JAL-728 offer choice of substitution matrix for Quality calculation

JAL-2416 JAL-728 reduced dependency on Blosum62 implementation details

JAL-2416 revert to '*' not '-' in score matrix, handle gaps explicitly
in AlignSeq

JAL-2416 explicit constant for unknown/unknown identity score (*
diagonal), comments

JAL-2416 format matrix more readably

JAL-2403 JAL-2416 pairwise score unexpected symbols as minimum matrix
substitution score (or 1 for identity) (reproduces '*' score column)

JAL-2416 JAL-2403 remove unused '*' row/column from score matrices

JAL-2403 further test coverage for ScoreMatrix, min/max getters

JAL-2416 more test coverage of matrix parser

JAL-2416 parse score matrices in either NCBI or AAindex format

JAL-2416 amended to AAindex format

JAL-2416 amended to (as near as possible) strict NCBI format

JAL-2416 class Javadoc updates prior to parsing changes

JAL-2468 change score model in PCAModel when switching
peptide/nucleotide

JAL-2416 tidy up after switch from ' ' to '-' in score matrices

JAL-2416 score matrix gap symbol (if any) dynamically determined

JAL-2416 tooltip with descriptions for score models drop-down list

JAL-2416 add score model description field for tooltip in PCA panel

JAL-2403 SWDistanceModel now SmithWatermanModel - a similarity model

JAL-2416 use '-' not space for gap in score matrices

JAL-2428 unused method deleted

JAL-2403 PIDDistanceModel deleted as superseded by PIDModel

JAL-2428 pass AlignmentView to TreeModel so Show Input Data works

Merge branch 'develop' into features/JAL-2393customMatrices

JAL-2428 simplify TreeModel constructors, add getOriginalData

JAL-2428 use 'correct' name for selected score model

JAL-2360 fix applet build by separating castor XML dependency from jalview.schemes.ColourSchemes to jalview.schemes.ColourSchemeLoader

JAL-1632 TreeChooser renamed CalculationChooser, text improved, i18n

JAL-1632 named parameters

JAL-2398 corrected BLOSUM62 C -> R score in resource file!

JAL-2416 tests added for ScoreMatrix

JAL-838 move two callers off Comparison.PID and deprecate it

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2388 unit test initialisation fix for running full suite

JAL-2397 scale PCA by PID to alignment width to match SeqSpace

JAL-2397 formatting only

JAL-1632 suppress PID parameter options in Tree/PCA chooser for now

JAL-838 class javadoc added

JAL-2464 fix cancel tree print behaviour

JAL-2393 code tidy and comments, PIDDistanceModel deprecated

JAL-2393 updated test for removal of PIDDistanceModel

Merge branch 'develop' into features/JAL-2393customMatrices

JAL-2388 Reinstated original overview checks for annotation display

Merge remote-tracking branch
'origin/bug/JAL-2436featureRendererThreading' into develop

Conflicts:
src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java
src/jalview/gui/OverviewPanel.java

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into
bug/JAL-2436featureRendererThreading

Conflicts:
src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java
src/jalview/gui/OverviewPanel.java

JAL-2311 suppress autocalc'd annotation to isolate the 'real' failure

JAL-2307 Fixed SiftsClient unit test

JAL-2306 assert no DAS sources

JAL-2438 removed (non-functional) lastSeq, lastSequenceFeatures

JAL-2243 update discovered features on opening structure in Chimera

JAL-2438 check for null FeatureRenderer

Merge branch 'features/JAL-2388OverviewWindow' into develop

Merge branch 'bug/JAL-2421overviewboxflicker' into develop

JAL-2388 Comment typo

JAL-2388 ViewportRanges unit test

JAL-2437 Synchronization corrections and unit tests

JAL-2388 Renamed column and row subtraction functions

Merge branch 'merges/develop_JAL2295setChimeraAttributes' into develop

JAL-1933 refactor parameter for code clarity

JAL-2388 Applied ViewportRanges to code

JAL-2388 Renamed viewport position props to viewport ranges

JAL-2388 Unit test update

JAL-2388 Applet update for overview panel

JAL-2439 Out-by-one in setting endRes/endSeq

JAL-2388 Unit tests and tidies

JAL-2443 push getResidueBoxColour inside getResidueColour

JAL-2438 corrected getFeatureRenderer()

JAL-2442 applet feature transparency also on overview or structure

JAL-2438 handle null FeatureRenderer in FeatureColourFinder

JAL-2438 refactored checks for 'no features displayed'

JAL-2438 clarify code and javadoc, reinstate updateFeatures() check

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2436featureRendererThreading

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into features/JAL-2388OverviewWindow

JAL-2388 Working overview panel

JAL-2439 Fixes to out-by-one sequence indexing in gui classes

JAL-2388 New hidden cols/seqs functions to support overview panel

JAL-2438 unit test, fixes, Javadoc updates

JAL-2438 unit tests for FeatureColourFinder (transparency tbc!)

JAL-2438 Javadoc updates

JAL-2438 comment/Javadoc tidies

JAL-2438 corrected handling of default colour

JAL-2438 FeatureColourFinder refactored from FeatureRenderer, fr not
cloned for structure viewers

JAL-2437 Fixed reordering of sequences when hiding and revealing

JAL-2388 Moving some alignment panel logic into overview (in progress)

JAL-2426 Checks on conservation thread in case we are shutting down

JAL-2426 Removal of NPE in conservation thread when closing Jalview

JAL-2388 Minor fix for annotation graph, removed unit test dep on gui

JAL-2430 colour columns hidden in alignment gray on structure

JAL-2295 avoid quotes breaking attribute value parsing

JAL-2388 Fixed inherited&new out-by-one errors; further unit tests

JAL-2295 status messages for Chimera attributes set and for failed
superposition

JAL-2388 Additional unit tests

JAL-2388 Missed commit

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into features/JAL-2388OverviewWindow

JAL-2429 Messed something up, merged conflicts

JAL-2429 findColumnPosition returns 0 for cols in region starting at 0

JAL-2429 Additional fix to ColumnSelection when hidden cols start at 0

JAL-2388 Dependency tidy

JAL-2388 Remove OverviewDimensions dependency on gui classes

JAL-2428 correct order of processing in joinClusters()