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   2 channel: release
   3 version: 2.9
   4 date: 2015-09-10
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   7 ## New Features
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  11 ### General
  12 - Linked visualisation and analysis of DNA and Protein alignments:
  13   - Translated cDNA alignments shown as split protein and DNA alignment views
  14   - Codon consensus annotation for linked protein and cDNA alignment views
  15   - Link cDNA or Protein product sequences by loading them onto Protein or cDNA alignments
  16   - Reconstruct linked cDNA alignment from aligned protein sequences
  17 - Jmol integration updated to Jmol v14.2.14
  18 - Import and export of Jalview alignment views as [BioJSON](features/bioJsonFormat.html)
  19 - New alignment annotation file statements for reference sequences and marking hidden columns
  20 - Reference sequence based alignment shading to highlight variation
  21 - Select or hide columns according to alignment annotation
  22 - Find option for locating sequences by description
  23 - Conserved physicochemical properties shown in amino acid conservation row
  24 - Alignments can be sorted by number of RNA helices
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  27 ### Application
  28 - New cDNA/Protein analysis capabilities
  29   - Get Cross-References should open a Split Frame view with cDNA/Protein
  30   - Detect when nucleotide sequences and protein sequences are placed in the same alignment
  31   - Split cDNA/Protein views are saved in Jalview projects
  32 - Use REST API to talk to Chimera
  33 - Selected regions in Chimera are highlighted in linked Jalview windows
  34 - VARNA RNA viewer updated to v3.93
  35 - VARNA views are saved in Jalview Projects
  36 - Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can be shown in VARNA
  37 - Make groups for selection uses marked columns as well as the active selected region
  38 - Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature similarity
  39 - New Export options
  40   - New Export Settings dialog to control hidden region export in flat file generation
  41   - Export alignment views for display with the [BioJS MSAViewer](http://msa.biojs.net/)
  42   - Export scrollable SVG in HTML page
  43   - Optional embedding of BioJSON data when exporting alignment figures to HTML
  44 - 3D structure retrieval and display
  45   - Free text and structured queries with the PDBe Search API
  46   - PDBe Search API based discovery and selection of PDB structures for a sequence set
  47 - JPred4 employed for protein secondary structure predictions
  48 - Hide Insertions menu option to hide unaligned columns for one or a group of sequences
  49 - Automatically hide insertions in alignments imported from the JPred4 web server
  50 - (Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file system on OSX<br/>
  51 LGPL libraries courtesy of [http://www.randelshofer.ch/quaqua/](http://www.randelshofer.ch/quaqua/)
  52 - changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View VARNA 2D Structure'
  53 - change "View protein structure" menu option to "3D Structure ..."
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  56 ### Applet
  57 - New layout for applet example pages
  58 - New parameters to enable SplitFrame view (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)
  59 - New example demonstrating linked viewing of cDNA and Protein alignments
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  62 ### Development and deployment
  63 - Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9
  64 - Include installation type and git revision in build properties and console log output
  65 - Jalview Github organisation, and new github site for storing BioJsMSA Templates
  66 - Jalview's unit tests now managed with TestNG
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  69 ## Issues Resolved
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  73 ### Application
  74 - Escape should close any open find dialogs
  75 - Typo in select-by-features status report
  76 - Consensus RNA secondary secondary structure predictions are not highlighted in amber
  77 - Missing gap character in v2.7 example file means alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled
  78 - First switch to RNA Helices colouring doesn't colour associated structure views
  79 - ID width preference option is greyed out when auto width checkbox not enabled
  80 - Stopped a warning dialog from being shown when creating user defined colours
  81 - 'View Mapping' in structure viewer shows sequence mappings for just that viewer's sequences
  82 - Workaround for superposing PDB files containing multiple models in Chimera
  83 - Report sequence position in status bar when hovering over Jmol structure
  84 - Cannot output gaps as '.' symbols with Selection -> output to text box
  85 - Flat file exports of alignments with hidden columns have incorrect sequence start/end
  86 - 'Aligning' a second chain to a Chimera structure from Jalview fails
  87 - Colour schemes applied to structure viewers don't work for nucleotide
  88 - Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads to a grey/invisible alignment window
  89 - Exported Jpred annotation from a sequence region imports to different position
  90 - Space at beginning of sequence feature tooltips shown on some platforms
  91 - Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not populated
  92 - 'New View' fails with a Null Pointer Exception in console if Chimera has been opened
  93 - Mouseover to Chimera not working
  94 - Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not retrieved
  95 - NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'
  96 - If two structures in one Chimera window, mouseover of either sequence shows on first structure
  97 - 'Show annotations' options should not make non-positional annotations visible
  98 - Subsequence secondary structure annotation not shown in right place after 'view flanking regions'
  99 - File Save As type unset when current file format is unknown
 100 - Save as '.jar' option removed for saving Jalview projects
 101 - Colour by Sequence colouring in Chimera more responsive
 102 - Cannot 'add reference annotation' for a sequence in several views on same alignment
 103 - Cannot show linked products for EMBL / ENA records
 104 - Jalview's tooltip wraps long texts containing no spaces
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 107 ### Applet
 108 - Jmol to JalviewLite mouseover/link not working
 109 - JalviewLite can't import sequences with ID descriptions containing angle brackets
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 112 ### General
 113 - Cannot export and reimport RNA secondary structure via jalview annotation file
 114 - Random helix colour palette for colour by annotation with RNA secondary structure
 115 - Mouseover to cDNA from STOP residue in protein translation doesn't work.
 116 - hints when using the select by annotation dialog box
 117 - Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA positions
 118 - FontChooser message dialog appears to hang after choosing 1pt font
 119 - Peptide secondary structure incorrectly imported from annotation file when annotation display text includes 'e' or 'h'
 120 - Cannot set colour of new feature type whilst creating new feature
 121 - cDNA translation alignment should not be sequence order dependent
 122 - 'Show unconserved' doesn't work for lower case sequences
 123 - Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised
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 126 ### Deployment and Documentation
 127 - Applet example pages appear different to the rest of www.jalview.org
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 130 ### Application Known issues
 131 - Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s
 132 - Misleading message appears after trying to delete solid column.
 133 - Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere version launches
 134 - Fetching EMBL reference for an RNA sequence results fails with a sequence mismatch
 135 - Corrupted or unreadable alignment display when scrolling alignment to right
 136 - ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove empty columns called on alignment with ragged gapped ends
 137 - auto calculated alignment annotation rows do not get placed above or below non-autocalculated rows
 138 - Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in ultra-high resolution
 139 - Cannot disable consensus calculation independently of quality and conservation
 140 - Mouseover highlighting between cDNA and protein can become sluggish with more than one splitframe shown
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 143 ### Applet Known Issues
 144 - Core PDB parsing code requires Jmol
 145 - Sequence canvas panel goes white when alignment window is being resized