JAL-1503 update version in GPL header

author Jim Procter <jprocter@dundee.ac.uk>

Thu, 22 May 2014 14:06:39 +0000 (15:06 +0100)

committer Jim Procter <jprocter@dundee.ac.uk>

Thu, 22 May 2014 14:06:39 +0000 (15:06 +0100)
author Jim Procter <jprocter@dundee.ac.uk>
Thu, 22 May 2014 14:06:39 +0000 (15:06 +0100)
committer Jim Procter <jprocter@dundee.ac.uk>
Thu, 22 May 2014 14:06:39 +0000 (15:06 +0100)
diff --git a/build.xml b/build.xml

index 82cbabb..ba538c2 100755 (executable)
--- a/build.xml
+++ b/build.xml
@@ -1,6 +1,6 @@
  <?xml version="1.0"?>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/doc/AddingGroovySupport.html b/doc/AddingGroovySupport.html

index 97083e8..5556629 100644 (file)
--- a/doc/AddingGroovySupport.html
+++ b/doc/AddingGroovySupport.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/doc/JalviewRNASupport.html b/doc/JalviewRNASupport.html

index 62764df..e068f3b 100644 (file)
--- a/doc/JalviewRNASupport.html
+++ b/doc/JalviewRNASupport.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/doc/building.html b/doc/building.html

index f07e2d8..04639d5 100755 (executable)
--- a/doc/building.html
+++ b/doc/building.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/doc/developing.html b/doc/developing.html

index 3715094..330a156 100644 (file)
--- a/doc/developing.html
+++ b/doc/developing.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <!DOCTYPE html SYSTEM "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/doc/index.html b/doc/index.html

index 5e43906..7d3a278 100644 (file)
--- a/doc/index.html
+++ b/doc/index.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <!DOCTYPE html SYSTEM "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/doc/newdmobj.html b/doc/newdmobj.html

index 056665c..e564371 100644 (file)
--- a/doc/newdmobj.html
+++ b/doc/newdmobj.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/examples-jbake/assets/css/ie6.css b/examples-jbake/assets/css/ie6.css

index d89b6c3..f333ebc 100644 (file)
--- a/examples-jbake/assets/css/ie6.css
+++ b/examples-jbake/assets/css/ie6.css
@@ -1,5 +1,5 @@
  /**
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/examples-jbake/assets/css/ie7.css b/examples-jbake/assets/css/ie7.css

index 17c20e2..159d07e 100644 (file)
--- a/examples-jbake/assets/css/ie7.css
+++ b/examples-jbake/assets/css/ie7.css
@@ -1,5 +1,5 @@
  /**
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/examples-jbake/assets/css/reset.css b/examples-jbake/assets/css/reset.css

index ef8e5bc..17a8f7b 100644 (file)
--- a/examples-jbake/assets/css/reset.css
+++ b/examples-jbake/assets/css/reset.css
@@ -1,5 +1,5 @@
  /**
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/examples-jbake/assets/css/style.css b/examples-jbake/assets/css/style.css

index 466d507..344182b 100644 (file)
--- a/examples-jbake/assets/css/style.css
+++ b/examples-jbake/assets/css/style.css
@@ -1,5 +1,5 @@
  /**
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/examples-jbake/assets/exampleFeatures.txt b/examples-jbake/assets/exampleFeatures.txt

index 210aab2..c16c3d8 100755 (executable)
--- a/examples-jbake/assets/exampleFeatures.txt
+++ b/examples-jbake/assets/exampleFeatures.txt
@@ -1,5 +1,5 @@
  #-------------------------------------------------------------------------------
-# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
  # Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
  # 
  # This file is part of Jalview.
diff --git a/examples-jbake/assets/javascript/jalview.js b/examples-jbake/assets/javascript/jalview.js

index f827db5..293b73a 100644 (file)
--- a/examples-jbake/assets/javascript/jalview.js
+++ b/examples-jbake/assets/javascript/jalview.js
@@ -1,5 +1,5 @@
  /**
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/examples-jbake/templates/header.ftl b/examples-jbake/templates/header.ftl

index 1c3e9fc..d42b314 100644 (file)
--- a/examples-jbake/templates/header.ftl
+++ b/examples-jbake/templates/header.ftl
@@ -1,6 +1,6 @@
  <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/examples/appletParameters.html b/examples/appletParameters.html

index fe29b2e..7eaf9f7 100644 (file)
--- a/examples/appletParameters.html
+++ b/examples/appletParameters.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/examples/applets.html b/examples/applets.html

index bb6bb10..d715a4d 100755 (executable)
--- a/examples/applets.html
+++ b/examples/applets.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/examples/css/ie6.css b/examples/css/ie6.css

index d89b6c3..f333ebc 100644 (file)
--- a/examples/css/ie6.css
+++ b/examples/css/ie6.css
@@ -1,5 +1,5 @@
  /**
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/examples/css/ie7.css b/examples/css/ie7.css

index 17c20e2..159d07e 100644 (file)
--- a/examples/css/ie7.css
+++ b/examples/css/ie7.css
@@ -1,5 +1,5 @@
  /**
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/examples/css/reset.css b/examples/css/reset.css

index ef8e5bc..17a8f7b 100644 (file)
--- a/examples/css/reset.css
+++ b/examples/css/reset.css
@@ -1,5 +1,5 @@
  /**
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/examples/css/style.css b/examples/css/style.css

index 466d507..344182b 100644 (file)
--- a/examples/css/style.css
+++ b/examples/css/style.css
@@ -1,5 +1,5 @@
  /**
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/examples/embedded.html b/examples/embedded.html

index 7bae979..6072294 100644 (file)
--- a/examples/embedded.html
+++ b/examples/embedded.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/examples/embeddedWJmol.html b/examples/embeddedWJmol.html

index af4df17..77ac6e7 100644 (file)
--- a/examples/embeddedWJmol.html
+++ b/examples/embeddedWJmol.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/examples/exampleFeatures.txt b/examples/exampleFeatures.txt

index 210aab2..c16c3d8 100755 (executable)
--- a/examples/exampleFeatures.txt
+++ b/examples/exampleFeatures.txt
@@ -1,5 +1,5 @@
  #-------------------------------------------------------------------------------
-# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
  # Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
  # 
  # This file is part of Jalview.
diff --git a/examples/formComplete.html b/examples/formComplete.html

index f4e96ce..f4833a6 100644 (file)
--- a/examples/formComplete.html
+++ b/examples/formComplete.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/examples/jalviewLiteJs.html b/examples/jalviewLiteJs.html

index 3f1c752..2b8a29d 100644 (file)
--- a/examples/jalviewLiteJs.html
+++ b/examples/jalviewLiteJs.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/examples/javascript/jalview.js b/examples/javascript/jalview.js

index f827db5..293b73a 100644 (file)
--- a/examples/javascript/jalview.js
+++ b/examples/javascript/jalview.js
@@ -1,5 +1,5 @@
  /**
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/examples/javascriptLaunch.html b/examples/javascriptLaunch.html

index ea8619f..e7e7232 100644 (file)
--- a/examples/javascriptLaunch.html
+++ b/examples/javascriptLaunch.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/examples/linkedapplets_ng.html b/examples/linkedapplets_ng.html

index 1ad5423..553d8a4 100644 (file)
--- a/examples/linkedapplets_ng.html
+++ b/examples/linkedapplets_ng.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd"> 
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/examples/u_applets.html b/examples/u_applets.html

index f34a702..378a895 100644 (file)
--- a/examples/u_applets.html
+++ b/examples/u_applets.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/examples/u_embedded.html b/examples/u_embedded.html

index 39d9e58..6ec04e5 100644 (file)
--- a/examples/u_embedded.html
+++ b/examples/u_embedded.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/examples/u_embeddedWJmol.html b/examples/u_embeddedWJmol.html

index 4aa7035..02a4f10 100644 (file)
--- a/examples/u_embeddedWJmol.html
+++ b/examples/u_embeddedWJmol.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/examples/u_formComplete.html b/examples/u_formComplete.html

index a8daafd..15c473e 100644 (file)
--- a/examples/u_formComplete.html
+++ b/examples/u_formComplete.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/examples/u_javascriptLaunch.html b/examples/u_javascriptLaunch.html

index 0e786c5..b34e195 100644 (file)
--- a/examples/u_javascriptLaunch.html
+++ b/examples/u_javascriptLaunch.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/examples/u_linkedapplets_ng.html b/examples/u_linkedapplets_ng.html

index 4e4b447..e605c1a 100644 (file)
--- a/examples/u_linkedapplets_ng.html
+++ b/examples/u_linkedapplets_ng.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/help.hs b/help/help.hs

index b791d35..c56ee9f 100755 (executable)
--- a/help/help.hs
+++ b/help/help.hs
@@ -1,6 +1,6 @@
  <?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1" ?>\r
  <!--\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)\r
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors\r
   * \r
   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/help/help.jhm b/help/help.jhm

index 3587079..08d3ca9 100755 (executable)
--- a/help/help.jhm
+++ b/help/help.jhm
@@ -1,6 +1,6 @@
  <?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1" ?>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/helpTOC.xml b/help/helpTOC.xml

index c0e9b66..4ff36ba 100755 (executable)
--- a/help/helpTOC.xml
+++ b/help/helpTOC.xml
@@ -1,6 +1,6 @@
  <?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"  ?>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/calculations/consensus.html b/help/html/calculations/consensus.html

index 12d832f..aa619e6 100644 (file)
--- a/help/html/calculations/consensus.html
+++ b/help/html/calculations/consensus.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/calculations/conservation.html b/help/html/calculations/conservation.html

index b9d4b6f..e67c1fa 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/conservation.html
+++ b/help/html/calculations/conservation.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/calculations/pairwise.html b/help/html/calculations/pairwise.html

index edd0ae4..52afe7c 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/pairwise.html
+++ b/help/html/calculations/pairwise.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/calculations/pca.html b/help/html/calculations/pca.html

index db7be9b..0d6e85e 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/pca.html
+++ b/help/html/calculations/pca.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/calculations/quality.html b/help/html/calculations/quality.html

index 6f5f000..dc27e97 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/quality.html
+++ b/help/html/calculations/quality.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/calculations/recoverInputdata.html b/help/html/calculations/recoverInputdata.html

index bb640b7..7a40a44 100644 (file)
--- a/help/html/calculations/recoverInputdata.html
+++ b/help/html/calculations/recoverInputdata.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/calculations/redundancy.html b/help/html/calculations/redundancy.html

index 89d92f1..2dcc475 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/redundancy.html
+++ b/help/html/calculations/redundancy.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/calculations/scorematrices.html b/help/html/calculations/scorematrices.html

index 100e21c..fb3b0b2 100644 (file)
--- a/help/html/calculations/scorematrices.html
+++ b/help/html/calculations/scorematrices.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/calculations/sorting.html b/help/html/calculations/sorting.html

index bbbca5c..bf60b88 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/sorting.html
+++ b/help/html/calculations/sorting.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/calculations/structureconsensus.html b/help/html/calculations/structureconsensus.html

index 4093777..af316ed 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/structureconsensus.html
+++ b/help/html/calculations/structureconsensus.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/calculations/tree.html b/help/html/calculations/tree.html

index 9591f39..ba3582b 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/tree.html
+++ b/help/html/calculations/tree.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/calculations/treeviewer.html b/help/html/calculations/treeviewer.html

index dad8483..2f03d65 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/treeviewer.html
+++ b/help/html/calculations/treeviewer.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/colourSchemes/abovePID.html b/help/html/colourSchemes/abovePID.html

index 6ecaf98..30b9846 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/abovePID.html
+++ b/help/html/colourSchemes/abovePID.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html b/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html

index 2d9fb10..ba9cbdd 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html
+++ b/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/colourSchemes/blosum.html b/help/html/colourSchemes/blosum.html

index 35a8019..fdc3f19 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/blosum.html
+++ b/help/html/colourSchemes/blosum.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/colourSchemes/buried.html b/help/html/colourSchemes/buried.html

index facc4ba..640b753 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/buried.html
+++ b/help/html/colourSchemes/buried.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/colourSchemes/clustal.html b/help/html/colourSchemes/clustal.html

index 45125e5..1737280 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/clustal.html
+++ b/help/html/colourSchemes/clustal.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/colourSchemes/conservation.html b/help/html/colourSchemes/conservation.html

index 1ed1207..1b3d93a 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/conservation.html
+++ b/help/html/colourSchemes/conservation.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/colourSchemes/helix.html b/help/html/colourSchemes/helix.html

index f447abf..1f1e1b8 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/helix.html
+++ b/help/html/colourSchemes/helix.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/colourSchemes/hydrophobic.html b/help/html/colourSchemes/hydrophobic.html

index ade1ecf..dd5a334 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/hydrophobic.html
+++ b/help/html/colourSchemes/hydrophobic.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/colourSchemes/index.html b/help/html/colourSchemes/index.html

index a88c44f..b344330 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/index.html
+++ b/help/html/colourSchemes/index.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/colourSchemes/nucleotide.html b/help/html/colourSchemes/nucleotide.html

index c7c3f34..90e40ef 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/nucleotide.html
+++ b/help/html/colourSchemes/nucleotide.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/colourSchemes/pid.html b/help/html/colourSchemes/pid.html

index d85dd4c..0839749 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/pid.html
+++ b/help/html/colourSchemes/pid.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/colourSchemes/purinepyrimidine.html b/help/html/colourSchemes/purinepyrimidine.html

index 0e17e3f..2438416 100644 (file)
--- a/help/html/colourSchemes/purinepyrimidine.html
+++ b/help/html/colourSchemes/purinepyrimidine.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/colourSchemes/rnahelicesColouring.html b/help/html/colourSchemes/rnahelicesColouring.html

index e683d8a..daca474 100644 (file)
--- a/help/html/colourSchemes/rnahelicesColouring.html
+++ b/help/html/colourSchemes/rnahelicesColouring.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/colourSchemes/strand.html b/help/html/colourSchemes/strand.html

index d9bcb66..58f242e 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/strand.html
+++ b/help/html/colourSchemes/strand.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/colourSchemes/taylor.html b/help/html/colourSchemes/taylor.html

index 1661b6e..6ff5c7f 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/taylor.html
+++ b/help/html/colourSchemes/taylor.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/colourSchemes/textcolour.html b/help/html/colourSchemes/textcolour.html

index 1ddc66a..597f618 100644 (file)
--- a/help/html/colourSchemes/textcolour.html
+++ b/help/html/colourSchemes/textcolour.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/colourSchemes/turn.html b/help/html/colourSchemes/turn.html

index e77e2b7..2860bc8 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/turn.html
+++ b/help/html/colourSchemes/turn.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/colourSchemes/user.html b/help/html/colourSchemes/user.html

index cf841a9..015fbe5 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/user.html
+++ b/help/html/colourSchemes/user.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/colourSchemes/zappo.html b/help/html/colourSchemes/zappo.html

index cfa75f3..362d98c 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/zappo.html
+++ b/help/html/colourSchemes/zappo.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/editing/index.html b/help/html/editing/index.html

index 0139be8..eddea18 100755 (executable)
--- a/help/html/editing/index.html
+++ b/help/html/editing/index.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/features/annotation.html b/help/html/features/annotation.html

index e2d471e..0da3a88 100755 (executable)
--- a/help/html/features/annotation.html
+++ b/help/html/features/annotation.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/features/annotationsFormat.html b/help/html/features/annotationsFormat.html

index 1820c6a..a0a6dae 100755 (executable)
--- a/help/html/features/annotationsFormat.html
+++ b/help/html/features/annotationsFormat.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/features/clarguments.html b/help/html/features/clarguments.html

index fe5c801..ac44c46 100644 (file)
--- a/help/html/features/clarguments.html
+++ b/help/html/features/clarguments.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/features/codingfeatures.html b/help/html/features/codingfeatures.html

index 7343620..7b15ef6 100644 (file)
--- a/help/html/features/codingfeatures.html
+++ b/help/html/features/codingfeatures.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/features/commandline.html b/help/html/features/commandline.html

index 7a4be57..da47ca5 100644 (file)
--- a/help/html/features/commandline.html
+++ b/help/html/features/commandline.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/features/creatinFeatures.html b/help/html/features/creatinFeatures.html

index bdee259..ad9cdc2 100644 (file)
--- a/help/html/features/creatinFeatures.html
+++ b/help/html/features/creatinFeatures.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/features/cursorMode.html b/help/html/features/cursorMode.html

index ccb84ee..34fe0e1 100755 (executable)
--- a/help/html/features/cursorMode.html
+++ b/help/html/features/cursorMode.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/features/dasfeatures.html b/help/html/features/dasfeatures.html

index d97d7a2..7e2e7e2 100644 (file)
--- a/help/html/features/dasfeatures.html
+++ b/help/html/features/dasfeatures.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/features/dassettings.html b/help/html/features/dassettings.html

index 0170a8f..45d150e 100644 (file)
--- a/help/html/features/dassettings.html
+++ b/help/html/features/dassettings.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/features/editingFeatures.html b/help/html/features/editingFeatures.html

index 0d0dd72..2856e70 100644 (file)
--- a/help/html/features/editingFeatures.html
+++ b/help/html/features/editingFeatures.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/features/featuresFormat.html b/help/html/features/featuresFormat.html

index 0f63b33..d1337eb 100755 (executable)
--- a/help/html/features/featuresFormat.html
+++ b/help/html/features/featuresFormat.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/features/featureschemes.html b/help/html/features/featureschemes.html

index 8b88fc3..64a4c53 100644 (file)
--- a/help/html/features/featureschemes.html
+++ b/help/html/features/featureschemes.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/features/featuresettings.html b/help/html/features/featuresettings.html

index ed18ae7..9335d93 100755 (executable)
--- a/help/html/features/featuresettings.html
+++ b/help/html/features/featuresettings.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/features/groovy.html b/help/html/features/groovy.html

index 56ec86c..d4b9f7f 100644 (file)
--- a/help/html/features/groovy.html
+++ b/help/html/features/groovy.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/features/hiddenRegions.html b/help/html/features/hiddenRegions.html

index 7d2d88f..540a961 100644 (file)
--- a/help/html/features/hiddenRegions.html
+++ b/help/html/features/hiddenRegions.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/features/jalarchive.html b/help/html/features/jalarchive.html

index cef3a69..f820523 100755 (executable)
--- a/help/html/features/jalarchive.html
+++ b/help/html/features/jalarchive.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/features/jmol.html b/help/html/features/jmol.html

index 19f1761..21241d3 100644 (file)
--- a/help/html/features/jmol.html
+++ b/help/html/features/jmol.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/features/multipleViews.html b/help/html/features/multipleViews.html

index 6d20d30..f726507 100644 (file)
--- a/help/html/features/multipleViews.html
+++ b/help/html/features/multipleViews.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/features/newkeystrokes.html b/help/html/features/newkeystrokes.html

index 8830bb1..f17c278 100644 (file)
--- a/help/html/features/newkeystrokes.html
+++ b/help/html/features/newkeystrokes.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/features/overview.html b/help/html/features/overview.html

index dcd625a..7d05848 100755 (executable)
--- a/help/html/features/overview.html
+++ b/help/html/features/overview.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/features/pdbviewer.html b/help/html/features/pdbviewer.html

index c1c6ae7..bfed174 100755 (executable)
--- a/help/html/features/pdbviewer.html
+++ b/help/html/features/pdbviewer.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/features/preferences.html b/help/html/features/preferences.html

index e68e44e..259b0f4 100755 (executable)
--- a/help/html/features/preferences.html
+++ b/help/html/features/preferences.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/features/search.html b/help/html/features/search.html

index 509316b..6845be9 100755 (executable)
--- a/help/html/features/search.html
+++ b/help/html/features/search.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/features/seqfeatures.html b/help/html/features/seqfeatures.html

index fe8de4e..0b14348 100755 (executable)
--- a/help/html/features/seqfeatures.html
+++ b/help/html/features/seqfeatures.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/features/seqfetch.html b/help/html/features/seqfetch.html

index 424841e..212605e 100755 (executable)
--- a/help/html/features/seqfetch.html
+++ b/help/html/features/seqfetch.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/features/seqmappings.html b/help/html/features/seqmappings.html

index b34e1b8..157a591 100644 (file)
--- a/help/html/features/seqmappings.html
+++ b/help/html/features/seqmappings.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/features/varna.html b/help/html/features/varna.html

index 69c3e36..5b7fed1 100644 (file)
--- a/help/html/features/varna.html
+++ b/help/html/features/varna.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/features/viewingpdbs.html b/help/html/features/viewingpdbs.html

index 144489b..048f0ef 100755 (executable)
--- a/help/html/features/viewingpdbs.html
+++ b/help/html/features/viewingpdbs.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/features/wrap.html b/help/html/features/wrap.html

index a7bec32..4835317 100755 (executable)
--- a/help/html/features/wrap.html
+++ b/help/html/features/wrap.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/index.html b/help/html/index.html

index 7fc5ba2..ae12479 100755 (executable)
--- a/help/html/index.html
+++ b/help/html/index.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/io/export.html b/help/html/io/export.html

index 9dae0bd..a452615 100755 (executable)
--- a/help/html/io/export.html
+++ b/help/html/io/export.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/io/exportseqreport.html b/help/html/io/exportseqreport.html

index c497571..837164b 100644 (file)
--- a/help/html/io/exportseqreport.html
+++ b/help/html/io/exportseqreport.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/io/fileformats.html b/help/html/io/fileformats.html

index 517da1a..6138203 100755 (executable)
--- a/help/html/io/fileformats.html
+++ b/help/html/io/fileformats.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/io/index.html b/help/html/io/index.html

index 5794a7a..d803fb0 100755 (executable)
--- a/help/html/io/index.html
+++ b/help/html/io/index.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/io/modellerpir.html b/help/html/io/modellerpir.html

index 42a480c..56d0cfc 100755 (executable)
--- a/help/html/io/modellerpir.html
+++ b/help/html/io/modellerpir.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/io/tcoffeescores.html b/help/html/io/tcoffeescores.html

index aa72b10..9a507c8 100644 (file)
--- a/help/html/io/tcoffeescores.html
+++ b/help/html/io/tcoffeescores.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/jalviewjnlp.html b/help/html/jalviewjnlp.html

index bddd331..191f6b1 100755 (executable)
--- a/help/html/jalviewjnlp.html
+++ b/help/html/jalviewjnlp.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/keys.html b/help/html/keys.html

index 1c0ffc8..9bc7095 100755 (executable)
--- a/help/html/keys.html
+++ b/help/html/keys.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/memory.html b/help/html/memory.html

index b07c885..eec75d3 100755 (executable)
--- a/help/html/memory.html
+++ b/help/html/memory.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/menus/alignmentMenu.html b/help/html/menus/alignmentMenu.html

index f4ad784..d4ffc50 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/alignmentMenu.html
+++ b/help/html/menus/alignmentMenu.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/menus/alwannotations.html b/help/html/menus/alwannotations.html

index 4e1d844..3a1afc3 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/alwannotations.html
+++ b/help/html/menus/alwannotations.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/menus/alwcalculate.html b/help/html/menus/alwcalculate.html

index f459c04..93652af 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/alwcalculate.html
+++ b/help/html/menus/alwcalculate.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/menus/alwcolour.html b/help/html/menus/alwcolour.html

index 92e78a0..3e93057 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/alwcolour.html
+++ b/help/html/menus/alwcolour.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/menus/alwedit.html b/help/html/menus/alwedit.html

index 5362838..e5ae321 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/alwedit.html
+++ b/help/html/menus/alwedit.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/menus/alwfile.html b/help/html/menus/alwfile.html

index 9e6e40a..bc6c9b1 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/alwfile.html
+++ b/help/html/menus/alwfile.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/menus/alwformat.html b/help/html/menus/alwformat.html

index 17cf8a0..0bdbe91 100644 (file)
--- a/help/html/menus/alwformat.html
+++ b/help/html/menus/alwformat.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/menus/alwselect.html b/help/html/menus/alwselect.html

index 133f89f..9738e47 100644 (file)
--- a/help/html/menus/alwselect.html
+++ b/help/html/menus/alwselect.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/menus/alwview.html b/help/html/menus/alwview.html

index 7be8170..4248f9a 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/alwview.html
+++ b/help/html/menus/alwview.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/menus/desktopMenu.html b/help/html/menus/desktopMenu.html

index b2a2f47..59b521a 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/desktopMenu.html
+++ b/help/html/menus/desktopMenu.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/menus/index.html b/help/html/menus/index.html

index 0fa72ce..ce4825d 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/index.html
+++ b/help/html/menus/index.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/menus/popupMenu.html b/help/html/menus/popupMenu.html

index 71b2603..2be6000 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/popupMenu.html
+++ b/help/html/menus/popupMenu.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/menus/wsmenu.html b/help/html/menus/wsmenu.html

index 1997101..f3a4102 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/wsmenu.html
+++ b/help/html/menus/wsmenu.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/misc/aaproperties.html b/help/html/misc/aaproperties.html

index f2b57ad..8ad4812 100755 (executable)
--- a/help/html/misc/aaproperties.html
+++ b/help/html/misc/aaproperties.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/misc/aminoAcids.html b/help/html/misc/aminoAcids.html

index bbf3b3a..14650eb 100755 (executable)
--- a/help/html/misc/aminoAcids.html
+++ b/help/html/misc/aminoAcids.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/misc/geneticCode.html b/help/html/misc/geneticCode.html

index f047abf..1ca1026 100755 (executable)
--- a/help/html/misc/geneticCode.html
+++ b/help/html/misc/geneticCode.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/na/index.html b/help/html/na/index.html

index 6bac556..366e357 100644 (file)
--- a/help/html/na/index.html
+++ b/help/html/na/index.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/privacy.html b/help/html/privacy.html

index 0d2f828..f86b6a6 100644 (file)
--- a/help/html/privacy.html
+++ b/help/html/privacy.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/releases.html b/help/html/releases.html

index 9ad0f70..c709a5f 100755 (executable)
--- a/help/html/releases.html
+++ b/help/html/releases.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/vamsas/index.html b/help/html/vamsas/index.html

index a177601..f2794b6 100644 (file)
--- a/help/html/vamsas/index.html
+++ b/help/html/vamsas/index.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/webServices/AACon.html b/help/html/webServices/AACon.html

index 61f2f9f..8652e0f 100644 (file)
--- a/help/html/webServices/AACon.html
+++ b/help/html/webServices/AACon.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/webServices/JABAWS.html b/help/html/webServices/JABAWS.html

index ac93813..467f8d7 100644 (file)
--- a/help/html/webServices/JABAWS.html
+++ b/help/html/webServices/JABAWS.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/webServices/dbreffetcher.html b/help/html/webServices/dbreffetcher.html

index 2dff2bc..90bd87d 100644 (file)
--- a/help/html/webServices/dbreffetcher.html
+++ b/help/html/webServices/dbreffetcher.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/webServices/index.html b/help/html/webServices/index.html

index c3d83fa..efbe3b1 100755 (executable)
--- a/help/html/webServices/index.html
+++ b/help/html/webServices/index.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/webServices/jnet.html b/help/html/webServices/jnet.html

index 9b715c2..70c57ea 100755 (executable)
--- a/help/html/webServices/jnet.html
+++ b/help/html/webServices/jnet.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/webServices/msaclient.html b/help/html/webServices/msaclient.html

index b04e047..775eec8 100644 (file)
--- a/help/html/webServices/msaclient.html
+++ b/help/html/webServices/msaclient.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/webServices/newsreader.html b/help/html/webServices/newsreader.html

index 498520a..953e121 100644 (file)
--- a/help/html/webServices/newsreader.html
+++ b/help/html/webServices/newsreader.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/webServices/proteinDisorder.html b/help/html/webServices/proteinDisorder.html

index 77bdc01..a91de0e 100644 (file)
--- a/help/html/webServices/proteinDisorder.html
+++ b/help/html/webServices/proteinDisorder.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/webServices/shmr.html b/help/html/webServices/shmr.html

index d3f0bf3..ad12579 100755 (executable)
--- a/help/html/webServices/shmr.html
+++ b/help/html/webServices/shmr.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/webServices/urllinks.html b/help/html/webServices/urllinks.html

index 75346d6..ef77c7e 100644 (file)
--- a/help/html/webServices/urllinks.html
+++ b/help/html/webServices/urllinks.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/webServices/webServicesParams.html b/help/html/webServices/webServicesParams.html

index ba1df32..690fb0f 100644 (file)
--- a/help/html/webServices/webServicesParams.html
+++ b/help/html/webServices/webServicesParams.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/webServices/webServicesPrefs.html b/help/html/webServices/webServicesPrefs.html

index 4dff124..8ef6e5d 100644 (file)
--- a/help/html/webServices/webServicesPrefs.html
+++ b/help/html/webServices/webServicesPrefs.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/whatsNew.html b/help/html/whatsNew.html

index 0934b05..7a786d5 100755 (executable)
--- a/help/html/whatsNew.html
+++ b/help/html/whatsNew.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/jalview-jalopy.xml b/jalview-jalopy.xml

index 054ce99..e9c493c 100755 (executable)
--- a/jalview-jalopy.xml
+++ b/jalview-jalopy.xml
@@ -1,6 +1,6 @@
  <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/nbbuild.xml b/nbbuild.xml

index d4b2979..95674ff 100644 (file)
--- a/nbbuild.xml
+++ b/nbbuild.xml
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/nbproject/project.xml b/nbproject/project.xml

index 9511664..ac09730 100644 (file)
--- a/nbproject/project.xml
+++ b/nbproject/project.xml
@@ -1,6 +1,6 @@
  <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/resources/embl_mapping.xml b/resources/embl_mapping.xml

index 92e483c..1b38efb 100644 (file)
--- a/resources/embl_mapping.xml
+++ b/resources/embl_mapping.xml
@@ -1,6 +1,6 @@
  <?xml version="1.0"?>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/resources/uniprot_mapping.xml b/resources/uniprot_mapping.xml

index db6fa20..3392d54 100755 (executable)
--- a/resources/uniprot_mapping.xml
+++ b/resources/uniprot_mapping.xml
@@ -1,6 +1,6 @@
  <?xml version="1.0"?>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/schemas/JalviewWsParamSet.xsd b/schemas/JalviewWsParamSet.xsd

index 23457d4..32696df 100644 (file)
--- a/schemas/JalviewWsParamSet.xsd
+++ b/schemas/JalviewWsParamSet.xsd
@@ -1,6 +1,6 @@
  <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/schemas/castor-mapping.xsd b/schemas/castor-mapping.xsd

index 09fc99c..2f30f89 100644 (file)
--- a/schemas/castor-mapping.xsd
+++ b/schemas/castor-mapping.xsd
@@ -1,6 +1,6 @@
  <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/schemas/jalview.nodesc.properties b/schemas/jalview.nodesc.properties

index baa0ddc..8f0dd45 100644 (file)
--- a/schemas/jalview.nodesc.properties
+++ b/schemas/jalview.nodesc.properties
@@ -1,5 +1,5 @@
  ##
-# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
  # Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
  # 
  # This file is part of Jalview.
diff --git a/schemas/jalview.properties b/schemas/jalview.properties

index c174b5e..2016960 100644 (file)
--- a/schemas/jalview.properties
+++ b/schemas/jalview.properties
@@ -1,5 +1,5 @@
  ##
-# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
  # Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
  # 
  # This file is part of Jalview.
diff --git a/schemas/jalview.xsd b/schemas/jalview.xsd

index ab893bd..3fdf20c 100755 (executable)
--- a/schemas/jalview.xsd
+++ b/schemas/jalview.xsd
@@ -1,6 +1,6 @@
  <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/schemas/jalviewJvV1.xsd b/schemas/jalviewJvV1.xsd

index 8685d9f..f222379 100644 (file)
--- a/schemas/jalviewJvV1.xsd
+++ b/schemas/jalviewJvV1.xsd
@@ -1,6 +1,6 @@
  <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/schemas/vamsas.xsd b/schemas/vamsas.xsd

index dfee914..9f6ebea 100755 (executable)
--- a/schemas/vamsas.xsd
+++ b/schemas/vamsas.xsd
@@ -1,6 +1,6 @@
  <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/schemas/vamsasJvV1.xsd b/schemas/vamsasJvV1.xsd

index 4b12299..bd6b196 100644 (file)
--- a/schemas/vamsasJvV1.xsd
+++ b/schemas/vamsasJvV1.xsd
@@ -1,6 +1,6 @@
  <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/MCview/AppletPDBCanvas.java b/src/MCview/AppletPDBCanvas.java

index 212f0f3..e5d8487 100644 (file)
--- a/src/MCview/AppletPDBCanvas.java
+++ b/src/MCview/AppletPDBCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/MCview/AppletPDBViewer.java b/src/MCview/AppletPDBViewer.java

index d550326..8a1c430 100644 (file)
--- a/src/MCview/AppletPDBViewer.java
+++ b/src/MCview/AppletPDBViewer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/MCview/Atom.java b/src/MCview/Atom.java

index 8b844d7..6140ed0 100755 (executable)
--- a/src/MCview/Atom.java
+++ b/src/MCview/Atom.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/MCview/Bond.java b/src/MCview/Bond.java

index 6517c7a..fdfb3d0 100755 (executable)
--- a/src/MCview/Bond.java
+++ b/src/MCview/Bond.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/MCview/MCMatrix.java b/src/MCview/MCMatrix.java

index 0bef874..d409312 100755 (executable)
--- a/src/MCview/MCMatrix.java
+++ b/src/MCview/MCMatrix.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/MCview/PDBCanvas.java b/src/MCview/PDBCanvas.java

index 11caf98..8c16aad 100644 (file)
--- a/src/MCview/PDBCanvas.java
+++ b/src/MCview/PDBCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/MCview/PDBChain.java b/src/MCview/PDBChain.java

index 8338c63..823e02c 100755 (executable)
--- a/src/MCview/PDBChain.java
+++ b/src/MCview/PDBChain.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/MCview/PDBViewer.java b/src/MCview/PDBViewer.java

index fc52c08..dc53855 100755 (executable)
--- a/src/MCview/PDBViewer.java
+++ b/src/MCview/PDBViewer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/MCview/PDBfile.java b/src/MCview/PDBfile.java

index caa2501..aab4081 100755 (executable)
--- a/src/MCview/PDBfile.java
+++ b/src/MCview/PDBfile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/MCview/Residue.java b/src/MCview/Residue.java

index 3a8c979..2efbefe 100755 (executable)
--- a/src/MCview/Residue.java
+++ b/src/MCview/Residue.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/MCview/Zsort.java b/src/MCview/Zsort.java

index 0e7a271..72e28b9 100755 (executable)
--- a/src/MCview/Zsort.java
+++ b/src/MCview/Zsort.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/castor.properties b/src/castor.properties

index 673fe47..f1176f8 100644 (file)
--- a/src/castor.properties
+++ b/src/castor.properties
@@ -1,5 +1,5 @@
  ###############################################################################
-# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
  # Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
  # 
  # This file is part of Jalview.
diff --git a/src/ext/vamsas/IRegistry.java b/src/ext/vamsas/IRegistry.java

index 7290a1a..23ed3f4 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/IRegistry.java
+++ b/src/ext/vamsas/IRegistry.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/ext/vamsas/IRegistryService.java b/src/ext/vamsas/IRegistryService.java

index 13210ad..b0ffe9e 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/IRegistryService.java
+++ b/src/ext/vamsas/IRegistryService.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/ext/vamsas/IRegistryServiceLocator.java b/src/ext/vamsas/IRegistryServiceLocator.java

index 3ced73d..d411513 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/IRegistryServiceLocator.java
+++ b/src/ext/vamsas/IRegistryServiceLocator.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/ext/vamsas/Jpred.java b/src/ext/vamsas/Jpred.java

index 561789e..59dadcc 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/Jpred.java
+++ b/src/ext/vamsas/Jpred.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/ext/vamsas/JpredService.java b/src/ext/vamsas/JpredService.java

index b0f14c3..cc7a008 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/JpredService.java
+++ b/src/ext/vamsas/JpredService.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/ext/vamsas/JpredServiceLocator.java b/src/ext/vamsas/JpredServiceLocator.java

index 8b7161b..7a23737 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/JpredServiceLocator.java
+++ b/src/ext/vamsas/JpredServiceLocator.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/ext/vamsas/JpredSoapBindingStub.java b/src/ext/vamsas/JpredSoapBindingStub.java

index 7d407ad..b35eabe 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/JpredSoapBindingStub.java
+++ b/src/ext/vamsas/JpredSoapBindingStub.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/ext/vamsas/MuscleWS.java b/src/ext/vamsas/MuscleWS.java

index eb55004..ef9f1f7 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/MuscleWS.java
+++ b/src/ext/vamsas/MuscleWS.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/ext/vamsas/MuscleWSService.java b/src/ext/vamsas/MuscleWSService.java

index 18701bd..31bfd22 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/MuscleWSService.java
+++ b/src/ext/vamsas/MuscleWSService.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/ext/vamsas/MuscleWSServiceLocator.java b/src/ext/vamsas/MuscleWSServiceLocator.java

index 9cec16e..a79dd27 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/MuscleWSServiceLocator.java
+++ b/src/ext/vamsas/MuscleWSServiceLocator.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/ext/vamsas/MuscleWSSoapBindingStub.java b/src/ext/vamsas/MuscleWSSoapBindingStub.java

index 8b55ad1..7054d6f 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/MuscleWSSoapBindingStub.java
+++ b/src/ext/vamsas/MuscleWSSoapBindingStub.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/ext/vamsas/RegistryServiceSoapBindingStub.java b/src/ext/vamsas/RegistryServiceSoapBindingStub.java

index e6020e8..b3fdb09 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/RegistryServiceSoapBindingStub.java
+++ b/src/ext/vamsas/RegistryServiceSoapBindingStub.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/ext/vamsas/SeqSearchI.java b/src/ext/vamsas/SeqSearchI.java

index fd7f477..63b3fec 100644 (file)
--- a/src/ext/vamsas/SeqSearchI.java
+++ b/src/ext/vamsas/SeqSearchI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceLocator.java b/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceLocator.java

index e9e2560..a5708fe 100644 (file)
--- a/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceLocator.java
+++ b/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceLocator.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceService.java b/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceService.java

index 37bd8e0..e8d145d 100644 (file)
--- a/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceService.java
+++ b/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceService.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceSoapBindingStub.java b/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceSoapBindingStub.java

index 9e51321..fba1287 100644 (file)
--- a/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceSoapBindingStub.java
+++ b/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceSoapBindingStub.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/ext/vamsas/ServiceHandle.java b/src/ext/vamsas/ServiceHandle.java

index 4fa31ca..bb27197 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/ServiceHandle.java
+++ b/src/ext/vamsas/ServiceHandle.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/ext/vamsas/ServiceHandles.java b/src/ext/vamsas/ServiceHandles.java

index 0edb9f9..250f8bc 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/ServiceHandles.java
+++ b/src/ext/vamsas/ServiceHandles.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/analysis/AAFrequency.java b/src/jalview/analysis/AAFrequency.java

index 75a777f..d028ade 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/AAFrequency.java
+++ b/src/jalview/analysis/AAFrequency.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/analysis/AlignSeq.java b/src/jalview/analysis/AlignSeq.java

index 573c545..5b37934 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/AlignSeq.java
+++ b/src/jalview/analysis/AlignSeq.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/analysis/AlignmentSorter.java b/src/jalview/analysis/AlignmentSorter.java

index b5a0be8..cdb7dbe 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/AlignmentSorter.java
+++ b/src/jalview/analysis/AlignmentSorter.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/analysis/Conservation.java b/src/jalview/analysis/Conservation.java

index 8641629..f0dc860 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/Conservation.java
+++ b/src/jalview/analysis/Conservation.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/analysis/CrossRef.java b/src/jalview/analysis/CrossRef.java

index 17658b3..8d52caf 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/CrossRef.java
+++ b/src/jalview/analysis/CrossRef.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/analysis/Dna.java b/src/jalview/analysis/Dna.java

index e74d4b5..3b41a8e 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/Dna.java
+++ b/src/jalview/analysis/Dna.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/analysis/Finder.java b/src/jalview/analysis/Finder.java

index 06d75ac..0494896 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/Finder.java
+++ b/src/jalview/analysis/Finder.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/analysis/Grouping.java b/src/jalview/analysis/Grouping.java

index bca85df..29b9323 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/Grouping.java
+++ b/src/jalview/analysis/Grouping.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/analysis/NJTree.java b/src/jalview/analysis/NJTree.java

index 41d599e..4a5f762 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/NJTree.java
+++ b/src/jalview/analysis/NJTree.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/analysis/PCA.java b/src/jalview/analysis/PCA.java

index 979968f..733e7f9 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/PCA.java
+++ b/src/jalview/analysis/PCA.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/analysis/ParseProperties.java b/src/jalview/analysis/ParseProperties.java

index ccae429..b55542f 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/ParseProperties.java
+++ b/src/jalview/analysis/ParseProperties.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/analysis/Rna.java b/src/jalview/analysis/Rna.java

index be7105a..835ead3 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/Rna.java
+++ b/src/jalview/analysis/Rna.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/analysis/SeqsetUtils.java b/src/jalview/analysis/SeqsetUtils.java

index e46848b..4fc54b8 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/SeqsetUtils.java
+++ b/src/jalview/analysis/SeqsetUtils.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/analysis/SequenceIdMatcher.java b/src/jalview/analysis/SequenceIdMatcher.java

index cc2b458..a502523 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/SequenceIdMatcher.java
+++ b/src/jalview/analysis/SequenceIdMatcher.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/analysis/StructureFrequency.java b/src/jalview/analysis/StructureFrequency.java

index 6409413..f56a70b 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/StructureFrequency.java
+++ b/src/jalview/analysis/StructureFrequency.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/analysis/WUSSParseException.java b/src/jalview/analysis/WUSSParseException.java

index cbe0f0e..b7bf231 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/WUSSParseException.java
+++ b/src/jalview/analysis/WUSSParseException.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/api/AlignCalcManagerI.java b/src/jalview/api/AlignCalcManagerI.java

index c2e7b14..2641c96 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/AlignCalcManagerI.java
+++ b/src/jalview/api/AlignCalcManagerI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/api/AlignCalcWorkerI.java b/src/jalview/api/AlignCalcWorkerI.java

index 2227b10..c8dc96d 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/AlignCalcWorkerI.java
+++ b/src/jalview/api/AlignCalcWorkerI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/api/AlignViewportI.java b/src/jalview/api/AlignViewportI.java

index 44fef0e..7463187 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/AlignViewportI.java
+++ b/src/jalview/api/AlignViewportI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/api/AlignmentViewPanel.java b/src/jalview/api/AlignmentViewPanel.java

index 1705995..e3d8d66 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/AlignmentViewPanel.java
+++ b/src/jalview/api/AlignmentViewPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/api/FeatureRenderer.java b/src/jalview/api/FeatureRenderer.java

index ea7f55a..d46d684 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/FeatureRenderer.java
+++ b/src/jalview/api/FeatureRenderer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/api/OOMHandlerI.java b/src/jalview/api/OOMHandlerI.java

index 6effadf..0c4dda8 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/OOMHandlerI.java
+++ b/src/jalview/api/OOMHandlerI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/api/RotatableCanvasI.java b/src/jalview/api/RotatableCanvasI.java

index 32a1b8a..f00ffa4 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/RotatableCanvasI.java
+++ b/src/jalview/api/RotatableCanvasI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/api/SequenceRenderer.java b/src/jalview/api/SequenceRenderer.java

index 4118844..7f47848 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/SequenceRenderer.java
+++ b/src/jalview/api/SequenceRenderer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/api/SequenceStructureBinding.java b/src/jalview/api/SequenceStructureBinding.java

index 829da37..99be87a 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/SequenceStructureBinding.java
+++ b/src/jalview/api/SequenceStructureBinding.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/api/StructureSelectionManagerProvider.java b/src/jalview/api/StructureSelectionManagerProvider.java

index d08ae7c..c287142 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/StructureSelectionManagerProvider.java
+++ b/src/jalview/api/StructureSelectionManagerProvider.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/APopupMenu.java b/src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

index 13dcd05..a955176 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/APopupMenu.java
+++ b/src/jalview/appletgui/APopupMenu.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/AlignFrame.java b/src/jalview/appletgui/AlignFrame.java

index 40999c6..3c5c956 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/AlignFrame.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AlignFrame.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/AlignViewport.java b/src/jalview/appletgui/AlignViewport.java

index 2ced8da..42aae94 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/AlignViewport.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AlignViewport.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java b/src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java

index 5a49281..7f2a943 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.java b/src/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.java

index db928b7..99ddc50 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java b/src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java

index 858c055..7d4c38c 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java b/src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java

index 250d222..2704306 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/AppletJmol.java b/src/jalview/appletgui/AppletJmol.java

index 3f2a769..b88bb94 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/AppletJmol.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AppletJmol.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java b/src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java

index edf2d45..923f3b2 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java b/src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java

index 756fa81..ff05547 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java
+++ b/src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/EditNameDialog.java b/src/jalview/appletgui/EditNameDialog.java

index 4eb3aa3..44aa229 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/EditNameDialog.java
+++ b/src/jalview/appletgui/EditNameDialog.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/EmbmenuFrame.java b/src/jalview/appletgui/EmbmenuFrame.java

index 0f20ad6..3756812 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/EmbmenuFrame.java
+++ b/src/jalview/appletgui/EmbmenuFrame.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/ExtJmol.java b/src/jalview/appletgui/ExtJmol.java

index a4ae58c..ae6b5ab 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/ExtJmol.java
+++ b/src/jalview/appletgui/ExtJmol.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/FeatureColourChooser.java b/src/jalview/appletgui/FeatureColourChooser.java

index 4968688..66929d4 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/FeatureColourChooser.java
+++ b/src/jalview/appletgui/FeatureColourChooser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/FeatureRenderer.java b/src/jalview/appletgui/FeatureRenderer.java

index 0a40439..0478a76 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/FeatureRenderer.java
+++ b/src/jalview/appletgui/FeatureRenderer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/FeatureSettings.java b/src/jalview/appletgui/FeatureSettings.java

index df2ec15..004125d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/FeatureSettings.java
+++ b/src/jalview/appletgui/FeatureSettings.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/Finder.java b/src/jalview/appletgui/Finder.java

index ad99983..b27dfc5 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/Finder.java
+++ b/src/jalview/appletgui/Finder.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/FontChooser.java b/src/jalview/appletgui/FontChooser.java

index d3351e7..a9fee20 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/FontChooser.java
+++ b/src/jalview/appletgui/FontChooser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/IdCanvas.java b/src/jalview/appletgui/IdCanvas.java

index 140f5f9..aa3a578 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/IdCanvas.java
+++ b/src/jalview/appletgui/IdCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/IdPanel.java b/src/jalview/appletgui/IdPanel.java

index d73668b..e427f42 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/IdPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/IdPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/IdwidthAdjuster.java b/src/jalview/appletgui/IdwidthAdjuster.java

index 095a592..dc3fdba 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/IdwidthAdjuster.java
+++ b/src/jalview/appletgui/IdwidthAdjuster.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/JVDialog.java b/src/jalview/appletgui/JVDialog.java

index 3443cad..60df71d 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/JVDialog.java
+++ b/src/jalview/appletgui/JVDialog.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java b/src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java

index 4d2aeed..954f777 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/PCAPanel.java b/src/jalview/appletgui/PCAPanel.java

index 78f950b..f592404 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/PCAPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/PCAPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/PaintRefresher.java b/src/jalview/appletgui/PaintRefresher.java

index 506ace4..e2f9756 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/PaintRefresher.java
+++ b/src/jalview/appletgui/PaintRefresher.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java b/src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java

index 2df0eac..589a664 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java b/src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java

index b5f507f..3d7c80f 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/RotatableCanvas.java b/src/jalview/appletgui/RotatableCanvas.java

index 1c38c56..9ab487b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/RotatableCanvas.java
+++ b/src/jalview/appletgui/RotatableCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/ScalePanel.java b/src/jalview/appletgui/ScalePanel.java

index 41e9acd..58f4d69 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/ScalePanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/ScalePanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java b/src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java

index 58e6caa..34ef556 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java
+++ b/src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/SeqPanel.java b/src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

index 429183d..9e2c86f 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/SeqPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/SeqPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java b/src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java

index 154bea4..aec564b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java
+++ b/src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/SliderPanel.java b/src/jalview/appletgui/SliderPanel.java

index 1bd5fd8..fc33c42 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/SliderPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/SliderPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/Tooltip.java b/src/jalview/appletgui/Tooltip.java

index 9cda080..37066a5 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/Tooltip.java
+++ b/src/jalview/appletgui/Tooltip.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/TreeCanvas.java b/src/jalview/appletgui/TreeCanvas.java

index fc1e464..a2626e7 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/TreeCanvas.java
+++ b/src/jalview/appletgui/TreeCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/TreePanel.java b/src/jalview/appletgui/TreePanel.java

index 62fa99d..ee070a9 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/TreePanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/TreePanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/UserDefinedColours.java b/src/jalview/appletgui/UserDefinedColours.java

index 225cfc7..1cf12f5 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/UserDefinedColours.java
+++ b/src/jalview/appletgui/UserDefinedColours.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/bin/Cache.java b/src/jalview/bin/Cache.java

index b07593d..a395093 100755 (executable)
--- a/src/jalview/bin/Cache.java
+++ b/src/jalview/bin/Cache.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/bin/Jalview.java b/src/jalview/bin/Jalview.java

index 5dc6c81..859b6f5 100755 (executable)
--- a/src/jalview/bin/Jalview.java
+++ b/src/jalview/bin/Jalview.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/bin/JalviewLite.java b/src/jalview/bin/JalviewLite.java

index 68a85f3..ad09824 100644 (file)
--- a/src/jalview/bin/JalviewLite.java
+++ b/src/jalview/bin/JalviewLite.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/bin/JalviewLiteURLRetrieve.java b/src/jalview/bin/JalviewLiteURLRetrieve.java

index 2eb1d91..67f3b67 100644 (file)
--- a/src/jalview/bin/JalviewLiteURLRetrieve.java
+++ b/src/jalview/bin/JalviewLiteURLRetrieve.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/Alignment.java b/src/jalview/binding/Alignment.java

index b32ca97..fb696e7 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/Alignment.java
+++ b/src/jalview/binding/Alignment.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/Annotation.java b/src/jalview/binding/Annotation.java

index 1c6480f..ef2071d 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/Annotation.java
+++ b/src/jalview/binding/Annotation.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/AnnotationElement.java b/src/jalview/binding/AnnotationElement.java

index 9272234..cdd0c11 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/AnnotationElement.java
+++ b/src/jalview/binding/AnnotationElement.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/Colour.java b/src/jalview/binding/Colour.java

index 7802c35..e0d75e6 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/Colour.java
+++ b/src/jalview/binding/Colour.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/Feature.java b/src/jalview/binding/Feature.java

index 1a12502..28109e6 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/Feature.java
+++ b/src/jalview/binding/Feature.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/FeatureSettings.java b/src/jalview/binding/FeatureSettings.java

index 5628281..7f2d750 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/FeatureSettings.java
+++ b/src/jalview/binding/FeatureSettings.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/Features.java b/src/jalview/binding/Features.java

index ec22915..f8c1f18 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/Features.java
+++ b/src/jalview/binding/Features.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/JGroup.java b/src/jalview/binding/JGroup.java

index 5b7cbf3..080b146 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/JGroup.java
+++ b/src/jalview/binding/JGroup.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/JSeq.java b/src/jalview/binding/JSeq.java

index ba4ae36..9b3dfc2 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/JSeq.java
+++ b/src/jalview/binding/JSeq.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/JalviewModel.java b/src/jalview/binding/JalviewModel.java

index 9dbc5a5..21e8b36 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/JalviewModel.java
+++ b/src/jalview/binding/JalviewModel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/JalviewModelSequence.java b/src/jalview/binding/JalviewModelSequence.java

index 66b424f..f8940d3 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/JalviewModelSequence.java
+++ b/src/jalview/binding/JalviewModelSequence.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/JalviewUserColours.java b/src/jalview/binding/JalviewUserColours.java

index deb5bc7..d25dd59 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/JalviewUserColours.java
+++ b/src/jalview/binding/JalviewUserColours.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/Pdbentry.java b/src/jalview/binding/Pdbentry.java

index 3aa6ad6..6464563 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/Pdbentry.java
+++ b/src/jalview/binding/Pdbentry.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/PdbentryItem.java b/src/jalview/binding/PdbentryItem.java

index 6fe9924..41edda3 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/PdbentryItem.java
+++ b/src/jalview/binding/PdbentryItem.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/Pdbids.java b/src/jalview/binding/Pdbids.java

index 08d53f3..d848fa3 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/Pdbids.java
+++ b/src/jalview/binding/Pdbids.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/Property.java b/src/jalview/binding/Property.java

index 6a0fbee..3a02d27 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/Property.java
+++ b/src/jalview/binding/Property.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/Sequence.java b/src/jalview/binding/Sequence.java

index 7f63ef5..a7aaf4b 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/Sequence.java
+++ b/src/jalview/binding/Sequence.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/SequenceSet.java b/src/jalview/binding/SequenceSet.java

index cd4601a..611d49d 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/SequenceSet.java
+++ b/src/jalview/binding/SequenceSet.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/SequenceType.java b/src/jalview/binding/SequenceType.java

index 816b166..c653e30 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/SequenceType.java
+++ b/src/jalview/binding/SequenceType.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/Setting.java b/src/jalview/binding/Setting.java

index 691dfde..c01fc35 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/Setting.java
+++ b/src/jalview/binding/Setting.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/Tree.java b/src/jalview/binding/Tree.java

index 7af1853..a1cbf24 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/Tree.java
+++ b/src/jalview/binding/Tree.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/UserColourScheme.java b/src/jalview/binding/UserColourScheme.java

index b7430e5..be41f1a 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/UserColourScheme.java
+++ b/src/jalview/binding/UserColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/UserColours.java b/src/jalview/binding/UserColours.java

index 77b1205..411c6be 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/UserColours.java
+++ b/src/jalview/binding/UserColours.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/VAMSAS.java b/src/jalview/binding/VAMSAS.java

index 1362e34..ca813a1 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/VAMSAS.java
+++ b/src/jalview/binding/VAMSAS.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/VamsasModel.java b/src/jalview/binding/VamsasModel.java

index 288b71f..18ad533 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/VamsasModel.java
+++ b/src/jalview/binding/VamsasModel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/Viewport.java b/src/jalview/binding/Viewport.java

index b9367da..9a78ced 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/Viewport.java
+++ b/src/jalview/binding/Viewport.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/commands/ChangeCaseCommand.java b/src/jalview/commands/ChangeCaseCommand.java

index c026f37..138628a 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/ChangeCaseCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/ChangeCaseCommand.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/commands/CommandI.java b/src/jalview/commands/CommandI.java

index d07e285..d35f290 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/CommandI.java
+++ b/src/jalview/commands/CommandI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/commands/EditCommand.java b/src/jalview/commands/EditCommand.java

index ed9e551..ba66e82 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/EditCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/EditCommand.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/commands/OrderCommand.java b/src/jalview/commands/OrderCommand.java

index 274e9e9..316d6ee 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/OrderCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/OrderCommand.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/commands/RemoveGapColCommand.java b/src/jalview/commands/RemoveGapColCommand.java

index 80a0dd5..d67df61 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/RemoveGapColCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/RemoveGapColCommand.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/commands/RemoveGapsCommand.java b/src/jalview/commands/RemoveGapsCommand.java

index 8754b51..c97d43a 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/RemoveGapsCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/RemoveGapsCommand.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/commands/SlideSequencesCommand.java b/src/jalview/commands/SlideSequencesCommand.java

index a6b1480..5bdecc8 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/SlideSequencesCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/SlideSequencesCommand.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/commands/TrimRegionCommand.java b/src/jalview/commands/TrimRegionCommand.java

index e33e679..f98da94 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/TrimRegionCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/TrimRegionCommand.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/AlignedCodonFrame.java b/src/jalview/datamodel/AlignedCodonFrame.java

index 9cfc4ba..d974eb2 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/AlignedCodonFrame.java
+++ b/src/jalview/datamodel/AlignedCodonFrame.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/Alignment.java b/src/jalview/datamodel/Alignment.java

index 35efe4f..5d97fe3 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/Alignment.java
+++ b/src/jalview/datamodel/Alignment.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.java b/src/jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.java

index 8f5b63d..5145a4f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.java
+++ b/src/jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/AlignmentI.java b/src/jalview/datamodel/AlignmentI.java

index 2190fa8..975f9fa 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/AlignmentI.java
+++ b/src/jalview/datamodel/AlignmentI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/AlignmentOrder.java b/src/jalview/datamodel/AlignmentOrder.java

index e95ec39..a230717 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/AlignmentOrder.java
+++ b/src/jalview/datamodel/AlignmentOrder.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/AlignmentView.java b/src/jalview/datamodel/AlignmentView.java

index 273a685..c5019d1 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/AlignmentView.java
+++ b/src/jalview/datamodel/AlignmentView.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/AnnotatedCollectionI.java b/src/jalview/datamodel/AnnotatedCollectionI.java

index 0f856ee..7baf5f5 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/AnnotatedCollectionI.java
+++ b/src/jalview/datamodel/AnnotatedCollectionI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/Annotation.java b/src/jalview/datamodel/Annotation.java

index 1c88c82..93b6ff6 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/Annotation.java
+++ b/src/jalview/datamodel/Annotation.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/BinaryNode.java b/src/jalview/datamodel/BinaryNode.java

index 177ebe7..47cd108 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/BinaryNode.java
+++ b/src/jalview/datamodel/BinaryNode.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/BinarySequence.java b/src/jalview/datamodel/BinarySequence.java

index 456b8b0..041ed44 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/BinarySequence.java
+++ b/src/jalview/datamodel/BinarySequence.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/CigarArray.java b/src/jalview/datamodel/CigarArray.java

index a45efcd..8315166 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/CigarArray.java
+++ b/src/jalview/datamodel/CigarArray.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/CigarBase.java b/src/jalview/datamodel/CigarBase.java

index 15c600d..38ebdb1 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/CigarBase.java
+++ b/src/jalview/datamodel/CigarBase.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/CigarCigar.java b/src/jalview/datamodel/CigarCigar.java

index 7957d33..1a79b17 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/CigarCigar.java
+++ b/src/jalview/datamodel/CigarCigar.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/CigarSimple.java b/src/jalview/datamodel/CigarSimple.java

index e68ed6f..0b422d8 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/CigarSimple.java
+++ b/src/jalview/datamodel/CigarSimple.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/ColumnSelection.java b/src/jalview/datamodel/ColumnSelection.java

index b87cd2b..5518588 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/ColumnSelection.java
+++ b/src/jalview/datamodel/ColumnSelection.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/DBRefEntry.java b/src/jalview/datamodel/DBRefEntry.java

index 6dc6641..0039dd5 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/DBRefEntry.java
+++ b/src/jalview/datamodel/DBRefEntry.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/DBRefSource.java b/src/jalview/datamodel/DBRefSource.java

index d13f9c8..ceb11bf 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/DBRefSource.java
+++ b/src/jalview/datamodel/DBRefSource.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/FeatureProperties.java b/src/jalview/datamodel/FeatureProperties.java

index dbe4ab4..fbf0740 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/FeatureProperties.java
+++ b/src/jalview/datamodel/FeatureProperties.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/GraphLine.java b/src/jalview/datamodel/GraphLine.java

index be475f4..ed4bd8d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/GraphLine.java
+++ b/src/jalview/datamodel/GraphLine.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/HiddenSequences.java b/src/jalview/datamodel/HiddenSequences.java

index d24f794..9f08b7e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/HiddenSequences.java
+++ b/src/jalview/datamodel/HiddenSequences.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/Mapping.java b/src/jalview/datamodel/Mapping.java

index c9c9170..2e374c6 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/Mapping.java
+++ b/src/jalview/datamodel/Mapping.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/NodeTransformI.java b/src/jalview/datamodel/NodeTransformI.java

index 72742c7..b5fc803 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/NodeTransformI.java
+++ b/src/jalview/datamodel/NodeTransformI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/PDBEntry.java b/src/jalview/datamodel/PDBEntry.java

index 7f6e77a..c41ea2e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/PDBEntry.java
+++ b/src/jalview/datamodel/PDBEntry.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/Provenance.java b/src/jalview/datamodel/Provenance.java

index 1da74a0..5988fb7 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/Provenance.java
+++ b/src/jalview/datamodel/Provenance.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/ProvenanceEntry.java b/src/jalview/datamodel/ProvenanceEntry.java

index 51de184..b943285 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/ProvenanceEntry.java
+++ b/src/jalview/datamodel/ProvenanceEntry.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/SearchResults.java b/src/jalview/datamodel/SearchResults.java

index bd1a375..dd021cf 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SearchResults.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SearchResults.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/SeqCigar.java b/src/jalview/datamodel/SeqCigar.java

index c81cc5e..0ceefd5 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/SeqCigar.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SeqCigar.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/Sequence.java b/src/jalview/datamodel/Sequence.java

index cd817ab..910c86d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/Sequence.java
+++ b/src/jalview/datamodel/Sequence.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/SequenceCollectionI.java b/src/jalview/datamodel/SequenceCollectionI.java

index 11e8c67..73cf03f 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/SequenceCollectionI.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SequenceCollectionI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java b/src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java

index 66e59f1..24afbd3 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java b/src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java

index a8b0ace..a01c0a5 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/SequenceI.java b/src/jalview/datamodel/SequenceI.java

index 285b7a8..8fc02cd 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SequenceI.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SequenceI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/SequenceNode.java b/src/jalview/datamodel/SequenceNode.java

index 81f5e9b..d6770c0 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SequenceNode.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SequenceNode.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/SequencePoint.java b/src/jalview/datamodel/SequencePoint.java

index 3690b43..d38da0f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SequencePoint.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SequencePoint.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/UniprotEntry.java b/src/jalview/datamodel/UniprotEntry.java

index 5693555..f21591a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/UniprotEntry.java
+++ b/src/jalview/datamodel/UniprotEntry.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/UniprotFile.java b/src/jalview/datamodel/UniprotFile.java

index 2739e28..f68ffc6 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/UniprotFile.java
+++ b/src/jalview/datamodel/UniprotFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/UniprotProteinName.java b/src/jalview/datamodel/UniprotProteinName.java

index 4a96b0c..cb21789 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/UniprotProteinName.java
+++ b/src/jalview/datamodel/UniprotProteinName.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/UniprotSequence.java b/src/jalview/datamodel/UniprotSequence.java

index 0480ec2..a5112c6 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/UniprotSequence.java
+++ b/src/jalview/datamodel/UniprotSequence.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/BasePosition.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/BasePosition.java

index b3968c3..53d4341 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/BasePosition.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/BasePosition.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntry.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntry.java

index 9661d12..0445046 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntry.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntry.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblError.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblError.java

index 5d8daa4..c7a59d8 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblError.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblError.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeature.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeature.java

index 1aed0a1..c920f7b 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeature.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeature.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocElement.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocElement.java

index 63f0ac4..c5aad07 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocElement.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocElement.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocations.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocations.java

index daef573..fd4de3c 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocations.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocations.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFile.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFile.java

index 78c4f5c..7e39a51 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFile.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblSequence.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblSequence.java

index 42ca6a4..a997066 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblSequence.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblSequence.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/Qualifier.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/Qualifier.java

index 9d0dbe0..c60c52a 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/Qualifier.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/Qualifier.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ext/jmol/JalviewJmolBinding.java b/src/jalview/ext/jmol/JalviewJmolBinding.java

index 46c94c4..8ee2296 100644 (file)
--- a/src/jalview/ext/jmol/JalviewJmolBinding.java
+++ b/src/jalview/ext/jmol/JalviewJmolBinding.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ext/jmol/JmolCommands.java b/src/jalview/ext/jmol/JmolCommands.java

index 8494b4b..17a622d 100644 (file)
--- a/src/jalview/ext/jmol/JmolCommands.java
+++ b/src/jalview/ext/jmol/JmolCommands.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ext/varna/JalviewVarnaBinding.java b/src/jalview/ext/varna/JalviewVarnaBinding.java

index 411e4fe..c0b6bec 100644 (file)
--- a/src/jalview/ext/varna/JalviewVarnaBinding.java
+++ b/src/jalview/ext/varna/JalviewVarnaBinding.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ext/varna/VarnaCommands.java b/src/jalview/ext/varna/VarnaCommands.java

index 8ed7462..94899ca 100644 (file)
--- a/src/jalview/ext/varna/VarnaCommands.java
+++ b/src/jalview/ext/varna/VarnaCommands.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/AlignFrame.java b/src/jalview/gui/AlignFrame.java

index d475c91..d992233 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AlignFrame.java
+++ b/src/jalview/gui/AlignFrame.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/AlignViewport.java b/src/jalview/gui/AlignViewport.java

index e9829bb..de8f310 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AlignViewport.java
+++ b/src/jalview/gui/AlignViewport.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/AlignmentPanel.java b/src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

index 6bfe4bd..cad4339 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AlignmentPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/AlignmentPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java b/src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java

index da7a176..60a0759 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java
+++ b/src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/AnnotationExporter.java b/src/jalview/gui/AnnotationExporter.java

index 56c6e2d..a199c95 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AnnotationExporter.java
+++ b/src/jalview/gui/AnnotationExporter.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/AnnotationLabels.java b/src/jalview/gui/AnnotationLabels.java

index ae7596d..2178e37 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/AnnotationLabels.java
+++ b/src/jalview/gui/AnnotationLabels.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/AnnotationPanel.java b/src/jalview/gui/AnnotationPanel.java

index 3e9b38e..128110b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/AnnotationPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/AnnotationPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/AppJmol.java b/src/jalview/gui/AppJmol.java

index 81b88ac..bf32dff 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AppJmol.java
+++ b/src/jalview/gui/AppJmol.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/AppJmolBinding.java b/src/jalview/gui/AppJmolBinding.java

index 80a7b9e..2424f90 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AppJmolBinding.java
+++ b/src/jalview/gui/AppJmolBinding.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/AppVarna.java b/src/jalview/gui/AppVarna.java

index 1de0cf2..f047199 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AppVarna.java
+++ b/src/jalview/gui/AppVarna.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/AppVarnaBinding.java b/src/jalview/gui/AppVarnaBinding.java

index b287b8e..d191212 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AppVarnaBinding.java
+++ b/src/jalview/gui/AppVarnaBinding.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/AssociatePdbFileWithSeq.java b/src/jalview/gui/AssociatePdbFileWithSeq.java

index 1fa9e71..e9208e6 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AssociatePdbFileWithSeq.java
+++ b/src/jalview/gui/AssociatePdbFileWithSeq.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/BlogReader.java b/src/jalview/gui/BlogReader.java

index 8326e35..566f1c7 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/BlogReader.java
+++ b/src/jalview/gui/BlogReader.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/Console.java b/src/jalview/gui/Console.java

index 4fe45c8..7552dc9 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/Console.java
+++ b/src/jalview/gui/Console.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/CutAndPasteHtmlTransfer.java b/src/jalview/gui/CutAndPasteHtmlTransfer.java

index ca554a0..a2ebd0a 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/CutAndPasteHtmlTransfer.java
+++ b/src/jalview/gui/CutAndPasteHtmlTransfer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java b/src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java

index 6ccc5ff..c8901d3 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java
+++ b/src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java b/src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

index 340e134..a875bf9 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java
+++ b/src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/Desktop.java b/src/jalview/gui/Desktop.java

index d54c887..a0e45a6 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/Desktop.java
+++ b/src/jalview/gui/Desktop.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/EPSOptions.java b/src/jalview/gui/EPSOptions.java

index 551129e..9cc1844 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/EPSOptions.java
+++ b/src/jalview/gui/EPSOptions.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/EditNameDialog.java b/src/jalview/gui/EditNameDialog.java

index cd440cd..5e69ac7 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/EditNameDialog.java
+++ b/src/jalview/gui/EditNameDialog.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/FeatureColourChooser.java b/src/jalview/gui/FeatureColourChooser.java

index d6ddd16..6b28937 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/FeatureColourChooser.java
+++ b/src/jalview/gui/FeatureColourChooser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/FeatureRenderer.java b/src/jalview/gui/FeatureRenderer.java

index c07fdcf..970160e 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/FeatureRenderer.java
+++ b/src/jalview/gui/FeatureRenderer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/FeatureSettings.java b/src/jalview/gui/FeatureSettings.java

index 9e0925b..2bd98d5 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/FeatureSettings.java
+++ b/src/jalview/gui/FeatureSettings.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/Finder.java b/src/jalview/gui/Finder.java

index f53af3f..3161271 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/Finder.java
+++ b/src/jalview/gui/Finder.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/FontChooser.java b/src/jalview/gui/FontChooser.java

index 5e1897d..ea84207 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/FontChooser.java
+++ b/src/jalview/gui/FontChooser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/IProgressIndicator.java b/src/jalview/gui/IProgressIndicator.java

index a39d5f2..a1e4b2e 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/IProgressIndicator.java
+++ b/src/jalview/gui/IProgressIndicator.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/IProgressIndicatorHandler.java b/src/jalview/gui/IProgressIndicatorHandler.java

index 183facf..c288abd 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/IProgressIndicatorHandler.java
+++ b/src/jalview/gui/IProgressIndicatorHandler.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/IdCanvas.java b/src/jalview/gui/IdCanvas.java

index c4c68c2..5216f0d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/IdCanvas.java
+++ b/src/jalview/gui/IdCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/IdPanel.java b/src/jalview/gui/IdPanel.java

index 97e3366..2b87d21 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/IdPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/IdPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/IdwidthAdjuster.java b/src/jalview/gui/IdwidthAdjuster.java

index c62ab91..632d4df 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/IdwidthAdjuster.java
+++ b/src/jalview/gui/IdwidthAdjuster.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/JDatabaseTree.java b/src/jalview/gui/JDatabaseTree.java

index b7ec5a9..b2bbdef 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/JDatabaseTree.java
+++ b/src/jalview/gui/JDatabaseTree.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/Jalview2XML.java b/src/jalview/gui/Jalview2XML.java

index b20e144..dcf65b7 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/Jalview2XML.java
+++ b/src/jalview/gui/Jalview2XML.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/Jalview2XML_V1.java b/src/jalview/gui/Jalview2XML_V1.java

index 9d838f8..b470974 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/Jalview2XML_V1.java
+++ b/src/jalview/gui/Jalview2XML_V1.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/JalviewAppender.java b/src/jalview/gui/JalviewAppender.java

index 40a0ac4..eb86e58 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/JalviewAppender.java
+++ b/src/jalview/gui/JalviewAppender.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/JalviewChangeSupport.java b/src/jalview/gui/JalviewChangeSupport.java

index 050b02f..d4c1bc1 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/JalviewChangeSupport.java
+++ b/src/jalview/gui/JalviewChangeSupport.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/JalviewDialog.java b/src/jalview/gui/JalviewDialog.java

index cfdf313..3f58769 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/JalviewDialog.java
+++ b/src/jalview/gui/JalviewDialog.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/JvSwingUtils.java b/src/jalview/gui/JvSwingUtils.java

index 641ac62..0e3ecd8 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/JvSwingUtils.java
+++ b/src/jalview/gui/JvSwingUtils.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/OOMWarning.java b/src/jalview/gui/OOMWarning.java

index 261fae8..6ab5220 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/OOMWarning.java
+++ b/src/jalview/gui/OOMWarning.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/OptsAndParamsPage.java b/src/jalview/gui/OptsAndParamsPage.java

index 1dd848b..5df0174 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/OptsAndParamsPage.java
+++ b/src/jalview/gui/OptsAndParamsPage.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/OptsParametersContainerI.java b/src/jalview/gui/OptsParametersContainerI.java

index 841e99e..2d3f59e 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/OptsParametersContainerI.java
+++ b/src/jalview/gui/OptsParametersContainerI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/OverviewPanel.java b/src/jalview/gui/OverviewPanel.java

index 614326d..0b11189 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/OverviewPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/OverviewPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/PCAPanel.java b/src/jalview/gui/PCAPanel.java

index ccc4697..d1216b9 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/PCAPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/PCAPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/PaintRefresher.java b/src/jalview/gui/PaintRefresher.java

index dabf8db..01a5f57 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/PaintRefresher.java
+++ b/src/jalview/gui/PaintRefresher.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java b/src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java

index 6738556..e2f96f1 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/PopupMenu.java b/src/jalview/gui/PopupMenu.java

index 66cafc5..67bc00f 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/PopupMenu.java
+++ b/src/jalview/gui/PopupMenu.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/Preferences.java b/src/jalview/gui/Preferences.java

index 20a136f..51138f2 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/Preferences.java
+++ b/src/jalview/gui/Preferences.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/PromptUserConfig.java b/src/jalview/gui/PromptUserConfig.java

index c710a89..95b3fd4 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/PromptUserConfig.java
+++ b/src/jalview/gui/PromptUserConfig.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/RedundancyPanel.java b/src/jalview/gui/RedundancyPanel.java

index 7b489a7..59ee1e7 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/RedundancyPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/RedundancyPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/RestInputParamEditDialog.java b/src/jalview/gui/RestInputParamEditDialog.java

index 764f9c9..497bbe2 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/RestInputParamEditDialog.java
+++ b/src/jalview/gui/RestInputParamEditDialog.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/RestServiceEditorPane.java b/src/jalview/gui/RestServiceEditorPane.java

index 2507ceb..cfdea05 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/RestServiceEditorPane.java
+++ b/src/jalview/gui/RestServiceEditorPane.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/RotatableCanvas.java b/src/jalview/gui/RotatableCanvas.java

index dba5dae..7f31eb1 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/RotatableCanvas.java
+++ b/src/jalview/gui/RotatableCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/ScalePanel.java b/src/jalview/gui/ScalePanel.java

index 416b787..62f767d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/ScalePanel.java
+++ b/src/jalview/gui/ScalePanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/ScriptWindow.java b/src/jalview/gui/ScriptWindow.java

index 4c8ccd7..e9ffd6e 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/ScriptWindow.java
+++ b/src/jalview/gui/ScriptWindow.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/SeqCanvas.java b/src/jalview/gui/SeqCanvas.java

index 77fc1fe..e7d9030 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SeqCanvas.java
+++ b/src/jalview/gui/SeqCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/SeqPanel.java b/src/jalview/gui/SeqPanel.java

index 2add218..904b856 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/SeqPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/SeqPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/SequenceFetcher.java b/src/jalview/gui/SequenceFetcher.java

index 435d218..45d944d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SequenceFetcher.java
+++ b/src/jalview/gui/SequenceFetcher.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/SequenceRenderer.java b/src/jalview/gui/SequenceRenderer.java

index 9023c4e..9ca3d83 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SequenceRenderer.java
+++ b/src/jalview/gui/SequenceRenderer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/SliderPanel.java b/src/jalview/gui/SliderPanel.java

index f53204e..aa4aa64 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SliderPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/SliderPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/SplashScreen.java b/src/jalview/gui/SplashScreen.java

index 1006782..652aa75 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SplashScreen.java
+++ b/src/jalview/gui/SplashScreen.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/TextColourChooser.java b/src/jalview/gui/TextColourChooser.java

index 5eadc51..2f9422a 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/TextColourChooser.java
+++ b/src/jalview/gui/TextColourChooser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/TreeCanvas.java b/src/jalview/gui/TreeCanvas.java

index 97cca4b..5bea550 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/TreeCanvas.java
+++ b/src/jalview/gui/TreeCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/TreePanel.java b/src/jalview/gui/TreePanel.java

index 7f85594..923d702 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/TreePanel.java
+++ b/src/jalview/gui/TreePanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/UserDefinedColours.java b/src/jalview/gui/UserDefinedColours.java

index a2dedd5..e1ff5e0 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/UserDefinedColours.java
+++ b/src/jalview/gui/UserDefinedColours.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/UserQuestionnaireCheck.java b/src/jalview/gui/UserQuestionnaireCheck.java

index dc23978..cd102b6 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/UserQuestionnaireCheck.java
+++ b/src/jalview/gui/UserQuestionnaireCheck.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/VamsasApplication.java b/src/jalview/gui/VamsasApplication.java

index 5f585b6..5ee7e36 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/VamsasApplication.java
+++ b/src/jalview/gui/VamsasApplication.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/ViewSelectionMenu.java b/src/jalview/gui/ViewSelectionMenu.java

index e2bda4c..b90f742 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/ViewSelectionMenu.java
+++ b/src/jalview/gui/ViewSelectionMenu.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/WebserviceInfo.java b/src/jalview/gui/WebserviceInfo.java

index 760db66..723746c 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/WebserviceInfo.java
+++ b/src/jalview/gui/WebserviceInfo.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/WsJobParameters.java b/src/jalview/gui/WsJobParameters.java

index 9b02401..b905b63 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/WsJobParameters.java
+++ b/src/jalview/gui/WsJobParameters.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/WsParamSetManager.java b/src/jalview/gui/WsParamSetManager.java

index 780b30f..5335b22 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/WsParamSetManager.java
+++ b/src/jalview/gui/WsParamSetManager.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/WsPreferences.java b/src/jalview/gui/WsPreferences.java

index ab7e341..59e6309 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/WsPreferences.java
+++ b/src/jalview/gui/WsPreferences.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/AMSAFile.java b/src/jalview/io/AMSAFile.java

index ee3c18c..31f9b21 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/AMSAFile.java
+++ b/src/jalview/io/AMSAFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/AlignFile.java b/src/jalview/io/AlignFile.java

index 7550a5b..93803c8 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/AlignFile.java
+++ b/src/jalview/io/AlignFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/AlignmentProperties.java b/src/jalview/io/AlignmentProperties.java

index 37912be..86fa6a0 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/AlignmentProperties.java
+++ b/src/jalview/io/AlignmentProperties.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/AnnotationFile.java b/src/jalview/io/AnnotationFile.java

index 5979a27..9a21fbb 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/AnnotationFile.java
+++ b/src/jalview/io/AnnotationFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java b/src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java

index 6679a03..98037e4 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java
+++ b/src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/BLCFile.java b/src/jalview/io/BLCFile.java

index b95cf1f..6ce0d61 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/BLCFile.java
+++ b/src/jalview/io/BLCFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/ClansFile.java b/src/jalview/io/ClansFile.java

index ad9daad..b7bfacc 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/ClansFile.java
+++ b/src/jalview/io/ClansFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/ClustalFile.java b/src/jalview/io/ClustalFile.java

index bc6ca7f..b45e908 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/ClustalFile.java
+++ b/src/jalview/io/ClustalFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/DBRefFile.java b/src/jalview/io/DBRefFile.java

index c24cbdd..c29294a 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/DBRefFile.java
+++ b/src/jalview/io/DBRefFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/FastaFile.java b/src/jalview/io/FastaFile.java

index 3a7197f..d8890af 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/FastaFile.java
+++ b/src/jalview/io/FastaFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/FeaturesFile.java b/src/jalview/io/FeaturesFile.java

index a87fd60..0c8e226 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/FeaturesFile.java
+++ b/src/jalview/io/FeaturesFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/FileLoader.java b/src/jalview/io/FileLoader.java

index 9cc1e16..b578724 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/FileLoader.java
+++ b/src/jalview/io/FileLoader.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/FileParse.java b/src/jalview/io/FileParse.java

index 69e801c..b52fdfb 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/FileParse.java
+++ b/src/jalview/io/FileParse.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/FormatAdapter.java b/src/jalview/io/FormatAdapter.java

index 6d77acc..bb1608d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/FormatAdapter.java
+++ b/src/jalview/io/FormatAdapter.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/HTMLOutput.java b/src/jalview/io/HTMLOutput.java

index d0fdd32..4b4dd93 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/HTMLOutput.java
+++ b/src/jalview/io/HTMLOutput.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/IdentifyFile.java b/src/jalview/io/IdentifyFile.java

index 93f9a98..7ed7cbd 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/IdentifyFile.java
+++ b/src/jalview/io/IdentifyFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/JPredFile.java b/src/jalview/io/JPredFile.java

index 155e236..a334b4f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/JPredFile.java
+++ b/src/jalview/io/JPredFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/JalviewFileChooser.java b/src/jalview/io/JalviewFileChooser.java

index 46ecf41..a8aa8d4 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/JalviewFileChooser.java
+++ b/src/jalview/io/JalviewFileChooser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/JalviewFileFilter.java b/src/jalview/io/JalviewFileFilter.java

index 43dda7e..2f2499b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/JalviewFileFilter.java
+++ b/src/jalview/io/JalviewFileFilter.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/JalviewFileView.java b/src/jalview/io/JalviewFileView.java

index 27c6a07..0dcc7c2 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/JalviewFileView.java
+++ b/src/jalview/io/JalviewFileView.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/JnetAnnotationMaker.java b/src/jalview/io/JnetAnnotationMaker.java

index 51cd302..8ffcaf7 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/JnetAnnotationMaker.java
+++ b/src/jalview/io/JnetAnnotationMaker.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/MSFfile.java b/src/jalview/io/MSFfile.java

index 2d20a40..9b6fc89 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/MSFfile.java
+++ b/src/jalview/io/MSFfile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/MatrixFile.java b/src/jalview/io/MatrixFile.java

index 42b9578..09e150c 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/MatrixFile.java
+++ b/src/jalview/io/MatrixFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/ModellerDescription.java b/src/jalview/io/ModellerDescription.java

index a57cefa..fd28956 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/ModellerDescription.java
+++ b/src/jalview/io/ModellerDescription.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/NewickFile.java b/src/jalview/io/NewickFile.java

index 813ac78..b86c170 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/NewickFile.java
+++ b/src/jalview/io/NewickFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/PIRFile.java b/src/jalview/io/PIRFile.java

index 5af94e2..6db8cd4 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/PIRFile.java
+++ b/src/jalview/io/PIRFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/PfamFile.java b/src/jalview/io/PfamFile.java

index ba1a9b9..6b617f8 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/PfamFile.java
+++ b/src/jalview/io/PfamFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/PileUpfile.java b/src/jalview/io/PileUpfile.java

index f489d80..24c4239 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/PileUpfile.java
+++ b/src/jalview/io/PileUpfile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/SequenceAnnotationReport.java b/src/jalview/io/SequenceAnnotationReport.java

index fbcc436..74cfa86 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/SequenceAnnotationReport.java
+++ b/src/jalview/io/SequenceAnnotationReport.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/SimpleBlastFile.java b/src/jalview/io/SimpleBlastFile.java

index b8d7569..70ccb26 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/SimpleBlastFile.java
+++ b/src/jalview/io/SimpleBlastFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/StockholmFile.java b/src/jalview/io/StockholmFile.java

index 4566bac..9b5a5cd 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/StockholmFile.java
+++ b/src/jalview/io/StockholmFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/TCoffeeScoreFile.java b/src/jalview/io/TCoffeeScoreFile.java

index 602b0d0..274f532 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/TCoffeeScoreFile.java
+++ b/src/jalview/io/TCoffeeScoreFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/VamsasAppDatastore.java b/src/jalview/io/VamsasAppDatastore.java

index 34c61d9..8d1c275 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/VamsasAppDatastore.java
+++ b/src/jalview/io/VamsasAppDatastore.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/WSWUBlastClient.java b/src/jalview/io/WSWUBlastClient.java

index 732c072..df15b5e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/WSWUBlastClient.java
+++ b/src/jalview/io/WSWUBlastClient.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/packed/DataProvider.java b/src/jalview/io/packed/DataProvider.java

index 80fc0c0..c50c69a 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/packed/DataProvider.java
+++ b/src/jalview/io/packed/DataProvider.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/packed/JalviewDataset.java b/src/jalview/io/packed/JalviewDataset.java

index b3f061c..40c80a6 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/packed/JalviewDataset.java
+++ b/src/jalview/io/packed/JalviewDataset.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/packed/ParsePackedSet.java b/src/jalview/io/packed/ParsePackedSet.java

index 17e94e7..3130b9e 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/packed/ParsePackedSet.java
+++ b/src/jalview/io/packed/ParsePackedSet.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/packed/SimpleDataProvider.java b/src/jalview/io/packed/SimpleDataProvider.java

index 4806f91..fdfd019 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/packed/SimpleDataProvider.java
+++ b/src/jalview/io/packed/SimpleDataProvider.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/vamsas/Datasetsequence.java b/src/jalview/io/vamsas/Datasetsequence.java

index 08e6288..841d357 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Datasetsequence.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/Datasetsequence.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/vamsas/DatastoreItem.java b/src/jalview/io/vamsas/DatastoreItem.java

index 0fae890..65ccec1 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/DatastoreItem.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/DatastoreItem.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/vamsas/DatastoreRegistry.java b/src/jalview/io/vamsas/DatastoreRegistry.java

index 468cb7a..0d76285 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/DatastoreRegistry.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/DatastoreRegistry.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/vamsas/Dbref.java b/src/jalview/io/vamsas/Dbref.java

index 68bc498..0f43bc3 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Dbref.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/Dbref.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/vamsas/LocalDocSyncObject.java b/src/jalview/io/vamsas/LocalDocSyncObject.java

index 881404d..2c7bfe0 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/LocalDocSyncObject.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/LocalDocSyncObject.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/vamsas/Rangetype.java b/src/jalview/io/vamsas/Rangetype.java

index 281e8a4..fb16f55 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Rangetype.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/Rangetype.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/vamsas/Sequencefeature.java b/src/jalview/io/vamsas/Sequencefeature.java

index 5d04c4c..9cde411 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Sequencefeature.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/Sequencefeature.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/vamsas/Sequencemapping.java b/src/jalview/io/vamsas/Sequencemapping.java

index 241ff85..5dcf4e8 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Sequencemapping.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/Sequencemapping.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/vamsas/Tree.java b/src/jalview/io/vamsas/Tree.java

index 43febb4..27aacce 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Tree.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/Tree.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/javascript/JSFunctionExec.java b/src/jalview/javascript/JSFunctionExec.java

index 4ed9a08..34d1d2e 100644 (file)
--- a/src/jalview/javascript/JSFunctionExec.java
+++ b/src/jalview/javascript/JSFunctionExec.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/javascript/JalviewLiteJsApi.java b/src/jalview/javascript/JalviewLiteJsApi.java

index 25eb3be..6878fac 100644 (file)
--- a/src/jalview/javascript/JalviewLiteJsApi.java
+++ b/src/jalview/javascript/JalviewLiteJsApi.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/javascript/JsCallBack.java b/src/jalview/javascript/JsCallBack.java

index 7c86360..9320538 100644 (file)
--- a/src/jalview/javascript/JsCallBack.java
+++ b/src/jalview/javascript/JsCallBack.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/javascript/JsSelectionSender.java b/src/jalview/javascript/JsSelectionSender.java

index 66b1cac..7ecd675 100644 (file)
--- a/src/jalview/javascript/JsSelectionSender.java
+++ b/src/jalview/javascript/JsSelectionSender.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/javascript/MouseOverListener.java b/src/jalview/javascript/MouseOverListener.java

index cb3fee7..4115a9e 100644 (file)
--- a/src/jalview/javascript/MouseOverListener.java
+++ b/src/jalview/javascript/MouseOverListener.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/javascript/MouseOverStructureListener.java b/src/jalview/javascript/MouseOverStructureListener.java

index 9d7e0cc..766393e 100644 (file)
--- a/src/jalview/javascript/MouseOverStructureListener.java
+++ b/src/jalview/javascript/MouseOverStructureListener.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java b/src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java

index cf78585..6e98f74 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/jbgui/GAlignmentPanel.java b/src/jalview/jbgui/GAlignmentPanel.java

index 4a20adb..6a7ab97 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GAlignmentPanel.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GAlignmentPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/jbgui/GCutAndPasteHtmlTransfer.java b/src/jalview/jbgui/GCutAndPasteHtmlTransfer.java

index 38fe7a3..5f74844 100644 (file)
--- a/src/jalview/jbgui/GCutAndPasteHtmlTransfer.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GCutAndPasteHtmlTransfer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/jbgui/GCutAndPasteTransfer.java b/src/jalview/jbgui/GCutAndPasteTransfer.java

index ecfe2af..4149c85 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GCutAndPasteTransfer.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GCutAndPasteTransfer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/jbgui/GDasSourceBrowser.java b/src/jalview/jbgui/GDasSourceBrowser.java

index e01d0c7..b16c013 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GDasSourceBrowser.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GDasSourceBrowser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/jbgui/GDesktop.java b/src/jalview/jbgui/GDesktop.java

index 4ef6fdd..ab9a0a3 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GDesktop.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GDesktop.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/jbgui/GFinder.java b/src/jalview/jbgui/GFinder.java

index d811fee..08fdf39 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GFinder.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GFinder.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/jbgui/GFontChooser.java b/src/jalview/jbgui/GFontChooser.java

index 5f1748e..6985972 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GFontChooser.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GFontChooser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/jbgui/GPCAPanel.java b/src/jalview/jbgui/GPCAPanel.java

index 266bfc6..3fe76ac 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GPCAPanel.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GPCAPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/jbgui/GPairwiseAlignPanel.java b/src/jalview/jbgui/GPairwiseAlignPanel.java

index 7a7392d..57e1348 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GPairwiseAlignPanel.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GPairwiseAlignPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/jbgui/GPreferences.java b/src/jalview/jbgui/GPreferences.java

index a8626d8..d1df38d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GPreferences.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GPreferences.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/jbgui/GRestInputParamEditDialog.java b/src/jalview/jbgui/GRestInputParamEditDialog.java

index 9580d43..f1ce039 100644 (file)
--- a/src/jalview/jbgui/GRestInputParamEditDialog.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GRestInputParamEditDialog.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/jbgui/GRestServiceEditorPane.java b/src/jalview/jbgui/GRestServiceEditorPane.java

index 97ad295..50048aa 100644 (file)
--- a/src/jalview/jbgui/GRestServiceEditorPane.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GRestServiceEditorPane.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/jbgui/GRnaStructureViewer.java b/src/jalview/jbgui/GRnaStructureViewer.java

index dd39080..9e72a13 100644 (file)
--- a/src/jalview/jbgui/GRnaStructureViewer.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GRnaStructureViewer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/jbgui/GSequenceLink.java b/src/jalview/jbgui/GSequenceLink.java

index cb4d90f..d3b9c54 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GSequenceLink.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GSequenceLink.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/jbgui/GSliderPanel.java b/src/jalview/jbgui/GSliderPanel.java

index 72224c3..4c5edf5 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GSliderPanel.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GSliderPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/jbgui/GStructureViewer.java b/src/jalview/jbgui/GStructureViewer.java

index c60d732..720138a 100644 (file)
--- a/src/jalview/jbgui/GStructureViewer.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GStructureViewer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/jbgui/GTreePanel.java b/src/jalview/jbgui/GTreePanel.java

index 47f94c5..1b35d51 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GTreePanel.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GTreePanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/jbgui/GUserDefinedColours.java b/src/jalview/jbgui/GUserDefinedColours.java

index e097d85..1f4fc9d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GUserDefinedColours.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GUserDefinedColours.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/jbgui/GWebserviceInfo.java b/src/jalview/jbgui/GWebserviceInfo.java

index 21d9b47..0d99704 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GWebserviceInfo.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GWebserviceInfo.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/jbgui/GWsPreferences.java b/src/jalview/jbgui/GWsPreferences.java

index 3ad5bb1..cae8232 100644 (file)
--- a/src/jalview/jbgui/GWsPreferences.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GWsPreferences.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/math/Matrix.java b/src/jalview/math/Matrix.java

index 8d95203..87b0ef3 100755 (executable)
--- a/src/jalview/math/Matrix.java
+++ b/src/jalview/math/Matrix.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/math/RotatableMatrix.java b/src/jalview/math/RotatableMatrix.java

index e2ed0c0..a4c2940 100755 (executable)
--- a/src/jalview/math/RotatableMatrix.java
+++ b/src/jalview/math/RotatableMatrix.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java b/src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

index d951aba..5a53b71 100644 (file)
--- a/src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java
+++ b/src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/renderer/AwtRenderPanelI.java b/src/jalview/renderer/AwtRenderPanelI.java

index 678233e..1d46ae3 100644 (file)
--- a/src/jalview/renderer/AwtRenderPanelI.java
+++ b/src/jalview/renderer/AwtRenderPanelI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodMap.java b/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodMap.java

index f423223..8fd8e28 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodMap.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodMap.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Alcodon.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Alcodon.java

index f5654e9..fd16b40 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Alcodon.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Alcodon.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodonFrame.java b/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodonFrame.java

index d3fde76..cf48788 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodonFrame.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodonFrame.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Annotation.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Annotation.java

index 98c202e..1c0de1e 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Annotation.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Annotation.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColourScheme.java b/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColourScheme.java

index 8bf97d5..ca7fbc9 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColours.java b/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColours.java

index cbda218..9f2eada 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColours.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColours.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationElement.java b/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationElement.java

index a558e86..26dbe15 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationElement.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationElement.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/CalcIdParam.java b/src/jalview/schemabinding/version2/CalcIdParam.java

index aab1434..dd4b584 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/CalcIdParam.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/CalcIdParam.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Colour.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Colour.java

index 70409b6..4933206 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Colour.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Colour.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/DBRef.java b/src/jalview/schemabinding/version2/DBRef.java

index de43ff4..27e1018 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/DBRef.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/DBRef.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Feature.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Feature.java

index d7deeff..130d515 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Feature.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Feature.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/FeatureSettings.java b/src/jalview/schemabinding/version2/FeatureSettings.java

index 30afdb4..e975554 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/FeatureSettings.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/FeatureSettings.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Features.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Features.java

index cfcd531..d66d8e8 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Features.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Features.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Group.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Group.java

index f71c873..c16d352 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Group.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Group.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/HiddenColumns.java b/src/jalview/schemabinding/version2/HiddenColumns.java

index 01ec035..811ad33 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/HiddenColumns.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/HiddenColumns.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java b/src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java

index 44e8739..a1f62bc 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/JSeq.java b/src/jalview/schemabinding/version2/JSeq.java

index 070ef7f..aa38064 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/JSeq.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/JSeq.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModel.java b/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModel.java

index 5ffff2a..6ab4caf 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModel.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModelSequence.java b/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModelSequence.java

index 1e3095c..7fd186b 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModelSequence.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModelSequence.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewUserColours.java b/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewUserColours.java

index 2719ecd..ccb0963 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewUserColours.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewUserColours.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListFrom.java b/src/jalview/schemabinding/version2/MapListFrom.java

index 2eeb726..2817fd6 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListFrom.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/MapListFrom.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListTo.java b/src/jalview/schemabinding/version2/MapListTo.java

index 55c54a5..f185d87 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListTo.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/MapListTo.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListType.java b/src/jalview/schemabinding/version2/MapListType.java

index d94d197..04de497 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListType.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/MapListType.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Mapping.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Mapping.java

index 69b7413..91d03d9 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Mapping.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Mapping.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/MappingChoice.java b/src/jalview/schemabinding/version2/MappingChoice.java

index b0f49d0..614efba 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/MappingChoice.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/MappingChoice.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/OtherData.java b/src/jalview/schemabinding/version2/OtherData.java

index 7908828..2e5772d 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/OtherData.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/OtherData.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbentry.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbentry.java

index a2584c2..f207ddc 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbentry.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbentry.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/PdbentryItem.java b/src/jalview/schemabinding/version2/PdbentryItem.java

index 357c939..84aef38 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/PdbentryItem.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/PdbentryItem.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbids.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbids.java

index 8c34216..5e3f13a 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbids.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbids.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Property.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Property.java

index e91bd35..34e0d57 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Property.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Property.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Sequence.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Sequence.java

index 501c44e..50ca919 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Sequence.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Sequence.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSet.java b/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSet.java

index e399ed4..568df1f 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSet.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSet.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSetProperties.java b/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSetProperties.java

index b46fb1d..d01f875 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSetProperties.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSetProperties.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceType.java b/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceType.java

index 1a6dc08..157c83e 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceType.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceType.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Setting.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Setting.java

index 9de7b21..58779c5 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Setting.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Setting.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/StructureState.java b/src/jalview/schemabinding/version2/StructureState.java

index 428b3db..82e3e7b 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/StructureState.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/StructureState.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/ThresholdLine.java b/src/jalview/schemabinding/version2/ThresholdLine.java

index 2e90527..5d5c376 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/ThresholdLine.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/ThresholdLine.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Tree.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Tree.java

index a2a13cb..a459edc 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Tree.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Tree.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/UserColourScheme.java b/src/jalview/schemabinding/version2/UserColourScheme.java

index da78647..3625d87 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/UserColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/UserColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/UserColours.java b/src/jalview/schemabinding/version2/UserColours.java

index 4c75230..2a223d4 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/UserColours.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/UserColours.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/VAMSAS.java b/src/jalview/schemabinding/version2/VAMSAS.java

index 2d3e829..2c56862 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/VAMSAS.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/VAMSAS.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/VamsasModel.java b/src/jalview/schemabinding/version2/VamsasModel.java

index 7ea0a45..ffde324 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/VamsasModel.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/VamsasModel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java

index a3e20c6..8dbb94b 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/WebServiceParameterSet.java b/src/jalview/schemabinding/version2/WebServiceParameterSet.java

index b645f0b..481c0ce 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/WebServiceParameterSet.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/WebServiceParameterSet.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodMapDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodMapDescriptor.java

index 7adf1d0..f20ad7a 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodMapDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodMapDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonDescriptor.java

index 47d6e01..171b8af 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonFrameDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonFrameDescriptor.java

index 1cebb2a..7ff61af 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonFrameDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonFrameDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColourSchemeDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColourSchemeDescriptor.java

index 98f2855..870a90d 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColourSchemeDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColourSchemeDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColoursDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColoursDescriptor.java

index 5eb3939..7ddb280 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColoursDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColoursDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java

index eac9bc7..fdb7d00 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationElementDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationElementDescriptor.java

index 24a90b9..83a9941 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationElementDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationElementDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/CalcIdParamDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/CalcIdParamDescriptor.java

index 007175c..7117178 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/CalcIdParamDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/CalcIdParamDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ColourDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ColourDescriptor.java

index a8a2cf5..493347d 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ColourDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ColourDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/DBRefDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/DBRefDescriptor.java

index 514e2d3..3b5f1dc 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/DBRefDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/DBRefDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureDescriptor.java

index 403e432..4fd913f 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureSettingsDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureSettingsDescriptor.java

index 75586b6..3f41d5d 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureSettingsDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureSettingsDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeaturesDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeaturesDescriptor.java

index 498d18d..cdc2b0a 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeaturesDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeaturesDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/GroupDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/GroupDescriptor.java

index 0dad270..d2ffed1 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/GroupDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/GroupDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/HiddenColumnsDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/HiddenColumnsDescriptor.java

index ebcec89..a5fdfa0 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/HiddenColumnsDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/HiddenColumnsDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JGroupDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JGroupDescriptor.java

index aec96ef..47917d6 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JGroupDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JGroupDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JSeqDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JSeqDescriptor.java

index 8be5479..ba1c904 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JSeqDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JSeqDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelDescriptor.java

index 31127fa..22d130f 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelSequenceDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelSequenceDescriptor.java

index 01b416c..b1ff133 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelSequenceDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelSequenceDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewUserColoursDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewUserColoursDescriptor.java

index c70f679..34f4d98 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewUserColoursDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewUserColoursDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListFromDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListFromDescriptor.java

index 9aa7542..05a7ccc 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListFromDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListFromDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListToDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListToDescriptor.java

index efdf00f..96bfee6 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListToDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListToDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListTypeDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListTypeDescriptor.java

index 8402449..a84177b 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListTypeDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListTypeDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingChoiceDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingChoiceDescriptor.java

index 1d57dd5..4498c7a 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingChoiceDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingChoiceDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingDescriptor.java

index b192ad8..24520c8 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/OtherDataDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/OtherDataDescriptor.java

index 69ae032..057a804 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/OtherDataDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/OtherDataDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryDescriptor.java

index 001c3e5..afb41ba 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryItemDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryItemDescriptor.java

index 5748515..5f823dc 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryItemDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryItemDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbidsDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbidsDescriptor.java

index 2b0f360..24108d4 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbidsDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbidsDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PropertyDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PropertyDescriptor.java

index eca975a..a231d17 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PropertyDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PropertyDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceDescriptor.java

index 478f2cf..a4e83f4 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetDescriptor.java

index 09ffdfc..e9e0cb8 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetPropertiesDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetPropertiesDescriptor.java

index e7b075d..06ee93d 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetPropertiesDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetPropertiesDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceTypeDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceTypeDescriptor.java

index 904bd47..8e60014 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceTypeDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceTypeDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SettingDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SettingDescriptor.java

index dd318b3..38c5fcf 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SettingDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SettingDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/StructureStateDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/StructureStateDescriptor.java

index 9d82b98..b687586 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/StructureStateDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/StructureStateDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ThresholdLineDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ThresholdLineDescriptor.java

index 671b60f..96cf9c7 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ThresholdLineDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ThresholdLineDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/TreeDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/TreeDescriptor.java

index b24356e..6d92ec3 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/TreeDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/TreeDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColourSchemeDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColourSchemeDescriptor.java

index 919b3b6..b4253f6 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColourSchemeDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColourSchemeDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColoursDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColoursDescriptor.java

index 7725ad1..0c27408 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColoursDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColoursDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java

index 6148798..e35407c 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VamsasModelDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VamsasModelDescriptor.java

index d9e97f5..60ab87e 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VamsasModelDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VamsasModelDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ViewportDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ViewportDescriptor.java

index 5485480..f995afa 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ViewportDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ViewportDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/WebServiceParameterSetDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/WebServiceParameterSetDescriptor.java

index ba75d45..396379f 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/WebServiceParameterSetDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/WebServiceParameterSetDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*******************************************************************************
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemes/AnnotationColourGradient.java b/src/jalview/schemes/AnnotationColourGradient.java

index 8f0626f..301eb73 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/AnnotationColourGradient.java
+++ b/src/jalview/schemes/AnnotationColourGradient.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java b/src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java

index b43afec..8d8eba0 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemes/BuriedColourScheme.java b/src/jalview/schemes/BuriedColourScheme.java

index 5caa275..f7b186f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/BuriedColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/BuriedColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemes/ClustalxColourScheme.java b/src/jalview/schemes/ClustalxColourScheme.java

index 77d7e5b..30addb0 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ClustalxColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/ClustalxColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemes/ColourSchemeI.java b/src/jalview/schemes/ColourSchemeI.java

index 536efe7..66be80d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ColourSchemeI.java
+++ b/src/jalview/schemes/ColourSchemeI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java b/src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java

index 76b1ff1..04ffbe9 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java
+++ b/src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemes/Consensus.java b/src/jalview/schemes/Consensus.java

index 91e0fff..b5cfcc9 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/Consensus.java
+++ b/src/jalview/schemes/Consensus.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemes/CovariationColourScheme.java b/src/jalview/schemes/CovariationColourScheme.java

index e410d50..62d0b7b 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemes/CovariationColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/CovariationColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemes/GraduatedColor.java b/src/jalview/schemes/GraduatedColor.java

index caed820..665a78b 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemes/GraduatedColor.java
+++ b/src/jalview/schemes/GraduatedColor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemes/HelixColourScheme.java b/src/jalview/schemes/HelixColourScheme.java

index cb0079e..b060788 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/HelixColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/HelixColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemes/HydrophobicColourScheme.java b/src/jalview/schemes/HydrophobicColourScheme.java

index 46d93eb..4674aed 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/HydrophobicColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/HydrophobicColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java b/src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java

index c359382..6b1ac51 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java b/src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java

index a500914..57a5023 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemes/PurinePyrimidineColourScheme.java b/src/jalview/schemes/PurinePyrimidineColourScheme.java

index 094ee61..0a088c6 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemes/PurinePyrimidineColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/PurinePyrimidineColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemes/RNAHelicesColour.java b/src/jalview/schemes/RNAHelicesColour.java

index 06553f0..0a37052 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemes/RNAHelicesColour.java
+++ b/src/jalview/schemes/RNAHelicesColour.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemes/RNAHelicesColourChooser.java b/src/jalview/schemes/RNAHelicesColourChooser.java

index bcac5c7..cfa20f4 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemes/RNAHelicesColourChooser.java
+++ b/src/jalview/schemes/RNAHelicesColourChooser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java b/src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java

index 8b3150b..4eefcda 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemes/ResidueProperties.java b/src/jalview/schemes/ResidueProperties.java

index a277868..2050147 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ResidueProperties.java
+++ b/src/jalview/schemes/ResidueProperties.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemes/ScoreColourScheme.java b/src/jalview/schemes/ScoreColourScheme.java

index 8198ff1..6eef929 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ScoreColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/ScoreColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemes/ScoreMatrix.java b/src/jalview/schemes/ScoreMatrix.java

index ab603e1..8ef7930 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemes/ScoreMatrix.java
+++ b/src/jalview/schemes/ScoreMatrix.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemes/StrandColourScheme.java b/src/jalview/schemes/StrandColourScheme.java

index 3303f12..6b4b597 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/StrandColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/StrandColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemes/TCoffeeColourScheme.java b/src/jalview/schemes/TCoffeeColourScheme.java

index 1c8e469..cd2681b 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemes/TCoffeeColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/TCoffeeColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemes/TaylorColourScheme.java b/src/jalview/schemes/TaylorColourScheme.java

index 2274c22..80cb1fe 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/TaylorColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/TaylorColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemes/TurnColourScheme.java b/src/jalview/schemes/TurnColourScheme.java

index c3b436a..1cc297a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/TurnColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/TurnColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemes/UserColourScheme.java b/src/jalview/schemes/UserColourScheme.java

index eb9f7b1..08b7abf 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/UserColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/UserColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemes/ZappoColourScheme.java b/src/jalview/schemes/ZappoColourScheme.java

index 6760a90..d2cdde9 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ZappoColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/ZappoColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/structure/AlignmentViewPanelListener.java b/src/jalview/structure/AlignmentViewPanelListener.java

index ceb8b73..2dcc4d0 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/AlignmentViewPanelListener.java
+++ b/src/jalview/structure/AlignmentViewPanelListener.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/structure/SecondaryStructureListener.java b/src/jalview/structure/SecondaryStructureListener.java

index ad38657..c01e0dd 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/SecondaryStructureListener.java
+++ b/src/jalview/structure/SecondaryStructureListener.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/structure/SelectionListener.java b/src/jalview/structure/SelectionListener.java

index e754035..7c5f450 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/SelectionListener.java
+++ b/src/jalview/structure/SelectionListener.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/structure/SelectionSource.java b/src/jalview/structure/SelectionSource.java

index 43c5408..1e28bd4 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/SelectionSource.java
+++ b/src/jalview/structure/SelectionSource.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/structure/SequenceListener.java b/src/jalview/structure/SequenceListener.java

index 1a78f08..bf53258 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/SequenceListener.java
+++ b/src/jalview/structure/SequenceListener.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/structure/StructureListener.java b/src/jalview/structure/StructureListener.java

index bf3ca2d..eef46a7 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/StructureListener.java
+++ b/src/jalview/structure/StructureListener.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/structure/StructureMapping.java b/src/jalview/structure/StructureMapping.java

index c66b740..d28446f 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/StructureMapping.java
+++ b/src/jalview/structure/StructureMapping.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/structure/StructureMappingcommandSet.java b/src/jalview/structure/StructureMappingcommandSet.java

index e3256f6..a0eaf7b 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/StructureMappingcommandSet.java
+++ b/src/jalview/structure/StructureMappingcommandSet.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/structure/StructureSelectionManager.java b/src/jalview/structure/StructureSelectionManager.java

index bbee3b7..bf14000 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/StructureSelectionManager.java
+++ b/src/jalview/structure/StructureSelectionManager.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/structure/VamsasListener.java b/src/jalview/structure/VamsasListener.java

index f5fc84d..145d2d5 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/VamsasListener.java
+++ b/src/jalview/structure/VamsasListener.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/structure/VamsasSource.java b/src/jalview/structure/VamsasSource.java

index 01be511..cab0c23 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/VamsasSource.java
+++ b/src/jalview/structure/VamsasSource.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/util/AWTConsole.java b/src/jalview/util/AWTConsole.java

index cfcf396..3ac2927 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/AWTConsole.java
+++ b/src/jalview/util/AWTConsole.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/util/BrowserLauncher.java b/src/jalview/util/BrowserLauncher.java

index 634ffc7..cf898b7 100755 (executable)
--- a/src/jalview/util/BrowserLauncher.java
+++ b/src/jalview/util/BrowserLauncher.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/util/ColorUtils.java b/src/jalview/util/ColorUtils.java

index 13adc7e..1ab6361 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/ColorUtils.java
+++ b/src/jalview/util/ColorUtils.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/util/Comparison.java b/src/jalview/util/Comparison.java

index bd8abbd..4f2c0a7 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/Comparison.java
+++ b/src/jalview/util/Comparison.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/util/DBRefUtils.java b/src/jalview/util/DBRefUtils.java

index 96cd8db..884af30 100755 (executable)
--- a/src/jalview/util/DBRefUtils.java
+++ b/src/jalview/util/DBRefUtils.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/util/Format.java b/src/jalview/util/Format.java

index ddc4ceb..5bab738 100755 (executable)
--- a/src/jalview/util/Format.java
+++ b/src/jalview/util/Format.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/util/GroupUrlLink.java b/src/jalview/util/GroupUrlLink.java

index 7224681..4642ad8 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/GroupUrlLink.java
+++ b/src/jalview/util/GroupUrlLink.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/util/ImageMaker.java b/src/jalview/util/ImageMaker.java

index 4d11276..7c429f3 100755 (executable)
--- a/src/jalview/util/ImageMaker.java
+++ b/src/jalview/util/ImageMaker.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/util/MapList.java b/src/jalview/util/MapList.java

index d712721..c7a32f7 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/MapList.java
+++ b/src/jalview/util/MapList.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/util/ParseHtmlBodyAndLinks.java b/src/jalview/util/ParseHtmlBodyAndLinks.java

index b0b8ef8..102bead 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/ParseHtmlBodyAndLinks.java
+++ b/src/jalview/util/ParseHtmlBodyAndLinks.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/util/Platform.java b/src/jalview/util/Platform.java

index 8287ca3..8c406a9 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/Platform.java
+++ b/src/jalview/util/Platform.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/util/QuickSort.java b/src/jalview/util/QuickSort.java

index 20f1ac7..1d9d8ec 100755 (executable)
--- a/src/jalview/util/QuickSort.java
+++ b/src/jalview/util/QuickSort.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/util/ShiftList.java b/src/jalview/util/ShiftList.java

index 54a5218..3c0683a 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/ShiftList.java
+++ b/src/jalview/util/ShiftList.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/util/TableSorter.java b/src/jalview/util/TableSorter.java

index dcb5330..3352cbb 100755 (executable)
--- a/src/jalview/util/TableSorter.java
+++ b/src/jalview/util/TableSorter.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/util/UrlLink.java b/src/jalview/util/UrlLink.java

index 80a4380..2936ac3 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/UrlLink.java
+++ b/src/jalview/util/UrlLink.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/util/jarInputStreamProvider.java b/src/jalview/util/jarInputStreamProvider.java

index 8829118..76e612f 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/jarInputStreamProvider.java
+++ b/src/jalview/util/jarInputStreamProvider.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/viewmodel/AlignmentViewport.java b/src/jalview/viewmodel/AlignmentViewport.java

index 44ecf76..e25818e 100644 (file)
--- a/src/jalview/viewmodel/AlignmentViewport.java
+++ b/src/jalview/viewmodel/AlignmentViewport.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/viewmodel/PCAModel.java b/src/jalview/viewmodel/PCAModel.java

index 00cc94b..a9c8787 100644 (file)
--- a/src/jalview/viewmodel/PCAModel.java
+++ b/src/jalview/viewmodel/PCAModel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/workers/AlignCalcManager.java b/src/jalview/workers/AlignCalcManager.java

index a9af5e7..6a2d6ee 100644 (file)
--- a/src/jalview/workers/AlignCalcManager.java
+++ b/src/jalview/workers/AlignCalcManager.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/workers/AlignCalcWorker.java b/src/jalview/workers/AlignCalcWorker.java

index 7497e7a..18bff53 100644 (file)
--- a/src/jalview/workers/AlignCalcWorker.java
+++ b/src/jalview/workers/AlignCalcWorker.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/workers/ConsensusThread.java b/src/jalview/workers/ConsensusThread.java

index 97d1236..735b97f 100644 (file)
--- a/src/jalview/workers/ConsensusThread.java
+++ b/src/jalview/workers/ConsensusThread.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/workers/ConservationThread.java b/src/jalview/workers/ConservationThread.java

index a8bc268..cae430f 100644 (file)
--- a/src/jalview/workers/ConservationThread.java
+++ b/src/jalview/workers/ConservationThread.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/workers/StrucConsensusThread.java b/src/jalview/workers/StrucConsensusThread.java

index 9a8f2d8..1fc6d01 100644 (file)
--- a/src/jalview/workers/StrucConsensusThread.java
+++ b/src/jalview/workers/StrucConsensusThread.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/AWSThread.java b/src/jalview/ws/AWSThread.java

index 8a31587..37d064d 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/AWSThread.java
+++ b/src/jalview/ws/AWSThread.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/AWsJob.java b/src/jalview/ws/AWsJob.java

index 71c021c..91f9644 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/AWsJob.java
+++ b/src/jalview/ws/AWsJob.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/DBRefFetcher.java b/src/jalview/ws/DBRefFetcher.java

index 84eba02..7b06a71 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/DBRefFetcher.java
+++ b/src/jalview/ws/DBRefFetcher.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/DasSequenceFeatureFetcher.java b/src/jalview/ws/DasSequenceFeatureFetcher.java

index 2d8617a..08070db 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/DasSequenceFeatureFetcher.java
+++ b/src/jalview/ws/DasSequenceFeatureFetcher.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/EnfinEnvision2OneWay.java b/src/jalview/ws/EnfinEnvision2OneWay.java

index 792f150..edc7fb7 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/EnfinEnvision2OneWay.java
+++ b/src/jalview/ws/EnfinEnvision2OneWay.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/JobStateSummary.java b/src/jalview/ws/JobStateSummary.java

index 35fb0fc..dd68f93 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/JobStateSummary.java
+++ b/src/jalview/ws/JobStateSummary.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/SequenceFetcher.java b/src/jalview/ws/SequenceFetcher.java

index ce3e952..ecaa57a 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/SequenceFetcher.java
+++ b/src/jalview/ws/SequenceFetcher.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/WSClient.java b/src/jalview/ws/WSClient.java

index cfa81b8..c41a2f7 100755 (executable)
--- a/src/jalview/ws/WSClient.java
+++ b/src/jalview/ws/WSClient.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/WSClientI.java b/src/jalview/ws/WSClientI.java

index 2c5d4a2..e2aa3c7 100755 (executable)
--- a/src/jalview/ws/WSClientI.java
+++ b/src/jalview/ws/WSClientI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/WSMenuEntryProviderI.java b/src/jalview/ws/WSMenuEntryProviderI.java

index 2194144..0cfb238 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/WSMenuEntryProviderI.java
+++ b/src/jalview/ws/WSMenuEntryProviderI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/EbiFileRetrievedProxy.java b/src/jalview/ws/dbsources/EbiFileRetrievedProxy.java

index bc29a2d..9e1a848 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/EbiFileRetrievedProxy.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/EbiFileRetrievedProxy.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/EmblCdsSouce.java b/src/jalview/ws/dbsources/EmblCdsSouce.java

index 02e7f29..a317fa4 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/EmblCdsSouce.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/EmblCdsSouce.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/EmblSource.java b/src/jalview/ws/dbsources/EmblSource.java

index 44427a5..5e54f1b 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/EmblSource.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/EmblSource.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/EmblXmlSource.java b/src/jalview/ws/dbsources/EmblXmlSource.java

index fe67b21..89d9f05 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/EmblXmlSource.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/EmblXmlSource.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/GeneDbSource.java b/src/jalview/ws/dbsources/GeneDbSource.java

index c8598db..77ff992 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/GeneDbSource.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/GeneDbSource.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/Pdb.java b/src/jalview/ws/dbsources/Pdb.java

index 3dff679..af8676f 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/Pdb.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/Pdb.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/Pfam.java b/src/jalview/ws/dbsources/Pfam.java

index 579a6fe..3f0ec11 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/Pfam.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/Pfam.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/PfamFull.java b/src/jalview/ws/dbsources/PfamFull.java

index e9c525e..162f1fa 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/PfamFull.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/PfamFull.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/PfamSeed.java b/src/jalview/ws/dbsources/PfamSeed.java

index ab19f57..71667ed 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/PfamSeed.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/PfamSeed.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/Rfam.java b/src/jalview/ws/dbsources/Rfam.java

index 76f8b10..f5d77ab 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/Rfam.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/Rfam.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/RfamFull.java b/src/jalview/ws/dbsources/RfamFull.java

index d61d0f3..1eb3215 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/RfamFull.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/RfamFull.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/RfamSeed.java b/src/jalview/ws/dbsources/RfamSeed.java

index 2d69480..47ba60d 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/RfamSeed.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/RfamSeed.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/Uniprot.java b/src/jalview/ws/dbsources/Uniprot.java

index 2abb605..1deb272 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/Uniprot.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/Uniprot.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/UnprotName.java b/src/jalview/ws/dbsources/UnprotName.java

index 23e0e7a..c45357c 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/UnprotName.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/UnprotName.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/Xfam.java b/src/jalview/ws/dbsources/Xfam.java

index a8ea3a8..756ca1b 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/Xfam.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/Xfam.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/das/api/DasSourceRegistryI.java b/src/jalview/ws/dbsources/das/api/DasSourceRegistryI.java

index 5e8f6a8..7bd5bca 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/das/api/DasSourceRegistryI.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/das/api/DasSourceRegistryI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/das/api/jalviewSourceI.java b/src/jalview/ws/dbsources/das/api/jalviewSourceI.java

index 0f4a920..d23a128 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/das/api/jalviewSourceI.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/das/api/jalviewSourceI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/DasSequenceSource.java b/src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/DasSequenceSource.java

index c677fdc..980dc81 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/DasSequenceSource.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/DasSequenceSource.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/DasSourceRegistry.java b/src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/DasSourceRegistry.java

index 52e8db5..04a1b60 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/DasSourceRegistry.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/DasSourceRegistry.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/JalviewSource.java b/src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/JalviewSource.java

index daaf0ba..b48616b 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/JalviewSource.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/JalviewSource.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/ebi/EBIFetchClient.java b/src/jalview/ws/ebi/EBIFetchClient.java

index 623a586..074b76c 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/ebi/EBIFetchClient.java
+++ b/src/jalview/ws/ebi/EBIFetchClient.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/io/mime/HttpContentHandler.java b/src/jalview/ws/io/mime/HttpContentHandler.java

index 7ceeaa9..72c858a 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/io/mime/HttpContentHandler.java
+++ b/src/jalview/ws/io/mime/HttpContentHandler.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/io/mime/JalviewMimeContentHandler.java b/src/jalview/ws/io/mime/JalviewMimeContentHandler.java

index 44a1c96..1b5965c 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/io/mime/JalviewMimeContentHandler.java
+++ b/src/jalview/ws/io/mime/JalviewMimeContentHandler.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/io/mime/MimeTypes.java b/src/jalview/ws/io/mime/MimeTypes.java

index f2d8ad5..6c12b02 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/io/mime/MimeTypes.java
+++ b/src/jalview/ws/io/mime/MimeTypes.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws1/Discoverer.java b/src/jalview/ws/jws1/Discoverer.java

index 900d2e7..48ee9af 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/Discoverer.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/Discoverer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws1/JPredClient.java b/src/jalview/ws/jws1/JPredClient.java

index dccaf4a..4358fac 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/JPredClient.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/JPredClient.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws1/JPredThread.java b/src/jalview/ws/jws1/JPredThread.java

index 7fbe911..509e020 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/JPredThread.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/JPredThread.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws1/JWS1Thread.java b/src/jalview/ws/jws1/JWS1Thread.java

index 3797b53..4be4f83 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/JWS1Thread.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/JWS1Thread.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws1/MsaWSClient.java b/src/jalview/ws/jws1/MsaWSClient.java

index c6c6c8c..270b95c 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/MsaWSClient.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/MsaWSClient.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws1/MsaWSThread.java b/src/jalview/ws/jws1/MsaWSThread.java

index a919d2d..168a808 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/MsaWSThread.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/MsaWSThread.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws1/SeqSearchWSClient.java b/src/jalview/ws/jws1/SeqSearchWSClient.java

index 171c988..7d3976d 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/SeqSearchWSClient.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/SeqSearchWSClient.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws1/SeqSearchWSThread.java b/src/jalview/ws/jws1/SeqSearchWSThread.java

index 2021798..108a586 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/SeqSearchWSThread.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/SeqSearchWSThread.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws1/WS1Client.java b/src/jalview/ws/jws1/WS1Client.java

index ba03699..11e299a 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/WS1Client.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/WS1Client.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws1/WSJob.java b/src/jalview/ws/jws1/WSJob.java

index ecc0dbc..e25f0a7 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/WSJob.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/WSJob.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/AAConClient.java b/src/jalview/ws/jws2/AAConClient.java

index ee64c1f..aba9222 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/AAConClient.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/AAConClient.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/AADisorderClient.java b/src/jalview/ws/jws2/AADisorderClient.java

index e158da7..e5a39a7 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/AADisorderClient.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/AADisorderClient.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/AWS2Thread.java b/src/jalview/ws/jws2/AWS2Thread.java

index f1f6bfe..a98da76 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/AWS2Thread.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/AWS2Thread.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/JWs2Job.java b/src/jalview/ws/jws2/JWs2Job.java

index e33ccaa..23e131b 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/JWs2Job.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/JWs2Job.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/JabaParamStore.java b/src/jalview/ws/jws2/JabaParamStore.java

index ed51f9a..7ce1115 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/JabaParamStore.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/JabaParamStore.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/JabaPreset.java b/src/jalview/ws/jws2/JabaPreset.java

index fd9bbb4..5df106d 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/JabaPreset.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/JabaPreset.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/JabaWsServerQuery.java b/src/jalview/ws/jws2/JabaWsServerQuery.java

index a82d1b6..7248d7c 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/JabaWsServerQuery.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/JabaWsServerQuery.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/JabawsAlignCalcWorker.java b/src/jalview/ws/jws2/JabawsAlignCalcWorker.java

index 0494d1f..6bfeddf 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/JabawsAlignCalcWorker.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/JabawsAlignCalcWorker.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/Jws2Client.java b/src/jalview/ws/jws2/Jws2Client.java

index 0a3db0d..fa43e7c 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/Jws2Client.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/Jws2Client.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/Jws2Discoverer.java b/src/jalview/ws/jws2/Jws2Discoverer.java

index 0782d57..66179a0 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/Jws2Discoverer.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/Jws2Discoverer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/MsaWSClient.java b/src/jalview/ws/jws2/MsaWSClient.java

index 278501f..7bc0ece 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/MsaWSClient.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/MsaWSClient.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/MsaWSThread.java b/src/jalview/ws/jws2/MsaWSThread.java

index 08accba..e5c3752 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/MsaWSThread.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/MsaWSThread.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/ParameterUtils.java b/src/jalview/ws/jws2/ParameterUtils.java

index 1ecb3fb..be90458 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/ParameterUtils.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/ParameterUtils.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/SequenceAnnotationWSClient.java b/src/jalview/ws/jws2/SequenceAnnotationWSClient.java

index a590470..fb5f823 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/SequenceAnnotationWSClient.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/SequenceAnnotationWSClient.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/dm/AAConSettings.java b/src/jalview/ws/jws2/dm/AAConSettings.java

index 49c8aa9..eff2128 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/dm/AAConSettings.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/dm/AAConSettings.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaOption.java b/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaOption.java

index a227f4f..f6202e1 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaOption.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaOption.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaParameter.java b/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaParameter.java

index 2d6dda5..02cc167 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaParameter.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaParameter.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaValueConstrain.java b/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaValueConstrain.java

index 2367a85..dd07c9d 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaValueConstrain.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaValueConstrain.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaWsParamSet.java b/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaWsParamSet.java

index 118e932..5cd93e6 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaWsParamSet.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaWsParamSet.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2Instance.java b/src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2Instance.java

index 0ac1df4..f21c29d 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2Instance.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2Instance.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/params/ArgumentI.java b/src/jalview/ws/params/ArgumentI.java

index 05c8ce4..7d13d8b 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/ArgumentI.java
+++ b/src/jalview/ws/params/ArgumentI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/params/AutoCalcSetting.java b/src/jalview/ws/params/AutoCalcSetting.java

index 84a79b7..1a28326 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/AutoCalcSetting.java
+++ b/src/jalview/ws/params/AutoCalcSetting.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/params/InvalidArgumentException.java b/src/jalview/ws/params/InvalidArgumentException.java

index 8da77e0..ac5e135 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/InvalidArgumentException.java
+++ b/src/jalview/ws/params/InvalidArgumentException.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/params/OptionI.java b/src/jalview/ws/params/OptionI.java

index 12b5af8..2aca4b9 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/OptionI.java
+++ b/src/jalview/ws/params/OptionI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/params/ParamDatastoreI.java b/src/jalview/ws/params/ParamDatastoreI.java

index 247bfe2..3074ad4 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/ParamDatastoreI.java
+++ b/src/jalview/ws/params/ParamDatastoreI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/params/ParamManager.java b/src/jalview/ws/params/ParamManager.java

index d37dd88..e067228 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/ParamManager.java
+++ b/src/jalview/ws/params/ParamManager.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/params/ParameterI.java b/src/jalview/ws/params/ParameterI.java

index d3d3c35..678047c 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/ParameterI.java
+++ b/src/jalview/ws/params/ParameterI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/params/ValueConstrainI.java b/src/jalview/ws/params/ValueConstrainI.java

index 5c8b139..ed4080b 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/ValueConstrainI.java
+++ b/src/jalview/ws/params/ValueConstrainI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/params/WsParamSetI.java b/src/jalview/ws/params/WsParamSetI.java

index efccbd4..c1be913 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/WsParamSetI.java
+++ b/src/jalview/ws/params/WsParamSetI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/params/simple/BooleanOption.java b/src/jalview/ws/params/simple/BooleanOption.java

index cbb1233..d4076ff 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/simple/BooleanOption.java
+++ b/src/jalview/ws/params/simple/BooleanOption.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/params/simple/IntegerParameter.java b/src/jalview/ws/params/simple/IntegerParameter.java

index 3464ced..94a054b 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/simple/IntegerParameter.java
+++ b/src/jalview/ws/params/simple/IntegerParameter.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/params/simple/Option.java b/src/jalview/ws/params/simple/Option.java

index aebf384..0ce9f09 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/simple/Option.java
+++ b/src/jalview/ws/params/simple/Option.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/params/simple/Parameter.java b/src/jalview/ws/params/simple/Parameter.java

index 9d7c74f..40bf6fa 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/simple/Parameter.java
+++ b/src/jalview/ws/params/simple/Parameter.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/params/simple/StringChoiceParameter.java b/src/jalview/ws/params/simple/StringChoiceParameter.java

index 4396403..3f3a3cf 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/simple/StringChoiceParameter.java
+++ b/src/jalview/ws/params/simple/StringChoiceParameter.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/rest/AlignmentProcessor.java b/src/jalview/ws/rest/AlignmentProcessor.java

index eabbd2f..df7573b 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/AlignmentProcessor.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/AlignmentProcessor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/rest/HttpResultSet.java b/src/jalview/ws/rest/HttpResultSet.java

index ed77736..3654620 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/HttpResultSet.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/HttpResultSet.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/rest/InputType.java b/src/jalview/ws/rest/InputType.java

index 2047632..a0ef868 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/InputType.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/InputType.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/rest/NoValidInputDataException.java b/src/jalview/ws/rest/NoValidInputDataException.java

index 1e0fd0c..a332c40 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/NoValidInputDataException.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/NoValidInputDataException.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/rest/RestClient.java b/src/jalview/ws/rest/RestClient.java

index 046871e..ceb2809 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/RestClient.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/RestClient.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/rest/RestJob.java b/src/jalview/ws/rest/RestJob.java

index 7bd9f49..d41cfc0 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/RestJob.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/RestJob.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/rest/RestJobThread.java b/src/jalview/ws/rest/RestJobThread.java

index 5000fdc..2aa071d 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/RestJobThread.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/RestJobThread.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/rest/RestServiceDescription.java b/src/jalview/ws/rest/RestServiceDescription.java

index aae2255..02c0bbf 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/RestServiceDescription.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/RestServiceDescription.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/rest/params/Alignment.java b/src/jalview/ws/rest/params/Alignment.java

index f78788b..d6af1c4 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/params/Alignment.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/params/Alignment.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/rest/params/AnnotationFile.java b/src/jalview/ws/rest/params/AnnotationFile.java

index ed9383e..9aeeb9a 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/params/AnnotationFile.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/params/AnnotationFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/rest/params/JobConstant.java b/src/jalview/ws/rest/params/JobConstant.java

index b975fe4..968011c 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/params/JobConstant.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/params/JobConstant.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/rest/params/SeqGroupIndexVector.java b/src/jalview/ws/rest/params/SeqGroupIndexVector.java

index 124c789..87a1d9a 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/params/SeqGroupIndexVector.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/params/SeqGroupIndexVector.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/rest/params/SeqIdVector.java b/src/jalview/ws/rest/params/SeqIdVector.java

index b3bffa2..05acb23 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/params/SeqIdVector.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/params/SeqIdVector.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/rest/params/SeqVector.java b/src/jalview/ws/rest/params/SeqVector.java

index 6e1563a..8dd5dfd 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/params/SeqVector.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/params/SeqVector.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/rest/params/Tree.java b/src/jalview/ws/rest/params/Tree.java

index 3487cb4..db4ce8b 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/params/Tree.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/params/Tree.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/seqfetcher/ASequenceFetcher.java b/src/jalview/ws/seqfetcher/ASequenceFetcher.java

index cf60b63..8b63184 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/seqfetcher/ASequenceFetcher.java
+++ b/src/jalview/ws/seqfetcher/ASequenceFetcher.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxy.java b/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxy.java

index af72f16..3a50fb5 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxy.java
+++ b/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxy.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxyImpl.java b/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxyImpl.java

index da7e09a..bdd21fd 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxyImpl.java
+++ b/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxyImpl.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference.java b/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference.java

index ca6d66d..2469db5 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference_Helper.java b/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference_Helper.java

index 7ea0783..65a1092 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference_Helper.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry.java b/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry.java

index 5bfa02c..8a82575 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry_Helper.java b/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry_Helper.java

index 59e1012..54da470 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry_Helper.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/Data.java b/src/uk/ac/ebi/www/Data.java

index ad6b546..29206cc 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/Data.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/Data.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/InputParams.java b/src/uk/ac/ebi/www/InputParams.java

index bbaf521..a6a57f5 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/InputParams.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/InputParams.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/WSFile.java b/src/uk/ac/ebi/www/WSFile.java

index e22c43f..1cb0841 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/WSFile.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/WSFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlast.java b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlast.java

index 32a6073..9b891a8 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlast.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlast.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastService.java b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastService.java

index ee7f068..5bb0475 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastService.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastService.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastServiceLocator.java b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastServiceLocator.java

index dd53a7e..5e5ba13 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastServiceLocator.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastServiceLocator.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastSoapBindingStub.java b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastSoapBindingStub.java

index 69005fb..5059842 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastSoapBindingStub.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastSoapBindingStub.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperBindingStub.java b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperBindingStub.java

index d3e19d5..235508b 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperBindingStub.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperBindingStub.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperInterface.java b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperInterface.java

index 9b9ddff..b199ee8 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperInterface.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperInterface.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperService.java b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperService.java

index 7386401..02ea047 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperService.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperService.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperServiceLocator.java b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperServiceLocator.java

index dda7ade..1336c78 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperServiceLocator.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperServiceLocator.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/vamsas/IMsaWS.java b/src/vamsas/IMsaWS.java

index 7438a34..9c05ef5 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/IMsaWS.java
+++ b/src/vamsas/IMsaWS.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Alignment.java b/src/vamsas/objects/simple/Alignment.java

index b875b56..e03b768 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Alignment.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Alignment.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Alignment_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/Alignment_Helper.java

index b3e820d..0c9e127 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Alignment_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Alignment_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/JpredResult.java b/src/vamsas/objects/simple/JpredResult.java

index 12e05da..a6f3877 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/JpredResult.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/JpredResult.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/JpredResult_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/JpredResult_Helper.java

index 1244535..b2baf3f 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/JpredResult_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/JpredResult_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/MsaResult.java b/src/vamsas/objects/simple/MsaResult.java

index be3214a..939c4c4 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/MsaResult.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/MsaResult.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/MsaResult_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/MsaResult_Helper.java

index fb9fd2c..c9f5ea1 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/MsaResult_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/MsaResult_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment.java b/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment.java

index ba18a9a..5aaf0db 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment_Helper.java

index 66ed53b..c50c5be 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Object.java b/src/vamsas/objects/simple/Object.java

index 77eceb0..5e491d6 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Object.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Object.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Object_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/Object_Helper.java

index 2755f3f..a45718b 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Object_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Object_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Result.java b/src/vamsas/objects/simple/Result.java

index 60ede6f..d0ac976 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Result.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Result.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Result_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/Result_Helper.java

index 4c2d744..d2d4960 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Result_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Result_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred.java b/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred.java

index ea335df..1a14efb 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred_Helper.java

index a085900..b7f059b 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult.java b/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult.java

index 6673fff..058830d 100644 (file)
--- a/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult_Helper.java

index 8328383..7076c33 100644 (file)
--- a/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Sequence.java b/src/vamsas/objects/simple/Sequence.java

index 04122cd..2f6d742 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Sequence.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Sequence.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet.java b/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet.java

index e8865da..9aaca58 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet_Helper.java

index 1c820e4..181be98 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Sequence_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/Sequence_Helper.java

index 43c444c..9f56351 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Sequence_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Sequence_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/WsJobId.java b/src/vamsas/objects/simple/WsJobId.java

index 14f34ba..476df91 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/WsJobId.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/WsJobId.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/WsJobId_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/WsJobId_Helper.java

index 2521c4b..5d9f216 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/WsJobId_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/WsJobId_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/test/jalview/analysis/DnaTranslation.java b/test/jalview/analysis/DnaTranslation.java

index a26495c..da2fac4 100644 (file)
--- a/test/jalview/analysis/DnaTranslation.java
+++ b/test/jalview/analysis/DnaTranslation.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/InstallAnywhere/jalview_buildinstaller.xml b/utils/InstallAnywhere/jalview_buildinstaller.xml

index 1873087..ee21e74 100644 (file)
--- a/utils/InstallAnywhere/jalview_buildinstaller.xml
+++ b/utils/InstallAnywhere/jalview_buildinstaller.xml
@@ -1,6 +1,6 @@
  <?xml version="1.0"?>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/eclipse/JalviewCodeStyle.xml b/utils/eclipse/JalviewCodeStyle.xml

index c778599..a73f116 100644 (file)
--- a/utils/eclipse/JalviewCodeStyle.xml
+++ b/utils/eclipse/JalviewCodeStyle.xml
@@ -1,6 +1,6 @@
  <?xml version="1.0" encoding="UTF-8" standalone="no"?>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/getJavaVersion.java b/utils/getJavaVersion.java

index 6bec144..f3b12d4 100644 (file)
--- a/utils/getJavaVersion.java
+++ b/utils/getJavaVersion.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/gff2annot.pl b/utils/gff2annot.pl

index 73d5579..6d90f70 100755 (executable)
--- a/utils/gff2annot.pl
+++ b/utils/gff2annot.pl
@@ -1,6 +1,6 @@
  #!/usr/bin/perl
  ##
-# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
  # Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
  # 
  # This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/help2Website.java b/utils/help2Website.java

index 875d5b9..e2e79ac 100755 (executable)
--- a/utils/help2Website.java
+++ b/utils/help2Website.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/acknowledge.html b/utils/jalopy/docs/acknowledge.html

index 6fc8a5d..71ff9e4 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/acknowledge.html
+++ b/utils/jalopy/docs/acknowledge.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/bi01.html b/utils/jalopy/docs/bi01.html

index eca896a..24a6ec4 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/bi01.html
+++ b/utils/jalopy/docs/bi01.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/build.html b/utils/jalopy/docs/build.html

index d5418b4..b4bc167 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/build.html
+++ b/utils/jalopy/docs/build.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/comments.html b/utils/jalopy/docs/comments.html

index 8554aa8..5eceab4 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/comments.html
+++ b/utils/jalopy/docs/comments.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/contact.html b/utils/jalopy/docs/contact.html

index c2fa66f..38afa69 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/contact.html
+++ b/utils/jalopy/docs/contact.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/contributors.html b/utils/jalopy/docs/contributors.html

index f0a376a..75d4324 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/contributors.html
+++ b/utils/jalopy/docs/contributors.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/dedication.html b/utils/jalopy/docs/dedication.html

index 8d1440f..662188e 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/dedication.html
+++ b/utils/jalopy/docs/dedication.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/dependencies.html b/utils/jalopy/docs/dependencies.html

index 826efb0..9a95c1d 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/dependencies.html
+++ b/utils/jalopy/docs/dependencies.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/docs.html b/utils/jalopy/docs/docs.html

index 6399e53..c5c3cb9 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/docs.html
+++ b/utils/jalopy/docs/docs.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/download.html b/utils/jalopy/docs/download.html

index e19df02..168dd00 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/download.html
+++ b/utils/jalopy/docs/download.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/environment.html b/utils/jalopy/docs/environment.html

index f9241b8..d7377f8 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/environment.html
+++ b/utils/jalopy/docs/environment.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/faq.html b/utils/jalopy/docs/faq.html

index b6d6a5b..c0bb742 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/faq.html
+++ b/utils/jalopy/docs/faq.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/features.html b/utils/jalopy/docs/features.html

index 11abe49..b8d3aa5 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/features.html
+++ b/utils/jalopy/docs/features.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/footer.html b/utils/jalopy/docs/footer.html

index dc35661..f2de4ce 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/footer.html
+++ b/utils/jalopy/docs/footer.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/header.html b/utils/jalopy/docs/header.html

index 8f8bea0..6e39c0c 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/header.html
+++ b/utils/jalopy/docs/header.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/history.html b/utils/jalopy/docs/history.html

index e8a9ba9..8537730 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/history.html
+++ b/utils/jalopy/docs/history.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/imports.html b/utils/jalopy/docs/imports.html

index bdfbd92..85ed7f0 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/imports.html
+++ b/utils/jalopy/docs/imports.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/indentation.html b/utils/jalopy/docs/indentation.html

index 422722c..b2de732 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/indentation.html
+++ b/utils/jalopy/docs/indentation.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/index.html b/utils/jalopy/docs/index.html

index 01d892d..a8f9b1c 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/index.html
+++ b/utils/jalopy/docs/index.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/inspector-naming.html b/utils/jalopy/docs/inspector-naming.html

index 932d675..98fd625 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/inspector-naming.html
+++ b/utils/jalopy/docs/inspector-naming.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/inspector.html b/utils/jalopy/docs/inspector.html

index 5d12e1d..75d5bf3 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/inspector.html
+++ b/utils/jalopy/docs/inspector.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/installation.html b/utils/jalopy/docs/installation.html

index 946de99..f95ea66 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/installation.html
+++ b/utils/jalopy/docs/installation.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/introduction.html b/utils/jalopy/docs/introduction.html

index 999231a..a9d1724 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/introduction.html
+++ b/utils/jalopy/docs/introduction.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/ix01.html b/utils/jalopy/docs/ix01.html

index 96bf741..1eb057d 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/ix01.html
+++ b/utils/jalopy/docs/ix01.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/javadoc.html b/utils/jalopy/docs/javadoc.html

index 7010dbb..9e4814b 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/javadoc.html
+++ b/utils/jalopy/docs/javadoc.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/license-antlr.html b/utils/jalopy/docs/license-antlr.html

index 6c8139f..5214ba5 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/license-antlr.html
+++ b/utils/jalopy/docs/license-antlr.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/license-apache.html b/utils/jalopy/docs/license-apache.html

index 8be355f..840e7fd 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/license-apache.html
+++ b/utils/jalopy/docs/license-apache.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/license-common-public.html b/utils/jalopy/docs/license-common-public.html

index bea5670..8ee409c 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/license-common-public.html
+++ b/utils/jalopy/docs/license-common-public.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/license-gnu-doc.html b/utils/jalopy/docs/license-gnu-doc.html

index fa40bf3..0d0b93d 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/license-gnu-doc.html
+++ b/utils/jalopy/docs/license-gnu-doc.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/license-gnu.html b/utils/jalopy/docs/license-gnu.html

index c1bdb10..3c7420c 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/license-gnu.html
+++ b/utils/jalopy/docs/license-gnu.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/license-sun-public.html b/utils/jalopy/docs/license-sun-public.html

index 656b918..5c7c644 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/license-sun-public.html
+++ b/utils/jalopy/docs/license-sun-public.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/links.html b/utils/jalopy/docs/links.html

index 533b326..fb8bddc 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/links.html
+++ b/utils/jalopy/docs/links.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/manual.html b/utils/jalopy/docs/manual.html

index 6849685..ab4e694 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/manual.html
+++ b/utils/jalopy/docs/manual.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/messages.html b/utils/jalopy/docs/messages.html

index 05e6657..b0b1b7a 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/messages.html
+++ b/utils/jalopy/docs/messages.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/misc.html b/utils/jalopy/docs/misc.html

index 2a1d4ff..e7c7431 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/misc.html
+++ b/utils/jalopy/docs/misc.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/part-core.html b/utils/jalopy/docs/part-core.html

index 40281a1..189a6b6 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/part-core.html
+++ b/utils/jalopy/docs/part-core.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/part-plugins.html b/utils/jalopy/docs/part-plugins.html

index 1ad987b..9453a47 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/part-plugins.html
+++ b/utils/jalopy/docs/part-plugins.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/plugin-ant-config.html b/utils/jalopy/docs/plugin-ant-config.html

index 113b61e..974a6c8 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/plugin-ant-config.html
+++ b/utils/jalopy/docs/plugin-ant-config.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/plugin-ant-license.html b/utils/jalopy/docs/plugin-ant-license.html

index 76ea7de..8ffc273 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/plugin-ant-license.html
+++ b/utils/jalopy/docs/plugin-ant-license.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/plugin-ant-usage.html b/utils/jalopy/docs/plugin-ant-usage.html

index 699b054..6b39254 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/plugin-ant-usage.html
+++ b/utils/jalopy/docs/plugin-ant-usage.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/plugin-ant.html b/utils/jalopy/docs/plugin-ant.html

index 70354ed..53b36fa 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/plugin-ant.html
+++ b/utils/jalopy/docs/plugin-ant.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/plugin-console-license.html b/utils/jalopy/docs/plugin-console-license.html

index e469866..757b901 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/plugin-console-license.html
+++ b/utils/jalopy/docs/plugin-console-license.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/plugin-console-usage.html b/utils/jalopy/docs/plugin-console-usage.html

index 20a8cea..f8c0722 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/plugin-console-usage.html
+++ b/utils/jalopy/docs/plugin-console-usage.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/plugin-console.html b/utils/jalopy/docs/plugin-console.html

index 697d410..f8275cb 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/plugin-console.html
+++ b/utils/jalopy/docs/plugin-console.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/plugin-eclipse-integration.html b/utils/jalopy/docs/plugin-eclipse-integration.html

index 964ad32..d7e3a18 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/plugin-eclipse-integration.html
+++ b/utils/jalopy/docs/plugin-eclipse-integration.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/plugin-eclipse-license.html b/utils/jalopy/docs/plugin-eclipse-license.html

index 473f1f1..8c5676e 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/plugin-eclipse-license.html
+++ b/utils/jalopy/docs/plugin-eclipse-license.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/plugin-eclipse.html b/utils/jalopy/docs/plugin-eclipse.html

index 26db561..8ef0d4e 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/plugin-eclipse.html
+++ b/utils/jalopy/docs/plugin-eclipse.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/plugin-jbuilder-integration.html b/utils/jalopy/docs/plugin-jbuilder-integration.html

index cf8dd8f..0fca529 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/plugin-jbuilder-integration.html
+++ b/utils/jalopy/docs/plugin-jbuilder-integration.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/plugin-jbuilder-license.html b/utils/jalopy/docs/plugin-jbuilder-license.html

index e1d8f10..24771fa 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/plugin-jbuilder-license.html
+++ b/utils/jalopy/docs/plugin-jbuilder-license.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/plugin-jbuilder.html b/utils/jalopy/docs/plugin-jbuilder.html

index 91847e8..ad854be 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/plugin-jbuilder.html
+++ b/utils/jalopy/docs/plugin-jbuilder.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/plugin-jdev-integration.html b/utils/jalopy/docs/plugin-jdev-integration.html

index 50a21f9..5708a8a 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/plugin-jdev-integration.html
+++ b/utils/jalopy/docs/plugin-jdev-integration.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/plugin-jdev-license.html b/utils/jalopy/docs/plugin-jdev-license.html

index 0d7b467..acaa975 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/plugin-jdev-license.html
+++ b/utils/jalopy/docs/plugin-jdev-license.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/plugin-jdev.html b/utils/jalopy/docs/plugin-jdev.html

index b111757..aece616 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/plugin-jdev.html
+++ b/utils/jalopy/docs/plugin-jdev.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/plugin-jedit-integration.html b/utils/jalopy/docs/plugin-jedit-integration.html

index b5083ae..91bb923 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/plugin-jedit-integration.html
+++ b/utils/jalopy/docs/plugin-jedit-integration.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/plugin-jedit-license.html b/utils/jalopy/docs/plugin-jedit-license.html

index 1ca9201..a376cdb 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/plugin-jedit-license.html
+++ b/utils/jalopy/docs/plugin-jedit-license.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/plugin-jedit.html b/utils/jalopy/docs/plugin-jedit.html

index 31e08be..ced3833 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/plugin-jedit.html
+++ b/utils/jalopy/docs/plugin-jedit.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/plugin-netbeans-integration.html b/utils/jalopy/docs/plugin-netbeans-integration.html

index 9dc4da0..983270d 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/plugin-netbeans-integration.html
+++ b/utils/jalopy/docs/plugin-netbeans-integration.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/plugin-netbeans-license.html b/utils/jalopy/docs/plugin-netbeans-license.html

index 4224ce7..c0a0c5a 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/plugin-netbeans-license.html
+++ b/utils/jalopy/docs/plugin-netbeans-license.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/plugin-netbeans.html b/utils/jalopy/docs/plugin-netbeans.html

index 41b8db2..e653198 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/plugin-netbeans.html
+++ b/utils/jalopy/docs/plugin-netbeans.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/plugins.html b/utils/jalopy/docs/plugins.html

index 5051318..7aae9b8 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/plugins.html
+++ b/utils/jalopy/docs/plugins.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/printer.html b/utils/jalopy/docs/printer.html

index e43d274..15f5c78 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/printer.html
+++ b/utils/jalopy/docs/printer.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/project.html b/utils/jalopy/docs/project.html

index d93e417..ee00723 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/project.html
+++ b/utils/jalopy/docs/project.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/separation.html b/utils/jalopy/docs/separation.html

index 3eb56f2..20f1a68 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/separation.html
+++ b/utils/jalopy/docs/separation.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/settings.html b/utils/jalopy/docs/settings.html

index 64d7e2d..797f5a8 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/settings.html
+++ b/utils/jalopy/docs/settings.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/site.css b/utils/jalopy/docs/site.css

index c5adfa8..9dffb8e 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/site.css
+++ b/utils/jalopy/docs/site.css
@@ -1,5 +1,5 @@
  #-------------------------------------------------------------------------------
-# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
  # Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
  # 
  # This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/sorting.html b/utils/jalopy/docs/sorting.html

index be41bda..50d93d1 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/sorting.html
+++ b/utils/jalopy/docs/sorting.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/usage.html b/utils/jalopy/docs/usage.html

index 32e8ebf..dfa82d3 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/usage.html
+++ b/utils/jalopy/docs/usage.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/whitespace.html b/utils/jalopy/docs/whitespace.html

index 2ceb9ee..81dfe99 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/whitespace.html
+++ b/utils/jalopy/docs/whitespace.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/docs/wrapping.html b/utils/jalopy/docs/wrapping.html

index 453d3c4..e5dccad 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/wrapping.html
+++ b/utils/jalopy/docs/wrapping.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jalopy/readme.html b/utils/jalopy/readme.html

index f8912d7..3182984 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/readme.html
+++ b/utils/jalopy/readme.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/jarunsigner.pl b/utils/jarunsigner.pl

index 36ecb87..f8a810b 100755 (executable)
--- a/utils/jarunsigner.pl
+++ b/utils/jarunsigner.pl
@@ -1,6 +1,6 @@
  #!/usr/bin/perl
  ##
-# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
  # Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
  # 
  # This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/patchGt.pl b/utils/patchGt.pl

index ff3e621..bc9d2da 100644 (file)
--- a/utils/patchGt.pl
+++ b/utils/patchGt.pl
@@ -1,6 +1,6 @@
  #!/bin/perl
  ##
-# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
  # Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
  # 
  # This file is part of Jalview.
diff --git a/utils/splitstockholm.pl b/utils/splitstockholm.pl

index 0b698c5..9654057 100644 (file)
--- a/utils/splitstockholm.pl
+++ b/utils/splitstockholm.pl
@@ -1,6 +1,6 @@
  #!/usr/bin/perl
  ##
-# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
  # Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
  # 
  # This file is part of Jalview.
author	Jim Procter <jprocter@dundee.ac.uk>
	Thu, 22 May 2014 14:06:39 +0000 (15:06 +0100)
committer	Jim Procter <jprocter@dundee.ac.uk>
	Thu, 22 May 2014 14:06:39 +0000 (15:06 +0100)