Merge branch 'JAL-1378_jb2.1cli' into RNAalifold

JAL-1379 graceful degradation to legacy service when JABAWS Jpred service not available

JAL-1379 JAL-1378 exclusion list property to ignore services not fully integrated with Jalview

JAL-1378 hack to place 'Predictors' into Secondary struture predictors (may be redacted later)

JAL-1364 use gapMap to map RNAalifold annotation onto correct columns

JAL-1379 JAL-1358 only enable/disable menu entries associated with services not applicable for the current sequence type

JAL-1383 - disable startup of the Envision2 workflow discovery thread

JAL-940 JAL-1378 EOL comment on JWS v1 services

update JABA client dependency in InstallAnywhere build

Merge branch 'RNAalifold' into Release_2_8_1_Branch

fix for JAL-1380 and efficiency todo for JAL-1381

JAL-1378 JWS-71 update to from-source build of JABA v2.1 client for use with JABA test server

JAL-1365 test that RNAAliFold service settings are stored and recovered from Jalview projects

formatting

JAL-1365 unified GUI building for AACon and RNAAliFold service clients

JAL-1365 use AlignAnalysisUIText class to provide metadata for a service's UI elements

JAL-1365 refactored core methods from RNAAliFold and AACon service clients to a common Alignment Analysis client class

JAL-1365 new metadata class to describe instantaneous calculation services like AACon and RNAAliFold

JAL-1270 nominal jalview version string for projects written during development tests

JAL-1270 Desktop.instance is null during headless jalview tests

formatting

Merge branch 'JAL-1373_precision' into RNAalifold

Merge branch 'JAL-1373_precision' into Release_2_8_1_Branch

JAL-1373 tweak precision calculation so alignments of less than 100 sequences don't include any decimal points.

JAL-920 compute a consensus for single sequence

Merge branch 'JAL-1373_precision' into Release_2_8_1_Branch

JAL-1373 JAL-520 wrap tooltips for columns in annotation rows

JAL-1373 generate percentages with appropriate precision

JAL-1373 pass size of sequence set to consensus rendering routines so appropriate precision can be chosen

JAL-1358 monday morning commits :(

JAL-1358 jabaws not jaba

JAL-1358 update jabaws client for installanywhere

JAL-1358 remove old v2 jaba min-client

Brief html documentation entry for RNAalifold under webServices

Colour be RNA helices bug fixed

JAL-1358 Cleaned up RNAalifoldClient.java. RNA helices colouring bug and parameters bug unsolved

RNAalifoldClient updated to be more like AAConClient and now (attempts) to support all the output from RNAalifold

JAL-1358 jalview displays some RNA struture annotation but the format is very messed up

Merge branch 'JAL-1359_patch' into Release_2_8_1_Branch

JAL-1359 simpler logic for deciding if all threads have finished.
Note: I couldn't reproduce the JAL-1359 bug after rebuilding my JABAWS development server - so trust me on this fix :)

Merge remote-tracking branch 'origin/Release_2_8_1_Branch' into RNAalifold

JAL-1358 RNAStructExportImport test file mirrors DisorderAnnotExportImport file. RNAalifoldClient updated to basic working state.

Merge branch 'JAL-1332_regression' into Release_2_8_1_Branch

JAL-1332 regression from 7ce72ca7fadf35a249427ecb836b22abb04ab653 - allow 'null' context to be used (for test/src/jalview/ws/jabaws/TestDisorderAnnotExportImport where Desktop is not created before an AlignFrame is constructed)

JAL-1332 - defer SSM provision to root provider for the alignment view

JAL-1358 Just the eclipse project/classpath files so that I can stash changes and demonstrate DisorderAnnotExportImport failure

Jalview builds sucessfully and runs from eclipse

Merge branch 'JAL-1353-bugdemo' into Release_2_8_1_Branch

JAL-1353 test demonstrating the freeze with minimal jalview code dependency

Merge branch 'JAL-1347' into Release_2_8_1_Branch

JAL-1347 RNA Structure consensus follows the alignment viewport consensus rendering settings in version 2.8.x

JAL-1347 flow control for display of profile data is upstream from this method

Merge branch 'JAL-1347' into Release_2_8_1_Branch

JAL-1347 identify and set rendering settings for consensus annotation rows
JAL-966 Note  - should abstract this logic even further away in Jalview v3

JAL-1347 refactor logic for setting display flags for histogram and profile to main control loop

JAL-1347 make it efficient to call getConsensus to test identity of alignment annotation rows

Merge branch 'JAL-895/reopen' into Release_2_8_1_Branch

JAL-895 - patch example files with correct Fe positions

Merge branch 'Release_2_8_1_Branch' into Release_2_8_Branch

make sure 'example alignment' can be found in documentation

Merge branch 'structures/JAL-1016' into Release_2_8_Branch

JAL-1345 - set nSeconds arg for chemapps.stolaf.edu/jmol/docs/#compare according to total number of superpositions

JAL-1016 Instruct user to report situations where the race condition still happens

JAL-1332 make SSM context discovery safer (particularly in plugin context)

JAL-583 refactor todo about separating code to construct Jmol superposition from the code that obtains the atom matching used to construct the expression

fix for JAL-1016 - wait around until we have a complete set of PDB filename mappings available in Jmol

JAL-1016 - do our assertions immediatly

Merge branch 'bug/JAL-1230' into Release_2_8_Branch

JAL-1230 update alignment state for annotation edits, and validate annotation panel height to ensure any autocalculated annotation is made visible

JAL-1230 proxy method for synchronising internal AlignmentI state in response to changes in alignment annotation

JAL-1230 simplify initialisation of consensus, conservation and structure consensus rows

Merge branch 'bug/JAL-1230' into Release_2_8_Branch

Merge commit '72c628b' into Release_2_8_Branch

Merge branch 'feature/JAL-1330' into Release_2_8_Branch

JAL-1330 pick primary seqeunce data source for authority rather than first node of sub tree

JAL-1230 comment unused code to avoid NPE

JAL-1327 TODO

JAL-1326 JAL-1327 update all graphline thresholds with flag for interactive or final adjustment event

JAL-1241 - generate colour for all annotation values within range

Merge branch 'JAL-1294_iupredexportimport' into Release_2_8_Branch

JAL-1325 formatting

JAL-1325 JAL-1294 resolve SEQUENCE_REF and GROUP_REF for GRAPHLINE statements

JAL-1294 JAL-1325 store graphline for individual annotation rows.

JAL-1294 JAL-1325 bugfix equals

JAL-1294 JAL-1325 test annotation threshold line equivalence

Merge branch 'JAL-1321_jws2_tooltips' into Release_2_8_Branch

JAL-1127 set option widgets to service defaults only when showing default settings

JAL-1240 avoid NPE when source has no proxy available

Merge branch 'JAL-1321_jws2_tooltips' into Release_2_8_Branch

JAL-1320 ascending alphabetical order

JAL-1320 preserve option/parameter order with LinkedHashMap

JAL-1320 sort options and parameters according to their name

typo

JAL-1321 don't show a tooltip for empty strings

Merge branch 'JAL-1319_jronn_npe' into Release_2_8_Branch

JAL-1319 (blacklist fix) check for presence of a score object before we start making annotation

Merge branch 'JAL-1312_ambiguity_na' into Release_2_8_Branch

JAL-1027 fix errors in alternative codon table

JAL-1027 check that ResidueProperties.codonHash2 is actually identical to the codon table used in previous versions

JAL-1027 use alternative codon table in ResidueProperties.codonHash2 for translation