JAL-3758 tweak what’s new for!
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1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>What's new ?</title>
24 </head>
25 <body>
26   <p>
27     <strong>Jalview</strong>
28   </p>
29   <p>Jalview is the second patch release, fixing a bug
30     introduced in last weeks Jalview release affecting display
31     of Jalview's example project for some users. Together, these
32     releases include fixes for a number of critical bugs, and also contains a
33     handful of new features suggested by the Jalview community.</p>
34   <ul>
35     <li>Shift+arrow keys navigate to next gap or residue in cursor
36       mode (enable with F2)</li>
37     <li>Support import of VCF 4.3 by updating HTSJDK from 2.12 to
38       2.23</li>
39     <li>Improved recognition of GZipped files from local disk or
40       retrieved via the web</li>
41     <li>EMBL and EMBL CDS database records retrieved from the
42       European Nucleotide Archive's Data API as 'EMBL Flatfile' records</li>
43     <li>Improved <a href="logging.html">Java Console and
44         logging</a> to help track down problems
45     </li>
46     <li>Improved support for Hi-DPI (4K) screens when running on
47       Linux (Requires Java 11+)</li>
48   </ul>
49   <p>Critical bug fixes include</p>
50   <ul>
51     <li>Jalview runs correctly when launched with Turkish language
52       settings</li>
53     <li>Peptide-to-CDS tracking broken when multiple EMBL gene
54       products shown for a single contig (such as viral genomes)</li>
55     <li>Errors encountered when processing variants from VCF files
56       yield "Error processing VCF: Format specifier '%s'" on the console</li>
57     <li>Count of features not shown can be wrong when there are
58       both DNA and Protein features mapped to the position under
59       the cursor</li>
60     <li>Sequence ID for reference sequence is clipped when Right
61       align Sequence IDs enabled</li>
62     <li>Find doesn't report matches that span hidden gapped columns</li>
63     <li>Jalview ignores file format parameter specifying output
64       format when exporting an alignment via the command line</li>
65   </ul>
66   <p>
67     For the full release notes, see <a href="releases.html#Jalview.">the
68       Jalview release notes</a>.
69   </p>
70   <p>
71     <strong>Known Issues</strong>
72   </p>
73   <ul>
74     <li>We've had reports from a small number of windows 10 users
75       who see a warning dialog pop up when Jalview tries to save a new
76       version of an existing file. If you are affected by this bug and
77       this latest version of Jalview doesn't fix it, please let us know!</li>
78     <li>Co-located features exported and re-imported are ordered
79       differently when shown on alignment and in tooltips. (Also affects
80       v2.11.1.0)</li>
81     <li>Drag and drop of alignment file onto alignment window when
82       in a HiDPI scaled mode in Linux only works for the top left
83       quadrant of the alignment window</li>
84   </ul>
85 </body>
86 </html>