Revert "JAL-3690 for a laugh, lets enable web services!"

This reverts commit 026057e76ba227a13968eb0ff3c01dc6b87145f4.

JAL-3690 update to swingjs patch 3.2.9

JAL-3690 for a laugh, lets enable web services!

JAL-3690 update to next patched 3.2.9 j2s c336e447

JAL-3690 update j2s from hanson1 branch 0b8b02bb

JAL-3690 separate startup and poll code in SeqAnnotationCalcWorker

JAL-3690 - fixed state inconsistency when restarting the calcworker

JAL-3690 partially reworked AlignCalcManager

todo:
 - modify SeqAnnotationServiceCalcWorker to implement PollableAlignCalcWorkerI
 - fix race condition where worker state gets overriden by the old job (QUEUED to IDLE)

JAL-3690 - introduce shutdown method that cleans up manager's resources.

JAL-3690 Documentation for AlignCalcListener

JAL-3690 Catch and notify about worker cancellation separately.

JAL-3690 Fix concurrent modification exception when workers are cancelled

JAL-3690 Documentation for AlignCalcManagerI2

JAL - 3690 AlignCalc rebuilt - FutureTask-based manager

JAL-3690 changed AWSThread to use Timer instead

JAL-3690 alternative servers menu fix

JAL-3690 restore jws1 JPred

JAL-3690 switching to CompletableFuture to allow chaining

JAL-3690 mark JalviewChangeSupport as deprecated

JAL-3690 refactoring web-services discovery

Merge branch 'feature/JAL-3686_slivka_client_js_update' into alpha/merge_212_JalviewJS_2112

Conflicts:
src/jalview/gui/Desktop.java
src/jalview/gui/Preferences.java
src/jalview/jbgui/GPreferences.java

JAL-3683 retrieve job status to output stream

JAL-6386 update slivka client for j2s compatibility

Merge branch 'alpha/JAL-3362_Jalview_212_alpha' into alpha/merge_212_JalviewJS_2112

resolved conflicts and adapted to some upstream changes. no detailed functional testing as yet (see next commit :) )

 Conflicts:
resources/lang/Messages.properties
resources/lang/Messages_es.properties
src/jalview/api/AlignViewportI.java
src/jalview/bin/Jalview.java
src/jalview/datamodel/Sequence.java
src/jalview/datamodel/SequenceI.java
src/jalview/gui/AlignFrame.java
src/jalview/gui/JvSwingUtils.java
src/jalview/gui/OverviewPanel.java
src/jalview/gui/PopupMenu.java
src/jalview/gui/SplitFrame.java
src/jalview/gui/WsJobParameters.java
src/jalview/io/AlignmentFileReaderI.java
src/jalview/io/FileLoader.java
src/jalview/io/StockholmFile.java
src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java
src/jalview/jbgui/GPreferences.java
src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java
src/jalview/viewmodel/AlignmentViewport.java
src/jalview/ws/jws2/Jws2Discoverer.java
test/jalview/analysis/AAFrequencyTest.java
test/jalview/gui/AlignFrameTest.java
test/jalview/gui/AlignViewportTest.java

JAL-3529 test updated for revised signature of getDBRefs()

Merge branch 'Jalview-JS/develop' into develop

Conflicts:
build.gradle
src/jalview/gui/PopupMenu.java
src/jalview/io/SequenceAnnotationReport.java
src/jalview/io/StockholmFile.java
src/jalview/util/DBRefUtils.java
src/jalview/viewmodel/seqfeatures/FeatureRendererModel.java

JAL-3613 remove debug code committed in error

JAL-3613 check sequence overlap when matching search results

Merge branch 'develop' into alpha/JAL-3362_Jalview_212_alpha
update for 2.11.1 release

Merge branch 'alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration' into alpha/JAL-3362_Jalview_212_alpha

JAL-3225 save auto formatting settings in org.eclipse.jdt.ui.prefs.  Not yet put into place, but these settings should be used

Merge branch 'documentation/JAL-3407_2.11.1_release' into develop

JAL-3407 add GPL license to Jalview source files

JAL-3407 release notes - JAL-247 - for auto-set-ID, and revise wording for transferring virtual features in chimera

Merge branch 'documentation/JAL-3407_2.11.1_release' into develop

JAL-3407 fix JAL-3574 - remove from known issues for 2.11.1.0

Merge branch 'documentation/JAL-3407_2.11.1_release' into develop

JAL-3574 JAL-3407 release notes

Merge branch 'bug/JAL-3574filterByPOS' into documentation/JAL-3407_2.11.1_release

Merge branch 'documentation/JAL-3407_2.11.1_release' into develop

JAL-3407 add and document ComputePeptideVariants.groovy

JAL-3577 changed default RELEASE dir in build.gradle to use absolute path to help buildship when importing project for first time

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3567 JAL-3407 document sequence features report and the additional info provided for virtual features. Also bumped release date to 22st April

JAL-3210 try adding setup method to unit test failing on server...

JAL-1889 corrected wait for consensus to be calculated

JAL-3577 Added newer install dirs to the deletion list in the uninstaller and tidied the list

Merge branch 'bug/JAL-3567virtualFeatureCoordinates' into develop

JAL-367 code tidy

JAL-3567 translated rather than imputed peptide

JAL-3603 load annotation file from RELATIVE_URL in JS, small code tidies

JAL-3602 Added configuration for enforced use of UTF-8 for creating the
core js files and also in the closure-compiler.

JAL-3567 unit tests for linked feature tooltips

added .gitignore paths

I need these until I fully grasp the ways that gradle works.

JAL-3587 Load Project bug

Fixed 2019.01.24 in Applet branch.

commit db8caac49ea663fbc2b8b78f7eb2e6ae893f40da

didn't have a JAL number. My mistake.

JAL-3567 adjust layout of linked feature report, unit test

JAL-3567 added 'imputed by Jalview' to protein consequence in report

JAL-3567 report mapped location for virtual features in tooltip etc

JAL-3407 JAL-3529 release notes

Merge branch 'bug/JAL-3529_uniprotidsinstockholm' into develop

JAL-3529 revert ordering of DBRef addition so it reflects situation after Pfam import </picky>

JAL-3597 improved Memory test suite by detecting base memory usage rather than assuming it is constant for each release.

JAL-3407 release date set to 16th April, known issue report for JAL-3574

Merge branch 'testing/JAL-3577_jalviewversion_autoset_fixed' into develop

JAL-3583 remove debug logging, Javadoc added

JAL-3574 test coverage corners

JAL-3574 Matcher with integer/long value pattern (e.g. VCF POS locus)

JAL-3596 change redacted

JAL-3596 don't draw text over features if Show Text is unselected

JAL-3583 consistent last[Formatted]Tooltip, show once only per residue

JAL-3587 save and reload project file fix

JAL-3588 Remove Examples folder in windows Program Group for all CHANNEL values

JAL-3577 automatically configure JALVIEW_VERSION for builds using jalview.version property in RELEASE file

JAL-3253 SwingJS upgrade including J11 transpiler 3.2.9.v1f

JAL-3253 merge of new SwingJS api

merge from develop: the fixy bit

merge from develop: the rest of the changes

merge from develop: Most of the changes

JAL-3589 (old Platform) fix for Jalvew-JS/develop only.

JAL-3210 fudge for JalviewJS to avoid IntervalStore incompatibility

JAL-3577 improvement to non-release DMG background and source SVG. Updated docs on image specification/creation.

Merge branch 'task/JAL-3577_Jalview_Test_installers' into develop

JAL-3577 Added DEVELOP DMG styling. Improved TEST-RELEASE and NON-RELEASE styling

JAL-3577 Fixed Jalview Programme Group in Windows menu. Added examples folder for RELEASE channel only and Examples folder in Jalview Programme Group in Windows.

JAL-3407 redact java 8 incompatible type inference

JAL-3581 no hidden sequence marker if hidden markers not shown

JAL-3407 updated release date to Thursday 9th April, and release notes for JAL-3577 JAL-3581 JAL-3571

JAL-3581 no hidden sequence marker if hidden markers not shown

JAL-3577 Moved application Categories for freedesktop menus into correct place in install4j

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

Conflicts:
build.gradle
src/jalview/gui/SeqPanel.java
build.gradle and gradle.properties changes in develop ignored

JAL-3577 removed debugging

Merge branch 'task/JAL-3577_Jalview_Test_installers' into develop

JAL-3577 Added existing and new Application IDs for Windows. Fixed Desktop shortcut and Menu entry.

JAL-3579 no Feature Editor if features not shown

JAL-3577 Changed shortName to INTERNAL_ID

JAL-3577 Changed Windows internal ID to a new value which is backward compatible with the 2.11.0 installation. i.e. release versions will have internal ID 'Jalview'

JAL-3577 Changed Windows internal ID to a new value which is backward compatible with the 2.11.0 installation. i.e. release versions will have internal ID 'Jalview'

JAL-3577 Added DS_Store for Test release to look like proper installer

JAL-3577 Added a jalviewt scheme ONLY to TEST-RELEASE and TEST-LOCAL channels so that a test jvl can be made to ONLY open in the Test installation

JAL-3577 cleaned up old DMG files. Added NON-RELEASE DMG files. Changed how Jalview name propogates through install4j -- now dynamically created depending on the CHANNEL