help/markdown/releases/release-2_6.md

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   2 channel: release
   3 version: 2.6
   4 date: 2010-09-26
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   7 ## New Features
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  11 ### Application
  12 - Support for **Ja**va **b**ioinformatics **a**nalysis **w**eb **s**ervices (JABAWS)
  13 - Web Services preference tab
  14 - Analysis parameters dialog box and user defined preferences
  15 - Improved speed and layout of Envision2 service menu
  16 - Superpose structures using associated sequence alignment
  17 - Export coordinates and projection as CSV from PCA viewer
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  20 ### Applet
  21 - enable javascript: execution by the applet via the link out mechanism
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  24 ### Other
  25 - Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol series 12
  26 - The Jalview Desktop and JalviewLite applet now require Java 1.5
  27 - Allow Jalview feature colour specification for GFF sequence annotation files
  28 - New 'colour by label' keword in Jalview feature file type colour specification
  29 - New Jalview Desktop Groovy API method that allows a script to check if it being run in an interactive session or in a batch operation from the Jalview command line
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  32 ## Issues Resolved
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  34 - clustalx colourscheme colours Ds preferentially when both D+E are present in over 50% of the column
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  37 ### Application
  38 - typo in AlignmentFrame->View->Hide->all but selected Regions menu item
  39 - sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is part of a valid accession ID
  40 - fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher runs out of memory
  41 - unhandled Out of Memory Error when viewing pca analysis results
  42 - InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java 10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)
  43 - Installanywhere Jalview silently fails to launch
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  46 ### Applet
  47 - Jalview.getFeatureGroups() raises an ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are defined.