test/jalview/util/MappingUtilsTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.util;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  27 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  28 import static org.testng.AssertJUnit.fail;
  29 import static org.testng.internal.junit.ArrayAsserts.assertArrayEquals;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.IOException;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.Arrays;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37
  38 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  39 import org.testng.annotations.Test;
  40
  41 import jalview.api.AlignViewportI;
  42 import jalview.bin.Cache;
  43 import jalview.commands.EditCommand;
  44 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  45 import jalview.commands.EditCommand.Edit;
  46 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  47 import jalview.datamodel.Alignment;
  48 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  49 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  50 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  51 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  52 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  53 import jalview.datamodel.Sequence;
  54 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  55 import jalview.datamodel.SequenceI;
  56 import jalview.gui.AlignViewport;
  57 import jalview.gui.JvOptionPane;
  58 import jalview.io.DataSourceType;
  59 import jalview.io.FileFormat;
  60 import jalview.io.FileFormatI;
  61 import jalview.io.FormatAdapter;
  62
  63 public class MappingUtilsTest
  64 {
  65   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  66   public void setUp()
  67   {
  68     Cache.initLogger();
  69   }
  70
  71   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  72   public void setUpJvOptionPane()
  73   {
  74     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  75     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  76   }
  77
  78   private AlignViewportI dnaView;
  79
  80   private AlignViewportI proteinView;
  81
  82   /**
  83    * Simple test of mapping with no intron involved.
  84    */
  85   @Test(groups = { "Functional" })
  86   public void testBuildSearchResults()
  87   {
  88     final Sequence seq1 = new Sequence("Seq1/5-10", "C-G-TA-GC");
  89     seq1.createDatasetSequence();
  90
  91     final Sequence aseq1 = new Sequence("Seq1/12-13", "-P-R");
  92     aseq1.createDatasetSequence();
  93
  94     /*
  95      * Map dna bases 5-10 to protein residues 12-13
  96      */
  97     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
  98     MapList map = new MapList(new int[] { 5, 10 }, new int[] { 12, 13 }, 3,
  99             1);
 100     acf.addMap(seq1.getDatasetSequence(), aseq1.getDatasetSequence(), map);
 101     List<AlignedCodonFrame> acfList = Arrays
 102             .asList(new AlignedCodonFrame[]
 103             { acf });
 104
 105     /*
 106      * Check protein residue 12 maps to codon 5-7, 13 to codon 8-10
 107      */
 108     SearchResultsI sr = MappingUtils.buildSearchResults(aseq1, 12, acfList);
 109     assertEquals(1, sr.getResults().size());
 110     SearchResultMatchI m = sr.getResults().get(0);
 111     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 112     assertEquals(5, m.getStart());
 113     assertEquals(7, m.getEnd());
 114     sr = MappingUtils.buildSearchResults(aseq1, 13, acfList);
 115     assertEquals(1, sr.getResults().size());
 116     m = sr.getResults().get(0);
 117     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 118     assertEquals(8, m.getStart());
 119     assertEquals(10, m.getEnd());
 120
 121     /*
 122      * Check inverse mappings, from codons 5-7, 8-10 to protein 12, 13
 123      */
 124     for (int i = 5; i < 11; i++)
 125     {
 126       sr = MappingUtils.buildSearchResults(seq1, i, acfList);
 127       assertEquals(1, sr.getResults().size());
 128       m = sr.getResults().get(0);
 129       assertEquals(aseq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 130       int residue = i > 7 ? 13 : 12;
 131       assertEquals(residue, m.getStart());
 132       assertEquals(residue, m.getEnd());
 133     }
 134   }
 135
 136   /**
 137    * Simple test of mapping with introns involved.
 138    */
 139   @Test(groups = { "Functional" })
 140   public void testBuildSearchResults_withIntron()
 141   {
 142     final Sequence seq1 = new Sequence("Seq1/5-17", "c-G-tAGa-GcAgCtt");
 143     seq1.createDatasetSequence();
 144
 145     final Sequence aseq1 = new Sequence("Seq1/8-9", "-E-D");
 146     aseq1.createDatasetSequence();
 147
 148     /*
 149      * Map dna bases [6, 8, 9], [11, 13, 115] to protein residues 8 and 9
 150      */
 151     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 152     MapList map = new MapList(
 153             new int[]
 154             { 6, 6, 8, 9, 11, 11, 13, 13, 15, 15 }, new int[] { 8, 9 }, 3,
 155             1);
 156     acf.addMap(seq1.getDatasetSequence(), aseq1.getDatasetSequence(), map);
 157     List<AlignedCodonFrame> acfList = Arrays
 158             .asList(new AlignedCodonFrame[]
 159             { acf });
 160
 161     /*
 162      * Check protein residue 8 maps to [6, 8, 9]
 163      */
 164     SearchResultsI sr = MappingUtils.buildSearchResults(aseq1, 8, acfList);
 165     assertEquals(2, sr.getResults().size());
 166     SearchResultMatchI m = sr.getResults().get(0);
 167     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 168     assertEquals(6, m.getStart());
 169     assertEquals(6, m.getEnd());
 170     m = sr.getResults().get(1);
 171     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 172     assertEquals(8, m.getStart());
 173     assertEquals(9, m.getEnd());
 174
 175     /*
 176      * Check protein residue 9 maps to [11, 13, 15]
 177      */
 178     sr = MappingUtils.buildSearchResults(aseq1, 9, acfList);
 179     assertEquals(3, sr.getResults().size());
 180     m = sr.getResults().get(0);
 181     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 182     assertEquals(11, m.getStart());
 183     assertEquals(11, m.getEnd());
 184     m = sr.getResults().get(1);
 185     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 186     assertEquals(13, m.getStart());
 187     assertEquals(13, m.getEnd());
 188     m = sr.getResults().get(2);
 189     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 190     assertEquals(15, m.getStart());
 191     assertEquals(15, m.getEnd());
 192
 193     /*
 194      * Check inverse mappings, from codons to protein
 195      */
 196     for (int i = 5; i < 18; i++)
 197     {
 198       sr = MappingUtils.buildSearchResults(seq1, i, acfList);
 199       int residue = (i == 6 || i == 8 || i == 9) ? 8
 200               : (i == 11 || i == 13 || i == 15 ? 9 : 0);
 201       if (residue == 0)
 202       {
 203         assertEquals(0, sr.getResults().size());
 204         continue;
 205       }
 206       assertEquals(1, sr.getResults().size());
 207       m = sr.getResults().get(0);
 208       assertEquals(aseq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 209       assertEquals(residue, m.getStart());
 210       assertEquals(residue, m.getEnd());
 211     }
 212   }
 213
 214   /**
 215    * Test mapping a sequence group made of entire sequences.
 216    *
 217    * @throws IOException
 218    */
 219   @Test(groups = { "Functional" })
 220   public void testMapSequenceGroup_sequences() throws IOException
 221   {
 222     /*
 223      * Set up dna and protein Seq1/2/3 with mappings (held on the protein
 224      * viewport).
 225      */
 226     AlignmentI cdna = loadAlignment(">Seq1\nACG\n>Seq2\nTGA\n>Seq3\nTAC\n",
 227             FileFormat.Fasta);
 228     cdna.setDataset(null);
 229     AlignmentI protein = loadAlignment(">Seq1\nK\n>Seq2\nL\n>Seq3\nQ\n",
 230             FileFormat.Fasta);
 231     protein.setDataset(null);
 232     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 233     MapList map = new MapList(new int[] { 1, 3 }, new int[] { 1, 1 }, 3, 1);
 234     for (int seq = 0; seq < 3; seq++)
 235     {
 236       acf.addMap(cdna.getSequenceAt(seq).getDatasetSequence(),
 237               protein.getSequenceAt(seq).getDatasetSequence(), map);
 238     }
 239     List<AlignedCodonFrame> acfList = Arrays
 240             .asList(new AlignedCodonFrame[]
 241             { acf });
 242
 243     AlignViewportI theDnaView = new AlignViewport(cdna);
 244     AlignViewportI theProteinView = new AlignViewport(protein);
 245     protein.setCodonFrames(acfList);
 246
 247     /*
 248      * Select Seq1 and Seq3 in the protein
 249      */
 250     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 251     sg.setColourText(true);
 252     sg.setIdColour(Color.GREEN);
 253     sg.setOutlineColour(Color.LIGHT_GRAY);
 254     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(0), false);
 255     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(2), false);
 256     sg.setEndRes(protein.getWidth() - 1);
 257
 258     /*
 259      * Verify the mapped sequence group in dna
 260      */
 261     SequenceGroup mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg,
 262             theProteinView, theDnaView);
 263     assertTrue(mappedGroup.getColourText());
 264     assertSame(sg.getIdColour(), mappedGroup.getIdColour());
 265     assertSame(sg.getOutlineColour(), mappedGroup.getOutlineColour());
 266     assertEquals(2, mappedGroup.getSequences().size());
 267     assertSame(cdna.getSequenceAt(0), mappedGroup.getSequences().get(0));
 268     assertSame(cdna.getSequenceAt(2), mappedGroup.getSequences().get(1));
 269     assertEquals(0, mappedGroup.getStartRes());
 270     assertEquals(2, mappedGroup.getEndRes()); // 3 columns (1 codon)
 271
 272     /*
 273      * Verify mapping sequence group from dna to protein
 274      */
 275     sg.clear();
 276     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(1), false);
 277     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(0), false);
 278     sg.setStartRes(0);
 279     sg.setEndRes(2);
 280     mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, theDnaView, theProteinView);
 281     assertTrue(mappedGroup.getColourText());
 282     assertSame(sg.getIdColour(), mappedGroup.getIdColour());
 283     assertSame(sg.getOutlineColour(), mappedGroup.getOutlineColour());
 284     assertEquals(2, mappedGroup.getSequences().size());
 285     assertSame(protein.getSequenceAt(1), mappedGroup.getSequences().get(0));
 286     assertSame(protein.getSequenceAt(0), mappedGroup.getSequences().get(1));
 287     assertEquals(0, mappedGroup.getStartRes());
 288     assertEquals(0, mappedGroup.getEndRes());
 289   }
 290
 291   /**
 292    * Helper method to load an alignment and ensure dataset sequences are set up.
 293    *
 294    * @param data
 295    * @param format
 296    *          TODO
 297    * @return
 298    * @throws IOException
 299    */
 300   protected AlignmentI loadAlignment(final String data, FileFormatI format)
 301           throws IOException
 302   {
 303     AlignmentI a = new FormatAdapter().readFile(data, DataSourceType.PASTE,
 304             format);
 305     a.setDataset(null);
 306     return a;
 307   }
 308
 309   /**
 310    * Test mapping a column selection in protein to its dna equivalent
 311    *
 312    * @throws IOException
 313    */
 314   @Test(groups = { "Functional" })
 315   public void testMapColumnSelection_proteinToDna() throws IOException
 316   {
 317     setupMappedAlignments();
 318
 319     ColumnSelection colsel = new ColumnSelection();
 320     HiddenColumns hidden = new HiddenColumns();
 321
 322     /*
 323      * Column 0 in protein picks up Seq2/L, Seq3/G which map to cols 0-4 and 0-3
 324      * in dna respectively, overall 0-4
 325      */
 326     colsel.addElement(0);
 327     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
 328     HiddenColumns hs = new HiddenColumns();
 329     MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, hidden, proteinView, dnaView,
 330             cs, hs);
 331     assertEquals("[0, 1, 2, 3, 4]", cs.getSelected().toString());
 332
 333     /*
 334      * Column 1 in protein picks up Seq1/K which maps to cols 0-3 in dna
 335      */
 336     cs.clear();
 337     colsel.clear();
 338     colsel.addElement(1);
 339     MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, hidden, proteinView, dnaView,
 340             cs, hs);
 341     assertEquals("[0, 1, 2, 3]", cs.getSelected().toString());
 342
 343     /*
 344      * Column 2 in protein picks up gaps only - no mapping
 345      */
 346     cs.clear();
 347     colsel.clear();
 348     colsel.addElement(2);
 349     MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, hidden, proteinView, dnaView,
 350             cs, hs);
 351     assertEquals("[]", cs.getSelected().toString());
 352
 353     /*
 354      * Column 3 in protein picks up Seq1/P, Seq2/Q, Seq3/S which map to columns
 355      * 6-9, 6-10, 5-8 respectively, overall to 5-10
 356      */
 357     cs.clear();
 358     colsel.clear();
 359     colsel.addElement(3);
 360     MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, hidden, proteinView, dnaView,
 361             cs, hs);
 362     assertEquals("[5, 6, 7, 8, 9, 10]", cs.getSelected().toString());
 363
 364     /*
 365      * Combine selection of columns 1 and 3 to get a discontiguous mapped
 366      * selection
 367      */
 368     cs.clear();
 369     colsel.clear();
 370     colsel.addElement(1);
 371     colsel.addElement(3);
 372     MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, hidden, proteinView, dnaView,
 373             cs, hs);
 374     assertEquals("[0, 1, 2, 3, 5, 6, 7, 8, 9, 10]",
 375             cs.getSelected().toString());
 376   }
 377
 378   /**
 379    * Set up mappings for tests from 3 dna to 3 protein sequences. Sequences have
 380    * offset start positions for a more general test case.
 381    *
 382    * @throws IOException
 383    */
 384   protected void setupMappedAlignments() throws IOException
 385   {
 386     /*
 387      * Map (upper-case = coding):
 388      * Seq1/10-18 AC-GctGtC-T to Seq1/40 -K-P
 389      * Seq2/20-27 Tc-GA-G-T-T to Seq2/20-27 L--Q
 390      * Seq3/30-38 TtTT-AaCGg- to Seq3/60-61\nG--S
 391      */
 392     AlignmentI cdna = loadAlignment(">Seq1/10-18\nAC-GctGtC-T\n"
 393             + ">Seq2/20-27\nTc-GA-G-T-Tc\n" + ">Seq3/30-38\nTtTT-AaCGg-\n",
 394             FileFormat.Fasta);
 395     cdna.setDataset(null);
 396     AlignmentI protein = loadAlignment(
 397             ">Seq1/40-41\n-K-P\n>Seq2/50-51\nL--Q\n>Seq3/60-61\nG--S\n",
 398             FileFormat.Fasta);
 399     protein.setDataset(null);
 400
 401     // map first dna to first protein seq
 402     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 403     MapList map = new MapList(new int[] { 10, 12, 15, 15, 17, 18 },
 404             new int[]
 405             { 40, 41 }, 3, 1);
 406     acf.addMap(cdna.getSequenceAt(0).getDatasetSequence(),
 407             protein.getSequenceAt(0).getDatasetSequence(), map);
 408
 409     // map second dna to second protein seq
 410     map = new MapList(new int[] { 20, 20, 22, 23, 24, 26 },
 411             new int[]
 412             { 50, 51 }, 3, 1);
 413     acf.addMap(cdna.getSequenceAt(1).getDatasetSequence(),
 414             protein.getSequenceAt(1).getDatasetSequence(), map);
 415
 416     // map third dna to third protein seq
 417     map = new MapList(new int[] { 30, 30, 32, 34, 36, 37 },
 418             new int[]
 419             { 60, 61 }, 3, 1);
 420     acf.addMap(cdna.getSequenceAt(2).getDatasetSequence(),
 421             protein.getSequenceAt(2).getDatasetSequence(), map);
 422     List<AlignedCodonFrame> acfList = Arrays
 423             .asList(new AlignedCodonFrame[]
 424             { acf });
 425
 426     dnaView = new AlignViewport(cdna);
 427     proteinView = new AlignViewport(protein);
 428     protein.setCodonFrames(acfList);
 429   }
 430
 431   /**
 432    * Test mapping a column selection in dna to its protein equivalent
 433    *
 434    * @throws IOException
 435    */
 436   @Test(groups = { "Functional" })
 437   public void testMapColumnSelection_dnaToProtein() throws IOException
 438   {
 439     setupMappedAlignments();
 440
 441     ColumnSelection colsel = new ColumnSelection();
 442     HiddenColumns hidden = new HiddenColumns();
 443
 444     /*
 445      * Column 0 in dna picks up first bases which map to residue 1, columns 0-1
 446      * in protein.
 447      */
 448     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
 449     HiddenColumns hs = new HiddenColumns();
 450     colsel.addElement(0);
 451     MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, hidden, dnaView, proteinView,
 452             cs, hs);
 453     assertEquals("[0, 1]", cs.getSelected().toString());
 454
 455     /*
 456      * Columns 3-5 in dna map to the first residues in protein Seq1, Seq2, and
 457      * the first two in Seq3. Overall to columns 0, 1, 3 (col2 is all gaps).
 458      */
 459     colsel.addElement(3);
 460     colsel.addElement(4);
 461     colsel.addElement(5);
 462     cs.clear();
 463     MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, hidden, dnaView, proteinView,
 464             cs, hs);
 465     assertEquals("[0, 1, 3]", cs.getSelected().toString());
 466   }
 467
 468   @Test(groups = { "Functional" })
 469   public void testMapColumnSelection_null() throws IOException
 470   {
 471     setupMappedAlignments();
 472     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
 473     HiddenColumns hs = new HiddenColumns();
 474     MappingUtils.mapColumnSelection(null, null, dnaView, proteinView, cs,
 475             hs);
 476     assertTrue("mapped selection not empty", cs.getSelected().isEmpty());
 477   }
 478
 479   /**
 480    * Tests for the method that converts a series of [start, end] ranges to
 481    * single positions
 482    */
 483   @Test(groups = { "Functional" })
 484   public void testFlattenRanges()
 485   {
 486     assertEquals("[1, 2, 3, 4]",
 487             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[]
 488             { 1, 4 })));
 489     assertEquals("[1, 2, 3, 4]",
 490             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[]
 491             { 1, 2, 3, 4 })));
 492     assertEquals("[1, 2, 3, 4]",
 493             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[]
 494             { 1, 1, 2, 2, 3, 3, 4, 4 })));
 495     assertEquals("[1, 2, 3, 4, 7, 8, 9, 12]",
 496             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[]
 497             { 1, 4, 7, 9, 12, 12 })));
 498     // trailing unpaired start position is ignored:
 499     assertEquals("[1, 2, 3, 4, 7, 8, 9, 12]",
 500             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[]
 501             { 1, 4, 7, 9, 12, 12, 15 })));
 502   }
 503
 504   /**
 505    * Test mapping a sequence group made of entire columns.
 506    *
 507    * @throws IOException
 508    */
 509   @Test(groups = { "Functional" })
 510   public void testMapSequenceGroup_columns() throws IOException
 511   {
 512     /*
 513      * Set up dna and protein Seq1/2/3 with mappings (held on the protein
 514      * viewport).
 515      */
 516     AlignmentI cdna = loadAlignment(
 517             ">Seq1\nACGGCA\n>Seq2\nTGACAG\n>Seq3\nTACGTA\n",
 518             FileFormat.Fasta);
 519     cdna.setDataset(null);
 520     AlignmentI protein = loadAlignment(">Seq1\nKA\n>Seq2\nLQ\n>Seq3\nQV\n",
 521             FileFormat.Fasta);
 522     protein.setDataset(null);
 523     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 524     MapList map = new MapList(new int[] { 1, 6 }, new int[] { 1, 2 }, 3, 1);
 525     for (int seq = 0; seq < 3; seq++)
 526     {
 527       acf.addMap(cdna.getSequenceAt(seq).getDatasetSequence(),
 528               protein.getSequenceAt(seq).getDatasetSequence(), map);
 529     }
 530     List<AlignedCodonFrame> acfList = Arrays
 531             .asList(new AlignedCodonFrame[]
 532             { acf });
 533
 534     AlignViewportI theDnaView = new AlignViewport(cdna);
 535     AlignViewportI theProteinView = new AlignViewport(protein);
 536     protein.setCodonFrames(acfList);
 537
 538     /*
 539      * Select all sequences, column 2 in the protein
 540      */
 541     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 542     sg.setColourText(true);
 543     sg.setIdColour(Color.GREEN);
 544     sg.setOutlineColour(Color.LIGHT_GRAY);
 545     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(0), false);
 546     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(1), false);
 547     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(2), false);
 548     sg.setStartRes(1);
 549     sg.setEndRes(1);
 550
 551     /*
 552      * Verify the mapped sequence group in dna
 553      */
 554     SequenceGroup mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg,
 555             theProteinView, theDnaView);
 556     assertTrue(mappedGroup.getColourText());
 557     assertSame(sg.getIdColour(), mappedGroup.getIdColour());
 558     assertSame(sg.getOutlineColour(), mappedGroup.getOutlineColour());
 559     assertEquals(3, mappedGroup.getSequences().size());
 560     assertSame(cdna.getSequenceAt(0), mappedGroup.getSequences().get(0));
 561     assertSame(cdna.getSequenceAt(1), mappedGroup.getSequences().get(1));
 562     assertSame(cdna.getSequenceAt(2), mappedGroup.getSequences().get(2));
 563     assertEquals(3, mappedGroup.getStartRes());
 564     assertEquals(5, mappedGroup.getEndRes());
 565
 566     /*
 567      * Verify mapping sequence group from dna to protein
 568      */
 569     sg.clear();
 570     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(0), false);
 571     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(1), false);
 572     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(2), false);
 573     // select columns 2 and 3 in DNA which span protein columns 0 and 1
 574     sg.setStartRes(2);
 575     sg.setEndRes(3);
 576     mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, theDnaView, theProteinView);
 577     assertTrue(mappedGroup.getColourText());
 578     assertSame(sg.getIdColour(), mappedGroup.getIdColour());
 579     assertSame(sg.getOutlineColour(), mappedGroup.getOutlineColour());
 580     assertEquals(3, mappedGroup.getSequences().size());
 581     assertSame(protein.getSequenceAt(0), mappedGroup.getSequences().get(0));
 582     assertSame(protein.getSequenceAt(1), mappedGroup.getSequences().get(1));
 583     assertSame(protein.getSequenceAt(2), mappedGroup.getSequences().get(2));
 584     assertEquals(0, mappedGroup.getStartRes());
 585     assertEquals(1, mappedGroup.getEndRes());
 586   }
 587
 588   /**
 589    * Test mapping a sequence group made of a sequences/columns region.
 590    *
 591    * @throws IOException
 592    */
 593   @Test(groups = { "Functional" })
 594   public void testMapSequenceGroup_region() throws IOException
 595   {
 596     /*
 597      * Set up gapped dna and protein Seq1/2/3 with mappings (held on the protein
 598      * viewport).
 599      */
 600     AlignmentI cdna = loadAlignment(
 601             ">Cds11\nA-CG-GC--AT-CA\n>Cds2\n-TG-AC-AG-T-AT\n>Cds3\n-T--ACG-TAAT-G\n",
 602             FileFormat.Fasta);
 603     cdna.setDataset(null);
 604     AlignmentI protein = loadAlignment(
 605             ">Pep1\n-KA-S\n>Pep2\n--L-QY\n>Pep3\nQ-V-M\n",
 606             FileFormat.Fasta);
 607     protein.setDataset(null);
 608     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 609     MapList map = new MapList(new int[] { 1, 9 }, new int[] { 1, 3 }, 3, 1);
 610     for (int seq = 0; seq < 3; seq++)
 611     {
 612       acf.addMap(cdna.getSequenceAt(seq).getDatasetSequence(),
 613               protein.getSequenceAt(seq).getDatasetSequence(), map);
 614     }
 615     List<AlignedCodonFrame> acfList = Arrays
 616             .asList(new AlignedCodonFrame[]
 617             { acf });
 618
 619     AlignViewportI theDnaView = new AlignViewport(cdna);
 620     AlignViewportI theProteinView = new AlignViewport(protein);
 621     protein.setCodonFrames(acfList);
 622
 623     /*
 624      * Select Pep1 and Pep2 in the protein, column 1 (K/-). Expect mapped
 625      * sequence group to cover Cds1, columns 0-3 (ACG). Although the selection
 626      * only includes a gap in Cds2, mapped Cds2 is included with 'no columns'
 627      */
 628     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 629     sg.setColourText(true);
 630     sg.setIdColour(Color.GREEN);
 631     sg.setOutlineColour(Color.LIGHT_GRAY);
 632     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(0), false);
 633     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(1), false);
 634     sg.setStartRes(1);
 635     sg.setEndRes(1);
 636
 637     /*
 638      * Verify the mapped sequence group in dna
 639      */
 640     SequenceGroup mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg,
 641             theProteinView, theDnaView);
 642     assertTrue(mappedGroup.getColourText());
 643     assertSame(sg.getIdColour(), mappedGroup.getIdColour());
 644     assertSame(sg.getOutlineColour(), mappedGroup.getOutlineColour());
 645     assertEquals(2, mappedGroup.getSequences().size());
 646     assertSame(cdna.getSequenceAt(0), mappedGroup.getSequences().get(0));
 647     assertSame(cdna.getSequenceAt(1), mappedGroup.getSequences().get(1));
 648     // Pep2 in protein has a gap in column 1 - doesn't map to any column
 649     // Pep1 has K which should map to columns 0-3 in Cds1
 650     assertEquals(0, mappedGroup.getStartRes());
 651     assertEquals(3, mappedGroup.getEndRes());
 652
 653     /*
 654      * Now select cols 2-4 in protein. These cover Seq1:AS Seq2:LQ Seq3:VM which
 655      * extend over DNA columns 3-12, 1-7, 6-13 respectively, or 1-13 overall.
 656      */
 657     sg.setStartRes(2);
 658     sg.setEndRes(4);
 659     mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, theProteinView, theDnaView);
 660     assertEquals(1, mappedGroup.getStartRes());
 661     assertEquals(13, mappedGroup.getEndRes());
 662
 663     /*
 664      * Verify mapping sequence group from dna to protein
 665      */
 666     sg.clear();
 667     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(0), false);
 668
 669     // select columns 4,5 - includes Seq1:codon2 (A) only
 670     sg.setStartRes(4);
 671     sg.setEndRes(5);
 672     mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, theDnaView, theProteinView);
 673     assertEquals(2, mappedGroup.getStartRes());
 674     assertEquals(2, mappedGroup.getEndRes());
 675
 676     // add Seq2 to dna selection cols 4-5 include codons 1 and 2 (LQ)
 677     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(1), false);
 678     mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, theDnaView, theProteinView);
 679     assertEquals(2, mappedGroup.getStartRes());
 680     assertEquals(4, mappedGroup.getEndRes());
 681
 682     // add Seq3 to dna selection cols 4-5 include codon 1 (Q)
 683     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(2), false);
 684     mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, theDnaView, theProteinView);
 685     assertEquals(0, mappedGroup.getStartRes());
 686     assertEquals(4, mappedGroup.getEndRes());
 687   }
 688
 689   @Test(groups = { "Functional" })
 690   public void testFindMappingsForSequence()
 691   {
 692     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABC");
 693     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABC");
 694     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "ABC");
 695     SequenceI seq4 = new Sequence("Seq4", "ABC");
 696     seq1.createDatasetSequence();
 697     seq2.createDatasetSequence();
 698     seq3.createDatasetSequence();
 699     seq4.createDatasetSequence();
 700
 701     /*
 702      * Create mappings from seq1 to seq2, seq2 to seq1, seq3 to seq1
 703      */
 704     AlignedCodonFrame acf1 = new AlignedCodonFrame();
 705     MapList map = new MapList(new int[] { 1, 3 }, new int[] { 1, 3 }, 1, 1);
 706     acf1.addMap(seq1.getDatasetSequence(), seq2.getDatasetSequence(), map);
 707     AlignedCodonFrame acf2 = new AlignedCodonFrame();
 708     acf2.addMap(seq2.getDatasetSequence(), seq1.getDatasetSequence(), map);
 709     AlignedCodonFrame acf3 = new AlignedCodonFrame();
 710     acf3.addMap(seq3.getDatasetSequence(), seq1.getDatasetSequence(), map);
 711
 712     List<AlignedCodonFrame> mappings = new ArrayList<>();
 713     mappings.add(acf1);
 714     mappings.add(acf2);
 715     mappings.add(acf3);
 716
 717     /*
 718      * Seq1 has three mappings
 719      */
 720     List<AlignedCodonFrame> result = MappingUtils
 721             .findMappingsForSequence(seq1, mappings);
 722     assertEquals(3, result.size());
 723     assertTrue(result.contains(acf1));
 724     assertTrue(result.contains(acf2));
 725     assertTrue(result.contains(acf3));
 726
 727     /*
 728      * Seq2 has two mappings
 729      */
 730     result = MappingUtils.findMappingsForSequence(seq2, mappings);
 731     assertEquals(2, result.size());
 732     assertTrue(result.contains(acf1));
 733     assertTrue(result.contains(acf2));
 734
 735     /*
 736      * Seq3 has one mapping
 737      */
 738     result = MappingUtils.findMappingsForSequence(seq3, mappings);
 739     assertEquals(1, result.size());
 740     assertTrue(result.contains(acf3));
 741
 742     /*
 743      * Seq4 has no mappings
 744      */
 745     result = MappingUtils.findMappingsForSequence(seq4, mappings);
 746     assertEquals(0, result.size());
 747
 748     result = MappingUtils.findMappingsForSequence(null, mappings);
 749     assertEquals(0, result.size());
 750
 751     result = MappingUtils.findMappingsForSequence(seq1, null);
 752     assertEquals(0, result.size());
 753
 754     result = MappingUtils.findMappingsForSequence(null, null);
 755     assertEquals(0, result.size());
 756   }
 757
 758   /**
 759    * just like the one above, but this time, we provide a set of sequences to
 760    * subselect the mapping search
 761    */
 762   @Test(groups = { "Functional" })
 763   public void testFindMappingsForSequenceAndOthers()
 764   {
 765     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABC");
 766     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABC");
 767     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "ABC");
 768     SequenceI seq4 = new Sequence("Seq4", "ABC");
 769     seq1.createDatasetSequence();
 770     seq2.createDatasetSequence();
 771     seq3.createDatasetSequence();
 772     seq4.createDatasetSequence();
 773
 774     /*
 775      * Create mappings from seq1 to seq2, seq2 to seq1, seq3 to seq1, seq3 to seq4
 776      */
 777     AlignedCodonFrame acf1 = new AlignedCodonFrame();
 778     MapList map = new MapList(new int[] { 1, 3 }, new int[] { 1, 3 }, 1, 1);
 779     acf1.addMap(seq1.getDatasetSequence(), seq2.getDatasetSequence(), map);
 780     AlignedCodonFrame acf2 = new AlignedCodonFrame();
 781     acf2.addMap(seq2.getDatasetSequence(), seq1.getDatasetSequence(), map);
 782     AlignedCodonFrame acf3 = new AlignedCodonFrame();
 783     acf3.addMap(seq3.getDatasetSequence(), seq1.getDatasetSequence(), map);
 784     AlignedCodonFrame acf4 = new AlignedCodonFrame();
 785     acf4.addMap(seq3.getDatasetSequence(), seq4.getDatasetSequence(), map);
 786
 787     List<AlignedCodonFrame> mappings = new ArrayList<>();
 788     mappings.add(acf1);
 789     mappings.add(acf2);
 790     mappings.add(acf3);
 791     mappings.add(acf4);
 792
 793     /*
 794      * test for null args
 795      */
 796     List<AlignedCodonFrame> result = MappingUtils
 797             .findMappingsForSequenceAndOthers(null, mappings,
 798                     Arrays.asList(new SequenceI[]
 799                     { seq1, seq2 }));
 800     assertTrue(result.isEmpty());
 801
 802     result = MappingUtils.findMappingsForSequenceAndOthers(seq1, null,
 803             Arrays.asList(new SequenceI[]
 804             { seq1, seq2 }));
 805     assertTrue(result.isEmpty());
 806
 807     /*
 808      * Seq1 has three mappings, but filter argument will only accept
 809      * those to seq2
 810      */
 811     result = MappingUtils.findMappingsForSequenceAndOthers(seq1, mappings,
 812             Arrays.asList(new SequenceI[]
 813             { seq1, seq2, seq1.getDatasetSequence() }));
 814     assertEquals(2, result.size());
 815     assertTrue(result.contains(acf1));
 816     assertTrue(result.contains(acf2));
 817     assertFalse("Did not expect to find mapping acf3 - subselect failed",
 818             result.contains(acf3));
 819     assertFalse(
 820             "Did not expect to find mapping acf4 - doesn't involve sequence",
 821             result.contains(acf4));
 822
 823     /*
 824      * and verify the no filter case
 825      */
 826     result = MappingUtils.findMappingsForSequenceAndOthers(seq1, mappings,
 827             null);
 828     assertEquals(3, result.size());
 829     assertTrue(result.contains(acf1));
 830     assertTrue(result.contains(acf2));
 831     assertTrue(result.contains(acf3));
 832   }
 833
 834   @Test(groups = { "Functional" })
 835   public void testMapEditCommand()
 836   {
 837     SequenceI dna = new Sequence("Seq1", "---ACG---GCATCA", 8, 16);
 838     SequenceI protein = new Sequence("Seq2", "-T-AS", 5, 7);
 839     dna.createDatasetSequence();
 840     protein.createDatasetSequence();
 841     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 842     MapList map = new MapList(new int[] { 8, 16 }, new int[] { 5, 7 }, 3,
 843             1);
 844     acf.addMap(dna.getDatasetSequence(), protein.getDatasetSequence(), map);
 845     List<AlignedCodonFrame> mappings = new ArrayList<>();
 846     mappings.add(acf);
 847
 848     AlignmentI prot = new Alignment(new SequenceI[] { protein });
 849     prot.setCodonFrames(mappings);
 850     AlignmentI nuc = new Alignment(new SequenceI[] { dna });
 851
 852     /*
 853      * construct and perform the edit command to turn "-T-AS" in to "-T-A--S"
 854      * i.e. insert two gaps at column 4
 855      */
 856     EditCommand ec = new EditCommand();
 857     final Edit edit = ec.new Edit(Action.INSERT_GAP,
 858             new SequenceI[]
 859             { protein }, 4, 2, '-');
 860     ec.appendEdit(edit, prot, true, null);
 861
 862     /*
 863      * the mapped edit command should be to insert 6 gaps before base 4 in the
 864      * nucleotide sequence, which corresponds to aligned column 12 in the dna
 865      */
 866     EditCommand mappedEdit = MappingUtils.mapEditCommand(ec, false, nuc,
 867             '-', mappings);
 868     assertEquals(1, mappedEdit.getEdits().size());
 869     Edit e = mappedEdit.getEdits().get(0);
 870     assertEquals(1, e.getSequences().length);
 871     assertEquals(dna, e.getSequences()[0]);
 872     assertEquals(12, e.getPosition());
 873     assertEquals(6, e.getNumber());
 874   }
 875
 876   /**
 877    * Tests for the method that converts a series of [start, end] ranges to
 878    * single positions, where the mapping is to a reverse strand i.e. start is
 879    * greater than end point mapped to
 880    */
 881   @Test(groups = { "Functional" })
 882   public void testFlattenRanges_reverseStrand()
 883   {
 884     assertEquals("[4, 3, 2, 1]",
 885             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[]
 886             { 4, 1 })));
 887     assertEquals("[4, 3, 2, 1]",
 888             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[]
 889             { 4, 3, 2, 1 })));
 890     assertEquals("[4, 3, 2, 1]",
 891             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[]
 892             { 4, 4, 3, 3, 2, 2, 1, 1 })));
 893     assertEquals("[12, 9, 8, 7, 4, 3, 2, 1]",
 894             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[]
 895             { 12, 12, 9, 7, 4, 1 })));
 896     // forwards and backwards anyone?
 897     assertEquals("[4, 5, 6, 3, 2, 1]",
 898             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[]
 899             { 4, 6, 3, 1 })));
 900     // backwards and forwards
 901     assertEquals("[3, 2, 1, 4, 5, 6]",
 902             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[]
 903             { 3, 1, 4, 6 })));
 904     // trailing unpaired start position is ignored:
 905     assertEquals("[12, 9, 8, 7, 4, 3, 2]",
 906             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[]
 907             { 12, 12, 9, 7, 4, 2, 1 })));
 908   }
 909
 910   /**
 911    * Test mapping a column selection including hidden columns
 912    *
 913    * @throws IOException
 914    */
 915   @Test(groups = { "Functional" })
 916   public void testMapColumnSelection_hiddenColumns() throws IOException
 917   {
 918     setupMappedAlignments();
 919
 920     ColumnSelection proteinSelection = new ColumnSelection();
 921     HiddenColumns hiddenCols = new HiddenColumns();
 922
 923     /*
 924      * Column 0 in protein picks up Seq2/L, Seq3/G which map to cols 0-4 and 0-3
 925      * in dna respectively, overall 0-4
 926      */
 927     proteinSelection.hideSelectedColumns(0, hiddenCols);
 928     ColumnSelection dnaSelection = new ColumnSelection();
 929     HiddenColumns dnaHidden = new HiddenColumns();
 930     MappingUtils.mapColumnSelection(proteinSelection, hiddenCols,
 931             proteinView, dnaView, dnaSelection, dnaHidden);
 932     assertEquals("[]", dnaSelection.getSelected().toString());
 933     Iterator<int[]> regions = dnaHidden.iterator();
 934     assertEquals(1, dnaHidden.getNumberOfRegions());
 935     assertEquals("[0, 4]", Arrays.toString(regions.next()));
 936
 937     /*
 938      * Column 1 in protein picks up Seq1/K which maps to cols 0-3 in dna
 939      */
 940     dnaSelection = new ColumnSelection();
 941     dnaHidden = new HiddenColumns();
 942     hiddenCols.revealAllHiddenColumns(proteinSelection);
 943     // the unhidden columns are now marked selected!
 944     assertEquals("[0]", proteinSelection.getSelected().toString());
 945     // deselect these or hideColumns will be expanded to include 0
 946     proteinSelection.clear();
 947     proteinSelection.hideSelectedColumns(1, hiddenCols);
 948     MappingUtils.mapColumnSelection(proteinSelection, hiddenCols,
 949             proteinView, dnaView, dnaSelection, dnaHidden);
 950     regions = dnaHidden.iterator();
 951     assertEquals(1, dnaHidden.getNumberOfRegions());
 952     assertEquals("[0, 3]", Arrays.toString(regions.next()));
 953
 954     /*
 955      * Column 2 in protein picks up gaps only - no mapping
 956      */
 957     dnaSelection = new ColumnSelection();
 958     dnaHidden = new HiddenColumns();
 959     hiddenCols.revealAllHiddenColumns(proteinSelection);
 960     proteinSelection.clear();
 961     proteinSelection.hideSelectedColumns(2, hiddenCols);
 962     MappingUtils.mapColumnSelection(proteinSelection, hiddenCols,
 963             proteinView, dnaView, dnaSelection, dnaHidden);
 964     assertEquals(0, dnaHidden.getNumberOfRegions());
 965
 966     /*
 967      * Column 3 in protein picks up Seq1/P, Seq2/Q, Seq3/S which map to columns
 968      * 6-9, 6-10, 5-8 respectively, overall to 5-10
 969      */
 970     dnaSelection = new ColumnSelection();
 971     dnaHidden = new HiddenColumns();
 972     hiddenCols.revealAllHiddenColumns(proteinSelection);
 973     proteinSelection.clear();
 974     proteinSelection.hideSelectedColumns(3, hiddenCols); // 5-10 hidden in dna
 975     proteinSelection.addElement(1); // 0-3 selected in dna
 976     MappingUtils.mapColumnSelection(proteinSelection, hiddenCols,
 977             proteinView, dnaView, dnaSelection, dnaHidden);
 978     assertEquals("[0, 1, 2, 3]", dnaSelection.getSelected().toString());
 979     regions = dnaHidden.iterator();
 980     assertEquals(1, dnaHidden.getNumberOfRegions());
 981     assertEquals("[5, 10]", Arrays.toString(regions.next()));
 982
 983     /*
 984      * Combine hiding columns 1 and 3 to get discontiguous hidden columns
 985      */
 986     dnaSelection = new ColumnSelection();
 987     dnaHidden = new HiddenColumns();
 988     hiddenCols.revealAllHiddenColumns(proteinSelection);
 989     proteinSelection.clear();
 990     proteinSelection.hideSelectedColumns(1, hiddenCols);
 991     proteinSelection.hideSelectedColumns(3, hiddenCols);
 992     MappingUtils.mapColumnSelection(proteinSelection, hiddenCols,
 993             proteinView, dnaView, dnaSelection, dnaHidden);
 994     regions = dnaHidden.iterator();
 995     assertEquals(2, dnaHidden.getNumberOfRegions());
 996     assertEquals("[0, 3]", Arrays.toString(regions.next()));
 997     assertEquals("[5, 10]", Arrays.toString(regions.next()));
 998   }
 999
1000   @Test(groups = { "Functional" })
1001   public void testGetLength()
1002   {
1003     assertEquals(0, MappingUtils.getLength(null));
1004
1005     /*
1006      * [start, end] ranges
1007      */
1008     List<int[]> ranges = new ArrayList<>();
1009     assertEquals(0, MappingUtils.getLength(ranges));
1010     ranges.add(new int[] { 1, 1 });
1011     assertEquals(1, MappingUtils.getLength(ranges));
1012     ranges.add(new int[] { 2, 10 });
1013     assertEquals(10, MappingUtils.getLength(ranges));
1014     ranges.add(new int[] { 20, 10 });
1015     assertEquals(21, MappingUtils.getLength(ranges));
1016
1017     /*
1018      * [start, end, start, end...] ranges
1019      */
1020     ranges.clear();
1021     ranges.add(new int[] { 1, 5, 8, 4 });
1022     ranges.add(new int[] { 8, 2 });
1023     ranges.add(new int[] { 12, 12 });
1024     assertEquals(18, MappingUtils.getLength(ranges));
1025   }
1026
1027   @Test(groups = { "Functional" })
1028   public void testContains()
1029   {
1030     assertFalse(MappingUtils.contains(null, 1));
1031     List<int[]> ranges = new ArrayList<>();
1032     assertFalse(MappingUtils.contains(ranges, 1));
1033
1034     ranges.add(new int[] { 1, 4 });
1035     ranges.add(new int[] { 6, 6 });
1036     ranges.add(new int[] { 8, 10 });
1037     ranges.add(new int[] { 30, 20 });
1038     ranges.add(new int[] { -16, -44 });
1039
1040     assertFalse(MappingUtils.contains(ranges, 0));
1041     assertTrue(MappingUtils.contains(ranges, 1));
1042     assertTrue(MappingUtils.contains(ranges, 2));
1043     assertTrue(MappingUtils.contains(ranges, 3));
1044     assertTrue(MappingUtils.contains(ranges, 4));
1045     assertFalse(MappingUtils.contains(ranges, 5));
1046
1047     assertTrue(MappingUtils.contains(ranges, 6));
1048     assertFalse(MappingUtils.contains(ranges, 7));
1049
1050     assertTrue(MappingUtils.contains(ranges, 8));
1051     assertTrue(MappingUtils.contains(ranges, 9));
1052     assertTrue(MappingUtils.contains(ranges, 10));
1053
1054     assertFalse(MappingUtils.contains(ranges, 31));
1055     assertTrue(MappingUtils.contains(ranges, 30));
1056     assertTrue(MappingUtils.contains(ranges, 29));
1057     assertTrue(MappingUtils.contains(ranges, 20));
1058     assertFalse(MappingUtils.contains(ranges, 19));
1059
1060     assertFalse(MappingUtils.contains(ranges, -15));
1061     assertTrue(MappingUtils.contains(ranges, -16));
1062     assertTrue(MappingUtils.contains(ranges, -44));
1063     assertFalse(MappingUtils.contains(ranges, -45));
1064   }
1065
1066   /**
1067    * Test the method that drops positions from the start of a mapped range
1068    */
1069   @Test(groups = "Functional")
1070   public void testRemoveStartPositions()
1071   {
1072     int[] ranges = new int[] { 1, 10 };
1073     int[] adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(0, ranges);
1074     assertEquals("[1, 10]", Arrays.toString(adjusted));
1075
1076     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(1, ranges);
1077     assertEquals("[2, 10]", Arrays.toString(adjusted));
1078     assertEquals("[1, 10]", Arrays.toString(ranges));
1079
1080     ranges = adjusted;
1081     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(1, ranges);
1082     assertEquals("[3, 10]", Arrays.toString(adjusted));
1083     assertEquals("[2, 10]", Arrays.toString(ranges));
1084
1085     ranges = new int[] { 2, 3, 10, 12 };
1086     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(1, ranges);
1087     assertEquals("[3, 3, 10, 12]", Arrays.toString(adjusted));
1088     assertEquals("[2, 3, 10, 12]", Arrays.toString(ranges));
1089
1090     ranges = new int[] { 2, 2, 8, 12 };
1091     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(1, ranges);
1092     assertEquals("[8, 12]", Arrays.toString(adjusted));
1093     assertEquals("[2, 2, 8, 12]", Arrays.toString(ranges));
1094
1095     ranges = new int[] { 2, 2, 8, 12 };
1096     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(2, ranges);
1097     assertEquals("[9, 12]", Arrays.toString(adjusted));
1098     assertEquals("[2, 2, 8, 12]", Arrays.toString(ranges));
1099
1100     ranges = new int[] { 2, 2, 4, 4, 9, 12 };
1101     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(1, ranges);
1102     assertEquals("[4, 4, 9, 12]", Arrays.toString(adjusted));
1103     assertEquals("[2, 2, 4, 4, 9, 12]", Arrays.toString(ranges));
1104
1105     ranges = new int[] { 2, 2, 4, 4, 9, 12 };
1106     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(2, ranges);
1107     assertEquals("[9, 12]", Arrays.toString(adjusted));
1108     assertEquals("[2, 2, 4, 4, 9, 12]", Arrays.toString(ranges));
1109
1110     ranges = new int[] { 2, 3, 9, 12 };
1111     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(3, ranges);
1112     assertEquals("[10, 12]", Arrays.toString(adjusted));
1113     assertEquals("[2, 3, 9, 12]", Arrays.toString(ranges));
1114   }
1115
1116   /**
1117    * Test the method that drops positions from the start of a mapped range, on
1118    * the reverse strand
1119    */
1120   @Test(groups = "Functional")
1121   public void testRemoveStartPositions_reverseStrand()
1122   {
1123     int[] ranges = new int[] { 10, 1 };
1124     int[] adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(0, ranges);
1125     assertEquals("[10, 1]", Arrays.toString(adjusted));
1126     assertEquals("[10, 1]", Arrays.toString(ranges));
1127
1128     ranges = adjusted;
1129     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(1, ranges);
1130     assertEquals("[9, 1]", Arrays.toString(adjusted));
1131     assertEquals("[10, 1]", Arrays.toString(ranges));
1132
1133     ranges = adjusted;
1134     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(1, ranges);
1135     assertEquals("[8, 1]", Arrays.toString(adjusted));
1136     assertEquals("[9, 1]", Arrays.toString(ranges));
1137
1138     ranges = new int[] { 12, 11, 9, 6 };
1139     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(1, ranges);
1140     assertEquals("[11, 11, 9, 6]", Arrays.toString(adjusted));
1141     assertEquals("[12, 11, 9, 6]", Arrays.toString(ranges));
1142
1143     ranges = new int[] { 12, 12, 8, 4 };
1144     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(1, ranges);
1145     assertEquals("[8, 4]", Arrays.toString(adjusted));
1146     assertEquals("[12, 12, 8, 4]", Arrays.toString(ranges));
1147
1148     ranges = new int[] { 12, 12, 8, 4 };
1149     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(2, ranges);
1150     assertEquals("[7, 4]", Arrays.toString(adjusted));
1151     assertEquals("[12, 12, 8, 4]", Arrays.toString(ranges));
1152
1153     ranges = new int[] { 12, 12, 10, 10, 8, 4 };
1154     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(1, ranges);
1155     assertEquals("[10, 10, 8, 4]", Arrays.toString(adjusted));
1156     assertEquals("[12, 12, 10, 10, 8, 4]", Arrays.toString(ranges));
1157
1158     ranges = new int[] { 12, 12, 10, 10, 8, 4 };
1159     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(2, ranges);
1160     assertEquals("[8, 4]", Arrays.toString(adjusted));
1161     assertEquals("[12, 12, 10, 10, 8, 4]", Arrays.toString(ranges));
1162
1163     ranges = new int[] { 12, 11, 8, 4 };
1164     adjusted = MappingUtils.removeStartPositions(3, ranges);
1165     assertEquals("[7, 4]", Arrays.toString(adjusted));
1166     assertEquals("[12, 11, 8, 4]", Arrays.toString(ranges));
1167   }
1168
1169   @Test(groups = { "Functional" })
1170   public void testRangeContains()
1171   {
1172     /*
1173      * both forward ranges
1174      */
1175     assertTrue(
1176             MappingUtils.rangeContains(new int[]
1177             { 1, 10 }, new int[] { 1, 10 }));
1178     assertTrue(
1179             MappingUtils.rangeContains(new int[]
1180             { 1, 10 }, new int[] { 2, 10 }));
1181     assertTrue(
1182             MappingUtils.rangeContains(new int[]
1183             { 1, 10 }, new int[] { 1, 9 }));
1184     assertTrue(
1185             MappingUtils.rangeContains(new int[]
1186             { 1, 10 }, new int[] { 4, 5 }));
1187     assertFalse(
1188             MappingUtils.rangeContains(new int[]
1189             { 1, 10 }, new int[] { 0, 9 }));
1190     assertFalse(
1191             MappingUtils.rangeContains(new int[]
1192             { 1, 10 }, new int[] { -10, -9 }));
1193     assertFalse(
1194             MappingUtils.rangeContains(new int[]
1195             { 1, 10 }, new int[] { 1, 11 }));
1196     assertFalse(
1197             MappingUtils.rangeContains(new int[]
1198             { 1, 10 }, new int[] { 11, 12 }));
1199
1200     /*
1201      * forward range, reverse query
1202      */
1203     assertTrue(
1204             MappingUtils.rangeContains(new int[]
1205             { 1, 10 }, new int[] { 10, 1 }));
1206     assertTrue(
1207             MappingUtils.rangeContains(new int[]
1208             { 1, 10 }, new int[] { 9, 1 }));
1209     assertTrue(
1210             MappingUtils.rangeContains(new int[]
1211             { 1, 10 }, new int[] { 10, 2 }));
1212     assertTrue(
1213             MappingUtils.rangeContains(new int[]
1214             { 1, 10 }, new int[] { 5, 5 }));
1215     assertFalse(
1216             MappingUtils.rangeContains(new int[]
1217             { 1, 10 }, new int[] { 11, 1 }));
1218     assertFalse(
1219             MappingUtils.rangeContains(new int[]
1220             { 1, 10 }, new int[] { 10, 0 }));
1221
1222     /*
1223      * reverse range, forward query
1224      */
1225     assertTrue(
1226             MappingUtils.rangeContains(new int[]
1227             { 10, 1 }, new int[] { 1, 10 }));
1228     assertTrue(
1229             MappingUtils.rangeContains(new int[]
1230             { 10, 1 }, new int[] { 1, 9 }));
1231     assertTrue(
1232             MappingUtils.rangeContains(new int[]
1233             { 10, 1 }, new int[] { 2, 10 }));
1234     assertTrue(
1235             MappingUtils.rangeContains(new int[]
1236             { 10, 1 }, new int[] { 6, 6 }));
1237     assertFalse(
1238             MappingUtils.rangeContains(new int[]
1239             { 10, 1 }, new int[] { 6, 11 }));
1240     assertFalse(
1241             MappingUtils.rangeContains(new int[]
1242             { 10, 1 }, new int[] { 11, 20 }));
1243     assertFalse(
1244             MappingUtils.rangeContains(new int[]
1245             { 10, 1 }, new int[] { -3, -2 }));
1246
1247     /*
1248      * both reverse
1249      */
1250     assertTrue(
1251             MappingUtils.rangeContains(new int[]
1252             { 10, 1 }, new int[] { 10, 1 }));
1253     assertTrue(
1254             MappingUtils.rangeContains(new int[]
1255             { 10, 1 }, new int[] { 9, 1 }));
1256     assertTrue(
1257             MappingUtils.rangeContains(new int[]
1258             { 10, 1 }, new int[] { 10, 2 }));
1259     assertTrue(
1260             MappingUtils.rangeContains(new int[]
1261             { 10, 1 }, new int[] { 3, 3 }));
1262     assertFalse(
1263             MappingUtils.rangeContains(new int[]
1264             { 10, 1 }, new int[] { 11, 1 }));
1265     assertFalse(
1266             MappingUtils.rangeContains(new int[]
1267             { 10, 1 }, new int[] { 10, 0 }));
1268     assertFalse(
1269             MappingUtils.rangeContains(new int[]
1270             { 10, 1 }, new int[] { 12, 11 }));
1271     assertFalse(
1272             MappingUtils.rangeContains(new int[]
1273             { 10, 1 }, new int[] { -5, -8 }));
1274
1275     /*
1276      * bad arguments
1277      */
1278     assertFalse(
1279             MappingUtils.rangeContains(new int[]
1280             { 1, 10, 12 }, new int[] { 1, 10 }));
1281     assertFalse(
1282             MappingUtils.rangeContains(new int[]
1283             { 1, 10 }, new int[] { 1 }));
1284     assertFalse(MappingUtils.rangeContains(new int[] { 1, 10 }, null));
1285     assertFalse(MappingUtils.rangeContains(null, new int[] { 1, 10 }));
1286   }
1287
1288   @Test(groups = "Functional")
1289   public void testRemoveEndPositions()
1290   {
1291     List<int[]> ranges = new ArrayList<>();
1292
1293     /*
1294      * case 1: truncate last range
1295      */
1296     ranges.add(new int[] { 1, 10 });
1297     ranges.add(new int[] { 20, 30 });
1298     MappingUtils.removeEndPositions(5, ranges);
1299     assertEquals(2, ranges.size());
1300     assertEquals(25, ranges.get(1)[1]);
1301
1302     /*
1303      * case 2: remove last range
1304      */
1305     ranges.clear();
1306     ranges.add(new int[] { 1, 10 });
1307     ranges.add(new int[] { 20, 22 });
1308     MappingUtils.removeEndPositions(3, ranges);
1309     assertEquals(1, ranges.size());
1310     assertEquals(10, ranges.get(0)[1]);
1311
1312     /*
1313      * case 3: truncate penultimate range
1314      */
1315     ranges.clear();
1316     ranges.add(new int[] { 1, 10 });
1317     ranges.add(new int[] { 20, 21 });
1318     MappingUtils.removeEndPositions(3, ranges);
1319     assertEquals(1, ranges.size());
1320     assertEquals(9, ranges.get(0)[1]);
1321
1322     /*
1323      * case 4: remove last two ranges
1324      */
1325     ranges.clear();
1326     ranges.add(new int[] { 1, 10 });
1327     ranges.add(new int[] { 20, 20 });
1328     ranges.add(new int[] { 30, 30 });
1329     MappingUtils.removeEndPositions(3, ranges);
1330     assertEquals(1, ranges.size());
1331     assertEquals(9, ranges.get(0)[1]);
1332   }
1333
1334   @Test(groups = "Functional")
1335   public void testListToArray()
1336   {
1337     List<int[]> ranges = new ArrayList<>();
1338
1339     int[] result = MappingUtils.listToArray(ranges);
1340     assertEquals(result.length, 0);
1341     ranges.add(new int[] {24, 12});
1342     result = MappingUtils.listToArray(ranges);
1343     assertEquals(result.length, 2);
1344     assertEquals(result[0], 24);
1345     assertEquals(result[1], 12);
1346     ranges.add(new int[] {-7, 30});
1347     result = MappingUtils.listToArray(ranges);
1348     assertEquals(result.length, 4);
1349     assertEquals(result[0], 24);
1350     assertEquals(result[1], 12);
1351     assertEquals(result[2], -7);
1352     assertEquals(result[3], 30);
1353     try
1354     {
1355       MappingUtils.listToArray(null);
1356       fail("Expected exception");
1357     } catch (NullPointerException e)
1358     {
1359       // expected
1360     }
1361   }
1362
1363   /**
1364    * Test mapping a sequence group where sequences in and outside the group
1365    * share a dataset sequence (e.g. alternative CDS for the same gene)
1366    * <p>
1367    * This scenario doesn't arise after JAL-3763 changes, but test left as still valid
1368    * @throws IOException
1369    */
1370   @Test(groups = { "Functional" })
1371   public void testMapSequenceGroup_sharedDataset() throws IOException
1372   {
1373     /*
1374      * Set up dna and protein Seq1/2/3 with mappings (held on the protein
1375      * viewport). CDS sequences share the same 'gene' dataset sequence.
1376      */
1377     SequenceI dna = new Sequence("dna", "aaatttgggcccaaatttgggccc");
1378     SequenceI cds1 = new Sequence("cds1/1-6", "aaattt");
1379     SequenceI cds2 = new Sequence("cds1/4-9", "tttggg");
1380     SequenceI cds3 = new Sequence("cds1/19-24", "gggccc");
1381
1382     cds1.setDatasetSequence(dna);
1383     cds2.setDatasetSequence(dna);
1384     cds3.setDatasetSequence(dna);
1385
1386     SequenceI pep1 = new Sequence("pep1", "KF");
1387     SequenceI pep2 = new Sequence("pep2", "FG");
1388     SequenceI pep3 = new Sequence("pep3", "GP");
1389     pep1.createDatasetSequence();
1390     pep2.createDatasetSequence();
1391     pep3.createDatasetSequence();
1392
1393     /*
1394      * add mappings from coding positions of dna to respective peptides
1395      */
1396     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
1397     acf.addMap(dna, pep1,
1398             new MapList(new int[]
1399             { 1, 6 }, new int[] { 1, 2 }, 3, 1));
1400     acf.addMap(dna, pep2,
1401             new MapList(new int[]
1402             { 4, 9 }, new int[] { 1, 2 }, 3, 1));
1403     acf.addMap(dna, pep3,
1404             new MapList(new int[]
1405             { 19, 24 }, new int[] { 1, 2 }, 3, 1));
1406
1407     List<AlignedCodonFrame> acfList = Arrays
1408             .asList(new AlignedCodonFrame[]
1409             { acf });
1410
1411     AlignmentI cdna = new Alignment(new SequenceI[] { cds1, cds2, cds3 });
1412     AlignmentI protein = new Alignment(
1413             new SequenceI[]
1414             { pep1, pep2, pep3 });
1415     AlignViewportI cdnaView = new AlignViewport(cdna);
1416     AlignViewportI peptideView = new AlignViewport(protein);
1417     protein.setCodonFrames(acfList);
1418
1419     /*
1420      * Select pep1 and pep3 in the protein alignment
1421      */
1422     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1423     sg.setColourText(true);
1424     sg.setIdColour(Color.GREEN);
1425     sg.setOutlineColour(Color.LIGHT_GRAY);
1426     sg.addSequence(pep1, false);
1427     sg.addSequence(pep3, false);
1428     sg.setEndRes(protein.getWidth() - 1);
1429
1430     /*
1431      * Verify the mapped sequence group in dna is cds1 and cds3
1432      */
1433     SequenceGroup mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg,
1434             peptideView, cdnaView);
1435     assertTrue(mappedGroup.getColourText());
1436     assertSame(sg.getIdColour(), mappedGroup.getIdColour());
1437     assertSame(sg.getOutlineColour(), mappedGroup.getOutlineColour());
1438     assertEquals(2, mappedGroup.getSequences().size());
1439     assertSame(cds1, mappedGroup.getSequences().get(0));
1440     assertSame(cds3, mappedGroup.getSequences().get(1));
1441     // columns 1-6 selected (0-5 base zero)
1442     assertEquals(0, mappedGroup.getStartRes());
1443     assertEquals(5, mappedGroup.getEndRes());
1444
1445     /*
1446      * Select mapping sequence group from dna to protein
1447      */
1448     sg.clear();
1449     sg.addSequence(cds2, false);
1450     sg.addSequence(cds1, false);
1451     sg.setStartRes(0);
1452     sg.setEndRes(cdna.getWidth() - 1);
1453     mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, cdnaView, peptideView);
1454     assertTrue(mappedGroup.getColourText());
1455     assertSame(sg.getIdColour(), mappedGroup.getIdColour());
1456     assertSame(sg.getOutlineColour(), mappedGroup.getOutlineColour());
1457     assertEquals(2, mappedGroup.getSequences().size());
1458     assertSame(protein.getSequenceAt(1), mappedGroup.getSequences().get(0));
1459     assertSame(protein.getSequenceAt(0), mappedGroup.getSequences().get(1));
1460     assertEquals(0, mappedGroup.getStartRes());
1461     assertEquals(1, mappedGroup.getEndRes()); // two columns
1462   }
1463
1464   @Test(groups = "Functional")
1465   public void testFindOverlap()
1466   {
1467     List<int[]> ranges = new ArrayList<>();
1468     ranges.add(new int[] {4, 8});
1469     ranges.add(new int[] {10, 12});
1470     ranges.add(new int[] {16, 19});
1471
1472     int[] overlap = MappingUtils.findOverlap(ranges, 5,  13);
1473     assertArrayEquals(overlap, new int[] {5, 12});
1474     overlap = MappingUtils.findOverlap(ranges, -100, 100);
1475     assertArrayEquals(overlap, new int[] {4, 19});
1476     overlap = MappingUtils.findOverlap(ranges, 7, 17);
1477     assertArrayEquals(overlap, new int[] {7, 17});
1478     overlap = MappingUtils.findOverlap(ranges, 13, 15);
1479     assertNull(overlap);
1480   }
1481 }