Merge branch 'develop' into merge/develop_bug/JAL-2154projectMappings

JAL-2154 doc & AssertError trap for known failure case due to JAL-2179

JAL-2154 always compare canonicalised DBRefEntry source strings!

JAL-2154 simplify expression

JAL-2183 defensive check for openFrameCount < 0 (shouldn't happen but
did)

JAL-2183 simplified database tree actionPerformed, accept dbl-click

JAL-2183 revised change (= no change)

JAL-2183 formatter added @Override (only)

JAL-2183 removed redundant (overriden) add panel to container

JAL-2154 javadoc, fix underloaded version of assertDatasetIsNormalised

Merge branch 'develop' into merge/develop_bug/JAL-2154projectMappings

JAL-2154 don’t synthesise multiple CDS|<Acc> sequences when one is already available on dataset (fixes crossRefs2XML failure - CDS|ENST00000288602 found duplicated
"Pass (0,0,0): before start of pass3: ENSEMBL ENSG00000157764 -> UNIPROT{0}:”)

JAL-2154 filter out dbrefs that already match primary refs for sequences already retrieved. This is a patch for ENA records where protein products were not reconstructed (AC006347) resulting in duplicate sequence fetches

JAL-2154 refactor if (for easier breakpoint) and formatting

JAL-2154 canonical dbsources are lowercased before matching

JAL-2154 ENA specific Ensembl canonical db prefixes

JAL-2154 endless loop fixed (hopefully :) )

JAL-1854 tweaks to rules and README

JAL-2154 catch insertion of duplicate CDS after retrieve cross-references with Alignment.assertDatasetIsNormaised

JAL-2154 Optional message parameter for assertDatasetNormalised

JAL-2154 new assertDatasetIsNormalised to trivially test for the addition of identical sequence data in the dataset (e.g. due to faulty create CDS sequence processes)

JAL-2154 additional test that removing a duplicate sequence reinstates dataset reference validity

JAL-1854 checkstyle relocated to /utils, newlines to Unix (?)

Merge branch 'bug/JAL-1841rnaSecStr' into develop

JAL-1448 updated unit test for last change

JAL-1841 robustness fix

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1841rnaSecStr

JAL-1854 two more rules, readme notes

JAL-2154 patch regression on DbRefFetcher due to PDB being dropped from NUCLEOTIDEDBS and PROTEINDBS lists

Merge branch 'bug/JAL-2154projectMappings' into merge/develop_bug/JAL-2154projectMappings

JAL-2106 fix (last one!) remove the Sequence.sourceDBRef field!

JAL-2154 ENSEMBL and Uniprot tests

JAL-2154 report any db fetch failures as a fail at end

JAL-2154 ensure pass increments actually result in a termination

JAL-2154 catch and report a failures when xrefed project didn’t seem to have associated file (possibly due to failed ref retrieval)

JAL-2154 check that xref is a coding xref before adding sequence to retrieved xrefs

JAL-2154 don’t add any remaining xrefed sequences of the wrong molecule type to the alignment

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1841rnaSecStr

JAL-1854 commented FallThrough rule

JAL-1854 corrected nested package rule

JAL-2049 set Ensembl variant source to ENSEMBL if '.' (not provided) and
in computed peptide variants

JAL-2154 drop PDB from Protein db list to remove from fetch cross-refs menu

JAL-2154 Defer failing cross-ref combinations that didn’t result in a new alignment window till end of test

JAL-2154 check that CDS panel is only nucleotide, and protein panel is only Protein for retrieved cross-refs

JAL-1854 comment switch case fallthrough

JAL-2106 JAL-2154 fix test for additional reference transferred from locus to CDS as well as Peptide

JAL-2106 JAL-2154 cross-refs from Ensembl should verify as cross refs only

JAL-2106 tighten DBRefEntry primary seq test for PDB

JAL-2154 JAL-2106 transfer primary refs to CDS for makeCDS

JAL-2154 copy and paste error

JAL-1854 missing case break statements added

JAL-1854 initial checkstyle config

Merge branch 'trailm' into trial_fixMakeCDSDBRefPropagation

Merge branch 'refactor/JAL-2106_sourceDbRef_revision' into trailm

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2154projectMappings

 Conflicts:
src/jalview/gui/AlignFrame.java - propagated MessageManager tweak to jalview/gui/CrossRefAction.java

Merge branch 'develop' into refactor/JAL-2106_sourceDbRef_revision

JAL-2178 remove duplicate Uniprot db source

JAL-1424 duplicate key removed

JAL-2106 FIXME for test failure

JAL-2106 TODO - verify Embl primary refs get added

JAL-2106 tidy up and comments for DBRefFetcher

JAL-2106 javadoc for sifts mapping method

JAL-2106 prevent SIFTS mappings for sequences that don’t look like protein

JAL-2106 removed setSourceDBRef, refactor getSourceDBRef to getPrimaryDBRefs
 * minimal test for PDB cornercase
 * minimal revision of AlignmentUtils/Tests, CrossRef
 * basic patch to SIFTSClient - need to revisit

TODO
 * jalview.io.StructureFile re ‘PDB’ primary dbrefs generated from filenames.
 * verify primary refs added correctly for Uniprot, EMBL,  Ensembl and EnsemblGenomes in their unit tests.

JAL-2106 stricter check for 1:1 mapping (same numbering on both sides, and word size == 1)

JAL-2106 rejig test to minimally verify patch that getPDBEntry can be called on local and dataset sequence

JAL-2106 formatting

JAL-2106 DBRefEntry.isPrimary() minimal test & implementation

JAL-2106 convenience method to find all dbsource names via reflection

JAL-1355 correct 'thereshold' to 'threshold' in message keys

JAL-1424 removed unused and duplicated message keys

JAL-1424 tidy / recode MessageManager calls to support code analysis

JAL-1854 removed pointless method override

JAL-1424 removed two redundant (overwritten) setText() calls

JAL-1424 corrected Message bundle lookup key

JAL-1424 undo i18n of exception message

JAL-1854 declare immutable class as final

JAL-1424 recode calls to MessageManager to allow code inspection

JAL-2151 port fix to applet

JAL-1424 enhanced for cleaner reporting, checks calls to JvSwingUtils

JAL-1424 also report (obsolete) keys in translated bundle not in default

JAL-2154 updated testMakeCDSAlignment for expected propagate CDS behaviour (ahem - this should have been checked in *before* implementation!)

JAL-2154 propagate from contig to CDS after constructing CDS sequence, and only propagate refs with congruent mappings *and* corresponding mapping on protein product

JAL-2154 should only add mappings between dataset sequences

JAL-2154 - only copy DBRef from contig to new CDS sequence which involve same mapped region

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2154projectMappings

Conflicts:
 src/jalview/gui/AlignFrame.java
  - pushed raise warning dialog to CrossRefAction
 test/jalview/analysis/AlignmentUtilsTests.java
  - simple merge
 test/jalview/io/Jalview2xmlTests.java
  - pushed updated BeforeClass setup to Jalview2xmlBase

JAL-2176 unused field / methods removed

JAL-2174 markColumns() refactored inside ColumnSelection

JAL-2154 - rejig test pass code for breadth-first (or top down) repetition of fetch/fetch crossref/fetch crossref.

* First iteration, all pass counters at zero, process through all crossrefs.
* Next iteration, pass1=1 - recover, process through all crossers
* Next iteration, pass2=1 - recover each first crossref result and process through
* Last iteration, pass3=1 - recover each second crossref result and process.

JAL-1448 corrected for backwards compatibility for UK locale users

JAL-2175 code tidying

JAL-2175 code/test fixes/tidy for PFAM/MSF/JSON roundtrip

JAL-2154 verify recovered xref sequence not already in dataset before adding it

JAL-2154 regression warning - should never recover a sequence ‘like’ an xref’s mapping.getTo() sequence!

JAL-2154 always check dataset sequence for sequence instance exists in dataset before adding it in AlignmentI.addSequence()

JAL-2154 patch verifyAlignment so it fails for duplicate entries for same SequenceI instance on alignment

JAL-2154 tidy assert messages and fix test to verify asserts were raised when expected

JAL-2154 test that verifyAlignment fails for duplicate entries for same SequenceI instance on alignment

JAL-2011 adjust method to fix failing unit test

JAL-2174 bug fixes + refactoring to allow + unit tests