JAL-2326 added setup method for JvOptionPane in all Jalveiw test classes to enable JvOptionPane to run non-interactively

JAL-2326 updated references of JOptionPane to JvOptionPane

JAL-2326 added layer of abstraction between Jalview and JOptionPane to provide better control for running unattended test non-interactively

Merge branch 'bug/JAL-2277_refactorPrintUnwrapped' into develop

JAL-2325 update release date for 2.10.1


Merge branch 'develop' into documentation/JAL-2325_release2101

JAL-2337 fix: only adjust once for scroll offset

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2322 added runnable interface to HTMLOutput class, abstracted anonymous threads in child classes to the overriding run methods, and then other minor housekeeping

Merge branch 'features/JAL-1738_JAL-345_selectionfromhighlight' into develop

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1738 JAL-345 changed keystroke to ‘B’ (with modifiers) and added documentation

JAL-2277 refactored AlignmentPanel.printUnwrapped to simplify

JAL-2277 bug fix for mis-alligned graphics output for scrolled annotations

JAL-2325 JAL-2118 2.10.0 patch in release note

Merge branch 'documentation/JAL-2325_release2101' into develop

Merge branch 'develop' into documentation/JAL-2325_release2101

JAL-2284 documentation for the new command-line option

JAL-2325 post-document JAL-2284 released in 2.10.0

JAL-2325 release notes for JAL-2317

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2332 bugfix to enable structure chooser opening for hen lysozyme

JAL-1888 JAL-2325 release 2.9.0b1 notes updated post-release

Merge branch 'documentation/JAL-2325_release2101' into develop

JAL-1723 release notes and note in documentation about abbreviation of tooltip

JAL-2325 update release 2.10.0 release notes for JAL-1932

Merge branch 'bug/JAL-98consensusMemory' into develop

JAL-98 with the two types missing from last commit Profiles[I] !

JAL-98 ProfilesI container for profiles for columns

JAL-98 javadoc, third party acknowledgements (and very small code
change)

Merge branch 'features/JAL-1723_sequenceReport' into develop

 Conflicts:
resources/lang/Messages.properties
resources/lang/Messages_es.properties
src/jalview/io/SequenceAnnotationReport.java
reconciled refactored report/ellipsis code with refactored URLLink code for generating dynamic links with ACCESSION_ID tokens

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

Merge branch 'documentation/JAL-2325_release2101' into develop

JAL-2325 release notes for 2.10.1 - pass one

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-2282' into develop

JAL-2282 Updated docs with information about when warning is shown

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2322 JAL-2309 replaced references to isheadless variable with method call to isHeadless() in HTMLOutput class

JAL-2318 revised documentation for above PID Threshold

JAL-2324 fix and tests for comparison of Float.NaN scores

JAL-2319 corrected reporting of SIFTS mapping

JAL-2322 Refactored unified architecture for data + html exporting for SVG & BioJS msa exports

JAL-2277 Refactored out duplicated method - printUnwrapped() in HtmlSvgOutput, externalised facebox script, and made other minor housekeepings

Merge branch 'bug/JAL-2317_jmol_chimera-chain-factorisation' into develop

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2317_jmol_chimera-chain-factorisation

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2317 Fixed Chimera command for hiding/showing distinct chains

Bugfix to enable accurate chain extraction/association with models loaded in Chimera, refactored and factorised some duplicated codes with Jmol viewer implementation.

JAL-2301 corrected search example to match AA properties mentioned

JAL-2301 made T hydrophobic as per the cited conservation method

JAL-1961 added link to GFF3 format as well as GFF2

JAL-2309 Made test timeout slightly longer

JAL-2309 Adjusted timeout on headless tests

JAL-2280 Updated spanish translation as recommended by Juan

JAL-2292 updated method calls

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2292 renamed method and improved implementation as suggested by Kira

JAL-1270 renamed helper method so it is not run as a test

JAL-2272 another test case

JAL-1805 groups=Functional added where missing

JAL-2272 unit tests added for Platform.isControlDown

JAL-2318 updated help text

JAL-2282 show url links that need checked; remove 'www' from default

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-2282' into develop

JAL-2315 Clear sequenceURLLinks if all sequence links are removed.

JAL-2292 squashed bug that breaks feature mapping for different cased residues

JAL-2292 added javadoc for compareChar(..) utility method

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2195 JAL-2262 house keeping

JAL-2292 fix for wrong mapping output in sequence mapping output window where sequence residue has different case with structure residue

JAL-2292 Wrote utility method for comparing two char either case sensitively or insensitively

JAL-2292 Unit test for utility method for comparing two chars

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-2282' into develop

JAL-2282 Better check for existing url links

JAL-2272 right mouse button on Mac is not Cmd equivalent!

JAL-2282 Remove Cache dependency from applet

JAL-2282 Message box stays on top at Jalview open; checks for links
before deciding whether to display.

JAL-966 JAL-1854 removed redundant methods / modifiers from search
result interface, corrected faulty toString

JAL-2302 unit tests added for Finder

JAL-2282 Link menu disabled if there are no valid links

JAL-2282 Updated warn.url_must_contain

JAL-2282 If checkbox on warning dialog is unclicked, reset cache
settings for checking url links.

JAL-2281 Back out unit test update, as Mungo already added.

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into bug/JAL-2282

JAL-2308 Fixed hiddenColsTest

JAL-2312 unit test for bug fix - repeated mapping generated from SIFTS when heuristic identification fails for some SIFTS entities

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2312 Bug fix for repeated mapping generation from SIFTS when heuristic identification fails for some SIFTS entities

JAL-2310 don't double-count sequence matches; code tidying

JAL-2281 test added to show searchRefs is now not case sensitive

JAL-2281 Minor unit test addition

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-2282' into develop

JAL-2281 Unit test updates

JAL-345 JAL-1738 menu item, AlignFrame action listener and documentation for Select->Select Highlighted Regions.

Accelerator key (CMD-L) doesn’t seem to work right now.

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-2282' into develop

JAL-1738 JAL-345 fix test - method appears to work

JAL-2301 table formatted, and corrected to match the diagram and code

JAL-1738 JAL-345 fix for JAL-2302 only report Matches that are not contained by the previous match.

JAL-1738 JAL-345 switch expected/observed in test