JAL-3725 helper methods for computing mapped feature range overlap

JAL-3725 exclude stop codon from CDS-to-protein mapping

JAL-3768 noticed failure of test when run as part of suite via gradle - whilst patching JAL-3700 JAL-3748 JAL-3763 for 2.11.1.3

JAL-3700 JAL-3748 JAL-3763 don’t add stop codon via alignAs if guide peptide doesn’t include C terminus.

update test for JAL-3763 redact shared DS sequences for contiguous CDS

JAL-3763 Javadoc, check for null, additional tests

JAL-3751 only merge strictly contiguous ranges of mappings

JAL-3763 test coverage for AlignedCodonFrame.markMappedRegion

JAL-3700 JAL-3763 create datasets for test sequences

JAL-3763 failsafe check for null

JAL-3763 refactored getCoveringMapping for virtual feature discovery

JAL-3763 always make a new dataset sequence for CDS sequence

JAL-3700 additions and corrections to unit tests
 (trivial) Conflicts:
test/jalview/util/MappingUtilsTest.java

JAL-3748 not testing for sequence’s containment in mapped range breaks CDS reconstruction but allows  testAlignProteinAsDna_incompleteStartCodon to pass

JAL-3748 fix compilation error

JAL-3748 maximal test for JAL-3748 using covid19 CDS/Protein

JAL-3748 more tests verifying reconstruction of AlignemntView for linked CDS/Protein alignment and selected region

JAL-3748 reusable assert to trace specific issues with recovering the correct Sequence/Mapping (highlights points of failure for AlignmentUtilsTests with patch

JAL-3748 allow AlignedCodonFrame.covers to optionally only require coverage for either originating or mapped sequence.

JAL-3748 test data for SplitFrameTest

JAL-3748 don’t trash start/end on SequenceI reconstructed from a SeqCigar via SeqsetUtils.SeqCharacterUnhash

JAL-3748 simple test for SeqCigar preservation of start/end and name for different ways of constructing SeqCigar and reconstructing alignment sequences

JAL-3748 additional asserts to verify start/end after reconstructing sequence from seqCigar

JAL-3748 preserve sequence IDs from original alignment view when alignment returned by web service or analysis method.

JAL-3748 recover complement alignment from complement alignmentView rather than let ‘alignAs’ to do the work

JAL-3748 make findAlignedSequence require mapped from/to to properly contain the given CDS or protein sequence

JAL-3748 pass a list to findAlignedSequence to return mapping that relates CDS and the returned Peptide sequence to avoid searching twice

JAL-3700 JAL-3748 use AlignedCodonFrame.covers(seq,true) to select the protein that matches a CDS sequence

JAL-3700 JAL-3748 AlignedCodonFrame.covers(seq,true) to verify mapping matches seq’s dataset sequence start/end rather than seq

Merge branch 'failingTest/JAL-3748_reconstructCDSafterProteinMSA' into cherry-pick/JAL-3700mapSequenceSelection

JAL-3700 fix for propagation of sort commands

JAL-3700 check for 'covering' mapping when matching CDS to peptides

JAL-3748 store an AlignmentView for the complement within an viewport’s AlignView so it can be recovered after a web service operation

JAL-3675 logged JAL-3748 as known defect

JAL-3765 JAL-3718 release notes

Merge branch 'patch/JAL-3718_fixed_getdown_patched_for_Release_2_11_1_Branch' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3718 Fixed getdown auto-update. This commit Getdown jars and version files.

JAL-3718 force re-initialise of getdown.txt file when new getdown.txt downloaded from appbase. getdown src files

JAL-3675 typo in release notes :(

JAL-3675 update release date and release notes for JAL-3732

JAL-3648 resize annotation panel after dragging to resize graph height

JAL-3675 update release date and release notes for JAL-3280

Merge branch 'improvement/JAL-3280_Migrate_the_VersionChecker_service_to_build_properties' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3675 whats new, logging and release notes tidying for 2.11.1.1.

JAL-3676 rework logging docs.

Merge branch 'bug/JAL-3718_Getdown_does_not_autoupdate_correctly' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3676 remove mention of Castor

JAL-3675 tweak release notes for JAL-3667, JAL-3702

JAL-3675 update sequence fetcher service documentation for JAL-3692 (ENA Flatfile) and refreshed links for other endpoints.

JAL-3280 Test for remote release build_properties file version check

JAL-3280 fixes after CR-JAL-241. Now only checking release build_properties.

JAL-3280 Pass appbase and appdir from getdown to jalvew. Check appbase (defaults to release appbase) for build_properties VERSION insteadl of jnlp file.

JAL-3680 merged description of individual cursor key actions

JAL-3732 - sequences can be moved up/down in cursor mode via alt-up/down arrow
JAL-3733 TODO - provide an undo for sequence/group up/down moves

JAL-3676 adding Axis and Castor loggging properties to the help text

JAL-3676 Documentation in Help for Java Console, Logging and Reporting Bugs

Merge branch 'releases/Release_2_11_1_Branch' into merge/JAL_1842+JAL-3509+releases_Release_2_11_1_Branch

report JAL-3127 as known defect (fix targeted for 2.11.2)

JAL-3671 hardwire log4j.root logger to INFO to supress jetty and httpclient log output

JAL-3675 2.11.1.1 java 8 compatible patch for JAL-3615 from feature/JAL-3615gzipXfam

JAL-3718 Added digestonly key to getdown.txt to copy file to alt or release when building, and to be included in the getdown digest.  This key is completely ignored by the getdown-launcher.  Looks in j8/j11digestonly.

JAL-3692 parse multiline CDS location correctly

JAL-3676 Start of documentation in help pages logging.html

JAL-3675 release notes for JAL-3691

Merge branch 'patch/JAL-3691_No_score_models_available' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3675 JAL-3561 documented in release notes

JAL-3675 report JAL-3702 as known defect

Merge branch 'patch/JAL-3561_JAL-3660_fileformatexport_CLI' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3712 fix typos for rebuilding/updating getdown jars and added mention of mvn_cmd in the getdown building help.

JAL-3490 JAL-3675 release notes, update Find dialog image in help and tidy up documentation for 2.11.1.1

Merge branch 'patch/Release_2_11_1_Branch_patch_JAL-3490' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3675 JAL-3597 release notes

Merge branch 'patch/JAL-3597_for_Release_2_11_1_Branch' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3676 More explicit tooltip about resetting log level on Console close. Also clarified code to set initial log level and re-set on close to previously set level.

JAL-3597 Increased heap passmark to <= 45MB and report smallest of failed attempts heap size

JAL-3597 slight tidying of code and Javadoc, passmark now heap <= 38MB

JAL-3597 additional references nulled, bug in test corrected

JAL-3675 brought forward patch to build.gradle for changed main class variable in build.properties

Merge branch 'releases/Release_2_11_1_Branch' of source.jalview.org/git/jalview into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3676 Removed BACKUPFILESPRESETENTRY logging for opening the file browser. Changed most BACKUPFILES logging from DEBUG to TRACE level. Minor wording changes.

JAL-3675 added JAL-3576 as known defect (colocated features appear in different order when exported/reimported)

JAL-3608 Changes from code review  CR-JAL-236

 Conflicts:
src/jalview/bin/Jalview.java

JAL-3675 fix issue attribution for JAL-3667 release note line

JAL-3675 update release notes for JAL-3673 and tested merge of additional patch for JAL-2983

JAL-3673 make sure font metrics are updated if dealing with reference sequence font !

Merge branch 'bug/JAL-2983negativeSliderMin' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3371 more fine-grained slider; set Param slider to initial default

JAL-3490 match count independent of contiguous matches count

JAL-3691 toUpperCase(Locale.ROOT) for all standard file format operations

Merge branch 'releases/Release_2_11_1_Branch' into patch/JAL-3691_No_score_models_available

JAL-3628 JAL-3708 call Cache.initLogger() before using Cache.log in static methods with no class-level guarantee logs are initialised

JAL-3691 Changed .toUppoerCase().startsWith(...) to .regionMatches(true,...) as upper-cased 'i' in Turkish is not 'I'.

JAL-3628 init log after loading testProps for each backupfile test

Merge branch 'patch/JAL-3692enaEndpointFlatfile' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3692 unit test updated for ?gzip download endpoint URL

JAL-3692 parse multiline feature qualifiers and escaped quotes

JAL-3675 release notes for JAL-3477, JAL-3667, JAL-3541, JAL-3685, JAL-3676, JAL-3677 and bumped release date for 2.11.1.1 to next Tuesday(ish)

Merge branch 'merge/JAL-3628+JAL-3608+JAL-3609+JAL-3541+Release_2_11_1_Branch' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3477 Improved command line arguments description in memory.html

JAL-3477 Added -help text for jvmmempc and jvmmemmax. Fixed typo and slight rewording in help/memory.html