help/templates/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>What's new ?</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Welcome to Jalview Version $$Version-Rel$$ !!</strong><br/>
  28   </p>
  29 __WHATS_NEW__
  30   <p>
  31     This release series provides support for two popular 3D
  32     structure visualisation tools, new features for discovery of 3D
  33     structures, improved platform integration and a new command line
  34     tool allowing Jalview to be more easily called from scripts.</p>
  35
  36   <p>
  37     <strong>View predicted protein structures via 3D-Beacons</strong> <br>
  38     Jalview 2.11.2's <a href="features/structurechooser.html">Structure
  39       Chooser includes a client for the 3D-Beacons Network</a>. Launched in
  40     2021, the 3D-Beacons network (<a
  41       href="https://www.ebi.ac.uk/pdbe/pdbe-kb/3dbeacons/">www.ebi.ac.uk/pdbe/pdbe-kb/3dbeacons/</a>)
  42     provides a central point for the retrieval of predicted and observed
  43     3D structures for sequences in Uniprot, including homology models
  44     from Swiss-model and deep learning based predictions from the EBI's
  45     Alphafold database (Orengo et al. 2020, <a
  46       href="https://doi.org/10.12688/f1000research.20559.1">doi:10.12688/f1000research.20559.1</a>).<br>
  47   </p>
  48
  49   <p>
  50     <strong>Support for viewing structures with ChimeraX and
  51       Pymol</strong><br> Jalview's 3D structure viewer system has been
  52     re-architected to allow easier integration of external structure
  53     viewers, and takes advantage of the strucViz2 Chimera communications
  54     library developed by Scooter Morris (<a
  55       href="https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm329">doi:10.1093/bioinformatics/btm329</a>).<br /> <br />
  56     The <a href="features/preferences.html#structure">Structures
  57       Preferences tab</a> provides new options allowing ChimeraX and
  58     Pymol to be used for visualising external 3D structures. Views
  59     from all structure viewers are saved in Jalview Projects, allowing
  60     them to be shared with others using Jalview 2.11.2 or later,
  61     providing they have the same viewer installed and configured to be
  62     used with Jalview.<br/><br/>Jalview
  63     2.11.2 has been tested with <strong>Pymol 2.5.0 (community)</strong> and <strong>2.5.2
  64     (incentive)</strong>. For <strong>ChimeraX, we recommend using v1.3 or later</strong>.
  65   </p>
  66   <p>Other highlights include:</p>
  67   <ul>
  68     <li>Import of annotated DNA and RNA loci via GenBank and EMBL
  69       style flatfile</li>
  70     <li><strong>Easier configuration of <a
  71         href="features/preferences.html#startup">Jalview's memory
  72           allocation</a></strong></li>
  73     <li>Scripts for <a href="features/commandline.html">running
  74         Jalview via the command line</a> on macOS, Linux/Unix and Windows.
  75     </li>
  76   </ul>
  77
  78
  79   <p>
  80       For the full details, see <a
  81         href="releases.html#Jalview.2.11.2.1">the Jalview 2.11.2.1
  82         release notes</a>.
  83     </p>
  84   <p>
  85     <strong>Known Issues</strong> <br />The following known issues will
  86     be addressed in a minor patch release.
  87
  88   <ul>
  89     <li>Display of RESNUM sequence features are not suppressed when
  90       structures associated with a sequence are viewed with an external
  91       viewer (Regression from 2.11.1 series)</li>
  92   </ul>
  93     <p></p>
  94 </body>
  95 </html>