src/jalview/fts/core/GFTSPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21
  22 package jalview.fts.core;
  23
  24 import java.awt.BorderLayout;
  25 import java.awt.CardLayout;
  26 import java.awt.Dimension;
  27 import java.awt.Font;
  28 import java.awt.event.ActionEvent;
  29 import java.awt.event.ActionListener;
  30 import java.awt.event.FocusAdapter;
  31 import java.awt.event.FocusEvent;
  32 import java.awt.event.FocusListener;
  33 import java.awt.event.ItemEvent;
  34 import java.awt.event.ItemListener;
  35 import java.awt.event.KeyAdapter;
  36 import java.awt.event.KeyEvent;
  37 import java.awt.event.MouseAdapter;
  38 import java.awt.event.MouseEvent;
  39 import java.text.DecimalFormat;
  40 import java.util.ArrayList;
  41 import java.util.Arrays;
  42 import java.util.Collection;
  43 import java.util.Collections;
  44 import java.util.Comparator;
  45 import java.util.HashSet;
  46 import java.util.List;
  47
  48 import javax.swing.ImageIcon;
  49 import javax.swing.JButton;
  50 import javax.swing.JCheckBox;
  51 import javax.swing.JComboBox;
  52 import javax.swing.JFrame;
  53 import javax.swing.JInternalFrame;
  54 import javax.swing.JLabel;
  55 import javax.swing.JPanel;
  56 import javax.swing.JScrollPane;
  57 import javax.swing.JTabbedPane;
  58 import javax.swing.JTable;
  59 import javax.swing.Timer;
  60 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  61 import javax.swing.event.ChangeListener;
  62 import javax.swing.event.DocumentEvent;
  63 import javax.swing.event.DocumentListener;
  64 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  65 import javax.swing.table.DefaultTableModel;
  66 import javax.swing.table.TableColumn;
  67
  68 import jalview.bin.Cache;
  69 import jalview.fts.api.FTSDataColumnI;
  70 import jalview.fts.api.GFTSPanelI;
  71 import jalview.fts.core.FTSDataColumnPreferences.PreferenceSource;
  72 import jalview.gui.Desktop;
  73 import jalview.gui.IProgressIndicator;
  74 import jalview.gui.JvSwingUtils;
  75 import jalview.gui.SequenceFetcher;
  76 import jalview.io.cache.JvCacheableInputBox;
  77 import jalview.util.MessageManager;
  78 import jalview.util.Platform;
  79
  80 /**
  81  * This class provides the swing GUI layout for FTS Panel and implements most of
  82  * the contracts defined in GFSPanelI
  83  *
  84  * @author tcnofoegbu
  85  *
  86  */
  87
  88 @SuppressWarnings("serial")
  89 public abstract class GFTSPanel extends JPanel implements GFTSPanelI
  90 {
  91   private static final Font VERDANA_12 = new Font("Verdana", 0, 12);
  92
  93   protected JInternalFrame mainFrame = new JInternalFrame(
  94           getFTSFrameTitle());
  95
  96   protected JTabbedPane tabs = new JTabbedPane();
  97
  98   protected IProgressIndicator progressIndicator;
  99
 100   protected JComboBox<FTSDataColumnI> cmb_searchTarget = new JComboBox<>();
 101
 102   protected JButton btn_ok = new JButton();
 103
 104   protected JButton btn_back = new JButton();
 105
 106   protected JButton btn_cancel = new JButton();
 107
 108   protected JCheckBox btn_autosearch = new JCheckBox();
 109
 110   protected JvCacheableInputBox<String> txt_search;
 111
 112   protected SequenceFetcher seqFetcher;
 113
 114   protected Collection<FTSDataColumnI> wantedFields;
 115
 116   private String lastSearchTerm = "";
 117
 118   protected JButton btn_next_page = new JButton();
 119
 120   protected JButton btn_prev_page = new JButton();
 121
 122   protected StringBuilder errorWarning = new StringBuilder();
 123
 124   protected ImageIcon warningImage = new ImageIcon(
 125           getClass().getResource("/images/warning.gif"));
 126
 127   protected ImageIcon loadingImage = new ImageIcon(
 128           getClass().getResource("/images/loading.gif"));
 129
 130   protected ImageIcon balnkPlaceholderImage = new ImageIcon(
 131           getClass().getResource("/images/blank_16x16_placeholder.png"));
 132
 133   protected JLabel lbl_warning = new JLabel(warningImage);
 134
 135   protected JLabel lbl_loading = new JLabel(loadingImage);
 136
 137   protected JLabel lbl_blank = new JLabel(balnkPlaceholderImage);
 138
 139   JTabbedPane tabbedPane = new JTabbedPane();
 140
 141   private JPanel pnl_actions = new JPanel();
 142
 143   private JPanel pnl_results = new JPanel(new CardLayout());
 144
 145   private JPanel pnl_inputs = new JPanel();
 146
 147   private BorderLayout mainLayout = new BorderLayout();
 148
 149   protected Object[] previousWantedFields;
 150
 151   protected int resultSetCount;
 152
 153   protected int totalResultSetCount;
 154
 155   protected int offSet;
 156
 157   protected int pageLimit;
 158
 159   protected HashSet<String> paginatorCart = new HashSet<>();
 160
 161   private static final int MIN_WIDTH = 670;
 162
 163   private static final int MIN_HEIGHT = 300;
 164
 165   protected static final DecimalFormat totalNumberformatter = new DecimalFormat(
 166           "###,###");
 167
 168   private JTable tbl_summary = new JTable()
 169   {
 170     private boolean inLayout;
 171
 172     @Override
 173     public boolean getScrollableTracksViewportWidth()
 174     {
 175       return hasExcessWidth();
 176
 177     }
 178
 179     @Override
 180     public void doLayout()
 181     {
 182       if (hasExcessWidth())
 183       {
 184         autoResizeMode = AUTO_RESIZE_SUBSEQUENT_COLUMNS;
 185       }
 186       inLayout = true;
 187       super.doLayout();
 188       inLayout = false;
 189       autoResizeMode = AUTO_RESIZE_OFF;
 190     }
 191
 192     protected boolean hasExcessWidth()
 193     {
 194       return getPreferredSize().width < getParent().getWidth();
 195     }
 196
 197     @Override
 198     public void columnMarginChanged(ChangeEvent e)
 199     {
 200       if (isEditing())
 201       {
 202         removeEditor();
 203       }
 204       TableColumn resizingColumn = getTableHeader().getResizingColumn();
 205       // Need to do this here, before the parent's
 206       // layout manager calls getPreferredSize().
 207       if (resizingColumn != null && autoResizeMode == AUTO_RESIZE_OFF
 208               && !inLayout)
 209       {
 210         resizingColumn.setPreferredWidth(resizingColumn.getWidth());
 211         String colHeader = resizingColumn.getHeaderValue().toString();
 212         getTempUserPrefs().put(colHeader, resizingColumn.getWidth());
 213       }
 214       resizeAndRepaint();
 215     }
 216
 217     @Override
 218     public String getToolTipText(MouseEvent evt)
 219     {
 220       String toolTipText = null;
 221       java.awt.Point pnt = evt.getPoint();
 222       int rowIndex = rowAtPoint(pnt);
 223       int colIndex = columnAtPoint(pnt);
 224
 225       try
 226       {
 227         if (getValueAt(rowIndex, colIndex) == null)
 228         {
 229           return null;
 230         }
 231         toolTipText = getValueAt(rowIndex, colIndex).toString();
 232
 233       } catch (Exception e)
 234       {
 235         e.printStackTrace();
 236       }
 237       toolTipText = (toolTipText == null ? null
 238               : (toolTipText.length() > 500
 239                       ? JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 240                               toolTipText.subSequence(0, 500) + "...")
 241                       : JvSwingUtils.wrapTooltip(true, toolTipText)));
 242
 243       return toolTipText;
 244     }
 245   };
 246
 247   protected JScrollPane scrl_searchResult = new JScrollPane(tbl_summary);
 248
 249   public GFTSPanel()
 250   {
 251     this(null);
 252   }
 253
 254   public GFTSPanel(SequenceFetcher fetcher)
 255   {
 256     try
 257     {
 258       if (fetcher == null)
 259       {
 260         tabs = null;
 261       }
 262       jbInit();
 263       if (fetcher != null)
 264       {
 265         tabs.addTab(MessageManager.getString("label.retrieve_ids"),
 266                 fetcher);
 267         fetcher.embedIn(this);
 268       }
 269       mainFrame.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 270       final JPanel ftsPanel = this;
 271       mainFrame.addFocusListener(new FocusAdapter()
 272       {
 273         @Override
 274         public void focusGained(FocusEvent e)
 275         {
 276           // TODO: make selected tab gain focus in correct widget
 277           if (tabs != null && tabs.getSelectedComponent() == ftsPanel)
 278           {
 279             txt_search.getComponent().requestFocusInWindow();
 280           }
 281         }
 282       });
 283       mainFrame.invalidate();
 284       mainFrame.pack();
 285     } catch (Exception e)
 286     {
 287       e.printStackTrace();
 288     }
 289   }
 290
 291   /**
 292    * Initializes the GUI default properties
 293    *
 294    * @throws Exception
 295    */
 296   private void jbInit() throws Exception
 297   {
 298
 299     txt_search = new JvCacheableInputBox<>(getCacheKey(), 45);
 300     populateCmbSearchTargetOptions();
 301     Integer width = getTempUserPrefs().get("FTSPanel.width") == null ? 800
 302             : getTempUserPrefs().get("FTSPanel.width");
 303     Integer height = getTempUserPrefs().get("FTSPanel.height") == null ? 400
 304             : getTempUserPrefs().get("FTSPanel.height");
 305     lbl_warning.setVisible(false);
 306     lbl_warning.setFont(VERDANA_12);
 307     lbl_loading.setVisible(false);
 308     lbl_loading.setFont(VERDANA_12);
 309     lbl_blank.setVisible(true);
 310     lbl_blank.setFont(VERDANA_12);
 311
 312     tbl_summary.setAutoCreateRowSorter(true);
 313     tbl_summary.getTableHeader().setReorderingAllowed(false);
 314     tbl_summary.addMouseListener(new MouseAdapter()
 315     {
 316       @Override
 317       public void mouseClicked(MouseEvent e)
 318       {
 319         validateSelection();
 320       }
 321
 322       @Override
 323       public void mouseReleased(MouseEvent e)
 324       {
 325         validateSelection();
 326       }
 327     });
 328     tbl_summary.addKeyListener(new KeyAdapter()
 329     {
 330       @Override
 331       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 332       {
 333         validateSelection();
 334         switch (evt.getKeyCode())
 335         {
 336         case KeyEvent.VK_ESCAPE: // escape key
 337           btn_back_ActionPerformed();
 338           break;
 339         case KeyEvent.VK_ENTER: // enter key
 340           if (btn_ok.isEnabled())
 341           {
 342             okAction();
 343           }
 344           evt.consume();
 345           break;
 346         case KeyEvent.VK_TAB: // tab key
 347           if (evt.isShiftDown())
 348           {
 349             tabbedPane.requestFocus();
 350           }
 351           else
 352           {
 353             btn_back.requestFocus();
 354           }
 355           evt.consume();
 356           break;
 357         default:
 358           return;
 359         }
 360       }
 361     });
 362
 363     JButton txt_help = new JButton("?");
 364     txt_help.setFont(VERDANA_12);
 365     txt_help.setPreferredSize(new Dimension(15, 15));
 366     txt_help.setToolTipText(MessageManager.getString("action.help"));
 367     txt_help.addActionListener(new ActionListener()
 368     {
 369       @Override
 370       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 371       {
 372         showHelp();
 373       }
 374     });
 375
 376     btn_autosearch.setText(MessageManager.getString("option.autosearch"));
 377     btn_autosearch.setToolTipText(
 378             MessageManager.getString("option.enable_disable_autosearch"));
 379     // disable autosearch by default
 380     btn_autosearch.setSelected(!Platform.isJS()
 381             && Cache.getDefault(getAutosearchPreference(), false));
 382     btn_autosearch.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 383     {
 384       @Override
 385       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 386       {
 387         Cache.setProperty(getAutosearchPreference(),
 388                 Boolean.toString(btn_autosearch.isSelected()));
 389       }
 390     });
 391     btn_back.setFont(VERDANA_12);
 392     btn_back.setText(MessageManager.getString("action.back"));
 393     btn_back.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 394     {
 395       @Override
 396       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 397       {
 398         btn_back_ActionPerformed();
 399       }
 400     });
 401     btn_back.addKeyListener(new KeyAdapter()
 402     {
 403       @Override
 404       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 405       {
 406         if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 407         {
 408           btn_back_ActionPerformed();
 409         }
 410       }
 411     });
 412
 413     btn_ok.setEnabled(false);
 414     btn_ok.setFont(VERDANA_12);
 415     btn_ok.setText(MessageManager.getString("action.ok"));
 416     btn_ok.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 417     {
 418       @Override
 419       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 420       {
 421         okAction();
 422       }
 423     });
 424     btn_ok.addKeyListener(new KeyAdapter()
 425     {
 426       @Override
 427       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 428       {
 429         if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 430         {
 431           okAction();
 432         }
 433       }
 434     });
 435     btn_next_page.setEnabled(false);
 436     btn_next_page.setToolTipText(
 437             MessageManager.getString("label.next_page_tooltip"));
 438     btn_next_page.setFont(VERDANA_12);
 439     btn_next_page.setText(MessageManager.getString("action.next_page"));
 440     btn_next_page.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 441     {
 442       @Override
 443       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 444       {
 445         nextPageAction();
 446       }
 447     });
 448     btn_next_page.addKeyListener(new KeyAdapter()
 449     {
 450       @Override
 451       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 452       {
 453         if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 454         {
 455           nextPageAction();
 456         }
 457       }
 458     });
 459
 460     btn_prev_page.setEnabled(false);
 461     btn_prev_page.setToolTipText(
 462             MessageManager.getString("label.prev_page_tooltip"));
 463     btn_prev_page.setFont(VERDANA_12);
 464     btn_prev_page.setText(MessageManager.getString("action.prev_page"));
 465     btn_prev_page.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 466     {
 467       @Override
 468       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 469       {
 470         prevPageAction();
 471       }
 472     });
 473     btn_prev_page.addKeyListener(new KeyAdapter()
 474     {
 475       @Override
 476       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 477       {
 478         if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 479         {
 480           prevPageAction();
 481         }
 482       }
 483     });
 484
 485     if (isPaginationEnabled())
 486     {
 487       btn_prev_page.setVisible(true);
 488       btn_next_page.setVisible(true);
 489     }
 490     else
 491     {
 492       btn_prev_page.setVisible(false);
 493       btn_next_page.setVisible(false);
 494     }
 495
 496     btn_cancel.setFont(VERDANA_12);
 497     btn_cancel.setText(MessageManager.getString("action.cancel"));
 498     btn_cancel.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 499     {
 500       @Override
 501       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 502       {
 503         btn_cancel_ActionPerformed();
 504       }
 505     });
 506     btn_cancel.addKeyListener(new KeyAdapter()
 507     {
 508       @Override
 509       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 510       {
 511         if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 512         {
 513           btn_cancel_ActionPerformed();
 514         }
 515       }
 516     });
 517     scrl_searchResult.setPreferredSize(new Dimension(width, height));
 518
 519     cmb_searchTarget.setFont(VERDANA_12);
 520     cmb_searchTarget.addItemListener(new ItemListener()
 521     {
 522       @Override
 523       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 524       {
 525         if (e.getStateChange() == ItemEvent.SELECTED)
 526         {
 527           String tooltipText;
 528           if ("all".equalsIgnoreCase(
 529                   getCmbSearchTarget().getSelectedItem().toString()))
 530           {
 531             tooltipText = MessageManager.getString("label.search_all");
 532           }
 533           else if ("pdb id".equalsIgnoreCase(
 534                   getCmbSearchTarget().getSelectedItem().toString()))
 535           {
 536             tooltipText = MessageManager
 537                     .getString("label.separate_multiple_accession_ids");
 538           }
 539           else
 540           {
 541             tooltipText = MessageManager.formatMessage(
 542                     "label.separate_multiple_query_values", new Object[]
 543                     { getCmbSearchTarget().getSelectedItem().toString() });
 544           }
 545           txt_search.getComponent().setToolTipText(
 546                   JvSwingUtils.wrapTooltip(true, tooltipText));
 547           if (btn_autosearch.isSelected())
 548             searchAction(true);
 549         }
 550       }
 551     });
 552
 553     txt_search.getComponent().setFont(VERDANA_12);
 554
 555     txt_search.addKeyListener(new KeyAdapter()
 556     {
 557       @Override
 558       public void keyPressed(KeyEvent e)
 559       {
 560         if (e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 561         {
 562           if (getTypedText() == null || getTypedText().isEmpty())
 563           {
 564             return;
 565           }
 566           String primaryKeyName = getFTSRestClient().getPrimaryKeyColumn()
 567                   .getName();
 568           if (primaryKeyName.equalsIgnoreCase(
 569                   getCmbSearchTarget().getSelectedItem().toString()))
 570           {
 571             // TODO: nicer to show the list in the result set before
 572             // viewing in Jalview perhaps ?
 573             transferToSequenceFetcher(getTypedText());
 574           }
 575           else
 576           {
 577             performSearchAction();
 578           }
 579         }
 580       }
 581     });
 582     final DeferredTextInputListener listener = new DeferredTextInputListener(
 583             1500, new ActionListener()
 584             {
 585               @Override
 586               public void actionPerformed(ActionEvent e)
 587               {
 588                 if (btn_autosearch.isSelected()
 589                         || txt_search.wasEnterPressed())
 590                 {
 591                   performSearchAction();
 592                 }
 593               }
 594             }, false);
 595     txt_search.addDocumentListener(listener);
 596
 597     txt_search.addFocusListener(new FocusListener()
 598     {
 599       @Override
 600       public void focusGained(FocusEvent e)
 601       {
 602         listener.start();
 603       }
 604
 605       @Override
 606       public void focusLost(FocusEvent e)
 607       {
 608         // listener.stop();
 609       }
 610     });
 611
 612     txt_search.addActionListener(new ActionListener()
 613     {
 614       @Override
 615       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 616       {
 617         performSearchAction();
 618       }
 619     });
 620     final String searchTabTitle = MessageManager
 621             .getString("label.search_result");
 622     final String configureCols = MessageManager
 623             .getString("label.configure_displayed_columns");
 624     ChangeListener changeListener = new ChangeListener()
 625     {
 626       @Override
 627       public void stateChanged(ChangeEvent changeEvent)
 628       {
 629         JTabbedPane sourceTabbedPane = (JTabbedPane) changeEvent
 630                 .getSource();
 631         int index = sourceTabbedPane.getSelectedIndex();
 632
 633         btn_back.setVisible(true);
 634         btn_cancel.setVisible(true);
 635         btn_ok.setVisible(true);
 636         if (sourceTabbedPane.getTitleAt(index).equals(configureCols))
 637         {
 638           btn_back.setVisible(false);
 639           btn_cancel.setVisible(false);
 640           btn_ok.setVisible(false);
 641           btn_back.setEnabled(false);
 642           btn_cancel.setEnabled(false);
 643           btn_ok.setEnabled(false);
 644           btn_next_page.setEnabled(false);
 645           btn_prev_page.setEnabled(false);
 646           txt_search.getComponent().setEnabled(false);
 647           cmb_searchTarget.setEnabled(false);
 648           previousWantedFields = getFTSRestClient()
 649                   .getAllDefaultDisplayedFTSDataColumns()
 650                   .toArray(new Object[0]);
 651         }
 652         if (sourceTabbedPane.getTitleAt(index).equals(searchTabTitle))
 653         {
 654           btn_back.setEnabled(true);
 655           btn_cancel.setEnabled(true);
 656           refreshPaginatorState();
 657           txt_search.getComponent().setEnabled(true);
 658           cmb_searchTarget.setEnabled(true);
 659           if (wantedFieldsUpdated())
 660           {
 661             searchAction(true);
 662             paginatorCart.clear();
 663           }
 664           else
 665           {
 666             validateSelection();
 667           }
 668         }
 669       }
 670     };
 671     tabbedPane.addChangeListener(changeListener);
 672     tabbedPane.setPreferredSize(new Dimension(width, height));
 673     tabbedPane.add(searchTabTitle, scrl_searchResult);
 674     tabbedPane.add(configureCols, new FTSDataColumnPreferences(
 675             PreferenceSource.SEARCH_SUMMARY, getFTSRestClient()));
 676
 677     pnl_actions.add(btn_back);
 678     pnl_actions.add(btn_ok);
 679     pnl_actions.add(btn_cancel);
 680
 681     pnl_results.add(tabbedPane);
 682     pnl_inputs.add(cmb_searchTarget);
 683     pnl_inputs.add(txt_search.getComponent());
 684     pnl_inputs.add(txt_help);
 685     pnl_inputs.add(btn_autosearch);
 686     pnl_inputs.add(lbl_loading);
 687     pnl_inputs.add(lbl_warning);
 688     pnl_inputs.add(lbl_blank);
 689     pnl_inputs.add(btn_prev_page);
 690     pnl_inputs.add(btn_next_page);
 691
 692     this.setLayout(mainLayout);
 693     this.add(pnl_inputs, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 694     this.add(pnl_results, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 695     this.add(pnl_actions, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 696     mainFrame.setVisible(true);
 697     if (tabs != null)
 698     {
 699       tabs.setOpaque(true);
 700       tabs.insertTab(MessageManager.getString("label.free_text_search"),
 701               null, this, "", 0);
 702       mainFrame.setContentPane(tabs);
 703       tabs.setVisible(true);
 704     }
 705     else
 706     {
 707       mainFrame.setContentPane(this);
 708     }
 709     mainFrame.setDefaultCloseOperation(JFrame.DISPOSE_ON_CLOSE);
 710     mainFrame.addInternalFrameListener(
 711             new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 712             {
 713               @Override
 714               public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent e)
 715               {
 716                 closeAction();
 717               }
 718             });
 719     mainFrame.setDefaultCloseOperation(JFrame.DISPOSE_ON_CLOSE);
 720     Integer x = getTempUserPrefs().get("FTSPanel.x");
 721     Integer y = getTempUserPrefs().get("FTSPanel.y");
 722     if (x != null && y != null)
 723     {
 724       mainFrame.setLocation(x, y);
 725     }
 726     Desktop.addInternalFrame(mainFrame, getFTSFrameTitle(), width, height);
 727   }
 728
 729   abstract protected void showHelp();
 730
 731   protected void closeAction()
 732   {
 733     getTempUserPrefs().put("FTSPanel.width", this.getWidth());
 734     getTempUserPrefs().put("FTSPanel.height", pnl_results.getHeight());
 735     getTempUserPrefs().put("FTSPanel.x", mainFrame.getX());
 736     getTempUserPrefs().put("FTSPanel.y", mainFrame.getY());
 737     mainFrame.dispose();
 738     txt_search.persistCache();
 739   }
 740
 741   public class DeferredTextInputListener implements DocumentListener
 742   {
 743     private final Timer swingTimer;
 744
 745     public DeferredTextInputListener(int timeOut, ActionListener listener,
 746             boolean repeats)
 747     {
 748       swingTimer = new Timer(timeOut, listener);
 749       swingTimer.setRepeats(repeats);
 750     }
 751
 752     public void start()
 753     {
 754       swingTimer.start();
 755     }
 756
 757     public void stop()
 758     {
 759       swingTimer.stop();
 760     }
 761
 762     @Override
 763     public void insertUpdate(DocumentEvent e)
 764     {
 765       swingTimer.restart();
 766     }
 767
 768     @Override
 769     public void removeUpdate(DocumentEvent e)
 770     {
 771       swingTimer.restart();
 772     }
 773
 774     @Override
 775     public void changedUpdate(DocumentEvent e)
 776     {
 777       swingTimer.restart();
 778     }
 779
 780   }
 781
 782   void performSearchAction()
 783   {
 784     String typed = getTypedText();
 785     if (typed != null && typed.length() > 0
 786             && !typed.equalsIgnoreCase(lastSearchTerm))
 787     {
 788       searchAction(true);
 789       paginatorCart.clear();
 790       lastSearchTerm = typed;
 791     }
 792   }
 793
 794   public boolean wantedFieldsUpdated()
 795   {
 796     if (previousWantedFields == null)
 797     {
 798       return false;
 799     }
 800
 801     return Arrays.equals(getFTSRestClient()
 802             .getAllDefaultDisplayedFTSDataColumns().toArray(new Object[0]),
 803             previousWantedFields) ? false : true;
 804
 805   }
 806
 807   public void validateSelection()
 808   {
 809     if (tbl_summary.getSelectedRows().length > 0
 810             || !paginatorCart.isEmpty())
 811     {
 812       btn_ok.setEnabled(true);
 813     }
 814     else
 815     {
 816       btn_ok.setEnabled(false);
 817     }
 818   }
 819
 820   public JComboBox<FTSDataColumnI> getCmbSearchTarget()
 821   {
 822     return cmb_searchTarget;
 823   }
 824
 825   public JInternalFrame getMainFrame()
 826   {
 827     return mainFrame;
 828   }
 829
 830   protected void delayAndEnableActionButtons()
 831   {
 832     new Thread()
 833     {
 834       @Override
 835       public void run()
 836       {
 837         try
 838         {
 839           Thread.sleep(1500);
 840         } catch (InterruptedException e)
 841         {
 842           e.printStackTrace();
 843         }
 844         btn_ok.setEnabled(true);
 845         btn_back.setEnabled(true);
 846         btn_cancel.setEnabled(true);
 847       }
 848     }.start();
 849   }
 850
 851   protected void checkForErrors()
 852   {
 853     lbl_warning.setVisible(false);
 854     lbl_blank.setVisible(true);
 855     if (errorWarning.length() > 0)
 856     {
 857       lbl_loading.setVisible(false);
 858       lbl_blank.setVisible(false);
 859       lbl_warning.setToolTipText(
 860               JvSwingUtils.wrapTooltip(true, errorWarning.toString()));
 861       lbl_warning.setVisible(true);
 862     }
 863   }
 864
 865   /**
 866    * Action on Back button is to close this panel and open a new Sequence
 867    * Fetcher panel
 868    */
 869   public void btn_back_ActionPerformed()
 870   {
 871     closeAction();
 872     new SequenceFetcher(progressIndicator);
 873   }
 874
 875   protected void disableActionButtons()
 876   {
 877     btn_ok.setEnabled(false);
 878     btn_back.setEnabled(false);
 879     btn_cancel.setEnabled(false);
 880   }
 881
 882   public void btn_cancel_ActionPerformed()
 883   {
 884     closeAction();
 885   }
 886
 887   /**
 888    * Populates search target combo-box options
 889    */
 890   public void populateCmbSearchTargetOptions()
 891   {
 892     List<FTSDataColumnI> searchableTargets = new ArrayList<>();
 893     try
 894     {
 895       Collection<FTSDataColumnI> foundFTSTargets = getFTSRestClient()
 896               .getSearchableDataColumns();
 897       searchableTargets.addAll(foundFTSTargets);
 898     } catch (Exception e)
 899     {
 900       e.printStackTrace();
 901     }
 902
 903     Collections.sort(searchableTargets, new Comparator<FTSDataColumnI>()
 904     {
 905       @Override
 906       public int compare(FTSDataColumnI o1, FTSDataColumnI o2)
 907       {
 908         return o1.getName().compareTo(o2.getName());
 909       }
 910     });
 911
 912     for (FTSDataColumnI searchTarget : searchableTargets)
 913     {
 914       cmb_searchTarget.addItem(searchTarget);
 915     }
 916   }
 917
 918   public void transferToSequenceFetcher(String ids)
 919   {
 920     seqFetcher.setQuery(ids);
 921     Thread worker = new Thread(seqFetcher);
 922     worker.start();
 923   }
 924
 925   @Override
 926   public String getTypedText()
 927   {
 928     return txt_search.getUserInput();
 929   }
 930
 931   @Override
 932   public JTable getResultTable()
 933   {
 934     return tbl_summary;
 935   }
 936
 937   public void reset()
 938   {
 939     lbl_loading.setVisible(false);
 940     errorWarning.setLength(0);
 941     lbl_warning.setVisible(false);
 942     lbl_blank.setVisible(true);
 943     btn_ok.setEnabled(false);
 944     mainFrame.setTitle(getFTSFrameTitle());
 945     refresh();
 946     tbl_summary.setModel(new DefaultTableModel());
 947     tbl_summary.setVisible(false);
 948   }
 949
 950   @Override
 951   public void setPrevPageButtonEnabled(boolean isEnabled)
 952   {
 953     btn_prev_page.setEnabled(isEnabled);
 954   }
 955
 956   @Override
 957   public void setNextPageButtonEnabled(boolean isEnabled)
 958   {
 959     btn_next_page.setEnabled(isEnabled);
 960   }
 961
 962   @Override
 963   public void setErrorMessage(String message)
 964   {
 965     errorWarning.append(message);
 966   }
 967
 968   @Override
 969   public void updateSearchFrameTitle(String title)
 970   {
 971     mainFrame.setTitle(title);
 972   }
 973
 974   @Override
 975   public void setSearchInProgress(Boolean isSearchInProgress)
 976   {
 977     lbl_blank.setVisible(!isSearchInProgress);
 978     lbl_loading.setVisible(isSearchInProgress);
 979     txt_search.setEditable(!isSearchInProgress);
 980   }
 981
 982   @Override
 983   public void prevPageAction()
 984   {
 985     updatePaginatorCart();
 986     if (offSet >= pageLimit)
 987     {
 988       offSet = offSet - pageLimit;
 989       searchAction(false);
 990     }
 991     else
 992     {
 993       refreshPaginatorState();
 994     }
 995   }
 996
 997   @Override
 998   public void nextPageAction()
 999   {
1000     updatePaginatorCart();
1001     offSet = offSet + pageLimit;
1002     searchAction(false);
1003   }
1004
1005   public void updatePaginatorCart()
1006   {
1007     int primaryKeyColIndex = 0;
1008     JTable resultTable = getResultTable();
1009     int totalRows = resultTable.getRowCount();
1010     try
1011     {
1012       primaryKeyColIndex = getFTSRestClient()
1013               .getPrimaryKeyColumIndex(wantedFields, false);
1014     } catch (Exception e)
1015     {
1016       e.printStackTrace();
1017     }
1018
1019     for (int row = 0; row < totalRows; row++)
1020     {
1021       String id = (String) resultTable.getValueAt(row, primaryKeyColIndex);
1022       if (paginatorCart.contains(id))
1023       {
1024         paginatorCart.remove(id);
1025       }
1026     }
1027     int[] selectedRows = resultTable.getSelectedRows();
1028     for (int summaryRow : selectedRows)
1029     {
1030       String idStr = resultTable.getValueAt(summaryRow, primaryKeyColIndex)
1031               .toString();
1032       paginatorCart.add(idStr);
1033     }
1034   }
1035
1036   public void updateSummaryTableSelections()
1037   {
1038     JTable resultTable = getResultTable();
1039     if (paginatorCart.isEmpty())
1040     {
1041       return;
1042     }
1043     int primaryKeyColIndex = 0;
1044     try
1045     {
1046       primaryKeyColIndex = getFTSRestClient()
1047               .getPrimaryKeyColumIndex(wantedFields, false);
1048     } catch (Exception e)
1049     {
1050       e.printStackTrace();
1051     }
1052     int totalRows = resultTable.getRowCount();
1053     for (int row = 0; row < totalRows; row++)
1054     {
1055       String id = (String) resultTable.getValueAt(row, primaryKeyColIndex);
1056       if (paginatorCart.contains(id))
1057       {
1058         resultTable.addRowSelectionInterval(row, row);
1059       }
1060     }
1061     validateSelection();
1062   }
1063
1064   public void refreshPaginatorState()
1065   {
1066     setPrevPageButtonEnabled(false);
1067     setNextPageButtonEnabled(false);
1068     if (resultSetCount == 0 && pageLimit == 0)
1069     {
1070       return;
1071     }
1072     if (resultSetCount >= pageLimit)
1073     {
1074       setNextPageButtonEnabled(true);
1075     }
1076     if (offSet >= pageLimit)
1077     {
1078       setPrevPageButtonEnabled(true);
1079     }
1080   }
1081
1082   public void refresh()
1083   {
1084     mainFrame.setTitle(getFTSFrameTitle());
1085   }
1086
1087   @Override
1088   public abstract void okAction();
1089 }