JAL-518 refactored groovy script into main codebase as an Edit Command and alignment view controller method. Left and Right Justify operations now in Edit menu on alignment window and selection popup.

Merge branch 'develop' into features/JAL-518_justify_seqs_in_region

JAL-4065 release notes for JAL-4014 and JAL-4063 in 2.11.2.5

JAL-4065 - new release notes featuring JAL-3612 fix

Merge branch 'bug/JAL-3612_overviewFeatureOrdering' into develop

JAL-4014 JAL-4063 Added gecos colourScheme names (INFO message) and fixed Clustal colourScheme name

JAL-4046 release on 9th August 2022

JAL-4046 JAL-3993 imports reformatting

JAL-4046 JAL-3993 patch for 2.11.2.4 release

JAL-4046 release notes for JAL-3991

Merge branch 'task/JAL-3991_check_actual_JAVA_VERSION_against_build_properties_in_application_startup' into develop

JAL-4046 release notes for JAL-4014 - gecos colourschemes

Merge branch 'improvement/JAL-4014_gecos_colour_schemes' into develop

JAL-4056 documented in release notes for JAL-4043

Merge branch 'patch/JAL-4036_uniprot_fts_legacy_endpoint' into develop

JAL-4043 what’s new, updated help images and release notes for JAL-4034 (3d beacons button)

JAL-4034 show the loading spinner when switching between tabs

Merge branch 'features/JAL-4034_improve_3dbeacons_button_and_ux' into develop

JAL-4056 fixed tl;dr section of doc/building.md

JAL-4036 Fixed the virus_host_id query field

JAL-4036 Added text to help about different number and date range acceptable formats

JAL-4036 updated help about new UniProt API

JAL-4036 moved a comment block

JAL-4034 button looks better also on other OSes with the 0 vertical insets

JAL-4034 add round corners to 3DB confirmation button with icon on a mac

JAL-4036 Changes made from code review CR-JAL-265

JAL-4036 Add getDbName to the GFTSPanelI and add an index code message to the index dropdown tooltip as appropriate

JAL-4036 removing the query field code from the dropdown indexes

JAL-4036 Don't autosearch changing index when autosearch is de-selected

JAL-4036 add search fieldname to dropdown list

JAL-4036 removed often duplicated pluralisation in message

JAL-4036 New configuration, target and pagination process for 2022-07 new Uniprot API

JAL-4046 started release notes for 2.11.2.4 patch release

JAL-4045 - don't apply distribution dependent scale factor to the axis lines!

JAL-4034 Use the new non-modal JDialog for 3DBeacons uniprot lookup confirmation. Link dialog to GStructureChooser's frame so it can moveToFront. Minor improvement to Search 3DB button appearance

JAL-4034 Allow request for non-modal JDialog, which puts the Runnable action into the button click listener (similar to JalviewJS)

JAL-4034 change to jalview property name

JAL-4034 showConfirmDialog works for both desktop and jalviewjs

JAL-4034 Non-blocking 3D Beacons query after warning dialog

JAL-4034 allow a jalview_property to set the threshold level

JAL-4012 release date bump and JAL-4004 tweak to include current version in generated whatsNew.html

JAL-4034 fix #3 change uniprot ref fetch dialog to a ‘warning’ shown when many ids have to be retrieved

JAL-4034 Fix #2 show an icon and a button to press to initiate search

JAL-4034 fix 1 - reword button

JAL-4012 updated release date and whats new for 2.11.2.3

JAL-4012 tweak release notes wording for legacy.uniprot

Merge branch 'patch/JAL-4036_uniprot_fts_legacy_endpoint' into develop

JAL-4036 JAL-4012 note about Uniprot FTS workaround in search documentation, and update to release notes and what’s new

JAL-4036 use the legacy endpoint (and report the FTS query when debug/trace enabled)

Merge branch 'improvement/JAL-1988+JAL-3416_Java8_macOS_APQHandlers_and_FlatLaF_option' into develop

JAL-1988 Don't put Quit in the File menu if there's a handler for it

Merge branch 'improvement/JAL-1988+JAL-3416_Java8_macOS_APQHandlers_and_FlatLaF_option' into develop

JAL-1988 Check for setHandler capability to avoid About and Preferences menu options disappearing into a void

JAL-3027 Avoid FlatLAF Desktop class is JalviewJS

JAL-4012 release notes for JAL-1988,JAL-3416

JAL-1988 JAL-3416 avoid unnecessary static flag

JAL-3418 JAL-1988 don’t need java version check anymore

Merge branch 'improvement/JAL-1988+JAL-3416_Java8_macOS_APQHandlers_and_FlatLaF_option' into develop

JAL-1988 Hack to ensure Quit dialog box is moved to front

JAL-1988 Moved APQHandlers to jalview.jbgui and called from jalview.jbgui.GDesktop. Use result to not add About and Preferences to normal menus.

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-1988+JAL-3416_Java8_macOS_APQHandlers_and_FlatLaF_option

JAL-4004 Fix missing whatsNew.html when not building with RELEASE channel set

Merge branch 'improvement/JAL-1988+JAL-3416_flatlaf_osx_apqhandler' into improvement/JAL-1988+JAL-3416_Java8_macOS_APQHandlers_and_FlatLaF_option

Merge branch 'improvement/JAL-1988+JAL-3416_Java8_macOS_APQHandlers_and_FlatLaF_option' into improvement/JAL-1988+JAL-3416_flatlaf_osx_apqhandler

JAL-3416 remove flat as default for linux

JAL-1988 JAL-3416 Using the flatlaf-extras About, Preferences and Quit handler system to set APQhandler for both J9+ and now Java 8

JAL-3416 Added some mac specific FlatLAF settings.  Note this is not the default macOS LaF, this is only when -Dlaf=flat is set on a mac when running Jalview

JAL-3416 updated FlatLAF libraries to 2.3.  Added the flatlaf-extras library

JAL-4012 - JAL-4020 release notes and a bit of ‘troubleshooting’ documentation

Merge branch 'bug/JAL-4020_add_pymolwin_paths' into develop

JAL-4004 add the autogenerated whatsNew.html and releases.html to .gitignore

JAL-4014 release notes for JAL-4026 patches

JAL-4026 increase timeouts for command line ops

JAL-4026 ignore StructureSelectionManager events if no viewer is available to act on them

JAL-4026 always wait 50ms before checking if the calculation worker is still running so it has time to start.

JAL-4026 update the viewport’s wrapped width after calculating it

JAL-4014 release notes for JAL-4023 and JAL-4024

Merge branch 'improvement/JAL-4023_snotation_for_trees' into develop

Merge branch 'patch/JAL-4024_jumpScrollHang' into develop

JAL-4012 what’s new and release notes (in the new styleee!) for JAL-4004, JAL-3989 and JAL-3553

JAL-4004 delete temporary file mistakenly checked in

Merge branch 'issues/JAL-3553+JAL-3978+JAL-3989+JAL-4004_merged_with_develop' into develop

JAL-4024 only render partially when new view overlaps with last rendered annotation panel view

JAL-4020 class formatting

JAL-4020 added the \Scripts\pymol.exe. to the pathList

JAL-4020 Added the +2 arg for PyMOLWin.exe allowing older versions of PyMOL

JAL-4020 updated tests

JAL-4020 class reformatting

JAL-4020 Added path search for global installation path and older version installation paths

JAL-4023 use %g for distances (scientific notation for very small or large values)

JAL-4020 Added search for PyMOLWinWithConsole.bat (and PyMOLWin.exe) in likely places starting with default install dir.  Added a new version (1.3) to ChimeraX

JAL-4023 store distances as doubles

Merge branch 'develop' into issues/JAL-3553+JAL-3978+JAL-3989+JAL-4014_merged_with_develop

Took Issues Resolved (1 issue) from releases.html 2.11.2.3 row and put
in help/markdown/releases/release-2_11_2_3.md
and regenerated releases.html with
gradle releasesTemplates

JAL-4014 4 gecos colour schemes added to help documentation

JAL-4014 4 gecos colour schemes added

Merge branch 'patch/JAL-4008_jabaws_2_2_1_patch' into doc/release_2_11_2_3

JAL-4012 JAL-4008 release notes for Jalview 2.11.2.3

JAL-4008 update jabaws client to 2.2.1 - definitely no log4j references !

Merge branch 'releases/Release_2_11_2_Branch'

JAL-4004 cosmetic improvements for Java documentation renderer