JAL-2909 JAL-3894 hack in support to import regions of an unindexed SAM file.

Merge branch 'develop' into features/JAL-2909_bamImport_2_11_2

JAL-3616 show name of structure viewer in ‘new view’ button

JAL-3616 explicit configure external viewer config

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

Merge branch 'features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons' into develop

JAL-3829 3d beacons logo - misi varadi gave permission to re-use but most likely it is CC-0

Merge branch 'improvement/JAL-3594_logos_for_jalview_test' into develop

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

Merge branch 'features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons' into develop

JAL-3829 fetch 3D beacons now started by clicking button shown above the drop-down filter/manual input combo box.

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3594_logos_for_jalview_test

JAL-3594 New Jalview Test logos and .icns/.ico creation helper script

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons

JAL-3594 Changed logo for Jalview Test

JAL-1260 Added .gbk to GenBank extensions.  Added GenBank extensions to the installer.

JAL-3371 more fine-grained slider; set Param slider to initial default

Merge branch 'bug/JAL-3885_sequence_fetched_not_displaying_PFAM_Seed' into develop

JAL-2909 increase commandlinetests timeout

JAL-2909 fix up tests and ensure we don’t test bam as a writable format

JAL-2909 pass a dummy sequence object to receive features. Ideally we should test that features look like they are expected too here !

JAL-2909 mininal merge of bam import demo to Jalview 2.11.2 develop
Merge remote-tracking branch 'origin/features/JAL-2909_bamImport2_11' into features/JAL-2909_bamImport_2_11_2

 Conflicts:
src/jalview/io/AlignmentFileReaderI.java
src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java
src/jalview/io/FileFormat.java
src/jalview/io/FileLoader.java

JAL-3885 Made the database JComboBox have StringPair entries to allow a display value, set to the single item dbname if there's a single item

JAL-3884 squish alarming but harmless errors when uniprot doesn’t have a record

JAL-3881 split on any nonalphanumeric symbol (plus _) to generate putative sequence identifiers with which to query databases

JAL-3829 report when 3d-beacons doesn’t provide any models

JAL-3783 Updated groovy-all-2.4. Currently newer stable releases cause a problem with shadowJar.

JAL-3746 update the example corefile for jalviewjs

JAL-3829 open web page for 3d beacons structure by right-clicking and selecting pop up menu item

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-3821 data file for failing test

JAL-3829 right click to view popup menu to show link - maybe better to have a link button in the table instead ?

JAL-3829 abstract essential TDB metadata from the user configurable data array displayed in the JTable

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

Merge branch 'features/r2_11_2/JAL-3821_reinstate_patch' into develop

JAL-3821 less ambiguous base class name for EMBL and GenBank flat file parsers

JAL-3821 ported to refactored FlatFile parser

JAL-3821 failing test

JAL-3692 JAL-3861 remove extra call to .parse() so we don’t process the file again

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

Merge branch 'patch/JAL-3874_newJmolAndGradleDedup' into develop

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-3691 automatic insertion of Locale.ROOT to toUpperCase() and toLowerCase() and added import java.util.Locale appropriately

JAL-3746 release notes and what’s new for 2.11.2 - in progress

Merge branch 'doc/JAL-3746_Release_2_11_2' into develop

Merge branch 'features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons' into develop

JAL-3829 - callback finessing - leave DBRefFetcher to do progress updates itself

JAL-3829 prefix PDBe filters with PDBe to make clear what they search

JAL-3829 alternative UX: need to select 3d-beacons from dropdown if db-refs need to be fetched

JAL-3829 ignore the fake ID generated when a PDB format file without embedded ID is imported for an existing PDBEntry

JAL-3521 'Debian-safe' version of minimal build.gradle and patch. Using existing doc/*.html and build_properties from source tarball.

JAL-3521 Created a patch file to transform build.gradle into debian_build.gradle

JAL-3829 updated response for P01308

JAL-3829 tests need to wait for dialog to be closed and background processes to finish before they can check functionality

JAL-3829 TDBeacons fetcher needs a sequence with at least one canonical uniprot accession

JAL-3829 throw the exception even if it has no message

JAL-3829 ensure nulls are not wildcards when retrieving annotation by calcId/label/description

JAL-3521 working minimal build.gradle for debian and 2.11.2. Flexmark plugin might be a problem

JAL-3521 not quite working minimal build.gradle for debian and 2.11.2

JAL-3829 do better at detecting structure type, prompt to retrieve Uniprot ids for proteins without canonical Ids and show provider in the Structure Chooser’s cache view

JAL-3829 make sure structure data type reflects actual format identified

JAL-3829 store 3db metadata on PDBEntry so it can be shown in Cache/etc

JAL-3829 allow PDBEntry with file and ID with mismatching case to override one without a file

Merge branch 'merge/develop_JAL-1260' into develop

JAL-1260 rudimentary parsing of LOCUS line to at least get accession id

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons

JAL-3079 JAL-3055 remember to reset font transform after rendering logo

JAL-1260 refactored multi-line qualifier separators

JAL-1260 unit test for FileFormats updated for GenBank/ENA

JAL-1260 file formats and IdentifyFile updates for GenBank and ENA

JAL-1260 refactored GenBank (and EMBL) flat file parser

JAL-1260 FileFormat entry for EMBL/GENBANK: TODO: create tests and IdentifyFile routine for this format

JAL-3874 - replace Jmol with custom build of 14.31.53 from Jmol-SwingJS GitHub repo

JAL-2226 transfer chain annotation when calcId, label and description are distinct - so annotations from multiple chains and structures are all shown.

JAL-2226 new method to search for annotation matching particular description as well as calcId and label

JAL-3829 belt and braces check to make sure there is a pdbe response available to join records from

JAL-3779 Added to documentation

JAL-3779 apply properties to all groups with given name, not just first

JAL-3774 combined changes from bug/JAL-3774_splitFrameFinder: i) fixed focus Finder from split frame. ii) missing i18n added, overlong translation shortened. iii) better translation.

Merge branch 'develop' into doc/JAL-3746_Release_2_11_2

JAL-3739 (combined) commits from feature/JAL-3739_useFormFieldText

JAL-3794 X and N are counted as DNA characters, but we also check how many Ns - if there were no real nucleotide characters we always return protein for poly-asparagine

JAL-3794 new test for recognition of protein or DNA with ambiguity characters, including the ‘all N’ case (that should be protein..).

JAL-3761 listToArray became rangeListToArray

JAL-3761 more consistent parameter naming

JAL-3761 helper method reinstated to avoid code duplication

JAL-3761 locateInFrom/To revised with tests; unused methods removed

JAL-3761 extra check that VCF feature is fully mappable to sequence

JAL-3761 debugged and working (but not tidied) locateInFrom2/To2

JAL-3761 listToArray became rangeListToArray

JAL-3761 locateInFrom2 work in progress commit

JAL-3761 unit test for MapList.countPos()

JAL-3761 failing test, formatting, method renamed

JAL-3761 failing tests for locateInFrom/To with overlapping ranges

JAL-3751 only merge strictly contiguous ranges of mappings

JAL-3788 synchronize concurrent findColour() and alignmentChanged()

JAL-3818 formatting

JAL-3818 process Jmol callbacks in AWT thread

Merge branch 'develop' into merge/develop_ben2