help/markdown/releases/release-2_11_1_0.md

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   2 channel: release
   3 version: 2.11.1.0
   4 date: 2020-04-22
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   7 ## New Features
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   9 - <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->  Map 'virtual' codon features shown on protein (or vice versa) for display in alignments, on structure views (including transfer to UCSF chimera), in feature reports and for export.
  10 - <!-- JAL-3121 -->  Feature attributes from VCF files can be exported and re-imported as GFF3 files
  11 - <!-- JAL-3376 -->  Capture VCF "fixed column" values POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
  12 - <!-- JAL-3375 -->  More robust VCF numeric data field validation while parsing
  13 - <!-- JAL-3533 -->  Feature Settings dialog keeps same screen position if reopened
  14 - <!-- JAL-3535 -->  Feature Settings dialog title includes name of associated view
  15 - <!-- JAL-3538 -->  Font anti-aliasing in alignment views enabled by default
  16 - <!-- JAL-3468 -->  Very long feature descriptions truncated in tooltips and menus
  17 - <!-- JAL-3549 -->  Warn if Sort by Score or Density attempted with no feature types visible
  18 - <!-- JAL-3574 -->  Improved support for filtering feature attributes with large integer values
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  21 ### Jalview Installer
  22 - <!-- JAL-3449 -->  Versions for install4j and getdown and installer template version reported in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
  23 - <!-- JAL-3393 -->  Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
  24 - <!-- JAL-3394 -->  New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
  25 - <!-- JAL-3420 -->  Jalview File Associations shown for Unix Platforms
  26 - <!-- JAL-3477 -->  Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines
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  29 ### Release processes
  30 - <!-- JAL-3508 -->  New point release version scheme - 2.11.1.0
  31 - <!-- JAL-3577 -->  'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
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  34 ### Build System
  35 - <!-- JAL-3510 -->  Clover updated to 4.4.1
  36 - <!-- JAL-3513 -->  Test code included in Clover coverage report
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  39 ### Groovy Scripts
  40 - <!--  JAL-3547 -->  exportconsensus.groovy prints a FASTA file to stdout containing the consensus sequence for each alignment in a Jalview session
  41 - <!-- JAL-3578 -->  ComputePeptideVariants.groovy to translate genomic sequence_variant annotation from CDS as missense_variant or synonymous_variant on protein products.
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  44 ## Issues Resolved
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  46 - <!-- JAL-3581 -->  Hidden sequence markers still visible when 'Show hidden markers' option is not ticked
  47 - <!-- JAL-247 -->  Hidden sequence markers not shown in EPS and PNG output when 'Automatically set ID width' is set in jalview preferences or properties file
  48 - <!-- JAL-3571 -->  Feature Editor dialog can be opened when 'Show Sequence Features' option is not ticked
  49 - <!-- JAL-3549 -->  Undo 'Null' operation shown after sort by buttons in Feature Settings dialog are clicked when no features are visible
  50 - <!-- JAL-3412 -->  ID margins for CDS and Protein views not equal when split frame is first opened
  51 - <!-- JAL-3296 -->  Sequence position numbers in status bar not correct after editing a sequence's start position
  52 - <!-- JAL-3377 -->  Alignment is misaligned in wrapped mode with annotation and exceptions thrown when only a few columns shown in wrapped mode
  53 - <!-- JAL-3386 -->  Sequence IDs missing in headless export of wrapped alignment figure with annotations
  54 - <!-- JAL-3388-->  Sorting Structure Chooser table by Sequence ID fails with ClassCastException
  55 - <!-- JAL-3389 -->  Chimera session not restored from Jalview Project
  56 - <!-- JAL-3441 -->  Double-click on 'Show feature' checkbox in feature settings dialog also selects columns
  57 - <!-- JAL-3473 -->  SpinnerNumberModel causes IllegalArgumentException in some circumstances
  58 - <!-- JAL-3534 -->  Multiple feature settings dialogs can be opened for a view
  59 - <!-- JAL-2764 -->  Feature Settings dialog is orphaned if alignment window is closed
  60 - <!-- JAL-3406 -->  Credits missing some authors in Jalview help documentation for 2.11.0 release
  61 - <!-- JAL-3529 -->  Export of Pfam alignment as Stockholm includes Pfam ID as sequence's accession rather than its Uniprot Accession
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  64 ### Java 11 Compatibility issues
  65 - <!-- JAL-2987 -->  OSX - Can't view some search results in PDB/Uniprot search panel
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  68 ### Installer
  69 - <!-- JAL-3447 -->  Jalview should not create file associations for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
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  72 ### Repository and Source Release
  73 - <!-- JAL-3474 -->  removed obsolete .cvsignore files from repository
  74 - <!-- JAL-3541 -->  Clover report generation running out of memory
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  77 ### New Known Issues
  78 - <!-- JAL-3523 -->  OSX - Current working directory not preserved when Jalview.app launched with parameters from command line
  79 - <!--  JAL-3525 -->  Sequence IDs aligned to wrong margin and clipped in headless figure export when Right Align option enabled
  80 - <!-- JAL-3542 -->  Jalview Installation type always reports 'Source' in console output
  81 - <!-- JAL-3562 -->  Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's bamboo server but run fine locally.