Merge branch 'releases/Release_2_11_1_Branch' into merge/JAL-3628+JAL-3608+JAL-3609+JAL-3541+JAL-3633+Release_2_11_1_Branch

JAL-3633 last minute refinement so password box doesn't get focus all the time

JAL-3608 JAL-3609 JAL-3628 JAL-3632 JAL-3633 added release notes

JAL-3633 Apply (proxy) button enabled when needed

JAL-3633 Help documentation updated

JAL-3633 Small changes to allow future fitting with ApplicationSingletonI/Jalview-JS, Most NPE fixes for tests

JAL-3275 JAL-3633: JAL-3275 Turned Preferences into a Singleton that checks renews if it's been closed.  Removed some debugging for JAL-3633. Added focus/highlight to proxy password box when needed. Forced WS lookup wheb proxy settings changed.

JAL-3675 update release note for JAL-2656

JAL-2656 recognise non-HTTP URI input streams as gzipped by detecting the gzip magic header

JAL-2656 recognise Gzipped file input streams by their content, not their filename

JAL-3615 update tests for Rfam/Pfam specific gzip endpoints

JAL-3633 Set proxy preferences before web calls in jalview.bin.Jalview. Fixed call to open Preferences->Connections with message when required.

JAL-3675 release notes for JAL-3615 and JAL-2656

JAL-2656 JAL-3615 check response headers to test for gzipped url reply

JAL-3615 used gzip endpoints for Pfam and Rfam
redact parent commits related to JalviewJS for 2.11.1.1 patch

Merge branch 'bug/JAL-2983negativeSliderMin' into releases/Release_2_11_1_Branch
Conflict in way transparency slider was inited - followed HEAD's pattern here.

JAL-3675 release notes for JAL-3621

JAL-3621 corrected sequence feature sort and test

JAL-3621 update to intervalstore v1.1

JAL-3675 release notes for JAL-3695 JAL-3696 JAL-3697

JAL-3697 show total number of features not shown

JAL-3696 log the error message from the exception to the console

JAL-3695 htsjdk 2.12 -> 2.23 (library change only, no code change. needs gradle refresh in eclipse)

JAL-3633 Memory only proxy auth password storage. Open Preferences->Connection tab when proxy password needed

JAL-3633 Added Proxy Authentication credentials in Preferences and set via java.net.Authenticator

JAL-3633 Added Preferences for Proxy Authentication. No jalview_properties yet

JAL-3633 label.proxy_server -> label.proxy_servers

JAL-3633 Remember system set proxy properties. Add options in Preferences for No proxy, system proxy, or custom proxy servers.

JAL-3609 JAL-3633 merged getdown jars

Merge branch 'merge/JAL-3628+JAL-3608+JAL-3609+JAL-3541+Release_2_11_1_Branch' into merge/JAL-3628+JAL-3608+JAL-3609+JAL-3541+JAL-3633+Release_2_11_1_Branch

JAL-3633 Compiled jars for pass getdown proxy settings in proxy.txt on to Jalview

JAL-3633 pass getdown proxy settings in proxy.txt on to Jalview

JAL-3633 ensure check both  or https:// for urls

Merge branch 'bug/JAL-3541_cherry_pick_to_releases_Release_2_11_1_Branch' into task/JAL-3608_and_JAL-3609_merged_for_Release_2_11_1_Branch

Merge branch 'releases/Release_2_11_1_Branch' into task/JAL-3608_and_JAL-3609_merged_for_Release_2_11_1_Branch

Merge branch 'task/JAL-3609_HiDPI_support_in_java' into task/JAL-3608_and_JAL-3609_merged_for_Release_2_11_1_Branch

JAL-3608 Changes from code review  CR-JAL-236

JAL-3608 ex stacktraces now go to Cache.log.debug

JAL-3628 System.out/err -> Cache.log.info/error

Merge branch 'bug/JAL-3628_Unable_to_save_update_to_existing_file_in_Windows' into task/JAL-3608_property_set_laf_and_tests_from_Release_2_11_1_Branch

JAL-3628 System.out/err -> Cache.log.info/error

JAL-3541 ensure deletion of cloverReportDir

JAL-3541 small fix for clover.xml location expected by build server plugin, and comment clarity

JAL-3541 added a property/variable style comment to build.gradle

JAL-3541 Fixed report path for build artifacts

JAL-3541 Added mem setting and jvmArgs for cloverReporting

JAL-3541 Individual tests now instrumented and reported.  Added cloverConsoleReport.

JAL-3541 Helpers for running tests, and other commands headlessly

JAL-3541 JavaExec tasks for cloverInstr and cloverReport. Rationalised compileClasspaths for main, clover and test.

JAL-3541 increase maxheapsize for test worker process

JAL-3541 tidying build.gradle, delete cloverInstrDir re-added

JAL-3541 perhaps a better clean for clover. fixed

JAL-3541 perhaps a better clean for clover

JAL-3541 rejigged clover tasks very mildly

JAL-3685 Fixed single quotes in formatMessage messages

JAL-3628 Fixed oddly worded and non-formatted error popups when saving fails

Merge branch 'bug/JAL-3628_Unable_to_save_update_to_existing_file_in_Windows' of https://source.jalview.org/git/jalview into bug/JAL-3628_Unable_to_save_update_to_existing_file_in_Windows

Merge branch 'bug/JAL-3628_Unable_to_save_update_to_existing_file_in_Windows' of https://source.jalview.org/git/jalview into bug/JAL-3628_Unable_to_save_update_to_existing_file_in_Windows

JAL-3676 improvement for visual selection of console text - fg color change if required

Merge branch 'bug/JAL-3628_Unable_to_save_update_to_existing_file_in_Windows' of https://source.jalview.org/git/jalview into bug/JAL-3628_Unable_to_save_update_to_existing_file_in_Windows

JAL-3628 improvement for visual selection of console text - fg color change if required

JAL-3628 Fix for slightly incorrect boolean usage to determine success when rolling backup files

JAL-3628 Even more Cache.log.debug statements

JAL-3570 JAL-3187 spanish translations for tabbed feature settings

JAL-3570 updated external help links

Merge branch 'merge/JAL-3609_and_JAL-3608' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3675 version update and documentation for JAL-3493 JAL-3680 JAL-3638

JAL-3638 JAL-3680 fix docs for Alt + Arrow LRUD in cursor mode.

JAL-3638 don’t move cursor to next gap after moving selection up and down with shift+Alt+up/down

JAL-3680 check whether a sequence selection exists before sliding the sequence under the cursor when sliding sequences

JAL-3638 shift+arrow keys in cursor mode jumps cursor in a gapped region to next aligned position, and when at an aligned position jumps to next gapped region

JAL-3628 More Cache.log.debug statements

JAL-3676 code review -- added non-listed Level into dropdown list

JAL-3609 Allow pass-through of setHiDPIScale property to tests via (e.g.) gradle test -Ptest_HiDPIScale=2

Merge branch 'task/JAL-3608_property_set_laf_and_tests_from_Release_2_11_1_Branch' into merge/JAL-3609_and_JAL-3608

JAL-3676 Added Log Level ComboBox and Copy to Clipboard button in Java Console

JAL-3675 2.11.1.1 release notes

Merge branch 'patch/Clear_Highlight_JAL-3493' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3493 clear search highlights when escape/deselect all

JAL-3493 failing test - creates a highlight and column selection and then called the deselect all alignfjame action and checks if highlight and selection are still present.

JAL-3667 Fixed single backupfile error deleting the backupfile. Changed console output to Cache.log....

JAL-3609 Report when scale setting used.

JAL-3609 New auto-scale 'formula' for linux HiDPI.  Tested to work for UHD screen in various OS display settings.

JAL-3608 non-JS cherry-pick

Cleaned up Look and Feel selection and enabled specific selections via "laf" property or .jalview_properties property "PREFERRED_LAF".
Default behaviour is the same as before for all platforms except Linux which will now always default to "Metal" (ignoring the property 'swing.defaultlaf=com.sun.java.swing.plaf.gtk.GTKLookAndFeel' that is set by the system in Ubuntu [and plausibly other OSes, though not Kubuntu]).  If a laf property is set then this obviously gets used if possible.
Also added an optional gradle 'testLaf' property (e.g. gradle -PtestLaf=metal test) which will set the laf property during tests.  Possibly handy to spot differences to test results between mac and build server (which will default to Metal).
Recognised values of "laf" are:
(specific LaFs) "metal", "gtk", "quaqua", "vaqua", "nimbus",
(best guess LaFs) "mac", "system", "crossplatform"

JAL-3608 formatting save only

JAL-3608 formatting save only

JAL-3628 Changed other calls to renameTo to use BackupFiles.moveFileToFile

JAL-3628 Changed all file1.renameTo(file2) calls to Files.move(path1,path2,REPLACE_EXISTING) in jalview.io.BackupFiles. This fixes a problem in Windows with renameTo when destination file already exists.

JAL-3609 corrected maxdimension to mindimension. Adjusted tallscreen limit

JAL-3609 removed debugging prints

JAL-3609 changed property names to something more palatable and catered for portrait screens

JAL-3609 system properties to force a scale, or automatically choose based on OS, Screen DPI and Screen height in pixels

JAL-3609 Added a -DforceHiDPISetting=true option mainly for testing, and updated getdown HiDPISetting

JAL-3613 remove debug code committed in error

JAL-3609 HiDPI scale setting done via system prop in getdown or halview.bin.Launcher

Merge branch 'bug/JAL-3613emblCDSTracking' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3613 check sequence overlap when matching search results

Merge branch 'releases/Release_2_11_1_Branch'

Merge branch 'documentation/JAL-3407_2.11.1_release' into releases/Release_2_11_1_Branch

Merge branch 'documentation/JAL-3407_2.11.1_release' into develop