help/help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>What's new ?</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Jalview 2.11.1.3</strong>
  28   </p>
  29   <p>Jalview 2.11.1.3 is the third patch release, fixing a bug
  30     introduced in last weeks Jalview 2.11.1.1 release affecting display
  31     of Jalview's example project for some users. Together, these
  32     releases include fixes for a number of critical bugs, and also contains a
  33     handful of new features suggested by the Jalview community.</p>
  34   <ul>
  35     <li>Shift+arrow keys navigate to next gap or residue in cursor
  36       mode (enable with F2)</li>
  37     <li>Support import of VCF 4.3 by updating HTSJDK from 2.12 to
  38       2.23</li>
  39     <li>Improved recognition of GZipped files from local disk or
  40       retrieved via the web</li>
  41     <li>EMBL and EMBL CDS database records retrieved from the
  42       European Nucleotide Archive's Data API as 'EMBL Flatfile' records</li>
  43     <li>Improved <a href="logging.html">Java Console and
  44         logging</a> to help track down problems
  45     </li>
  46     <li>Improved support for Hi-DPI (4K) screens when running on
  47       Linux (Requires Java 11+)</li>
  48   </ul>
  49   <p>Critical bug fixes include</p>
  50   <ul>
  51     <li>Jalview runs correctly when launched with Turkish language
  52       settings</li>
  53     <li>Peptide-to-CDS tracking broken when multiple EMBL gene
  54       products shown for a single contig (such as viral genomes)</li>
  55     <li>Errors encountered when processing variants from VCF files
  56       yield "Error processing VCF: Format specifier '%s'" on the console</li>
  57     <li>Count of features not shown can be wrong when there are
  58       both DNA and Protein features mapped to the position under
  59       the cursor</li>
  60     <li>Sequence ID for reference sequence is clipped when Right
  61       align Sequence IDs enabled</li>
  62     <li>Find doesn't report matches that span hidden gapped columns</li>
  63     <li>Jalview ignores file format parameter specifying output
  64       format when exporting an alignment via the command line</li>
  65   </ul>
  66   <p>
  67     For the full release notes, see <a href="releases.html#Jalview.2.11.1.1">the
  68       Jalview 2.11.1.1 release notes</a>.
  69   </p>
  70   <p>
  71     <strong>Known Issues</strong>
  72   </p>
  73   <ul>
  74     <li>We've had reports from a small number of windows 10 users
  75       who see a warning dialog pop up when Jalview tries to save a new
  76       version of an existing file. If you are affected by this bug and
  77       this latest version of Jalview doesn't fix it, please let us know!</li>
  78     <li>Co-located features exported and re-imported are ordered
  79       differently when shown on alignment and in tooltips. (Also affects
  80       v2.11.1.0)</li>
  81     <li>Drag and drop of alignment file onto alignment window when
  82       in a HiDPI scaled mode in Linux only works for the top left
  83       quadrant of the alignment window</li>
  84   </ul>
  85 </body>
  86 </html>