Merge branch 'develop' into groovy/JAL-2074_upgradeto2.4.4

Merge branch 'bug/JAL-2080_javaws_slow_291' into develop

JAL-2080 removed all 'Class-Path' references in libs

JAL-2080 removed classpath references to Xerces and commons-logging in jar manifest

JAL-2080 mark jalview.jar as main jar resource

merge

JAL-2071 improvement to get column data files as InputStream

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2071 changed extension for data column config files

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2071 resolved fts data column config file path for PDB and UniProt

JAL-2071 House keeping

JAL-2074 removed hard-coded groovy lib path in classpath

JAL-2071 improvement to reduce webservice requests to Free Text Search (FTS) services by using swing timer to deffer textfield actions until user stops typing for a certain amount of time

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2074 disable security manager at start up re: lopica.sourceforge.net/faq.html#nosandbox

JAL-2074 removed xerces to explore wierdness

JAL-2074 reinstate upgrade to groovy 2.8.4-indy

JAL-2074 reinstate upgrade to groovy 2.8.4-indy

JAL-2074 add the groovy 1.8.2 library back to classpath

develop merge

JAL-2074 backed out groovy upgrade - back to 1.8.2

develop merge

JAL-2074 groovy-all didn’t get added :q

JAL-2074 switch to non-indy groovy to see if class loader problem remains

JAL-2078 fixed broken link to groovy page

JAL-2071 added unit tests for FTSRestClient

JAL-1812 JAL-2068 only allow one Groovy console open at a time

JAL-1551 JAL-2077 formatting

JAL-2077 - reinstate popups on osx

Merge branch 'JAL-2075_features_hiddeng' into develop

JAL-2075 test showing hidden columns bug in feature score model

JAL-2075 refactor FeatureScoreModel to native testNG asserts

JAL-2075 make GroovyConsole a singleton so tests requiring a valid AlignFrame but no desktop can run

JAL-2075 fix: use AlignmentView.getVisibleContigs and SeqCigar.findPosition to locate aligned features

JAL-2075 findPosition for SeqCigar (with test)

JAL-2075 formatting

JAL-1563 JAL-2071 Update and completed implementation for UniProt FTS support

JAL-2071 further refactoring, optimisation, and house keeping for the generic Free Text Search implementation

JAL-1812 JAL-2068 add Run Groovy Script to AlignFrame Calculate menu

JAL-2068 code and test for case of minValue == maxValue

JAL-2068 framework and example scripts for pluggable alignment
annotation workers

JAL-2068 Javadoc added

JAL-2068 redundant implements clauses removed

JAL-2068 convenience helper method for graduated score colour

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

Merge branch 'groovy/JAL-2074_upgradeto2.4.4' into develop

JAL-2074 updated URLs and removed 'how to get groovy' classpath stuff

JAL-2074 updated groovy-all to 2.4.6-indy

fix for JAL-2072

JAL-2071 architectural improvement for Plugable Free Text Search Services

JAL-2067 fixed broken link

JAL-2041 add ID,clinical_significance to feature attributes (for export)

JAL-2041 clinical_significance shown on sequence feature tooltip

JAL-1421 typed map / lists, explicit imports, method refactoring

JAL-2049 small refactor of constructors to avoid code duplication

JAL-1421 type parameter added to some collections

JAL-2049 revised computePeptideVariants to transfer id, clinical_sig

JAL-1705 refactored/utility methods to detect e.g. 'PhenCode_variation'

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-653 test updated for 'use ID for description'

JAL-1270 JAL-653 use 'parse immediately' FeaturesFile constructor

merge

JAL-1994 Removed redistributed plugin.jar from applet build path

JAL-2046 fix: patched SeqsetUtils so sequence features aren’t duplicated when reinstating sequence details

JAL-2046 test to demonstrate feature duplication bug

Merge branch 'bug/JAL-2046_ds_sharing_features_broken' into develop

JAL-1270 more fix for failing Functional test

merge

JAL-1270 Fixed failing tests due to race conditions in PDBSearchPanelTest and PDBSequenceFetcherTest classes

JAL-2047 delay to allow table model initilisation to complete

JAL-2050 only hide introns if exons are present! Removed 'hide introns'
checkbox from Preferences gui

JAL-2049 separate protein variant per dna variant (combinations tbd)

JAL-1705 code/comment tidy only

JAL-2051 fetch Ensembl Gene accessions one at a time

merge

JAL-2054 Renamed getStartEnd in AlignFrame to getVisibleStartAndEndIndex, and refactored method to Alignment class, and created a test for it accordingly

JAL-391 help for reverse / complement options

JAL-1705 (new preference option to) hide introns when fetching genomic
sequences

merge

Restored auto-deleted file from commit: ad54c1ae5bc1b931a6a0cd0b914c19cbc27fe12d

Merge branch 'feature/JAL-2050_intronhidden' into develop

JAL-2050 JAL-1722 new getSelectedRange() method to quickly hide selected columns

JAL-2053 fix erratic hidden column marker display

JAL-2053 JAL-1551 javadoc and simpler code

JAL-1722 fix: don’t draw visible regions outside viewport view

merge

JAL-2047 JAL-1919 fixed empty tooltip text when a cell in PDB Search and Structure Chooser interface has empty text and trapped other minor exceptions

JAL-1960 updated test to capture new behaviour improvement

JAL-2046 RFC about cyclic dataset sequence references - should be disallowed ?

JAL-2046 revise test for ambiguous case

JAL-2046 ambiguous test for addSequenceFeature when dataset ref is present or absent

JAL-2046 RFC on addSequenceFeature behaviour after deriveSequence

JAL-2046 test behaviour of copy constructor in different contexts

JAL-2046 add/delete SequenceFeature operate on dataset if one is defined

JAL-2046 setSequenceFeature contract implementation and warning message

JAL-2046 explicit contract for get/set SequenceFeatures on SequenceI

JAL-2046 remove javadoc

JAL-2046 simpler deriveSequence - promote to dataset and initSeqFrom or defer to copy constructor

JAL-2046 clarify contract for copy constructor and initSeqFrom implementation
- with existing dataset sequence reference, no sequence features are cloned