Command line: [exonerate --model protein2genome Input_Sequences63/dcsA.fas NewSequencedGenome/A_Ellipt_clc_pe_contigs.fa --bestn 1 --showtargetgff]
Hostname: [ningal.cluster.lifesci.dundee.ac.uk]

C4 Alignment:
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         Query: DDB_G0269124 
        Target: contig_1146 [revcomp]
         Model: protein2genome:local
     Raw score: 3652
   Query range: 142 -> 1059
  Target range: 11269 -> 8533

   143 : SerProSerSerGluTyrGlyThrThrSerGlyGlyGlnArgPheAspThrLeuValAsp :   162
         ||||||!:!! !|||   !.!  !  !  !!.!  !! !!.!|||!!:||||||:!!|||
         SerProAsnMetGluLeuAlaArgAspLeuAlaGlnProHisPheGluThrLeuIleAsp
 11269 : TCGCCCAACATGGAGCTGGCGCGCGACCTCGCCCAGCCGCACTTTGAGACGCTGATCGAC : 11212

   163 : ProAspIleSerLeuAlaGluMetGluGluLysMetArgGlnHisLysValTyrGlnGlu :   182
         ||||||!!:!!!! !!.!|||!!:||||||||||||||||||||||||!.!:!!!  |||
         ProAspMetThrProGlyGluIleGluGluLysMetArgGlnHisLysAlaHisLeuGlu
 11211 : CCCGACATGACGCCCGGCGAGATCGAGGAGAAGATGCGCCAGCACAAGGCGCACCTCGAG : 11152

   183 : GlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnLysGlnLysAspLysGluLeuSer :   202
                     ..!|||:!!.....!..!:!!!  |||:!!|||..!:!!  !! !  !
         ------------MetGlnLysSerSerSerGluLeuLysLysLysSerGlnMetGlnLeu
 11151 : ------------ATGCAAAAGTCCTCGTCGGAACTCAAGAAGAAGTCCCAAATGCAACTC : 11104

   203 : SerGlnLysLysLysProSerSerMetGlnLeuSerLysLysLysHisValAlaLysGlu :   222
         !.!||| ! :!!:!!  !..!..!:!:     !!.!|||   :::   :!!  !:!!!!:
         LysGlnAspGlnGlnLysGlnGlnValValAlaLysLysProArgSerIleLeuGlnAsp
 11103 : AAGCAGGATCAGCAGAAACAACAAGTCGTCGCAAAGAAGCCCCGTTCGATCCTCCAGGAC : 11044

   223 : AspSerGluThrLeuGluThrIleIleGlyGluGluLysLysGluValValPheGluVal :   242
         |||! !||||||! !||||||:!!.!!!.!||||||:::|||||||||||||||||||||
         AspMetGluThrSerGluThrLeuPheAlaGluGluArgLysGluValValPheGluVal
 11043 : GACATGGAGACGTCGGAGACCCTTTTCGCCGAGGAACGCAAGGAGGTCGTCTTTGAGGTG : 10984

   243 : LysProTyrPheSerHisAlaIleLeuGlnAlaThrMetAlaValPheLeuIleTrpAsn :   262
         :::|||||||||||||||:!!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
         ArgProTyrPheSerHisSerIleLeuGlnAlaThrMetAlaValPheLeuIleTrpAsn
 10983 : CGTCCCTACTTCTCGCACTCTATCCTCCAGGCGACGATGGCCGTCTTCCTCATCTGGAAC : 10924

   263 : IlePheTyrPheAlaTyrArgAlaGlyTrpThrMetAsnArgThrAspTyrIle<->Thr :   281
         |||||||||||||||||||||  !|||||||||||||||! !  !:!!  !:!!   ..!
         IlePheTyrPheAlaTyrArgMetGlyTrpThrMetAsnThrGlnAsnGlyValTyrVal
 10923 : ATCTTTTACTTTGCCTACCGTATGGGCTGGACCATGAACACCCAGAACGGCGTCTACGTG : 10864

   282 : PheSerTyrSerIleLeuPheIleIleValGluPheIleSerPheLeuGlySerAlaLeu :   301
         .!!!!!||||||:!:||||||:!!||||||||||||||||||||||||||||||||||||
         LeuCysTyrSerValLeuPheLeuIleValGluPheIleSerPheLeuGlySerAlaLeu
 10863 : CTCTGCTACTCGGTGCTCTTCCTCATCGTCGAGTTCATCTCTTTCCTCGGCTCCGCGCTC : 10804

   302 : HisLeuAsnAsnPheThrAsnProCysThrPheValLeuValValThrLeuGluGlnIle :   321
         |||||||||||||||||||||||||||||||||:!!||||||||||||||||||||||||
         HisLeuAsnAsnPheThrAsnProCysThrPheIleLeuValValThrLeuGluGlnIle
 10803 : CATCTCAACAACTTTACCAATCCGTGCACCTTTATCCTGGTGGTCACGCTGGAGCAGATC : 10744

   322 : LeuAlaLysArgArgLysLysHisProThrValMetMetTyrValCysThrTyrLysGlu :   341
         ||||||:::|||||||||     !||||||||||||||||||:!!|||||||||||||||
         LeuAlaArgArgArgLysProPheProThrValMetMetTyrIleCysThrTyrLysGlu
 10743 : CTCGCGCGCCGTCGCAAGCCCTTCCCCACCGTCATGATGTACATCTGTACCTACAAGGAG : 10684

   342 : ProProSerIleValSerArgThrPheArgThrAlaIleSerMetAspTyrProSerGlu :   361
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:!!||||||||||||:!!|||
         ProProSerIleValSerArgThrPheArgThrAlaIleAlaMetAspTyrProAlaGlu
 10683 : CCGCCCTCGATCGTCTCGCGCACGTTCCGCACCGCCATCGCCATGGACTACCCCGCCGAG : 10624

   362 : AsnLeuTrpIleGlyLeuLeuAspAspSerValAsnTyrArgGluSerArgGlyTrpAla :   381
         ||||||||||||||||||||||||||||||:!!|||!:!||||||||||||||||||:!!
         AsnLeuTrpIleGlyLeuLeuAspAspSerIleAsnPheArgGluSerArgGlyTrpSer
 10623 : AACCTCTGGATCGGCCTGCTCGACGACTCGATCAACTTCCGCGAGTCGCGCGGCTGGTCG : 10564

   382 : HisLeuGlnSerValGluLysAsnPheLeuTyrValLeuLeuGlnLysAlaValTyrSer :   401
         ||||||||||||||||||||||||||||||!:!  !|||||||||::::!!||||||:!!
         HisLeuGlnSerValGluLysAsnPheLeuPheGlnLeuLeuGlnArgSerValTyrAla
 10563 : CACCTCCAATCGGTCGAGAAGAACTTCCTCTTCCAGCTGCTCCAGCGCTCCGTGTACGCC : 10504

   402 : ValHisAsnIleArgProProValThrSerGlnHisGluAspProHisGlyIleLeuAsn :   421
         ||||||||||||  !|||||||||.!!..!|||  !|||||||||:!!|||||||||..!
         ValHisAsnIleAlaProProValAlaGlnGlnAlaGluAspProTyrGlyIleLeuGly
 10503 : GTGCACAACATCGCGCCGCCCGTCGCGCAGCAGGCCGAGGACCCGTACGGCATCCTCGGC : 10444

   422 : GluThrSerSerLysIleGluSerSerThrLysGluValIleGluAlaGluValGlnTrp :   441
         |||||||||..!:::||||||!.!!!!||||||||||||:!!||||||||||||||||||
         GluThrSerGluArgIleGluLysThrThrLysGluValValGluAlaGluValGlnTrp
 10443 : GAGACGTCCGAGCGCATCGAAAAGACCACGAAAGAGGTCGTCGAGGCCGAGGTGCAGTGG : 10384

   442 : PheIleGluTyrPheLeuLeuAsnSerTrpPheGlyValGlyGlnGluIleProArgAsp :   461
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||:!!! !!::|||  !  !! !!!:
         PheIleGluTyrPheLeuLeuAsnSerTrpPheGlyIleAspArgGluProGluIleGlu
 10383 : TTCATCGAGTACTTCCTCCTGAACAGCTGGTTCGGCATCGACCGCGAGCCCGAGATCGAG : 10324

   462 : AlaAspAspAlaGluArgAlaLeuIleAlaLysLeuArgAspAspAsnPheSerProTyr :   481
          !!..!||||||||||||  !!!!|||:!!! !||||||!!:|||||||||||| !!|||
         ProSerAspAlaGluArgAsnPheIleSerMetLeuArgGluAspAsnPheSerAlaTyr
 10323 : CCCTCCGACGCCGAACGCAACTTTATCTCGATGCTGCGCGAGGACAACTTCTCGGCGTAC : 10264

   482 : ArgThrPheThrLysSerGluSerGluLysIleSerAsnPheThrIleAspSerLeuGln :   501
         ||||||.!!||| ! ..!||| !!|||   |||! !!..|||:!!! !|||:!!||||||
         ArgThrIleThrAspGlnGluArgGluLeuIleTyrThrPheSerSerAspAlaLeuGln
 10263 : CGCACCATCACCGACCAGGAGCGCGAGCTCATCTACACGTTCTCGAGCGACGCGCTCCAG : 10204

   502 : SerLeuTrpHisGlySerAlaPhePheArgProLeuIleArgSerIleLeuLeuLysLys :   521
         |||:!!|||||||||||| !!.!.!:!|||||||||:!:|||!:!  !|||!!!:!!:::
         SerIleTrpHisGlySerProMetTyrArgProLeuValArgAsnAlaLeuPheGlnArg
 10203 : TCGATCTGGCACGGCTCGCCCATGTACCGCCCGCTGGTGCGCAACGCCCTGTTCCAGCGC : 10144

   522 : AspTyrValArgAsnPheValSerGluLeuAsnAsnGlnHisArgLeuArgPheLeuAsn :   541
           !||||||!:!:!!|||:!!:!!|||! !|||   ..!|||||||||||||||||||||
         ArgTyrValLysAspPheIleAlaGluHisAsnAlaSerHisArgLeuArgPheLeuAsn
 10143 : CGCTACGTCAAGGACTTTATCGCCGAGCACAACGCGTCGCACCGTCTGCGCTTCCTCAAC : 10084

   542 : ThrGluAlaLeuAlaMetAlaGlnTyrGlnValLeuMetMetGlyArgGlnGluLeuPro :   561
         ..!!!:|||:!!  !||||||||||||:!!|||! !||||||||||||||||||:!!|||
         ValAspAlaIleAsnMetAlaGlnTyrLysValHisMetMetGlyArgGlnGluValPro
 10083 : GTCGACGCGATCAACATGGCGCAGTACAAGGTGCACATGATGGGCCGCCAGGAGGTGCCC : 10024

   562 : TrpAspGluIleSerSerGlyAsnValArgIleAspPheAspThrCysAspGlyProIle :   581
         !::|||!!::!:|||:!!|||||||||||||||||||||||| !!     !||| !!:!!
         PheAspAspValSerAlaGlyAsnValArgIleAspPheAspPro---ThrGlySerVal
 10023 : TTCGACGACGTGTCCGCGGGCAACGTGCGCATCGACTTTGACCCG---ACCGGCTCGGTC :  9967

   582 : ValSerProLysCysThrTyrLeuArgArgArgLysProProIleProHisAsnLysAla :   601
         |||!!!|||:::||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
         ValThrProArgCysThrTyrLeuArgArgArgLysProProIleProHisAsnLysAla
  9966 : GTCACGCCGCGCTGCACCTACCTGCGCCGCCGCAAGCCGCCCATCCCGCACAACAAGGCC :  9907

   602 : GlyAsnIleAsnAsnAlaLeuPheAsnGluSerThrLysAlaAspTyrGluPheLeuGly :   621
         |||||||||||||||!.!|||||||||||||||! ! ! |||||||||||||||:!!|||
         GlyAsnIleAsnAsnGlyLeuPheAsnGluSerIleHisAlaAspTyrGluPheMetGly
  9906 : GGCAACATCAACAACGGCCTCTTCAACGAGTCGATCCACGCCGACTACGAGTTCATGGGC :  9847

   622 : LeuLeuAspAlaAspGlnGlnProHisProAspPheLeuLysArgValLeuProTyrPhe :   641
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:!!|||||||||
         LeuLeuAspAlaAspGlnGlnProHisProAspPheLeuLysArgValMetProTyrPhe
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   642 : TyrSerAspGluGlyGlnAspLeuAlaPheValGlnThrProGlnPhePheSerAsnIle :   661
         !:!||||||!!:|||!!.!!::!!||||||||||||||||||||||||||||||||||||
         PheSerAspAspGlyHisGluValAlaPheValGlnThrProGlnPhePheSerAsnIle
  9786 : TTCAGCGACGACGGCCACGAGGTCGCCTTTGTCCAGACGCCGCAGTTCTTCTCCAACATC :  9727

   662 : TyrProValAspAspProLeuGlyHisArgAsnMetGluPheTyrGlyProValMetGlu :   681
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
         TyrProValAspAspProLeuGlyHisArgAsnMetGluPheTyrGlyProValMetGlu
  9726 : TACCCCGTCGACGACCCGCTCGGCCACAGAAACATGGAGTTCTACGGTCCCGTAATGGAG :  9667

   682 : GlyArgSerAlaAsnAsnAlaCysProPheValGlyThrAsnAlaIlePheArgArgGln :   701
         |||||||||.!!|||..!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:!!
         GlyArgSerThrAsnGlyAlaCysProPheValGlyThrAsnAlaIlePheArgArgLys
  9666 : GGTCGCTCCACCAACGGCGCCTGCCCCTTCGTCGGAACCAACGCCATCTTCCGTCGCAAG :  9607

   702 : ProLeuTyrAspIleGlyGlyIleMetTyrAsnSerValThrGluAspMetTyrThrGly :   721
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
         ProLeuTyrAspIleGlyGlyIleMetTyrAsnSerValThrGluAspMetTyrThrGly
  9606 : CCCCTCTACGACATTGGCGGCATCATGTACAACTCTGTCACTGAGGATATGTACACGGGA :  9547

   722 : MetLysLeuGlnValSerGlyTyrLysSerTrpTyrHisAsnGluValLeuValValGly :   741
         |||||||||||||||||||||!:!||||||||||||||||||||||||||||||||||||
         MetLysLeuGlnValSerGlyPheLysSerTrpTyrHisAsnGluValLeuValValGly
  9546 : ATGAAGCTCCAGGTCTCGGGATTCAAGTCGTGGTACCACAACGAGGTGCTCGTCGTCGGT :  9487

   742 : ThrAlaProValAspLeuLysGluThrLeuGluGlnArgLysArgTrpAlaGlnGlyAla :   761
         |||||||||||||||:!!||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
         ThrAlaProValAspIleLysGluThrLeuGluGlnArgLysArgTrpAlaGlnGlyAla
  9486 : ACCGCGCCCGTCGATATCAAGGAAACGCTCGAGCAGAGAAAGCGTTGGGCGCAGGGCGCC :  9427

   762 : ValGluIlePheSerLeuThrProTrpGlyTyrIleArgGlyLysLeuGlyTrpArgLys :   781
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  !||||||||||||||||||
         ValGluIlePheSerLeuThrProTrpGlyTyrIleArgLysLysLeuGlyTrpArgLys
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   782 : MetLeuTyrAsnLeuAspSerCysIleTyrProPheLeuSerProThrAlaPhePheTyr :   801
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.!!||||||
         MetLeuTyrAsnLeuAspSerCysIleTyrProPheLeuSerProThrAlaIlePheTyr
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   802 : GlyAlaSerProLeuIleMetSerIleTrpThrValProIleValValLysAspProIle :   821
         |||  !:!!||||||||||||!!!:!:|||||||||||||||||||||!  :!!||||||
         GlyLeuAlaProLeuIleMetCysLeuTrpThrValProIleValValThrAsnProIle
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   822 : IlePheIleLeuValGlyMetIleProValMetValLeuProArgValIleGlnTyrMet :   841
         |||||||||||||||||||||||||||||||||:!!||||||||||||!!:|||||||||
         IlePheIleLeuValGlyMetIleProValMetIleLeuProArgValMetGlnTyrMet
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   842 : IleLeuArgAlaLysArgProTyrGluAlaGlyLysSerGlyProSerLeuTrpValGlu :   861
         ||||||||||||! !||||||!:!||||||||||||||||||||||||||||||||||||
         IleLeuArgAlaThrArgProPheGluAlaGlyLysSerGlyProSerLeuTrpValGlu
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   862 : AlaThrAspLeuTrpArgAlaGluGlnThrPhePheGlyPheAlaGlyThrTyrIleSer :   881
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||!.!|||||||||||||||||||||
         AlaThrAspLeuTrpArgAlaGluGlnThrPhePheAlaPheAlaGlyThrTyrIleSer
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   882 : SerTrpArgGluGlySerAlaSerIleValLysLeuLeuLysAlaArgLysIleSerArg :   901
         :!!|||!:!!  ||||||||||||:!!|||:::|||:!!|||||||||||||||||||||
         AlaTrpLysAlaGlySerAlaSerValValArgLeuIleLysAlaArgLysIleSerArg
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   902 : HisLysLeuAlaMetTrpAsnTrpLysArgAspPheValLysLysProValValCysGlu :   921
         ||||||||||||||||||||||||||||||!!:|||!.!||||||||||||:!!  !|||
         HisLysLeuAlaMetTrpAsnTrpLysArgGluPheAlaLysLysProValIleValGlu
  9006 : CACAAACTCGCCATGTGGAACTGGAAGCGTGAGTTTGCCAAGAAGCCCGTCATCGTCGAG :  8947

   922 : ValPheArgGlnThrLysLeuValAsnGluAsnAspAsnAlaGlnGluSerSerGlyLys :   941
           !!:!||||||:!!|||||||||:!!.!.  !!!:   .!!:!!|||  !!.!|||  !
         ArgTyrArgGlnSerLysLeuValHisHisAlaGlu---ThrGluGluHisLysGlyPro
  8946 : CGCTACCGCCAGTCGAAGCTGGTGCACCACGCCGAG---ACCGAGGAGCACAAGGGCCCG :  8890

   942 : HisLysAlaGluGlnSerPheArgThrSerAsnLysGluSerAspThrIleLysAsnSer :   961
         !.!|||||||||||||||||||||:!!|||||||||||||||||||||||||||||||||
         ArgLysAlaGluGlnSerPheArgSerSerAsnLysGluSerAspThrIleLysAsnSer
  8889 : CGCAAGGCCGAGCAGTCGTTCCGTTCCTCCAACAAGGAGTCCGACACCATCAAGAACTCG :  8830

   962 : ArgLeuPheLeuProAsnIleIleLeuPheValValAsnIleLeuAlaMetMetSerAla :   981
         |||||||||  !||||||:!!|||:!!|||! !!.!||||||||||||!!::!!  !.!!
         ArgLeuPheAlaProAsnLeuIleMetPheGlyAlaAsnIleLeuAlaIleLeuLeuThr
  8829 : CGTCTCTTTGCGCCGAATCTCATCATGTTTGGCGCCAACATCCTCGCCATCCTGCTGACC :  8770

   982 : ValLeuArgPheAsnCysPheGlnAsnAspMetTrpLeuLeuValValValAlaGlyPhe :  1001
         :!!|||  !||||||||||||!  |||||||||||||||:!!:!!|||||||||||||||
         LeuLeuSerPheAsnCysPheLeuAsnAspMetTrpLeuMetIleValValAlaGlyPhe
  8769 : CTGCTCTCGTTCAACTGCTTCCTCAACGACATGTGGCTGATGATTGTCGTCGCCGGTTTC :  8710

  1002 : SerPheSerThrLeuTrpHisLeuTrpSerPheIleProMetAlaLeuArgGlnSerGlu :  1021
         :!!|||||||||! !|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
         AlaPheSerThrCysTrpHisLeuTrpSerPheIleProMetAlaLeuArgGlnSerGlu
  8709 : GCCTTCTCCACGTGCTGGCATCTCTGGTCGTTCATCCCTATGGCCCTCAGACAGTCCGAG :  8650

  1022 : LysGlnTrpProTyrAlaSerSerTyrHisAlaHisAsnIleValLeuPheLeuValLeu :  1041
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:!!:!!||||||:!!|||
         LysGlnTrpProTyrAlaSerSerTyrHisAlaHisAsnIleLeuIlePheLeuIleLeu
  8649 : AAGCAGTGGCCCTACGCCTCCTCGTACCACGCGCACAACATTCTCATCTTTCTCATTCTC :  8590

  1042 : GlyPheLeuValLeuLeuPheValAspValLysValCysIleProArgValGly :  1059
         |||||||||||||||||||||..! ! |||   |||||||||||||||||||||
         GlyPheLeuValLeuLeuPheThrLysValAlaValCysIleProArgValGly
  8589 : GGTTTCCTGGTGCTCCTGTTCACCAAGGTCGCTGTCTGTATTCCTCGTGTCGGA :  8534

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##gff-version 2
##source-version exonerate:protein2genome:local 2.2.0
##date 2015-01-16
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# seqname source feature start end score strand frame attributes
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contig_1146	exonerate:protein2genome:local	gene	8534	11269	3652	-	.	gene_id 0 ; sequence DDB_G0269124 ; gene_orientation .
contig_1146	exonerate:protein2genome:local	cds	8534	11269	.	-	.	
contig_1146	exonerate:protein2genome:local	exon	8534	11269	.	-	.	insertions 3 ; deletions 6
contig_1146	exonerate:protein2genome:local	similarity	8534	11269	3652	-	.	alignment_id 0 ; Query DDB_G0269124 ; Align 11270 143 120 ; Align 11150 187 282 ; Align 10865 281 888 ; Align 9977 578 1068 ; Align 8909 935 375
# --- END OF GFF DUMP ---
#
-- completed exonerate analysis