help/markdown/releases/release-2_8_1.md

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   2 channel: release
   3 version: 2.8.1
   4 date: 2014-06-04
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   7 ## New Features
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  11 ### General
  12 - Internationalisation of user interface (usually called i18n support) and translation for Spanish locale
  13 - Define/Undefine group on current selection with Ctrl-G/Shift Ctrl-G
  14 - Improved group creation/removal options in alignment/sequence Popup menu
  15 - Sensible precision for symbol distribution percentages shown in logo tooltip.
  16 - Annotation panel height set according to amount of annotation when alignment first opened
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  19 ### Application
  20 - Interactive consensus RNA secondary structure prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service
  21 - Select columns containing particular features from Feature Settings dialog
  22 - View all 'representative' PDB structures for selected sequences
  23 - Update Jalview project format:
  24   - New file extension for Jalview projects '.jvp'
  25   - Preserve sequence and annotation dataset (to store secondary structure annotation,etc)
  26   - Per group and alignment annotation and RNA helix colouring
  27 - New similarity measures for PCA and Tree calculation (PAM250)
  28 - Experimental support for retrieval and viewing of flanking regions for an alignment
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  31 ## Issues Resolved
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  35 ### Application
  36 - logo keeps spinning and status remains at queued or running after job is cancelled
  37 - cannot export features from alignments imported from Jalview/VAMSAS projects
  38 - Buggy slider for web service parameters that take float values
  39 - Newly created RNA secondary structure line doesn't have 'display all symbols' flag set
  40 - T-COFFEE alignment score shading scheme and other annotation shading not saved in Jalview project
  41 - Local file cannot be loaded in freshly downloaded Jalview
  42 - Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
  43 - Load file from desktop file browser fails
  44 - Occasional NPE thrown when calculating large trees
  45 - Cannot reorder or slide sequences after dragging an alignment onto desktop
  46 - Colour by annotation dialog throws NPE after using 'extract scores' function
  47 - Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey alignment window
  48 - Disorder thresholds rendered incorrectly after performing IUPred disorder prediction
  49 - Multiple group annotated consensus rows shown when changing 'normalise logo' display setting
  50 - Find shows blank dialog after 'finished searching' if nothing matches query
  51 - <!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 --> Null Pointer Exceptions raised when sorting by feature with lots of groups
  52 - <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol --> Errors in Jmol console when structures in alignment don't overlap
  53 - Not all working JABAWS services are shown in Jalview's menu
  54 - JAVAWS version of Jalview fails to launch with 'invalid literal/length code'
  55 - Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)
  56 - RNA Helices and T-Coffee Scores available as default colourscheme
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  59 ### Applet
  60 - Remove group option is shown even when selection is not a group
  61 - Apply to all groups ticked but colourscheme changes don't affect groups
  62 - Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid colourscheme name
  63 - Annotation labels drawn on sequence IDs when Annotation panel is not displayed
  64 - Increased font size for dropdown menus on OSX and embedded windows
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  67 ### Other
  68 - Consensus sequence for alignments/groups with a single sequence were not calculated
  69 - annotation files that contain only groups imported as annotation and junk sequences
  70 - Fasta files with sequences containing '*' incorrectly recognised as PFAM or BLC
  71 - conservation/PID slider apply all groups option doesn't affect background (2.8.0b1)
  72 - redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%
  73 - Remove gapped columns fails for sequences with ragged trailing gaps
  74 - AMSA annotation row with leading spaces is not registered correctly on import
  75 - Jalview crashes when selecting PCA analysis for certain alignments
  76 - Opening the colour by annotation dialog for an existing annotation based 'use original colours' colourscheme loses original colours setting