JAL-3201 restore group colours correctly from project

JAL-2250  default Apply Colour to All Groups selected

JAL-2717 JAL-2360 belated unit tests for ColourMenuHelper

JAL-2717 corrected i18n of colour scheme names

Merge branch 'feature/JAL-3205symmetricCalc' into develop

JAL-3035 removed spring libraries as only used for jdas

Merge branch 'tasks/JAL-3035_remove_dasobert_dependency' into develop

JAL-3035 restored erroneous deletion

Merge branch 'tasks/JAL-3035_remove_dasobert_dependency' into develop

JAL-3035 more das bits removed

Merge branch 'bug/JAL-3201groupClustal' into develop

Merge remote-tracking branch 'origin/features/JAL-2620alternativeCodeTables' into merge/JAL-2620

Merge branch 'bug/JAL-2621' into develop

Conflicts:
src/jalview/gui/OverviewPanel.java

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-3141_Messages_discrepancy_fix' into develop

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-2839findWithHidden' into merge/JAL-2839_2933

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-914multipleHelpScreens' into develop

Merge remote-tracking branch 'origin/features/JAL-2814ftsHelp' into merge/JAL-2814

JAL-3141 Fixed inconsistent (changed) message labels in Messages_es.props and changed a label in props and code for consistency/avoid confusion

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-3002fastPaintWrapped' into develop

JAL-3049 JAL-3032 tidy/i18n code, remove redundant tooltip registration

Conflicts:
resources/lang/Messages.properties
resources/lang/Messages_es.properties
src/jalview/gui/FeatureSettings.java

JAL-3049 redo (part of) commit 92bc328

JAL-3054 small y-overlap of tooltip and cell leads the eye better

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-3049colourCellTooltip' into
merge/JAL-3049

Conflicts:
src/jalview/api/FeatureColourI.java
src/jalview/schemes/FeatureColour.java
test/jalview/schemes/FeatureColourTest.java

JAL-3205 added a delta parameter to Matrix.equals()

Merge branch 'bug/JAL-3072scrollThread' into merge/JAL-3072_3073

Conflicts:
src/jalview/datamodel/Alignment.java
src/jalview/gui/ScalePanel.java
src/jalview/gui/SeqPanel.java

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-3082selectRegex' into merge/JAL-3082

JAL-3206 avoid divide by zero when threshold is graphMin / graphMax

Merge branch 'bug/JAL-3099alignmentVisibleWidth' into merge/JAL-3099

Conflicts:
src/jalview/gui/AlignmentPanel.java
src/jalview/gui/IdCanvas.java
test/jalview/datamodel/AlignmentTest.java

Merge remote-tracking branch 'origin/tasks/JAL-3035_remove_dasobert_dependency' into merge/JAL-3035

Merge branch 'bug/JAL-3120restoreFeatureColour' into merge/JAL-3120

Conflicts:
src/jalview/gui/Jalview2XML.java
test/jalview/io/Jalview2xmlTests.java

JAL-3205 worked examples in unit test for symmetric/asymmetric matrix

JAL-3205 one more unit test case

JAL-3205 faster calculation with symmetric score matrix

Merge branch 'bug/JAL-2791exportFilteredFeature' into merge/JAL-2791

Merge branch 'feature/JAL-3093wrappedModeTooltips' into merge/JAL-3093_JAL-3132

JAL-3093 unit test adapts to actual number of annotation rows

Merge branch 'feature/JAL-3093wrappedModeTooltips' into
merge/JAL-3093_JAL-3132

Conflicts:
src/jalview/gui/SeqPanel.java
test/jalview/gui/SeqPanelTest.java

Merge branch 'feature/JAL-1244stretchStatusMsg' into merge/JAL-1244

Conflicts:
src/jalview/commands/EditCommand.java

Merge branch 'bug/JAL-3139colocatedFeatures' into develop

JAL-3154 disable reorder columns before adding to viewport

Merge branch 'bug/JAL-3154tableColumnDrag' into develop

Merge branch 'bug/JAL-3161annotationTooltipRange' into develop

Merge branch 'bug/JAL-3158selectionBroadcasts' into merge/JAL-3158

Merge branch 'bug/JAL-3164complementOverview' into merge/JAL-3164

Merge branch 'merge/JAL-3140' into develop

JAL-3140 update for change to SequenceI api

Merge branch 'feature/intervalStoreJ' into merge/JAL-3140

JAL-3140 reduced coupling to intervalstore.jar

JAL-3140 confine intervalstore imports to jalview.datamodel.features

Merge branch 'bug/JAL-2420revealAllMenu' into develop

Merge branch 'bug/JAL-3166npeAllRowsHidden' into develop

Merge branch 'feature/JAL-3169cancelOverwrite' into develop

Conflicts:
src/jalview/io/JalviewFileChooser.java

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

Merge branch 'feature/JAL-3143ensemblJSON' into merge/JAL-3143

Merge remote-tracking branch 'origin/feature/JAL-3141_backupfiles_for211' into merge/JAL3141

Merge branch 'feature/JAL-3141_backupfiles_for211' into develop

JAL-2527 default Overview 'hide hidden' i.e. WYSIWYG

JAL-3201 JAL-2386 don't pre-select 'apply to all groups'

JAL-3201 group colour schemes distinct instances

JAL-3200 fast lookup of DSSP3 notation

JAL-3198 don't recalculate group conservation for Id Panel selection

JAL-3198 SequenceGroup 'bulk constructor' without duplicates check

JAL-2915 don't recalculate Overview on scroll to position, ever!

JAL-2738 don't set AF as feature score

JAL-3141 improved message for asking whether to delete files (file modification time and size added to info to help user decide

JAL-3141 Sensible refactoring for confirming deleting 'newer' old backup files

JAL-3141 User warning when deleting old backup files that are newer than the previous backup file

JAL-3141 re-order deletion of old files and check lastModified times with their replacements

JAL-3141 Added warning/confirmation when suffixReverse is changed without changing suffixTemplate or suffixDigits (Bad Things might happen to previous backup files)

JAL-3141 Moved 'Previously saved scheme' combo box preference out to 'Cancel changes' button.  Tidied up the Summary box display.

JAL-3140 updated to latest intervalstore.jar

JAL-3143 update unit test for ID -> id change

JAL-3141 Slight efficiency gain in detecting backupfiles in the File Chooser

JAL-3141 Enabled the 'Include backpup files' checkbox for loading alignments from local file

JAL-3141 Found a good fix for updating the FileChooser list of files when 'Include backup files' checkbox is checked/unchecked.

JAL-3141 Found a (not ideal) fix for updating the FileChooser list of files when 'Include backup files' checkbox is checked/unchecked.

JAL-3143 format alleles array for feature description

JAL-3141 improvement on BackupFilenameParts filename matching

JAL-3141 fixed test

JAL-3141. This adds quite a lot of code to allow an 'Include backup files' checkbox in the 'Load Project' JalviewFileChooser. However I cannot for the life of me get the file list in the FileChooser to refresh /reliably/ on a mac at least anyway (it does about 1 time in 9git status).

JAL-3141 Added a '.fa' to filename examples

JAL-3141 Change of label (change of '_' character to ' ')

JAL-3141 Change of label

JAL-3141 Removed border around example filenames in Backups Preferences pane

JAL-3141 New layout and wording of Backups Preferences pane after consultation with SD. Seriously rationalised 'backupfiles...SetEnable' to allow for more complex widget enabling/disabling depending on other widget values. Fixed a buglet or two when there's an unusual selection of options (when suffix has no '%n' or is completely empty).

JAL-3141 Eclipse re-formatting of file

JAL-3018 Ensembl version updated to 9.0

JAL-3141 Reformatted code in eclipse

JAL-3141 Added Presets options in the Backups Preferences pane, with several presets available and sensible 'Default' option chosen first time.

JAL-3063 correct handling of absent choice element in DBRef Mapping

JAL-3141 Fixed what happens when suffix template has no '%n' index

JAL-3141 New message translations

JAL-3141 Rejigged the Preferences tab and changed some text

JAL-3141 Fixed tests for new placement of suffix after extension

JAL-3141 removing diagnostic output

JAL-3141 Fixed example filenames in Preferences pane (no extension in BackupFiles now), and new default template.

JAL-3141 Changed suffix position to after the extension (removed extension detection altogether), and changed initial defaults.

JAL-3141 Re-added some changes in Jalview2XML missed in the merge

Merge branch 'feature/JAL-3063jaxbNoCastor' into feature/JAL-3141_Create_a_backup_when_saving_projects_and_other_files
JAL-3063 switched from castor to JAXB - backupFile bits added to jalview.project.Jalview2XML

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3063jaxbNoCastor