul>
4294       </td>
4295       <td>
4296         <ul>
4297           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
4298             displayed</li>
4299           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
4300             secondary structure annotation line</li>
4301           <li>Sequence database accessions not imported when
4302             fetching alignments from Rfam</li>
4303           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
4304             identical IDs</li>
4305           <li>View all structures does not always superpose
4306             structures</li>
4307           <li>Option widgets in service parameters not updated to
4308             reflect user or preset settings</li>
4309           <li>Null pointer exceptions for some services without
4310             presets or adjustable parameters</li>
4311           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
4312             discover PDB xRefs</li>
4313           <li>Exception encountered while trying to retrieve
4314             features with DAS</li>
4315           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
4316             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
4317           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
4318             residue follows a gap</li>
4319           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
4320             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
4321           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
4322             shown in wrap mode when no annotations present</li>
4323           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
4324             annotation already exists on alignment</li>
4325           <li>oninit javascript function should be called after
4326             initialisation completes</li>
4327           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
4328             alignment window display</li>
4329           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
4330           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
4331             to annotation file</li>
4332           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
4333             groups created</li>
4334           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
4335             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
4336           <li>Pressing return several times causes Number Format
4337             exceptions in keyboard mode</li>
4338           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
4339             correct partitions for input data</li>
4340           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
4341           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
4342           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
4343           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
4344             mode</li>
4345           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
4346             changes one row&#39;s threshold</li>
4347           <li>Preferences and Feature settings panel panel
4348             doesn&#39;t open</li>
4349           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
4350             quality histograms</li>
4351         </ul>
4352       </td>
4353     </tr>
4354     <tr>
4355       <td><div align="center">
4356           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
4357         </div></td>
4358       <td><em>Application</em>
4359         <ul>
4360           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
4361             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
4362           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
4363             preferences</li>
4364           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
4365             in Jalview alignment window</li>
4366           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
4367             mountain lion, windows 7, and 8</li>
4368           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
4369             RNA and ambiguity codes</li>
4370
4371           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
4372           <li>Support fetching and database reference look up
4373             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
4374             refs')</li>
4375           <li>Jalview project improvements
4376             <ul>
4377               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
4378                 flag for annotation</li>
4379               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
4380                 alignment</li>
4381               <li>Store AACon calculation settings for a view in
4382                 Jalview project</li>
4383
4384             </ul>
4385           </li>
4386           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
4387           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
4388             running</li>
4389           <li>Simpler JABA web services menus</li>
4390           <li>visual indication that web service results are still
4391             being retrieved from server</li>
4392           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
4393             starts up for first time</li>
4394           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
4395             services</li>
4396           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
4397             client library</li>
4398           <li>Examples directory and Groovy library included in
4399             InstallAnywhere distribution</li>
4400         </ul> <em>Applet</em>
4401         <ul>
4402           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
4403             visualization applet example</li>
4404         </ul> <em>General</em>
4405         <ul>
4406           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
4407           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
4408             defaults</li>
4409           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
4410             calculation</li>
4411           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
4412             matrices
4413           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
4414             in HTML</li>
4415           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
4416             structure contacts</li>
4417           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
4418           <li>RNA base pair logo consensus</li>
4419           <li>Parse sequence associated secondary structure
4420             information in Stockholm files</li>
4421           <li>HTML Export database accessions and annotation
4422             information presented in tooltip for sequences</li>
4423           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
4424             style RNA alignment files</li>
4425           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
4426             alignment</li>
4427           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
4428             shade each sequence according to its associated alignment
4429             annotation</li>
4430           <li>New Jalview Logo</li>
4431         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4432         <ul>
4433           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
4434           <li>New Website!</li>
4435         </ul></td>
4436       <td><em>Application</em>
4437         <ul>
4438           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
4439             wsdbfetch REST service</li>
4440           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
4441           <li>Filetype associations not installed for webstart
4442             launch</li>
4443           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4444             job execution in full once it is complete</li>
4445           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
4446             uploaded via ali_file parameter</li>
4447           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
4448           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
4449           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
4450             submitted for prediction</li>
4451           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
4452             desktop window</li>
4453           <li>Putting fractional value into integer text box in
4454             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
4455           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
4456             windows 7</li>
4457           <li>View all structures fails with exception shown in
4458             structure view</li>
4459           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
4460             escaped in a platform independent way</li>
4461           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
4462             using proxy</li>
4463           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
4464             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
4465           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
4466             failure when java web start temporary file caching is
4467             disabled</li>
4468           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
4469             results in sequence xref which includes range qualification</li>
4470           <li>Errors during processing of command line arguments
4471             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
4472           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
4473             DAS sources in sequence fetcher</li>
4474           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
4475             dialog is shown</li>
4476           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
4477           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
4478           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
4479           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
4480             on OSX Mountain Lion</li>
4481           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
4482             sequences with alignment annotation are pasted into the
4483             alignment</li>
4484           <li>Sequence associated annotation rows not associated
4485             when loaded from Jalview project</li>
4486           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
4487           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
4488             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4489           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4490             associated with all views</li>
4491           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4492             annotation rows to new window</li>
4493         </ul> <em>Applet</em>
4494         <ul>
4495           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4496             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4497           <li>loading features via javascript API automatically
4498             enables feature display</li>
4499           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4500             work</li>
4501         </ul> <em>General</em>
4502         <ul>
4503           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4504           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4505             and then deselected</li>
4506           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4507           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4508             coloured with clustalx</li>
4509           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4510             exceptions and redraw errors</li>
4511           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4512             reconfigured view</li>
4513           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4514             colour</li>
4515           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4516             for lots of labels</li>
4517         </ul>
4518     </tr>
4519     <tr>
4520       <td>
4521         <div align="center">
4522           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4523         </div>
4524       </td>
4525       <td><em>Application</em>
4526         <ul>
4527           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4528           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4529           <li>View/alignment association menu to enable user to
4530             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4531             its colours/correspondences from</li>
4532           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4533           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4534             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4535           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4536           <li>Annotation row column label formatting attributes
4537             stored in project file</li>
4538           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4539             rows preserved in Jalview project file</li>
4540           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4541             saved using Desktop window menu</li>
4542           <li>Visual indication that command line arguments are
4543             still being processed</li>
4544           <li>Groovy script execution from URL</li>
4545           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4546             preferences</li>
4547           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4548             alignment with sequences that have high similarity and
4549             matching IDs</li>
4550           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4551           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4552             structures in same window</li>
4553           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4554           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4555             analysis function in its own submenu</li>
4556         </ul> <em>Applet</em>
4557         <ul>
4558           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4559             groups</li>
4560           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4561           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4562           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4563           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4564           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4565             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4566           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4567           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4568             parameters are treated as such</li>
4569           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4570             <ul>
4571               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4572               <li>Javascript callbacks for
4573                 <ul>
4574                   <li>Applet initialisation</li>
4575                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4576                 </ul>
4577               </li>
4578               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4579                 functions</li>
4580               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4581               <li>javascript structure viewer harness to pass
4582                 messages between Jmol and Jalview when running as
4583                 distinct applets</li>
4584               <li>sortBy method</li>
4585               <li>Set of applet and application examples shipped
4586                 with documentation</li>
4587               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4588                 javascript message exchange</li>
4589             </ul>
4590         </ul> <em>General</em>
4591         <ul>
4592           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4593             multiple alignments</li>
4594           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4595           <li>User configurable link to enable redirects to a
4596             www.Jalview.org mirror</li>
4597           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4598           <li>Configurable newline string when writing alignment
4599             and other flat files</li>
4600           <li>Allow alignment annotation description lines to
4601             contain html tags</li>
4602         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4603         <ul>
4604           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4605             examples</li>
4606           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4607             using a web service before displaying the result in the
4608             Jalview desktop</li>
4609           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4610           <li>Ant target to publish example html files with applet
4611             archive</li>
4612           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4613           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4614         </ul></td>
4615       <td><em>Application</em>
4616         <ul>
4617           <li>User defined colourscheme throws exception when
4618             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4619           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4620             dialog for valid filename/format</li>
4621           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4622           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4623             P37173</li>
4624           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4625             which sequence is to be associated with the file</li>
4626           <li>Find All raises null pointer exception when query
4627             only matches sequence IDs</li>
4628           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4629           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4630             2.4 cannot be loaded</li>
4631           <li>Filetype associations not installed for webstart
4632             launch</li>
4633           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4634             with sequences in different alignments do not get coloured
4635             by their associated sequence</li>
4636           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4637             not preserved when project is loaded</li>
4638           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4639             stored in Jalview project</li>
4640           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4641             Jalview project</li>
4642           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4643           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4644             by conservation</li>
4645           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4646             created on new view</li>
4647           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4648             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4649           <li>Alignment quality not updated after alignment
4650             annotation row is hidden then shown</li>
4651           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4652             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4653           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4654             properly</li>
4655           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4656             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4657           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4658           <li>Structures imported from file and saved in project
4659             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4660           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4661             job execution in full once it is complete</li>
4662         </ul> <em>Applet</em>
4663         <ul>
4664           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4665             annotation rows are displayed</li>
4666           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4667             codebase</li>
4668           <li>View follows highlighting does not work for positions
4669             in sequences</li>
4670           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4671           <li>Export features raises exception when no features
4672             exist</li>
4673           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4674             for javascript api is modified when separator string
4675             provided as parameter</li>
4676           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4677             alignment with no existing selection</li>
4678           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4679             to applet&#39;s codebase</li>
4680           <li>Status bar not updated after finished searching and
4681             search wraps around to first result</li>
4682           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4683             several Jalview applets causes race conditions and memory
4684             leaks</li>
4685           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4686             not sent from Jmol in applet</li>
4687           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4688             applet API fatally hang browser</li>
4689         </ul> <em>General</em>
4690         <ul>
4691           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4692             position with wrapped view and hidden regions</li>
4693           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4694             with/without hidden columns</li>
4695           <li>Sequence length given in alignment properties window
4696             is off by 1</li>
4697           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4698             import PDB like structure files</li>
4699           <li>Positional search results are only highlighted
4700             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4701           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4702           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4703             given sequence position</li>
4704           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4705             output</li>
4706           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4707             from nucleotide chains correctly</li>
4708           <li>Structure colours not updated when tree partition
4709             changed in alignment</li>
4710           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4711             parsed in interleaved stockholm</li>
4712           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4713             state</li>
4714           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4715             properly</li>
4716           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4717             properly associated with their pdb files</li>
4718         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4719         <ul>
4720           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4721             ApplyCopyright tool</li>
4722         </ul></td>
4723     </tr>
4724     <tr>
4725       <td>
4726         <div align="center">
4727           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4728         </div>
4729       </td>
4730       <td><em>Application</em>
4731         <ul>
4732           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4733             contact web services</li>
4734           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4735             service job window</li>
4736           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4737         </ul></td>
4738       <td>
4739         <ul>
4740           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4741             pir file emitted by Jalview</li>
4742           <li>Existing feature settings transferred to new
4743             alignment view created from cut'n'paste</li>
4744           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4745             parsing PDB files</li>
4746           <li>Consensus and conservation annotation rows
4747             occasionally become blank for all new windows</li>
4748           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4749             in wrapped view mode</li>
4750         </ul> <em>Application</em>
4751         <ul>
4752           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4753             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4754           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4755             parameter names</li>
4756           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4757             is down</li>
4758         </ul>
4759       </td>
4760     </tr>
4761     <tr>
4762       <td>
4763         <div align="center">
4764           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4765         </div>
4766       </td>
4767       <td><em>Application</em>
4768         <ul>
4769           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4770             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4771             (JABAWS)
4772           </li>
4773           <li>Web Services preference tab</li>
4774           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4775             preferences</li>
4776           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4777           <li>Superpose structures using associated sequence
4778             alignment</li>
4779           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4780             viewer</li>
4781         </ul> <em>Applet</em>
4782         <ul>
4783           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4784             link out mechanism</li>
4785         </ul> <em>Other</em>
4786         <ul>
4787           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4788             series 12</li>
4789           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4790             require Java 1.5</li>
4791           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4792             sequence annotation files</li>
4793           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4794             type colour specification</li>
4795           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4796             script to check if it being run in an interactive session or
4797             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4798         </ul></td>
4799       <td>
4800         <ul>
4801           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4802             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4803         </ul> <em>Application</em>
4804         <ul>
4805           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4806             selected Regions menu item</li>
4807           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4808             part of a valid accession ID</li>
4809           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4810             runs out of memory</li>
4811           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4812             analysis results</li>
4813           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4814             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4815           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4816         </ul> <em>Applet</em>
4817         <ul>
4818           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4819             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4820             defined.</li>
4821         </ul>
4822       </td>
4823     </tr>
4824     <tr>
4825       <td>
4826         <div align="center">
4827           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4828         </div>
4829       </td>
4830       <td></td>
4831       <td>
4832         <ul>
4833           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4834             sequence IDs</li>
4835           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4836             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4837           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4838             import correctly</li>
4839           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4840             number of columns are hidden</li>
4841           <li>annotation label popup menu not providing correct
4842             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4843             present</li>
4844           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4845             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4846           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4847             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4848
4849         </ul> <em>Applet</em>
4850         <ul>
4851           <li>annotation panel disappears when annotation is
4852             hidden/removed</li>
4853         </ul> <em>Application</em>
4854         <ul>
4855           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4856             alignment opened where annotation panel is visible but no
4857             annotations are present on alignment</li>
4858           <li>pasted region containing hidden columns is
4859             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4860           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4861             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4862           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4863             selected Rregions menu item.</li>
4864           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4865             'Un' or 'Non'conserved</li>
4866           <li>Sequence feature settings are being shared by
4867             multiple distinct alignments</li>
4868           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4869             changed</li>
4870           <li>double click on group annotation to select sequences
4871             does not propagate to associated trees</li>
4872           <li>Mac OSX specific issues:
4873             <ul>
4874               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4875                 window background</li>
4876               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4877                 name set correctly</li>
4878               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4879                 save feature colourscheme button</li>
4880             </ul>
4881           </li>
4882         </ul>
4883       </td>
4884     </tr>
4885     <tr>
4886
4887       <td>
4888         <div align="center">
4889           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4890         </div>
4891       </td>
4892       <td><em>New Capabilities</em>
4893         <ul>
4894           <li>URL links generated from description line for
4895             regular-expression based URL links (applet and application)
4896
4897
4898           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4899             menu</li>
4900           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4901             structures</li>
4902           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4903             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4904           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4905             average score or total feature count for each sequence.</li>
4906           <li>Shading features by score or associated description</li>
4907           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4908             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4909           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4910             hide everything but the currently selected region.</li>
4911           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4912         </ul> <em>Application</em>
4913         <ul>
4914           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4915             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4916           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4917             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4918           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4919             database references and protein_name is parsed as
4920             description line (BioSapiens terms).</li>
4921           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4922             references in sequence ID tooltip from View menu in
4923             application.</li>
4924           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4925       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4926           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4927             conservation plots</li>
4928           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4929             and visualized as sequence logos</li>
4930           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4931             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4932           </li>
4933           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4934             when a new tree is opened.</li>
4935           <li>Jalview Java Console</li>
4936           <li>Better placement of desktop window when moving
4937             between different screens.</li>
4938           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4939             consensus annotation</li>
4940           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4941             Workflows</li>
4942           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4943             <ul>
4944               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4945                 used to preserve views, structures, and tree display
4946                 settings)</li>
4947               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4948                 command line</li>
4949               <li>Sharing of selected regions between views and
4950                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4951               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4952             </ul></li>
4953         </ul> <em>Applet</em>
4954         <ul>
4955           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4956           <li>New Parameters
4957             <ul>
4958               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4959                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4960                 opened.</li>
4961               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4962                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4963               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4964                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4965               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4966                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4967                 view</li>
4968               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4969                 increase the height or width of a cell in the alignment
4970                 grid relative to the current font size.</li>
4971             </ul>
4972           </li>
4973           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4974             tooltip</li>
4975         </ul> <em>Other</em>
4976         <ul>
4977           <li>Features format: graduated colour definitions and
4978             specification of feature scores</li>
4979           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4980             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4981             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4982           <li>XML formats extended to support graduated feature
4983             colourschemes, group associated annotation, and profile
4984             visualization settings.</li></td>
4985       <td>
4986         <ul>
4987           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4988             rather than description</li>
4989           <li>Non-positional features are now included in sequence
4990             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4991             visibility in tooltip).</li>
4992           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4993           <li>Added URL embedding instructions to features file
4994             documentation.</li>
4995           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4996             'X' in peptide product</li>
4997           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4998             sequence ID and sequence string and query strings do not
4999             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
5000           <li>AMSA files only contain first column of
5001             multi-character column annotation labels</li>
5002           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
5003             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
5004             exported and re-imported)</li>
5005           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
5006             name</li>
5007           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
5008             as subsequence matches, and correctly reports total number
5009             of both.</li>
5010           <li>Application:
5011             <ul>
5012               <li>Better handling of exceptions during sequence
5013                 retrieval</li>
5014               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
5015                 link text excludes the start_end suffix</li>
5016               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
5017                 when fetch or registry operations in progress.</li>
5018               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
5019               <li>Sequence description lines properly shared via
5020                 VAMSAS</li>
5021               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
5022                 data sources</li>
5023               <li>Ensured that command line das feature retrieval
5024                 completes before alignment figures are generated.</li>
5025               <li>Reduced time taken when opening file browser for
5026                 first time.</li>
5027               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
5028                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
5029               <li>User defined group colours properly recovered
5030                 from Jalview projects.</li>
5031             </ul>
5032           </li>
5033         </ul>
5034       </td>
5035
5036     </tr>
5037     <tr>
5038       <td>
5039         <div align="center">
5040           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
5041         </div>
5042       </td>
5043       <td>
5044         <ul>
5045           <li>Experimental support for google analytics usage
5046             tracking.</li>
5047           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
5048         </ul>
5049       </td>
5050       <td>
5051         <ul>
5052           <li>Race condition in applet preventing startup in
5053             jre1.6.0u12+.</li>
5054           <li>Exception when feature created from selection beyond
5055             length of sequence.</li>
5056           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
5057           <li>Sequence associated annotation rows associate with
5058             all sequences with a given id</li>
5059           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
5060             ID string searches</li>
5061           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
5062             alignment to fail with exception</li>
5063         </ul> <em>Application Issues</em>
5064         <ul>
5065           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
5066           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
5067             data sources</li>
5068         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
5069         <ul>
5070           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
5071             issue with installAnywhere mechanism)</li>
5072           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
5073             version (java class versioning error fixed)</li>
5074         </ul>
5075       </td>
5076     </tr>
5077     <tr>
5078       <td>
5079
5080         <div align="center">
5081           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
5082         </div>
5083       </td>
5084       <td><em>User Interface</em>
5085         <ul>
5086           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
5087             translation and protein products</li>
5088           <li>Linked highlighting of structure associated with
5089             residue mapping to codon position</li>
5090           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
5091             and 'clear' button</li>
5092           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
5093             Tools menu</li>
5094           <li>Extract score function to parse whitespace separated
5095             numeric data in description line</li>
5096           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
5097           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
5098             of sequence</li>
5099         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
5100         <ul>
5101           <li>JPred3 web service</li>
5102           <li>Prototype sequence search client (no public services
5103             available yet)</li>
5104           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
5105             PFAM</li>
5106           <li>URL Links created for matching database cross
5107             references as well as sequence ID</li>
5108           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
5109         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
5110         <ul>
5111           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
5112             databases</li>
5113           <li>Generalised database reference retrieval and
5114             validation to all fetchable databases</li>
5115           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
5116             sequence command</li>
5117         </ul> <em>Import and Export</em>
5118         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
5119         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
5120           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
5121         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
5122           File</li>
5123         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
5124           triplet as name of colourscheme</li>
5125         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
5126         <ul>
5127           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
5128           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
5129             alignments (experimental)</li>
5130           <li>Create new or select existing session to join</li>
5131           <li>load and save of vamsas documents</li>
5132         </ul> <em>Application command line</em>
5133         <ul>
5134           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
5135             from applet)</li>
5136           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
5137             of DAS servers to query for alignment features</li>
5138           <li>-dasserver command line argument to add new servers
5139             that are also automatically queried for features</li>
5140           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
5141             script after all input data has been loaded and parsed</li>
5142         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
5143         <ul>
5144           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
5145             application (when using &quot;View in full
5146             application&quot;)</li>
5147         </ul> <em>Applet Parameters</em>
5148         <ul>
5149           <li>feature group display control parameter</li>
5150           <li>debug parameter</li>
5151           <li>showbutton parameter</li>
5152         </ul> <em>Applet API methods</em>
5153         <ul>
5154           <li>newView public method</li>
5155           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
5156           <li>Feature display control methods</li>
5157           <li>get list of currently selected sequences</li>
5158         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
5159         <ul>
5160           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
5161           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
5162             Jalview release.</li>
5163           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
5164             property controls execution of obfuscator</li>
5165           <li>Build target for generating source distribution</li>
5166           <li>Debug flag for javacc</li>
5167           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
5168             jalview.bin.Cache</li>
5169           <li>Continuous Build Integration for stable and
5170             development version of Application, Applet and source
5171             distribution</li>
5172         </ul></td>
5173       <td>
5174         <ul>
5175           <li>selected region output includes visible annotations
5176             (for certain formats)</li>
5177           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
5178             for editing</li>
5179           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
5180           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
5181           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
5182           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
5183             comments</li>
5184           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
5185             filenames containing a ':'</li>
5186           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
5187             global sequence features</li>
5188           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
5189             references from alignment sequences goes to zero</li>
5190           <li>Close of tree branch colour box without colour
5191             selection causes cascading exceptions</li>
5192           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
5193           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
5194             file parsing fails.</li>
5195           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
5196           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
5197             not a valid output format</li>
5198           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
5199             vamsas</li>
5200           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
5201           <li>error messages passed up and output when data read
5202             fails</li>
5203           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
5204             sequence is edited</li>
5205           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
5206             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
5207           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
5208             filetype</li>
5209           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
5210             import fixed for PFAM records</li>
5211           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
5212             window list</li>
5213           <li>annotation consisting of sequence associated scores
5214             can be read and written correctly to annotation file</li>
5215           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
5216             correctly</li>
5217           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
5218             non-italic font for representatives in Applet</li>
5219           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
5220             Macs.</li>
5221           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
5222             Applet)</li>
5223           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
5224             due to null pointer exceptions</li>
5225           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
5226             first column of alignment</li>
5227           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
5228             July 2008</li>
5229           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
5230             file is case-insensitive</li>
5231           <li>Sequence features read from Features file appended to
5232             all sequences with matching IDs</li>
5233           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
5234             containing a sub-sequence</li>
5235           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
5236           <li>feature and annotation file applet parameters
5237             referring to different directories are retrieved correctly</li>
5238           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
5239           <li>Fixed application hang whilst waiting for
5240             splash-screen version check to complete</li>
5241           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
5242             when passing them to the launchApp service</li>
5243           <li>display name and local features preserved in results
5244             retrieved from web service</li>
5245           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
5246             sequence fetcher initialisation</li>
5247           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
5248             dasobert DAS client</li>
5249           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
5250             association</li>
5251           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
5252             sequences
5253           </li>
5254         </ul>
5255       </td>
5256     </tr>
5257     <tr>
5258       <td>
5259         <div align="center">
5260           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
5261         </div>
5262       </td>
5263       <td>
5264         <ul>
5265           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
5266           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
5267           <li>Slide sequences</li>
5268           <li>Edit sequence in place</li>
5269           <li>EMBL CDS features</li>
5270           <li>DAS Feature mapping</li>
5271           <li>Feature ordering</li>
5272           <li>Alignment Properties</li>
5273           <li>Annotation Scores</li>
5274           <li>Sort by scores</li>
5275           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
5276         </ul>
5277       </td>
5278       <td>
5279         <ul>
5280           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
5281           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
5282           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
5283           <li>Feature group display state in XML</li>
5284           <li>Feature ordering in XML</li>
5285           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
5286           <li>Stockholm alignment properties</li>
5287           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
5288           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
5289           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
5290           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
5291         </ul>
5292       </td>
5293
5294     </tr>
5295     <tr>
5296       <td>
5297         <div align="center">
5298           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
5299         </div>
5300       </td>
5301       <td>
5302         <ul>
5303           <li>Non standard characters can be read and displayed
5304           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
5305             applet via textbox
5306           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
5307             name &amp; description
5308           <li>Preference setting to display sequence name in
5309             italics
5310           <li>Annotation file format extended to allow
5311             Sequence_groups to be defined
5312           <li>Default opening of alignment overview panel can be
5313             specified in preferences
5314           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
5315             sequences
5316         </ul>
5317       </td>
5318       <td>
5319         <ul>
5320           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
5321             installed
5322           <li>Annotation file export / import bugs fixed
5323           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
5324         </ul>
5325       </td>
5326     </tr>
5327     <tr>
5328       <td>
5329         <div align="center">
5330           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
5331         </div>
5332       </td>
5333       <td>
5334         <ul>
5335           <li>Multiple views on alignment
5336           <li>Sequence feature editing
5337           <li>&quot;Reload&quot; alignment
5338           <li>&quot;Save&quot; to current filename
5339           <li>Background dependent text colour
5340           <li>Right align sequence ids
5341           <li>User-defined lower case residue colours
5342           <li>Format Menu
5343           <li>Select Menu
5344           <li>Menu item accelerator keys
5345           <li>Control-V pastes to current alignment
5346           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
5347           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
5348           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
5349
5350
5351           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
5352         </ul>
5353       </td>
5354       <td>
5355         <ul>
5356           <li>New memory efficient Undo/Redo System
5357           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
5358             calculations
5359           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
5360             edits
5361           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
5362             of alignment)
5363           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
5364
5365
5366           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
5367             display correctly
5368           <li>Re-instated Zoom function for PCA
5369           <li>Sequence descriptions conserved in web service
5370             analysis results
5371           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
5372             &#8739;
5373           <li>WsDbFetch query/result association resolved
5374           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
5375           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
5376
5377
5378         </ul>
5379       </td>
5380     </tr>
5381     <tr>
5382       <td>
5383         <div align="center">
5384           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
5385         </div>
5386       </td>
5387       <td>
5388         <ul>
5389           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
5390         </ul>
5391       </td>
5392       <td>
5393         <ul>
5394           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
5395             sequence id panel has been resized</li>
5396           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
5397             rendered</li>
5398           <li>Annotation files with sequence references - all
5399             elements in file are relative to sequence position</li>
5400           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
5401         </ul>
5402       </td>
5403     </tr>
5404     <tr>
5405       <td>
5406         <div align="center">
5407           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
5408         </div>
5409       </td>
5410       <td>
5411         <ul>
5412           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
5413           <li>DAS Feature fetching</li>
5414           <li>Hide sequences and columns</li>
5415           <li>Export Annotations and Features</li>
5416           <li>GFF file reading / writing</li>
5417           <li>Associate structures with sequences from local PDB
5418             files</li>
5419           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
5420           <li>Recently opened files / URL lists</li>
5421           <li>Applet can launch the full application</li>
5422           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
5423             required)</li>
5424           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
5425           <li>Applet can load sequences from parameter
5426             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
5427           </li>
5428         </ul>
5429       </td>
5430       <td>
5431         <ul>
5432           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
5433           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
5434           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
5435         </ul>
5436       </td>
5437     </tr>
5438     <tr>
5439       <td>
5440         <div align="center">
5441           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
5442         </div>
5443       </td>
5444       <td>
5445         <ul>
5446           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
5447           <li>Choose to match case when searching</li>
5448           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
5449             expand the visible width and height of the alignment</li>
5450         </ul>
5451       </td>
5452       <td>
5453         <ul>
5454           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
5455         </ul>
5456       </td>
5457     </tr>
5458     <tr>
5459       <td>
5460         <div align="center">
5461           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
5462         </div>
5463       </td>
5464       <td>&nbsp;</td>
5465       <td>
5466         <ul>
5467           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
5468           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
5469             value</li>
5470         </ul>
5471       </td>
5472     </tr>
5473     <tr>
5474       <td>
5475         <div align="center">
5476           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
5477         </div>
5478       </td>
5479       <td>
5480         <ul>
5481           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
5482           <li>Keyboard editing</li>
5483           <li>Create sequence features from searches</li>
5484           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
5485             alignments</li>
5486           <li>Features file allows grouping of features</li>
5487           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
5488           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
5489           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
5490         </ul>
5491       </td>
5492       <td>
5493         <ul>
5494           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5495           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5496             descriptions saved.</li>
5497         </ul>
5498       </td>
5499     </tr>
5500     <tr>
5501       <td>
5502         <div align="center">
5503           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5504         </div>
5505       </td>
5506       <td>
5507         <ul>
5508           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5509           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5510           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5511             name for file output</li>
5512           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5513           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5514             used for HTML form input</li>
5515         </ul>
5516       </td>
5517       <td>
5518         <ul>
5519           <li>HTML output writes groups and features</li>
5520           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5521           <li>File IO bugs</li>
5522         </ul>
5523       </td>
5524     </tr>
5525     <tr>
5526       <td>
5527         <div align="center">
5528           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5529         </div>
5530       </td>
5531       <td>
5532         <ul>
5533           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5534           <li>More options for PCA viewer</li>
5535         </ul>
5536       </td>
5537       <td>
5538         <ul>
5539           <li>GUI bugs resolved</li>
5540           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5541         </ul>
5542       </td>
5543     </tr>
5544     <tr>
5545       <td height="63">
5546         <div align="center">
5547           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5548         </div>
5549       </td>
5550       <td>
5551         <ul>
5552           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5553           <li>Jar files are executable</li>
5554           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5555         </ul>
5556       </td>
5557       <td>
5558         <ul>
5559           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5560           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5561           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5562         </ul>
5563       </td>
5564     </tr>
5565     <tr>
5566       <td>
5567         <div align="center">
5568           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5569         </div>
5570       </td>
5571       <td>
5572         <ul>
5573           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5574         </ul>
5575       </td>
5576       <td>
5577         <ul>
5578           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5579         </ul>
5580       </td>
5581     </tr>
5582     <tr>
5583       <td>
5584         <div align="center">
5585           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5586         </div>
5587       </td>
5588       <td>
5589         <ul>
5590           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5591             size</li>
5592         </ul>
5593       </td>
5594       <td>
5595         <ul>
5596           <li>Improved JPred client reliability</li>
5597           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5598         </ul>
5599       </td>
5600     </tr>
5601     <tr>
5602       <td>
5603         <div align="center">
5604           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5605         </div>
5606       </td>
5607       <td>
5608         <ul>
5609           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5610           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5611           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5612             to Colour Menu</li>
5613           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5614           <li>Unix users can set default web browser</li>
5615           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5616           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5617         </ul>
5618       </td>
5619       <td>
5620         <ul>
5621           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5622         </ul>
5623       </td>
5624     </tr>
5625     <tr>
5626       <td>
5627         <div align="center">
5628           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5629         </div>
5630       </td>
5631       <td>&nbsp;</td>
5632       <td>
5633         <ul>
5634           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5635             alignment order.</li>
5636         </ul>
5637       </td>
5638     </tr>
5639     <tr>
5640       <td>
5641         <div align="center">
5642           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5643         </div>
5644       </td>
5645       <td>
5646         <ul>
5647           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5648           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5649           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5650             annotations.</li>
5651           <li>Version and build date written to build properties
5652             file.</li>
5653           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5654             at launch of Jalview.</li>
5655         </ul>
5656       </td>
5657       <td>
5658         <ul>
5659           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5660           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5661           <li>Can remove groups one by one.</li>
5662           <li>Filechooser icons installed.</li>
5663           <li>Finder ignores return character when searching.
5664             Return key will initiate a search.<br>
5665           </li>
5666         </ul>
5667       </td>
5668     </tr>
5669     <tr>
5670       <td>
5671         <div align="center">
5672           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5673         </div>
5674       </td>
5675       <td>
5676         <ul>
5677           <li>New codebase</li>
5678         </ul>
5679       </td>
5680       <td>&nbsp;</td>
5681     </tr>
5682   </table>
5683   <p>&nbsp;</p>
5684 </body>
5685 </html>