help/markdown/releases/release-2_8_0b1.md

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   2 channel: release
   3 version: 2.8.0b1
   4 date: 2014-01-30
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   7 ## New Features
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   9 - Trusted certificates for JalviewLite applet and Jalview Desktop application<br/>
  10 Certificate was donated by [Certum](https://www.certum.eu) to the Jalview open source project).
  11 - Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
  12 - Output in Stockholm format
  13 - Allow import of data from gzipped files
  14 - Export/import group and sequence associated line graph thresholds
  15 - Nucleotide substitution matrix that supports RNA and ambiguity codes
  16 - Allow disorder predictions to be made on the current selection (or visible selection) in the same way that JPred works
  17 - Groovy scripting for headless Jalview operation
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  20 ### Other improvements
  21 - Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013
  22 - COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and GROUP_REF scope to group annotation rows
  23 - Support '' style escaping of quotes in Newick files
  24 - Group options for JABAWS service by command line name
  25 - Empty tooltip shown for JABA service options with a link but no description
  26 - Select primary source when selecting authority in database fetcher GUI
  27 - Add .mfa to FASTA file extensions recognised by Jalview
  28 - Annotation label tooltip text wrap
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  31 ## Issues Resolved
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  33 - Slow scrolling when lots of annotation rows are displayed
  34 - Lots of NPE (and slowness) after creating RNA secondary structure annotation line
  35 - Sequence database accessions not imported when fetching alignments from Rfam
  36 - Incorrect SHMR submission for sequences with identical IDs
  37 - View all structures does not always superpose structures
  38 - Option widgets in service parameters not updated to reflect user or preset settings
  39 - Null pointer exceptions for some services without presets or adjustable parameters
  40 - Discover PDB IDs entry in structure menu doesn't discover PDB xRefs
  41 - Exception encountered while trying to retrieve features with DAS
  42 - Lowest value in annotation row isn't coloured when colour by annotation (per sequence) is coloured
  43 - Keyboard mode P jumps to start of gapped region when residue follows a gap
  44 - Jalview appears to hang importing an alignment with Wrap as default or after enabling Wrap
  45 - 'Right click to add annotations' message shown in wrap mode when no annotations present
  46 - Disorder predictions fail with NPE if no automatic annotation already exists on alignment
  47 - oninit javascript function should be called after initialisation completes
  48 - Remove redundancy after disorder prediction corrupts alignment window display
  49 - Example annotation file in documentation is invalid
  50 - Grouped line graph annotation rows are not exported to annotation file
  51 - Multi-harmony analysis cannot be run when only two groups created
  52 - Cannot create multiple groups of line graphs with several 'combine' statements in annotation file
  53 - Pressing return several times causes Number Format exceptions in keyboard mode
  54 - Multi-harmony (SHMMR) method doesn't submit correct partitions for input data
  55 - Translation from DNA to Amino Acids fails
  56 - Jalview fail to load newick tree with quoted label
  57 - --headless flag isn't understood
  58 - ClassCastException when generating EPS in headless mode
  59 - Adjusting sequence-associated shading threshold only changes one row's threshold
  60 - Preferences and Feature settings panel panel doesn't open
  61 - hide consensus histogram also hides conservation and quality histograms