Merge branch 'develop' into releases/Release_2_9_1_Branch

fix for JAL-2147
- scope search for codonmappings to local alignment
- efficiency - use discovered mappings directly rather than letting highlight search results do the work again

JAL-2147 findMappingsBetweenSequenceAndOthers for scoping search to sequences in an alignment

JAL-1115 change implementation to avoid possibility of deadlock

JAL-1270 test coverage TODO Alignment.append(AlignmentI)

JAL-2110 JAL-2147 JAL-2145 - pad CDS alignment reconstructed from aligned proteins

Merge branch 'features/JAL-2110_crossRefDuplications' into develop

Merge branch 'develop' into features/JAL-2110_crossRefDuplications

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2135 minor house-keeping

JAL-2144 TODO - new methods for canonicalisation and comparison of source strings, regularisation of properties from SequenceDbSource implementations, recognition of coding databases in a more generic way.

JAL-2110 avoid potential race condition where user changes selection after ‘show cross refs’ option has been selected

JAL-2110 TODO for JAL-2131

JAL-2110 note about use case for when alignAsSameSequences fails due to missing shared dataset refs

JAL-2110 test demonstrating limitation of current implementation of alignAs (simple case)

JAL-2110 javadoc and TODO re shortcomings of implementation

JAL-2110 javadoc

JAL-2110 scalability todo

JAL-1381 JAL-2110 efficiency TODO

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1369 release notes for patch of save/restore representative group when only one sequence represented

JAL-2135 NPE bugfix when parsing a structure file with Jmol and id & inFile is null

Merge branch 'develop' into features/JAL-2110_crossRefDuplications

JAL-1919 Fixed failing tests, enabled HETATM processing from structure file to be configurable. Minor refactorings (StructureViewSettings class renamed to StructureImportSettings, fileName variables of AlignFile class renamed to dataObject since in realty it could be a file, url or pasted string)

JAL-2110 added alignAsSameSequences to handle 'direct' (copy) case

JAL-2110 field 'cf' moved to stack

JAL-2110 generic rather than specific check for gap character

JAL-2110 AlignmentUtils.alignCdsAsProtein implemented

JAL-2110 ensuring mapped dbrefs between protein and cds

JAL-2110 add 'mapFromId' to Mapping (for e.g. EMBL CDS protein_id)

JAL-2110 cross-refs from protein to show cds not non-coding sequences

JAL-2110 fixes and tests for adding dbrefs to EMBL sequence and products

Merge branch 'develop' into features/JAL-2110_crossRefDuplications

JAL-2110 use shared dataset when copying alignment for split frame

JAL-2110 added another test case (should fail but doesn't)

Revert "JAL-2110 use shared alignment dataset when copying alignment for split frame"

This reverts commit f931c557266d95b3f4ab5b64bd108123c90e85ab.

JAL-2110 use shared alignment dataset when copying alignment for split
frame

JAL-2110 bug fix / test for searchDataset mappings created

JAL-2110 unused method removed

JAL-2110 defensive check in code

JAL-2110 bug fixing and tidying for get cross-refs

JAL-2110 set reasonable bounds to initial split of SplitFrame divider

JAL-2135 bugfix for error preventing processing of secondary structure annotation for model produced by Phyre2

JAL-2110 add 'products' parameter to filter results in madeCdsAlignment

JAL-2110 code/comment tidy

Merge branch 'develop' into features/JAL-2110_crossRefDuplications

JAL-2074 Improvement to StructureChooser and FTS interfaces to remember the user preferences for summary table columns, window size & positions

JAL-2110 fixes and tests for synthesized EMBLCDSPROTEIN dbrefs

Merge branch 'develop' into features/JAL-2110_crossRefDuplications

JAL-1919 updated PDBSequenceFetcherTest and JMol parser config settings to enable proper processing of mmCIF files

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1479 added test case to elaborate getEntityByMostOptimalMatchedId method

Merge branch 'develop' into features/JAL-2110_crossRefDuplications

JAL-1270 avoid overwriting .jalview_properties with test service urls

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1479 improved Sifts PID calculation for determining an Entity to process

Merge branch 'develop' into features/JAL-2110_crossRefDuplications

JAL-1369 fix bug reloading a project with group sequence reps

JAL-1479 minor refactor and housekeeping

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1479 improved SiftsClient test coverage and implemented previously unimplemented test cases

tidied loop with generic iteration / loop variable

JAL-2133 refactored duplicated code to AlignmentViewport

JAL-1369 additional asserts in testStoreAndRecoverReferenceSeqSettings

JAL-1270 unit tests for HiddenSequences

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1960 updated unit test to include the test case where a sequences has no PDBId entry(s) but has Uniprot & PDB dbrefs

JAL-2130 now simply viewer.dispose() to close down Jmol threads

Merge branch 'develop' into merge_JAL-2110

JAL-1996 added notes for an alternative way to view example pages source code

JAL-1270 test group fix

JAL-2110 make indirect xref searches work by not filtering refs on candidates after selecting them by molecule type (direct==same, indirect==different)

JAL-2110 warning message when routine finds non-ds sequences in the dataset (seems to happen with alignments returned from Ensembl sequence fetcher)

JAL-2110 clarify javadoc

JAL-2110 refactor to split SequenceFetcher from x-ref resolution routine

JAL-2110 JAL-1551 formatting

JAL-2110 enable and fix failing tests

JAL-2110 enable and fix test

JAL-2110 refactor sequenceFetcherTest to allow verifying cross-reference retrieval for a single sequence sourc

JAL-2110 use SequenceI.isProtein()

JAL-2110 SequenceI.isProtein method

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1996 added link for viewing example source codes, changed release history outline from list to table

JAL-2015 fixed bug in copy constructor and added tests

JAL-1982 defensive checks for null annotations array

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1982 defensive test for null array of annotations

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1996 removed quick links in example pages, added one minimal applet embedding example to applet deployment page

JAL-2110 remove hardwired detection of search context from the dataset ‘isNucleotide()’ flag

Merge branch 'features/JAL-2110_crossRefDuplications' into merge_JAL-2110

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2074 suppress prompt to save closed Groovy script on Jalview Quit

JAL-1270 remove test artefact file after test

Merge branch 'features/JAL-1956_featureStyles' into merge_JAL-1956

JAL-1270 ensure before/after clauses have at least alwaysRun=true in them

JAL-1270 added runAlways=true to setUp method

JAL-2074 reuse Groovy window when reopening; rebind Cmd-Q to Jalview
when closing

JAL-2089 cleared out old ‘What’s new’

JAL-192 JAL-1369 release notes