Merge branch 'JAL-1601-direct-jpred4-rest-service' into development/Release_2_12_Branch

JAL-1601 Update jpred client library.

JAL-1601 Read full file before passing to FileParse

FileParse fails to read file from the URL in javascript.
It's related to errors in AjaxURLConnection implementation in j2s.

Merge branch 'JAL-1601-direct-jpred4-rest-service' into development/Release_2_12_Branch

JAL-1601 fix phmmer client js library

JAL-1601 Add jslibs for hmmer and jpred

JAL-1601 Fix broken Alignment Annotation test

JAL-1601 Patch JPred4 service tests.

JAL-1601 Expand secondary structure prediction tests

JAL-1601 Change getSubJobs return type

Merge branch 'bug/JAL-4313-make-visible-annot-fix' into JAL-1601-direct-jpred4-rest-service

JAL-4313 Clamp start and end ranges to array size

JAL-4313 Test and patch annots trimming

Merge branch 'bug/JAL-4313-make-visible-annot-fix' into JAL-1601-direct-jpred4-rest-service

JAL-4313 Change default trim end to (length - 1)

JAL-4313 Test makeVisibleAnnotations

JAL-4313 Create Annotation tests

JAL-4313 Patch AnnotationsMatcher to match nulls

JAL-4313 Create utilities to test annotations

JAL-1601 Implement sec str pred for single sequences

JAL-1601 Reuse existing "getNonEmptySequenceSet" method

JAL-1601 Rename task class to SecStructPredMsaTask

JAL-1601 Move job class as inner task class

JAL-1601 Create alignment copying method in AlignmentUtils

JAL-1601 Test alignment submitted to service

JAL-1601 Propagate hidden columns to the output alignment

JAL-1601 Propagate representative sequence to the final output alignment

JAL-1601 Set job status to server error if collecting results throws an uncaught exception

JAL-1601 Create SecStructPredTask class

JAL-1601 Load and display JPred4 service in AlignFrame

JAL-1601 Implement JPred4 WS client and discoverer

JAL-1601 Create action and task for sec. str. pred. jobs

JAL-1601 Implement JPred4 client and discoverer

JAL-1601 Update javadoc of getAlignmentAndHiddenColumns

JAL-1601 Add sec str pred provider and client interfaces

JAL-1601 Test getVisibleCongigMapFor

Merge branch 'mmw/bug/JAL-4241-annotation-alignment-fix-slivka' into development/Release_2_12_Branch

JAL-4241 Flter empty columns from annotation service input

JAL-4241 Add SequenceI.setSequence(char[]) method

JAL-4241 add SeqsetUtils.filterSequence function

JAL-4241 Fix non-standard residues replacement.

Merge branch 'mmw/bug/JAL-4241-annotation-alignment-fix-slivka' into development/Release_2_12_Branch

Merge branch 'mmw/JAL-4199-web-services-testing' into development/Release_2_12_Branch

Merge branch 'improvement/JAL-4245-return-null-from-getRootDataset' into development/Release_2_12_Branch

Merge branch 'mmw/JAL-4199-web-services-testing' into mmw/bug/JAL-4241-annotation-alignment-fix-slivka

JAL-4199 Set all setup methods to alwaysRun

JAL-4199 Add tests to the "Functional" group

JAL-4241 Test sequences prepared for annotation job

JAL-4241 Fix annotation and feature alignment with selection

JAL-4241 Create sequence mapping before adjusting annotations

JAL-4245 Test getRootDataset method

JAL-4245 Return null from getRootDataset if no dataset

JAL-4199 Add tests to the "Functional" group

Merge branch 'patch/JAL-4232-disable-unavailable-services' into development/Release_2_12_Branch

Merge branch 'mmw/JAL-4199-task-execution-update' into development/Release_2_12_Branch

Merge branch 'mmw/JAL-4199-web-services-testing' into development/Release_2_12_Branch

JAL-4232 Disable menu items for RNA services for proteins.

Merge branch 'feature/JAL-3954-ebi-phmmer' into mmw/JAL-4199-task-execution-update

JAL-4199 Fix cancel button not appearing on progress bar

JAL-4199 Restore deletable test when removing workers

JAL-4199 Remove viewport reference from AnnotationTask

JAL-4199 Fix slivka client to parse feature fileters

JAL-4199 remove viewport references from AlignmentTask

JAL-4199 Fix interactive jobs not being stopped

JAL-4199 Organise AlignCalcWorkerAdapter imports

JAL-4199 Implement toString in BaseTask

JAL-4199 Organise annotation task imports and fields

JAL-4199 Set initial delay of task executor to 0

JAL-4199 Remove commented out code

JAL-4199 Perform null check for annotation sequenceRef

JAL-4199 Patch task execution in action tests

JAL-4199 Remove utility methods moved to other classes from AnnotationTask

Implement getRootDatasetSequence for SequenceI

Implement getLastGraphGroup in for AnnotatedCollectionI

JAL-4199 Schedule tasks for execution from MenuManager

JAL-4199 Tidy up imports

JAL-4199 Update gui handler for annotation tasks

JAL-4199 Implement AlignCalcWorker adapter for annot tasks

JAL-4199 Fix method name typo

JAL-4199 Make all TaskEventListener methods default

JAL-4199 Remove taskRestarted from task events

JAL-4199 Allow multiple listeners in TaskEventSupport

JAL-4199 Change actions to be task factories

JAL-4199 Replace AbstractPollingTask with BaseTask

BaseTask no longer implements execution system and its use
is more generic. Execution of polling tasks is realised
by PollingTaskExecutor.

Merge branch 'mmw/Release_2_12_ws_merge' into development/Release_2_12_Branch

JAL-4199 Introduce AlignmentAction tests

JAL-4199 Initialize jobs and tasks with status CREATED

JAL-4199 Test basic service parameter construction

JAL-4199 Test URL settings and basic service discovery

JAL-4199 Update slivka client

This is a library update that moves all client functionality
to SlivkaClient class, making all other classes simple data
objects.

JAL-3954 Do not retrieve alignment for failed jobs

JAL-3954 Report error log when job fails

JAL-3954 Add query sequence aligned to consensus to search result

JAL-3954 reuse spinner dialog to show search task status

JAL-3954 create primitive gui handler for search service

JAL-3954 Implement phmmer action and task as alignment actions

JAL-3954 Log events TaskEventListener.NULL_LISTENER

JAL-3954 Create fallback for handling unknown actions

JAL-3954 Register AlignFrame as web service change listener and add menus

JAL-3954 Implement job dispatcher service discoverer