JAL-3664 hmm related TODOs

JAL-3664 update colours to enable HMM colouring options after a paste or load of an HMM model

JAL-3666 SequenceI.*HMM methods look to dataset sequence for HMM profile. Initial ‘HMMSequence’ representing consensus from profile is stored as SeqCigar and materialised when required.

JAL-3665 sequences shaded according to emmission probability of first aligned hmm at each column

Merge branch 'develop' into alpha/JAL-3362_Jalview_212_alpha
update for 2.11.1 release

Merge branch 'alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration' into alpha/JAL-3362_Jalview_212_alpha

Merge branch 'documentation/JAL-3407_2.11.1_release' into develop

JAL-3407 add GPL license to Jalview source files

JAL-3407 release notes - JAL-247 - for auto-set-ID, and revise wording for transferring virtual features in chimera

Merge branch 'documentation/JAL-3407_2.11.1_release' into develop

JAL-3407 fix JAL-3574 - remove from known issues for 2.11.1.0

Merge branch 'documentation/JAL-3407_2.11.1_release' into develop

JAL-3574 JAL-3407 release notes

Merge branch 'bug/JAL-3574filterByPOS' into documentation/JAL-3407_2.11.1_release

Merge branch 'documentation/JAL-3407_2.11.1_release' into develop

JAL-3407 add and document ComputePeptideVariants.groovy

JAL-3577 changed default RELEASE dir in build.gradle to use absolute path to help buildship when importing project for first time

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3567 JAL-3407 document sequence features report and the additional info provided for virtual features. Also bumped release date to 22st April

JAL-3577 Added newer install dirs to the deletion list in the uninstaller and tidied the list

Merge branch 'bug/JAL-3567virtualFeatureCoordinates' into develop

JAL-367 code tidy

JAL-3567 translated rather than imputed peptide

JAL-3567 unit tests for linked feature tooltips

JAL-3567 adjust layout of linked feature report, unit test

JAL-3567 added 'imputed by Jalview' to protein consequence in report

JAL-3567 report mapped location for virtual features in tooltip etc

JAL-3407 JAL-3529 release notes

Merge branch 'bug/JAL-3529_uniprotidsinstockholm' into develop

JAL-3529 revert ordering of DBRef addition so it reflects situation after Pfam import </picky>

JAL-3597 improved Memory test suite by detecting base memory usage rather than assuming it is constant for each release.

JAL-3407 release date set to 16th April, known issue report for JAL-3574

Merge branch 'testing/JAL-3577_jalviewversion_autoset_fixed' into develop

JAL-3574 test coverage corners

JAL-3574 Matcher with integer/long value pattern (e.g. VCF POS locus)

JAL-3596 change redacted

JAL-3596 don't draw text over features if Show Text is unselected

JAL-3588 Remove Examples folder in windows Program Group for all CHANNEL values

JAL-3577 automatically configure JALVIEW_VERSION for builds using jalview.version property in RELEASE file

JAL-3577 improvement to non-release DMG background and source SVG. Updated docs on image specification/creation.

Merge branch 'task/JAL-3577_Jalview_Test_installers' into develop

JAL-3577 Added DEVELOP DMG styling. Improved TEST-RELEASE and NON-RELEASE styling

JAL-3577 Fixed Jalview Programme Group in Windows menu. Added examples folder for RELEASE channel only and Examples folder in Jalview Programme Group in Windows.

JAL-3407 redact java 8 incompatible type inference

JAL-3407 updated release date to Thursday 9th April, and release notes for JAL-3577 JAL-3581 JAL-3571

JAL-3581 no hidden sequence marker if hidden markers not shown

JAL-3577 Moved application Categories for freedesktop menus into correct place in install4j

JAL-3577 removed debugging

Merge branch 'task/JAL-3577_Jalview_Test_installers' into develop

JAL-3577 Added existing and new Application IDs for Windows. Fixed Desktop shortcut and Menu entry.

JAL-3579 no Feature Editor if features not shown

JAL-3577 Changed shortName to INTERNAL_ID

JAL-3577 Changed Windows internal ID to a new value which is backward compatible with the 2.11.0 installation. i.e. release versions will have internal ID 'Jalview'

JAL-3577 Changed Windows internal ID to a new value which is backward compatible with the 2.11.0 installation. i.e. release versions will have internal ID 'Jalview'

JAL-3577 Added DS_Store for Test release to look like proper installer

JAL-3577 Added a jalviewt scheme ONLY to TEST-RELEASE and TEST-LOCAL channels so that a test jvl can be made to ONLY open in the Test installation

JAL-3577 cleaned up old DMG files. Added NON-RELEASE DMG files. Changed how Jalview name propogates through install4j -- now dynamically created depending on the CHANNEL

JAL-3577 First attempt at new folder names

JAL-3572 Added getdown Implementation-Version to getdown jars META-INF/MANIFEST.MF

Merge branch 'improvement/JAL-3394_added_categories_to_unix_shell_installer_desktop_file' into develop

Merge branch 'documentation/Release_2_11_1_Branch' into develop

JAL-3407 basic doc for releasing jalview - will be embellished as we go

JAL-3407 updated release date to 2nd April, and first draft of release notes

JAL-1889 better (?) wait for Conservation thread

Merge branch 'documentation/Release_2_11_1_Branch' into develop

JAL-3407 2.11.1.0 release date bump - maybe tomorrow - maybe the next day !

JAL-3407 JAL-3130 back out java 9+ syntax that breaks java 8 builds

JAL-3225 updated essential files for eclipse project if buildship fails

JAL-3225 Also look for local.properties in file named ../${projectDir}_local.properties. This allows multiple instances of the same project in Eclipse by changing the eclipse_project_name propert (and other local properties)

JAL-3225 This one file needed for project if git clean -dfx run

JAL-3225 All of .settings now gitignored. org.eclipse...prefs made by buildship or gradle eclipse. Jalview specific prefs pulled in from utils/eclipse/org.eclipse.jdt.core.jalview.prefs

JAL-3248 Added instructions for downloading and configuring as gradle project in Eclipse only, i.e. no command line tools needed

JAL-3562 exclude testNG groups from a build via -PtestngExcludedGroups=Not-bamboo

JAL-3407 JAL-3562 release notes

JAL-3407 rejigging new features - simplify release note line for virtual features

JAL-3407 reformat releases.html

JAL-3407 JAL-3549 javadoc

JAL-3407 - release notes for JAL-3547

JAL-3549 javadoc

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-3541 increase maxheapsize for test worker process

JAL-3541 tidying build.gradle, delete cloverInstrDir re-added

JAL-3305 don't propagate an empty SelectionGroup to complement view

JAL-3541 put org.gradle.jvmargs explicitly into gradle.properties

JAL-3541 merged cleanClover with develop

JAL-3541 perhaps a better clean for clover. fixed

JAL-3541 perhaps a better clean for clover

JAL-3541 rejigged clover tasks very mildly

Revert "JAL-3541 trying out previous cloverReport task"

This reverts commit dc70a1f7934471a4084c3f10e7bd630d72aa3bf3.

JAL-3541 trying out previous cloverReport task

JAL-3407 JAL-3187 help documentation for virtual features and tabbed feature settings for linked cds/protein views

JAL-3407 JAL-3549 explicitly mention the ‘no features’ dialog, and how an existing selection affects the sort alignment by feature score/density

JAL-3407 group together ‘virtual feature’ related features in release notes

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

Merge commit '3fe5792cc63d53a5ace952bd68d3bb673c97f588' into improvement/JAL-3394_added_categories_to_unix_shell_installer_desktop_file

JAL-3394 updated version if install4j gradle plugin

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3394_added_categories_to_unix_shell_installer_desktop_file

Merging on develop

JAL-3528 unit tests added for failed lookup, Javadoc

JAL-3407 3549 in release notes

JAL-3549 JAL-3305 no Sort By Score / Density if no features visible