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   2 channel: release
   3 version: 2.7
   4 date: 2011-09-27
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   7 ## New Features
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  11 ### Application
  12 - Jalview Desktop News Reader
  13 - Tweaked default layout of web services menu
  14 - View/alignment association menu to enable user to easily specify which alignment a multi-structure view takes its colours/correspondences from
  15 - Allow properties file location to be specified as URL
  16 - Extend Jalview project to preserve associations between many alignment views and a single Jmol display
  17 - Store annotation row height in Jalview project file
  18 - Annotation row column label formatting attributes stored in project file
  19 - Annotation row order for auto-calculated annotation rows preserved in Jalview project file
  20 - Visual progress indication when Jalview state is saved using Desktop window menu
  21 - Visual indication that command line arguments are still being processed
  22 - Groovy script execution from URL
  23 - Colour by annotation default min and max colours in preferences
  24 - Automatically associate PDB files dragged onto an alignment with sequences that have high similarity and matching IDs
  25 - Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)
  26 - 'view structures' option to open many structures in same window
  27 - Sort associated views menu option for tree panel
  28 - Group all JABA and non-JABA services for a particular analysis function in its own submenu
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  31 ### Applet
  32 - Userdefined and autogenerated annotation rows for groups
  33 - Adjustment of alignment annotation pane height
  34 - Annotation scrollbar for annotation panel
  35 - Drag to reorder annotation rows in annotation panel
  36 - 'automaticScrolling' parameter
  37 - Allow sequences with partial ID string matches to be annotated from GFF/Jalview features files
  38 - Sequence logo annotation row in applet
  39 - Absolute paths relative to host server in applet parameters are treated as such
  40 - New in the JalviewLite javascript API:
  41   - JalviewLite.js javascript library
  42   - Javascript callbacks for
  43     - Applet initialisation
  44     - Sequence/alignment mouse-overs and selections
  45   - scrollTo row and column alignment scrolling functions
  46   - Select sequence/alignment regions from javascript
  47   - javascript structure viewer harness to pass messages between Jmol and Jalview when running as distinct applets
  48   - sortBy method
  49   - Set of applet and application examples shipped with documentation
  50   - New example to demonstrate JalviewLite and Jmol javascript message exchange
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  53 ### General
  54 - Enable Jmol displays to be associated with multiple multiple alignments
  55 - Option to automatically sort alignment with new tree
  56 - User configurable link to enable redirects to a www.Jalview.org mirror
  57 - Jmol colours option for Jmol displays
  58 - Configurable newline string when writing alignment and other flat files
  59 - Allow alignment annotation description lines to contain html tags
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  62 ### Documentation and Development
  63 - Add groovy test harness for bulk load testing to examples
  64 - Groovy script to load and align a set of sequences using a web service before displaying the result in the Jalview desktop
  65 - Restructured javascript and applet api documentation
  66 - Ant target to publish example html files with applet archive
  67 - Netbeans project for building Jalview from source
  68 - ant task to create online javadoc for Jalview source
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  71 ## Issues Resolved
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  75 ### Application
  76 - User defined colourscheme throws exception when current built in colourscheme is saved as new scheme
  77 - AlignFrame->Save in application pops up save dialog for valid filename/format
  78 - Cannot view associated structure for UniProt sequence
  79 - PDB file association breaks for UniProt sequence P37173
  80 - Associate PDB from file dialog does not tell you which sequence is to be associated with the file
  81 - Find All raises null pointer exception when query only matches sequence IDs
  82 - Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6
  83 - Jalview project with Jmol views created with Jalview 2.4 cannot be loaded
  84 - Filetype associations not installed for webstart launch
  85 - Two or more chains in a single PDB file associated with sequences in different alignments do not get coloured by their associated sequence
  86 - Visibility status of autocalculated annotation row not preserved when project is loaded
  87 - Annotation row height and visibility attributes not stored in Jalview project
  88 - Tree bootstraps are not preserved when saved as a Jalview project
  89 - Envision2 workflow tooltips are corrupted
  90 - Enabling show group conservation also enables colour by conservation
  91 - Duplicate group associated conservation or consensus created on new view
  92 - Annotation scrollbar not displayed after 'show all hidden annotation rows' option selected
  93 - Alignment quality not updated after alignment annotation row is hidden then shown
  94 - Preserve colouring of structures coloured by sequences in pre Jalview 2.7 projects
  95 - Web service job parameter dialog is not laid out properly
  96 - Web services menu not refreshed after 'reset services' button is pressed in preferences
  97 - Annotation off by one in Jalview v2_3 example project
  98 - Structures imported from file and saved in project get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded
  99 - Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS job execution in full once it is complete
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 102 ### Applet
 103 - Alignment height set incorrectly when lots of annotation rows are displayed
 104 - Relative URLs in feature HTML text not resolved to codebase
 105 - View follows highlighting does not work for positions in sequences
 106 - <= shown as = in tooltip
 107 - Export features raises exception when no features exist
 108 - Separator string used for serialising lists of IDs for javascript api is modified when separator string provided as parameter
 109 - Null pointer exception when selecting tree leaves for alignment with no existing selection
 110 - Relative URLs for datasources assumed to be relative to applet's codebase
 111 - Status bar not updated after finished searching and search wraps around to first result
 112 - StructureSelectionManager instance shared between several Jalview applets causes race conditions and memory leaks
 113 - Hover tooltip and mouseover of position on structure not sent from Jmol in applet
 114 - Certain sequences of javascript method calls to applet API fatally hang browser
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 117 ### General
 118 - View follows structure mouseover scrolls beyond position with wrapped view and hidden regions
 119 - Find sequence position moves to wrong residue with/without hidden columns
 120 - Sequence length given in alignment properties window is off by 1
 121 - InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to import PDB like structure files
 122 - Positional search results are only highlighted between user-supplied sequence start/end bounds
 123 - End attribute of sequence is not validated
 124 - Find dialog only finds first sequence containing a given sequence position
 125 - Sequence numbering not preserved in MSF alignment output
 126 - Jalview PDB file reader does not extract sequence from nucleotide chains correctly
 127 - Structure colours not updated when tree partition changed in alignment
 128 - Sequence associated secondary structure not correctly parsed in interleaved stockholm
 129 - Colour by annotation dialog does not restore current state
 130 - Hiding (nearly) all sequences doesn't work properly
 131 - Sequences containing lowercase letters are not properly associated with their pdb files
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 134 ### Documentation and Development
 135 - schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by ApplyCopyright tool