JAL-3210 Moved local.properties override into ext, now picked up in Eclipse IDE

JAL-3210 merging in Jalview-JS/develop

JAL-3210 _jalview core published, added to jalviewjsTest.html

JAL-3210 working on dependencies for publishcoretemplate. tidying

JAL-3210 working on dependencies for publishcoretemplate. tidying

JAL-3210 PublishCoreTemplate task

JAL-3210 Add a local.properties ECLIPSE_IDE_DEVELOPER=true to prevent headless eclipse from running

JAL-3210 BuildAllCores dependencies carefully implemented so Eclipse does not call headless task

Revert "JAL-3210 work in progress on closures"

This reverts commit 581fcc0aab400bcdd52f5c0ec64f34a8fd5e786a.

Seems to have broken development in Eclipse IDE. Reverting.

Revert "JAL-3210 Added jalviewjsBuildAllClosures. Improved incrementality of jalviewjsSetEclipseWorkspace and jalviewjsProjectImport and hence jalviewjsTranspile :)"

This reverts commit 9fe5286cbcbbfdca0e9548e6ab1b6543871a8073.

Seems to have broken development in Eclipse IDE. Reverting.

Revert "JAL-3210 small tidies"

This reverts commit ed512fe4ab6c8a61bbf2e3b9d2b09ea9746af78d.

Seems to have broken development in Eclipse IDE.  Reverting.

JAL-3210 jmol, stevesoft and publish template tasks in progress

SwingJS update adds java.awt.Taskbar (untested)

JAL-3210 small tidies

JAL-3210 Added jalviewjsBuildAllClosures. Improved incrementality of jalviewjsSetEclipseWorkspace and jalviewjsProjectImport and hence jalviewjsTranspile :)

JAL-3210 work in progress on closures

JAL-3274 .build_properties now copied to j2s in jalviewjs site

Merge branch 'Jalview-JS/develop' into Jalview-JS/develop_with_gradle_build

new transpiler - important!

fixes null pointer exception report for bad package declaration in a
Java file.

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

Revert "JAL-3210 default eclipse .project .classpath and .settings/org.eclipse.jdt.core.prefs so Eclipse as IDE can import without gradle"

This reverts commit aaa5f22a4544c3e72b5d29ef2f319e55af8e14f7.

JAL-3210 JAL-3130 skip Taskbar in JalviewJS

JAL-3210 reverted (ignore previous commit)

Merge branch 'Jalview-JS/develop' into Jalview-JS/develop_with_gradle_build

JAL-3210 JAL-3130 can't read java.specification.version in JalviewJS

JAL-3120 JAL-3130 can't read "java.specification.version" in JalviewJS

JAL-3210 JAL-3330 use SequenceOntologyLite in JalviewJS

JAL-3210 default eclipse .project .classpath and .settings/org.eclipse.jdt.core.prefs so Eclipse as IDE can import without gradle

JAL-3210 JAL-3263 redo 'Mandarin' character for JS-develop pre-applet

JAL-3210 added a 'transfer' dir for unzip files to improve incremental site-building when using Eclipse as IDE

JAL-3210 Automatic buildship/eclipse update to site when making changes to code

JAL-3210 Added jdt prefs from applet branch. Made IDE tasks more visible

Merge branch 'Jalview-JS/develop' into Jalview-JS/develop_with_gradle_build

JAL-3210 unimportant error message

JAL-3210 new transpiler fixes problem that it could have a null-pointer
exception for comparison to history, where, apparently,
IProject.getProject().getLocation() is null.

JAL-3210 catch exception for eclipse

JAL-3210 _j2sclasslist.txt moved into swingjs

JAL-3210 Fixed jalviewjs dependencies. Changed linkCheck to tee output to .out file.  Tidying jalviewjs paths.

JAL-3210 Fixed local.properties setting. Some tidying.

JAL-3210 firming up relative paths with jalviewDir. Some comments on possibility of using eclipse plugins differently

JAL-3210 Some tidying and now using swingjs/*

JAL-3210 Now add/override gradle.properties with local.properties

Merge branch 'Jalview-JS/develop' into Jalview-JS/develop_with_gradle_build

JAL-3210 tidying j2s and swingjs

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

JAL-3210 transpiler fix for package foo with path .../foo/.../foo

JAL-3210 Added eclipse instance info in j2s-transpile.out log.

JAL-3210 Tidied more build.gradle. Different j2s versions for different eclipse versions -- temporary. Only 2019-06 working.

JAL-3210 Using j2s plugins that work for 4.12.  net.sf.j2s.core-3.2.4.08.jar not working yet

JAL-3210 Trying out new 3.2.4.08 j2s

JAL-3120 consistent paths/property interpolation in build.gradle. Test classes. Clean task corrections.

JAL-3210 Fixed cleaning tasks.

JAL-3210 changed .classpath in eclipse_files.zip

JAL-3210 some tidying

JAL-3210 Added .j2s creation task for Eclipse IDE

Merge branch 'Jalview-JS/develop_with_gradle_build' of https://source.jalview.org/git/jalview into Jalview-JS/develop_with_gradle_build

JAL-3210 renamed jar for consistency

JAL-3120 Emergency eclipse files in case you don't have gradle CLI

JAL-3210 Better integration with Eclipse as IDE. FIXED THE TEST JAR ATTRIBUTE, HOORAH

JAL-3210 small fix for jalviewjsBuildDir

JAL-3210 project name explicitly set. updated README_GRADLE_JALVIEWJS...md file. fixed eclipseRootDir detection for macos.

JAL-3210 added absolute path for transpile log

JAL-3210 Improved/fixed the tempdir creation/storage for eclipse workspace

JAL-3210 Different j2s plugin for different versions of eclipse. Not great, but good for now

JAL-3210 Changed eclipse workspace dir to be a system temp dir [held in build/jalviewjs/eclipse_workspace_location] that persists until a gradle clean

JAL-3210 changed classes for net.sf.j2s.core

JAL-3210 Added site transfer dir. New net.sf.j2s.core.jar ONLY WORKS WITH ECLIPSE 2019-09+

Merge branch 'Jalview-JS/develop' into Jalview-JS/develop_with_gradle_build

Merging in Jalview-JS/develop (should be no changes -- just checking)

JAL-3210 Added README_GRADLE_JALVIEWJS-2019-10-15.md

JAL-3210 Just about working transpilation. Some work needed for new Java 11 classes

JAL-3210 Two fixed tests (previously not compiling)

JAL-3210 Moving j2s components around

JAL-3210 Two fixed tests (previously not compiling)

Revert "JAL-3210 Moving j2s components around"

This reverts commit ea88f37133ba49aca6cd7bf0cc4242c0594cebf1.

JAL-3210 Moving j2s components around

JAL-3210 replacing j11lib/Jmol-14.29.17-no_netscape.jar with unsigned version. Temporary fix

JAL-3210 removed netscape.javascript objects from Jmol-14.29.17.jar to avoid blocking Java 11 clash with jdk.jsobject Java 11 module

JAL-3210 removed eclipse project, classpath and core settings files from branch.  Now generate these (once only) with 'gradle eclipse'.

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

Conflicts:
src/jalview/analysis/AlignmentUtils.java
src/jalview/analysis/CrossRef.java
src/jalview/gui/FeatureSettings.java
src/jalview/gui/PopupMenu.java

JAL-2481 remove code duplication left by merge

JAL-3441 action double-click in Feature Type column only

JAL-3141 correct cast of spinner value

JAL-3187 case-insensitive codon variant calculation

JAL-3187 minor code tidying, todo removal

JAL-3187 removal of variant feature (non-virtual) transfer to protein

JAL-3187 (fudge) look in both alignments for stored mappings

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3187linkedFeatures

JAL-3389 add .py to restored Chimera session filename so it opens!

Merge branch 'bug/JAL-3388structureChooserSorting' into develop

JAL-3198 more efficient Sequence.getDisplayId()

JAL-3388 correct class for column 0 Ref Sequence

JAL-3386 correct wrapped width calculation for headless image export

JAL-3377 more reused of SeqCanvas.computeWrappedGeometry

JAL-3377 add seq-annotations gap to cheight not to hgap

JAL-3377 Javadoc added for getWrappedHeight()

JAL-3377 corrected wrapped widths height for IdCanvas

JAL-3377 include seq-annotation spacing in getWrappedHeight()

Merge branch 'features/JAL-3375vcfValidation' into
feature/JAL-3187linkedFeatures

Conflicts:
src/jalview/io/vcf/VCFLoader.java
test/jalview/io/vcf/VCFLoaderTest.java

JAL-1793 only decode specific special characters in VCF data

JAL-3376 capture VCF POS, ID, QUAL, FILTER as feature attributes