JAL-3577 automatically configure JALVIEW_VERSION for builds using jalview.version property in RELEASE file

JAL-3577 improvement to non-release DMG background and source SVG. Updated docs on image specification/creation.

Merge branch 'task/JAL-3577_Jalview_Test_installers' into develop

JAL-3577 Added DEVELOP DMG styling. Improved TEST-RELEASE and NON-RELEASE styling

JAL-3577 Fixed Jalview Programme Group in Windows menu. Added examples folder for RELEASE channel only and Examples folder in Jalview Programme Group in Windows.

JAL-3407 redact java 8 incompatible type inference

JAL-3407 updated release date to Thursday 9th April, and release notes for JAL-3577 JAL-3581 JAL-3571

JAL-3581 no hidden sequence marker if hidden markers not shown

JAL-3577 Moved application Categories for freedesktop menus into correct place in install4j

JAL-3577 removed debugging

Merge branch 'task/JAL-3577_Jalview_Test_installers' into develop

JAL-3577 Added existing and new Application IDs for Windows. Fixed Desktop shortcut and Menu entry.

JAL-3579 no Feature Editor if features not shown

JAL-3577 Changed shortName to INTERNAL_ID

JAL-3577 Changed Windows internal ID to a new value which is backward compatible with the 2.11.0 installation. i.e. release versions will have internal ID 'Jalview'

JAL-3577 Changed Windows internal ID to a new value which is backward compatible with the 2.11.0 installation. i.e. release versions will have internal ID 'Jalview'

JAL-3577 Added DS_Store for Test release to look like proper installer

JAL-3577 Added a jalviewt scheme ONLY to TEST-RELEASE and TEST-LOCAL channels so that a test jvl can be made to ONLY open in the Test installation

JAL-3577 cleaned up old DMG files. Added NON-RELEASE DMG files. Changed how Jalview name propogates through install4j -- now dynamically created depending on the CHANNEL

JAL-3577 First attempt at new folder names

JAL-3572 Added getdown Implementation-Version to getdown jars META-INF/MANIFEST.MF

Merge branch 'improvement/JAL-3394_added_categories_to_unix_shell_installer_desktop_file' into develop

Merge branch 'documentation/Release_2_11_1_Branch' into develop

JAL-3407 basic doc for releasing jalview - will be embellished as we go

JAL-3407 updated release date to 2nd April, and first draft of release notes

JAL-1889 better (?) wait for Conservation thread

Merge branch 'documentation/Release_2_11_1_Branch' into develop

JAL-3407 2.11.1.0 release date bump - maybe tomorrow - maybe the next day !

JAL-3407 JAL-3130 back out java 9+ syntax that breaks java 8 builds

JAL-3225 updated essential files for eclipse project if buildship fails

JAL-3225 Also look for local.properties in file named ../${projectDir}_local.properties. This allows multiple instances of the same project in Eclipse by changing the eclipse_project_name propert (and other local properties)

JAL-3225 This one file needed for project if git clean -dfx run

JAL-3225 All of .settings now gitignored. org.eclipse...prefs made by buildship or gradle eclipse. Jalview specific prefs pulled in from utils/eclipse/org.eclipse.jdt.core.jalview.prefs

JAL-3248 Added instructions for downloading and configuring as gradle project in Eclipse only, i.e. no command line tools needed

JAL-3562 exclude testNG groups from a build via -PtestngExcludedGroups=Not-bamboo

JAL-3407 JAL-3562 release notes

JAL-3407 rejigging new features - simplify release note line for virtual features

JAL-3407 reformat releases.html

JAL-3407 JAL-3549 javadoc

JAL-3407 - release notes for JAL-3547

JAL-3549 javadoc

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-3541 increase maxheapsize for test worker process

JAL-3541 tidying build.gradle, delete cloverInstrDir re-added

JAL-3305 don't propagate an empty SelectionGroup to complement view

JAL-3541 put org.gradle.jvmargs explicitly into gradle.properties

JAL-3541 merged cleanClover with develop

JAL-3541 perhaps a better clean for clover. fixed

JAL-3541 perhaps a better clean for clover

JAL-3541 rejigged clover tasks very mildly

Revert "JAL-3541 trying out previous cloverReport task"

This reverts commit dc70a1f7934471a4084c3f10e7bd630d72aa3bf3.

JAL-3541 trying out previous cloverReport task

JAL-3407 JAL-3187 help documentation for virtual features and tabbed feature settings for linked cds/protein views

JAL-3407 JAL-3549 explicitly mention the ‘no features’ dialog, and how an existing selection affects the sort alignment by feature score/density

JAL-3407 group together ‘virtual feature’ related features in release notes

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

Merge commit '3fe5792cc63d53a5ace952bd68d3bb673c97f588' into improvement/JAL-3394_added_categories_to_unix_shell_installer_desktop_file

JAL-3394 updated version if install4j gradle plugin

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3394_added_categories_to_unix_shell_installer_desktop_file

Merging on develop

JAL-3528 unit tests added for failed lookup, Javadoc

JAL-3407 3549 in release notes

JAL-3549 JAL-3305 no Sort By Score / Density if no features visible

JAL-3227 slightly adapted download_jres.sh to make it easier to specify GNU tar on macos. 'TAR=gtar'

JAL-3394 Made Categories line configurable/readable in gradle.properties as will be used more generically in future

JAL-3412 update layout whenever desired id width changes

JAL-3394 Added Categories=Science;Biology;Java; to unix shell installer .desktop file

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-3187 unit test for findComplementFeaturesAtResidue

JAL-3394 getdown jar files had not been re-compiled

JAL-3407 added 3468 to release notes

Merge branch 'feature/JAL-3468featureDescriptionEllipsis' into develop

JAL-3468 i18n and additional unit tests

JAL-3407 release note tweaks, added 3533 3538 3534 2764 3541

Merge branch 'improvement/JAL-3543_dont_report_null_versions_in_java_console' into develop

JAL-3468 small tidy

JAL-3468 improvement to feature description truncation when <a> links in text

JAL-3468 Fixed tests and added test for max-length of feature set tooltip

JAL-3468 Obsessively fixed self-closing <br/> tags

JAL-3468 Adapted methods to report how many features have been dropped from the tooltip, and add final note to tooltip. Backward compatible methods left in.

Merge branch 'groovy/JAL-3547_conservationsequenceexport' into develop

JAL-3547 groovy script to get the conservation sequence and output it as fasta

JAL-3407 redact Java 8 incompatible '<>' with anonymous inner classes

Merge branch 'bug/JAL-3412idWidthDiscrepancy' into develop

JAL-3407 release notes for JAL-3412

JAL-3412 patch for failing test

JAL-3543 remove debugging output

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3543_dont_report_null_versions_in_java_console

Merging with develop

JAL-3543 Conditional reporting of Install4j and Getdown versions if null

Merge branch 'bug/JAL-3412idWidthDiscrepancy' into develop

JAL-3407 JAL-3296 release notes

Merge branch 'bug/JAL-3296changeStartInvalidateCursor' into develop

JAL-3477 jalview.jvmmemmax / jvmmemmax maximum value documentation

Merge branch 'bug/JAL-3477_memory_max_allocation' into develop
replaced all libs with libs onbug/JAL-3477_memory_max_allocation, though these will still need to be rebuilt (but how !)

JAL-3407 release notes for  JAL-3449 JAL-3393 JAL-3420 JAL-3477 JAL-3447 JAL-3542

Merge branch 'improvement/JAL-3449_add_install4j_installer_getdown_versions_to_jalview_console.2' into develop

JAL-3541 docs for enabling OpenClover coverage reports and adjustable build parameters for troubleshooting report generation.

JAL-3541 removed clover report generation debug flag (utf-8 encoding enforcement seems to have fixed parsing of jalview.gui.desktop source)

JAL-3541 configurables for clover report generation (JVM heap, JVM args, and -v or -d for debugging)

JAL-3541 track own jalview.gui.Desktop clover source parsing error

JAL-3541 2g heap for clover xml and clover html - remove verbose on xml generation (did't actually need it !)