help/markdown/releases/release-2_10_2.md

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   2 channel: release
   3 version: 2.10.2
   4 date: 2017-08-17
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   7 ## New Features
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  11 ### Calculations
  12   - <!-- JAL-1933 -->  Occupancy annotation row shows number of ungapped positions in each column of the alignment.
  13   - <!-- JAL-1632 -->  Tree/PCA calculation menu items merged to a calculation dialog box
  14   - <!-- JAL-2379 -->  Revised implementation of PCA for speed and memory efficiency (~30x faster)
  15   - <!-- JAL-2403 -->  Revised implementation of sequence similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus and other calculations
  16   - <!-- JAL-2416 -->  Score matrices are stored as resource files within the Jalview codebase
  17   - <!-- JAL-2500 -->  Trees computed on Sequence Feature Similarity may have different topology due to increased precision
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  20 ### Rendering
  21   - <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->  More robust colours and shader model for alignments and groups
  22   - <!--  JAL-384 -->  Custom shading schemes created via groovy scripts
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  25 ### Overview
  26   - <!--  JAL-2526 -->  Efficiency improvements for interacting with alignment and overview windows
  27   - <!-- JAL-2514 -->  Scrolling of wrapped alignment views via overview
  28   - <!-- JAL-2388 -->  Hidden columns and sequences can be omitted in Overview
  29   - <!-- JAL-2611 -->  Click-drag in visible area allows fine adjustment of visible position
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  32 ### Data import/export
  33   - <!-- JAL-2535 -->  Posterior probability annotation from Stockholm files imported as sequence associated annotation
  34   - <!-- JAL-2507 -->  More robust per-sequence positional annotation input/output via stockholm flatfile
  35   - <!-- JAL-2533 -->  Sequence names don't include file extension when importing structure files without embedded names or PDB accessions
  36   - <!-- JAL-2416 -->  Drag and drop load of AAIndex and NCBI format sequence substitution matrices
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  39 ### User Interface
  40   - <!-- JAL-2447 -->   Experimental Features Checkbox in Desktop's Tools menu to hide or show untested features in the application.
  41   - <!--  JAL-2491 -->  Linked scrolling of CDS/Protein views via Overview or sequence motif search operations
  42   - <!-- JAL-2547 -->  Amend sequence features dialog box can be opened by double clicking gaps within sequence feature extent
  43   - <!-- JAL-1476 -->  Status bar message shown when not enough aligned positions were available to create a 3D structure superposition.
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  46 ### 3D Structure
  47   - <!-- JAL-2430 -->  Hidden regions in alignment views are not coloured in linked structure views
  48   - <!-- JAL-1596 -->  Faster Chimera/Jalview communication by file-based command exchange
  49   - <!-- JAL-2375 -->  Structure chooser automatically shows Cached Structures rather than querying the PDBe if structures are already available for sequences
  50   - <!-- JAL-2520 -->  Structures imported via URL are cached in the Jalview project rather than downloaded again when the project is reopened.
  51   - <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->  New entries in the Chimera menu to transfer Chimera's structure attributes as Jalview features, and vice-versa (**Experimental Feature**)
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  54 ### Web Services
  55   - <!-- JAL-2549 -->  Updated JABAWS client to v2.2
  56   - <!-- JAL-2335 -->  Filter non-standard amino acids and nucleotides when submitting to AACon and other MSA Analysis services
  57   - <!-- JAL-2316, -->  URLs for viewing database cross-references provided by identifiers.org and the EMBL-EBI's MIRIAM DB
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  60 ### Scripting
  61   - <!-- JAL-2344 -->  FileFormatI interface for describing and identifying file formats (instead of String constants)
  62   - <!-- JAL-2228 -->  FeatureCounter script refactored for efficiency when counting all displayed features (not backwards compatible with 2.10.1)
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  65 ### Example files
  66   - <!-- JAL-2631 -->  Graduated feature colour style example included in the example feature file
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  69 ### Documentation
  70   - <!-- JAL-2339 -->  Release notes reformatted for readability with the built-in Java help viewer
  71   - <!-- JAL-1644 -->  Find documentation updated with 'search sequence description' option
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  74 ### Test Suite
  75   - <!-- JAL-2485, -->  External service integration tests for Uniprot REST Free Text Search Client
  76   - <!--  JAL-2474 -->  Added PrivilegedAccessor to test suite
  77   - <!-- JAL-2326 -->  Prevent or clear modal dialogs raised during tests
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  80 ## Issues Resolved
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  84 ### Calculations
  85   - <!-- JAL-2398, -->  Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score matrix - C->R should be '-3'<br/>
  86 Old matrix restored with this one-line groovy script:<br/>
  87 jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
  88   - <!-- JAL-2397 --> []() Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix based Tree calculations.<br/>
  89  <br/>
  90 In earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more. In the PCA calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so different costs were applied, which meant Jalview's PCAs were different to those produced by SeqSpace.<br/>
  91 Jalview now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores them as 0). <br/>
  92  <br/>
  93 Enter the following in the Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br/>
  94  jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true // for 2.10.1 mode <br/>
  95  jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false // to restore 2.10.2 mode <br/>
  96  <br/>
  97  *Note: these settings will affect all subsequent tree and PCA calculations (not recommended)*
  98   - <!-- JAL-2424 -->  Fixed off-by-one bug that affected scaling of branch lengths for trees computed using Sequence Feature Similarity.
  99   - <!-- JAL-2377 -->  PCA calculation could hang when generating output report when working with highly redundant alignments
 100   - <!-- JAL-2544 -->   Sort by features includes features to right of selected region when gaps present on right-hand boundary
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 103 ### User Interface
 104   - <!-- JAL-2346 -->  Reopening Colour by annotation dialog doesn't reselect a specific sequence's associated annotation after it was used for colouring a view
 105   - <!-- JAL-2419 -->  Current selection lost if popup menu opened on a region of alignment without groups
 106   - <!-- JAL-2374 -->  Popup menu not always shown for regions of an alignment with overlapping groups
 107   - <!-- JAL-2310 -->  Finder double counts if both a sequence's name and description match
 108   - <!-- JAL-2370 -->  Hiding column selection containing two hidden regions results in incorrect hidden regions
 109   - <!-- JAL-2386 -->  'Apply to all groups' setting when changing colour does not apply Conservation slider value to all groups
 110   - <!-- JAL-2373 -->  Percentage identity and conservation menu items do not show a tick or allow shading to be disabled
 111   - <!-- JAL-2385 -->  Conservation shading or PID threshold lost when base colourscheme changed if slider not visible
 112   - <!-- JAL-2547 -->  Sequence features shown in tooltip for gaps before start of features
 113   - <!-- JAL-2623 -->  Graduated feature colour threshold not restored to UI when feature colour is edited
 114   - <!-- JAL-147 -->  Vertical scrollbar jumps one page-width at a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 115   - <!-- JAL-2630 -->  Structure and alignment overview update as graduate feature colour settings are modified via the dialog box
 116   - <!-- JAL-2034 -->  Overview window doesn't always update when a group defined on the alignment is resized
 117   - <!-- JAL-2605 -->  Mouseovers on left/right scale region in wrapped view result in positional status updates
 118   - <!-- JAL-2563 -->  Status bar doesn't show position for ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 119   - <!-- JAL-2602 -->  Copy consensus sequence failed if alignment included gapped columns
 120   - <!-- JAL-2473 -->  Minimum size set for Jalview windows so widgets don't permanently disappear
 121   - <!-- JAL-2503 -->  Cannot select or filter quantitative annotation that are shown only as column labels (e.g. T-Coffee column reliability scores)
 122   - <!-- JAL-2594 -->  Exception thrown if trying to create a sequence feature on gaps only
 123   - <!-- JAL-2504 -->  Features created with 'New feature' button from a Find inherit previously defined feature type rather than the Find query string
 124   - <!-- JAL-2423  -->  incorrect title in output window when exporting tree calculated in Jalview
 125   - <!-- JAL-2437 -->  Hiding sequences at bottom of alignment and then revealing them reorders sequences on the alignment
 126   - <!-- JAL-964 -->  Group panel in sequence feature settings doesn't update to reflect available set of groups after interactively adding or modifying features
 127   - <!-- JAL-2225 -->  Sequence Database chooser unusable on Linux
 128   - <!-- JAL-2291 -->  Hide insertions in PopUp->Selection menu only excluded gaps in current sequence and ignored selection.
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 131 ### Rendering
 132   - <!-- JAL-2421 -->  Overview window visible region moves erratically when hidden rows or columns are present
 133   - <!-- JAL-2362 -->  Per-residue colourschemes applied via the Structure Viewer's colour menu don't correspond to sequence colouring
 134   - <!-- JAL-2405 -->  Protein specific colours only offered in colour and group colour menu for protein alignments
 135   - <!-- JAL-2385 -->  Colour threshold slider doesn't update to reflect currently selected view or group's shading thresholds
 136   - <!-- JAL-2624 -->  Feature colour thresholds not respected when rendered on overview and structures when opacity at 100%
 137   - <!-- JAL-2589 -->  User defined gap colour not shown in overview when features overlaid on alignment
 138   - <!-- JAL-2567 -->  Feature settings for different views not recovered correctly from Jalview project file
 139   - <!-- JAL-2256 -->  Feature colours in overview when first opened (automatically via preferences) are different to the main alignment panel
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 142 ### Data import/export
 143   - <!-- JAL-2576 -->  Very large alignments take a long time to load
 144   - <!-- JAL-2507 -->  Per-sequence RNA secondary structures added after a sequence was imported are not written to Stockholm File
 145   - <!-- JAL-2509 -->  WUSS notation for simple pseudoknots lost when importing RNA secondary structure via Stockholm
 146   - <!-- JAL-2509 -->  Secondary structure arrows for [] and {} not shown in correct direction for simple pseudoknots
 147   - <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->  Cannot configure feature colours with lightGray or darkGray via features file (but can specify lightgray)
 148   - <!--  JAL-2383 -->  Above PID colour threshold not recovered when alignment view imported from project
 149   - <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->  No mappings generated between structure and sequences extracted from structure files imported via URL and viewed in Jmol
 150   - <!-- JAL-2520 -->  Structures loaded via URL are saved in Jalview Projects rather than fetched via URL again when the project is loaded and the structure viewed
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 153 ### Web Services
 154   - <!-- JAL-2519 -->  EnsemblGenomes example failing after release of Ensembl v.88
 155   - <!--  JAL-2366 -->  Proxy server address and port always appear enabled in Preferences->Connections
 156   - <!--  JAL-2461 -->  DAS registry not found exceptions removed from console output
 157   - <!-- JAL-2582 -->  Cannot retrieve protein products from Ensembl by Peptide ID
 158   - <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->  Incorrect PDB-Uniprot mappings created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem due to 'null' string rather than empty string used for residues with no corresponding PDB mapping).
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 161 ### Application UI
 162   - <!-- JAL-2361 -->  User Defined Colours not added to Colour menu
 163   - <!-- JAL-2401 -->  Easier creation of colours for all 'Lower case' residues (button in colourscheme editor debugged and new documentation and tooltips added)
 164   - <!-- JAL-2399-->  Text colour threshold's 'Cancel' button doesn't restore group-specific text colour thresholds
 165   - <!-- JAL-2243 -->  Feature settings panel does not update as new features are added to alignment
 166   - <!-- JAL-2532 -->  Cancel in feature settings reverts changes to feature colours via the Amend features dialog
 167   - <!-- JAL-2506 -->  Null pointer exception when attempting to edit graduated feature colour via amend features dialog box
 168   - <!-- JAL-2436 -->  Structure viewer's View -> Colour By view selection menu changes colours of alignment views
 169   - <!-- JAL-2426 -->  Spurious exceptions in console raised from alignment calculation workers after alignment has been closed
 170   - <!-- JAL-1608 -->  Typo in selection popup menu - Create groups now 'Create Group'
 171   - <!-- JAL-1608 -->  CMD/CTRL and G or Shift G for Create/Undefine group doesn't always work
 172   - <!-- JAL-2464 -->  Tree Viewer's Print Dialog doesn't get shown again after pressing 'Cancel'
 173   - <!-- JAL-1256 -->  Trackpad horizontal scroll gesture adjusts start position in wrap mode
 174   - <!-- JAL-2563 -->  Status bar doesn't show positions for ambiguous amino acids
 175   - <!-- JAL-2431 -->  cDNA Consensus annotation not shown in CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned proteins
 176   - <!-- JAL-2592 -->  User defined colourschemes called 'User Defined' don't appear in Colours menu
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 179 ### Applet
 180   - <!-- JAL-2468 -->  Switching between Nucleotide and Protein score models doesn't always result in an updated PCA plot
 181   - <!-- JAL-2442 -->  Features not rendered as transparent on overview or linked structure view
 182   - <!--  JAL-2372 -->  Colour group by conservation doesn't work (since 2.8)
 183   - <!-- JAL-2517 -->  Hitting Cancel after applying user-defined colourscheme doesn't restore original colourscheme
 184
 185
 186 ### Test Suite
 187   - <!-- JAL-2314 -->  Unit test failure: jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 188   - <!-- JAL-2307 -->  Unit test failure: jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility problems with deep array comparison equality asserts in successive versions of TestNG
 189   - <!-- JAL-2479 -->  Relocated StructureChooserTest and ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 190
 191
 192 ### New Known Issues
 193   - <!--  JAL-2566 -->  Protein/CDS view scrolling not always in phase after a sequence motif find operation
 194   - <!-- JAL-2550 -->  Importing annotation file with rows containing just upper and lower case letters are interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 195   - <!-- JAL-2590 -->  Cannot load and display Newick trees reliably from eggnog Ortholog database
 196   - <!-- JAL-2468 -->  Status bar shows 'Marked x columns containing features of type Highlight' when 'B' is pressed to mark columns containing highlighted regions.
 197   - <!-- JAL-2321 -->  Dropping a PDB file onto a sequence doesn't always add secondary structure annotation.